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Astuce de la semaine: MaizeGDB Génome navigateur & d'autres vidéos


Occasionnellement, nous conseils et des didacticiels vidéo hautement provenant d'autres sites. Aujourd'hui, je tiens à signaler à votre MaizeGDB. L'année dernière, les gens de MaizeGDB souligné leurs tutoriels vidéo dans la base de données, Comme ils l'affirment dans leur résumé:

Des tutoriaux vidéos sont un moyen efficace pour les chercheurs d'apprendre rapidement comment utiliser les outils en ligne offerts par les bases de données biologiques.

Nous bien évidemment accepter ici à OpenHelix. Nous avons plus de 100 tutoriaux complets et 200 conseils, en accord :D.

Embarqué ci-dessus est leur tutoriel sur l'utilisation du Genome Browser MaizeGDB (v2). Ils ont sept autres tutoriels sur leurs ressources comme la façon de trouver un position de la carte génétique d'un locus et de faire un Recherche phénotype. Sur cette page de tutoriels ils ont aussi des liens vers divers autres tutoriels à partir d'autres sur la recherche du maïs et du MaizeGDB.

Vous pouvez en apprendre davantage sur MaizeGDB de notre blog. Nous avons souligné dans MaizeGDB plusieurs postes de ces dernières années leur chronique déplacer vers Gbrowse, c'est le succès et leur expérience.

Liens utiles:
MaizeGDB
Tutoriaux MaizeGDB
GBrowse
OpenHelix Gbrowse Tutoriel
Harper LC, Schaeffer ML, Thistle J, Gardiner JM, Andorf CM, Campbell DA, Cannon EK, Braun BL, Birkett SM, Laurent CJ, & TZ Sen (2011). Le tutoriel MaizeGDB Genome Browser: un exemple de base de données de sensibilisation aux biologistes via vidéo. Base de données : la revue des bases de données biologiques et la conservation, 2011 PMID: 21565781

Instruction précède l'innovation

OpenHelix est fondée sur la prémisse et de Marie fait le point encore récemment sur un poste client sur les blogs de la nature: SciVee – Mettre la science au Visible.

Avez-vous RTFM? Allez-dire la vérité. Lorsque vous approchez d'un nouveau logiciel, lisez-vous le manuel de l'foutu «premier? Ouais. Pensée de sorte. Ne vous inquiétez, c'est un phénotype commun. En fait,, nous sommes pratiquement sûrs que les scientifiques sont parmi les OpenHelix une fraction minuscule de personnes avec un allèle rare pour la lecture manuel du logiciel. Mais les bonnes nouvelles est que nous avons trouvé un moyen d'aider les gens allèles rares non.

(RTFM… “Lire les désespérés "’ manuel” … F étant quelque chose d'autre… c'est un blog familial, après tout).

Nous devons absolument savoir que une heure ou un peu de certaines de formation structuré et l'apprentissage d'un outil biologique de base de données ou l'analyse permettra d'économiser quelques jours chercheur, parfois des mois, de travail. Parfois, il se traduira par la différence entre faire une découverte étonnante… ou en appuyant sur une impasse.

Eh bien, c'était agréable à lire aujourd'hui dans un commenter dans la nature (David piston, P440, derrière un mur de souscription) un parfait exemple de ce que nous sommes des évangélistes sur:

En tant que chef des laboratoires de l'Université Vanderbilt de microscopie de base, J'ai récemment rencontré un collègue et son élève pour discuter de leurs résultats déroutants d'une expérience étudiant les interactions entre protéines dans les cellules. Après application d'un traitement qui aurait perturbé l'interaction de deux protéines particulières à l'intérieur de la mitochondrie, ils ont encore vu les protéines interagissant. L'étudiant dit que, pour mesurer l'interaction qu'il avait utilisé une image commerciale automatisé- Système d'analyse. Il ne comprenait pas comment il a travaillé, alors il a utilisé les paramètres d'un collègue à partir d'une expérience différente. Mais, sans lui rendre compte, cela avait masqué l'ensemble de la cellule à l'exception de la mitochondrie. S'il avait

modifié les paramètres de quitter la cellule entière démasqué, il aurait vu que les protéines étaient désormais présent dans les mitochondries dans des quantités relativement petites par rapport au reste de la cellule, et ainsi de leur interaction avait été perturbée - le traitement était, en fait,, de travail.

