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Astuce Vidéo de la semaine: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

NCBI has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. Parfois, si, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the liste de diffusion annonce, because it has details of new stuff, nos prochains webinaires, publication de données, etc. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–webinaires, quick videos, et plus. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. Vérifiez their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

Liens rapides:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: http://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

Références:

NCBI Resource Coordinators (2014). Base de données des ressources du Centre national d'information sur la biotechnologie Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/nar/gku1130

Divulgation: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

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SNPpets vendredi

This week’s SNPpets include real-time visualization of Ebola spread, precision medicine informatics, big capacity for whole genomes, “genetobollocks” for a new description of media coverage of genomics papers, Neanderal pathogenic variants, and re-examining old problems on a couple of matters.


Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


https://twitter.com/marimiya_tky/status/608055768181575680 also possible tip

Astuce de la semaine: Gémeaux, exploration de la variation génétique

You Tube:

L'astuce de la semaine Cette semaine est le Gémeaux qui est l'acronyme de “l'exploitation minière du génome.” Contrairement à la plupart des conseils que nous donnons chaque semaine, celui-ci est un progiciel. Mais, on ne utiliser et à intégrer avec plusieurs bases de données sur Internet, tels que dbSNP, ENCODE, UCSC, ClinVar et KEGG. C'est aussi une librement disponible, tout à fait un logiciel utile qui donne au chercheur la possibilité de créer des requêtes assez complexes basée sur les génotypes open source et outil, modes de transmission, etc. Le dessus 12 minute clip est un discours prononcé lors d'une conférence qui donne une introduction de la science derrière l'outil.

Le résumé de l' étude récente auprès des développeurs donne une bonne introduction au sujet de la fonctionnalité de l'outil:

Technologies de séquençage d'ADN modernes permettent d'identifier rapidement les généticiens variation génétique parmi les nombreux génomes de l'homme. Cependant, isoler la minorité des variantes maladie sous-jacente demeure une importante, encore formidable défi pour la génétique médicale. Nous avons développé GEMINI (Génome minières), un logiciel flexible pour explorer toutes les formes de variations génétiques humaines. Contrairement aux outils existants, GEMINI intègre la variation génétique avec un ensemble varié et adaptable des annotations du génome (par exemple, dbSNP, ENCODE, UCSC, ClinVar, KEGG) dans une base de données unifiée pour faciliter l'interprétation et l'exploration de données. Alors que d'autres méthodes fournissent un ensemble rigide de filtres variantes ou méthodes priorités, GEMINI permet aux chercheurs de composer des requêtes complexes basées sur les génotypes des échantillons, modes de transmission, et les deux pré-installé et annotations du génome personnalisés. GEMINI fournit également des méthodes pour les requêtes ad hoc et l'exploration de données, une interface de programmation simple pour analyses personnalisées qui tirent parti de la base de données sous-jacente, et les deux lignes de commande et des outils graphiques pour les analyses courantes. Nous démontrons l'utilité de GEMINI pour explorer variation dans les génomes personnels et des études génétiques basées sur la famille, et d'illustrer sa capacité à évoluer vers des études impliquant des milliers d'échantillons humains. GEMINI est conçu pour la reproductibilité et la flexibilité et notre objectif est de fournir aux chercheurs un cadre standard pour la génomique médicale.

Si vous souhaitez en savoir plus, il ya quelques jolies une bonne documentation du logiciel ici.

Alors j'y suis, et totalement indépendants sauf que c'est la génomique humaine, il ya cette présentation slideshare du «courant’ état de la génomique personnelle. Le courant est entre guillemets parce que le slideshare est en réalité de 3 ans, mais il ya beaucoup de bonnes informations là-dedans. Quelqu'un sait d'un up-to-date de jeu de diapositives ou plus vaste introduction à l'état actuel de la science génomique personnelle semblable à ce?

 

Relevent Liens:

Progiciel GEMINI
dbSNP
ENCODE
UCSC Genome Browser
ClinVar
KEGG

(tutoriels sont liés ci-dessous pour les outils en gras ci-dessus)

Référence concernée:

Paila U, Chapman BA, Kirchner R, & Quinlan AR (2013). GEMINI: Exploration intégrative de la variation et Genome Annotation génétiques. PLoS Computational Biology, 9 (7) PMID: 23874191

Nouvelle annotation Integrator Variant de UCSC

Dans le cas où vous n'êtes pas sur la liste de diffusion d'annonce UCSC, et vous n'avez pas aller sur le site via leur page d'accueil avec les nouvelles posté–vous devriez savoir au sujet de ce nouvel outil à l' UCSC Genome Browser. Il faudra variations que vous explorez et faire une prédiction quant à savoir si la variante est associée à une fonction, et peut-être si elle est préjudiciable à une protéine. Il est en cours de développement, alors essayez-le. Et s'il ya des fonctionnalités que vous pouvez utiliser, leur proposer. Voir l' VAI la page pour plus d'.

Voici les détails via leur e-mail, mais vous inscrire à l' “annoncent” liste de diffusion pour obtenir cette nouvelles de ce genre dans votre boîte de réception si vous aimez aussi:

[Lien vers l'original sur le site de la liste de diffusion]

Bonjour à tous,

Afin d'aider les chercheurs à l'annotation et la hiérarchisation des milliers
des appels de variantes de projets de séquençage, nous avons développé la variante
Intégrateur annotation (VAI). Étant donné un ensemble de variantes d'un envoi
suivi personnalisé (au format pgSnp ou VCF), le VAI sera de retour le
effet fonctionnel prédit (par exemple, synonyme, faux-sens, frameshift,
intronic) pour chaque variante. Le VAI peut éventuellement ajouter plusieurs autres
les types d'informations pertinentes, y compris les: l'identificateur dbSNP si l'
variante se trouve dans dbSNP, protéines scores de dégâts pour les variantes de faux-sens
à partir de la base de données des prédictions fonctionnelles non synonymes (dbNSFP), et
scores de conservation calculés à partir des alignements multiples espèces. Le VAI aussi
propose des filtres pour que les résultats vers le bas étroites aux variantes les plus intéressantes.

Les futures versions de la VAI comprendront plus entrée / options de téléchargement,
formats de sortie, et options d'annotation, et un moyen d'ajouter de l'information
d'une voie ferrée dans le Genome Browser, y compris les pistes personnalisées.

Il ya deux façons de naviguer à la VAI: (1) De l' “Outils” menu,
suivre les “Variant Annotation Integrator” lien. (2) Après avoir déposé une
suivi personnalisé, frapper la “aller à la variante annotation intégrateur” bouton. L'
un guide de l'utilisateur se trouve au bas de la page, sous “Utilisation de la Variante
Intégrateur annotation.”

Comme toujours, nous nous félicitons de questions et commentaires sur notre liste de diffusion publique:
genome@soe.ucsc.edu.


Brooke Rhead
UCSC Genome Bioinformatics Group

 

Astuce Vidéo de la semaine: 1000 Navigateur Dataset génomes de NCBI


Une récente NCBI newsletter a annoncé la sortie d'une nouvelle ressource nommée 1000 Navigateur Dataset génomes, et c'est la ressource que je vais être en vedette dans cette astuce. Il est l'un des outils disponibles dans le nouveau Variation NCBI page des ressources, qui dispose également des ressources telles que dbSNP, dbVar, dbGaP et ClinVar (dont beaucoup OpenHelix a des tutoriels pour) ainsi que des outils variation d'autres – Reporter Variation (pré-version), Clinique Remap (version bêta) et le Phénotype-génotype Intégrateur.

Avant de discuter de NCBI 1000 Navigateur Dataset génomes, Je voudrais passer un peu de temps sur le 1000 projet Génomes, afin de distinguer ce qui est du NCBI et ce qui est du projet lui-même. De l' 1000 Papier pilote génomes:

“Le but de l' 1000 Projet génome est de découvrir, génotype et de fournir des informations précises sur haplotype toutes les formes de polymorphisme de l'ADN humain dans plusieurs populations humaines. Spécifiquement, l'objectif est de caractériser plus 95% des variantes qui sont dans des régions génomiques accessibles aux technologies actuelles de séquençage à haut débit et qui ont la fréquence des allèles de 1% ou plus (la définition classique du polymorphisme) dans chacun des cinq principaux groupes de population (populations à l'intérieur ou à l'ascendance de l'Europe, Asie de l'Est, Asie du Sud, Afrique de l'Ouest et dans les Amériques).”

Vous pouvez accéder à l'article complet à partir du lien ci-dessous. Le projet est maintenant déplacé au-delà de la phase pilote et libérer de nouvelles données tout le temps. Vous pouvez voir les annonces et les détails du projet, ou accéder à ces données, par la officiels 1000 Site du projet génomes, ou par l'intermédiaire du responsable 1000 Version génomes de l' Navigateur Ensembl. Comme vous pouvez l'imaginer pour une “grandes données” tel projet, les données ont été ajoutées à différentes bases de données NCBI, y compris dbSNP, l' Séquence Lire Archives (SRA) et Échantillon biologique. Bien que vous pourriez rechercher ces données dans le système Entrez recherche universelle, précédemment pour afficher les données que vous souhaitez avoir un aperçu des résultats individuels à chaque base de données distincte. L' 1000 Navigateur génomes au NCBI a été créé comme une interface puissante pour la recherche de manière exhaustive, et l'affichage, 1000 Les données contenues dans les génomes des ressources NCBI sur une seule page.

Dans la pointe de la vidéo, je vais vous familiariser aux différentes zones de la page - le navigateur est créé avec la série de widgets, chacune avec sa propre fonction. Je ne serai pas en mesure de couvrir toutes les fonctions, ou de démontrer comment les utilisateurs peuvent télécharger leurs données de variation propres au navigateur – Je vous laisse le plaisir de découvrir ceux de votre propre. Parce que l'outil est si jeune, bugs et suggestions / commentaires sont toujours activement demandé – si vous trouvez quelque chose, consulter la FAQ (qui traitent des bogues à divers stades d'être fixé) puis envoyer un courriel à l'équipe.

Liens rapides:
NCBI annonce Newsletter Juillet 20, 2012: http://1.usa.gov/RQu5dR

Cette page Variation NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/

NCBI 1000 Page Navigateur génomes:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

1000 Site du projet génomes: http://www.1000genomes.org/home

L' 1000 version du projet génome spécifique de l' Navigateur Ensembl:
http://browser.1000genomes.org

Référence:
L' 1000 Consortium Project génomes (2010). Une carte des variations du génome humain à partir de la population échelle séquençage Nature, 467, 1061-1073 DOI: 10.1038/nature09534

NHGRI flux de discussion sur les variations live maintenant [enregistrement disponible]

Il ya une réunion se passe aujourd'hui que les gens pourraient être intéressés à suivre si vous êtes intéressés par l'analyse de la variation humaine. Voici comment Chris Gunter a décrit sur G dernière nuit:

Pour les geeks génétique grave: la réunion organisée par Daniel MacArthur et moi (avec beaucoup d'aide de collègues!), Impliquant des variants de séquence dans les maladies humaines, est ici streaming live. Sur til 9 ce soir et demain, lors de la plupart des jours ouvrables.

Ils ont parlé de la façon dont ils faire une analyse sur leurs sites, les besoins en matière de nouvelles bases de données pour soutenir ce qu'ils trouvent, meilleures façons de rendre compte des variations dans la littérature, et plus.

Live stream ici: http://www.genome.gov/27549959

L'enregistrement vidéo devrait être disponible plus tard.

Astuce Vidéo de la semaine: SNPeffect 4.0


Une des questions les plus fréquentes que nous entendons lorsque nous faisons des ateliers est: comment je savoir si ce SNP a un effet sur ma protéine favorite? Eh bien, c'est en supposant qu'il s'agit d'un SNP de codage. Bien sûr,, promoteur SNP et épissage SNP et d'autres caractéristiques serait formidable pour évaluer aussi bien. Dès maintenant, si, les outils les plus matures sont ceux qui se penchent sur les effets de la variation sur le codage des acides aminés dans les protéines.

Nous avons déjà parlé des outils pour cette, y compris les PolyPhen2 et EIPD. Chacun d'entre eux offrent des algorithmes différents et des options qui pourraient vous aider à explorer vos SNP. Mais d'un autre outil est disponible que vous devriez vérifier ainsi: SNPeffect 4.0.

SNPeffect n'est pas nouvelle–cette équipe a été son développement pendant un certain temps. Mais leur récent document qui décrit les nouvelles fonctionnalités dans le 4.0 Version m'a incité à avoir un nouveau regard sur elle. Il ya certaines choses fondamentales qui sont importantes à connaître au sujet de la collecte de données dans leur base de données. Ce n'est pas seulement une re-hachage de dbSNP–elle s'appuie en fait sur une autre source de données de variation. Ils utilisent le UniProt collection de protéines humaines comme point de départ. Si vous n'avez pas utilisé beaucoup UniProt, vous pourriez ne pas être conscients de combien de variations qu'ils catalogue et magasins qui sont identifiés dans les protéines (nous couvrons ce dans notre tutoriel*). L'équipe prend SNPeffect ces variations et évalue l'impact qu'ils ont sur une protéine avec une variété d'algorithmes. Certaines de ces variations correspondent à des entrées dbSNP–mais pas tous d'entre eux ne. Vous pouvez trouver des choses ici que vous ne trouverez pas dans dbSNP. Donc, je dirais que ça vaut explorer votre protéines d'intérêt ici aussi.

Les algorithmes qu'ils utilisent fournir des informations sur un certain nombre de caractéristiques de la protéine. VALSE TANGO et d'évaluer l'agrégation des protéines amyloïdes et de la formation. LIMBO évalue contraignante chaperon. La stabilité structurale est prédite par FoldX (si une structure appropriée est disponible). Ils utilisent aussi * SMART et Pfam * pour voir si la variation se produit dans les domaines de la protéine. Il ya quelques autres outils avec des fonctionnalités plus de protéines examinées ainsi. Vérifiez le papier pour plus de détails.

Vous pouvez également soumettre des protéines d'intérêt à leur suite une analyse de la “Proposer un nouvel emploi SNPeffect” Liens.

Une nouvelle fonctionnalité souligné dans leur étude est l'occasion de faire une méta-analyse sur les groupes de variations. Vous pouvez explorer les caractéristiques des séries de variantes de cette manière, en utilisant des algorithmes différents, ils offrent.

Cette courte vidéo examine le pipeline, l'interface de base, et un couple de pages échantillons. Mais vous aurez envie d'y aller et essayer beaucoup plus à apprendre sur vos protéines préférées. Il ya beaucoup d'informations qui peut sortir de ce que vous pourriez ne pas avoir connu avant. Check it out.

*Tutoriels OpenHelix de ces ressources disponibles pour l'achat individuel ou via un abonnement

Liens rapides vers les ressources discuté:

SNPeffect 4.0 http://snpeffect.switchlab.org/

PolyPhen 2 http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/

EIPD http://sift.jcvi.org/

Référence:

De Baets, G., Des Durme, J., Reumers, J., Maurer-Stroh, S., Vanhee, P., Dopazo, J., Schymkowitz, J., & Rousseau, F. (2011). SNPeffect 4.0: en ligne de prédiction des effets moléculaires et structurales du codage des protéines variantes Nucleic Acids Research, 40 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkr996

Conseils Vidéo de la semaine: Revue annuelle IV, 2e semestre

Comme vous le savez peut-être, nous avons fait ces vidéos conseils de-la-semaine pour QUATRE ans maintenant. Nous avons terminé autour de 200 introductions petite friandise à diverses ressources de l'an dernier, 2011 (oui, c'est 2012 aujourd'hui). À la fin de l'année, nous avons établi une sorte de tradition des fêtes: nous faisons un résumé post pour recueillir tous. Si vous avez manqué l'un d'eux, c'est un excellent moyen d'avoir un aperçu de ce que pourrait être utile à votre travail.

Vous pouvez voir ces dernières années’ conseils ici: 2008 Dans, 2008 II, 2009 Dans, 2009 II, 2010 Dans, 2010 II. L' résumé de la première moitié du 2011 est disponible depuis la semaine dernière.

Juillet 2011

Juillet 6: Prioriser les gènes en utilisant le Portail Priorisation Gene

Juillet 13: PolySearch, chercher de nombreuses bases à la fois

Juillet 20: Homme Hub visualisation Epigenomics

Juillet 27: Le nouveau portail SIB bioinformatique

 

Août 2011

Août 3: SNPexp, corrélation entre les SNP et l'expression du gène

Août 10: CompaGB pour comparer le logiciel de navigation génome

Août 17: Prenez, génomes comparant revisité

Août 24: Tirage de domaine pour les schémas de motifs rapides

Août 31: De UniProt à l'SBKB PSI et retour

 

Septembre 2011

Septembre 7: La génomique végétale comparative utilisant Plaza

Septembre 14: phiGENOME pour l'exploration du génome des bactériophages

Septembre 21: Obtenir des séquences flanquantes des emplacements génomiques

Septembre 28: Introduction au logiciel statistique R

 

Octobre 2011

Octobre 5: Ressources dôngs pour l'information de variation génétique et la drogue

Octobre 12: Moyeux Piste dans le navigateur du génome UCSC

Octobre 19: Mitochondrial transcriptome GBrowser

Octobre 26: Variation par rapport à des données Ensembl

 

Novembre 2011

Novembre 2: MizBee synténie navigateur

Novembre 9: La nouvelle base de données des variantes génomiques: DGV2

Novembre 16: MapMi, cartographie automatisée des microARN loci

Novembre 23: BioMart portail central de neuf

Novembre 30: Phosphida, une base de données de modification post-traductionnelle

Décembre 2011

Décembre 7: VarSifter, pour identifier les variations de la séquence de touches

Décembre 14: De grands changements aux ressources NCBI génome

Décembre 21: Lait de poule pour les fêtes (ou pour explorer les gènes orthologues)

Décembre 28: Conseils Vidéo de la semaine: Revue annuelle IV (premier semestre de 2011)

Astuce Vidéo de la semaine: Variation de données Ensembl

Trey m'a présenté à cette “collection de tutoriels vidéo décente de ” d'Ensembl, mais lui et Marie sont actuellement en Maroc enseignement d'un atelier de 3 jours bioinformatique & puis assister à la conférence (oui, Je suis jaloux!). Je suis donc en train de créer la pointe de cette semaine sur la base des tutoriels qui Trey me fait. Dans la pointe d'aujourd'hui, je vais mettre en parallèle un tutoriel disponible à partir de Ensembl sur des informations SNP dans le but à la fois: 1) vous montrer Haw vous pouvez accéder à l'information et de la variation du Ensembl 2) comparez faisant ces étapes en utilisant Ensembl 64 (ici, dans cette vidéo) et en utilisant Ensembl 54 (archivés) (dans la vidéo Ensembl).

Les ressources Bioscience souvent sont continuellement développés et améliorés & il peut être difficile de garder les vidéos et la documentation mise à jour. C'est pourquoi ici nous travaillons en permanence OpenHelix au maintien de nos matériaux mis à jour, avec des conseils hebdomadaires sur les nouvelles fonctionnalités et des tutoriels mis à jour en tant que sites mis à jour deviennent stables.

La vidéo Ensembl (SNP et d'autres variations – 1 des 2) est assez agréable & fournit plus de détails sur les données réelles Ensembl que je peux dans mon court-métrage, mais il a été fait il ya quelques années sur une ancienne version d'Ensembl. Depuis lors, la ressource a été mis à jour, et passé par plusieurs nouvelles versions des données. Je vais suivre les mêmes étapes qui sont faites dans la première partie du tutoriel Ensembl SNP afin que vous puissiez voir des exemples de ce qui a changé & ce qui est pratiquement la même chose. Je vous suggère de regarder les deux vidéos en arrière-arrière pour obtenir une bonne idée de ce qui a changé, et quels types d'informations sont disponibles auprès de la variation Ensembl. De cette base, je suis sûr que vous serez en mesure de regarder la deuxième vidéo Ensembl SNP & l'appliquer à l'aide de la version actuelle de Ensembl sans trop de difficulté. Pour plus de détails vous pouvez vous référer au document Ensembl la plus récente dans l'édition de base de données NAR, qui décrit la variation n'est pas l'information juste, mais comme un tout Ensembl.

Liens rapides:

Navigateur Ensembl: http://www.ensembl.org/index.html

Héritage Ensembl navigateur (communiqué 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl tutoriel, une partie 1 des 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl tutoriel, une partie 1 des 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

Matériaux OpenHelix tutoriel Ensembl: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Liste Tutoriel Ensembl: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

Référence:
Flicek, P., AkenBallester, B., Ballester, B., Beal, K., Bragin, E., Brent, S., Chen, Y., Clapham, P., Coates, G., Fairley, S., Fitzgerald, S., Fernandez-Banet, J., Gordon, L., Comte, S., Haider, S., Hammond, M., Howe, K., Jenkinson, A., Johnson, N., M.hari, A., Keefe, D., Keenan, S., Kinsella, R., Kokocinski, F., Koscielny, G., Kulesha, E., Lawson, D., Longden, I., Massingham, T., McLaren, W., MegF. / Span>, K., OverdG.n, R., Pritchard , K., Overduin, B., Pritchard, B., Rios, D., Ruffier, M., Schuster, M., Slater, G., Smedley, D., Spudich, G., Tang, Y., Trevanion, S., Vilella, A., Oiseaux, J., Blanc, S., Wilder, S., Zadissa, A., Birney, E., Cunningham, F., Dunham, I., Durbin, R., Fernandez-Suarez, X., Forgeron, J., Hubbard, T., Parker, A., Procureur, G., Smith, J., & Searle, S. (2009). 10e année de Ensembl Nucleic Acids Research, 38 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkp972

Astuce Vidéo de la semaine: Ressources d'information sur la variation de dongs et drogues génétique


Dans la pointe d'aujourd'hui, je vais fonction d'une ressource qui j'ai trouvé récemment. J'ai été mise à jour notre tutoriel dbSNP, laquelle Marie & Trey sera présenté lors d'ateliers au Maroc, et aussi notre gratuitement tutoriel APB, qui est parrainé par le RCSB PDB l'équipe. J'ai donc pensé à la structure des protéines et des variations de séquence de petites beaucoup ces derniers temps. Comme je l'ai exploré les question de dernière base de données de la NAR la recherche de ressources pour faire un bout sur le, J'ai trouvé un article décrivant l' VND (la variation génétique et drogues) des ressources, qui peut également être consulté à l'adresse www.vandd.org, Selon l'article de la NAR. L'article est “VND: une base de données centrée sur la structure de la maladie liée SNP et les drogues“, et chiffre un montre un véritable Qui est qui de la protéine, les ressources de variation et de la maladie, alors j'ai eu à enquêter.

Qu'est-ce que j'ai trouvé à VND m'a fait sûr que ce fut une ressource que je voulais figurer dans une astuce. VND est de la Corée Bioinformation Centre, ou KOBIC, qui a une liste de bases de données et les outils qu'ils fournissent. Je vais sauver le reste des ressources KOBIC pour un autre poste & concentrer sur VND ici. La compilation des données de ressources telles que RefSeq, OMIM, UniProt, PIB, DrugBank, dbSNP, GAD et plus pourraient avoir été assez cool, selon la façon dont cela a été fait, mais le fait aussi VND leur propre analyse sur la façon dont la modélisation des structures de la variation affecte la structure des protéines et des médicaments / ligand.

Ce film pointe n'est pas assez longue pour vraiment vous montrer l'ampleur de ce qui est disponible à partir du VND, mais j'espère que ce sera suffisant pour vous inciter à lire l'article NAR (énumérés ci-dessous), et de vérifier VND. Une chose à noter: ne vous attendez pas à trouver toutes les RS # dbSNP là-bas – celui que j'ai été en utilisant dans notre tutoriel n'est pas là-bas. Ils sont particulièrement intéressés par des variations dans les gènes qui pourraient l'effet du médicament contraignante. Mais bon, Vous ne pouvez pas interroger DrugBank avec RS # s, et je n'ai jamais vu la modélisation de la structure fait comme VND, il est donc une ressource digne que vous pouvez étudier si vous êtes intéressé par la manière dont les variations génétiques en contact avec les thérapies des maladies et des médicaments.

Liens rapides:

VND: Variations et drogues ressources - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Corée Bioinformation Centre (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB APB - http://www.pdb.org

Tutoriel sur l'APB OpenHelix RCSB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Court variations génétiques, du NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

Tutoriel sur la OpenHelix dbSNP NCBI - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Pour les liens vers d'autres ressources et tutoriels OpenHelix mentionnés dans ce message, S'il vous plaît voir notre catalogue de ressources - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Référence:
YH.g, J., Oh, S., Mon, G., Parc, S., Kim, W., Lee, B., & Lee, S. (2010). VND: une base de données centrée sur la structure de la maladie liée SNP et les drogues Nucleic Acids Research, 39 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkq957