الوسم المحفوظات: الدروس

نصيحة الأسبوع: MaizeGDB الجينوم متصفح & غيرها من أشرطة الفيديو


أحيانا نحن نصائح الفيديو للغاية والدروس من مواقع أخرى. اليوم أود أن أشير لك MaizeGDB. العام الماضي في الناس وأبرز MaizeGDB دروس الفيديو الخاصة بهم في قاعدة البيانات, كما يذكر في الملخص بهم:

دروس الفيديو هي وسيلة فعالة للباحثين لتتعلم بسرعة كيفية استخدام أدوات الإنترنت التي توفرها قواعد البيانات البيولوجية.

نحن بوضوح توافق هنا في OpenHelix. لدينا أكثر من 100 كامل الدروس و 200 نصائح في اتفاق :D.

جزءا لا يتجزأ من أعلاه هو البرنامج التعليمي على استخدام متصفح الجينوم MaizeGDB (V2). لديهم 7 دروس إضافية على مواردها مثل كيفية العثور على خريطة وراثية موقف من موضع والقيام بحث النمط الظاهري. في تلك الصفحة من الدروس لديهم أيضا وصلات إلى الدروس أخرى مختلفة عن الآخرين في مجال البحوث الذرة وMaizeGDB.

يمكنك معرفة المزيد عن MaizeGDB من بلوق لدينا. وأبرز نحن MaizeGDB في وظائف عدة من السنوات القليلة الماضية بشكل مزمن لها الانتقال إلى GBrowse, انه نجاح و تجربتهم.

وصلات مفيدة:
MaizeGDB
دروس MaizeGDB
GBrowse
OpenHelix GBrowse تعليمي
هاربر LC, شيفر ML, الشوك J, غاردينر JM, Andorf CM, كامبل DA, مدفع EK, براون BL, بيركيت SM, لورانس CJ, & سين TZ (2011). في متصفح الجينوم MaizeGDB التعليمي: مثال واحد من الوصول إلى قاعدة بيانات علماء الأحياء عن طريق الفيديو. قاعدة بيانات : مجلة قواعد البيانات البيولوجية وcuration, 2011 PMID: 21565781

تعليمات تسبق الابتكار

تأسست OpenHelix على فرضية ومريم ذلك مرة اخرى مؤخرا على آخر ضيفا على مدونات الطبيعة: SciVee – جعل العلم مرئي.

هل RTFM? هيا، يقول الحقيقة. عندما تقترب بعض البرامج الجديدة, لا تقرأ دليل فرياكين اول? نعم. حتى ظننت. لا داعي للقلق, انها النمط الظاهري المشتركة. في الواقع, نحن واثقون تماما من أن العلماء في OpenHelix هي من بين نسبة ضئيلة من الأشخاص الذين لديهم أليل نادرة لقراءة دليل البرامج. ولكن الخبر الجيد أننا قد وجدت وسيلة لمساعدة الناس على أليل غير نادرة.

(RTFM… “قراءة المهجورة "’ كتيب” … F أن تكون شيئا آخر… هذا هو بلوق للعائلات بعد كل شيء).

ونحن نعلم تماما أن ساعة أو عدد قليل من بعض التدريب المنظم والتعلم عن أداة قاعدة البيانات أو التحليل البيولوجي وحفظ أيام الباحث, أشهر في بعض الأحيان, العمل. في بعض الأحيان فإنه يعني الفرق بين إجراء اكتشاف مدهش… أو أمام طريق مسدود.

جيد, كان من الجميل أن يقرأ في اليوم التعليق في الطبيعة (ديفيد المكبس, p440, خلف جدار الاشتراك) خير مثال على ما نحن الانجيليين حول:

كرئيس لمختبرات جامعة فاندربيلت في المجهر الأساسية, التقيت به مؤخرا أحد الزملاء وتلميذه لمناقشة نتائجها مربكة من تجربة دراسة التفاعلات بين البروتينات في الخلايا. بعد تطبيق العلاج الذي ينبغي أن تعطل التفاعل بين اثنين من البروتينات خاص داخل الميتوكوندريا, انهم شاهدوا ما زالت تتفاعل البروتينات. وقال الطالب الذي لقياس مدى تفاعل انه استخدم صورة التجاري الآلي- تحليل نظام. وقال انه لا يفهم كيف عملت, لذلك فهو يستخدم فقط ضبط زميل من تجربة مختلفة. لكن, لا يشعر, وكان هذا ملثمين كل من الخلية باستثناء الميتوكوندريا. إذا كان لديه

تعديل الإعدادات لمغادرة الخلية بأكملها غير المقنعة, كان ينظر اليه على أن البروتينات هي الآن موجودة في الميتوكوندريا في كميات صغيرة نسبيا بالمقارنة مع بقية الخلية, وهكذا تعطلت تفاعلها - العلاج كان, في الواقع, عامل.

في هذه الحالة, لم يكن من إلهام التي كانت غائبة - كان التعليم.

انه يمضي لمناقشة كيف كان الأتمتة في البحوث نعمة, لكن في الوقت نفسه لعنة.
لقد جعل من الاسهل للحصول على الأبحاث التي أجريت. هذا هو الذهاب الى الصوت مثل 'فوق التل في كلا الاتجاهين… في الثلج’ قصة, لكن قصير (نعم, أقول.. قصير) 20 قبل سنوات عندما بدأت تسلسل العناصر retrotransposable في ذبابة الفاكهة, لقد استخدمت طريقة سانجر وتستخدم لملء الممرات والممرات من المواد الهلامية polyacrylimide. وجرت بعض الأزواج الأساسية ألف من تسلسل وقتا طويلا, كما في أيام (أو تعيين أسابيع عندما كنت ارتكب خطأ غبي وتصدع الزجاج ضخمة تصل فني مختبر لدينا رائعة اقامة). اليوم, انها الآلي وسريع, اشتعلت فيه النيران بسرعة. كما هو الحال في مئات الملايين من الأزواج الأساسية في نفس المقدار من الوقت.
لكن, كما الدكتور. مكبس يشرح في التعليق, وهذا يؤدي إلى الباحثين لا فهم كيفية بالكامل أداة تعمل والمعلمات استخدام أفضل لل:
هم إضاعة الوقت عن طريق استخدام التكنولوجيا- nique بطريقة غير سليمة أو, بشكل مأساوي على قدم المساواة, افتقد شيء مثير عندما نفترض أن نتيجة غريبة يعني أنها فعلت شيئا خطأ، وانهم لم متابعته.
وقال انه يتحدث بصفة رئيسية إلى الأدوات التجريبية في مقاعد البدلاء، والحاجة لمزيد من التربية والتعليم. لكنه يذهب مضاعفا حتى لقواعد البيانات وأدوات التحليل الحسابي, قواعد البيانات والأدوات التي الى حد كبير أي وجميع الباحثين البيولوجية تحتاج الآن إلى الحصول عليها واستخدامها بشكل منتظم… ينبغي أو.
لدينا الكثير من الحكايات الخاصة بنا على طول هذه الخطوط. كان هناك باحث في علم الفطريات الذي, عندما أظهرنا لهم قواعد بيانات اثنين من معلومات فطرية, وكان منتشي. وكانت حكاية قصارى جهدي وهو باحث بارز (لن أقول الذي, متى وأين :D) الذي تولى ورشة عمل معنا بشأن المجين UCSC ومتصفحات الجدول. جاء هذا الباحث ما يصل لي بعد ذلك وأراني في البحوث التي تجرى في المختبر والشهر قضوا في طريق مسدود في محاولة لتحليل البيانات. في نهاية ورشة العمل, أحسب أنها من الجواب، وقال لنا أن 4 طبعا ربما ساعة فقط انقذ منهم 6 أشهر من العمل.

لدينا الكثير من الحكايات من هذا القبيل.

قراءة تعليق, الدكتور. مكبس لديها بعض النقاط الوجيهة جدا ومهمة والاقتراحات.

يا, و… هنا يأتي المكونات وقح تماما… هل يمكن أن تذهب دائما مشاهدة لدينا برامج تعليمية متميزة الوصول المفتوح والقيام التدريبات على UCSC الجينوم والجدول المتصفحات, ترميز, PDB وغيرها. لدينا أو غيرها من 100 الدروس (اكتتاب). أو واحدة من لدينا ما يقرب من 200 نصائح الأسبوعية (فتح وصول).

وسنعقد سلسلة من ندوات عبر الإنترنت في النصف الأول من العام المقبل, وسيعلن عن الأول في يوم واحد فقط عن. حتى تبقى مشاهدة هنا.

تذكر, التعليمات تأتي قبل ابتكار. هل يمكن انقاذ اشهر من العمل… أو حتى أفضل, جعل هذا الاكتشاف ان كنت أبدا جعلت خلاف ذلك.

مكبس, D. (2012). أدوات البحث: فهم كيف يعمل طبيعة, 484 (7395), 440-441 دوى: 10.1038/484440a

تلميح فيديو للأسبوع: تغييرات كبيرة على الموارد في الجينوم NCBI


نكبي تم إنشاؤه في 1988 وحافظت بنك الجينات قاعدة بيانات لسنوات. كما أنها توفر العديد من الموارد الحاسوبية ونظم استرجاع البيانات لأنواع عديدة من البيانات البيولوجية. على هذا النحو أنهم يعرفون جيدا مدى سرعة البيانات التي جمع علماء البيولوجيا قد تغيرت وتوسعت. كما وضعت يستخدم لأنواع البيانات المختلفة, أصبح من الواضح أن أنواع المعلومات الجديدة (مثل التعريف الموسع) يجب أن يتم جمعها, ويتطلب طرقا جديدة للمعالجة البيانات.

وقد NCBI التكيف مع هذه الاحتياجات على مر السنين ، ومؤخرا تم تكييف الموارد الجينوم. وسوف يستند تلميح اليوم على بعض هذه التغييرات. الفيديو الخاص بي وسوف تركز على “أعيد تصميمها بالكامل الجينوم موقع”, الذي توالت مؤخرا ، وأعلن في أحدث نشرة NCBI. لم أجد منشور يصف التغييرات, لكن النشرة يذهب الى بعض التفاصيل و الإعلان عن العثور على الجزء العلوي من موقع الجينوم (& أود أن أشير إلى أن في شريط الفيديو) وتفاصيل مفيدة للغاية حول التغييرات.

كما سترى في الاعلان, و الجينوم الموارد ليس من الموارد ذات الصلة الوحيدة التي شهدت مؤخرا تغييرات, بما في ذلك إعادة تصميم مشروع الجينوم في الموارد Bioproject الموارد ، وإنشاء العينة البيولوجية مورد. وأنا ليس لدي الوقت للذهاب الى التفاصيل حول تلك الموارد اثنين ولكن في نهاية منصبي سوف تصل إلى منشورين NCBI الأخيرة التي خرجت في أبحاث الأحماض النووية هذا الشهر – هذه هي موارد جيدة لقراءة المزيد من المعلومات عن BioProject, العينة البيولوجية, وعلى NCBI ككل. لمنظور تاريخي أنا أيضا الربط مع الإشارة الجينوم الأصلي, الذي هو في المعلوماتية الحيوية وخالية حاليا للوصول إلى.

بعض التغييرات مثيرة جدا للاهتمام, بما في ذلك “سجلات الجينوم واحدة تمثل الآن كائن حي وليس عزل جينوم واحد.” النشرة الدول التي NCBI “تحسينات رئيسية تشمل تنظيم أكثر طبيعية على مستوى الكائن الحي لبروكاريوتيك, حقيقية النواة, والجينوم الفيروسي. تتضمن التقارير معلومات حول توفر الجينوم الابتدائي النووية أو بدائية ، وكذلك العضيات والبلازميدات. ” هناك أيضا ملاحظة أن “وبسبب إعادة التنظيم إلى نظام تصنيف الطبيعي, معرفات الجينوم القديمة لم تعد صالحة. عادة لم يتعرضوا هذه المعرفات الجينوم في النظام السابق ، وكانت تستخدم أساسا من أجل الوصول البرمجي. ” هذا يجعلني أتساءل ما هي التغييرات التي سيقوم هذا تفويض لموارد NCBI الأخرى, فضلا عن الموارد الخارجية. أنا لم أر أي إعلانات على ذلك حتى الآن, لذا فإنني سوف يكون لمجرد البقاء ضبطها & حول الاختيار في كثير من الأحيان.

يتمتع غيض & دعونا, أو NCBI, أعرف ما رأيك في التغييرات الخاصة بهم! :)

روابط سريعة:

NCBI الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez الجينوم الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

المراجع:

مرجع تاريخي Entrez الجينوم: Tatusova, ت., Karsch - مزراحي, I., & Ostell, J. (1999). الجينوم الكامل في Entrez WWW: تمثيل البيانات وتحليلها المعلوماتية الحيوية, 15 (7), 536-543 دوى: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

باريت, ت., كلارك, ك., GevorgyanGorelenkov, ر., Gorelenkov, خامسا, Gribov, E., Karsch - مزراحي, I., Kimelman, م., بروت, ك., Resenchuk, س., Tatusova, ت., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject العينة البيولوجية وقواعد البيانات في NCBI: القبض على تسهيل وتنظيم البيانات الوصفية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1163

القائلون, E., باريت, ت., بينسون, د., بولتون, E., براينت, س., Canese, ك., الفصل ت. فيرنين, خامسا, كنيسة, د., DiCuccio, م., Federhen, س., Feolo, م., Fingerman, I., الجير, L., Helmberg, دبليو., كابوستين, Y., كراسنوف, س., الفلاح, د., ليبمان, د., لو, ز., غيظ, ت., ماديج, ت., Maglottقاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184, د., Marchler باور, أ., طحان, خامسا, Karsch - مزراحي, I., Ostell, ج., Panchenko, أ., بهان, L., بروت, ك., شولر, غ., سكويرا, E., خمرة, س., شموي, م., Sirotkin, ك., Slotta, د., سوفوروف, أ., Starchenko, غ., Tatusova, ت., فاغنر, L., وانغ, Y., ويلبر, دبليو., Yaschenko, E., & انتم, J. (2011). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184

ميزة جديدة, بحث المقالات, على موقع OpenHelix

إذا ذهبت إلى أكثر من OpenHelix الصفحة الرئيسية, عليك أن تبدأ في ملاحظة بعض الاختلافات. صفحاتنا الهبوط البرنامج التعليمي لديها الميزة الجديدة المضافة. لدينا الآن المقطع على كل صفحة الهبوط الذي يعرض أحدث الأبحاث في المجلات الوسطى بيوميد. مثلا, لقطة هنا لدينا GeneMANIA جناح تعليمي. في أسفل الزاوية اليسرى سترى 5 المقالات والبحوث الأخيرة التي استخدمت GeneMANIA من بيوميد الوسطى كتالوج من المجلات البحثية. وسيكون هذا مفيدا للمستخدمين للحصول على فكرة عن أي نوع من البيانات لديها الموارد والبحوث التي تتم باستخدام الموارد. هذا سيكون مفيدا أيضا للعثور على الموارد الأخرى التي قد تكون مفيدة (وكثيرا ما تكون مصدرا المذكورة ذات الصلة بالتعاون مع المورد من الفائدة).

هذه هي بداية لسلسلة من الميزات الجديدة ونأمل أن تضيف إلى صفحات مقصودة من شأنها أن تعزز من قدرة الباحثين على معرفة كل ما يمكن حول البيانات والأدوات المتاحة لهم. سنكون إضافة “نصائح الفيديو الأخيرة” وأكثر من ذلك القسم.

و, إذا كنت ناشرا للأدب البحث وترغب في الحصول على "قائمة البحوث التي أجريت مؤخرا’ مثل هذا الهبوط على صفحات المجلات لدينا الخاص (سوف تحتاج إلى الوصول إلى النص الكامل للمقالات), يرجى الاتصال بنا وكنا نحب أن نعمل معكم على أن تفعل ذلك لصالح عدد من المجلات الخاصة بك, الموارد, الباحثون ونعم, OpenHelix :).

في جهودنا المستمرة للحفاظ على وتوسيع نشاطنا قاعدة بيانات محرك البحث و, لدينا برامج تعليمية, لدينا بلوق وأكثر, ستلاحظ أيضا لدينا وأضاف الإعلان على الموقع. الإعلانات هي لافتة إعلانية الأعلى, إعلان ناطحة سحاب الجانبية وإعلان صغير على صفحات مقصودة التعليمي. يرجى النظر في عرض هذه الراعية إذا كانت تهمك. وسوف لا يكون على إعلانات الدروس برعاية مثل UCSC متصفح الجينوم و الناتج المحلي الإجمالي, و آخرون, كما أنها لن تكون مرئية من أي المشتركين في النشرة المصورة من الدروس.

إذا كنت ترغب في رعاية البرنامج التعليمي بحيث يكون متاحا للجمهور, سواء كنت المطور من أداة أو شركة, يرجى الاتصال بنا عن فرصة للحصول على التدريب والتوعية لعدد كبير من الباحثين.

أيضا, وإن لدينا عشرات الدروس التي ترعاها متاحة للجمهور, نحن لا يملك الكتالوج كبيرة من أكثر من 90 الدروس الإضافية المتاحة للاكتتاب. يمكنك قubscribe الوصول إلى هذه كفرد, الدائرة أو المؤسسة.

 

المعلوماتية الحيوية مشورة حكيم, لكن…

المعلوماتية الحيوية هو تحليل تقنية قوية تنطبق على طائفة واسعة من المجالات, ويخضع العديد من بلوق وظيفة ما وهو هنا في OpenHelix. لقد تلقى اثنان سيما المواد المعلوماتية الحيوية على مكتبي لبضعة أشهر الآن, الانتظار بالنسبة لي أن أكون قادرا على التعبير عن أفكاري حول لهم. كلاهما تقديم معلومات كبيرة عن منطقتهم ولا سيما في المصالح – توقع الآثار إما SNV أو هويات البروتين – المعلوماتية الحيوية والموعظة الحسنة.

المادة الاولى “استخدام المعلوماتية الحيوية في التنبؤ بتأثير الفنية SNVs” هو استعراض كبير للتقنيات المعلوماتية الحيوية الهامة لفتنتقي ظيفيا المتغيرات النوكليوتيدات واحد (SNVs, أيضا في بعض الأحيان يشار إليها بطرق متعددة تعدد الأشكال أو الصغيرة, النكليوتيد الأشكال ، أو واحدة بسيطة) من ملايين يجري تحديد المتغيرات مرشح اليومية. في مقدمة الكتاب يقوم بعمل عظيم لشرح العديد من الطرق التي يمكن SNVs يكون لها تأثير, وكذلك كيف يمكن أن تستخدم هذه الفلسفات الأساسية للتأثير على التحليلات المعلوماتية الحيوية. ورقة ثم يذهب إلى وصف كل من الكلاسيكية وتقنيات المعلوماتية الحيوية للتنبؤ بتأثير هذه الاختلافات. فمن قراءة الهائل للاطلاع على قائمة الموارد وحدها, مع العديد من الخوارزميات والموارد القيمة والهامة المذكورة. لقد حصلنا على الدروس (ترميز, OMIM, مستعرض الجينوم UCSC, UniProtKB, Blosum والأصالة والمعاصرة, HGMD, JASPAR, تحليل مكونات رئيسية, النسبية الكون, فرزت درجة, TRANSFAC, ) بلوق وظائف و (و فهرس النشر جمعية دراسات الجينوم على نطاق) يصف العديد من الموارد نفسها. في الحقيقة من وحي هذه الورقة واحدة على الأقل من النصائح الأسبوعية لدينا السؤال (نصيحة الأسبوع: توقع سكيبي المتغيرات ث / الربط يؤثر). ورقة ثم يمضي إلى “المشتري حذار” المقطع الذي يقدم بعض الموعظة الحسنة – معرفة نقاط الضعف, الافتراضات, والموارد التي تستخدم للتنبؤات الخاص.

المادة الثانية هي عبارة عن مقالة وصول مفتوحة من التقنيات البيولوجية بعنوان “مخطئ الهويات في البروتيوميات“. وهو يقدم من خلال قصف لتاريخ قياس الطيف الكتلي (MS) ارتفاع مستويات التكنولوجيا وتقنيات توثيق لاستخدامها لتحديد البروتين في المجلات. ويختتم المقال أيضا مع حكيم المشورة المعلوماتية الحيوية, بما في ذلك هذا الاقتباس:

يجب على الباحثين البروتين يكون قادرا على الإجابة على الأسئلة الأساسية, وفقا لجيدينجز. "ما الذي يحصل فعليا من محرك البحث?"تقول :. "لا أعتقد أنه عند? عندما لا تحتاج إلى التحقق من صحة?"

كلاهما أوراق تشير إلى أن الباحثين الذين يرغبون في استخدام الموارد المعلوماتية الحيوية في أبحاثهم ينبغي التحقيق في الأسس النظرية والافتراضات من كل أداة قبل اتخاذ قرار بشأن استخدام أداة, ويجب ان تذهب بعد ذلك في كل مستوى التحليل مع الكفر في نتائج أداة. يبدو أن مثل الحس السليم, ويجعل المشورة النظرية جيدة.

لكن, على مستوى التحقيق ما هو مطلوب حقا لمعرفة كل أداة والخوارزمية ضخمة باهظة. بالنسبة لي, لي “عملي” اقتراح للباحثين قليلا من “تصفية المختصرة”. قبل الغوص في جميع المنشورات على جميع الأدوات الممكنة, قضاء بضع دقائق مع بعض الوثائق – المورد التعليمات, أو مقدمة البرنامج التعليمي – لدينا عدد قليل من أننا يمكن أن نقدم لكم :) – للحصول على فكرة عن ما هو حول الأداة & ما كنت قد تكون قادرة على الحصول منه. مرة واحدة كنت قد حصلت على فكرة عامة عن كيفية التعامل مع بدء الموارد “قرع” على أنها خفيفة. ركلة الاختبار الأولي اطارات خوارزمية, قاعدة البيانات, أو الموارد الأخرى يمكن أن يكون سهلا كما الحفاظ على “اختبار مجموعة” في متناول اليد في كل الأوقات & تشغيله من خلال أي أداة جديدة تريد استخدامها. تأكد من أن مجموعة تضم قائمة جزئية من بعض البروتينات معروف جدا / مسارات / النيوكلوتايد / الخ. (مهما كنت تعمل على & وسوف تكون مهتمة في تحليل) وأنه لديها بعض من 'المثقوبة' الحقول. التفكير في ما كنت تتوقع أن نعود من مجموعة الخاص. ثم تشغيل مجموعة اختبار الخاص من خلال أي أداة جديدة كنت تفكر به في البحث الخاص بك, وننظر في النتائج – هم ما كنت أعرف أنها ينبغي أن تكون? يمكنهم التعامل مع المثقوبة, أو أنها لا تكسر? كمثال, عندما كنت نهج التفاعل البروتين الموارد الجديدة, انا استخدام قائمة جزئية لبعض أجزاء الجانب من الخميرة دورة الخلية, وتشمل واحدة أو اثنتين من الجينات أسماء الواصلة. إذا كانت أداة جيدة, أحصل على الانتهاء مع عدم وجود قائمة على التعثر “غريب” أسماء. إذا كان السباخ, وأنا أعلم أن الموارد قد لا تكون 100% وضعت لالخميرة & ربما لديك مشاكل مع الأنواع الأخرى كذلك. إذا كانت القائمة الكاملة لinteractors يعود مع حفنة من الفضاء غير المرغوب فيه البروتينات أبدأ التحقيق ما يتم تضمين البيانات في الموارد ، وإذا كان يمكن أنب الإعدادات للحصول على أفضل الإجابات. ثم, اذا كانت الامور لا تزال تبدو واعدة مع أداة, أنا من المحتمل أن يحفر عميقا في الأدب, الخ. للأداة – لمجرد التأكد من – لأن واضعي هذه المواد على حق تماما, مطاردة يؤدي كاذبة مكلفة, محبط & مضيعة للوقت. ومن المدهش كم من الليمون & jalopies يمكنك الخروج مع الاعشاب 5 المعلوماتية الحيوية الدقيقة ركلة الإطارات! :)

كما أنني لا أعتقد أن المسؤولية يجب أن تكون فقط على الجزء الخلفي من كل مستخدم النهائي – المطور الموارد لديها بعض المسؤولية عن اتخاذ هذه القرارات بشكل دقيق وأداة لتمثيل بدقة قدراته في المنشورات والوثائق. يمكن أن تدعو إلى رمز المصدر المفتوح يساعد على تحسين بعض الأدوات المعلوماتية الحيوية, بحيث التعليم & التوعية – ولكن تلك المناقشة يتعين الانتظار ليوم اخر…

المراجع:

ميزة جديدة بيوميد الوسطى

يوجه اليكم من OpenHelix ووسط بيوميد :D. نود حقا ميزة والفكرة (بالطبع) الفكر وكنا ينقلونه.

بيوميد الوسطى (BMC) هو ناشر الوصول المفتوح. أطلقت BMC مع OpenHelix a ميزة جديدة في الآونة الأخيرة لاعطاء القراء من الوصول في الوقت المناسب لBMC المجلات ذات الصلة الدروس الموارد الجينومية. عند قراءة مقال في BMC, وتقدم الباحثون الآن صلات البرامج التعليمية عبر الإنترنت للعديد من الموارد الجينوميات والأدوات المستخدمة أو استشهد في المقالة. الرابط يأخذ القارئ مباشرة إلى الصفحة المقصودة التدريب على موقع OpenHelix. BMC لديها تشكيلة كبيرة من جودة عالية وصول فتح المجلات البحثية وذكرت الكثير من البحوث ويستشهد اليوم يستخدم الكثير من الموارد على القطارات OpenHelix. يمكن للباحثين الآن العثور بسرعة على التدريب على قواعد البيانات والأدوات المستخدمة في البحث. مثلا, هذه المادة الأخيرة , Genomewide توصيف غير مذيل بعديد الأدينيلات الرناوات, في لBMC الجينوم علم الأحياء ويستشهد العديد من الأدوات المستخدمة في أبحاثهم بما في ذلك GEO, EVEN وغيرها. ميزة جديدة يجد هذه الاستشهادات في المقالة ويسرد ارتباطات الدروس OpenHelix على تلك الموارد كما رأينا في الصورة.

يمكن أن يكون من الصعب العثور على وصلة سريعة للموارد ذات الصلة في ورقات–الاستشهادات في بعض الأحيان غير مكتملة, أو لا ترتبط إلى موقع.

لدينا خطط لتوسيع هذه الميزة في عدة طرق لجعل التدريب على الموارد ذات الصلة وأهمية علم الجينوم أبسط وأسرع للباحثين.

تذوقنا بالفعل بعض ردود فعل كبيرة في هذا–فكرة رائعة!

بالدوينjytricker فكرة رائعة! بالدوينBioMedCentral / OpenHelix سوف JV مدرب العلماء على علم الجينوم / أدوات المعلوماتية الحيوية المذكورة في ورقات http://ow.ly/4eQbG

 

نحن المقاطعة هذا البرنامج عن كلمة… حول شراء البرنامج التعليمي الفردي

ونحن عادة لا بلوق تحديدا حول شراء البرنامج التعليمي OpenHelix (نفعل ذلك مع الصحفية), انها ليست الغرض من هذا بلوق, ولكني أردت حقا أن يعطي رؤساء سريعة تصل. لدينا العديد من الدروس مجانية للمستخدم النهائي لأن الموفر للموارد وتمويل التدريب والتوعية. UCSC, ترميز, الناتج المحلي الإجمالي, VIEW, SBKB و المجرة ليست سوى بعض الأمثلة. الجزء الأكبر من الدروس لدينا (تحقق من كتالوج: الوصول 100!) هي وراء اكتتاب جدار. للمدربين, الجينوميات أساتذة التعليم, السلطة المتعلمين, المجموعات والمؤسسات, الاشتراكات جعل الكثير من معانيها. في بعض الأحيان على الرغم من, المستخدمين الفرديين حاجة للتدريب على واحد أو اثنين الموارد والوفاء حاجتهم. واضاف لدينا مجرد وظيفة الشراء الفردية لدينا دروس لأولئك المستخدمين.

اذا لم تكن مشتركا, ستلاحظ خضراء جديدة “شراء” و “اشترك” أزرار (إذا كنت مشتركا, سوف لا تظهر تلك الأزرار بالطبع, الدروس وصول غير محدود). انقر على “شراء” يمكن زر وتحصل على الوصول إلى هذا البرنامج التعليمي المحددة على الفور بعد $28.50 شراء (من خلال خدمة Google Checkout, يتطلب حساب Google مجانا, إذا كان لديك بريد إلكتروني جوجل, والتي ستكون شركة تحتاج). سيكون لديك إمكانية الوصول الفوري والتي تستمر ل 3 بعد أيام من شراء. وسوف تتيح وصول غير محدود للفيلم فلاش لمدة ثلاثة أيام ، والقدرة على تحميل الشرائح, النشرات والتمارين.

ثانية, يمكنك أن ترى دروس في قائمتنا هنا, أو البحث عن موارد على موقعنا الداخل وصفحة البحث. اكتب فقط في الموارد (أو الموضوع العام) كنت مهتما في خانة البحث. اذا كان لدينا برنامج تعليمي على المورد, سيكون هناك لغز '’ الرمز إلى يسار نتائج البحث. أخضر يعني انها رعت ومجانا, أحمر يعني أنك يمكن مشاهدته مع الاشتراك, أو شراء الفردية. فقط انقر على أيقونة :D.

Scivee المجموعة

لقد ذكرت هذا من قبل, ولكن كما اني اسعى الى الحصول على هذا غيض أسابيع جاهزة, اعتقدت أن أذكر القراء بأن لدينا أكثر من المجتمع في Scivee (يوتيوب للعلوم :): الجينوميات تدريب الموارد. نحن لدينا كل آخر نصائح وهناك الآن نضيف الفيديو من المستخدمين الآخرين أن مستخدمي القطارات حول موارد الجينوميات. لدينا حوالي 2-3 عشرات أشرطة الفيديو في مجتمعنا الآن. يأتي على أكثر من والانضمام!

جامعة تورنتو يعلن تعليمي مجاني OpenHelix ومواد تدريبية لGeneMANIA, التنبؤ وظائف الجينات أداة

Quote startجناح تعليمي OpenHelix ومن المؤكد أن تساعد المستخدمين الحاليين والجدد للحصول على ما يصل الى سرعة على موقعنا ومميزاته الجديدة, وبالتالي الحصول على نتائجها بسرعة أكبر لدعم بحوثهم.Quote end

بيلفو, WA (PRWEB) آب / أغسطس 11, 2010

المبدعين من GeneMANIA وقد تم التعاقد مع OpenHelix لتوفير التدريب الشامل على الإنترنت أداة للتنبؤ وظيفة الجين (المتشعب://genemania.org ).

GeneMANIA هو مورد الحرة العامة التي تقدم بسيط, بديهية واجهة الويب التي تظهر في العلاقات بين الجينات في قائمة والتحليلات ، وتمتد القائمة لتشمل الجينات الأخرى ذات الصلة. وتدعم واجهة الويب بواسطة برنامج تحليل قوي ومستودع البيانات الكبيرة التي تحتوي على كميات كبيرة من البيانات الموجودة الجينوميات الوظيفية, ويشمل أيضا Cytoscape ويب, شبكة يستند التصور أداة متقدمة لتمكين تصفح نتائج الاستعلام وخلق شخصيات جاهزة للنشر.

"سوف يكون قريبا GeneMANIA تحديثها لتشمل وظائف زادت بشكل ملحوظ,"وفقا لبدر وغاري موريس كويد, أستاذ مساعد في مركز دونيلي (http://tdccbr.med.utoronto.ca/) وشارك في الرئيسية للمحققين GeneMANIA. "OpenHelix يستند البرنامج التعليمي على موقع تنميتنا, وقدمت حتى تعليقات المستخدمين على الميزات الجديد التي أسفرت عن إدخال تحسينات على نظامنا. وكان OpenHelix فهم قوي جدا من واجهة GeneMANIA, الذي ترجم بعد ذلك الى مورد التعلم قوية. جناح تعليمي OpenHelix ومن المؤكد أن تساعد المستخدمين الحاليين والجدد للحصول على ما يصل الى سرعة على موقعنا ومميزاته الجديدة, وبالتالي الحصول على نتائجها بسرعة أكبر لدعم أبحاثهم. "

مبادرات تدريبية جديدة تشتمل على جناح تعليمي مجاني على الانترنت على GeneMANIA. البرنامج التعليمي على الانترنت روى (http://www.openhelix.com/genemania ), الذي يعمل في المتصفح فقط عن أي, ويمكن الاطلاع من البداية إلى النهاية ، أو التنقل بينها باستخدام فصول وإلى الأمام وإلى الوراء المتزلجون. تقريبا 60 يبرز البرنامج التعليمي دقيقة ويشرح الميزات والوظائف المطلوبة لبدء استخدام GeneMANIA بفعالية. ويمكن استخدام البرنامج التعليمي من قبل المستخدمين الجدد لتعريفهم GeneMANIA, لمستخدمي السابقة لعرض الميزات والوظائف الجديدة, أو ببساطة كأداة مرجعية لفهم سمات محددة.

بالإضافة إلى البرنامج التعليمي, يمكن للمستخدمين الوصول GeneMANIA أيضا مواد تدريبية مفيدة بما في ذلك شرائح PowerPoint متحركة تستخدم كأساس لتعليمي, السيناريو المقترح للشرائح, الشريحة الصدقات, والتمارين. وهذا يمكن أن ينقذ وقت وجهد هائل للمعلمين وأساتذة لإنشاء محتوى الفصول الدراسية.

"GeneMANIA هو مبتكر, أداة توليد فرضية التي يمكن استخدامها لتوسيع قائمة الجينات نظرا للعثور على الجينات المرتبطة تقاسم وظائف مماثلة,"وقال مؤسس والدكتور OpenHelix الرئيس. ماري مانجان. "هو متحمس لOpenHelix يسهم في تعزيز مجال التنبؤ وظائف الجينات التي تساعد الباحثين في فعالية وكفاءة استخدام هذه الأداة الهامة."

يمكن للمستخدمين عرض الدروس وتنزيل المواد مجانا على www.openhelix.com .

بالإضافة إلى جناح تعليمي GeneMANIA, تقدم أكثر من OpenHelix 90 جناح تعليمي على بعض المعلومات البيولوجية الأكثر نفوذا وشعبية وأدوات الجينوميات المتاحة على شبكة الإنترنت. بعض الأجنحة الدروس متاحة بحرية من خلال الدعم من مقدمي الموارد. كتالوج كامل من الأجنحة الدروس متاحة من خلال اشتراك. يمكن للمستخدمين عرض الدروس وتنزيل المواد مجانا على www.openhelix.com .

حول GeneMANIA
GeneMANIA (www.genemania.org ) هو حر أداة التنبؤ على شبكة الإنترنت أن يجد الجينات الأخرى التي تتعلق بمجموعة من الجينات المدخلات, باستخدام مجموعة كبيرة جدا من البيانات الجمعيات الفنية. بيانات الجمعيات تشمل البروتين والتفاعلات الجينية, مسارات, شارك في التعبير, شارك في الترجمة والبروتين التشابه نطاق. يمكنك استخدام GeneMANIA للعثور على أعضاء جدد في مسار أو معقدة, العثور على جينات إضافية كنت قد غاب في الشاشة أو العثور على جينات جديدة ذات وظيفة محددة, مثل بروتين كيناز. ويعرف عن سؤالك من قبل مجموعة من الجينات يمكنك إدخال. إذا كان اعضاء لائحة الجين الخاص تشكل بروتين معقد, سوف GeneMANIA عودة أكثر من أعضاء المحتملة للبروتين معقد. إذا قمت بإدخال قائمة الجينات, سوف GeneMANIA عودة الاتصالات بين جيناته, ضمن قواعد بيانات مختارة.

تم تطوير بنشاط GeneMANIA في جامعة تورنتو, دونلي في مركز للبحوث الخلوية والجزيئية البيولوجية, في معامل بدر وغاري موريس كويد, بمساهمة من هيئة استشارية علمية مستقلة. ويتم تمويل التنمية GeneMANIA من كندا الجينوم, من خلال معهد أونتاريو جينوم (2007-أوجي - TD-05).

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (www.openhelix.com ) يوفر بحث المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم وبوابة التدريب, إعطاء الباحثين للعثور على مكان واحد وتعلم كيفية استخدام الموارد وقواعد البيانات على شبكة الإنترنت. بوابة البحث OpenHelix تفتيش مئات من الموارد, أجنحة التعليمي وغيرها من المواد لتوجيه الباحثين إلى معظم الموارد والمواد ذات الصلة OpenHelix التدريب لتلبية احتياجاتهم. يمكن للباحثين والمؤسسات توفيرا للوقت, موارد الميزانية والموظفين من خلال الاستفادة من اشتراك إلى ما يقرب من 100 جناح تعليمي على شبكة الإنترنت من خلال بوابة. زيادة كفاءة استخدام الموارد الأكثر ملاءمة وسائل البحث أسرع وأكثر فعالية.

لدينا الحاجيات

لقد ذكر آخرون’ الحاجيات قبل. يمكن أن تكون أدوات مفيدة جدا في المواقع وبلوق لإضافة محتوى بحث تفاعلية ومفيدة, الخ.

جيد, لدينا الآن منطقتنا. كما أن العديد من القراء يعرفون, لدينا علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية التي تساعد على محرك بحث للباحث العثور على قاعدة البيانات أو أداة التحليل الذي يناسب حاجتها. اكتب في الأجل ، وتحصل على قائمة من الموارد التي يتم الجينوميات قائمة الانتظار في رتبة ملاءمة. وبالإضافة إلى ذلك, وتظهر لك أين في السياق (موقع الموارد على شبكة الإنترنت, أو في البرامج التعليمية لدينا بلوق أو إذا كان هناك) حيث تم العثور على المدى. بالإضافة إلى ذلك, ستجد الدروس التي انشأناها على ما يقرب من 100 منهم, نحو عشرة مجانا للمستخدم مثل PDB, SGKB, UCSC متصفح الجينوم, و آخر 80 أو حتى عن طريق الاشتراك.

على أي حال, يمكنك وضع الآن البحث (وهو بطبيعة الحال متاحة للجمهور) على بلوق أو موقع على شبكة الإنترنت باستخدام أحد الحاجيات كنا قد خلقت فقط (من قبل نفس الناس الذي ساعد في إنشاء قاعدة بيانات بحثنا). لدينا ثلاثة أحجام ويمكنك العثور عليها ورمز لهما في هذه الصفحة.

سترى أيضا لقد وضعت القطعة الصغيرة على العمود الحق هنا على بلوق. يمكنك وضع المصطلح في هناك واختبار بها. فإنه سيتم فتح صفحة أخرى مع نتائج بحثنا. جربه!