الوسم المحفوظات: اختلاف

ncbi_logo_black

تلميح فيديو للأسبوع: Explore Gene Pages at NCBI with Variation and Expression Information

نكبي has produced some of the most in-depth and reliable bioinformatic tools, in large part because they’ve been building them since the earliest days of the genomics era. ncbi_logo_black I once noted that I remember the oldest web interface, because it was one of the first places that I went for computational tools back in the day. Check out my post here with some of their older interfaces. I remember all of them.

But they don’t rest on their laurels. NCBI teams are always adding new tools, new features, and new data. أحيانا, رغم أن, I think that people take them for granted. Or they only keep re-visiting things they know. So recently they asked me to do a walk-through video about how I use the tools, so that I can show people ways they can go further than they might realize. This week’s Video Tip of the Week shows how I can add and explore a lot of data on a Gene page, to examine additional features: variations and expression data, right in the sequence viewer. A lot of people may not even be aware these tracks exist.

This video provides a walk-through of how to explore variation data and expression data from Gene pages, using the sequence viewer that’s embedded right on the page. Enhance your understanding of your genes of interest quickly using these additional track options.

I hope this demonstrates how you can add more information to your genes of interest from gene pages, which you might already use. But now you can use them better. You can take advantage of the great depth at NCBI, while staying up-to-date on the tools.

Speaking of staying up-to-date, which is a big need in this field: you should definitely keep an eye out for new features from NCBI. My favorite way is the اعلان قائمة بريدية, because it has details of new stuff, بينرس القادمة, البيانات الاقتصادية, الخ. But you can also watch their blog and twitter for new information all the time. They’ve been doing a lot of outreach–بينرس, quick videos, وأكثر. You should sign up to be notified, so you can stay current with the best data and tools. راجع their learning/webinars pages to see what I mean.

We are planning another video, and we’d love any feedback you have on this one.

وصلات سريعة:

NCBI Gene (subject of the video): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/

NCBI-announce mailing list: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mailman/listinfo/ncbi-announce

NCBI Insights blog: المتشعب://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov

NCBI twitter: @ NCBI

Learn (see webinars link): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn.shtml

NCBI YouTube channel: https://www.youtube.com/channel/UCvJHVo5xGSKejBbBj0A5AyQ

المراجع:

NCBI Resource Coordinators (2014). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية, 43 (D1) دوى: 10.1093/nar/gku1130

إفشاء: This video was sponsored and completed under contract to NCBI.

dna_cutting_with_scissors_hr-150x150

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include real-time visualization of Ebola spread, precision medicine informatics, big capacity for whole genomes, “genetobollocks” for a new description of media coverage of genomics papers, Neanderal pathogenic variants, and re-examining old problems on a couple of matters.


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/marimiya_tky/status/608055768181575680 also possible tip

نصيحة الأسبوع: الجوزاء, استكشاف الاختلاف الجيني

أنت الأنبوبة:

تلميح هذا الأسبوع من الأسبوع على الجوزاء الذي هو اختصار ل “التعدين الجينوم.” وخلافا لمعظم من النصائح نعطي كل أسبوع, هذا هو واحد مجموعة من البرامج. لكن, انها لا تستخدم وتتكامل مع العديد من قواعد البيانات على شبكة الإنترنت مثل dbSNP, ترميز, UCSC, ClinVar وKEGG. انها متاحة بحرية أيضا, أداة مفتوحة المصدر وجدا مجموعة من البرامج المفيدة التي تعطي الباحث القدرة على إنشاء استعلامات معقدة جدا يعتمد على التراكيب الوراثية, أنماط الميراث, الخ. ما سبق 12 مقطع دقيقة هو حديث معينة في المؤتمر أن يعطي مقدمة من العلم وراء أداة.

المجرد من ورقة الزوار من المطورين يعطي مقدمة جيدة بشأن وظيفة الأداة:

التقنيات الحديثة تمكين تسلسل الحمض النووي علماء الوراثة لتحديد بسرعة الاختلاف الجيني بين العديد من الجينوم البشري. ومع ذلك, عزل الأقلية من المتغيرات الكامنة وراء المرض لا يزال يمثل مهمة, حتى الآن تحديا هائلا لعلم الوراثة الطبية. وقد وضعنا GEMINI (الجينوم التعدين), حزمة برامج مرنة لاستكشاف جميع أشكال اختلافات في الجينات البشرية. على عكس الأدوات القائمة, GEMINI يدمج الاختلاف الجيني مع مجموعة متنوعة وقابلة للتكيف من الشروح الجينوم (على سبيل المثال, dbSNP, ترميز, UCSC, ClinVar, KEGG) في قاعدة بيانات موحدة لتسهيل التفسير وبيانات الاستكشاف. في حين أساليب أخرى توفير مجموعة مرنة من المرشحات البديل أو طرق تحديد الأولويات, GEMINI يسمح للباحثين لإنشاء الاستعلامات المعقدة على أساس المورثات عينة, أنماط الميراث, وكلا مثبتة مسبقا وشروحه الجينوم مخصص. كما يوفر GEMINI طرق للاستعلامات المخصصة واستكشاف البيانات, واجهة برمجة بسيطة لتحاليل مخصصة التي تستفيد من قاعدة البيانات الأساسية, وسطر الأوامر والأدوات الرسومية لتحليلات مشتركة على حد سواء. ونحن لشرح فائدة الجوزاء لاستكشاف التباين في الجينوم الشخصية والدراسات الجينية القائمة على الأسرة, وتوضح قدرتها على النطاق لدراسات شارك فيها آلاف من العينات البشرية. تم تصميم GEMINI للاستنساخ والمرونة وهدفنا هو تزويد الباحثين إطار موحد لعلم الجينوم الطبية.

إذا كنت ترغب في معرفة المزيد, هناك بعض جميلة التوثيق الجيد من حزمة البرامج هنا.

بينما أنا في ذلك, وتمت بصلة إلا انها الجينوميات البشرية, هناك هذا عرض slideshare من 'الحالي’ الدولة الجينوميات الشخصية. هو الحالي في الاقتباس لأن slideshare هو في الواقع من 3 منذ سنوات, ولكن هناك الكثير من المعلومات الجيدة في هناك. أحد يعرف من أكثر مجموعة الشريحة ما يصل إلى التاريخ أو مقدمة مستفيضة للحالة الراهنة للعلوم الجينوميات الشخصية مشابهة لهذه?

 

relevent عن خيارات:

GEMINI حزمة البرامج
dbSNP
ترميز
UCSC متصفح الجينوم
ClinVar
KEGG

(وترتبط الدروس أدناه للحصول على تلك الأدوات في جريئة أعلاه)

المرجعية ذات الصلة:

Paila U, تشابمان BA, كيرشنر R, & كوينلان AR (2013). GEMINI: استكشاف تكاملية من التغير الوراثية والجينوم الشروح. بلوس المعلوماتية الحيوية, 9 (7) PMID: 23874191

متغير جديد متكامل الشرح UCSC لل

في حال لم تكن على UCSC إعلان القائمة البريدية, وأنت لا تذهب الى الموقع عن طريق الصفحة الرئيسية الخاصة بهم مع الأخبار المنشورة–يجب أن تعرف عن هذه الأداة الجديدة في UCSC متصفح الجينوم. وسوف يستغرق الاختلافات التي كنت استكشاف وجعل التنبؤ حول ما إذا كان يرتبط المتغير مع وظيفة, ويحتمل أن تكون إذا كان يضر بروتين. انها قيد التطوير النشط, وذلك في محاولة من ذلك. وإذا كان هناك الميزات التي يمكن أن تستخدم, توحي لهم. راجع VAI الصفحة لمزيد من.

