Tag Archives: UCSC Genome Browser

Newly updated Quick Reference Card

Video Tipp der Woche: UCSC Genome Browser in der Cloud,,en,GBIC,,yo (GBIC)

Newly updated Quick Reference CardFor all the years we’ve been out doing training on the UCSC Genome Browser tools, we could watch the evolution of the needs of the researchers and the corresponding features of the UCSC Genome Browser site. Zuerst, people just needed access to the public data. Aber dann mussten sie Wege, um ihre eigenen Daten an die Öffentlichkeit Datenkontext hinzuzufügen und zu teilen die Ansichten,,en,UCSC gab uns individuelle Tracks,,en,und sie gaben uns,,en,Browser-Sitzungen,,en,die Datensätze wurden immer größer und komplexer und kundenspezifischen Tracks konnte das Volumen nicht umgehen,,en,UCSC geliefert,,en,Track Naben,,en,Einige Leute sagten uns, dass sie Patientendaten haben, dass sie nicht wegen der Privatsphäre und rechtlichen Fragen im Zusammenhang mit der UCSC Website laden auf könnten,,en,Dann lieferte UCSC GBIB,,en,Sie könnten eine lokale Kopie des Browsers herunterladen und Ihre eigenen Daten hinter der Firewall verwenden,,en,Alle diese Strategien auch weiterhin die Benutzer ihre eigenen Daten mit den öffentlichen Daten kombinieren helfen und visualisieren, was sie zeigen wollen,,en,Aber es gibt auch eine andere Art und Weise jetzt,,en,Genome Browser in der Cloud,,en. UCSC gave us custom tracks, and they gave us browser sessions. Woot!

Zunehmend, the data sets got bigger and more complex and custom tracks couldn’t handle the volume. UCSC delivered track hubs. Woot!

Some people were telling us that they had patient data that they couldn’t load on to the UCSC site because of privacy and legal issues. Then UCSC delivered GBIB–Genome Browser in einer Box. You could download a local copy of the browser and use your own data behind your firewall.

All of these strategies continue to help users combine their own data with the public data and visualize what they want to show. But there’s also another way now–GBIC, Genome Browser in the Cloud. Der Tip der Woche zeigt Ihnen das Video das Team geschaffen, um Menschen zu helfen, zu verstehen, was die GBIC tun können,,en,Es gibt zusätzliche Informationen zu den Funktionen, die,,en,Sie können sich auf ihre Ankündigung sehen,,en,über die Mailingliste,,en,Aber nur schnell,,en,hier ist der nutgraf,,en,Genomik Forschungsgruppen mit sensiblen medizinischen Daten arbeiten wurden mit lokalen Genome Browser Installationen weitgehend begrenzt zur Wahrung der Vertraulichkeit,,en,komplizieren Datenaustausch zwischen Mitarbeitern,,en,die Genome Browser Gruppe der UC Santa Cruz Genomics Institute angekündigt, sie haben sich geändert, dass durch ein neues Produkt auf den Markt,,en,GBIC,,yo,GBIC stellt neue Freiheit, indem sie schnelle Browser-Installation zusammenarbeiten,,en,in einer UNIX-basierten Wolke oder UNIX-virtualisierten Cloud,,en,Und hier können Sie einen Blick auf, wie es funktioniert,,en. There’s additional information about the features that you can see on their announcement, via the mailing list. But just quickly, here’s the nutgraf:

Bis jetzt, genomics research groups working with sensitive medical data were largely limited to using local Genome Browser installations to maintain confidentiality, complicating data-sharing among collaborators. Heute, the Genome Browser group of the UC Santa Cruz Genomics Institute announced they have changed that by launching a new product, Genome Browser in the Cloud (GBiC). GBiC introduces new freedom to collaborate by allowing rapid Browser installation, in a UNIX-based cloud or UNIX-virtualized cloud.

And here you can have a look at how it works.

