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Video Tipp der Woche: UniProt Aktuelles, jetzt einschließlich beweglicher Bett-Dateien

UniProt ist eine der Kernressourcen, die enorm wichtig kuratierten Informationen über Proteine ​​bietet. Finden Sie Links zu UniProt in vielen anderen Tools und Datenbanken sowie zu finden, aber wir haben immer verfochten werde dort direkt für den vollen Blick auf all die breite Palette von Informationen, die sie bieten. Ihre Gründung vor solide, aber auch weiterhin neue und nützliche Features, im Laufe der Zeit hinzufügen. Vor kurzem ein Webinar, um einige der neuen Dinge zu beschreiben mussten sie, und die Aufnahme dieses Webinar wird in dieser Woche Video Tip fo der Woche.

Das Video beginnt mit einem Überblick über die gesamte UniProt Website. Der Kern ihrer großartige Ressource ist die gleiche, natürlich. UniProtKB, UniRef, und UniParc sind für verschiedene Wege, um für die Daten zu suchen. Das handliche Proteome Sammlung der Proteine, die in einer bestimmten Art ist verfügbar, und sie haben auch Referenz Proteome von diesem Zugangspunkt. Es gibt einen kurzen Abschnitt im Video, das ein Führer zu den grundlegenden Suchfunktionen ist.

Über 9 Minuten in sie einzuführen, die UniRule Annotation-Features. Wenn bestimmte Bedingungen erfüllt sind, eine Anmerkung wird auf ein Protein angewendet–die Sie aus dem Protein-Seiten, indem Sie auf den Link UniRule für diese Annotation verfolgen können. unirule_sampleUnd deren Software bietet eine sehr coole Art zu schauen und zu sehen, wie / wann Vereinbarungen gelten. Es wird eine Entscheidung Strömungspfad laden und zeigt auf, was die logischen Regeln wurden in diesem speziellen Fall verwendet, so können Sie sie zu verfolgen und zu verstehen, wie ein Protein, das eine gegebene Einzelteil erhielten. Das ist, was ich zu veranschaulichen im Screenshot hier.

Über 14 meine, ist das Thema der neuen Genome Annotation Tracks verändert. They now offer you a way to take their annotations for a UniProtKB entry and use them with a separate genome browser. Sie euch Bett oder BigBed Dateien für verschiedene Funktionen. Sie können auch die ganze Sache zu laden als Hub-Datei, um alle Folgestrukturdaten auf einmal zu sehen. Sie sind artspezifische, und mit menschlichen begonnen, aber andere kommen. Sie können sie von dem Access “Downloads” Bereich der Homepage. Das Video auch dort beschrieben ein wenig über die Struktur als auch. So konnte man diese Dateien zu übernehmen ENSEMBL oder UCSC Genome Browser und laden Sie sie, mit all den UniProt verfügt nun zu den bestehenden genomischen Kontext bei diesen Browsern vergleichen. Sie veranschaulichen, wie Sie bei der Suche “aktive Seite” Anmerkungen, Sie können aber auch bei Post-Übersetzung Modifikationsstellen suchen, Domains, usw.. Dies war ein Feature, das mir neu war, und sieht aus wie eine tolle Idee.

Also selbst wenn Sie denken, Sie wissen, UniProt, sehen Sie sich diese neue Optionen für die weiteren Möglichkeiten, mit dem qualitativ hochwertige Informationen, die sie interagieren. Good stuff.

Quick-Links:

UniProt: http://www.uniprot.org/

Referenz:

Die UniProt Consortium (2014). UniProt: eine Drehscheibe für Proteininformationen Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/Granatapfel / gku989

Was ist die Antwort? (Proteine ​​ohne Gene in den db)

In dieser Woche markierte Diskussion bietet einen Blick auf einige seltsame Situationen in öffentlichen Datenbanken. Manchmal gibt es Dinge fehlen, dass man nicht ganz herausfinden. Ich dachte, die Erforschung, warum dies passiert war interessant und informativ über die Arbeit mit Datenbanken.


Biostars ist ein Ort für die Nachfrage, Beantwortung und Diskussion Bioinformatik Fragen und Probleme. Wir sind Mitglieder der Biostars_logo Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei Biostars, die relevant für unsere Leser (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung einer dieser Artikel oder Diskussionen hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei Biostars.