وهنا التفاصيل عبر بريدهم الإلكتروني, ولكن الاشتراك في “أعلن” قائمة بريدية للحصول على هذه الأخبار مثل هذا في علبة الوارد الخاصة بك إذا كنت ترغب أيضا:

[ربط الأصلي في قائمة موقع البريدية]

مرحبا بكم جميعا,

من أجل مساعدة الباحثين في تحديد الأولويات والتأشير الآلاف
من المكالمات البديل من المشاريع التسلسل, وقد وضعنا البديل
دمج الشرح (VAI). في ضوء مجموعة من المتغيرات التي تم تحميلها باعتبارها
المسار المخصص (إما في شكل pgSnp أو VCF), سوف الفاي العودة
تأثير وظيفي وتوقع (على سبيل المثال, مرادف, مغلطة, انزياح الإطار,
intronic) لكل متغير. والفاي يمكن اختياريا إضافة عدة أخرى
أنواع المعلومات ذات الصلة, بما في ذلك: المعرف dbSNP إذا كان
تم العثور على البديل في dbSNP, عشرات الضرر البروتين للمتغيرات مغلطة
من قاعدة بيانات التوقعات وظيفي غير مرادف (dbNSFP), و
عشرات الحفظ حسابها من التحالفات متعددة الأنواع. والفاي أيضا
تقدم مرشحات للمساعدة في تضييق النتائج إلى المتغيرات الأكثر إثارة للاهتمام.

وسوف تشمل الإصدارات المستقبلية من الفاي أكثر الإدخال / رفع الصور خيارات,
تنسيقات الإخراج, وخيارات الشرح, وطريقة لإضافة المعلومات
من أي مسار في متصفح الجينوم, بما في ذلك المسارات المخصصة.

هناك طريقتان للانتقال إلى الفاي: (1) من “أدوات” القائمة,
يتبع “البديل متكامل الشرح” رابط. (2) بعد تحميل أحد
المسار المخصص, ضرب “انتقل إلى البديل تكامل الشرح” زر. و
دليل المستخدم في الجزء السفلي من الصفحة, تحت “باستخدام متغير
دمج الشرح.”

كما هو الحال دائما, نحن نرحب بأسئلتكم وردود الفعل على بالنشرة العامة:
genome@soe.ucsc.edu.


بروك Rhead
الجينوم UCSC المعلوماتية الحيوية المجموعة

 

تلميح فيديو للأسبوع: 1000 متصفح الجينوم DataSet من NCBI


صدر مؤخرا NCBI النشرة الإخبارية اعلنت الافراج عن مورد جديد اسمه 1000 مجموعة بيانات الجينوم المستعرض, وهذا هو المورد الذي سوف أكون يضم في هذه الحافة. أنها واحدة من الأدوات المتاحة من خلال جديدة NCBI التغير الموارد الصفحة, والذي يتميز أيضا الموارد مثل dbSNP, dbVar, dbGaP و ClinVar (وكثير منها OpenHelix ديه دروس لل) وكذلك الأدوات الأخرى الاختلاف – اختلاف مراسل (نسخة ما قبل الإصدار), إعادة رسم خريطة السريرية (الإصدار بيتا) و النمط الظاهري - الوراثي متكامل.

قبل أن أناقش في NCBI 1000 مجموعة بيانات الجينوم المستعرض, ويهمني ان اشير لقضاء بعض الوقت على 1000 مشروع الجينوم, من أجل التمييز بين ما هو من NCBI وما هو من المشروع نفسه. من 1000 الجينوم التجريبي الورق:

“والهدف من 1000 مشروع الجينوم هو اكتشاف, النمط الجيني والنمط الفرداني توفير معلومات دقيقة بشأن جميع أشكال تعدد الأشكال DNA الإنسان في المجتمعات البشرية متعددة. على وجه التحديد, والهدف من ذلك هو تميز أكثر 95% من المتغيرات التي هي في متناول المناطق الجينية الحالية تقنيات التسلسل عالية الإنتاجية والتي لديها تردد أليل من 1% أو أعلى (التعريف الكلاسيكي للتعدد الأشكال) في كل خمس مجموعات السكانية الرئيسية (السكان في أو مع أصول من أوروبا, شرق آسيا, جنوب آسيا, غرب أفريقيا والأمريكتين).”