Dans ce cas,, ce n'était pas l'inspiration qui lui faisait défaut - il était d'instruction.

Il examine ensuite comment l'automatisation de la recherche a été une aubaine, encore dans le même temps un fléau.
Il est rendu plus facile d'obtenir des recherches effectuées. Cela va ressembler à un «haut de la colline dans les deux sens… dans la neige’ histoire, mais une courte (oui, Dis-je.. Bref) 20 ans, quand j'ai commencé le séquençage rétrotransposons chez la drosophile, J'ai utilisé la méthode de Sanger et utilisés pour combler les voies et ruelles de gels polyacrylimide. Quelques milliers de paires de bases de la séquence a pris du temps, que dans jour (ou des semaines quand j'ai fait une erreur stupide et fissuré l'immense verrière mise en place de notre technicien de laboratoire brillante mise en place). Aujourd'hui, c'est rapide et automatisé, ultra rapide. Comme dans des centaines de millions de paires de bases dans le même laps de temps.
Mais, comme le Dr. Piston explique dans le commentaire, ce qui conduit à des chercheurs qui ne comprennent pas complètement comment l'outil fonctionne et les meilleurs paramètres à utiliser:
qu'ils perdent du temps en utilisant une technologie- nique de façon abusive ou, aussi tragique, manquer quelque chose d'excitant quand ils supposent qu'un résultat étrange signifie qu'ils ont fait quelque chose de mal et ils n'ont jamais suivi.
Il parle principalement des outils expérimentaux sur le banc et la nécessité pour plus d'éducation et d'instruction. Mais il va doublement pour les bases de données et des outils d'analyse de calcul, bases de données et des outils qui peu près n'importe quel et tous les chercheurs en biologie ont maintenant besoin pour accéder et utiliser régulièrement… ou si.
Nous avons un si grand nombre de nos propres anecdotes le long de ces lignes. Il était le chercheur en mycologie qui, quand nous leur avons montré quelques bases de données d'un couple de l'information mycologique, étaient ravis. Mon meilleur anecdote était un éminent chercheur (ne dirai pas qui, où et quand :D) qui a pris un atelier avec nous sur le génome UCSC et les navigateurs Tableau. Ce chercheur est venu vers moi après et m'a montré les recherches effectuées dans le laboratoire et le mois où ils avaient passé dans une impasse en essayant d'analyser les données. A la fin de l'atelier, ils ont trouvé leur réponse et nous a dit que le 4 heures de cours probablement juste les a sauvés 6 mois de travail.

Nous avons beaucoup d'anecdotes comme celle.

Lire le commentaire, Dr. Piston a des arguments très valables et importants et des suggestions.

Oh, et… voici la fiche totalement éhontée… vous pouvez toujours aller voir nos parrainés tutoriels en libre accès et faire les exercices UCSC Genome et sur les navigateurs de table, ENCODE, APB et d'autres. Ou nos autres 100 tutoriaux (Abonnement). Ou l'un des notre presque 200 conseils hebdomadaires (accès ouvert).

Et nous allons avoir une série de webinaires dans le prochain semestre, le premier à être annoncé dans à peu près une journée. Alors gardez regarder ici.

Rappelez-vous, instruction vient avant l'innovation. Vous pourriez économiser des mois de travail… ou encore mieux, faire une découverte que vous ne l'aurais jamais fait autrement.

Piston, D. (2012). Les outils de recherche: Comprendre comment ça marche Nature, 484 (7395), 440-441 DOI: 10.1038/484440une

Astuce Vidéo de la semaine: Grands changements à Ressources NCBI génome


NCBI a été créée en 1988 et a maintenu le GenBank base de données pendant des années. Ils fournissent également de nombreuses ressources informatiques et des systèmes de récupération de données pour de nombreux types de données biologiques. Comme tels, ils savent trop bien à quelle vitesse les données que les biologistes de recueillir a changé et élargi. Comme utilise pour différents types de données ont été développés, il est devenu évident que de nouveaux types d'informations (telles que les métadonnées élargi) doivent être collectées, et de nouvelles façons de manipulation de données sont nécessaires.

NCBI a été adaptée à ces besoins tout au long des années et a récemment été l'adaptation de ses ressources génomiques. La pointe d'aujourd'hui seront basés sur certains de ces changements. Ma vidéo se concentrera sur les “site de Génome complètement redessiné”, qui a été récemment mis en place et annoncé dans le le plus récent bulletin de NCBI. Je n'ai pas trouvé une publication décrivant les changements, mais le bulletin va dans le détail et le L'annonce se trouve en haut du site Génome (& que je signale dans la vidéo) a des détails très utiles sur les changements.

Comme vous pourrez le voir dans l'annonce, l' Génome ressources n'est pas la seule ressource liée à des changements ont subi récemment, incluant le réaménagement de la ressource dans le projet du génome BioProject ressources et la création de la Échantillon biologique des ressources. Je n'aurai pas le temps d'aller dans les détails au sujet de ces deux ressources, mais à la fin de mon post, je vais lien vers deux récentes publications NCBI qui est sorti dans Nucleic Acids Research ce mois-ci – Ce sont de bonnes ressources à lire pour plus d'informations sur BioProject, Échantillon biologique, et sur le NCBI dans son ensemble. Pour une perspective historique J'ai aussi un lien vers la référence du génome d'origine, qui est actuellement en bioinformatique et libre d'accès.

Certains de ces changements sont très intéressants, y compris celle “Enregistrements seul génome représentent désormais un organisme et non un génome pour un isolat.” Les Etats NCBI bulletin “D'importantes améliorations comprennent une organisation plus naturelle au niveau de l'organisme pour procaryotes, eucaryotes, et de génomes viraux. Les rapports incluent des informations sur la disponibilité de l'énergie nucléaire ou procaryotes génomes primaire ainsi que les organelles et les plasmides. ” Il ya aussi une note qui “En raison de la réorganisation d'un système de classification naturelle, identificateurs génome âgées ne sont plus valides. Généralement, ces identifiants génome n'ont pas été exposés dans le système précédent et ont été utilisés principalement pour l'accès programmatique. ” Cela me fait me demander quels changements cela va le mandat à d'autres ressources NCBI, ainsi que des ressources externes. Je n'ai pas vu des annonces sur ce encore, donc je vais devoir rester à l'écoute & vérifier autour souvent.

Profitez de la pointe & nous laisser, ou de NCBI, ce que vous pensez de leurs changements! :)

Liens rapides:

Page d'accueil du NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Page d'accueil Entrez Genome Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

Page d'accueil Ressources BioProject: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Références:

Historique de référence Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Génomes complets dans WWW Entrez: représentation des données et l'analyse Bio-informatique, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V., Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). Bases de données et de BioProject échantillon biologique au NCBI: la capture et de faciliter l'organisation des métadonnées Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., ChT.vernin, V., Eglise, D., DiCuccio, M., Federhen, S., V.olo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Rendre fou, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V., Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Souvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Vous, J. (2011). Base de données des ressources du Centre national d'information sur la biotechnologie Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Nouvelle fonctionnalité, articles de recherche, sur le site OpenHelix

Si vous passez à la OpenHelix home page, vous commencerez à noter quelques différences. Nos pages d'atterrissage tutoriel ont une caractéristique supplémentaire de nouveaux. Nous avons maintenant une section sur chaque page de destination qui montre les plus récentes recherches dans les revues de BioMed Central. Par exemple, la capture d'écran ici est pour notre GeneMANIA tutoriel Suite. Dans le coin inférieur gauche, vous verrez l' 5 articles de recherche les plus récents qui ont utilisé GeneMANIA de l' BioMed Central catalogue de revues de recherche. Cela sera utile aux utilisateurs d'obtenir une idée de ce genre de données d'une ressource a la recherche qui se fait à l'aide de la ressource. Ce sera également utile pour trouver d'autres ressources qui pourraient être utiles (souvent une ressource associée est-mentionné en liaison avec la ressource d'intérêt).

C'est le début d'une série de nouvelles fonctionnalités que nous espérons pouvoir ajouter des pages de destination qui permettront d'améliorer la capacité des chercheurs à apprendre tout ce qu'ils peuvent sur les données et les outils mis à leur disposition. Nous allons ajouter un “Conseils vidéo récents” la section et plus.

Et, Si vous êtes un éditeur d'ouvrages de recherche et que vous souhaitez obtenir une liste «des études récentes’ de ce genre sur nos pages d'atterrissage pour vos revues (devront avoir accès au texte intégral des articles), s'il vous plaît contactez-nous et nous serions ravis de travailler avec vous pour le faire pour le bénéfice de vos journaux, des moyens, les chercheurs et oui, OpenHelix :).

Dans notre effort continu pour maintenir et développer notre base de données moteur de recherche et, nos tutoriels, notre blog et plus, vous remarquerez aussi que nous avons ajouté de la publicité sur notre site. Les petites annonces sont une bannière publicitaire en haut, une annonce gratte-ciel de côté et une petite annonce sur les pages d'atterrissage de tutorat. S'il vous plaît envisager de considérer ces sponsors s'ils vous intéresser. Annonces ne seront pas sur les tutoriels parrainé tels que UCSC Genome Browser et PIB, et autres, ils ne seront visibles pour tous les abonnés au catalogue de didacticiels.

Si vous désirez parrainer un tutoriel afin qu'il soit accessible au public, si vous êtes le développeur de l'outil ou d'une entreprise, s'il vous plaît nous contacter au sujet de la possibilité d'obtenir une formation et de sensibilisation à un grand nombre de chercheurs.

Aussi, si nous avons une douzaine de tutoriels qui sont parrainés par la disposition du public, nous avons un large catalogue de plus de 90 des didacticiels supplémentaires disponibles à la souscription. Vous pouvez subscribe pour accéder à ces en tant qu'individu, département ou institution.

 

Sage conseil bioinformatique, Mais…

L'analyse bioinformatique est une technique puissante applicable à une grande variété de domaines, et l'objet de plus d'un billet de blog ici à OpenHelix. J'ai eu deux articles bioinformatique notamment sur mon bureau pour un couple de mois maintenant, d'attente pour moi d'être en mesure d'exprimer mes pensées sur les. Ils offrent de l'information à la fois long sur leur domaine d'intérêt particulier – prévoir soit impacts SNV ou des identités protéines – bioinformatique et de la sauge des conseils.

Le premier article “Utilisation de bio-informatique pour prédire l'impact fonctionnel de SNVs” est une grande revue des techniques de bio-informatique pour la cueillette des fonctionnellement importantes variantes seul nucléotide (SNVs, aussi parfois diversement dénommés SNP ou petits, Simple ou des polymorphismes de nucléotides simples) des millions de variantes candidat en cours d'identification de tous les jours. Dans l'introduction, les auteurs font un excellent travail d'expliquer les nombreuses façons dont SNVs peut avoir un impact, ainsi que la façon dont ces philosophies de base de l'impact peut être utilisée pour des analyses bio-informatique. Le document poursuit en décrivant les techniques classiques et bio-informatique pour prévoir l'impact de ces variations. C'est une lecture phénoménal pour la liste des ressources à elles seules, avec de nombreux algorithmes et des ressources précieuses et importantes cités. Nous avons tutoriels (ENCODE, OMIM, UCSC Genome Browser l', UniProtKB, Blosum et PAM, HGMD, JASPAR, Analyse en composantes principales, entropie relative, Profil d'EIPD, TRANSFAC, ) et billets de blogs (l' Catalogue des études publiées association pangénomique) décrivant plusieurs des mêmes ressources. En fait, cet article a inspiré au moins un de nos hebdomadaires conseils postés (Astuce de la semaine: SKIPPY w prédire variantes / épissage affecte). Le document passe ensuite à un “Buyer Beware” section qui offre des conseils judicieux – connaître les faiblesses, hypothèses, et des ressources que vous utilisez pour vos prédictions.

Le deuxième article est un article en accès ouvert de BioTechniques droit “quiproquos en protéomique“. Il offre un parcourt l'histoire de la spectrométrie de masse (MS) technologie et les normes techniques pour documenter la hausse utilisé pour l'identification des protéines dans des revues. L'article conclut également à la sauge des conseils bioinformatique, y compris cette citation:

chercheurs en protéomique devrait être en mesure de répondre aux questions clés, selon Giddings. "Que faites-vous fait sortir d'un moteur de recherche?»Dit-elle. "Quand peut-on y croire? Quand avez-vous besoin pour valider?"

Les deux articles donnent à penser que les chercheurs qui souhaitent utiliser les ressources de la bio-informatique dans leur recherche devrait étudier les fondements théoriques et les hypothèses de chaque outil avant de décider sur un outil à utiliser, Elle devrait ensuite aller à toutes les analyses avec un niveau d'incrédulité dans les résultats de l'outil. Cela sonne comme du bon sens, et fait de bons conseils théoriques.

TOUTEFOIS, le niveau de l'enquête qui est nécessaire pour vraiment connaître chaque outil et l'algorithme est beaucoup trop grand. Quant à moi, mon “pratiques” suggestion pour les chercheurs est un peu “filtrage contextuel”. Avant de plonger dans toutes les publications sur tous les outils possibles, simplement passer quelques minutes avec de la documentation – de la ressource FAQ, ou d'un intro tutoriel – nous avons un peu nous pouvons vous offrir :) – pour avoir une idée de ce que l'outil est d'environ & ce que vous pourriez être en mesure d'obtenir d'elle. Une fois que vous avez une idée générale de la façon d'aborder la ressource commence “claquement” à ce sujet à la légère. Un coup franc initiale de la tester les pneus d'un algorithme, base de données, ou une autre ressource peut être aussi facile que garder un “ensemble de test” sur la main en tout temps & il traverse tout nouvel outil que vous souhaitez utiliser. Assurez-vous que l'ensemble comprend une liste partielle de certaines protéines très connu / voies / SNP / etc. (tout ce que vous travailler sur & seront intéressés par l'analyse) et qu'il a quelques-uns des «douves» vos champs. Pensez à ce que vous vous attendez à retrouver à partir de votre jeu. Puis lancez votre testeur jeu grâce à tout nouvel outil vous envisagez d'utiliser dans votre recherche, et regardez vos résultats – sont-ils ce que vous savez qu'ils devraient être? Peuvent-ils gérer les douves, ou sont-ils briser? Comme un exemple, quand je m'approche d'une ressource nouvelle protéine d'interaction, Je vais utiliser une liste partielle des pièces pour certains aspects du cycle cellulaire de la levure, et inclure un ou deux des noms de gènes trait d'union. Si l'outil est bon, Je obtenir une liste complétée sans s'enlise sur la “bizarre” noms. Si elle tourbières, Je sais que la ressource ne peut pas être 100% élaboré pour la levure & peuvent avoir des problèmes avec d'autres espèces aussi bien. Si la liste complète des interacteurs revient avec un tas d'espace-poubelle protéines je commence enquêter sur quelles données sont inclus dans la ressource et si les paramètres peut être modifié pour obtenir de meilleures réponses. Puis, si les choses semblent toujours prometteurs avec l'outil, Je suis susceptible de creuser profondément dans la littérature, etc. pour l'outil – juste pour être sûr – parce que les auteurs de ces articles sont absolument raison, chassant de fausses pistes est cher, frustrant & beaucoup de temps. Il est étonnant de voir combien les citrons & tacots vous pouvez les mauvaises herbes avec un 5 minute bioinformatique pneus coup! :)

Je ne pense pas non exclusivement la responsabilité devrait être sur le dos de chaque utilisateur final – le développeur de ressources ne ont une certaine responsabilité pour rendre leur outil rigoureux et pour représenter avec exactitude ses capacités dans les publications et la documentation. Appels à code source ouvert peut aider à améliorer certains outils bioinformatiques, de sorte que l'éducation peut & sensibilisation – mais que la discussion devra attendre un autre jour…

Références:

Une nouvelle fonctionnalité de BioMed Central

Apporté à vous par OpenHelix et BioMed Central :D. Nous aimons vraiment la fonctionnalité et l'idée (bien sûr) et avons pensé le transmettre.

BioMed Central (BMC) est un éditeur libre accès. BMC avec OpenHelix lancé un nouvelle fonctionnalité récemment de donner aux lecteurs des journaux BMC accès rapide à des ressources pertinentes tutoriels génomique. Lorsque vous lisez un article de recherche chez BMC, les chercheurs sont désormais des liens vers des tutoriels en ligne de nombreuses ressources en génomique et les outils utilisés ou cités dans l'article. Le lien conduit le lecteur directement à la page d'atterrissage de formation sur le site OpenHelix. BMC propose un vaste choix du libre accès de haute qualité des revues de recherche et une grande partie de la recherche a annoncé aujourd'hui utilise et cite de nombreuses ressources sur les trains OpenHelix. Les chercheurs peuvent maintenant trouver rapidement une formation sur les bases de données et les outils utilisés dans la recherche. Par exemple, cet article récent , Caractérisation genomewide d'ARN non-polyadénylé, dans BMC Genome Biology cite plusieurs outils utilisés dans leur recherche, y compris GEO, MEME et d'autres. La nouvelle fonctionnalité trouve ces citations dans l'article et liste de liens vers les tutoriels OpenHelix sur ces ressources comme on le voit dans l'image.

Il peut être difficile de trouver un lien rapide vers une ressource pertinente dans les documents–les citations sont parfois incomplètes, ou non lié au site.

Nous avons des plans pour étendre cette fonctionnalité dans plusieurs façons de faire de la formation sur les ressources pertinentes et importantes en génomique simple et plus rapide pour les chercheurs.

Nous avons déjà obtenu quelques bons commentaires sur cette–Excellente idée!

@jytricker Excellente idée! @BioMedCentral / OpenHelix jv sera l'entraîneur scientifiques sur la génomique / outils bioinformatiques mentionnés dans les documents http://ow.ly/4eQbG

 

Nous interrompons ce programme pour un mot… tutoriel sur l'achat individuel

En général, nous ne bloguent pas spécifiquement sur l'achat de tutoriel OpenHelix (Nous le faisons avec les communiqués de presse), ce n'est pas le but du blog, mais je voulais vraiment donner une tête rapide jusqu'à. Beaucoup de nos tutoriels sont libres de l'utilisateur final, car le fournisseur de ressources a financé la formation et de sensibilisation. UCSC, ENCODE, PIB, VUE, SBKB et Galaxy sont que quelques exemples. L'essentiel de nos tutoriels (consultez le catalogue: atteignant 100!) sont derrière un Abonnement mur. Pour les formateurs, génomique d'enseignement des professeurs, apprenants de puissance, groupes et des institutions, abonnements font beaucoup de sens. Parfois, cependant, utilisateurs individuels nécessité de former sur une ou deux ressources et leur besoin est satisfait. Nous avons juste ajouté une fonction d'achat individuel à nos tutoriels pour les utilisateurs.

Si vous n'êtes pas abonné, vous remarquerez nouveau vert “d'achat” et “Abonnez-vous” des boutons (Si vous êtes abonné, ces boutons n'apparaîtront pas, bien sûr, Les tutoriels sont un accès illimité). Cliquez sur le “d'achat” bouton et vous pouvez obtenir l'accès à ce tutoriel spécifique immédiatement après un $28.50 d'achat (via Google Checkout, nécessite un compte Google gratuit, si vous avez un e-mail Google, qui sera al vous avez besoin). Vous aurez un accès immédiat qui durera 3 jours après l'achat. Cela vous donnera un accès illimité à l'animation Flash pour trois jours et la possibilité de télécharger les diapositives, documents et d'exercices.

Encore une fois, vous pouvez voir les tutoriels dans notre liste ici, ou chercher des ressources sur notre accueil et la page de recherche. Il suffit de taper la ressource (ou thème général) vous êtes intéressé par la boîte de recherche. Si nous avons un tutoriel sur la ressource, il y aura un casse-tête »’ icône à gauche du résultat de recherche. Vert signifie qu'il est parrainé et gratuitement, rouge signifie que vous pouvez l'afficher avec un abonnement, ou à l'achat individuel. Il suffit de cliquer sur l'icône :D.

SciVee groupe

J'ai mentionné ce, avant, mais comme je suis en train d'obtenir ce bout semaines prêts, Je pensais que je rappeler à nos lecteurs que nous avons une communauté de plus au SciVee (YouTube pour scientifiques :): Formation de ressources en génomique. Nous affichons tous nos conseils et nous là maintenant ajouter des vidéos d'autres utilisateurs que les utilisateurs former environ des ressources en génomique. Nous avons environ 2-3 douzaine de vidéos dans notre communauté aujourd'hui. Come on over et rejoindre!

L'Université de Toronto annonce Tutoriel OpenHelix gratuit et matériels de formation pour les GeneMANIA, un outil de prédiction de gènes de fonction

Quote startLa suite tutoriel OpenHelix est sûr d'aider les utilisateurs actuels et nouveaux de se lever à la vitesse sur notre site et ses nouvelles fonctionnalités, et donc obtenir leurs résultats plus rapidement pour appuyer leurs recherches.Quote end

Bellevue, WA (PRWEB) Août 11, 2010

Les créateurs de GeneMANIA ont conclu un contrat avec OpenHelix pour fournir une formation complète en ligne de l'outil de prédiction de gènes de fonction (http://genemania.org ).

GeneMANIA est une ressource publique gratuite qui offre un simple, interface Web intuitive qui montre les relations entre les gènes dans une liste et des analyses et étend la liste pour y inclure d'autres gènes liés. L'interface web est soutenu par un logiciel d'analyse puissant et un entrepôt de données de grande taille contenant des quantités importantes de données de génomique fonctionnelle existante, et comprend également Cytoscape Web, une outil Web de visualisation avancées pour permettre la navigation sur les résultats des requêtes et la création de la publication des chiffres-prêts.

"GeneMANIA sera bientôt mis à jour pour inclure des fonctionnalités considérablement augmenté,», Selon Gary Bader et Quaid Morris, professeurs adjoints dans le Donnelly Centre (http://tdccbr.med.utoronto.ca/) et co-chercheurs principaux pour GeneMANIA. "OpenHelix fondé leur tutoriel sur notre site de développement, et même fourni une rétroaction des utilisateurs sur nos nouvelles fonctionnalités qui ont abouti à des améliorations à notre système. OpenHelix avait une compréhension très forte de l'interface GeneMANIA, qui a ensuite traduit en une ressource d'apprentissage puissant. La suite tutoriel OpenHelix est sûr d'aider les utilisateurs actuels et nouveaux de se lever à la vitesse sur notre site et ses nouvelles fonctionnalités, et donc obtenir leurs résultats plus rapidement pour appuyer leurs recherches. "

Les nouvelles initiatives de formation comprennent une suite tutoriel gratuit en ligne sur GeneMANIA. Le didacticiel en ligne narré (http://www.openhelix.com/genemania ), qui fonctionne dans n'importe quel navigateur, peut être consulté du début à la fin ou navigué en utilisant des chapitres et en avant et en arrière curseurs. Les quelque 60 tutoriel minute souligne et explique les caractéristiques et les fonctionnalités nécessaires pour commencer à utiliser efficacement les GeneMANIA. Le tutoriel peut être utilisé par les nouveaux utilisateurs de les initier à GeneMANIA, pour les utilisateurs de précédentes pour voir de nouvelles fonctionnalités, ou simplement comme un outil de référence pour comprendre les caractéristiques spécifiques.

En plus de ce tutoriel, GeneMANIA utilisateurs peuvent également accéder à des matériels de formation utiles, y compris les diapositives PowerPoint animées utilisées comme base pour le tutoriel, un script proposé pour la glisse, polycopiés diapositives, et des exercices. Cela peut économiser un temps énorme et les efforts des enseignants et des professeurs pour créer du contenu en classe.

"GeneMANIA est une société innovante, outil générant l'hypothèse qui peut être utilisé pour étendre la liste gène donné de trouver des gènes liés partage des fonctions similaires,»A déclaré le fondateur et président Dr OpenHelix. Mary Mangan. "OpenHelix est heureux de contribuer à faire avancer le domaine de la prédiction de la fonction des gènes en aidant les chercheurs à utiliser efficacement un tel outil critique."

Les utilisateurs peuvent visualiser les tutoriels et télécharger le matériel gratuitement à www.openhelix.com .

En plus de la suite GeneMANIA tutoriel, OpenHelix offre plus 90 suites tutoriel sur certains des plus puissants et populaires bioinformatique et génomique des outils disponibles sur le web. Certaines suites tutoriels sont disponibles gratuitement grâce au soutien des fournisseurs de ressources. Le catalogue entier des suites tutoriels est disponible via un abonnement. Les utilisateurs peuvent visualiser les tutoriels et télécharger le matériel gratuitement à www.openhelix.com .

À propos GeneMANIA
GeneMANIA (www.genemania.org ) est un outil de prédiction Web gratuit qui trouve d'autres gènes qui sont liés à un ensemble de gènes d'entrée, en utilisant un ensemble de données très importants association fonctionnelle. Données de l'Association comprennent des protéines et des interactions génétiques, voies, co-expression, co-localisation et de la similarité domaine protéique. Vous pouvez utiliser GeneMANIA de trouver de nouveaux membres d'un sentier ou complexes, trouver des gènes supplémentaires que vous pourriez avoir manqué à votre écran ou de trouver de nouveaux gènes ayant une fonction spécifique, tels que les protéines kinases. Votre question est définie par l'ensemble des gènes que vous saisissez. Si les membres de votre liste de gènes forment un complexe protéique, GeneMANIA sera de retour plus de membres potentiels du complexe protéique. Si vous entrez une liste de gènes, GeneMANIA reviendra connexions entre vos gènes, au sein de l'ensemble des données sélectionnées.

GeneMANIA est activement développé à l'Université de Toronto, dans le Donnelly Centre de recherche cellulaire et biomoléculaire, dans les laboratoires de Gary Bader et Quaid Morris, avec l'apport d'un conseil consultatif scientifique indépendant. GeneMANIA développement est financé par Génome Canada, travers l'Ontario Genomics Institute (2007-OGI-TD-05).

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com ) fournit un bio-informatique et de recherche en génomique et le portail de formation, en donnant aux chercheurs un endroit à trouver et apprendre à utiliser les ressources et les bases de données sur le web. Le portail des centaines OpenHelix Recherche recherches des ressources, suites tutoriel et d'autres documents à diriger les chercheurs vers les ressources les plus pertinentes et les matériaux de formation OpenHelix à leurs besoins. Les chercheurs et les institutions peuvent gagner du temps, budget et des ressources humaines en misant sur un abonnement à près de 100 en ligne suites tutoriel disponible sur le portail. Une utilisation plus efficace des ressources les plus pertinentes des moyens de recherche plus rapide et plus efficace.

Nous avons des widgets

J'ai D'autres ont mentionné’ widgets avant. Ils peuvent être des outils très utiles sur les sites et les blogs pour ajouter du contenu et utiles recherches interactives, etc.

Eh bien, nous avons maintenant notre propre. Comme beaucoup de nos lecteurs le savent, nous avons une génomique et bioinformatique moteur de recherche qui aide le chercheur à trouver l'outil base de données ou d'analyse qui correspond le mieux à leur besoin. Tapez un terme et vous obtenez une liste de ressources en génomique qui sont en attente dans le classement de pertinence. En outre, vous êtes montré où en contexte (le site Web de ressources, ou dans nos tutoriels ou blog si il ya) où le terme a été trouvé. En outre, vous trouverez des tutoriels, nous avons créé sur près de 100 d'entre eux, environ une douzaine gratuit pour l'utilisateur comme le PDB, SGKB, UCSC Genome Browser, et une autre 80 ou si par abonnement.

De toute façon, vous pouvez maintenant mettre à la recherche (ce qui bien sûr est disponible publiquement) sur votre blog ou site web en utilisant l'un des widgets que nous venons d'avoir créé (par le les mêmes personnes qui a aidé à créer notre base de données de recherche). Nous avons trois tailles et vous pouvez les trouver et le code pour eux à cette page.

Vous verrez aussi que j'ai mis le petit widget sur la colonne de droite ici sur le blog. Vous pouvez mettre un terme là-dedans et de le tester. Il va ouvrir une autre page avec les résultats de notre recherche. Essayez-le!