Tag Archives: Tutorial

Video Tipp der Woche: MetaboAnalyst 2.0


Bei der Suche durch die 2012 Web Server Ausgabe von NAR, Nucleic Acids Research Journal, Ich konnte nicht umhin Ankündigung Ressource-Namen, die ein bisschen zeigte über die Entwickler’ Sinn für Humor, wie “Taxman” und “XXmotif“. Es gab noch andere auf der Liste (“MAGNET“, “GENIES” und “KRÄFTIGKEIT“, zum Beispiel) deren Namen machte mich erschaudern vorstellen jemand versucht, sie mit einer gewöhnlichen Suchmaschine finden. [Our family’s favorite such resource is TOGETHER, oder Informationen Hyperlinked gegenüber Proteinen - Ich muss denken, dass die Entwickler bei diesem Namen zu Ehren des anderen gerichtet TOGETHER :) und Frühstück überall.]

Ich geblättert viele solcher Namen, bis ich eine Ressource in der heutigen Spitze verfügen gefunden. Ich wollte etwas Umgang mit einem aktuellen Thema – sie alle ziemlich fit, dass die Kriterien – und eine, die mich interessiert wurde, aber das war vor meiner “normalen Fachgebiet”. Ich entschied mich für “MetaboAnalyst 2.0“, das ist die Ressource, die ich in der heutigen Spitze verfügen. Es ist in dem Artikel beschriebenen “MetaboAnalyst 2,0-eine umfassende Server für metabolomische Datenanalyse” folgendermaßen:

“MetaboAnalyst ist eine web-basierte Suite für High-Throughput metabolomische Datenanalyse. Es wurde ursprünglich im Jahr 2009 veröffentlicht… MetaboAnalyst 2.0 enthält nun eine Vielzahl von neuen Modulen zur Datenverarbeitung, Daten QC und Datennormalisierung. Es hat auch neue Werkzeuge, um in die Interpretation der Daten zu unterstützen, neue Funktionen für Multi-Gruppen Datenanalyse unterstützt, sowie neue Möglichkeiten in der Korrelationsanalyse, Zeitreihenanalyse und Zwei-Faktor-Analyse. Wir haben auch aktualisierten und die graphische Ausgabe auf die Erzeugung hoher Auflösung unterstützen, Veröffentlichung Bildqualität.”

Wie ich schon oft zu tun, Ich begann “Erforschen” MetaboAnalyst 2.0 durch das Lesen ihrer NAR Artikel. Es ist gut geschrieben und beschreibt, wie das Ziel der Schnittstelle benutzerfreundlich sein und intuitiv, ich ging zu MetaboAnalyst 2.0 “treten einige Reifen”, sozusagen. Ich fand, dass die Schnittstelle ganz einfach ist & intuitiv zu bedienen. Und wirklich helfen Benutzer verstehen die Ressource vor dem Start in Hochladen ihrer eigenen Daten, Die Entwickler bieten eine breite Palette von beispielsweise Datensätze, die Benutzer können spielen, sowie Schritt-für-Schritt-Anleitungen (pdf, PowerPoint, & zwei Artikel, die Zeitschriftenabonnements verlangen, Noch keine Videos). In meinem Video verwende ich einen ihrer Datensätze & zeigen eine schnelle Beispiel einiger Analyseschritte. Natürlich gibt es keine Zeit, vollständig zu decken MetaboAnalyst 2.0, aber hoffentlich zeige ich Ihnen genug, um zu versuchen Sie es versuchen, auf eigene Faust.

*Bitte beachten Sie, dass die Entwickler darauf hin, dass Sie die Ergebnisse sofort herunterladen, da alle Benutzerdaten als privat und vertraulich behandelt MetaboAnalyst 2.0 wird auf dem Server für nur 72 Stunden bleiben, bevor sie automatisch gelöscht.

Quick Link:

MetaboAnalyst 2.0 – http://www.metaboanalyst.ca/

Referenzen:
Jianguo Xia, Rupasri Mandate, Igor V. Sinelnikov, David Broadhurst, & David S. Wishart (2012). MetaboAnalyst 2,0-eine umfassende Server für metabolomische Datenanalyse Nucleic Acids Research, 40 (W1) DOI: 10.1093/nar/gks374

Jianguo Xia, Nick Psychogios, Nelson Junge, & David S. Wishart (2009). MetaboAnalyst: ein Web-Server für metabolomische Datenanalyse und-interpretation Nucleic Acids Research Band 37, Ausgabe suppl 2 Pp. W652-W660. , 37 DOI: 10.1093/nar/gkp356

Video Tipp der Woche: Neue genetische Untersuchungen Registry (GTR) Ressource


Ende letzten Monats die National Center for Biotechnology Information, oder NCBI, veröffentlicht eine neue Ressource für Informationen über genetische Tests. Der Ressource-Name ist der Genetische Untersuchungen Registry (GTR), und nach seiner Homepage, die GTR:

” stellt einen zentralen Ort für die freiwillige Unterwerfung der Gentest bei Anbietern. Der Lieferumfang umfasst die Prüfung der Zweck, Methodik, Gültigkeit, Nachweis für die Prüfung der Zweckmäßigkeit, und Labor-Kontakte und Anmeldeinformationen. Das übergeordnete Ziel des GTR ist es, die öffentliche Gesundheit und die Erforschung der genetischen Grundlagen von Gesundheit und Krankheit zu fördern.”

Ich bin immer in Check-out neuer Ressourcen von NCBI interessiert, vor allem, wenn es an mir, eine wöchentliche Spitze tun. Anfangs dachte ich, ich würde bitte zuerst die GTR und schreiben Sie einen Video-on-wie man es benutzt – aber der NCBI schlugen mich auf, dass. Sie können sehen, ihre YouTube-Tipps (Es gibt zwei) durch Anklicken des Links auf ihrer Homepage & lernen Sie ein paar Tipps zur Suche, usw.. [Note, die beiden Videos weiterhin Schleife für mich & Ich musste ihnen nachdem Sie sie einmal zu stoppen].

Aber die Frage, dass ich kam mit ist, “Was wird der GTR bieten mir mit, dass ich nicht schon bin immer von anderen klinischen Ressourcen, die ich benutze, und daß OpenHelix Züge?” Ich versuche, diese Frage in meinem Video, indem Sie die gleiche Suche adressieren, für “Zystische Fibrose”, an fünf verschiedenen klinisch-bezogenen Ressourcen, und zu diskutieren, was jeder und bietet dabei spezialisiert auf. Natürlich, in einem Fünf-Minuten-Video kann ich nicht alle Informationen – entweder für Ressourcen oder was sie decken – aber ich denke, es wird Ihnen genug von einem Geschmack für Sie zu schätzen wissen, was der GTR bietet Ihnen, oder weiterhin den Vergleich auf eigene Faust.

Die Ressourcen, die ich besuche in der Spitze Film sind: die GTR, GeneTests, der Genetische Home Referenz (GHR), OMIM, und Orphanet. Bei jeder Ressource Ich mache eine grundlegende Suche nach der die Krankheit “Zystische Fibrose” und zeigen die ersten Ergebnisse Display, das führte zu. Ich habe keine Zeit, um die detaillierte Berichte an jede vergleichen, aber auf der unteren Beitrag habe ich einen Link zu einer Referenz auf die Ressource (falls verfügbar), sowie die Zielseite für OpenHelix Schulungsmaterial für die Ressource – da haben wir ein Tutorial über viele dieser Ressourcen. Ich auch direkte Links zu einzelnen Ressourcen.

Ich würde vorschlagen, dass Sie die Lese- NIH News article auf dem GTR Freisetzung für einige Hintergrundinformationen zum GTR. Ich will hier nicht alles abdecken, aber es gibt ein paar Absätze, die ich möchte Ihre Aufmerksamkeit darauf hinweisen. Die erste erklärt die Beziehung zwischen GeneTests und GTR, und sagt,:

“GTR basiert auf Daten aus dem Labor Verzeichnis GeneTests gezogen gebaut, eine Pionierleistung NIH finanzierten Ressource, die sich über das kommende Jahr ganz abgeschafft wird. GTR ist entworfen, um detailliertere Informationen als sein Vorgänger enthalten, sowie auf ein viel breiteres Spektrum von Prüf-Ansätze umfassen, wie komplexe Tests für genetische Variationen mit verbreiteten Krankheiten assoziiert und mit unterschiedlichen Reaktionen auf Medikamente. GeneReviews, das ist der Abschnitt von GeneTests, die Peer-Review enthält, klinische Beschreibungen von mehr als 500 Bedingungen, ist jetzt auch durch GTR.”

Es scheint ein weiterer Fall sein, wo es galt als einfacher, eine neue Ressource zu starten (GTR) als zu versuchen und Umbau eines alten Ressource (GeneTests) die erstaunliche Zustrom von neuen Daten zu verarbeiten. Häufig werden die Mittel werden nicht so schnell wie erwartet, im Ruhestand, aufgrund von Nutzer-Feedback, aber es ist wichtig zu beachten, dass GTR an vorhanden sein, um schließlich die Stelle scheint GeneTests. Ich nehme an, das GeneReviews noch verändern, indem Sie & Urheberrecht an der University of Washington, Seattle, aber ich weiß nicht habe ein Zitat, dass. Der Übergang aufgetreten ähnlich für OMIM, das war bei NCBI seit Jahren Gastgeber aber hat jetzt eine neue URL an der Johns Hopkins (sehen für unser neues Tutorial auf OMIM, der derzeit bereits in den Werken).

Der zweite Absatz, dass ich besonders interessant fand, war das ein, was der GTR enthält, und enthält. Es besagt,:

“Zusätzlich zu den grundlegenden Fakten, GTR bietet detaillierte Informationen über analytische Gültigkeit, das beurteilt, wie genau und zuverlässig der Test die genetische Ausrichtung der Maßnahmen; klinischen Validität, welche beurteilt, wie konsequent und genau der Test erkennt oder kann das Ergebnis von Interesse; und Informationen im Zusammenhang mit der Prüfung des klinischen Nutzens, oder wie hoch die Wahrscheinlichkeit ist der Test auf Behandlungsergebnisse zu verbessern.”

Ich habe nicht sofort finden Erwähnung, die die Gültigkeit oder Gebrauchsmuster Informationen in der Dokumentation zu geben GTR, Welches ist derzeit noch im Aufbau. Es ist offensichtlich, dass sich der Inhalt der Datenbank wird “Freiwillig vom Test einreichen”, und es wird festgestellt, dass “NIH Weder überprüft Angaben, die der GTR; es stützt sich auf Informationen, die Einreicher zu genau und nicht irreführend ist, liefern.”, aber ich sah auch, dass Experten soll Beiträge GTR den Inhalt regelmäßig, wie kann man hier lesen. Die GTR-Team ist auch sehr daran interessiert, Empfangen einer Eingabe auf der Ressource, das durch weitere eingereicht werden die GTR Feedback-Formular.

Quick Links:

Die Gentests Registry (GTR) – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gtr/

GTR YouTube Tipps von NCBI – http://www.youtube.com/playlist?list=PL1C4A2AFF811F6F0B

GeneTests – http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GeneTests/?db=GeneTests

GeneTests Einführungstutorial durch OpenHelix * – http://bit.ly/genetests

Genetische Home Referenz (GHR) – http://ghr.nlm.nih.gov/

GHR Einführungstutorial durch OpenHelix * – http://bit.ly/geneticshomeref

Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM) – http://www.omim.org/

OMIM Einführungstutorial durch OpenHelix – (in Kürze, derzeit aktualisiert)

Orphanet – http://www.orpha.net/

Form.

*OpenHelix Tutorials für diese Ressourcen zum Einzelkauf oder über ein Abonnement

Verfügbare Verweise:

Für GeneTests (frei von PMC)Pagon RA (2006). GeneTests: eine Online-Ressource genetische Information für die Leistungserbringer. Journal of Medical Library Association : JMLA, 94 (3), 343-8 PMID: 16888670

Für GHR (frei von PMC)Mitchell JA, Fomous C, & Fun J (2006). Herausforderungen und Strategien für Medizinische Dokumentation und. Journal of Medical Library Association : JMLA, 94 (3), 336-42 PMID: 16888669

Für OMIM (Open Access-Artikel)Amberger, J., Mundstücke, C., & Hamosh, Ein. (2011). Ein neues Gesicht und neue Herausforderungen für Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM ®) Human Mutation, 32 (5), 564-567 DOI: 10.1002/humu.21466

Für Orphanet (vollen Zugriff erfordert ein Abonnement) - Ayme, S., & Schmidtke, J. (2007). Netzwerke für seltene Erkrankungen: eine Notwendigkeit für Europa Bundesgesundheitsblatt – Gesundheitsforschung – Gesundheitsschutz, 50 (12), 1477-1483 DOI: 10.1007/s00103-007-0381-9

Bekanntgabe der Aktualisierung Tutorial Materials: UniProt, Übersicht der Genome Browser, und World Tour von Ressourcen

Wie viele von Ihnen wissen,, OpenHelix ist spezialisiert auf den Menschen hilft, Zugang und nutzen die Goldmine des öffentlichen bioscience Daten, um die weitere Forschung. Eine der Möglichkeiten, dass wir dies tun, ist durch die Schaffung von Materialien zu trainieren Menschen – Forscher, Kliniker, Bibliothekare, und wer in der Wissenschaft interessiert - auf, wo man Daten, die sie daran interessiert sind, finden, und wie man Daten bei bestimmten öffentlichen Datenbanken und Daten-Repositories zugreifen. Wir haben über habe 100 solche Tutorials auf alles aus PubMed zum Functional Glycomics-Gateway (dazu später mehr).

Darüber hinaus schafft diese Tutorials, wir verbringen auch viel Zeit, um sie genaue und up-to-date. Dies kann eine Herausforderung sein, vor allem, wenn viele Datenbanken oder Ressourcen haben alle Major-Releases um die gleiche Zeit. Unser Team prüft und aktualisiert ständig unsere Materialien und in diesem Beitrag Ich bin glücklich, vor kurzem veröffentlichten Updates zu drei unserer Tutorials ankündigen: UniProt, World Tour, und Übersicht der Genome Browser.

Unsere Einleitende UniProt Tutorial zeigt dem Nutzer, wie man: Text sucht bei UniProt für relevante Protein Informationen, Suche mit Sequenzen als Ausgangspunkt, verstehen, die verschiedenen Arten von UniProt Aufzeichnungen, und erstellen Multi-Sequenz-Alignments von Protein Datensätze mit Clustal.

Unsere Übersicht der Genome Browser stellt Nutzern zur Einführung Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, der Integrierte mikrobielle Genome (IMG) Browser, und die GBrowse Software-System. Wir haben auch auf berühren WebGBrowse, JBrowse, der Integrative Genomics Viewer (IGV), der ARGO Genome Browser, der Integrierte Genome Browser (IGB)Schar, und die Circular Genome-Viewer, oder CGView.

Unsere World Tour für Genomik Resources ist kostenlos und ohne Registrierung zugänglich. Es beinhaltet eine Führung durch Beispiel Ressourcen, organisiert nach Kategorien wie Algorithms and Analysis Tools, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (beide Eukaryotische und Prokaryotic / Mikrobielle) , Literatur-und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf konzentrierte Nukleotide, Proteine, Wege, Krankheit und Variation. Diese Haupt-Diskussion wird dann in eine Diskussion darüber, wie die Ressourcen mit den freien finden führen OpenHelix Ressource Search Portal, gefolgt von Lern-Ressourcen mit OpenHelix-Tutorials, und eine Diskussion über zusätzliche Methoden des Lernens über Ressourcen.

Quick Links:

OpenHelix Einleitende UniProt Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix Übersicht Genome Browser Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Kostenlose OpenHelix World Tour für Genomik Ressourcen Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Video Tipp der Woche: Die New Database of Genomic Varianten – DGV2 (bearbeitet)


In der heutigen Tipp, den ich kurz eine Einführung in die Beta-Version der aktualisierten DGV Ressource. Das Database of Genomic Varianten, oder DGV, wurde in erstellt 2004 zu einer Zeit, in den frühen Verständnis der menschlichen strukturelle Variation, oder SV, das von DGV als genomische Variation größer als 50 Basispunkte definiert. DGV ist historisch Zugang der Öffentlichkeit zu SV-Daten in Menschen, die nicht krank sind vorgesehen. In der Vergangenheit war es sowohl akzeptiert direkte Daten-Eingaben auf SV und lieferte hochwertige Kuration und Analyse der Daten, so dass es für den Einsatz in biomedizinischen Studien wurde.

Wir hatten eine einführenden Tutorial zur Verwendung von DGV jahrelang, und wir haben posted on Veränderungen bei DGV in der Vergangenheit, so waren wir sehr daran interessiert, in lesen ihren letzten Newsletter dass es eine neu aktualisierte Beta-Version des DGV Ressource. Der Anstieg der SV-Daten wird von vielen großen Projekten zur Sequenzierung sowie einzelne Labors erzeugt, hat es schwierig gemacht für die DGV weiterhin SV Daten zu sammeln, um eine stabile und umfassende Daten-Archiv bieten und manuell Pfarrer sie auf der Ebene haben sie in der Vergangenheit. Deshalb ist die DGV-Team ist jetzt eine Partnerschaft mit DGVa am EBI und dbVar bei NCBI. DGVa und dbVar wird SV übermittelnden Daten akzeptieren, und wird als öffentliche Datenarchive Funktion (PDA) und, nach der Veröffentlichung gelegen unten, DGVa und dbVar wird:

“...sorgen für stabile und nachvollziehbare Kennungen und damit für einen Single Point of Access für Datensammlungen, Erleichterung herunterladen und Meta-Analyse über alle Studien.

DGV wird nicht mehr akzeptiert zu übermittelnden Daten, sondern stattdessen Bestand erweitern SV Daten aus den Archiven und den Schwerpunkt auf die Bereitstellung der wissenschaftlichen Gemeinschaft und der öffentlichen at-large mit einer Teilmenge der Daten. Wieder ein Zitat aus dem Papier auf das unten verwiesen:

Die Hauptaufgabe des DGV geht nach vorne wird es sein, Kaplan und visualisieren ausgewählte Studien zur Interpretation der SV Daten zu erleichtern, einschließlich der Umsetzung der auf höchster Ebene Qualitätsstandards durch die klinischen und diagnostischen Gemeinden erforderlich.

Das Original DGV Ressource weiterhin zur Verfügung, während Kommentare zum aktualisierten Beta-Site gesammelt. Für weitere Informationen über die aktualisierte DGV Ich schlage vor, Besuche dieser Dokumentation aus dem DGV-Team: Aus ihrer FAQ – “Was ist das Datenmodell für DGV2 verwendet?” und aus einem Link im oberen Navigationsbereich – “DGV Beta-Tutorials“. Seien Sie sicher, dass Sie die neuen Displays & Daten, die verfügbar ist, und vor allem zu senden Sie Ihre Kommentare & Vorschläge der Gruppe, so dass sie Design eine Ressource lässt sich am besten für Ihre Bedürfnisse.

Quick Links:

Original-Database of Genomic Varianten: http://projects.tcag.ca/variation/

Neue Beta-Version der aktualisierten DGV: http://dgvbeta.tcag.ca/dgv/app/home

Einleitende OpenHelix auf Original DGV: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=88

DGV Beta Benutzer-Tutorial von DGV: http://dgvbeta.tcag.ca/dgv/docs/20111019-DGV_Beta_User_Tutorial.pdf

Referenz:
Kirche, D., Lappe, I., Sneddon, T., Hinton, J., Maguire, M., Lopez, J., Garner, J., Paschall, J., DiCuccio, M., Yaschenko, E., Scherer, S., Feuk, L., & Flicek, P. (2010). Öffentliche Daten-Archiven für genomische strukturelle Variation Nature Genetics, 42 (10), 813-814 DOI: 10.1038/ng1010-813
(Freier Zugang von PubMed Central hier)

Bearbeiten, März 5, 2012 – Ich wollte eine Klarstellung, dass wir über unser Kontaktformular Link erhielt hinzufügen. Ich bin Einfügen in voller, mit freundlicher Genehmigung von Margie:

“Hallo Jennifer
Wir bei TCAG Sie denken, hat einen tollen Job auf dem Video-Blog der neuen Datenbank von genomischen Varianten.
Ich wollte eine Korrektur zu einem Ihrer Aussagen machen: “Der Anstieg der SV-Daten (…) auf der Ebene haben in der Vergangenheit.”
Wir, Das DGV-Team, baute ein System, das die neuen Bände und Arten von SV-Daten verarbeiten können jetzt veröffentlicht haben, und wir können alle diese Daten kuratieren. Der Grund, warum wir mit DGVa und dbVar Partnerschaft war in erster Linie um eine stabile bieten, “Universal-” Beitritte für SV-Daten. Wir arbeiten auch mit DGVa und dbVar arbeiten, um Standard-Terminologie definieren, Datentypen, und Datenaustauschformate.
Ich wollte nur sicherstellen, dass es war klar, dass wir durchaus in der Lage zu handhaben die SV Daten sind jetzt veröffentlicht. Unser Grund für die Partnerschaft war es, standardisierte Daten und den offenen Datenaustausch zwischen Systemen zu fördern.
Nochmals vielen Dank für Ihre Blog-Post!
Margie Manker”

Tipp der Woche: Erste flankierenden Sequenz der genomischen Standorten

Ich tat dies, Spitze vor rund zwei Jahren. Das war in unserem alten System, und ich wollte es zu unserem Update SciVee System. Darüber hinaus, wir haben diesen Tipp mit Galaxy und Galaxy hat eine Menge von Änderungen seither. In dieser Woche Tipp werde ich Sie durch eine schnelle Aufgabe, den flankierenden Sequenz aus einer Liste von chromosomalen Orte zu Fuß. In Galaxy, Dies ist relativ einfach, Sie wird von der Spitze zu sehen. Es gibt eine Menge mehr man damit machen kann, sobald Sie die erhaltene Sequenz haben, Manipulation des Textes zu erhalten Säulen der erforderlichen Daten, usw.. Vielleicht möchten Sie, dass Sie unsere Tutorial zum Galaxy oder Galaxy Screencasts Um mehr zu erfahren.

UCSC Bioinformatik-Gruppe kündigt kostenloses Tutorial OpenHelix Suite für ENCODE.

Online-Tutorial Suite lehrt, wie man Zugang ENCODE (Encyclopedia of DNA Elements) Daten in der UCSC Genome Browser.

Quote startDas ENCODE-Projekt und Daten sind für die laufende Genomforschung und haben bereits unser Verständnis der Organisation und Funktion des Genoms verändert.Quote end

Bellevue, WA (PRWEB) November 9, 2010

Ein Online-Tutorial-Suite ist ab sofort verfügbar, die lehrt Benutzer, wie die ENCODE Daten in der UCSC Genome Browser zugreifen. Das Online-Tutorial, erstellt von OpenHelix in Verbindung mit dem UCSC Bioinformatics Group kann kostenlos auf folgender Webseite abrufbar http://www.openhelix.com/encode

Das ENCODE Projekt, (Encyclopedia of DNA Elements), ist ein internationales Konsortium von Forschern, die über die grundlegenden Informationen des Referenz-Genomsequenz bewegen. Die Forscher sind mit den neuesten Technologien und Sequenzierung zahlreiche Strategien, um Daten zu generieren, um so viel wie möglich über Veränderungen, Gene, nicht-kodierenden Transkripte, regulatorische Elemente, und Genom-Struktur und mehr, in umfangreichen Details über das gesamte Genom.

Das ENCODE Projekt wird von der NHGRI koordiniert. Die UCSC Genome Browser ist der designierte Daten Coordination Center (DCC) , für die ENCODE-Projekt, und die offizielle ENCODE Daten-Repository.

“Das ENCODE-Projekt und Daten sind für die laufende Genomforschung und haben bereits unser Verständnis der Organisation und Funktion des Genoms verändert,” sagte Kate Rosenbloom, die ENCODE technischer Projektleiter bei UCSC. "Neue Daten werden kontinuierlich an das Data Coordination Center vor dem Auftritt in der Literatur vorgelegt. Um die Auswirkungen auf den breiteren biomedizinischen Gemeinschaft ist es wichtig, die Menschen zu bringen, um schnell und effizient Geschwindigkeit auf, wie die Daten navigieren zu maximieren. Die OpenHelix Tutorial Suite wird erheblich dazu beitragen, unsere Reichweite und Benutzerfreundlichkeit Bemühungen um ENCODE. "

Die Online-Tutorial erzählt, die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler. Die rund 60 Minuten-Tutorial untersucht Aspekte des ENCODE-Projekt und Datentypen, und zeigt Wege für den Zugriff auf und lernen Sie die ENCODE verfügbarer Daten in der UCSC Genome Browser. In Kombination mit dem OpenHelix Tutorials auf der Such-und Anzeigefunktionen der UCSC Genome Browser, die ENCODE Daten ermöglichen es den Forschern um topaktuelle Daten zugreifen, einschließlich Vor-Veröffentlichung Informationen.

Das Tutorial kann durch neue Benutzer verwendet werden, um sie zu präsentieren ENCODE, für bisherige Nutzer, damit Sie neue Features und Funktionen, oder einfach nur als Nachschlagewerk zu verstehen Besonderheiten.
Zusätzlich zu den Tutorials, Benutzer können auch auf nützliche Lehrmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

Zusätzlich zu den ENCODE Tutorial suite, OpenHelix bietet über 90 Tutorial Suiten auf einige der mächtigsten und beliebtesten Bioinformatik und Genomik-Tools im Internet verfügbar. Einige der Lehrgänge Suiten sind frei zugänglich durch die Unterstützung der Ressourcen-Anbietern. Der ganze Katalog von Tutorials Suiten ist über ein Abonnement erhältlich. Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien openhelix.com.

Über UCSC Bioinformatik
Die UCSC Bioinformatik-Gruppe ist Teil des Zentrums für Biomolekulare Medizin und Technik (CBSE) an der Universität von Kalifornien, Santa Cruz. Direktor und HHMI Ermittler David Haussler führt ein Team von Wissenschaftlern, Ingenieure und Studenten in das Studium und die vergleichende Analyse von Säuger-und Modell-Organismus Genome. Research Scientist Jim Kent leitet das Engineering-Team entwickelt und unterhält die UCSC Genome Browser(http://genome.ucsc.edu). Die UCSC Bioinformatik-Gruppe setzt ihre ursprünglichen Aufgaben aufrecht zu bieten kostenlose, unbeschränkten öffentlichen Zugang zu Daten auf dem Web-Genom.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die Suche OpenHelix Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, um die relevantesten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Haushalt und Personal-Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der relevantesten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Just an FYI: RCSB HVE hat die Veröffentlichung unserer freien PDB Tutorial angekündigt

Hey, wollte nur, um Ihnen mitzuteilen, dass unsere aktualisierte Anleitung auf der RCSB PDB ist jetzt frei, wie angekündigt durch die RCSB HVE am Dienstag,:

“Umfangreiche Schulungsunterlagen, um Benutzer auf die Funktionen und die Funktionalität der RCSB PDB Einführung sind nun frei verfügbar openhelix.com.

Das neue Schulungs-Tools beinhalten ein Online-Tutorial erzählt, dass die grundlegenden und erweiterten Suche zeigt, wie man Berichte, die verschiedenen Optionen für die Erkundung einzelner Strukturen, und viele der Ressourcen und Tools erhältlich unter der RCSB PDB für Forschung und Bildung. Die vollständige Tutorial dauert etwa eine Stunde, und kann durch spezielle Kapitel navigiert werden.

Die animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet werden kann heruntergeladen werden, zusammen mit Rutsche Handouts, und Übungen. Diese Materialien sind frei verfügbar für Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen…”

Ich bin mir sicher, dass ich voreingenommen bin, aber ich denke, das Tutorial ist groß & hilft jeder den RCSB PDB effizienter. Check it out & lassen Sie es uns wissen, was Sie darüber denken, wenn Sie eine Chance bekommen!

Neue und aktualisierte Online Tutorials für ASTD, Geben Sie Protein und MMDB

Umfassende Tutorials auf der ASTD, Geben Protein, und MMDB Datenbanken ermöglichen es Forschern, schnell und effektiv nutzen diese unschätzbare Variation Ressourcen.

Seattle, WA September 24, 2008 — OpenHelix kündigte heute die Verfügbarkeit der neuen Tutorial-Suiten auf das alternative Spleißen und Transcript Diversity (ASTD) Datenbank, Entrez Protein und das Molecular Modeling Database (MMDB). ASTD ist ein European Bioinformatics Institute (EIB) Ressourcen für alternative Splice-Ereignisse und Zeugnisse für das menschliche, Maus, und Ratte-Systeme. Geben Protein ist eine umfassende Datenbank von Protein Informationen, die Ihnen von der National Center for Biotechnology Information (NCBI). MMDB ist ein weiterer NCBI Ressource, die eine umfangreiche Sammlung von dreidimensionalen Proteinstrukturen mit ausführlichen Anmerkungen, die verwendet werden, um über die Struktur und Funktion vieler Proteine ​​erfahren werden kann, enthält. Zusammen stellen diese drei Tutorials geben die Forscher eine ausgezeichnete Reihe von Ressourcen, um ihre Forschungsergebnisse aus Transkript tragen, um 3D-Protein-Struktur.

Das Tutorial Suiten, erhältlich für Einzelkauf oder über eine günstige Jahresbeitrag für alle OpenHelix Tutorials, enthalten eine kommentierte, Selbst-laufen, Online-Tutorial, Folien mit voller Skript, Handouts und Übungen. Mit den Tutorials, Forscher können schnell, effektiv zu lernen und effizient zu nutzen diese Ressourcen. Diese Tutorials vermitteln Benutzer:

ASTD

  • Quick und erweiterte Suche durchführen
  • Gen-und Transkript Bericht navigieren
  • zum Intron / Exon-Grenzen und wahrscheinlich regulatorisches Protein-Bindungsstelle vorhersagen
  • die Suche manuell kuratiert Daten über alternative Spleißen

Geben Protein

  • Grund-und erweiterte Suche durchführen Ausnutzung der vielen verfügbaren Tools und Optionen
  • an das Protein Aufzeichnungen zu verstehen und nutzen die vielen internen und externen Links, die Sie mit vorgesehen sind,
  • zu erkunden einige der Ressourcen durch die NCBI-Netzwerk von Datenbanken zur Verfügung gestellt, wie “Meine NCBI”

MMDB

  • zu suchen MMDB sowohl mit grundlegenden und erweiterten Abfrage-Techniken
  • zu verstehen, die detaillierten Ergebnisse erhalten Sie
  • zu visualisieren und zu manipulieren Strukturen mit Hilfe von NCBI ist Cn3D strukturelle Betrachter
  • zu lokalisieren und anzuzeigen strukturell ausgerichtet Homologen

Um mehr über diese und andere Tutorial Suiten finden Sie auf der OpenHelix Tutorial Katalog und OpenHelix oder besuchen Sie die OpenHelix Blog für up-to-date Informationen über Genomik.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, bietet die Genomikkenntnisse Sie benötigen, wenn Sie es brauchen. OpenHelix bietet derzeit Online-Self-run-Tutorials und Vor-Ort-Schulungen für Institutionen und Unternehmen auf der mächtigste und populärste freie, Web-basierte, öffentlich zugänglich bioinformatische Ressourcen. Darüber hinaus, OpenHelix wird durch Ressourcen-Anbietern zur Gewährung umfassender, Langzeit-Trainings-und Beratungsprogramme.

Archaea-Genom-Browser aus UCSC

Archaeal Genome Browser from UCSCUCSC angekündigt der Archaea-Genom-Browser erstellt von der Lowe Lab bei UCSC letzte Woche. Der Browser wurde für eine Weile im Internet, aber das ist in der Öffentlichkeit 'Enthüllung’ und Ankündigung. Die Schnittstelle und die Nutzung ist sehr ähnlich zu den UCSC Genome Browser (kostenlose Nachhilfestunde), obwohl natürlich geändert und sich nach der Analyse der Archaea Genomen. So fügen Sie weitere Ressourcen-und Datenbank auf Ihren Werkzeugkasten, es sieht aus wie ein weiteres gutes und nützliches. Als die Ankündigung sagt:

Derzeit gibt es mehr als 50 abgeschlossen Archaea Genomen, am wenigsten untersuchten Domäne des Lebens. Obwohl Archaeen und Bakterien sind sowohl in Prokaryoten, oft gleichzeitig bestehenden in der gleichen Umgebung, viele Aspekte der Zellbiologie Archaea wie DNA-Replikation, Reparatur, Transkription, und Übersetzung sind homolog zu denen in Eukaryoten gefunden. Einige Mitglieder der Archaea sind auch bekannt für extreme Umgebungen bewohnen, einschließlich Kochen terrestrischen heißen Quellen, Black Smoker Öffnungen am Boden des Ozeans, die ultra Brackwasser des Toten Meeres, und stark sauren Abwasser aus Erzminen, um einige zu nennen.

Neues Tutorial Suite auf SMART (Protein-Domain-Analyse)

Umfassende Tutorial auf der SMART Bioinformatics Resource ermöglicht es Forschern, schnell und effektiv zu nutzen unschätzbare Ressource.

Januar 11, 2008 (Seattle WA) OpenHelix kündigte heute die Verfügbarkeit eines Tutorials Suite auf der SMART Bioinformatics Resource (http://smart.embl-heidelberg.de/). SMART, erstellt von der Bork Lab an der European Molecular Biology Laboratory (EMBL), enthält Informationen über hunderte von Domains, und bietet umfangreiche Anmerkungen, phylogenetische Analysen, und Links zu relevanten Ressourcen über die domains.The Tutorial suite, erhältlich für Einzelkauf oder über eine günstige Jahresbeitrag für alle OpenHelix Tutorials, enthält eine kommentierte, Selbst-laufen, Online-Tutorial, Folien, Handouts und Übungen. Mit der Tutorial, Forscher können schnell lernen, effektiv mit dieser Ressource, die hilft sie verstehen, die Entwicklung der Funktion in Multi-Domain-Proteine. SMART vereint mehrere Funktionen, die ein Forscher sonst zu separately.The Tutorial führen die Nutzer zu lehren,:

  • führen verschiedene Text-und Sequenzanalysen
  • finden Proteine ​​auf ihrer Domain-Architektur
  • suchen Sie wichtige Informationen über die Entstehungsgeschichte und die Beziehungen der Domänen von Interesse für Ihre researchTo erfahren Sie mehr über diese und andere Tutorial Suiten besuchen www.openhelix.com.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet die Genomikkenntnisse Sie benötigen, wenn Sie es brauchen. OpenHelix bietet derzeit Online-Self-run-Tutorials und Vor-Ort-Schulungen für Institutionen und Unternehmen auf der mächtigste und populärste freie, Web-basierte, öffentlich zugänglich bioinformatische Ressourcen. Darüber hinaus, OpenHelix wird durch Ressourcen-Anbietern zur Gewährung umfassender, Langzeit-Trainings-und Beratungsprogramme.