يمكنك الوصول إلى ورقة كاملة من الرابط أدناه. المشروع قد انتقلت الآن الماضي المرحلة التجريبية ويتم اصدار بيانات جديدة في كل وقت. يمكنك أن ترى إعلانات وتفاصيل المشروع, أو وصول إلى هذه البيانات, من خلال رسمي 1000 مشروع الجينوم موقع, أو من خلال مسؤول 1000 نسخة الجينوم من Ensembl المستعرض. كما قد تتخيل ل “البيانات الكبيرة” مشروع مثل هذا, تمت إضافة البيانات إلى مجموعة متنوعة من قواعد البيانات NCBI, بما في ذلك dbSNP, و قراءة تسلسل الأرشيف (SRA) و العينة البيولوجية. على الرغم من أن يمكن أن تقوم بالبحث عن هذه البيانات من خلال النظام العالمي Entrez البحث, سابقا لعرض البيانات سيكون لديك لعرض النتائج الفردية في كل قاعدة بيانات منفصلة. و 1000 تم إنشاء متصفح الجينوم في NCBI كواجهة قوية للبحث شامل لل, وعرض, 1000 الجينوم البيانات الواردة في موارد NCBI على صفحة واحدة.

في الطرف الفيديو وسوف تعرف بكم في مناطق مختلفة من الصفحة - يتم إنشاء متصفح مع سلسلة من الحاجيات, كل وظيفة خاصة بها. وأنا لن تكون قادرة على تغطية كافة الميزات, أو شرح كيفية يمكن للمستخدمين تحميل بياناتهم الخاصة الاختلاف إلى المستعرض – سأترك لك متعة استكشاف تلك بنفسك. لأن الأداة حتى الشباب, لا تزال البق واقتراحات / تعليقات المطلوبة بنشاط – إذا كنت تجد شيئا, إطلاعك على أسئلة وأجوبة (البق التي تناقش في مختلف مراحل يجري الثابتة) والبريد الالكتروني ثم فريق.

روابط سريعة:
NCBI النشرة إعلان يوليو 20, 2012: http://1.usa.gov/RQu5dR

NCBI التغير الصفحة: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/

نكبي 1000 متصفح الجينوم الصفحة:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

1000 مشروع الجينوم موقع: http://www.1000genomes.org/home

و 1000 الجينوم إصدار مشروع محدد لل Ensembl المستعرض:
http://browser.1000genomes.org

مرجع:
و 1000 مشروع الجينوم كونسورتيوم (2010). خريطة الجينوم البشري من التباين من السكان على نطاق التسلسل طبيعة, 467, 1061-1073 دوى: 10.1038/nature09534

NHGRI مناقشة الاختلاف بث مباشر الإنسان الآن [تسجيل المتاحة]

هناك لقاء الذهاب على أن الناس اليوم قد تكون مهتمة في أعقاب إذا كنت ترغب في تحليل التباين الإنسان. هنا كيف ووصف كريس غونتر على G ليلة أمس:

لالمهوسون الوراثة خطيرة: الاجتماع الذي نظمته دانيال ماك آرثر ونفسي (مع الكثير من المساعدة من الزملاء!), تورط في تسلسل المتغيرات الأمراض التي تصيب البشر, وهنا تدفق الحية. على سمسم 9 هذه الليلة وغدا أكثر من خلال يوم عمل.

لقد تم الحديث عن كيفية القيام بتحليل على مواقعهم, احتياجات لقواعد البيانات الجديدة لدعم ما يجدون, أفضل السبل لتقرير الاختلاف في الأدب, وأكثر.

يعيش تيار هنا: http://www.genome.gov/27549959

يجب تسجيل الفيديو تكون متاحة في وقت لاحق.

تلميح فيديو للأسبوع: SNPeffect 4.0


أحد الأسئلة الأكثر شيوعا نسمع عندما نفعل حلقات العمل: كيف يمكنني معرفة ما إذا كان هذا الحزب الوطني الاسكتلندي له تأثير على البروتين المفضلة? جيد, هذا ما على افتراض أنه هو الحزب الوطني الاسكتلندي الترميز. بالطبع, والنيوكلوتايد المروج والنيوكلوتايد الربط وغيرها من الميزات تكون كبيرة لتقييم وكذلك. الآن, رغم أن, الأدوات الأكثر نضجا هي تلك التي تبحث في الآثار المترتبة على الاختلاف على الترميز من الأحماض الأمينية في البروتينات.

