Archivo de la etiqueta: tutoriales

Consejo del la Semana: MaizeGDB Genoma Browser & otros videos


Ocasionalmente altamente consejos y tutoriales de vídeo de otros sitios. Hoy me gustaría señalar que MaizeGDB. El año pasado la gente de MaizeGDB destacaron sus tutoriales en vídeo en la base de datos, Como afirman en el resumen:

Tutoriales en vídeo son una forma efectiva para que los investigadores aprenden rápidamente cómo utilizar las herramientas en línea que ofrece bases de datos biológicas.

Nosotros obviamente estar de acuerdo aquí en OpenHelix. Tenemos más de 100 tutoriales completos y 200 Consejos de acuerdo :D.

Integrado por encima de es su tutorial sobre el uso del Genoma del navegador MaizeGDB (v2). Ellos han siete tutoriales adicionales sobre sus recursos tales como la forma de encontrar una posición del mapa genético de un locus y haciendo un fenotipo de búsqueda. En esa página de tutoriales que también tienen enlaces a varios otros tutoriales de otros en la investigación del maíz y MaizeGDB.

Usted puede aprender más acerca de MaizeGDB de nuestro blog. Destacamos MaizeGDB en varios posts de los últimos años de su crónica pasar a GBrowse, es el éxito y su experiencia.

Enlaces de interés:
MaizeGDB
MaizeGDB tutoriales
GBrowse
OpenHelix GBrowse Tutorial
Harper LC, Schaeffer ML, Thistle J, Gardiner JM, Andorf CM, Campbell DA, Cannon EK, Braun BL, Birkett SM, Lawrence CJ, & Sen TZ (2011). El genoma MaizeGDB Browser tutorial: un ejemplo de base de datos de alcance a los biólogos a través de video. Base de datos : la revista de bases de datos biológicos y la preservación, 2011 Palabras: 21565781

Instrucción precede a la innovación

OpenHelix se basa en la premisa y María hizo el punto de nuevo recientemente en un puesto de invitado en blogs de la naturaleza: SciVee – Hacer visible la Ciencia.

¿Te RTFM? Vamos a contar la verdad. Cuando se acerque a un nuevo software, Cómo leer el manual del freakin primero? Sí. Me lo imaginaba. No hay que preocuparse, se trata de un fenotipo común. De hecho, estamos bastante seguros de que los científicos de OpenHelix se encuentran entre una pequeña fracción de las personas con un alelo poco frecuente para la lectura manual de software. Pero la buena noticia es que hemos encontrado una manera de ayudar a los no poco frecuentes los alelos.

(RTFM… “Lea el triste '’ manual” … F es algo más… este es un blog familiar, después de todo).

Tenemos la absoluta certeza de que una hora o unos pocos de una formación estructurada y el aprendizaje de una herramienta biológica de base de datos o el análisis se ahorrará unos días investigador, a veces meses, de trabajo. A veces significa la diferencia entre hacer un descubrimiento asombroso… o golpear a un callejón sin salida.

Bueno, que era agradable para leer hoy en un un comentario en la revista Nature (David pistón, P440, detrás de una pared de suscripción) un ejemplo perfecto de algo que son evangelistas sobre:

Como jefe de los laboratorios de la Universidad de Vanderbilt microscopía centrales, Recientemente conocí a un colega y su alumno para discutir sus resultados confusos de un experimento estudiando las interacciones de proteínas en las células. Después de aplicar un tratamiento que debería haber perturbado la interacción de dos proteínas específicas dentro de la mitocondria, todavía veía las proteínas que interactúan. El estudiante dijo que para medir la interacción que había usado una imagen de Comercial Automatizado- análisis del sistema. No entendía cómo funcionaba, por lo que sólo utiliza la configuración de un colega de un experimento diferente. Sin embargo,, sin él darse cuenta, este había enmascarado toda la celda, excepto para la mitocondria. Si lo hubiera hecho

modificar la configuración para salir de la celda toda desenmascarado, habría visto que las proteínas eran ahora presente dentro de la mitocondria en cantidades relativamente pequeñas en comparación con el resto de la célula, y así su interacción había sido interrumpido - el tratamiento fue, de hecho,, laboral.

En este caso, no fue la inspiración que le faltaba - que era la instrucción.

Él va a hablar sobre cómo la automatización en la investigación ha sido una bendición, sin embargo, al mismo tiempo una perdición.
Se hace más fácil conseguir las investigaciones realizadas. Esto va a sonar como una "colina arriba en ambos sentidos… en la nieve’ historia, pero un corto (sí, Digo yo.. corto) 20 años atrás, cuando comencé a secuenciar los elementos retrotransposable en Drosophila, He utilizado el método de Sanger y se utiliza para llenar los carriles y las calles de geles de poliacrilamida. Unos pocos miles de pares de bases de secuencia tomó mucho tiempo, como en días (o semanas, cuando he cometido un error estúpido y rompió el vidrio de gran configurar nuestro técnico de laboratorio brillante establecido). Hoy, es automatizada y rápida, super rápido. Como en cientos de millones de pares de bases en la misma cantidad de tiempo.
Sin embargo,, como el Dr.. Pistón explica en el comentario, esto lleva a los investigadores que no entienden completamente cómo funciona la herramienta y los parámetros de un mejor uso de:
pierden el tiempo mediante el uso de una tecnología- nica forma incorrecta o, igualmente trágica, falta algo emocionante cuando se supone que un extraño resultado significa que hizo algo mal y que nunca seguimiento.
Habla sobre todo a las herramientas de experimentación en el banco y la necesidad de más educación y la instrucción. Pero va doblemente para bases de datos y herramientas computacionales de análisis, bases de datos y herramientas que casi cualquier y todos los investigadores biológicos necesitan ahora para acceder y utilizar con regularidad… o debería.
Tenemos muchos de nuestros propias anécdotas a lo largo de estas líneas. No fue el investigador en micología, que, cuando se les mostró un par de bases de datos de información micológica, estaban eufóricos. Mi mejor anécdota fue un destacado investigador (No voy a decir que, cuando o cuando :D) que tomó un taller con nosotros en la UCSC Genoma y los navegadores de mesa. Este investigador se acercó a mí después y me mostró la investigación que se realiza en el laboratorio y el mes que habían pasado en un callejón sin salida tratando de analizar los datos. Al final del taller, que descubrió su respuesta y nos dijo que el 4 curso de una hora probablemente sólo los salvó 6 meses de trabajo.

Tenemos un montón de anécdotas como la.

Leer el comentario, Dr.. Pistón tiene algunos puntos muy válidos e importantes y sugerencias.

Oh, y… aquí viene el enchufe totalmente desvergonzada… siempre se puede ir a ver nuestros tutoriales patrocinados por el acceso abierto y hacer los ejercicios en la UCSC Genoma y Tabla navegadores, CODIFICAR, AP y otros. ¿O nuestra otra 100 tutoriales (suscripción). O uno de los nuestros casi 200 consejos semanales (el libre acceso).

Y vamos a tener una serie de seminarios en el próximo semestre, la primera que se anunció en apenas alrededor de un día. Así que mantén ver aquí.

Recordar, la instrucción está antes que la innovación. Usted puede ahorrar meses de trabajo… o incluso mejor, hacer un descubrimiento que usted nunca ha hecho otra cosa.

Pistón, D. (2012). Herramientas para la investigación: Entender cómo funciona Naturaleza, 484 (7395), 440-441 DOI: 10.1038/484440una

Vídeo Consejo de la semana: Grandes cambios al genoma NCBI Recursos


NCBI fue creado en 1988 y ha mantenido la GenBank base de datos para los años. También ofrecen muchos recursos computacionales y sistemas de recuperación de datos para muchos tipos de datos biológicos. Como tales, saben muy bien lo rápido que los datos que recogen los biólogos se ha modificado y ampliado. Como los usos de distintos tipos de datos se han desarrollado, se ha hecho evidente que los nuevos tipos de información (como los metadatos ampliado) deben ser recogidos, y nuevas formas de manejo de datos son necesarios.

NCBI se ha ido adaptando a las necesidades de estos a lo largo de los años y recientemente se ha ido adaptando sus recursos genoma. Punta de hoy se basa en algunos de esos cambios. Mi video se centrará en la “Genoma completamente rediseñado sitio”, que se extendió recientemente y publicada en el más reciente boletín NCBI. No he encontrado una publicación que describe los cambios, pero el boletín entra en algunos detalles y la El anuncio en la parte superior de la página del Genoma (& que señalo en el video) Tiene detalles muy útiles acerca de los cambios.

Como se verá en el anuncio, la Genoma de los recursos no es el único recurso que tienen relación con cambios que ha experimentado recientemente, incluyendo el rediseño de los recursos del Proyecto del Genoma en la BioProject de recursos y la creación de la Muestra biológica de recursos. No voy a tener tiempo para entrar en detalles sobre los dos recursos, pero al final de mi post que unirá a dos recientes publicaciones Revista que salió en Nucleic Acids Research este mes – estos son un buen recurso para leer más información sobre BioProject, Muestra biológica, y en la Revista como un todo. Para una perspectiva histórica que también enlazan con la referencia del genoma original de, que es en Bioinformática y en la actualidad libre acceso.

Algunos de los cambios son muy interesantes, incluyendo la “Registros individuales del genoma representan en la actualidad un organismo y no aislar el genoma de uno.” El NCBI boletín afirma que “Las mejoras más importantes son una organización más natural a nivel del organismo de procariotas, eucariotas, y genomas virales. Los informes incluyen información sobre la disponibilidad de los genomas nuclear primaria o procariotas, así como los organelos y plásmidos. ” También hay una nota que “Debido a la reorganización de un sistema de clasificación natural, mayores identificadores de genoma ya no son válidas. Normalmente, estos identificadores genoma no fueron expuestos en el sistema anterior y se utiliza principalmente para el acceso programático. ” Eso me hace preguntarme qué cambios que esto mandato de otros recursos del NCBI, así como los recursos externos. No he visto ningún anuncio de que aún, así que voy a tener que permanecer atentos & comprobar a menudo en torno a.

Disfrute de la punta & vamos a, o NCBI, saber lo que piensa de los cambios! :)

Enlaces rápidos:

Revista Página de Inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genoma de Recursos Página de inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Página de recursos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referencias:

Histórico Entrez Genoma de referencia: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Genomas completos en la WWW Entrez: de representación de datos y análisis Bioinformática, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., GevorgyanGorelenkov, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject muestra biológica y bases de datos en el NCBI: captura de la facilitación y organización de los metadatos Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Iglesia, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feolo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Enloquecer, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Molinero, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Jerez, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., B.ng, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Os, J. (2011). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

La nueva función, artículos de investigación, en el sitio OpenHelix

Si usted se pasa a la OpenHelix página de inicio, usted comenzará a notar algunas diferencias. Nuestras páginas de aterrizaje tutorial tiene una característica adicional nueva. Ahora tenemos una sección en cada página de destino que muestra las investigaciones más recientes en las revistas de BioMed Central. Por ejemplo, la captura de pantalla aquí es para nuestro GeneMANIA tutorial suites. En la esquina inferior izquierda verás la 5 más recientes artículos de investigación que han utilizado GeneMANIA de la BioMed Central Catálogo de revistas de investigación. Esto será útil a los usuarios para tener una idea de qué tipo de datos tiene un recurso y la investigación que se hace uso del recurso. Esto también será útil para encontrar otros recursos que podrían ser de utilidad (a menudo un recurso relacionado-se menciona en relación con el recurso de interés).

Este es el comienzo de una serie de nuevas características que esperamos añadir a las páginas de destino que mejorarán la capacidad de los investigadores a aprender todo lo posible acerca de los datos y las herramientas a su disposición. Vamos a añadir una “consejos de los últimos vídeos” sección y más.

Y, si usted es un editor de literatura de investigación y le gustaría obtener una lista de "investigación reciente’ como esta en nuestras páginas de destino de sus revistas (tendrá acceso al texto completo de artículos), póngase en contacto con nosotros y nos encantaría trabajar con usted para hacerlo en beneficio de sus diarios, los recursos, los investigadores y sí, OpenHelix :).

En nuestro continuo esfuerzo para mantener y ampliar nuestra búsqueda en la base y el motor, nuestros tutoriales, nuestro blog y más, también se dará cuenta que hemos añadido la publicidad en nuestro sitio. Los anuncios son un banner superior, un anuncio de rascacielos de lado y un pequeño anuncio en las páginas de aterrizaje tutorial. Por favor, considere ver estos patrocinadores si te interesan. Anuncios no se en tutoriales patrocinados como UCSC Genome Browser y PIB, y otros, ni serán visibles para los suscriptores en el catálogo de las tutorías.

Si usted desea patrocinar a un tutorial para que esté a disposición del público, si usted es el desarrollador de la herramienta o de una empresa, póngase en contacto con nosotros acerca de la oportunidad para obtener capacitación y divulgación de un gran número de investigadores.

También, cuando tenemos una docena de tutoriales patrocinados que están a disposición del público, tenemos un amplio catálogo de más de 90 tutorías adicionales disponibles para la suscripción. Usted puede subscribe para acceder a estos como un individuo, departamento o institución.

 

Sabio consejo Bioinformática, Sin embargo,…

Bioinformática análisis es una poderosa técnica aplicable a una amplia variedad de campos, y el tema de muchos un blog aquí en OpenHelix. He tenido dos artículos en particular la bioinformática en mi escritorio un par de meses, esperando a que yo sea capaz de articular mis pensamientos en ellos. Ambos ofrecen una gran información acerca de su área particular de interés – la predicción de los impactos ya sea SNV o identidades de proteínas – y el sabio consejo de bioinformática.

El primer artículo “Uso de la bioinformática para predecir el impacto funcional de SNVS” es una gran revisión de las técnicas de bioinformática para escoger funcionalmente importantes variantes de nucleótido único (SNVS, A veces también diversas denominaciones, como SNPs o pequeñas, Polimorfismos de nucleótido simple o única) de los millones de variantes de candidatos que se identifican todos los días. En la introducción los autores hacen un gran trabajo de explicar las muchas maneras en las que SNVS puede tener un impacto, así como la forma en que estas filosofías básicas de impacto puede ser utilizado para el análisis de la bioinformática. En el documento se pasa a describir la vez clásico y técnicas de bioinformática para predecir el impacto de estas variaciones. Es una lectura fenomenal para la lista de los recursos por sí solos, con muchos algoritmos y recursos valiosos e importantes mencionados. Tenemos tutoriales (CODIFICAR, OMIM, la UCSC Genome Browser, UniProtKB, Blosum y PAM, HGMD, JASPAR, Principal Componentes Analysis, entropía relativa, SIFT puntuación, TRANSFAC, ) y entradas de blog (la Catálogo de la publicación del genoma estudios de asociación) describir muchos de los mismos recursos. De hecho este trabajo inspirado en al menos uno de nuestros consejos semanales publicados (Consejo del la Semana: Skippy predecir variantes w / empalme afecta). El papel entonces pasa a un “ADVERTENCIA AL COMPRADOR” sección que ofrece un consejo sabio – conocer las debilidades, supuestos, y de los recursos que utiliza para sus predicciones.

El segundo artículo es un artículo de acceso abierto de biotécnicas derecho “La confusión de identidades en la proteómica“. Se ofrece un paseo por la historia de la espectrometría de masas (MS) la tecnología y la mejora del nivel de las técnicas de la documentación utilizada para la identificación de proteínas en las revistas. El artículo también se concluye con el sabio consejo de bioinformática, incluyendo esta cita:

Investigadores proteómicos deben ser capaces de responder a preguntas clave, de acuerdo a Giddings. "¿Cuáles son en realidad salir de un motor de búsqueda?", Dice. "¿Cuándo se puede creer? ¿Cuándo se necesita para validar?"

Ambos trabajos sugieren que los investigadores que deseen utilizar los recursos de la bioinformática en la investigación debe investigar los fundamentos teóricos y los supuestos de cada herramienta antes de decidir sobre una herramienta para usar, y luego debe ir en todos los análisis con un nivel de desconfianza en los resultados de la herramienta. Eso suena como el sentido común, y hace un buen asesoramiento teórico.

SIN EMBARGO, el nivel de investigación que se requiere para conocer verdaderamente a cada herramienta y el algoritmo está a un gran. En cuanto a mí, mi “práctico” sugerencia para los investigadores es un poco de “filtrado de acceso directo”. Antes de zambullirse en todas las publicaciones en todas las herramientas posibles, simplemente, pasar unos minutos con algún tipo de documentación – el recurso de las preguntas más frecuentes, o introducción tutorial – tenemos unos cuantos que podemos ofrecerle :) – para tener una idea de lo que la herramienta se acerca & lo que podría ser capaz de obtener de ella. Una vez que tenga una idea general de cómo acercarse a comenzar el recurso “golpes” en ella a la ligera. Un puntapié inicial de la prueba de neumáticos de un algoritmo, base de datos, u otro recurso puede ser tan fácil como llevar un “prueba de conjunto” a mano en todo momento & corriendo a través de cualquier nueva herramienta que desea utilizar. Asegúrese de que el juego incluye una lista parcial de algunas proteínas muy conocido / caminos / SNP / etc. (lo que el trabajo en & estarán interesados ​​en el análisis de) y que tiene algunas de las "casualidades" sus campos. Piense en lo que se espera que regrese de su conjunto. A continuación, ejecute el comprobador de establecer a través de cualquier nueva herramienta que se desee utilizar en su investigación, y ver sus resultados – son ellos lo que saben que deben ser? ¿Pueden manejar las uñas, o se rompen? A modo de ejemplo, cuando me acerco a un recurso de interacción de proteínas nuevas, Voy a usar una lista de piezas parcial de algunos aspectos del ciclo celular de la levadura, e incluyen uno o dos de los nombres de genes con guión. Si la herramienta es buena, Puedo obtener una lista completa, sin empantanamiento en el “extraño” nombres. Si los pantanos, Sé que el material no puede ser 100% elaborado para la levadura & pueden tener problemas con otras especies, así. Si la lista completa de los interactores vuelve con un montón de proteínas de basura espacial-que comenzar a investigar los datos que se incluyen en el recurso y si los ajustes se pueden modificar para obtener mejores respuestas. Entonces, si las cosas todavía parecen prometedores con la herramienta, Estoy probable que cavar profundamente en la literatura, etc. de la herramienta – sólo para estar seguro – porque los autores de estos artículos están en lo cierto, persiguiendo pistas falsas es caro, frustrante & tiempo. Es sorprendente cómo muchos limones & destartalados se puede eliminar con una 5 minutos bioinformática neumáticos patada! :)

Yo tampoco creo que la responsabilidad debe ser únicamente en la parte posterior de cada usuario final – el desarrollador de recursos tiene cierta responsabilidad por lo que su herramienta rigurosa y precisa para representar a sus capacidades en las publicaciones y documentación. Pide que el código abierto puede ayudar a mejorar algunas de las herramientas bioinformáticas, por lo que puede la educación & de extensión – pero que la discusión tendrá que esperar para otro día…

Referencias:

Una nueva característica de BioMed Central

Presentado a usted por OpenHelix y BioMed Central :D. Nos gusta mucho la función y la idea (por supuesto) y pensamos que lo que pase en.

BioMed Central (BMC) es una editorial de acceso abierto. BMC junto con OpenHelix puesto en marcha un nueva función recientemente para dar a los lectores de las revistas de acceso BMC oportuna a los correspondientes tutoriales de recursos genómicos. Al leer un artículo de investigación en el BMC, los investigadores ahora están proporcionado enlaces a tutoriales en línea de muchos de los recursos de la genómica y las herramientas utilizadas o citadas en el artículo. El enlace lleva al lector directamente a la página de destino de entrenamiento en el sitio OpenHelix. BMC tiene una gran selección de acceso abierto de alta calidad revistas científicas de investigación y gran parte de la investigación publicada hoy en día utiliza y cita muchos de los trenes OpenHelix recursos en. Ahora, los investigadores pueden encontrar rápidamente la formación de las bases de datos y herramientas utilizadas en la investigación. Por ejemplo, este artículo reciente , Caracterización genómica de ARN no poliadenilado, en BMC Genome Biology cita varias herramientas utilizadas en su investigación, incluyendo GEO, AUN y otros. La nueva función de estas citas se encuentra en el artículo y una lista de enlaces a los tutoriales OpenHelix de esos recursos como se ve en la imagen.

Puede ser difícil encontrar un enlace rápido a un recurso relevante en los documentos–las citas son a veces incompletos, o no relacionado con el sitio.

Tenemos planes de ampliación de esta función de varias maneras para hacer que la capacitación de los recursos de genómica de interés y de importancia más sencillo y rápido para los investigadores.

Ya hemos recibido algunos comentarios en este gran–Gran idea!

@jytricker Gran idea! @BioMedCentral / OpenHelix jv será el entrenador de los científicos en genómica / herramientas bioinformáticas se menciona en los documentos http://ow.ly/4eQbG

 

Interrumpimos este programa para una palabra… sobre la compra de tutoría individual

Por lo general, no específicamente sobre la compra de blog tutorial OpenHelix (lo hacemos con los comunicados de prensa), no es el propósito del blog, pero tenía muchas ganas de dar una rápida cabeza hasta. Muchos de nuestros tutoriales son gratuitos para el usuario final debido a que el proveedor de los recursos ha financiado la capacitación y divulgación. UCSC, CODIFICAR, PIB, VER, SBKB y Galaxia son sólo algunos ejemplos. La mayor parte de nuestros tutoriales (ver el catálogo: llegar a 100!) está detrás de un suscripción pared. Para los entrenadores, profesores de la enseñanza de la genómica, los alumnos el poder, grupos e instituciones, suscripciones hacer un montón de sentido. A veces sin embargo, usuarios individuales necesidad de formar en uno o dos los recursos y su necesidad se cumple. Acabamos de agregar una función de compra individual de nuestros tutoriales para los usuarios.

Si usted no está suscrito, te darás cuenta de nuevo verde “compra” y “suscribir” botones (si usted está suscrito, los botones no aparecen, por supuesto,, los tutoriales son de acceso ilimitado). Haga clic en el “compra” botón y usted puede tener acceso a ese tutorial específico inmediatamente después de una $28.50 compra (a través de Google Checkout, requiere una cuenta gratuita de Google, si usted tiene un correo electrónico de Google, que será al que usted necesita). Usted tendrá acceso inmediato que tendrá una duración de 3 días después de la compra. Eso le dará acceso ilimitado a la película de Flash durante tres días y la posibilidad de descargar las diapositivas, folletos y ejercicios.

Otra vez, se puede ver el tutoriales en la lista aquí, o la búsqueda de los recursos en nuestro hogar y en la página de búsqueda. Sólo tienes que escribir en el recurso (o tema general) usted está interesado en el cuadro de búsqueda. Si tenemos un tutorial sobre el recurso, habrá un rompecabezas '’ icono de la izquierda de los resultados de búsqueda. Verde significa que es patrocinado y libre, rojo significa que se puede ver con una suscripción, o adquisición de manera individual. Simplemente haga clic en el icono :D.

SciVee grupo

He mencionado esto antes, pero como estoy tratando de conseguir este consejo semana listo, Yo pensé que recordar a nuestros lectores que tenemos una comunidad más en SciVee (youtube para la ciencia :): Formación de Recursos genómica. Enviamos todos nuestros consejos allí ahora y agregar videos de otros usuarios que formar a los usuarios sobre los recursos de la genómica. Tenemos alrededor de 2-3 docena de videos en nuestra comunidad ahora. Ven y únete!

La Universidad de Toronto anuncia Tutorial OpenHelix libre y Materiales de Capacitación para GeneMANIA, una función de herramienta de predicción de genes

Quote startLa suite tutorial OpenHelix es seguro que ayudará a los usuarios actuales y nuevos para ponerse al día en nuestro sitio web y sus nuevas características, y por lo tanto, obtener los resultados más rápidamente para apoyar sus investigaciones.Quote end

Bellevue, WA (AmbosMedios) De agosto 11, 2010

Los creadores de GeneMANIA tienen un contrato con OpenHelix conseguir una formación integral en línea para la herramienta de predicción de genes de función (http://genemania.org ).

GeneMANIA es un recurso público y gratuito que ofrece una sencilla, interfaz web intuitiva que muestra las relaciones entre los genes en una lista y analiza y amplía la lista para incluir a otros genes relacionados con la. La interfaz web está respaldado por un software de análisis de gran alcance y un almacén de datos de gran tamaño que contienen grandes cantidades de datos existentes sobre la genómica funcional, y también incluye Cytoscape Web, una herramienta basada en web de visualización avanzada para permitir la navegación de los resultados de la consulta y la creación de listas para publicar cifras.

"GeneMANIA pronto se actualizará para incluir la funcionalidad significativamente mayor,", Según Gary Bader y Morris Quaid, profesores asistentes en el Centro de Donnelly (http://tdccbr.med.utoronto.ca/) y co-principales investigadores de GeneMANIA. "OpenHelix basaron su tutorial en el sitio de desarrollo, e incluso proporcionan información de los usuarios de nuestras nuevas características que dieron lugar a mejoras en nuestro sistema. OpenHelix tenía conocimiento muy fuerte de la interfaz de GeneMANIA, que luego se traducen en un recurso de aprendizaje de gran alcance. La suite tutorial OpenHelix es seguro que ayudará a los usuarios actuales y nuevos para ponerse al día en nuestro sitio web y sus nuevas características, y por lo tanto, obtener los resultados más rápidamente para apoyar sus investigaciones. "

La nuevas iniciativas de formación incluyen una suite libre curso en línea sobre GeneMANIA. El tutorial en línea narrada (http://www.openhelix.com/genemania ), que va del navegador en apenas alrededor de cualquier, se puede ver de principio a fin o navegado utilizando los capítulos y hacia adelante y hacia atrás deslizadores. Los aproximadamente 60 tutorial minutos destaca y explica las características y funciones necesarias para empezar a utilizar efectivamente GeneMANIA. El tutorial puede ser utilizado por los nuevos usuarios, para iniciarlos en GeneMANIA, para los usuarios anteriores para ver las nuevas características y funcionalidad, o simplemente como una herramienta de referencia para entender las características específicas.

Además de la guía de aprendizaje, GeneMANIA usuarios también pueden acceder a los materiales útiles de formación, incluida la animada presentación en PowerPoint utilizada como base para el tutorial, un guión sugerido para las diapositivas, folletos de diapositivas, y ejercicios. Esto puede ahorrar una enorme cantidad de tiempo y esfuerzo de los maestros y profesores para crear contenidos en el aula.

"GeneMANIA es un innovador, hipótesis de la generación de herramientas que se pueden utilizar para ampliar una lista de un determinado gen para encontrar genes relacionados con la distribución de funciones similares,", Dijo el fundador y el Dr. OpenHelix Presidente. María Mangan. "OpenHelix se complace en contribuir a impulsar el campo de la predicción de genes función de ayudar a los investigadores en forma eficaz y eficiente utilizando como una herramienta fundamental."

Los usuarios pueden ver los tutoriales y descargar los materiales libres de www.openhelix.com .

Además de la suite GeneMANIA tutorial, OpenHelix ofrece más de 90 suites tutorial sobre algunos de los más potentes y populares herramientas bioinformáticas y de genómica disponibles en la web. Algunas de las suites tutoriales están disponibles gratuitamente a través del apoyo de los proveedores de recursos. El catálogo completo de las suites de tutoriales está disponible a través de una suscripción. Los usuarios pueden ver los tutoriales y descargar los materiales libres de www.openhelix.com .

Acerca de GeneMANIA
GeneMANIA (www.genemania.org ) es un servicio gratuito basado en herramienta de predicción que encuentra otros genes que están relacionados con un conjunto de genes de entrada, utilizando un conjunto muy grande de datos de la asociación funcional. Datos de la asociación incluyen la proteína y las interacciones genéticas, vías, co-expresión, co-localización y la similitud de las proteínas de dominio. Usted puede utilizar GeneMANIA para encontrar nuevos miembros de una vía o complejos, encontrar genes adicionales que puede haber perdido en su pantalla o encontrar nuevos genes con una función específica, tales como las proteínas quinasas. Su pregunta se define por el conjunto de genes que de entrada. Si los miembros de su lista de genes forman un complejo de proteínas, GeneMANIA volverá más miembros potenciales de la proteína compleja. Si se introduce una lista de genes, GeneMANIA volverá conexiones entre los genes, dentro de los conjuntos de datos seleccionados.

GeneMANIA activamente desarrollado en la Universidad de Toronto, en el Centro de Investigación Donnelly Celular y Biomolecular, en los laboratorios de Gary Bader y Morris Quaid, con la colaboración de una junta independiente de asesoramiento científico. GeneMANIA desarrollo está financiado por Genome Canada, a través del Instituto de Genómica de Ontario (2007-OGI-TD-05).

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com ) proporciona una búsqueda de la bioinformática y la genómica y portal de formación, dando a los investigadores un lugar para encontrar y aprender a utilizar los recursos y bases de datos en la web. El portal de búsqueda OpenHelix busca en cientos de recursos, suites tutorial y otros materiales para dirigir a los investigadores a los recursos más relevantes y materiales OpenHelix de formación para sus necesidades. Los investigadores y las instituciones pueden ahorrar tiempo, presupuesto y el personal de recursos mediante el aprovechamiento de una suscripción a casi 100 suites tutorial en línea disponibles a través del portal. Uso más eficiente de los recursos más relevantes, la investigación más rápida y eficaz.

Tenemos los widgets

He otros mencionados’ reproductores antes de. Pueden ser herramientas muy útiles en los sitios web y blogs para añadir búsquedas interactivas y contenidos útiles, etc.

Bueno, ahora tenemos nuestro propio. Como muchos de nuestros lectores, tenemos un la genómica y la bioinformática motor de búsqueda que ayuda al investigador a encontrar la herramienta de base de datos o análisis que mejor se adapte a su necesidad. Escriba un término y se obtiene una lista de recursos de la genómica que están en cola en el grado de relevancia. Además, Vídeo Consejo (el sitio web de recursos, o en nuestros tutoriales o blog si hay) donde el término se ha encontrado. Además, encontrarán tutoriales que hemos creado en casi 100 de ellos, alrededor de una docena gratuito para el usuario como AP, SGKB, UCSC Genome Browser, y otro 80 más o menos por suscripción.

De todos modos, ahora se puede poner la búsqueda (que por supuesto está disponible al público) en tu blog o sitio web utilizando uno de los reproductores que acabamos había creado (por el mismas personas que ayudó a crear nuestra base de datos de búsqueda). Tenemos tres tamaños y se puede encontrar el código de ellos y para ellos en esta página.

También verás que he puesto el flash más pequeña en la columna de la derecha aquí en el blog. Usted puede poner un plazo de allí y probarlo. Se abrirá otra página con los resultados de la búsqueda. Pruébelo!