In dieser Woche markierte Thema auf Biostars ist einer von denen, die wirklich rätselhafte Begegnung zu sein. Aber aufgrund der Art Datenbanken kuratiert, manchmal gibt es seltsame Situationen, die keinen Sinn machen auf den ersten Blick. Manchmal sind echte Bugs–aber manchmal sie Entscheidungen, die getroffen, um einige seltsame Merkmal der Biologie, die nicht mit einer Datenbankkonfiguration wird ausrichten zubringen hatte sind.

Frage: Proteine ​​ohne Gene ? Ist das überhaupt möglich ?

Hallo an alle,

Ich freue mich auf einige Massen spec Daten.
Ich fand mehrere Fragmente Zuordnung zu Ig-Schwerketten-V-II-Region WAH Protein und will entsprechende Gen zu finden.

Beispiel http://www.uniprot.org/uniprot/P01770

Uniprot Screenshot
Uniprot sagt der Gen-Namen “NULL”. Ist das eine Anmerkung Fehler oder eine Besonderheit der Ig-Regionen fehle ? Ich möchte mehrere Proteine ​​mit dieser Art von Namen, um Gene Karte.

  • Cluster von Ig Region der schweren Kette V-I HG3
  • Cluster von Ig Region der schweren Kette V-II SESS
  • Cluster der schweren Ig-Ketten-V-III-Region BRO
  • Cluster von Ig Lambda-Ketten-V-I-Region NEW
  • Cluster von Ig lambda-Kette Region V-II BUR
  • Ig-Schwerketten-V-II-Region WAH
  • Ig-Schwerketten-V-III-Region ABER
  • Ig-Schwerketten-V-III-Region GAL
  • Region der schweren Ig-Ketten-V-III NIE
  • Ig-Schwerketten-V-III-Region WEA
  • Region Ig kappa-Ketten-V-I-Kue
  • Region Ig kappa-Ketten-V-I Wes
  • Region Ig kappa-Ketten-V-III VG (Fragment)
  • Ig-lambda-Ketten-V-III-Region LOI
  • Ig-lambda-Ketten-V-III-Region SH
  • Ig-lambda-Ketten-V-V-Region DEL

Wie kann ich diese an entsprechende Gen Namen zugeordnet ?

Gedanken ?

Khader Shameer

Gestützt worden in Kuration beteiligt, Ich kann sehen, wie diese durchsickerte. Aber es gab eine große Antwort von der UniProt Leute sich im Gewinde. Und Input von anderen auch. Ich dachte, die Diskussion war faszinierend. Gehen Sie einen Blick auf das Ergebnis.

 

Bekanntgabe der Aktualisierung Tutorial Materials: UniProt, Übersicht der Genome Browser, und World Tour von Ressourcen

Wie viele von Ihnen wissen,, OpenHelix ist spezialisiert auf den Menschen hilft, Zugang und nutzen die Goldmine des öffentlichen bioscience Daten, um die weitere Forschung. Eine der Möglichkeiten, dass wir dies tun, ist durch die Schaffung von Materialien zu trainieren Menschen – Forscher, Kliniker, Bibliothekare, und wer in der Wissenschaft interessiert - auf, wo man Daten, die sie daran interessiert sind, finden, und wie man Daten bei bestimmten öffentlichen Datenbanken und Daten-Repositories zugreifen. Wir haben über habe 100 solche Tutorials auf alles aus PubMed zum Functional Glycomics-Gateway (dazu später mehr).

Darüber hinaus schafft diese Tutorials, wir verbringen auch viel Zeit, um sie genaue und up-to-date. Dies kann eine Herausforderung sein, vor allem, wenn viele Datenbanken oder Ressourcen haben alle Major-Releases um die gleiche Zeit. Unser Team prüft und aktualisiert ständig unsere Materialien und in diesem Beitrag Ich bin glücklich, vor kurzem veröffentlichten Updates zu drei unserer Tutorials ankündigen: UniProt, World Tour, und Übersicht der Genome Browser.

Unsere Einleitende UniProt Tutorial zeigt dem Nutzer, wie man: Text sucht bei UniProt für relevante Protein Informationen, Suche mit Sequenzen als Ausgangspunkt, verstehen, die verschiedenen Arten von UniProt Aufzeichnungen, und erstellen Multi-Sequenz-Alignments von Protein Datensätze mit Clustal.