Darüber hinaus, Wir haben unsere beliebte aktualisiert,,en,und fügten wir die Notiz, dass der GBIC kann verwendet werden, um Menschen zu helfen, mit ihren eigenen Daten arbeiten,,en,Sie können diese Karten herunterladen,,en,oder bekommen einige gedruckte diejenigen,,en,von unserer Website,,en,Diese Karten hatten im Laufe der Jahre weiterentwickelt zu halten mit allen wichtigen Features zu halten, dass UCSC fügt regelmäßig,,en,Probieren Sie die GBIC mit Ihren eigenen Daten,,en,Und sie sind immer auf der Suche nach Feedback darüber, wie es Ihren Bedürfnissen entspricht,,en,oder andere Dinge, die Sie brauchen,,en,Helfen Sie ihnen entwickeln,,en,UCSC Genome Browser Tutorials und Materialien sind frei verfügbar, da UCSC,,en,Tyner C,,en,Barber GP,,en,Casper J,,en,Diekhans M,,en,Fischer CM,,de,D Gibson,,fr,Navarro Gonzalez J,,es,Heitner S,,en,Lee BT,,en,Lee CM,,en,Nejad P,,en,Villarreal C,,es,Vivian J,,es,und Kent WJ,,en,PMC,,en,PMC5210591,,zh-CN Kurzübersichten, and we added the note that the GBIC can be used to help people work with their own data. You can download those cards, or get some printed ones, from our website. These cards have had to keep evolving over the years to keep up with all the important features that UCSC adds regularly.

Try out the GBIC with your own data. And they are always looking for feedback on how it suits your needs, or other things you might need. Help them evolve.

Bekanntgabe: UCSC Genome Browser tutorials and materials are freely available because UCSC Sponsoren us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.

Referenz:
Tyner C, Barber GP, Casper J, Clawson H, Diekhans M, Eisenhart C, Fischer CM, Gibson D, Navarro Gonzalez J, Guruvadoo L, Häußler M, Heitner S, Hinrichs AS, Karolchik D, Lee BT, Lee CM, Nejad P, Raney BJ, Rosenbloom KR, Speir ML, Villarreal C, Vivian J, Zweig AS, Haussler D, Kuhn RM, and Kent WJ. Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2017 Update. Nucleic Acids Res.. 2016 November 29;. PMID: 27899642; PMC: PMC5210591.

Freitag SNPpets

This week we find that all biology is computational biology. And that coding is missing. And I loved the knitted example of chromosomes–knitting is code. Auch, some new misuse of data, and new appropriate uses. Get a fungus mug. Patients are going to be getting data, but nobody in the public knows about it. Es ist ein Geheimnis.


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


überprüfen, dass man für eingebettete tweet zu

Freitag SNPpets

This week I gave a pub talk on the UCSC Genome Browser. It was the first time I’d tried a more general-public version of this. It was huge fun. And it was great timing to have this example of 5000+ samples from autism families to make the case about how hard it is to visualize all this data we are getting. But I also talked about microbes. I even mentioned to goat genome. The benefits and the trip-wires of misuse of personalized data were covered. We touched on restoration of extinct species. So it was a lot like this post, tatsächlich…. But I didn’t have the threat to GINA until today. Nach unten–I would like to have included that. I can’t believe we’re back there.


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SNPpets_2

Freitag SNPpets

In dieser Woche SNPpets haben eine ziemlich typische Liste von neuen und aktualisierten Websites und Tools. Das Weizengenom (nicht glutenfrei). Ein paar der wichtigsten Bits für Leute, die Anrufe zu NCBI sind Scripting (müssen https bald zu verwenden), oder für Leute in Asien, die ein verwenden könnte UCSC Genome Browser Spiegel-Site näher an ihrem Standort: http://genome-asia.ucsc.edu/. Aber mein Favorit, was war in dieser Woche die beste Postdoc Anzeige auf Twitter evah–finden Sie in der Schlange ein.


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https://twitter.com/Sara_and_Snakes/status/742891484064546816

UCSC Genome Bioinformatics

Video Tipp der Woche: UCSC Genome Browser Exon-only-Modus,en

Das Team von UCSC Genome Browser continues to update their resources and offer new ways to find and visualize features of interest to researchers. One of the newer features is the “Multi-Region” option. When it was first launched, I did a tip on how to use that, with some of the things that I noticed while I was testing it pre-launch. But now the folks at UCSC have their own video on the exon-only display that you might also find useful.

One of the things that is illustrated here is how the exon-only mode is handy to enhance your exploration of RNA-Seq data. It also uses a great ENCODE data set as an example, and if you haven’t been using that collection it’s a good reminder of the kinds of things you can find in that resource still. And this extensive data set shows how much easier it is to look at different isoforms in the data in this new exon-only mode.

So have a look at this display option if you haven’t before, especially how it can help you to see transcript differences. If you aren’t familiar with the ENCODE Daten that’s being used, you can also see our training on that which will help you to understand how to use that data and the filtering features that are also used in this video.

Besonderer Hinweis: I have updated the UCSC Intro slides to include the new Gateway strategies as well. So download those slides for the latest look.

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Bekanntgabe: UCSC Genome Browser tutorials are freely available because UCSC Sponsoren us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.

Quick-Links:

UCSC Genome Browser: http://genome.ucsc.edu

UCSC Genome Browser training materials: http://openhelix.com/ucsc

ENCODE: http://www.openhelix.com/ENCODE2

Referenzen:

Sporn, M., Zweig, A., Rosenbloom, K., Raney, B., Paten, B., Nejad, P., Lee, B., Learned, K., Karolchik, D., RAMspan>, Hinrichs, AS, Hsu, F., Kober, KM, Miller, W., Pedersen, JS, Pohl, A., Raney, BJ , A., Heitner, S., Harte, R., Häußler, M., Guruvadoo, L., Fujita, P., Eisenhart, C., Diekhans, M., Clawson, H., Casper, J., Friseur, G., Haussler, D., Kuhn, R., & Kent, In. (2016). Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2016 Update Nucleic Acids Research, 44 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkv1275

Das ENCODE Project Consortium (2012). Eine integrierte Enzyklopädie der DNA-Elemente im menschlichen Genom Nature, 489 (7414), 57-74 DOI: 10.1038/nature11247

sneakPeekGateway

Video Tipp der Woche: New UCSC Genome Browser Gateway look

sneakPeekGateway

For years now we’ve been doing training and outreach on the UCSC Genome Browser. And there’s been a lot of change over the years–so much more data, so many new tools, neue Arten. All that ENCODE information and a portal für die. But the look of the main site was largely the same. Here’s a post we did that included the UCSC site traffic in 2000, and another time we took a look at the old style interface ~2004. And there was the switch to the new blue look in 2012.

Allerdings, the main gateway page was largely the familiar look. The gateway–where you begin to do most text-based or region-based queries for a species–was mostly altered only with some additional buttons and options. And an increasingly long list of species to choose from. Aber jetzt–it’s time to look again. The gateway is very different today. You’ll have faster and easier access to get started when you go to the site, and new ways to engage with the data that you want to begin to access.

There are additional details on the UCSC landing page in the News area, including credits to the development team involved. The other key pieces include some relocations of the previous button options:

Note that a few browser utilities that were previously accessed through links and buttons on the Gateway page have been moved to the top menu bar:

*Browser reset: Genom-Browser > Reset All User Settings
*Track search: Genom-Browser > Track Search
*Add custom tracks: My Data > Custom Tracks
*Track hubs: My Data > Track-Hubs
*Konfigurieren Sie Tracks und Anzeige: Genom-Browser > Configure

The UCSC team has created a short intro video to the new look. That is our Video Tip of the Week:

Natürlich, this means we’ll need to update our slides and exercises. We like things to stabilize a bit after a rollout to be sure things are solid. But soon we’ll include the new navigation in our materials.

The underlying ways to access the particular assembly features you need for a given genome, and the data for your tracks of interest, is unchanged. So those parts of our training materials will still help you to get the most out of your searches. We’ll let you know when we’ve made the changes to the materials as well.

 

Quick-Links:

UCSC Genome Browser main landing page: http://genome.ucsc.edu

Training materials:

Intro: http://openhelix.com/ucsc

Advanced: http://openhelix.com/ucscadv

Referenz:

Sporn, M., Zweig, A., Rosenbloom, K., Raney, B., Paten, B., Nejad, P., Lee, B., Learned, K., Karolchik, D., RAMspan>, Hinrichs, AS, Hsu, F., Kober, KM, Miller, W., Pedersen, JS, Pohl, A., Raney, BJ , A., Heitner, S., Harte, R., Häußler, M., Guruvadoo, L., Fujita, P., Eisenhart, C., Diekhans, M., Clawson, H., Casper, J., Friseur, G., Haussler, D., Kuhn, R., & Kent, In. (2015). Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2016 Update Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkv1275

Bekanntgabe: UCSC Genome Browser tutorials are freely available because UCSC Sponsoren us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.

SNPpets_2

Freitag SNPpets

In dieser Woche SNPpets sind etwas Ungewöhnliches: Bioinformatik-Software zu einem Mainstream-Diskussion. Eine kürzlich NYT Stück über Zika Genomik enthalten ein Bandage softwarebasierte Abbildungen, und eine nachfolgende Erklärer Stück in SciAm bedeckt es. Zika war groß in dieser Woche. Natürlich, wir bedeckt Bandage Monate vor…. Eine Reprise und Riff von Tardigate war gut lesen. Auch in dieser Woche: GBrowse für Erdnuss, FireBrowse für die Broad, Aktuelles zu GeneMania, Galaxy Rekord-Hit, und das Gegenteil von Aktualisierungs: UCSC Genome Browser in ASCII. Unpersönliche Genomik hat mich zum Lachen.


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UCSC Genome Browser new feature

Video Tipp der Woche: Multi-Region Visualisierung im UCSC Genome Browser

Dieses Video-Tipp der Woche zeigt eine neue Funktion bei der UCSC Genome Browser. Ich denke, es ist eine Art ungewöhnlich, und nahm mich vom Konzept her eine kleine Weile daran zu gewöhnen, als ich begann es zu testen. Also wollte ich für Sie über die Grundlagen zu gehen, und geben Ihnen ein paar Tipps auf Dinge, die ich hatte grok, wie ich zu dieser neuen Sichtoption verwendet wurde.

Das Überschrift für die News beschreibt es als: “Kombinieren mehrerer Regionen des Genoms Browser in einer einzigen Visualisierung!” und

Haben Sie sich jemals gewünscht, Sie alle der Intron oder intergenischen Regionen aus dem Genom-Browser-Anzeige entfernen könnte? Haben Sie schon einmal davon geträumt mehrere entlegene Regionen eines Genoms zu visualisieren? Nun, jetzt können Sie mit dem neuen “Multi-Region” Option im Genome Browser!

Ich sollte wohl mit der ersten Sache beginnen, die mich verwirrt–der Name “Multi-Region”. Ich dachte, dass ich in der Lage sein vielleicht Teil einer Region auf dem Chromosom zu sehen 1, und etwas auf dem Chromosom 8, vielleicht zugleich. Aber das ist nicht, wie das funktioniert. In diesem Fall, Sie schauen auf mehrere Regionen auf dem gleichen Chromosom, mit einigen der intervenierende Sequenzen snipped out. Dies schafft eine Art von “virtuelle Chromosom” Sie interagieren mit.

In dieser Woche Video, Ich werde Ihnen zeigen, wie das aussieht das BRCA1-Gen unter Verwendung von. Zuerst zeige ich, wie Sie bei allen Exons aussehen kann zusammen–mit Introns ausgeclipst. Und dann zeige ich, wie man die Gene in der Nachbarschaft zusammen angezeigt sehen, mit den nicht-kodierenden Regionen ausgeclipst. Dies sind 2 der einzelnen Optionen für die Anzeige.

Ich die “Anzeigen” Menüoption zu illustrieren diese Funktion. Aber es gibt eine andere Möglichkeit, darauf zuzugreifen–Sie können die Verwendung “Multi-Region” Button in der Browser-Buttons Bereich.

multiregion_button

Damit das Video kurz, Ich habe nicht in jedem Detail zu diesem Werkzeug. Sie sollten überprüfen, die news- Mitteilung für sie, und die Verbindung zu den weiteren Einzelheiten in der Benutzerhandbuch Dokumentation Für weitere. Die neue Funktion wird auch kurz in der neuesten NAR Papier auf dem UCSC Genome Browser erwähnt (unten verlinkt). Und Sie sollten es ausprobieren, natürlich! Das ist der beste Weg, um wirklich zu verstehen, wie es Ihnen Regionen des Genoms zu visualisieren könnte helfen, die Sie interessiert sein könnte in.

Wie auch in den Nachrichten, Dank an das Entwicklungsteam. Ich bin immer auf der Suche nach neuen Visualisierungen, und dieser Spaß zu testen!

Wir danken Ihnen, Galt Barber, Matthew Speir, und die gesamte UCSC Genome Browser Qualitätssicherung Team für all ihre Bemühungen in diese aufregende neue Anzeige-Modi zu schaffen.

Folgen Sie UCSC auf Twitter:

Quick-Links:

UCSC Genome Browser: genome.ucsc.edu

Nachrichten Artikel auf Multi-Region: http://genome.ucsc.edu/goldenPath/newsarch.html#030816

Schulungsunterlagen auf der UCSC Genome Browser: http://openhelix.com/ucsc

Referenz:

Sporn, M., Zweig, A., Rosenbloom, K., Raney, B., Paten, B., Nejad, P., Lee, B., Learned, K., Karolchik, D., RAMspan>, Hinrichs, AS, Hsu, F., Kober, KM, Miller, W., Pedersen, JS, Pohl, A., Raney, BJ , A., Heitner, S., Harte, R., Häußler, M., Guruvadoo, L., Fujita, P., Eisenhart, C., Diekhans, M., Clawson, H., Casper, J., Friseur, G., Haussler, D., Kuhn, R., & Kent, In. (2016). Die UCSC Genome Browser Datenbank: 2016 Update Nucleic Acids Research, 44 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkv1275

Bekanntgabe: UCSC Genome Browser tutorials are freely available because UCSC Sponsoren us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.

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Tipp der Woche: The Cancer Genome Atlas Clinical Explorer

Zugreifen TCGA cancer data has been approached in a variety of ways. This week’s tip of the week highlights a web-based portal for improved access to the data in different ways. The Stanford Cancer Genome Atlas Clinical Explorer is aimed at helping identify clinically relevant genes in the cancer data sets.

They note that the data is available in other places and tools, from tools we’ve talked about before such as cBioPortal, UCSC Cancer Genomics Browser, and interacting with the StratomeX Features. But this portal helps peoplt to quickly focus on clinical parameters in ways that aren’t as straightforward in the other tools.

You can learn more about the project on their site from their Overview auf der Baustelle, and you can see their publication about it (unten). The paper also covers some issues they had with the downloaded data that might be worth noting. And they also supplemented their analysis and information with COSMIC und TARGET (tumor einlterations relevant for genomics-driven therapy) Daten sowie.

one query type from: genomeportal.stanford.edu/pan-tcga/

One query type from: genomeportal.stanford.edu/pan-tcga/

The interface offers several quick ways to dive into the data.

Es gibt 3 main query types: genes associated with certain clinical parameters; query directly by gene/protein/miR; and a two-hit hypothesis test. The first query is the image I’ve shown here. When you get to the the results, you can explore them in more detail with sortable tabular outputs, and on gene pages tabs for copy number changes, Mutationen, and RNA-seq values.

They give you some “example queries” that you can use as a way to get started and see what’s available underneath. And although we usually like to highlight a video, the tutorial that they provide is a slide embed.

So have a look at this interface if you’d like to explore TCGA data with a handy and quick query strategy. It might offer some hunting license on genes you are interested in, or some ideas for other investigations in tumor types you study.

 

Quick-Link:

Stanford-TCGA-CE: http://genomeportal.stanford.edu/pan-tcga

Referenz:
Lee, H., Palm, J., Grimes, S., & Ihr, H. (2015). The Cancer Genome Atlas Clinical Explorer: a web and mobile interface for identifying clinical–genomic driver associations Genome Medicine, 7 (1) DOI: 10.1186/s13073-015-0226-3

SNPpets_2

Freitag SNPpets

This week’s SNPpets cover a range of issues. Attempting to community-curate bioinformatics tools, a new paper on UCSC Genome Browser‘s features, iPlant now reborn as CyVerse, errors in databases, personalized diagnosis from the UK 100000 Genome-Projekt and the re-launch of their PanelApp, and some new plant tools: AgroPortal und 30 plants going into OrothoDB. Auch, read those thesis submissions carefully. There may be an easter egg.


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