لقد تحدثنا من قبل عن بعض الأدوات اللازمة لهذا, بما في ذلك PolyPhen2 و نخل. وسوف تقدم كل واحد منهم خوارزميات مختلفة والخيارات التي قد تساعدك لاستكشاف النيوكلوتايد الخاص. ولكن وسيلة أخرى غير المتاحة التي يجب أن تقوم بمراجعة كذلك: SNPeffect 4.0.

SNPeffect ليست جديدة–وقد تم تطوير هذا الفريق لبعض الوقت. ولكن على ورقة الأخيرة التي تصف الميزات الجديدة في 4.0 حفزت نسخة لي لإلقاء نظرة جديدة على هذا. هناك بعض الأمور الأساسية التي تعتبر مهمة للتعرف على جمع البيانات في قاعدة البيانات الخاصة بهم. انها ليست مجرد إعادة تجزئة dbSNP–أنها تعتمد في الواقع على مصدر آخر للبيانات الاختلاف. انهم يستخدمون UniProt مجموعة من البروتينات البشرية كنقطة انطلاق. إذا كنت لم تستخدم كثيرا UniProt, قد لا يكون على بينة من مدى اختلاف أنهم التسويقي وتخزين التي تم تحديدها في البروتينات (نحن تغطي هذه في برنامجنا التعليمي*). فريق SNPeffect يأخذ تلك الاختلافات وتقييم تأثيرها على بروتين مع مجموعة متنوعة من الخوارزميات. وبعض الاختلافات تتوافق مع مقالات dbSNP–لكن ليس كل منهم القيام به. قد تجد أن الأمور هنا لن تجد في dbSNP. لذلك أود أن أقول انه يستحق استكشاف البروتينات اهتمامك هنا كذلك.

الخوارزميات التي يستخدمونها تقديم معلومات عن عدد من الميزات من البروتين. تانغو وفالس تقييم تجميع البروتين وتشكيل اميلويد. عالم النسيان يقيم ملزم كوصي. ومن المتوقع أن الاستقرار الهيكلي من قبل FoldX (إذا كان هيكل مناسب متاح). أنها تستخدم أيضا SMART * و Pfam * لمعرفة ما إذا كان الاختلاف يحدث داخل المجالات من البروتين. هناك بعض الأدوات الأخرى مع ميزات أكثر بروتين درست أيضا. تحقق من ورقة لمزيد من التفاصيل.

يمكنك أيضا تقديم البروتينات التي تهم جناح تحليلهم من “يقدم على وظيفة جديدة SNPeffect” الروابط.

ميزة جديدة سلط الضوء في ورقتهم هو فرصة للقيام التحليل التلوي على مجموعات من الاختلافات. يمكنك استكشاف ملامح من مجموعة من المتغيرات في هذا السبيل, باستخدام خوارزميات مختلفة يقدمونها.

هذا فيديو قصير يتناول خط أنابيب, الواجهة الأساسية, وبضع صفحات عينة. ولكن انت تريد ان تتجاوز وجرب أكثر معرفة الكثير عن البروتينات المفضلة لديك. هناك الكثير من المعلومات التي يمكن أن يخرج من هذا قد لا يكون لديك معروفة من قبل. التحقق من ذلك.

*دروس OpenHelix لهذه الموارد متاحة للشراء الفردية أو من خلال الاشتراك

روابط سريعة لموارد ناقش:

SNPeffect 4.0 http://snpeffect.switchlab.org/

PolyPhen 2 http://genetics.bwh.harvard.edu/pph2/

نخل http://sift.jcvi.org/

مرجع:

دي Baets, غ., فان Durme, ج., Reumers, ج., مورير، Stroh, س., Vanhee, P., Dopazo, ج., Schymkowitz, ج., & روسو, F. (2011). SNPeffect 4.0: على الخط التنبؤ الآثار الجزيئية والهيكلية للبروتين ترميز المتغيرات أبحاث الأحماض النووية, 40 (D1) دوى: 10.1093/nar/gkr996

نصائح فيديو للأسبوع: الاستعراض السنوي الرابع, 2الثانية half

كما قد تعلمون, لقد كنا نفعل هذه الفيديو نصائح من بين أيام الأسبوع ، إلى FOUR سنوات حتى الآن. أكملنا حول 200 مقدمات طعام شهي القليل من الموارد المختلفة من العام الماضي, 2011 (موافق, انها 2012 الآن). في نهاية السنة لقد أقمنا نوعا من التقليد عطلة: نحن نقوم بإعداد ملخص آخر لجمع كل منهم. إذا كان لديك أي غاب منهم انها طريقة رائعة لإلقاء نظرة سريعة على ما قد يكون من المفيد لعملك.

يمكنك ان ترى السنوات الماضية’ نصائح هنا: 2008 في, 2008 الثاني, 2009 في, 2009 الثاني, 2010 في, 2010 الثاني. و ملخص في النصف الأول من 2011 يتوفر من الاسبوع الماضي.

يوليو 2011

يوليو 6: أولويات الجينات باستخدام بوابة أولويات الجينات

يوليو 13: PolySearch, تبحث العديد من قواعد البيانات في وقت واحد

يوليو 20: الإنسان محور التصور Epigenomics

يوليو 27: وSIB جديدة من الموارد المعلوماتية الحيوية البوابة

 

آب / أغسطس 2011

آب / أغسطس 3: SNPexp, العلاقة بين تعدد الأشكال والتعبير الجيني

آب / أغسطس 10: CompaGB لمقارنة الجينوم برنامج المتصفح

آب / أغسطس 17: انتزاع, بمقارنة الجينومات النظر

آب / أغسطس 24: رسم المخططات نطاق لعزر سريعة

آب / أغسطس 31: من UniProt إلى SBKB المبادرة والعودة مرة أخرى

 

سبتمبر 2011

سبتمبر 7: علم الجينوم المقارن باستخدام محطة بلازا

سبتمبر 14: phiGENOME لجينوم البكتيريا الاستكشاف

سبتمبر 21: الحصول على تسلسل الجينوم المرافقة للمواقع

سبتمبر 28: مقدمة إلى R البرامج الإحصائية

 

أكتوبر 2011

أكتوبر 5: للحصول على معلومات الموارد VND الاختلاف الجيني والمخدرات

أكتوبر 12: موزع المسار في متصفح الجينوم UCSC

أكتوبر 19: الميتوكوندريا Transcriptome على GBrowser

أكتوبر 26: تباين البيانات من Ensembl

 

تشرين الثاني 2011

تشرين الثاني 2: MizBee تصاحب جيني المستعرض

تشرين الثاني 9: قاعدة بيانات جديدة من المتغيرات الجينومية: DGV2

تشرين الثاني 16: MapMi, آلية تعيين الموضع من microRNAأنا

تشرين الثاني 23: BioMart البوابة المركزية الجديدة

تشرين الثاني 30: Phosphida, قاعدة بيانات بعد تعديل متعدية

ديسمبر 2011

ديسمبر 7: VarSifter, لتحديد تسلسل الاختلافات الرئيسية

ديسمبر 14: تغييرات كبيرة على الموارد الوراثية وNCBI

ديسمبر 21: شراب البيض للعطلات (أو لاستكشاف الجينات orthologous)

ديسمبر 28: نصائح فيديو للأسبوع: الاستعراض السنوي الرابع (النصف الأول من 2011)

تلميح فيديو للأسبوع: بيانات الاختلاف من Ensembl

قدم لي في هذا تراي “جمع لائق من دروس الفيديو ” من Ensembl, لكنه ومريم هي حاليا في المغرب ورشة عمل تدريس المعلوماتية الحيوية لمدة 3 أيام & ثم حضور المؤتمر (نعم, أنا حسود!). ولذلك فإنني خلق غيض هذا الاسبوع استنادا إلى الدروس التي تري أشار لي إلى. في تلميح اليوم وانا ذاهب الى موازية تعليمي المتاحة من Ensembl على المعلومات SNP من أجل كل: 1) تظهر لك الخمان يمكنك الحصول على المعلومات من التباين وEnsembl 2) قارن بين هذه الخطوات القيام به Ensembl 64 (هنا في هذا الفيديو) واستخدام Ensembl 54 (أرشفة) (في شريط الفيديو Ensembl).

موارد العلوم الحيوية غالبا ما يجري تطويرها بشكل مستمر وتحسين & قد يكون من الصعب للحفاظ على أشرطة الفيديو والوثائق تصل إلى التاريخ. لهذا السبب نحن هنا في OpenHelix العمل مستمر لحفظ المواد لدينا ما يصل إلى التاريخ, مع نصائح الأسبوعية على ميزات جديدة وتحديث البرامج التعليمية والمواقع المحدثة تصبح مستقرة.

الفيديو Ensembl (النيوكلوتايد والاختلافات الأخرى – 1 من 2) هو لطيف جدا & يوفر المزيد من التفاصيل حول البيانات الفعلية Ensembl مما أستطيع في فيلمي القصير, لكنها لم تفعل ذلك منذ بضع سنوات على نسخة قديمة من Ensembl. منذ ذلك الحين تم تحديث المورد, ومرت عدة إصدارات جديدة من البيانات. انا ذاهب الى اتباع نفس الخطوات التي تتم في الجزء الأول من البرنامج التعليمي SNP Ensembl بحيث يمكنك أن ترى أمثلة على ما الذي تغير & ما هو الى حد كبير نفس. فما استقاموا لكم فاستقيموا أقترح عليك مشاهدة أشرطة الفيديو على حد سواء للعودة إلى الخلف للحصول على فكرة جيدة عن ما الذي تغير, وماذا عن أنواع المعلومات المتوفرة من التباين Ensembl. من هذا المنطلق أنا متأكد أنك سوف تكون قادرة على مشاهدة الفيديو Ensembl في الحزب الوطني الاسكتلندي second & تطبيقه على استخدام الإصدار الحالي من دون الكثير من المتاعب Ensembl. لمزيد من التفاصيل يمكنك الرجوع إلى ورقة Ensembl الأخيرة في مسألة قاعدة البيانات NAR, المعلومات التي تصف ليس فقط ولكن الاختلاف Ensembl ككل.

وصلات سريعة:

Ensembl المستعرض: http://www.ensembl.org/index.html

إرث Ensembl المستعرض (إطلاق 54): http://may2009.archive.ensembl.org/index.html

Ensembl التعليمي, جزء 1 من 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=208

Ensembl التعليمي, جزء 1 من 2: http://useast.ensembl.org/Help/Movie?id=211

المواد OpenHelix Ensembl التعليمي: http://www.openhelix.eu/cgi/tutorialInfo.cgi?id=95

Ensembl ملف قائمة: http://useast.ensembl.org/common/Help/Movie?db=core

مرجع:
Flicek, P., آخن, ب., بالستر, ب., بيل, ك., براغين, E., برنت, س., تشن, Y., كلافام, P., كوتس, غ., فيرلي, س., فيتزجيرالد, س., فيرنانديز Banet, ج., غوردون, L., عد, س., حيدر, س., هاموند, م., هوي, ك., جينكينسون, أ., جونسون, ن., Kahari, أ., كيفي, د., كينان, س., كينسيلا, ر., Kokocinski, ف., Koscielny, غ., Kulesha, E., لوسون, د., Longden, I., Massingham, ت., ماكلارين, دبليو., انتقل, ك., Overduin, ب., بريتشارد, ب., ريوس, د., روفييه, م., شوستر, م., مسقف, غ., سميدلي, د., Spudich, غ., مسحة, Y., Trevanion, س., Vilella, أ., طائر, ج., أبيض, س., وايلدر, س., Zadissa, أ., Birney, E., كننغهام, ف., دنهام, I., دوربين, ر., فيرنانديز سواريز, عاشرا, حداد, ج., هوبارد, ت., باركر, أ., راقب, غ., سميث, ج., & سيرل, S. (2009). Ensembl في العام 10 أبحاث الأحماض النووية, 38 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkp972

