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Tipp der Woche: MaizeGDB Genome Browser & andere Videos


Gelegentlich werden wir höchst Video Tipps und Tutorials von anderen Seiten. Heute möchte ich euch zeigen MaizeGDB. Im vergangenen Jahr die Leute bei MaizeGDB hervorgehoben ihre Video-Tutorials in Datenbank, Wie sie sagen, in ihrer abstrakten:

Video-Tutorials sind eine effektive Möglichkeit für Forscher, schnell zu lernen, wie man Online-Tools von biologischen Datenbanken angeboten verwenden.

Wir offensichtlich zustimmen hier bei OpenHelix. Wir haben über 100 voller Tutorien und 200 Tipps im Einvernehmen :D.

Embedded oben ist ihr Lernprogramm zur Verwendung des MaizeGDB Genome Browser (v2). Sie haben sieben weitere Tutorials auf ihre Ressourcen wie, wie man eine finden genetischen Karte Position eines Locus und dabei ein Phänotyp Suche. Auf dieser Seite des Tutorials haben sie auch Links zu verschiedenen anderen Tutorials von anderen auf Mais-Forschung und MaizeGDB.

Sie können mehr über MaizeGDB aus unserem Blog erfahren. Wir hervorgehoben MaizeGDB in mehreren Beiträge von den letzten Jahren ihre chronisch bewegen, um GBrowse, es ist Erfolg und ihre Erfahrung.

Nützliche Links:
MaizeGDB
MaizeGDB Tutorials
GBrowse
OpenHelix GBrowse Tutorial
Harper LC, Schaeffer ML, Thistle J, Gardiner JM, Andorf CM, Campbell DA, Kanone EK, Braun BL, Birkett SM, CJ Lawrence, & Sen TZ (2011). Die MaizeGDB Genome Browser Tutorial: Ein Beispiel für Datenbank Hilfsangebote für Biologen per Video. Database : The Journal of Biological Datenbanken und Kuration, 2011 PMID: 21565781

Instruction vorausgeht Innovation

OpenHelix beruht auf der Prämisse gegründet und Maria machte den Punkt wieder vor kurzem auf einem Gast-Beitrag auf Nature Blogs: Langlebigkeit beeinflusst durch RNA-Editierung von bestimmten genetischen Varianten, die ein Rückgrat haben Arsen – Making Science Visible.

Haben Sie RTFM? C'mon-die Wahrheit sagen. Wenn Sie nähern sich eine neue Software, liest du die verdammte Anleitung zuerst? Yeah. Dachte ich mir. Kein Grund zur Sorge, es ist eine gemeinsame Phänotyp. In der Tat, wir sind ziemlich sicher, dass die Wissenschaftler bei OpenHelix unter einen winzigen Bruchteil der Menschen mit einer seltenen Allels für Software-Handbuch lesen. Aber die gute Nachricht ist, haben wir die Möglichkeit, Nicht-Menschen zu helfen seltenen Allels gefunden.

(RTFM… “Lesen Sie die 'verlorene’ Handbuch” … F, etwas anderes… dies ist eine familienfreundliche Blog nach all).

Wir wissen, dass ein absolut Stunden oder ein paar von einigen strukturierten Ausbildung und das Lernen über einer biologischen Datenbank-oder Analyse-Tool spart eine Forscherin Tag, manchmal Monate, Arbeit. Manchmal wird es den Unterschied zwischen macht eine erstaunliche Entdeckung… oder der Kollision mit einem toten Ende.

Nun, es war schön zu lesen, heute in ein Kommentar in Nature (David Kolben, P440, hinter einer Wand-Abonnement) ein perfektes Beispiel für etwas, was wir sind Evangelisten über:

Als Leiter der Vanderbilt University das Kerngeschäft Mikroskopie Labs, Vor kurzem traf ich einen Kollegen und seine Schüler, ihre verwirrende Ergebnisse aus einem Experiment Studium von Protein-Interaktionen in Zellen zu diskutieren. Nach Anlegen einer Behandlung, die die Interaktion von zwei bestimmte Proteine ​​in den Mitochondrien gestört sollte haben, sie sah noch die Proteine ​​interagieren. Der Student sagte, dass die Interaktion er eine kaufmännische automatisierte Bildanalyse verwendet hatte messen- Analysesystem. Er verstand nicht, wie es funktioniert, so dass er nur benutzt Einstellungen eines Kollegen aus einem anderen Experiment. Aber, ohne ihn zu realisieren, dies war das gesamte Zelle mit Ausnahme der Mitochondrien maskiert. Wenn er

verändert die Einstellungen zu verlassen, die ganze Zelle entlarvt, er erkennt, dass die Proteine ​​jetzt waren in den Mitochondrien in relativ geringen Mengen verglichen mit dem Rest der Zelle haben, und so deren Interaktion gestört worden war - die Behandlung war, in der Tat, Arbeiten.

In diesem Fall, es war nicht die Inspiration fehlte - es war Unterricht.

Er geht auf zu diskutieren, wie Automatisierung in der Forschung war ein Segen, Noch zur gleichen Zeit ein Fluch.
Es machte es leichter, Forschung getan. Das wird wie ein "den Hügel hinauf in beide Richtungen klingen… im Schnee’ Geschichte, aber eine kurze (ja, Ich sage.. kurz) 20 Jahren, als ich begann die Sequenzierung retrotransposable Elemente in Drosophila, Ich benutzte die Sanger-Methode und verwendet werden, um Wege und Gassen der Polyacrylimid Gele füllen. Ein paar tausend Basenpaare der Sequenz dauerte eine lange Zeit, wie in den Tagen (oder Wochen, wenn ich einen dummen Fehler gemacht und knallte mit der riesigen Glas richten unsere brillanten Laborant einrichten). Heute, es ist automatisiert und schnell, extrem schnelle. Wie in Hunderten von Millionen Basenpaare in der gleichen Zeit.
Aber, wie Dr.. Kolben, erklärt im Kommentar, dies führt zu Forschern nicht vollständig verstehen, wie das Tool funktioniert und die Parameter am besten zu nutzen:
sie verschwenden Zeit mit Hilfe eines Tech-- nique unsachgemäß oder, gleichermaßen tragisch, etwas vermissen spannend, wenn sie davon ausgehen, dass ein seltsames Ergebnis bedeutet, dass sie etwas falsch gemacht habe und sie nie folgen ihr bis.
Er spricht vor allem auf experimentelle Werkzeuge auf der Bank und dem Bedürfnis nach mehr Erziehung und Unterricht. Aber es geht doppelt so für Datenbanken und computergestützte Analyse-Tools, Datenbanken und Tools, die so ziemlich jede und alle biologischen Forscher müssen jetzt zugreifen und diese nutzen regelmäßig… oder sollte.
Wir haben so viele unserer eigenen Anekdoten in dieser Richtung. Es war der Forscher in der Mykologie, der, wenn wir zeigten ihnen ein paar Datenbanken von mykologischen Informationen, waren begeistert. Meine beste Anekdote war ein prominenter Forscher (will nicht sagen, die, wann und wo :D) Wer hat einen Workshop mit uns auf dem UCSC Genome Browser und Tabelle. Dieser Forscher kam zu mir hinterher und zeigte mir die Forschung, die im Labor durchgeführt und den Monat sie in einer Sackgasse verbracht hatte versucht, die Daten zu analysieren. Am Ende des Workshops, sie heraus, ihre Antwort und erzählte uns, dass die 4 Stunden-Kurs wahrscheinlich nur sie gerettet 6 Monate Arbeit.

Wir haben eine Menge von Anekdoten wie die.

Lesen Sie den Kommentar, Dr. Kolben hat einige sehr wichtige Punkte und gültig und Anregungen.

Oh, und… hier kommt die total schamlose Schleichwerbung… Sie konnte immer gucken gehen uns gesponserten Open-Access-Tutorials und machen Sie die Übungen auf UCSC Genome Browser und Tabelle, ENCODE, HVE und andere. Oder unseren anderen 100 Tutorials (Abo). Oder einer der unsere fast 200 wöchentlich Tipps (Open Access).

Und wir werden mit einer Reihe von Webinars im nächsten halben Jahr, der Erste, der in nur etwa einen Tag bekannt gegeben. So halten sich hier anschauen.

Merken, Unterricht kommt vor Innovation. Sie könnten sparen Monaten Arbeit… oder noch besser, machen eine Entdeckung, die Sie sonst nie gemacht haben.

Kolben, D. (2012). Findmittel: Verstehen wie es funktioniert Nature, 484 (7395), 440-441 DOI: 10.1038/484440ein

Video Tipp der Woche: Big Änderungen NCBI Genome Ressourcen


NCBI wurde in erstellt 1988 und hat die gepflegt GenBank Datenbank für die Jahre. Sie bieten auch viele Rechenressourcen und Daten-Retrieval-Systeme für viele Arten von biologischen Daten. Als solche sind sie wissen nur zu gut, wie schnell die Daten, die Biologen sammeln hat sich verändert und erweitert. Als Einsatzmöglichkeiten für verschiedene Datentypen sind entwickelt worden,, ist deutlich geworden, dass neue Arten von Informationen (wie erweiterte Metadaten) müssen gesammelt werden, und neue Wege im Umgang mit Daten erforderlich.

NCBI hat auf diese Bedürfnisse wurden Anpassung im Laufe der Jahre und vor kurzem wurde die Anpassung seines Genoms Ressourcen. Der heutige Tipp wird auf einige dieser Veränderungen beruhen. Mein Video wird auf den Schwerpunkt “komplett überarbeitet Genome site”, das erst kürzlich ausgerollt und kündigte in der jüngsten NCBI Newsletter. Ich habe nicht eine Publikation beschreibt die Veränderungen gefunden, aber der Newsletter geht in einigen Details und die Ankündigung auf der Oberseite des Genome Seite gefunden (& dass ich darauf hinweisen, in dem video) hat eine sehr hilfreiche Details über die Änderungen.

Wie Sie in der Ankündigung siehe, der Genome Ressource ist nicht der einzige Zusammenhang Ressource erlebt die letzten Änderungen haben, einschließlich der Neugestaltung der Genome Project-Ressource in der BioProject Ressourcen und die Schaffung des BioSample Ressource. Ich werde keine Zeit haben, um ins Detail über diese beiden Ressourcen gehen, aber am Ende meines Posts werde ich zwei neuere NCBI Publikationen, die in Nucleic Acids Research kam in diesem Monat verlinken – das sind gute Quellen für weitere Informationen über BioProject lesen, BioSample, und auf der NCBI als Ganzes. Für eine historische Perspektive, die ich auch auf die ursprüngliche Genome Referenz Link, die in der Bioinformatik und derzeit frei zugänglich.

Einige der Änderungen sind sehr interessant, einschließlich “Einzel-Genom Aufzeichnungen stellen nun einen Organismus und nicht ein Genom für ein Isolat.” Die NCBI Newsletter besagt, dass “Wesentliche Verbesserungen sind eine natürliche Organisation auf der Ebene des Organismus für prokaryotische, eukaryotischen, und viralen Genomen. Die Berichte enthalten Informationen über die Verfügbarkeit von Nuklear-oder prokaryotischen primäre Genome sowie Organellen und Plasmide. ” Es gibt auch einen Hinweis, dass “Aufgrund der Reorganisation zu einer natürlichen Klassifikation, älteren Genom Kennungen sind nicht mehr gültig. Typischerweise sind diese Genom-IDs wurden nicht in das bisherige System ausgesetzt und wurden hauptsächlich für den programmgesteuerten Zugriff verwendet. ” Das macht mich fragen, was ändert dies an andere NCBI Ressourcen Mandat, sowie externer Ressourcen. Ich habe keine Ankündigungen diesbezüglich noch nicht gesehen, also werde ich nur noch stay tuned & Check rund um häufig.

Genießen Sie die Spitze & lassen Sie uns, oder NCBI, wissen, was Sie von deren Veränderungen denken! :)

Quick Links:

NCBI Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genome Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referenzen:

Historische Referenz Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Komplette Genome in WWW Entrez: Darstellung der Daten und Analysen Bioinformatik, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feola, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lesen, Z., Madden, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suworow, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Ihr, J. (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Neues Feature, Forschungsartikel, auf OpenHelix site

Wenn man über die OpenHelix Startseite, Sie beginnen, einige Unterschiede feststellen. Unser Tutorial Landingpages haben eine neue Funktion hinzugefügt,. Wir haben jetzt einen Abschnitt auf jeder Zielseite, dass die neuesten Forschungsergebnisse in der BioMed Central-Zeitschriften zeigt. Zum Beispiel, Screenshot hier ist für unsere GeneMANIA Tutorial suite. In der linken unteren Ecke sehen Sie die 5 neuesten wissenschaftlichen Artikeln, die verwendet haben GeneMANIA aus dem BioMed Central Katalog der wissenschaftlichen Zeitschriften. Dies kann hilfreich sein, um Nutzer auf eine Idee davon, welche Art von Daten kann eine Ressource und Forschung, die getan wird erhalten mit der Ressource. Dies wird auch hilfreich sein, andere Ressourcen, die von Nutzen sein könnte finden (häufig ein Zusammenhang-Ressource wird in Verbindung mit der Ressource von Interesse erwähnt werden).

Dies ist der Beginn einer Reihe von neuen Features, die wir hoffen, dass die Zielseiten, die Fähigkeit der Forscher zu lernen verbessern wird hinzugefügt, was sie können über die Daten und Werkzeuge zur Verfügung, um sie. Wir werden das Hinzufügen einer “jüngsten Video-Tipps” Abschnitt und mehr.

Und, wenn Sie ein Herausgeber von Forschungsliteratur und möchte eine "neuere Forschungen Liste zu erhalten’ wie dies auf unsere Landingpages für Ihre Zeitschriften (Zugang zum vollständigen Wortlaut der Artikel müssen), Bitte kontaktieren Sie uns und wir würden uns freuen, mit Ihnen zu arbeiten, dies zu tun zum Wohle Ihrer Zeitschriften, die Ressourcen, die Forscher und ja, OpenHelix :).

In unserer kontinuierlichen Bemühungen zum Erhalt und Ausbau unserer Suchdatenbank und Motor, unsere Tutorials, unserem Blog und mehr, Sie werden auch bemerken, haben wir Werbung auf unserer Webseite hinzugefügt. Die Anzeigen sind ein Top-Banner, eine Seite Skyscraper und eine kleine Anzeige auf Tutorial Landingpages. Bitte beachten Sie betrachten diese Sponsoren, wenn sie für Sie interessant. Anzeigen werden nicht auf gesponserte Tutorials wie sein UCSC Genome Browser und BIP, und andere, noch werden sie sichtbar für alle Teilnehmer, um den Katalog von Tutorials.

Wenn Sie möchten, ein Tutorial Sponsor so dass er öffentlich zugänglich ist, ob Sie der Entwickler des Werkzeugs oder eines Unternehmens, Bitte kontaktieren Sie uns über die Gelegenheit, Aus-und Hilfsangebote für eine große Zahl von Forschern zu bekommen.

Auch, aber wir haben ein Dutzend gesponsert Tutorials, die öffentlich zugänglich sind, wir haben eine großen Katalog von mehr als 90 weitere Tutorials zur Zeichnung zur Verfügung. Sie können subscribe, diese als einen individuellen Zugang, Abteilung oder Institution.

 

Sage Bioinformatik Beratung, Aber…

Bioinformatik-Analyse ist eine leistungsstarke Technik für eine Vielzahl von Bereichen, und das Thema von vielen einen Blog-Beitrag hier bei OpenHelix. Ich habe zwei besondere Bioinformatik Artikel auf meinem Schreibtisch ein paar Monaten, wartet auf mich in der Lage sein, meine Gedanken auf sie zu artikulieren. Beide bieten tolle Informationen über ihren jeweiligen Bereich von Interesse – Vorhersage entweder SNV Auswirkungen oder Protein-Identitäten – und Salbei Bioinformatik Beratung.

Der erste Artikel “Mit Bioinformatik der funktionellen Auswirkungen der SNVs vorhersagen” ist eine große Überprüfung der Bioinformatik Techniken für die Kommissionierung funktionell wichtigen single nucleotide Varianten (SNVs, manchmal auch verschiedentlich als SNPs oder Klein bezeichnet, Einfach oder Single Nucleotide Polymorphismen) von den Millionen von Kandidaten Varianten identifiziert Alltag. In der Einleitung der Autoren machen einen großartigen Job zu erklären, die vielen Wege, auf denen SNVs Auswirkungen haben können, und wie diese grundlegenden Philosophien der Auswirkungen können für bioinformatische Analysen verwendet werden. Das Papier geht dann auf klassischen und Bioinformatik Techniken beschreiben für die Vorhersage der Auswirkungen solcher Veränderungen. Es ist eine phänomenale lesen für die Liste der Ressourcen allein, mit vielen wertvollen und wichtigen Algorithmen und Ressourcen erwähnt. Wir haben Tutorials (ENCODE, OMIM, die UCSC Genome Browser, UniProtKB, Blosum und PAM, HGMD, JASPAR, Hauptkomponentenanalyse, relativen Entropie, SIFT Score, TRANSFAC, ) und Blog-Posts (der Katalog der veröffentlichten Genome-Wide Association Studies) beschreibt viele der gleichen Ressourcen. In der Tat dieses Papier inspiriert mindestens einer unserer wöchentlichen posted Tipps (Tipp der Woche: SKIPPY Vorhersage Varianten w / Spleißen beeinflusst). Das Papier geht dann auf eine “KÄUFER BEWARE” Abschnitt, der einen weisen Rat bietet – kennen die Schwächen, Annahmen, und der Ressourcen, die Sie für Ihre Vorhersagen.

Der zweite Artikel ist ein Open Access-Artikel aus BioTechniques berechtigt “Verwechslungen in der Proteomik“. Es bietet eine Reise durch die Geschichte der Massenspektrometrie (MS) Technologie und steigende Standards für die Dokumentation von Techniken für die Identifizierung von Proteinen in Zeitschriften verwendet. Der Artikel schließt mit Salbei Bioinformatik Beratung, einschließlich dieses Zitat:

Proteomik-Forscher sollten in der Lage, wichtige Fragen zu beantworten, nach Giddings. "Was machst du eigentlich immer von einer Suchmaschine?", Sagt sie. "Wann können Sie glauben, dass es? Wann brauchen Sie, um zu überprüfen?"

Beide Papiere legen nahe, dass Forscher, die Bioinformatik Ressourcen in ihre Forschung nutzen wollen, sollten die theoretischen Grundlagen und Annahmen der einzelnen Tools vor einer Entscheidung über ein Werkzeug zu benutzen untersuchen, und dann sollte bei jeder Analyse mit einem Niveau des Unglaubens in der Werkzeug-Ergebnisse gehen. Das klingt wie der gesunde Menschenverstand, und macht gute theoretische Ratschläge.

JEDOCH, der Ebene der Untersuchung, die erforderlich sind, um wirklich wissen, jedes Werkzeug und Algorithmus ist unverhältnismäßig großen. Was mich betrifft, meine “praktisch” Vorschlag für die Forscher ist ein bisschen wie ein “Filterung Verknüpfung”. Vor dem Tauchen in allen Publikationen auf allen möglichen Instrumenten, nur ein paar Minuten mit einigen Unterlagen – der Ressource FAQ, oder Intro-Tutorial – wir haben ein paar wir Ihnen anbieten können :) – Um eine Vorstellung von dem, was das Werkzeug über & was Sie vielleicht in der Lage sein von ihm zu erhalten. Sobald Sie haben eine allgemeine Vorstellung davon, wie die Ressource zu nähern beginnen “Schlagen” auf die leichte Schulter. Eine erste Kick der Reifen-Test eines Algorithmus, Datenbank, oder eine andere Ressource kann so einfach sein wie Führung eines “Test-Set” auf der Hand zu jeder Zeit & Laufen sie durch jede neue Werkzeug, das Sie verwenden möchten,. Stellen Sie sicher, dass die Menge eine unvollständige Liste von einigen sehr bekannten Proteinen / Wege / SNPs / etc enthält. (was auch immer Sie arbeiten auf & wird in der Analyse interessiert sein) und dass es einige Ihrer Felder 'Egel'. Überlegen Sie, was Sie erwarten, wieder aus Ihrem Set. Dann starten Sie Ihre Tester durch alle neuen Werkzeug-Set sind Sie erwägen, mit Ihrer Forschung, und auf Ihre Ergebnisse sehen – sie sind, was Sie wissen sollten sie? Können sie übernehmen die Egel, oder sie brechen? Als ein Beispiel, wenn ich einen neuen Ansatz Protein-Wechselwirkung Ressource, Ich benutze eine partielle Stückliste für einen Aspekt der Hefe Zellzyklus, und ein oder zwei der Bindestrich-Gen-Namen. Wenn das Tool ist gut, Ich bekomme eine vollständige Liste mit nicht bogging auf der “seltsam” Namen. Wenn es Moore, Ich kenne die Ressourcen möglicherweise nicht 100% erarbeitet für die Hefe & können Probleme mit anderen Arten als auch haben. Wenn die vollständige Liste der Interaktoren kommt zurück mit einem Bündel von Raum-junk-Proteine ​​I untersucht, welche Daten in der Ressource enthalten ist und wenn Einstellungen kann gezwickt werden, um bessere Antworten zu erhalten beginnen. Dann, wenn die Dinge sehen immer noch mit dem Tool viel versprechende, Ich bin wahrscheinlich tief in der Literatur tief, usw.. für das Werkzeug – nur um sicher zu – weil die Autoren dieser Artikel sind absolut richtig, Jagd nach falschen Spuren ist teuer, frustrierend & zeitaufwendige. Es ist erstaunlich, wie viele Zitronen & alte Kisten können Sie Unkraut mit einem 5 Minuten Bioinformatik Reifen Kick! :)

Ich glaube auch nicht, die Verantwortung sollte ausschließlich auf der Rückseite jeder Endbenutzer werden – die Ressource Entwickler hat einige Verantwortung für die ihr Werkzeug strengen und für die genaue Darstellung ihrer Fähigkeiten in Publikationen und Dokumentationen. Fordert Open-Source-Code kann dazu beitragen, einige Werkzeuge der Bioinformatik, so kann die Bildung & aufsuchende – aber diese Diskussion müssen für einen weiteren Tag warten…

Referenzen:

Ein neues Feature BioMed Central

Präsentiert von OpenHelix und BioMed Central :D. Wir mögen vor allem die Funktion und Idee (natürlich) und dachten, wir würden es weitergeben.

BioMed Central (BMC) ist ein Open Access-Verlag. BMC zusammen mit OpenHelix startete eine neues Feature kürzlich zu den Lesern der Zeitschriften BMC rechtzeitig Zugang zu relevanten genomischen Ressource Tutorials. Beim Lesen einer Forschungs-Artikel bei BMC, Forscher sind nun Links zu Online-Tutorials für viele der Genomik Ressourcen und Tools zur Verfügung gestellt werden oder zitiert in dem Artikel. Der Link führt den Leser direkt an die Ausbildung der Zielseite auf der Website OpenHelix. BMC hat eine große Auswahl an Open-Access-Qualität begutachteten Fachzeitschriften und ein Großteil der Forschung berichtet heute verwendet und zitiert viele der Ressourcen OpenHelix Züge auf. Forscher können jetzt schnell Training auf der Datenbanken und Werkzeuge in der Forschung verwendet. Zum Beispiel, dieser kürzlich erschienenen Artikel , Genomweite Charakterisierung der Nicht-polyadenylierte RNAs, in BMC Genome Biology zitiert mehrere Werkzeuge in der Forschung genutzten einschließlich GEO, AUCH und andere. Die neue Funktion findet diese Zitate in dem Artikel und Links zu den Listen OpenHelix Tutorials auf diese Ressourcen, wie im Bild zu sehen.

Es kann hart sein, um einen schnellen Link zu einer entsprechenden Ressource zu finden in Papiere–die Zitate sind manchmal unvollständig, oder nicht zu dem Standort stehen.

Wir haben Pläne, um diese Funktion in mehrfacher Hinsicht eine Ausbildung relevanten und wichtigen Genomik Ressourcen erweitern einfacher und schneller für Forscher.

Wir haben schon einige tolle Resonanz auf diese bekommen–Tolle Idee!

@jytricker Tolle Idee! @BioMedCentral / OpenHelix GU wird Trainer Wissenschaftler auf Genomik / Bioinformatik in Zeitungen erwähnt http://ow.ly/4eQbG

 

Wir unterbrechen das Programm für ein Wort… über die einzelnen Tutorials Kauf

Wir in der Regel nicht speziell Blog über OpenHelix Tutorial Einkauf (das machen wir mit Pressemitteilungen), Es ist nicht Sinn und Zweck des Blogs, aber ich wollte wirklich einen schnellen Heads-up geben. Viele unserer Tutorials sind frei, die End-Benutzer, da die Ressource Anbieter der Ausbildung und der Öffentlichkeitsarbeit finanziert hat. UCSC, ENCODE, BIP, VIEW, SBKB und Galaxy sind nur einige Beispiele. Der Großteil unserer Tutorials (Schau im Katalog: Erreichen 100!) befinden sich hinter einer Abo Wand. Für Trainer, Professoren lehren Genomik, Macht Lernenden, Gruppen und Institutionen, Abonnements machen sehr viel Sinn. Manchmal aber, einzelne Nutzer müssen sich auf ein oder zwei Ressourcen trainieren und ihr Bedürfnis erfüllt ist. Wir haben gerade einen einzelnen Kauf-Funktion, um unsere Tutorials hinzugefügt für diejenigen Benutzer.

Wenn Sie nicht abonniert, Sie werden bemerken, neue grüne “Kauf” und “zeichnen” Tasten (Wenn Sie angemeldet sind, diese Schaltflächen wird natürlich nicht angezeigt, Die Tutorials sind unbegrenzten Zugang). Klicken Sie auf die “Kauf” Button und Sie können den Zugriff auf die spezifische Anleitung sofort nach einer $28.50 Kauf (über Google Checkout, erfordert ein kostenloses Google-Konto, Wenn Sie über ein Google-E-Mail, das wird al, was Sie brauchen). Sie haben sofortigen Zugriff, die für letzten Willen 3 Tagen nach dem Kauf. Das gibt unbegrenzten Zugriff auf den Flash-Film für drei Tage und die Möglichkeit, die Folien zum Download, Handouts und Übungen.

Wieder, Sie sehen die Tutorien in unserer Liste hier, oder suchen Sie nach den Ressourcen auf unserer Heim-und Suchseite. Geben Sie einfach in die Ressource (oder allgemeines Thema) Sie sind in das Suchfeld interessiert. Wenn wir ein Tutorial über die Ressource, es wird ein "Rätsel sein’ Symbol links neben dem Suchergebnis. Grün bedeutet, es ist gesponsert und kostenlos, Rot bedeutet, dass Sie es mit einem Abonnement Blick, oder einzelne Kauf. Klicken Sie einfach auf das Symbol :D.

SciVee Gruppe

Ich habe erwähnte dies vor, aber wie ich versuchen, diese Woche Tipp bereit, Ich dachte, ich würde unsere Leser daran erinnern, dass wir eine Gemeinschaft sind über an SciVee (youtube für die Wissenschaft :): Genomics Resource Training. Wir veröffentlichen alle unsere Tipps gibt es jetzt und wir fügen Videos von anderen Nutzern, die Schulung der Benutzer über Genomik Ressourcen. Wir haben über 2-3 Dutzend Videos in unserer Gemeinde jetzt. Kommen Sie vorbei und verbinden!

Die University of Toronto kündigt kostenloses OpenHelix Tutorial und Schulungsmaterialien für GeneMANIA, eine Genfunktion Prediction Tool

Quote startDie OpenHelix Tutorial Suite ist sicher helfen aktuelle und neue Benutzer aufstehen auf unserer Website und ihre neuen Funktionen Geschwindigkeit, und somit auf ihre Ergebnisse schneller auf ihre Unterstützung der Forschung.Quote end

Bellevue, WA (PRWEB) August 11, 2010

Die Macher von GeneMANIA mit zugezogen haben OpenHelix eine umfassende Online-Schulungen für die Genfunktion Vorhersage-Tool bieten (http://genemania.org ).

GeneMANIA ist eine kostenlose, öffentliche Ressource, die eine einfache Angebote, intuitive Web-Interface, das die Beziehungen zwischen Genen in einer Liste zeigt und analysiert und erweitert die Liste zu anderen verwandten Genen gehören. Das Web-Interface wird durch leistungsfähige Analyse-Software und einem großen Data Warehouse mit umfangreichen Mengen vorhandenen funktionellen Genomik Daten gesichert, und beinhaltet auch Cytoscape Web, eine web-basierte Visualisierungs-Tool, damit Durchsuchen von Abfrage-Ergebnisse und Erstellung der Publikation-ready Zahlen.

"GeneMANIA wird in Kürze aktualisiert, um deutlich mehr Funktionalität erweitert werden,"Nach Gary Bader und Quaid Morris, Juniorprofessoren in der Donnelly Centre (http://tdccbr.med.utoronto.ca/) und Co-Principal Investigators für GeneMANIA. "OpenHelix ihrer Tutorial auf unserem Entwicklungs-Site basiert, und sogar Nutzer-Feedback auf unsere neue Features, die in Verbesserungen unseres Systems geführt versehen. OpenHelix hatte sehr starkes Verständnis des GeneMANIA Schnittstelle, die dann in ein leistungsfähiges Lernressource übersetzt. Die OpenHelix Tutorial Suite ist sicher helfen aktuelle und neue Benutzer aufstehen auf unserer Website und ihre neuen Funktionen Geschwindigkeit, und somit auf ihre Ergebnisse schneller auf ihre Forschung zu unterstützen. "

Das neue Schulungs-Initiativen umfassen ein kostenloses Online-Tutorial Suite auf GeneMANIA. Die Online-Tutorial erzählt (http://www.openhelix.com/genemania ), die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler. Die rund 60 Minuten-Tutorial zeigt und erklärt die Features und Funktionen benötigt, um zu starten mit GeneMANIA effektiv. Das Tutorial kann durch neue Benutzer verwendet werden, um sie zu GeneMANIA einführen, für bisherige Nutzer, damit Sie neue Features und Funktionen, oder einfach nur als Nachschlagewerk zu verstehen Besonderheiten.

Zusätzlich zu den Tutorials, GeneMANIA Benutzer können auch auf nützliche Lehrmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Grundlage für das Lernprogramm verwendet, eine vorgeschlagene Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

"GeneMANIA ist ein innovatives, Hypothese generieren Tool, mit dem ein bestimmtes Gen Liste zu erweitern, um verwandte Gene, die ähnliche Funktionen finden können,", Sagte OpenHelix Gründer und Präsident Dr.. Mary Mangan. "OpenHelix freut sich auf die Förderung im Bereich der Gen-Funktion Vorhersage durch die Unterstützung Forscher in effektiver und effizienter Verwendung solcher ein wichtiges Werkzeug bei."

Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien www.openhelix.com .

Zusätzlich zu den GeneMANIA Tutorial suite, OpenHelix bietet über 90 Tutorial Suiten auf einige der mächtigsten und beliebtesten Bioinformatik und Genomik-Tools im Internet verfügbar. Einige der Lehrgänge Suiten sind frei zugänglich durch die Unterstützung der Ressourcen-Anbietern. Der ganze Katalog von Tutorials Suiten ist über ein Abonnement erhältlich. Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien www.openhelix.com .

Über GeneMANIA
GeneMANIA (www.genemania.org ) ist eine kostenlose Web-basierte Vorhersage-Tool, das andere Gene, die zu einem Satz von Eingangs-Genen sind Funde, mit einer sehr großen Menge von funktionalen Zuordnungsdaten. Association Daten enthalten Proteine ​​und genetische Interaktionen, Wege, Co-Expression, Co-Lokalisation und Protein-Domäne Ähnlichkeit. Sie können GeneMANIA, um neue Mitglieder eines Weges oder komplexe finden, finden Sie weitere Gene können Sie in Ihrem Bildschirm verpasst haben oder finden neue Gene, die mit einer bestimmten Funktion, wie Proteinkinasen. Ihre Frage wird durch die Reihe von Genen Eingabe definiert. Wenn Mitglieder Ihrer Gen Liste bilden ein Protein-Komplex, GeneMANIA zurückkehren wird mehr potenzielle Mitglieder der Protein-Komplex. Wenn Sie ein Gen Liste, GeneMANIA werden Zusammenhänge zwischen den Genen zurück, innerhalb der ausgewählten Datensätze.

GeneMANIA aktiv an der University of Toronto entwickelt, in der Donnelly Centre for Cellular and Biomolekulare Forschung, in den Labors von Gary Bader und Quaid Morris, mit Beiträgen von einem unabhängigen wissenschaftlichen Beirat. GeneMANIA Entwicklung wird von Genome Canada finanziert, durch die Ontario Genomics Institute (2007-OGI-TD-05).

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com ) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die Suche OpenHelix Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, um die relevantesten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Haushalt und Personal-Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der relevantesten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Wir haben Widgets

Ich habe genannten anderen’ Widgets vor. Sie können sehr nützliche Werkzeuge für Websites und Blogs werden zu Inhalten und nützlichen interaktiven sucht hinzufügen, usw..

Nun, wir haben jetzt unsere eigene. Da viele unserer Leser wissen, haben wir eine Genomik und Bioinformatik Suchmaschine hilft, dass der Forscher finden die Datenbank oder die Analyse-Tool, die am besten ihren Bedarf. Geben Sie einen Begriff ein und Sie erhalten eine Liste der Genomik Ressourcen, die im Rang von Relevanz in der Warteschlange befinden. Darüber hinaus, Sie werden angezeigt, wo im Kontext (die Ressource Website, oder in unseren Tutorials oder Blog, wenn es) wo der Begriff gefunden wurde. Zusätzlich, finden Sie Tutorials haben wir auf nahezu erstellt 100 von ihnen, etwa ein Dutzend für den Nutzer kostenlos wie PDB, SGKB, UCSC Genome Browser, und eine andere 80 oder so im Abonnement.

Sowieso, Sie kann sich nun die Suche (das ist natürlich öffentlich zugänglich) in Ihrem Blog oder Web site mit einem der Widgets hatten wir nur erstellt haben (durch die Dieselben Leute , die dazu beigetragen, unsere Datenbank zu durchsuchen). Wir haben drei Größen und man kann ihnen und den Code für sie auf dieser Seite finden.

Sie werden auch sehen, ich habe den kleineren Widget in der rechten Spalte stellen Sie hier auf dem Blog. Sie können ein Wort in es gesetzt und testen Sie es. Es wird eine weitere Seite mit den Ergebnissen unserer Suche öffnen. Probieren Sie es aus!