Unsere Übersicht der Genome Browser stellt Nutzern zur Einführung Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, der Integrierte mikrobielle Genome (IMG) Browser, und die GBrowse Software-System. Wir haben auch auf berühren WebGBrowse, JBrowse, der Integrative Genomics Viewer (IGV), der ARGO Genome Browser, der Integrierte Genome Browser (IGB)Schar, und die Circular Genome-Viewer, oder CGView.

Unsere World Tour für Genomik Resources ist kostenlos und ohne Registrierung zugänglich. Es beinhaltet eine Führung durch Beispiel Ressourcen, organisiert nach Kategorien wie Algorithms and Analysis Tools, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (beide Eukaryotische und Prokaryotic / Mikrobielle) , Literatur-und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf konzentrierte Nukleotide, Proteine, Wege, Krankheit und Variation. Diese Haupt-Diskussion wird dann in eine Diskussion darüber, wie die Ressourcen mit den freien finden führen OpenHelix Ressource Search Portal, gefolgt von Lern-Ressourcen mit OpenHelix-Tutorials, und eine Diskussion über zusätzliche Methoden des Lernens über Ressourcen.

Quick Links:

OpenHelix Einleitende UniProt Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix Übersicht Genome Browser Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Kostenlose OpenHelix World Tour für Genomik Ressourcen Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


NAR-Datenbank Problem (immer eine Fundgrube)

Das Voraus Zugang Freisetzung der meisten der NAR-Datenbank Ausgabe Artikel wird. Wie üblich, Diese Ausgabe enthält diese Datenbank eine Fülle von neuen und aktualisierten Datenbeständen und Analyse-Tools. Wir werden schriftlich zusätzliche umfangreichere Blog-Beiträge auf sie und machte ein paar Tipps der Woche in den nächsten paar Monaten, aber ich dachte, ich würde das Problem und einige der Berichte Highlight:

Es gibt eine Menge über Aktuelles zu viele Datenbanken wir kennen und lieben (Links zu Volltexten Artikels sprengen): UCSC Genome Browser, Ensembl, UniProt, MINT, SMART, WormBase, Gene Ontology, ENCODE, KEGG, UCSC Archaebakterielle Browser, IMG / M, DBTSS, InterPro und andere (Wir haben Tutorials zu allen aufgelisteten hier).

Und, als Indiz für die Explosion der verfügbaren Daten (selbst zum Gegenstand einer Datenbank Problem Artikel, SRA), Es gibt eine Menge neuer(ish) Datenbanken auf bestimmte Datentypen wie MINES, eine Datenbank von Metallionen in Nukleinsäuren (schönen Namen :D); Dorine, eine Datenbank der RNA-Wechselwirkungen in post-transkriptionellen Regulation; BitterDB, eine Datenbank der bitteren Verbindungen und weit über 100 mehr.

Und ich gebe eine besondere shout out zu meiner ehemaligen PI am EMBL, weil ich kann, Peer Bork Gruppe hat 4 Datenbanken in der Frage genannten: Eierlikör, SMART, STITCH und OGEE. (und er und ein paar Mitglieder sind auf die InterPro Papier auch).

Das wird eine Fülle von Informationen zu durchwaten werden!

UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu
Ensembl: http://www.ensembl.org/
UniProt: http://www.uniprot.org/
MINT: http://mint.bio.uniroma2.it/mint/
SMART: http://smart.embl.de/
WormBase: http://www.wormbase.org/
Gene Ontology: http://www.geneontology.org/
ENCODE: http://genome.ucsc.edu/ENCODE/
KEGG: http://www.kegg.jp
UCSC Archaeal Brower: http://archaea.ucsc.edu/
IMG: http://img.jgi.doe.gov/cgi-bin/w/main.cgi
DBTSS: http://dbtss.hgc.jp/
InterPro: http://www.ebi.ac.uk/interpro

 

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World Tour von Workshops, jüngsten Anschlag: Marokko, Afrika

Trainer & Veranstalter

Letztes Jahr hatte ich die Gelegenheit, einen geben Workshop in Ifrane Marokko (UCSC Genome und Tabelle Browser, Galaxy) bei Al Akhawayn Universität. Dieses Jahr, Mary und ich kehrte für einen längeren 3-Tages-Workshop an Universität Hassan II in Mohammadia. OpenHelix war ein Co-Sponsor des Workshops (Spenden unserer Zeit, Materialien und Know-how). Der Workshop deckte eine Vielzahl von Themen aus einer Welt-Tournee von Ressourcen (Tutorial-frei) und einleitende UCSC Genome Browser (Tutorial-frei) und ENCODE (Tutorial-frei) zur Genom-Analyse in Variation dbSNP (Tutorial-Abo) und Analyse mit Galaxy (Tutorial-Abo). Sie können die gesamte Zeitplan der Themen Mohammadia Workshop-Programm hier (pdf).

Wie im letzten Jahr, waren wir mit den Studenten beeindruckt (es gab 117 gesamt, über 50/50 Geschlechterverhältnis). Englisch ist ihre 3. oder 4. Sprache in den meisten Fällen, Marokkanischen Arabisch, Französisch oder verschiedenen afrikanischen Sprachen, die der Sprache ihrer Wahl. Doch, sie waren aufmerksam und fragte sehr scharfsinnig und spannende Fragen. Sie waren auch sehr begeistert

Der Workshop Studenten

Lernende. Es war eine Freude, sie zu lehren.

Wir möchten danken Mohammed Bourde am NIH, wer verbrachte viel Zeit und finanzielle Ressourcen, um diese zu organisieren (und im letzten Jahr) Werkstatt. Wir hoffen, zu wiederholen und erweitern diese für das nächste Jahr und vielleicht in den kommenden Jahren. Wir werden für Sponsoren zu suchen.

Mehrere Fragen wurden in der Werkstatt gefragt, möchten wir die Antworten wiederholen Sie hier und suchen ein paar Antworten von unseren Lesern:

*Ein Student wurde für Weizen-Genom Ressourcen suchen für die Gestaltung von Grundierungen. Der Weizen-Genom ist noch unvollständig, aber es gibt einige Mittel, um loszulegen:
Wheat Genome Sequencing Consortium
Gramene Weizen-Ressourcen
Weizen Genetische und Genomic Resource Center @ Kansas State
Vielleicht auch COGE für konservierte Sequenzen
Herausgegeben hinzufügen:
CerealsDB und
James’ Beitrag auf dem Weizen Entwurf Reihenfolge könnte einen Einblick in die riesige Genom geben.
*Ein anderer Schüler fragte nach Dotplot Tools:
Galaxy bietet eine große Sammlung von Tools, einschließlich EMBOSS Dotplot Analyse, ebenso wie EBI Relief-Tool

* Eine weitere Frage betrifft Suche nach einem "dynamischen Programmierung’ (optimale Lösung) multiples Sequenz-Alignment-Tool, um eine Heuristik einen gegenüberliegenden. Das Problem dabei ist, die Komplexität des Suchraums der dynamischen Programmierung Lösung, Diese Folien-Set kann mit dem Verständnis helfen, Besonders Dias 1-5 und 17-22. Es ist noch zu rechenintensiv. Das sagte, der Student vielleicht prüfen wollen, MSAProps und diese Liste bei Wikipedia.

Sie unseren Lesern noch andere Hinweise zu diesem?

Teaching Moment

* Ein anderer Schüler fragte, ob wir wissen, wie DC-Bereich Praktika in den biologischen Wissenschaften finden. Ein anderer Schüler (Mathematiker aus Mali) war etwas in den USA in der Bioinformatik suchen. Irgendwelche Ideen von Programmen zur afrikanischen Biologie-Studenten in die USA oder Kanada zu bringen?

Wenn unsere marokkanischen Studenten (oder jemand anderes) weitere Fragen haben, wenden Sie sich bitte, sie hier zu fragen,!

 

Und eine Randnotiz. Letztes Jahr hatte ich alle 3 Stunden-Tour Fes. Dieses Jahr habe ich nutzte meine Reise. Mary und ich verbrachten ein paar Tage in Fes und Marrakesch. Meine Familie kam uns in Marrakech und später meine Familie und ich tourte für 8 Tage lang besuchen das Atlas-Gebirge, der Sahara und Fes. Unnötig zu sagen,, es war eine Reise des Lebens. Marokko ist ein faszinierendes und schöner Ort. Ich freue mich auf Ihren Besuch erneut.

Tore und Türen von Fes sind schön

Kamel Ausflug in die Sahara

 

 

 

 

Auf einer Mission für die Protein-Information

Es ist wahrscheinlich nur das menschliche Gehirn in der Lage, um Punkte zu verbinden & Muster finden, aber es kann interessant sein, wie viele “unabhängig” Veranstaltungen und Informations-Bits sammeln sich in meinem Kopf & schließlich in eine Idee oder Theorie Glühwein bekommen. Nehmen, zum Beispiel, einer aktuellen Biotech-Mischer, Bits aus einem Bildungs-Führung Serie & eine Vergangenheit, Nature-Artikel – jeder “Veranstaltung” hat in meinem Kopf schon mäandernden und jetzt sind sie ihren Weg als diesen Blog-Eintrag.

OK, nun die Erklärung: Bei einer kürzlich lokale Biotech-Veranstaltung hörte ich von einem Unternehmen (KeraNetics) Reinigung Keratinproteinen & mit ihnen zu therapeutischen und wissenschaftlichen Anwendungen entwickeln. Das Unternehmen & ihre Forschung klang sehr interessant & weil ein großer Teil davon ist auf Beihilfe verwundeten Soldaten gerichtet, es klang auch direkt von Vorteil. Die Rede war nur von kurzer, nur etwa 20 Minuten, so gab es kein viel Zeit für Details oder Fragen. Ich beschloss her Venture durch viele der biowissenschaftlichen Datenbanken und Ressourcen, die ich kenne und liebe, Um mehr über Keratin.

Meine Suche war sowohl Spaß und frustrierend, weil der Natur der Sache – Keratin ist “bekannt” (i. es kommt in der High School akademische Herausforderung Auswahlverfahren "eine Menge", nach jemand in der wissen), aber ist schwer zu verarbeiten (i. zäh, unlöslich, faserigen Strukturproteine) Das ist schwer zu viel allgemeine Informationen über finden in Ihrem durchschnittlichen Protein-Datenbank (da es viele verschiedene Genprodukte hergestellt, alle genannt “Keratin”). Ich beschloss, mein Abenteuer auf zwei meiner Lieblings-Protein Ressourcen beginnen, BIP & SBKB, aber ich fand keine Lösung Strukturen für Keratin. Aufgrund der Art, Modell-Organismus Datenbanken werden kuratiert und organisiert, I beginnen oft ein Protein suchen dort, nur um einige grundlegende Hintergrund, Gen-Namen, Sequenz-Information, usw.. In (natürlich) nichts gefunden außer ein paar GO Begriffe in der Saccharomyces Genome Database (SGD), aber ich fand Hunderte von Ergebnissen in beiden Mouse Genome Informatics (MGI) (660 genomische Funktionen) und Ratte Database (RGD) (162 rat genes, 342 menschliche Gene). Ich fand auch Gennamen (Krt *), Sequenzen und viele Zusammenfassung Anmerkungen mit Hinweisen auf Krankheiten mit Links zu OMIM. Als ich fragte für “Keratin”, in OMIM Ich habe 180 Hits, einschließlich 61 “klinischen synopsises”, in UniProt zurück 505 Bewertung Einträge und 2,435 Nicht freigegebene entiries, in Geben Protein 10,611 Ergebnisse und in PubMed 26,430 Artikel mit 1,707 Bewertungen. Ich habe meine Neugier KeraNetics’ Forschung mit einem PubMed erweiterte Suche nach Keratin in der abstrakten oder Titel satt & der PI Namen als Autor (search = “(Keratin[Titel / Abstract]) UND Van Dyke[Autor]“).

Ich landete mit einer Vielzahl von Informationen führt, dass ich durch gejagt haben, aber es war ein Spaß, bei dem ich viel gelernt über Keratin. Dies ist, wo die Bildung Zeug kommt in. Ich habe da eine Menge von Studien gehen, indem man über die Reform des Bildungswesens zu mehr Untersuchungen getrieben, und ich kann ganz sehen, wie das funktionieren kann. “Lernen” durch Auswendiglernen & Regurgitation ist trocken für alle & rau für die “Speicher in Frage gestellt”, wie ich. Mit einem Grund-oder Neugier zu erforschen, mit einem neuen Nugget von Daten oder Verständnis lauert hinter jeder Ecke, Informationen scheint nur in besser & bleiben länger. (OT, aber dachte, ich hätte eine verwandte Seiten erwähnen, dass ich heute gefunden w / einige nette Dinge: Mind / Shift-Wie wir lernen.)

Und ich konnte die erweiterte Suche in PubMed in den Anfang gemacht haben, aber was für ein Spaß wäre das haben? Außerdem gibt es eine Menge, die ich über Keratin gelernt, was ich nicht finden, so gab es kein Fülle von PDB Strukturen für Keratinproteinen. Das bringt mich zu dem Punkt am Ende in meinem Mullings – einen Artikel, dass ich über heute kam, als ich auf meine Lektüre Auftragsbestand gearbeitet: “Zu viele Straßen nicht getroffen“. Wenn Sie ein Abonnement für die Natur haben, können Sie lesen, aber die Hauptsache ist, dass die Forscher sind noch weitgehend mit Schwerpunkt auf die gleiche Gruppe von Proteinen, die sie für eine lange Zeit, denn diese sind die Proteine, für die es Recherche-Tools (Antikörper, chemische Inhibitoren, usw.). Die gleiche Art von Philosophie treibt die Protein Structure Initiative (PSI) Bemühungen, wie beschrieben hier. Sowieso, Ich fand den Artikel interessant & Übereinstimmung mit den Autoren allgemeine Vorschläge. Ich würde jedoch verlängern sie über diese physikalischen Forschung Werkzeuge & sagen, dass geht nach vorne Forscher mehr Daten-Analyse-Tools müssen, und Ausbildung, wie man sie benutzt – aber ich würde, würde ich nicht? :)

Referenzen:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mein J, Apel P, Klorig D, Smith T, Als LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). Die Verwendung von Keratin Biomaterialien aus menschlichem Haar für die Förderung der schnellen Regeneration von peripheren Nerven abgeleitet. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Zu viele Straßen nicht getroffen Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163ein

Video Tipp der Woche: VND Resource for Genetic Variation and Drug Informationen


In der heutigen Tipp, den ich gehe, um eine Ressource, die ich vor kurzem Funktion. Ich habe die Aktualisierung unserer dbSNP Tutorial, die Mary & Trey wird in Workshops präsentiert in Marokko, und auch unsere frei PDB Tutorial, die durch die geförderten RCSB HVE Team. Ich habe daher über Proteinstrukturen und kleinen Sequenzvariationen in letzter Zeit viel nachgedacht. Als ich erkundeten die Letzte Datenbank-Ausgabe des NAR Suche nach Ressourcen, um einen Tipp zu tun, Ich fand einen Artikel über die VND (genetische Variation and Drug) Ressource, die auch unter der URL zugegriffen werden www.vandd.org, nach dem NAR Artikel. Der Artikel ist “VND: eine Struktur-centric-Datenbank von krankheits-assoziierten SNPs und Drogen“, und Ziffer Eins zeigt eine veritable Who is Who der Proteinstruktur, Variation und Krankheit Ressourcen, so hatte ich zu untersuchen,.

Was ich bei VND fand mich sicher, dass dies eine Ressource, die wollte ich in ein Tipp-Funktion wurde. VND wird aus dem Korean Bioinformation-Center, oder KOBIC, wer hat eine Liste der Datenbanken und Werkzeuge, die sie anbieten. Ich werde den Rest der KOBIC Ressourcen für eine andere Stelle zu sparen & konzentrieren sich auf VND hier. Kompilieren von Daten aus Ressourcen wie RefSeq, OMIM, UniProt, BIP, DrugBank, dbSNP, GAD und hätte kühl genug haben, je nachdem, wie es geschah, aber die VND auch nicht ihre eigene Struktur Modellierung Analyse darüber, wie die Variation wirkt sich auf die Proteinstruktur und Drogen / Ligandenbindung.

Dieser Tipp Film ist nicht lang genug, um wirklich zeigen Ihnen die Bandbreite dessen, was von der VND zur Verfügung, aber ich hoffe, es wird genug sein, um Sie ermutigen, die NAR Artikel lesen (unten aufgeführten), und heraus zu überprüfen VND. Eine Sache zu beachten: erwarten Sie nicht, jeden dbSNP rs # find da drüben – eine, die ich in unserem Tutorial verwendet haben, ist nicht dort. Sie sind speziell in Variationen in Genen, die Wirkung Droge binden könnten interessiert. Aber hey, Sie können nicht abgefragt werden DrugBank mit rs # s, und ich habe nie die Struktur-Modellierung wie VND getan gesehen, so ist es ein würdiger Ressource, die Sie untersuchen möchten, wenn Sie daran interessiert, wie genetische Variationen mit der Krankheit und medikamentöse Therapien verbinden.

Quick-Links:

VND: Variationen und Drogen Ressource - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Korean Bioinformation-Center (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB - http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Short genetische Variationen, von NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

OpenHelix Tutorial auf NCBI ist dbSNP - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Für Links zu anderen Ressourcen und OpenHelix Tutorials erwähnt in diesem Beitrag, finden Sie in unserem Katalog von Ressourcen - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenz:
Yang, J., Oh, S., Meine, G., Park, S., Kim, W., Lee, B., & Lee, S. (2010). VND: eine Struktur-centric-Datenbank von krankheits-assoziierten SNPs und Drogen Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq957

Tipp der Woche: Von UniProt der PSI SBKB and Back Again


Es ist oft nützlich, um mehrere biomedizinische Datenbanken oder Ressourcen zu besuchen, selbst wenn sie scheinen überlappende Informationen liefern, da keine zwei Ressourcen auf dem exakt gleichen Informationen konzentrieren, oder präsentieren sie in genau der gleichen Weise. Statt Duplizieren jedes andere’ Kuration Bemühungen, Datenbank häufig Link aus, um Informationen an andere Ressourcen. Sie können diese Links als denken “soziale Verbindungen”, wenn Sie und in der heutigen Spitze möchte ich möchte Ihnen ein paar Verbindungen zwischen Protein Informationsressourcen, einschließlich einer neuen Verbindung, die wirklich zeigt einige der Grundwerte der PSI Strukturbiologie Knowledgebase, or SBKB.

Ich fange an die Spitze bei die UniProtKB, wo ich für eine UniProt ID-Nummer suchen. Aus dem resultierenden Protein Bericht, den ich zuerst kurz zeigen, wie man Link aus, um eine entsprechende RCSB HVE Bericht, wo finden Sie qualitativ hochwertige Protein-Struktur Informationen und mehr. Wenn Sie an weiteren Informationen über die RCSB PDB interessiert & Wie benutzt man es, bitte OpenHelix vollständige, free-Tutorial, das durch die RCSB PDB gefördert wird.

Von dort bin ich auf die UniProt Bericht zurück und zeigen einen neuen Link out-Option, die Links zu Protein-Protokolle, zur Verfügung stehenden Materialien, sowie Informationen über theoretische Modelle und vorhergesagten Protein-Targets aus dem SBKB. Ich habe keine Zeit, es zu zeigen, sondern eine aktuelle Update für das SBKB ermöglicht es Benutzern, jetzt suchen die Strukturbiologie Knowledgebase mit einer UniProt Zugangsnummer. Diese Recherchen stellt dem Anwender zusätzliche Informationen wie Protein-Struktur und Informationen über pre-released Struktur-Sequenz. Wie bei den RCSB PDB, haben wir eine kostenlose Tutorial auf der SBKB dass wird gefördert von der Protein Structure Initiative.

Als ich durch scrollen UniProt Protein Bericht Nutzer Informationen und Links für eine breite Palette von biowissenschaftlichen Informationen siehe. OpenHelix, da ich sicher bin, viele von Ihnen sind uns bewusst,, hat Anleitungen, wie viele dieser Ressourcen zu nutzen. Unsere Tutorials auf der RCSB PDB und die PSI SBKB sind beide kostenlos. Unsere Tutorials auf UniProt und viele andere Ressourcen werden durch ein Abonnement unserer Datenbank von Trainings oder durch den Kauf von individuellen Zugang zur Verfügung. Ob Sie lernen die Ressourcen durch unsere Tutorials, durch die Referenzen I Liste unten, oder durch eigene Erkundungen der Datenbanken, es ist wirklich eine erstaunliche Menge an verfügbaren Informationen über diese miteinander, öffentlich finanzierten Ressourcen – Bitte nutzen Sie diese bei Ihrer Recherche!

Quick Links:

UniProt Knowledgebase - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial auf UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB HVE – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

Das Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial auf der SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Gesamtverzeichnis aller OpenHelix Tutorials – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenzen:
Die UniProt Consortium. (2009). Die Universal-Protein Ressource (UniProt) in 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790

Viele Protein Ressourcen haben vor kurzem angekündigten Updates

PDB Struktur 3RG9

 

 

 

 

In unserem Streben der up-to-date-Tutorials, Ich habe das Nachverfolgen von Änderungen, die auf Ressourcen vollziehen und der Planung unserer entsprechend aktualisiert. Protein Ressourcen sind vor allem würde mich von Ärger fern halten in diesem Sommer, weil ihre Entwickler und Kuratoren beschäftigt gewesen! Ich habe eine kurze Zusammenfassung nachfolgend zusammengestellt, und würden uns freuen, Kommentare zu anderen Ressourcen, die Sie kennen, oder wollen zu prahlen! :)

  • I featured die ExPASy Liste der Proteom-Tools in einem Vergangenheit Spitze. Ab Dienstag ist diese Liste nicht mehr gehalten up-to-date, aber die ExPASy Ressource hat sich über das erweitert worden “nur” eine Proteomik-Ressource und ist jetzt der neue SIB Bioinformatics Resource Portal. Nach seinen Entwicklern, das Portal:

    “bietet Zugang zu wissenschaftlichen Datenbanken und Software-Tools in verschiedenen Bereichen der Lebenswissenschaften, einschließlich der Proteomforschung, Genomik, Phylogenie, Systembiologie, Populationsgenetik, Transcriptomics etc.. … Auf diesem Portal finden Sie Informationen aus vielen verschiedenen SIB Gruppen sowie externen Institutionen.”

    Und keine Angst, es ist immer noch ein up-to-date Liste der Proteomik-Tools gefunden hier.

  • Ich erwähnte in meinem Tipp letzte Woche, dass NCBI ist MMDB unterzogen wurde, ein Update & Ich werde die Aktualisierung unser Tutorial auf bald.
  • NCI / Nature Pathway Interaction Database, oder PID, hatte ein Update 14. Juni, dass neue und aktualisierte Informationen der Signalwege schließt.
  • PROSITE hatte ein Update 21. Juni, die Release- 20.73, und umfasst nun 1618 Dokumentation Einträge, 1308 Muster, 936 Profile und 925 ProRules.
  • Das RCSB PDB Ressource hat angekündigt, Updates für ihre Browse Database-Funktion, erweiterte Sequenz-Displays von Struktur Übersichtsseiten und die PDB-101 pädagogische Ressource verfügbar ab Tafel Logos auf PDB Seiten. Für weitere Details zur Verwendung von PDB, entnehmen Sie bitte unserem frei PDB Einführungstutorial gesponsert von der RCSB.
  • STRING ist 9.0 Freigabe ist ab sofort verfügbar, und wir zu nichts zu suchen müssen wir in update unser Tutorial infolge.
  • UniProt ein Update 28. Juni, die enthalten ein großes Update bei vielen Bakterien und Archaea Type II Toxin-Antitoxin-Module, wie beschrieben hier.

Genießen Sie alle neuen Informationen – Ich weiß, ich werde! :)

Tipp der Woche: WAVe, Web Analyse der Variome

Die heutige Tipp der Woche ist eine kurze Einführung in WAVe, oder die Web-Analyse der Variome. Das Werkzeug wurde uns vor kurzem eingeführt, und ich fand es eine willkommene Einführung in die Werkzeuge zur Verfügung, die Forscher für die menschliche Variante analysieren. Dies ist angesichts der jüngsten apropos Papier wir uns auf die klinische Beurteilung des persönlichen Genoms habe diskutieren (hier, hier und hier) und dass Papiere Implikationen für die personalisierte Medizin und die Nutzung von Online-Ressourcen Variation. Wave auch hat mir einige zusätzliche Werkzeuge, die ich entweder nicht habe bewusst eingeführt, oder nicht genutzt haben, die möglicherweise von Nutzen sein, wie: LOVD (Leiden Open Database Variation), QuExT (Erweiterung der Suchanfrage Tool, auch von den gleichen Entwicklern als WAVE), und andere. Natürlich gibt es auch Datenbankinformationen zog ab Ensembl, Reactome, KEGG, InterPro, BIP, UniProt, NCBI und viele andere. Nehmen Sie sich Zeit, check it out.