تلميح فيديو للأسبوع: الموارد VND للمعلومات الجينية والدواء البديل


نصيحة في اليوم وانا ذاهب لميزة الموارد التي وجدت مؤخرا. لقد تم تحديث البرنامج التعليمي لدينا dbSNP, مريم التي & وسوف يتم تقديم تراي في ورش عمل في المغرب, وأيضا لدينا PDB تعليمي مجاني, الذي ترعاه RCSB PDB فريق. لقد تم التفكير في ذلك الهياكل بروتين تسلسل والاختلافات الصغيرة كثيرا في الآونة الأخيرة. كما بحث لي العدد الأخير من قاعدة البيانات NAR يبحث عن الموارد اللازمة للقيام طرف على, لقد وجدت مقالا يصف VND (اختلاف وراثي والدواء) مورد, ويمكن أيضا التي يمكن الوصول إليها على العنوان www.vandd.org, وفقا للمادة NAR. هذه المادة هو “VND: هيكل قاعدة بيانات مركزية للأمراض ذات الصلة النيوكلوتايد والمخدرات“, و من شخص آخر يظهر حقيقية هوز هو من البروتين, تفاوت الموارد والمرض, اضطررت للتحقيق.

ما وجدته في VND جعلني على يقين من أن هذا هو مورد أردت أن الميزة في تلميح. هو من VND مركز الكورية Bioinformation, أو KOBIC, الذي لديه قائمة قواعد البيانات والأدوات التي يقدمونها. أنا انقاذ ما تبقى من موارد عن وظيفة أخرى KOBIC & التركيز على VND هنا. تجميع البيانات من الموارد مثل RefSeq, OMIM, UniProt, الناتج المحلي الإجمالي, DrugBank, dbSNP, GAD وربما كانت أكثر باردا بما فيه الكفاية, اعتمادا على كيفية القيام بذلك, ولكن لا VND أيضا على النمذجة هيكل الخاصة حول كيفية تحليل التباين يؤثر على بنية البروتين والمخدرات / يجند ملزم.

هذا الفيلم هو غيض يست طويلة بما يكفي لإظهار حقيقة اتساع لك ما هو متاح من VND, ولكن آمل أن يكون كافيا لتشجيع لك قراءة المقال NAR (المذكورة أدناه), وللتحقق من VND. شيء واحد أن نلاحظ: لا تتوقع أن تجد كل التمرير dbSNP # هناك – واحدة أن أنا أستعمل في البرنامج التعليمي لدينا ليست هناك. مهتمون على وجه التحديد في الاختلافات داخل الجينات التي قد تؤثر المخدرات ملزمة. لكن مهلا, لا يمكنك الاستعلام DrugBank مع ليالي # RS, وأنا لم أر في ذلك مثل النمذجة هيكل VND, لذا فهي تستحق الموارد التي قد ترغب في التحقيق إذا كنت مهتما في كيفية التواصل مع الاختلافات الوراثية علاجات المرض والمخدرات.

وصلات سريعة:

VND: الاختلافات وأدوية الموارد - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

مركز الكورية Bioinformation (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB -- المتشعب://www.pdb.org

دروس OpenHelix على PDB RCSB -- http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: الاختلافات الوراثية قصيرة, من NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

دروس OpenHelix على dbSNP NCBI ل-- http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

لذكرها وصلات إلى موارد أخرى والدروس OpenHelix في هذا المنصب, يرجى الاطلاع على موقعنا من الموارد -- http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

مرجع:
الذي, ج., يا, س., لي, غ., متنزه, س., كيم, دبليو., لي, ب., & لي, S. (2010). VND: هيكل قاعدة بيانات مركزية للأمراض ذات الصلة النيوكلوتايد والمخدرات أبحاث الأحماض النووية, 39 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkq957