Archivo de la etiqueta: variación

ncbi_logo_black

Vídeo Consejo de la semana: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

NCBI has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. A veces, aunque, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the anuncio de la lista de correo, because it has details of new stuff, próximos seminarios, publicación de datos, etc. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–seminarios, quick videos, y más. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. Echa un vistazo their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

Enlaces rápidos:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: http://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

Referencias:

NCBI Resource Coordinators (2014). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/nar/gku1130

Revelación: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

Viernes SNPpets

This week’s SNPpets include real-time visualization of Ebola spread, precision medicine informatics, big capacity for whole genomes, “genetobollocks” for a new description of media coverage of genomics papers, Neanderal pathogenic variants, and re-examining old problems on a couple of matters.


Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


https://twitter.com/marimiya_tky/status/608055768181575680 also possible tip

Consejo del la Semana: Géminis, exploración de la variación genética

You Tube:

El consejo de esta semana de la semana es de Géminis, que es el acrónimo de “Minería genoma.” A diferencia de la mayoría de los consejos que le damos a la semana, este es un paquete de software. Sin embargo,, se hace uso y se integran con muchas bases de datos de Internet, como dbSNP, CODIFICAR, UCSC, ClinVar y KEGG. Es también una libre disposición, herramienta de código abierto y un paquete de software muy útil que da el investigador la capacidad de crear consultas bastante complejos a partir de los genotipos, patrones de herencia, etc. Lo anterior 12 clip de minuto es una charla que dio en una conferencia que da una introducción de la ciencia detrás de la herramienta.

El resumen de la reciente trabajo de los desarrolladores da una buena introducción acerca de la funcionalidad de la herramienta:

Tecnologías de secuenciación de ADN modernos permiten a los genetistas para identificar rápidamente las variaciones genéticas entre muchos genomas humanos. Sin embargo, el aislamiento de la minoría de variantes enfermedad subyacente sigue siendo un importante, sin embargo reto formidable para la genética médica. Hemos desarrollado GEMINI (Genoma Minería), un paquete de software flexible para explorar todas las formas de la variación genética humana. A diferencia de las herramientas existentes, GEMINI integra la variación genética con un conjunto diverso y adaptable del genoma anotaciones (g, dbSNP, CODIFICAR, UCSC, ClinVar, KEGG) en una base de datos unificada para facilitar la interpretación y la exploración de datos. Mientras que otros métodos proporcionan un conjunto inflexible de filtros variante o métodos de priorización, GEMINI permite a los investigadores para componer consultas complejas sobre la base de genotipos de muestra, patrones de herencia, y ambos pre-instalado y anotaciones del genoma personalizados. GEMINI también proporciona métodos para consultas ad hoc y la exploración de datos, una interfaz de programación sencilla para análisis personalizados que aprovechan la base de datos subyacente, y tanto la línea de comandos y herramientas gráficas para análisis comunes. Se demuestra la utilidad de GEMINI para explorar la variación en los genomas personales y estudios genéticos basados ​​en la familia, e ilustrar su capacidad para escalar a estudios con miles de muestras humanas. GEMINI está diseñado para la reproducibilidad y la flexibilidad, y nuestro objetivo es proporcionar a los investigadores un marco estándar para la medicina genómica.

Si desea obtener más información, hay algunos bastante buena documentación del paquete de software aquí.

Mientras estoy en ello, y sin relación alguna, excepto que es la genómica humana, hay esta presentación slideshare de la "actual’ estado de la genómica personal. La corriente es entre comillas porque el slideshare es en realidad de 3 años, pero hay un montón de buena información allí. Alguien sabe de una puesta al día conjunto más diapositivas o extensa introducción a la situación actual de la ciencia genómica personal similares a este?

 

Relevante Links:

Paquete de software GEMINI
dbSNP
CODIFICAR
UCSC Genome Browser
ClinVar
KEGG

(tutoriales están vinculados por debajo de esas herramientas en negrita arriba)

Referencia Relevante:

Paila U, Chapman BA, Kirchner R, & Quinlan AR (2013). GEMINI: Exploración Integrativa de la variación y Genoma Anotaciones genéticos. PLoS Computational Biology, 9 (7) Palabras: 23874191

Nueva variante de anotación Integrador de UCSC

En caso de que usted no está en la lista de correo de anuncios UCSC, y usted no va al sitio a través de su página web con la noticia publicada–usted debe saber acerca de esta nueva herramienta en la UCSC Genome Browser. Se llevará a que las variaciones que se investigan y hacer una predicción acerca de si la variante se asocia con una función, y, potencialmente, si es perjudicial para una proteína. Está bajo desarrollo activo, para probarlo. Y si hay características que puede utilizar, sugerirlos. Véase el VAI página para más.

Aquí están los detalles a través de su correo electrónico, sino inscribirse en el “anunciar” Lista de correo para obtener esta noticia como esta en tu bandeja de entrada si te gusta demasiado:

[Enlace al original en el sitio de la lista de correo]

Hola a todos,

Con el fin de ayudar a los investigadores en anotar y dar prioridad a miles
de las llamadas variantes de proyectos de secuenciación, hemos desarrollado la variante
Integrador de Anotación (VAI). Dado un conjunto de variantes subido como
seguimiento personalizado (en formato pgSnp o VCF), el VAI devolverá el
efecto funcional predicho (g, sinónimo, missense, desplazamiento del marco,
intrónico) para cada variante. El VAI puede opcionalmente agregar varios otros
tipos de información relevante, incluso: el identificador de dbSNP si el
variante se encuentra en dbSNP, proteínas daños calificaciones de variantes missense
de la base de datos de predicciones funcionales No sinónimo (dbNSFP), y
conservación resultados calculados a partir de alineaciones de especies múltiples. El VAI también
ofrece filtros para ayudar a los resultados de abajo estrechos con las variantes más interesantes.

Las futuras versiones del VAI incluirán más de entrada / opciones de carga,
Formatos de salida, y las opciones de anotación, y una manera de agregar información
de cualquier pista en el Genome Browser, incluyendo temas personalizados.

Hay dos maneras de navegar a la VAI: (1) Desde el “Instrumentos” menú,
siga las “Variant Anotación Integrador” enlace. (2) Después de cargar un
seguimiento personalizado, golpear el “ir a la variante integrador de anotación” botón. La
guía del usuario se encuentra en la parte inferior de la página, bajo “Uso de la variante
Integrador de anotación.”

Como siempre, damos la bienvenida a preguntas y comentarios en nuestra lista de correo pública:
genome@soe.ucsc.edu.


Brooke Rhead
UCSC Genoma Bioinformática Grupo

 

Vídeo Consejo de la semana: 1000 Genomas Browser conjunto de datos de NCBI


Un reciente NCBI Newsletter anunció el lanzamiento de un nuevo recurso denominado 1000 Genomas Browser Dataset, y que es el recurso que se ofrece en este consejo. Es una de las herramientas disponibles a través de la nueva NCBI Variación recursos de la página, que también cuenta con recursos tales como dbSNP, dbVar, dbGaP y ClinVar (muchos de los cuales OpenHelix tiene tutoriales para) así como otras herramientas de variación – Variación Reportero (versión preliminar), Clínica Remap (Versión beta) y el Fenotipo-genotipo Integrador.

Antes de discutir la NCBI 1000 Genomas Browser Dataset, Me gustaría pasar un poco de tiempo en la 1000 Genomas del proyecto, con el fin de distinguir lo que es de NCBI y lo que es del propio proyecto. Desde el 1000 Genomas papel Pilot:

“El objetivo de la 1000 Proyecto Genomas es descubrir, genotipo y haplotipo proporcionar información precisa sobre todas las formas de polimorfismo de ADN humano en múltiples poblaciones humanas. Específicamente, el objetivo es caracterizar más 95% de las variantes que se encuentran en regiones genómicas accesible a las actuales tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y que tienen frecuencia de los alelos de 1% o mayor (la definición clásica de polimorfismo) en cada uno de los cinco principales grupos de población (poblaciones o con ascendencia de Europa, Asia del Este, Asia del Sur, África Occidental y las Américas).”

Se puede acceder al texto completo desde el siguiente enlace. El proyecto se ha movido más allá de la fase piloto y está lanzando nuevos datos todo el tiempo. Usted puede ver los anuncios y los detalles del proyecto, o acceder a los datos, a través de la oficial 1000 Genomas sitio del proyecto, o a través de la oficial 1000 Genomas versión de los Ensembl navegador. Como es de imaginar por un “de datos grandes” proyecto como éste, datos ha sido añadido a una variedad de bases de datos de NCBI, incluyendo dbSNP, la Secuencia Leer Archivo (SRA) y Muestra biológica. Aunque se puede buscar esta información a través del sistema de búsqueda universal Entrez, antes de ver los datos que tendría que ver los resultados individuales en cada base de datos independiente. La 1000 Navegador de Genomas en NCBI ha sido creado como una interfaz de gran alcance para la búsqueda de manera integral, y visualización, 1000 Genomas datos contenidos en los recursos NCBI en una sola página.

En la punta de video que le permitirá familiarizarse con las distintas áreas de la página - el navegador se crea con una serie de widgets, cada uno con su propia función. No será capaz de cubrir todas las características, o demostrar cómo los usuarios pueden subir sus propios datos de variación en el navegador – Te voy a dejar la diversión de explorar los de su propio. Debido a que la herramienta es tan joven, bugs y sugerencias / comentarios todavía están siendo activamente solicitado – si encuentras algo, echa un vistazo a las FAQ (que discutir insectos en diferentes etapas de fijarse) y luego enviar el equipo.

Enlaces rápidos:
NCBI Newsletter anuncio julio 20, 2012: http://1.usa.gov/RQu5dR

NCBI página Variación: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/

NCBI 1000 Genomas página del navegador:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

1000 Genomas sitio del Proyecto: http://www.1000genomes.org/home

La 1000 genomas versión específica del proyecto Ensembl navegador:
http://browser.1000genomes.org

De referencia:
La 1000 Genomas Consorcio del Proyecto (2010). Un mapa de la variación del genoma humano la secuencia de la población a escala Naturaleza, 467, 1061-1073 DOI: 10.1038/nature09534

NHGRI humano corriente discusión variación en vivo ahora [disponible de grabación]

Hay una reunión pasando hoy en día que la gente podría estar interesado en el siguiente si usted está interesado en el análisis de la variación humana. He aquí cómo Chris Gunter lo describió en G anoche:

Para los geeks genética grave: la reunión organizada por Daniel MacArthur y yo (con mucha ayuda de sus colegas!), Que comprometen a las variantes de secuencia en las enfermedades humanas, es la transmisión en vivo aquí. En til 9 esta noche y mañana durante la mayor parte del día de trabajo.

Ellos han estado hablando acerca de cómo hacer el análisis en sus sitios, la necesidad de nuevas bases de datos para apoyar lo que están encontrando, mejores maneras de informar variación en la literatura, y más.

Vivo stream aquí: http://www.genome.gov/27549959

La grabación de vídeo debería estar disponible más tarde.

Vídeo Consejo de la semana: SNPeffect 4.0


Una de las preguntas más frecuentes que escuchamos cuando hacemos talleres es: cómo puedo saber si este SNP tiene un efecto en mi favorito de la proteína? Bueno, eso es suponiendo que es una codificación de SNP. Por supuesto, SNPs promotor y SNPs de empalme y otras características sería genial para evaluar y. Ahora mismo, aunque, las herramientas más maduras son las que mirar a los efectos de la variación en la codificación de los aminoácidos en las proteínas.

Hemos hablado antes acerca de algunas herramientas para esta, incluso PolyPhen2 y SIFT. Cada uno de ellos se ofrecen diferentes algoritmos y opciones que podrían ayudar a explorar su SNPs. Sin embargo, otra herramienta disponible que usted debe comprobar fuera así: SNPeffect 4.0.

SNPeffect no es nuevo–este equipo ha estado en desarrollo durante un tiempo. Sin embargo, su reciente artículo que describe las características nuevas en el 4.0 versión me impulsó a tener una nueva mirada en él. Hay algunas cosas fundamentales que son importantes para saber acerca de la recopilación de datos en su base de datos. No es sólo un refrito de dbSNP–que en realidad se basa en otra fuente de datos de variación. Ellos usan el UniProt colección de proteínas humanas como el punto de partida. Si usted no ha utilizado mucho UniProt, no puede ser consciente de cuál es la variación que catalogan y la tienda que se identifican en las proteínas (que cubre este en nuestro tutorial*). El equipo de SNPeffect toma esas variaciones y evalúa el impacto que tienen en una proteína con una variedad de algoritmos. Algunas de las variaciones se corresponden a las entradas dbSNP–pero no todos lo hacen. Usted puede encontrar aquí las cosas que usted no encontrará en dbSNP. Así que yo diría que vale la pena explorar sus proteínas de interés aquí también.

Los algoritmos que utilizan proporcionar información sobre una serie de características de la proteína. TANGO VALS y evaluar la agregación de proteínas y la formación de amiloide. LIMBO evalúa vinculante acompañante. La estabilidad estructural se prevé por ejemplo FOLDX (si una estructura adecuada está disponible). También utilizan * SMART y Pfam * para ver si la variación se produce dentro de los dominios de la proteína. Hay algunas otras herramientas con las proteínas características más examinados, así. Echa un vistazo a el artículo para obtener más detalles.

También puede enviar las proteínas de interés para su suite de análisis de la “Envíe un trabajo de SNPeffect nueva” enlaces.

Una de las novedades de relieve en su trabajo es la oportunidad de hacer un meta-análisis en grupos de variaciones. Usted puede explorar las características de los conjuntos de variantes de esta manera, utilizando los diferentes algoritmos que ofrecen.

Este corto video examina la tubería, la interfaz básica, y un par de páginas de muestra. Sin embargo, usted querrá ir y probar una más mucho que aprender acerca de sus proteínas favoritos. Hay un montón de información que puede salir de esto que usted no podría haber conocido antes. Échale un vistazo.

*OpenHelix tutoriales para estos recursos disponibles para la adquisición de manera individual oa través de una suscripción

Enlaces directos a recursos mencionados:

SNPeffect 4.0 http://snpeffect.switchlab.org/

PolyPhen 2 http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/

SIFT http://sift.jcvi.org/

De referencia:

De Baets, G., Van Durme, J., Reumers, J., Maurer-Stroh, S., Vanhee, P., Dopazo, J., Schymkowitz, J., & Rousseau, F. (2011). SNPeffect 4.0: en-línea de predicción de los efectos moleculares y estructurales de codificación de la proteína-variantes Nucleic Acids Research, 40 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkr996

Consejos Video de la Semana: IV Examen Anual, 2º medio

Como usted puede saber, que hemos estado haciendo estos vídeos consejos de la semana de CUATRO años. Hemos completado todo 200 la introducción de poco bocado a los distintos recursos que el año pasado, 2011 (sí, es 2012 ahora). Al final del año hemos establecido una especie de tradición navideña: estamos haciendo un resumen de mensaje para reunir a todos. Si te has perdido alguno de ellos es una gran manera de tener un rápido vistazo a lo que podría ser útil para su trabajo.

Usted puede ver los últimos años’ consejos aquí: 2008 En, 2008 II, 2009 En, 2009 II, 2010 En, 2010 II. La resumen de la primera mitad del 2011 está disponible desde la semana pasada.

De julio 2011

De julio 6: Genes priorizar la utilización del Portal La priorización de genes

De julio 13: PolySearch, búsqueda de bases de datos a la vez

De julio 20: Hub humanos visualización Epigenomics

De julio 27: El nuevo Portal de Recursos Bioinformática SIB

 

De agosto 2011

De agosto 3: SNPexp, correlación entre los SNPs y la expresión génica

De agosto 10: CompaGB software para comparar el genoma del navegador

De agosto 17: CoGe, La comparación de genomas revisitado

De agosto 24: Dibuje los diagramas de dominio motivo rápida

De agosto 31: Desde UniProt a la SBKB PSI y de vuelta

 

De septiembre 2011

De septiembre 7: Planta de la genómica comparativa con Plaza

De septiembre 14: phiGENOME de exploración del genoma de bacteriófagos

De septiembre 21: Obtención de secuencias de acompañamiento de los lugares genómica

De septiembre 28: Introducción al software estadístico R

 

De octubre 2011

De octubre 5: VND fuente de información la variación genética y las drogas

De octubre 12: Hubs pista en UCSC Genome Browser

De octubre 19: Mitocondrial Transcriptome GBrowser

De octubre 26: Variación de datos de Ensembl

 

De noviembre 2011

De noviembre 2: MizBee Sintenía Browser

De noviembre 9: La nueva base de datos de variantes genómicas: DGV2

De noviembre 16: MapMi, mapeo automatizado de los microARN locyo

De noviembre 23: BioMart es nuevo portal central

De noviembre 30: Phosphida, una modificación post-traduccional de base de datos

De diciembre 2011

De diciembre 7: VarSifter, para identificar las variaciones secuencia de teclas

De diciembre 14: Grandes cambios en el genoma NCBI recursos

De diciembre 21: ponche para las fiestas (o para explorar los genes ortólogos)

De diciembre 28: Consejos Video de la Semana: IV Examen Anual (primer semestre de 2011)

Vídeo Consejo de la semana: Datos de la variación de Ensembl

Trey me presentó a este “decente colección de tutoriales en vídeo ” de Ensembl, pero él y María se encuentran actualmente en Marruecos la enseñanza de un taller de 3 días bioinformática & luego asistir a la conferencia (sí, Soy envidioso!). Por lo tanto, voy a crear el consejo de esta semana sobre la base de los tutoriales que Trey me señaló. En el consejo de hoy voy a paralelo un tutorial disponible en Ensembl en la información SNP para ambos: 1) demostrar que haw puede acceder a la información y la variación de Ensembl 2) comparar haciendo uso de estos pasos Ensembl 64 (aquí en este video) y el uso de Ensembl 54 (archivados) (en el video Ensembl).

Bioscience recursos a menudo están siendo continuamente desarrollado y mejorado & puede ser difícil de mantener videos y la documentación al día. Es por eso que aquí en OpenHelix, trabajamos continuamente para mantener a nuestros materiales están al día, con consejos semanales sobre las nuevas características y tutoriales actualizados los sitios actualizados estén estables.

El vídeo Ensembl (SNPs y otras variaciones – 1 de 2) es bastante agradable & proporciona más detalles sobre los datos reales Ensembl de lo que puedo en mi cortometraje, pero se hizo hace unos años en una versión anterior de Ensembl. Desde entonces, el recurso ha sido actualizado, y ha pasado por varias versiones nuevas de los datos. Voy a seguir los mismos pasos que se llevan a cabo en la primera parte del tutorial Ensembl SNP de modo que usted puede ver ejemplos de lo que ha cambiado & lo que es casi lo mismo. Te sugiero que ver los dos videos de back-to-back para obtener una buena idea de lo que ha cambiado, y qué tipo de información están disponibles a partir de la variación Ensembl. Desde esa base, estoy seguro de que será capaz de ver el video del segundo Ensembl SNP & aplicarlo a la utilización de la versión actual de Ensembl sin muchos problemas. Para más detalles puede consultar el documento de Ensembl más reciente en la edición de la base de datos NAR, que describe no sólo información, sino Ensembl variación en su conjunto.

Enlaces rápidos:

Ensembl navegador: http://www.ensembl.org/index.html

Legado Ensembl navegador (liberación 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl tutorial, parte 1 de 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl tutorial, parte 1 de 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

OpenHelix Ensembl materiales didácticos: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl Lista de Tutoriales: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

De referencia:
Flicek, P., Aachen, B., Ballester, B., Beal, K., Bragin, E., Brent, S., Chen, Y., Clapham, P., Coates, G., Fairley, S., Fitzgerald, S., Fernández-Banet, J., Gordon, L., Graf, S., Haider, S., Hammond, M., Howe, K., Jenkinson, A., Johnson, N., Kahari, A., Keefe, D., Keenan, S., Kinsella, R., Kokocinski, F., Koscielny, G., KULESHA, E., Lawson, D., Longden, I., Massingham, T., McLaren, W., Ir, K., Overduin, B., Pritchard, B., Ríos, D., Ruffier, M., Schuster, M., Pizarrero, G., Smedley, D., Spudich, G., Espiga, Y., Trevanion, S., Vilella, A., AVE, J., Blanco, S., Wilder, S., Zadissa, A., Birney, E., Cunningham, F., Dunham, I., Durbin, R., Fernández-Suárez, X., Herrero, J., Hubbard, T., Parker, A., Procurador, G., Herrero, J., & Searle, S. (2009). 10 º año de Ensembl Nucleic Acids Research, 38 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkp972

Vídeo Consejo de la semana: VND fuente de información la variación genética y de la droga


En la punta de hoy voy a función de un recurso que he encontrado recientemente. He estado actualizando nuestro tutorial dbSNP, que María & Trey va a presentar en los talleres en Marruecos, y también nuestra gratis tutorial AP, que es patrocinado por la RCSB AP equipo. Por tanto, he estado pensando en las estructuras de proteínas y pequeñas variaciones de secuencia mucho últimamente. Mientras exploraba los última base de datos tema de la NAR en busca de recursos para hacer una punta de, He encontrado un artículo que describe la VND (Variación genética y de la droga) de recursos, que también se puede acceder a la URL www.vandd.org, de acuerdo con el artículo NAR. El artículo es “VND: una base de datos centrada en la estructura de las enfermedades relacionadas con SNPs y las drogas“, y una cifra muestra un auténtico quién es quién de la proteína, la variación y la enfermedad de los recursos, así que tuve que investigar.

Lo que encontré en VND me confirmó que se trataba de un recurso que quería figurar en la punta. VND es de la Corea bioinformación Centro, o KOBIC, que tiene una lista de bases de datos y herramientas que proporcionan. Voy a guardar el resto de los recursos KOBIC para otro post & concentrarse en VND aquí. Compilación de datos de recursos tales como RefSeq, OMIM, UniProt, PIB, DrugBank, dbSNP, GAD y más podría haber sido lo suficientemente frío, dependiendo de cómo se hizo, pero el dong también tiene sus propios análisis, modelado de la estructura de cómo la variación afecta a la estructura de las proteínas y las drogas / ligando.

Esta película la punta no es tiempo suficiente para realmente mostrar la amplitud de lo que está disponible en el VND, pero yo espero que sea suficiente para animar a leer el artículo de NAR (se enumeran a continuación), y echa un vistazo VND. Una cosa a notar: no esperes encontrar todos los dbSNP rs # que hay – que he estado usando en nuestro tutorial no está allí. Están especialmente interesados ​​en las variaciones en los genes que podrían afectar la droga vinculante. Pero bueno, no se puede consultar con DrugBank rs # s, y nunca he visto el modelado de la estructura como el hecho de dong, por lo que es un recurso digno de que es posible que desee investigar si usted está interesado en cómo las variaciones genéticas en contacto con la enfermedad y las terapias de drogas.

Enlaces rápidos:

VND: Variaciones y Drogas de los recursos - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Corea bioinformación Centro (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB AP - http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Las variaciones genéticas corto, de NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

OpenHelix Tutorial en dbSNP NCBI - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Para los enlaces a otros recursos y tutoriales OpenHelix mencionado en este post, Consulte nuestro catálogo de recursos - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

De referencia:
Yang, J., Oh, S., Ko, G., Parque, S., Kim, W., Sotavento, B., & Sotavento, S. (2010). VND: una base de datos centrada en la estructura de las enfermedades relacionadas con SNPs y las drogas Nucleic Acids Research, 39 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkq957