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무슨 대답이야? (현재 유지하는 방법)

이번주는 평소보다 조금 다릅니다 “무슨 대답이야?” 우리 독자가 관심이 있다고 포럼에서 질문을 강조 어디에 게시. 그러나–이 게시물에, 답변 중 하나가 포함 Biostar–그래서 일종의 주위에 다시 온다!

스티븐 터너 (일명 @ genetics_blog) 그는 생물 정보학 / 유전체학에 현재의 유지 방법을 물어 사람에게 응답으로 최근 블로그 게시물을 썼습니다. 나는 많은 사람들이 시간에 해당 게시물을 retweeted 알고, 과 OpenHelix 그의 매우 친절 포함이 블로그와 새로운 트위터의 추종자에게 좋은 트래픽을 이끌. 그리고 어제밤 나는뿐만 아니라 이것을보고, 이 게시물에 대한 내 인상을 확인:

블로그가 있습니다, 포럼, 자동 검색, 지저귐, 문학–물론. 많은 사람들이 이들 중 일부에 대해 알고 있습니다, 하지만 누군가 컬렉션을 조립 볼 수 좋네요. 그것은 나의 전략으로 얼마나 유사한보고도 흥미 롭.

그래서 이것이 여러 가지에 대한 답변의 좋은 소스로 강조하는 재미있는 아이템이 될 것 같았, 유용한 사이트와 가족을 찾는 좋은 방법은이 분야에서 인식하는 방법. 이것 좀 봐.

생물 정보학 / 지노 믹스에서 현재 유지하는 방법

그래서 많은 데이터 및 정보. 당신이해야하는 몇 가지 전략을 가지고. 그리고 당신은 문학 이상을 가져야.

주의 비디오 도움말: NCBI의 게놈 자원에 큰 변화


NCBI 에서 만들어진 1988 와를 유지하고 있습니다 GenBank 년간 데이터베이스. 또한 생물 학적 데이터의 여러 유형에 대한 다양한 전산 자원 및 데이터 검색 시스템을 제공합니다. 생물학이 수집하는 데이터가 변경 및 확장이 얼마나 빨리 같은 그들은 모두 너무 잘 알고. 다양한 데이터 유형에 대한 사용은 개발되었습니다대로, 그것은 분명한되고있다 정보 새로운 유형의 (이러한 확장 메타 데이터로) 수집해야, 및 처리 데이터의 새로운 방법이 필요합니다.

NCBI는 수년에 걸쳐 이러한 요구에 적응되었으며, 최근 게놈 자원을 적응되었습니다. 오늘의 팁은 이러한 변화의 일부를 기반으로합니다. 내 동영상에 초점을 맞출 것이다 “완전히 새로 디자인된 게놈 사이트”, 최근에 밖으로 압연 및 발표되었던 가장 최근의 NCBI 뉴스 레터. 나는 변화를 설명하는 간행물을 찾지 못한, 하지만 뉴스 레터 몇 가지 세부로갑니다 게놈 사이트의 상단에서 찾을 발표 (& 나는 비디오에서 연결되는) 변경 사항에 대한 세부 사항을 매우 도움이되었습니다.

당신은 이번 발표에서 볼 수 마찬가지로, the 게놈 자원 최근에받은 변경 사항이 유일한 관련 리소스 없습니다, 에 게놈 프로젝트 리소스의 재설계를 포함하여 BioProject 리소스와 창조 BioSample 리소스. 나는 그 두 리소스에 대한 세부 사항에 갈 시간이되지 않습니다하지만 내 게시물의 끝에 저는 이번 달에 핵산 연구에서 온 두 대의 최근 NCBI 출판물로 연결됩니다 – 이들은 BioProject에 대한 자세한 내용은 읽기 좋은 리소스입니다, BioSample, 그리고 전반적으로 NCBI에. 역사적인 관점에 대한 또 원래 게놈 참조에 대한 링크, 이는 액세스 현재 무료로 생물 정보학에 있으며.

변경 사항 중 일부는 매우 흥미 롭, 그것을 포함 “단일 게놈 기록 지금은 유기체를 나타내는 하나를 위해 게놈이 분리.” NCBI 뉴스 레터 의하면 “주요 개선 prokaryotic에 대한 유기체의 수준에서 더 자연스러운 조직을 포함, 진핵세포, 그리고 바이러스 genomes. 보고서는 핵 무 기나 prokaryotic 기본 genomes의 가용성에 대한 정보뿐만 아니라 organelles과 plasmids 포함. ” 메모도있다는 걸 “때문에 자연 분류 시스템 개편의, 이전 게놈 식별자가 더 이상 유효하지 않습니다. 일반적으로 이러한 게놈 식별자는 이전 시스템에 노출되지 않은 및 프로그래밍 방식의 액세스에 대한 주로 사용되었다. ” 그래서 내가이 다른 NCBI의 리소스에 위임합니다 변경하는지 궁금합니다, 뿐만 아니라 외부 리소스. 내가 아직에 대한 공지 사항을 보지 못했어요, 그래서 그냥 계속 지켜봐야만 & 자주 주위를 확인.

즐겨 팁 & 우리를 보자, 또는 NCBI, 당신이 그들의 변화를 생각하는지 알아요! :)

빠른 연결:

NCBI 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez 게놈 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject 자원 홈페이지: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

참고 문헌:

역사 참조 Entrez 게놈: Tatusova, 토니, Karsch - Mizrachi, 나, & Ostell, Kokocinski. (1999). WWW Entrez에 완료 genomes: 데이터 표현 및 분석 생물 정보학, 15 (7), 536-543 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

바렛, 토니, 클락, 사장님, GevorgyanGorelenkov, 기철, Gorelenkov, 브이, Gribov, 이봐요, E., Karsch - Mizrachi, 나, Kimelman, 엠, 프륏, 사장님, Resenchu​​k, 미국, Tatusova, 토니, Yaschenko, 이봐요, E., & Ostell, Kokocinski. (2011). NCBI에서 BioProject 및 BioSample 데이터베이스: 촉진 캡처 및 메타 데이터의 조직 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1163

세이어, 이봐요, E., 바렛, 토니, 벤슨, 디, 볼턴, 이봐요, E., 브라 이언트, 미국, Canese, 사장님, Chetvernin, 브이, 교회, 디, DiCuccio, 엠, Federhen, 미국, Feolo, 엠, Fingerman, 나, 기어, 실은, Helmberg, 더블유, Kapustin, Y를, Krasnov, 미국, 촌뜨기, 디, Lipman, 디, 루, 조디악, 미치게하다, 토니, Madej, 토니, Maglott, 디, Marchler - 바우, 대답 :, 제분업자, 브이, Karsch - Mizrachi, 나, Ostell, 제이, Panchenko, 대답 :, 판티엣, 실은, 프륏, 사장님, 슐러, 샷, Sequeira, 이봐요, E., 셰리주, 미국, 셤웨이, 엠, Sirotkin, 사장님, Slotta, 디, Souvorov, 대답 :, Starchenko, 샷, Tatusova, 토니, 와그너, 실은, 왕, Y를, 윌버, 더블유, Yaschenko, 이봐요, E., & 예, Kokocinski. (2011). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1184

금주의 팁: UniProt에서 PSI의 SBKB로 다시 돌아오다


그것은 여러 생물 의학 데이터베이스 또는 리소스를 참조하는 것이 도움이됩니다, 그들은 더 두 자원이 동일한 정보에 집중하지 않기 때문에 중복되는 정보를 제공하는 것 경우에도, 또는 정확하게 같은 방법으로 그것을 제시. 대신 서로 다른 중복의’ curation 노력, 데이터베이스는 종종 다른 자원에서 관련 정보로 링크. 당신은 이러한 링크를 생각할 수 “사회적 연결”, 당신이 원하는 오늘의 팁의 경우에는 당신에게 단백질 정보 자원 간의 연결 정도를 표시하려면, 정말의 핵심 가치의 일부 기능이 새로운 연결을 포함하여 PSI의 구조 생물학 지식, 또는 SBKB.

나는에 제보를 시작 UniProtKB, 나는 UniProt ID 번호로 검색 어디에. 결과 단백질 보고서에서 내가 먼저 간략하게 대응로 연결하는 방법을 보여 RCSB PDB 보고서, 당신은 높은 품질의 단백질 구조 정보와 자세한 내용을 찾을 수. 당신은 RCSB PDB에 대한 자세한 내용을 배우는 데 관심이있다면 & 어떻게 그것을 사용, OpenHelix의 전체를 확인하시기 바랍니다, RCSB PDB 후원됩니다 무료 튜토리얼.

거기에서 나는 UniProt 보고서로 돌아가 옵션을 밖으로 새로운 링크를 보여주는 것을 단백질 프로토콜에 대한 링크, 사용 가능한 자료, SBKB에서뿐만 아니라, 이론 모델에 대한 정보와 예측 단백질 타겟. 내가 보여줄 시간이 없어요하지만 SBKB으로 최근 업데이 트를 사용자가 이제 UniProt의 가입 번호와 구조 생물학 기술 자료를 검색하실 수 있습니다. 이러한 검색 사전 출시 구조 순서에 대한 단백질 구조 정보와 정보를 포함한 추가 정보를 제공합니다. RCSB PDB와 마찬가지로, 우리는이 SBKB에서 무료 튜토리얼 후원입니다 단백질 구조 이니셔티브.

난 스크롤로 UniProt 단백질 보고서 사용자는 bioscience 자원의 다양한 정보와 링크를 볼 수 있습니다. OpenHelix, 제가 확신로 많은 인식, 이러한 자원을 많이 사용하는 방법에 대한 자습서를 가지고. RCSB PDB와 PSI SBKB에 대한 자습서는 무료가 모두. 우리 UniProt에 대한 튜토리얼다른 많은 자원 훈련 우리의 데이터베이스에 등록이나 개별 접근 구입을 통해 사용할 수 있습니다. 당신은 우리의 자습서를 통해 자원을 배울 수 있는지 여부, 참조를 통해 아래리스트, 또는 데이터베이스의 자신의 탐험을 통해, 정말 이런 류의를 통해 제공되는 정보의 놀라운 금액이 있습니다, 공개 투자 자원 – 귀하의 연구에 활용하시기 바랍니다!

빠른 연결:

UniProt의 지식 - http://www.uniprot.org/

UniProt에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

RCSB PDB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/pdb

단백질 구조 사업 구조 생물학 지식 (SBKB) - http://www.sbkb.org/

SBKB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/sbkb

모든 OpenHelix 자습서의 카탈로그 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

참고 문헌:
UniProt 컨소시엄. (2009). 유니버설 단백질 자원 (UniProt) 에 2010 핵산 연구, 38 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkp846

장미, 추신, Beran, B를, BI, C., 블룸, 더블유, Dimitropoulos, D., , 디, 은 Goodsell, 디, Prlic, 대답 :, 퀘사다, 엠, 퀸, 샷, 웨스트 브룩, 제이, 젊은, 제이, Yukich, B를, Zardecki, C., 버먼, 반장님, & 목적지, 피. (2010). RCSB 단백질 데이터 은행: 디자인된 웹 사이트 및 웹 서비스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1021

버먼, 반장님, 웨스트 브룩, 제이, Gabanyi, 엠, 나, 더블유, 이라느 국왕의 존칭, 기철, Kouranov, 대답 :, 스웨덴 인, 토니, 아놀드, 사장님, 키퍼, F., Bordoli, 실은, 코프, 제이, Podvinec, 엠, 아담스, 추신, 카터, 실은, 미성년자, 더블유, 나이르, 기철, & 배어, Kokocinski. (2009). 단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식 핵산 연구, 37 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식

Bioinformatics.org에서 우리 친구들이 현장 여름 코스

내 메일이 통지를 받았어요–부터 Bioinformatics.org:

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생물 정보학 프로그래밍 CS101 소개

July 28-29, 2011

*캠브리지에서 현장 *, 매사 추세츠 주, 미국

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***이것은 우리의 기초 프로그래밍 과정의 특별 제공하고 있습니다, 켄달 광장에서 인 준, 캠브리지, 매사 추세츠 .***

목표:

이 코스는 IT 전문가를 가르치고, 엔트리 레벨 bioinformaticians 및 Linux 활용 및 다양한 오픈 소스 생물 정보학 도구에 생물학, 함께 스크립팅 및 데이터 관리 도구, 생물 학적 연구에 계산을 수행하고 데이터로부터 정보를 만들려면. 이 과정에서 예로 DNA와 아미노산 시퀀스에서 데이터를 사용합니다, microarray 프로필, 이미지, 질량 분석계, LIMS, 및 생물 학적 주석.

교과:

코스로 나뉘어져 있습니다 4 세션, 대략과 1-1.5 강의 시간, 연구실 연습을위한 추가 시간. 다섯째 세션이 프로젝트 토론 및 기타 과정 관련 문제에 대해 예약되어 학생들은 토론 할 수 있습니다.

세션 1 생물 정보학에 대한 컴퓨팅 풍경의 개요를 다룹니다. 일반적인 데이터 관리 및 광산 문제는 강조 표시됩니다, alongwith는 도전적인 문제의 개요 및 솔루션. 리눅스 운영 체제의 개요는 할 것입니다, alongwith 연구소는 리눅스에 익숙한 참가자를 얻을 연습.

세션 2 펄과 스크립트의 기초를 커버합니다, scalars 같은, 배열, 변수 보간, 운영자 (수학, 조건부, 논리적), 파일 입 / 출력, 인쇄, 루프 (경우 - 당시 다른, 용, 동안), 목록 작업, 등등. 랩 연습이 실시됩니다

세션 3 기능 / 서브루틴을 커버합니다, 해시 배열과 정규 표현식. 참가자는 MySQL의 데이터베이스를 소개합니다.

세션 4 펄 패키지의 설치를 커버합니다, 와 순서를 조작에 대한 유명한 패키지 BioPerl를 사용하는 몇 가지 예제, 블래스트 검색어 자동, 등등. 프로젝트는 BioPerl와 펄 데이터베이스 인터페이스를 사용하는 할당됩니다

전제 조건: 프로그래밍 경험이 필요하지 않습니다, 프로그램을하는 방법에 대한 자세한 내용은 단지 필요.

추가 정보에 대한: 수업료 및 기타 문의, 연락 주시기 바랍니다 edu@bioinformatics.org.

참고: 이 OpenHelix과 연결되어 있지 않습니다, 우린 그냥 알고 Bioinformatics.org 팀을 좋아하고 단어를 퍼뜨릴.

 

RCSB의 PDB 및 OpenHelix가 업데이트 무료 튜토리얼 및 교육 자료 발표

새로운 자습서 RCSB PDB 사이트에서 많은 변화와 개선을 반영, 그리고 narrated 온라인 자습서를 포함, 파워 포인트 슬라이드, 유인물, 과 연습.

벨뷰, 웨스턴 오스트 레일 리아 (PRWEB) April 12, 2011

연구 구조 생물학에 대한 Collaboratory (RCSB) 단백질 데이터 은행 (GDP는) 개정 및 업데이트된 튜토리얼을 제공하기 위해 OpenHelix와 제휴 (http://www.openhelix.com/PDB) 생물 학적 macromolecules를 공부를위한 무료 웹 기반 리소스에 (HTTP를://www.pdb.org).

RCSB PDB는 생물 학적 macromolecules을 공부하는 데 사용하는 도구와 리소스의 다양한 제공. PDB는 단백질의 실험적 결정 - 3D 생물 학적 구조의 단일 세계적인 저장소입니다, 핵산과 복잡한 어셈블리. 전세계 PDB 협력의 일원으로서 (wwpdb.org), RCSB PDB는 PDB 데이터를 curates 및 annotates, 기초 및 고급 검색을 제시, 이러한 데이터에 액세스하는 표시 및 시각화 방법.

새로운 자습서 RCSB PDB 사이트에서 많은 변화와 개선을 반영, 새 데이터 드릴 다운하고 데이터 요약 기능을 포함, 이러한 다운로드 페이지로 업데이트된 리간드 기능, 이미지와 바인딩 친화 데이터, 새 보고서 유형 및 시각화 옵션, 많은 사람 중에서.

새로운 교육 자료 (에 http://www.openhelix.com/pdb) 온라인 자습서를 포함 narrated 그 보여줍니다: 기본 및 고급 검색, 어떻게 리포트를 생성하는, 개별 구조를 탐험에 대한 다른 옵션, 그리고 RCSB PDB에서 제공하는 연구 및 교육 리소스와 도구의 많은. 약 60 분 자습서, 즉 막 모든 브라우저를 실행, 처음부터 끝까지 볼 또는 지부 및 순방향 및 역방향 슬라이더를 사용하여 이동한 수 있습니다.

튜토리얼 외에도, RCSB PDB 사용자는 또한 튜토리얼에 대한 근거로 사용되는 애니메이션 파워 포인트 슬라이드를 포함하여 유용한 교육 및 교재에 액세스할 수 있습니다, 슬라이드에 대한 제안 스크립트, 슬라이드 유인물, 과 연습. 이것은 수업 내용을 만들고 교사와 교수에 대한 엄청난 양의 시간과 노력을 절약할 수 있습니다.

사용자는 다음 위치에서 무료로 자료를 자습서를보고 다운로드할 수 있습니다 http://www.openhelix.com/pdb.

RCSB의 PDB에 대하여
RCSB 단백질 데이터 은행 (HTTP를://www.pdb.org), 구조 생물 정보학에 대한 연구 Collaboratory에서 관리 (RCSB), biomolecular 구조에 대한 정보가 필수적인 자원을 제공함으로써 과학 연구 및 교육 전세계 지원. 생명의 이러한 분자는 모든 유기체에서 발견되는, 박테리아와 식물에서 동물과 인간.

RCSB PDB 회원 기관이 공동으로 프로젝트를 관리: Rutgers, 캘리포니아 대학에서 뉴저지와 샌디에고 슈퍼 컴퓨터 센터 및 약학과 약학의 Skaggs 학교의 주립 대학, 샌디에고.

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, (HTTP를://www.openhelix.com) 생물 정보학 및 게놈 검색 및 교육 포털을 제공합니다, 연구자들은 한 장소를 제공해주었습니다 찾는 방법과 웹 리소스 및 데이터베이스를 사용하여 알아보기. 자원의 OpenHelix 검색 포털 검색 수백, 튜토리얼 스위트룸과 기타 자료들이 필요에 가장 관련성이 높은 자원과 OpenHelix 교육 자료를 연구자에게 직접. 연구자 및 기관은 시간을 절약할 수, 거의에 가입을 활용하여 예산과 직원 자원 100 온라인 자습서 스위트 포털을 통해 제공. 가장 관련성이 높은 자원의 효율적 사용과보다 효과적으로 빠르게 연구 의미.

단백질 구조 사업은 구조 생물학 지식에 대한 튜토리얼 및 교육 자료 업데이트 무료 OpenHelix 발표 (SBKB).

구조 생물학 기술 자료에 무료 입문서 스위트는 온라인 narrated 영화를 포함, 파워 포인트 슬라이드, 슬라이드 유인물과 연습.

벨뷰, 웨스턴 오스트 레일 리아 (PRWEB) April 11, 2011

구조 생물학 기술 자료 (SBKB), 단백질에 대한 정보를 원스톱 상점 Rutgers 대학에서 호스팅, 업데이트 및 수정 무료 자습서 스위트를 제공하기 위해 OpenHelix와 제휴 (http://www.openhelix.com/sbkb) 자사의 온라인 단백질에서 "포털"에 위치 http://sbkb.org/.

SBKB은 무료입니다, 포괄적인 자원이 건강의 단백질 구조 이니셔티브의 국립 연구소 간의 협력을 통해 생산: 생물학 프로그램과 자연 출판 그룹. PSI는 SBKB은 유전자가 들어, 구조, 보고서 및 디스플레이의 다양한 통해 쉽게 액세스할 수있는 단백질에 대한 기능과 실험 정보. 이 포털은 또한 많은 추가 리소스에 대한 링크를 포함.

새로운 튜토리얼은 SBKB에 많은 변화와 개선 사항을 반영, 구조 생물학 지식에 구조 유전체학 기술 자료에서 최근 이름 변경 등, 새 탐색 조직, 리모델링 및 단백질 모델 포탈 리포트, 많은 사람 중에서.
온라인은 이제 막 어떤 브라​​우저에서 예제 실행을 narrated 여러 가지 방법으로 탐색 수 있습니다. 약 60 분, 튜토리얼은 하이라이트와 설명 특징과 기능을 효과적으로 SBKB 사용을 시작하는 데 필요한. 튜토리얼은 단백질 포털에 소개하는 새로운 사용자에 의해 사용될 수 있습니다, 이전에 사용자가 새로운 기능과 기능을 볼 수, 또는 단순히 참조 도구로 특정 기능을 이해하는.

튜토리얼 외에도, 사용자는 또한 튜토리얼을위한 근거로 사용되는 애니메이션 PowerPoint 슬라이드 등 유용한 교육 및 교재에 액세스할 수 있습니다, 슬라이드에 대한 제안 스크립트, 슬라이드 유인물, 과 연습. 이것은 교실 콘텐츠를 만드는 데 엄청난 시간과 노력을 교사와 교수에 저장할 수 있습니다.

사용자는 튜토리얼을 볼 수시 무료 자료를 다운로드 http://www.openhelix.com/sbkb.

Psi에 대해
단백질 구조 이니셔티브 (PSI는, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/psi_biology/), 어떤 보건 국립 연구소에 의해 지원됩니다, 는 연방, 대학과 극적으로 비용을 절감하며 lessening 그것은 입체 단백질 구조를 결정하는 데 걸리는 시간을 목표로 업계의 노력. PSI에의 장기 목표는 그들의 대응의 DNA 시퀀스의 지식을 최대한 단백질의 3 차원의 원자 수준의 구조물을 쉽게 얻을 수 있도록하는 것입니다. PSI '는 새로운 구조의 생물 학적 통찰력을 얻기 위해 광범위한 바이오 메디컬 연구 커뮤니티는 PSI는 연구 결과를 이용 할 수 있도록 노력.

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, (HTTP를://www.openhelix.com) 생물 정보학 및 게놈 검색 및 교육 포털을 제공합니다, 연구자들은 한 장소를 제공해주었습니다 찾는 방법과 웹 리소스 및 데이터베이스를 사용하여 알아보기. 자원의 OpenHelix 검색 포털 검색 수백, 튜토리얼 스위트룸과 기타 자료들이 필요에 가장 관련성이 높은 자원과 OpenHelix 교육 자료를 연구자에게 직접. 연구자 및 기관은 시간을 절약할 수, 이상으로 가입을 활용하여 예산과 직원 자원 100 온라인 자습서 스위트 포털을 통해 제공. 가장 관련성이 높은 자원의 효율적 사용과보다 효과적으로 빠르게 연구 의미.

자유와 함께 탐험해 오픈 액세스 생물 정보학 도구 “게놈 자원의 월드 투어” 자습서 스위트 룸

온라인 튜토리얼은 연구자와 과학자에게 많은 생물 자원을 그들에게 제공에 대해 배울 수있는 장소를 제공합니다.

Quote  start이러한 링크는 그들에게 익숙하지 않을 수도 있습니다 자원에 관련된 기술적인 튜토리얼로 유도함으로써 과학자 지원. OpenHelix이 파트너십 덕분에, BioMed 중앙 저널들은 그들의 과학 콘텐츠를보다 유용하고 접근 할 수 있습니다.Quote end

벨뷰, 웨스턴 오스트 레일 리아 (PRWEB) April 6, 2011

과학 커뮤니티는 이제 "탐구하고를 통해 많은 생물 정보학 및 게놈 자원들을 사용할 찾을 수있는 귀중한 시작 지점을 가지고게놈 자원의 월드 투어OpenHelix로 "튜토리얼 스위트 룸.

무료 튜토리얼 스위트는 알고리즘과 분석 도구와 같은 카테고리로 구성된 자원의 샘플링을 포함, 표현 리소스, 게놈 브라우저 (모두 진핵세포 및 prokaryotic / 미생물), 문학 텍스트 광산 자원, 및 자원은 세포핵에 초점을 맞춘, 단백질, 경로, 질환과 유사.

각 카테고리에서, 튜토리얼뿐만 아니라 가장 인기있는 자원을 탐구, 하지만 독특한 과학적 요구를 채우기도 몇몇 덜 알려진 것들은 특히 연구자에게 도움이된다.

투어도 찾아서 무료 OpenHelix 검색 도구를 사용하여 다른 리소스에 대한 학습의 어려운 작업을 수행할수있는 쉬운 방법을 보여줍니다, 튜토리얼 스위트, 및 기타 도구.

"적 확장 데이터 세트와 게놈 시대의 자원으로"워렌했다 (삼점의 카드) 선반, OpenHelix의 수석 과학 담당관, "이 튜토리얼 스위트는 과학자들에게 자원의 개요를 제공하고 그들에게 그들을 찾을 방법을 사용하여 배울 수있는 방법을 보여주는의 중요한 필요를 채웁니다."

온라인 자습서 narrated, 즉 막 모든 브라우저를 실행, 수 또는 끝까지 시작 챕터를 사용하여 탐색 및 순방향 및 역방향 슬라이더를에서 볼 수.

입문서 스위트에 포함된 튜토리얼을위한 기초로 사용되는 파워 포인트 슬라이드를 애니메이션 아르, 슬라이드에 대한 제안 스크립트, 슬라이드 유인물, 그리고 자원 및 자습서 방문 페이지를 AA 목록 자습서에 언급된. 이것은 다른 사람에게이 여행을주고 엄청난 양의 시간과 노력을 교사와 교수에 저장.

에 동반자 조각이 무료 자습서, 방법을 모색하고 발견하고 온라인 생물학 전산 도구를 배울 수, "신문입니다OpenHelix: 다른 상자의 외부 생물 정보학 교육"제목 생물 정보학에서 브리핑의 특별 월호에 발표된 내용"특집: 교육 생물 정보학“. 본 논문은 연구자가 공개된 생물 정보학 자원에 대한 학습 교육 비공식 소스에 액세스할 수있는 저장소의 광범위한 설명. 이들 형식과 리소스의 목록을 포함하여 전략의 다양한 포함, 정기적으로 도구 설명을 기능 저널, MIT의 OpenCourseWare 노력 등의 e 러닝 리소스 소스.

우리는 단어를이 프로그램을 중단… 각 튜토리얼 구입

우리는 일반적으로 OpenHelix 자습서 구입에 대해 구체적으로 블로그를하지 (우리는 보도 자료와 함께 할), 그것은 블로그의 목적은 아니에요, 하지만 난 정말까지 빠른 헤드를주고 싶어. 리소스 공급자가 훈련과 아웃리치을 투자했기 때문에 우리 자습서의 대부분은 최종 사용자에게 무료입니다. UCSC, 인코딩, GDP는, 보기, SBKB은하 그냥 몇 가지 예입니다. 우리 자습서의 대량 (카탈로그를 체크 아웃: 에 도달 100!) 뒤에 회원 가입 벽. 강사를위한, 교수 교육 게놈, 전원 학습자, 단체 및 기관, 구독 감각을 많이 만들. 가끔하지만, 개별 사용자는 하나 또는 두 개의 자원을 양성해야하고 그들의 필요가 충족됩니다. 우리는 그 사용자를위한 튜토리얼에 대한 개별적인 구매 기능을 추가했습니다.

당신이 가입하지 않은 경우, 당신은 새로운 녹색을 알 수 있습니다 “구매” 및 “구독하기” 버튼 (당신이 가입하는 경우, 이러한 버튼은 물론 나타나지 않습니다, 자습서는 무제한 액세스할 아르). 를 클릭하십시오 “구매” 버튼을 당신은 후 즉시 특정 튜토리얼에 대한 액세스 권한을 얻을 수 $28.50 구매 (Google Checkout을 통해, 무료 Google 계정이 필요합니다, 당신은 구글 이메일을 사용하는 경우, 그건 당신이 알 필요합니다). 당신은 지속됩니다 바로 액세스할 수있을 겁니다 3 구입 후 일. 무제한 사흘 동안 Flash 동영상에 액세스하고 슬라이드를 다운로드하는 기능을 제공합니다 그, 유인물과 연습.

다시, 당신을 볼 수 있습니다 여기에 우리의 목록에 자습서, 우리의 자원이나 검색 가정 및 검색 페이지. 리소스에 바로 입력 (또는 일반 주제) 당신은 검색 상자에 관심이있는. 우리는 자원에 대한 튜토리얼이있다면, '퍼즐있을 것입니다’ 검색 결과의 왼쪽에있는 아이콘. 그린은 후원과 무료 뜻, 빨간색은 가입으로 볼 수있다는 것을 의미합니다, 또는 개인 구매. 그냥 아이콘을 클릭 :디.

작업장: 게놈 브라우저의 월드 투어와 분석 도구의 은하

단지 메리와 나에서 하루 종일 실습 워크샵을주는 것임을 발표하고 싶습니다 화요일, 11월 2일, 2010 워싱턴 DC에 (내 고향), 바로 전에 ASHG 회의 (우리는 거기에있을 것이다). 워크숍의 제목은 게놈 브라우저의 월드 투어 및 분석 도구의 은하. 우리는 UCSC 게놈과 테이블 브라우저를 덮고있을거야, 다른 게놈 브라우저의 개요, BioMart, 은하와 게놈 자원과 방법을 찾을 수의 여행. 위치에 대한 자세한 내용은, 비용, 주제는 여기서 계속 읽기. UCSC 갤럭시에 대한 워크숍 attendess에 대한 ASHG에 있습니다 (하는 우리의 것입니다, 하지만 밥, 안톤과 다른 일을 할 것입니다), 하지만 그는 매진하고 채워있다. 우리는이 주제와 자세한 내용을 보려면 싶은 사람들을 위해 워크샵을 제공하고 있습니다, DC 주민과 ASHG 참석자 모두.

좌석을 구입하여 등록하려면, 우리로 이동 곧 워크샵 페이지.

계속 읽기

생물 정보학에 브리핑 – 우리의 교육 신문은 현재 사용 가능합니다

April 예전에 언급 된 우리 (OpenHelix) 생물 정보학의 비공식 소스에 대한 교육을 종이를 쓰고 있었다 (금요일 SNPets 항목) 그리고 우리는 신문 기사가 나왔을 때 발표할 것을 요청 받았습니다. 음, 우리는 기사가 게시되었다는 지난 주 단어가 나왔. 문서는 특별한 문제에 나타납니다 생물 정보학에 브리핑 그건 생물 정보학 교육에 헌신이다. 문제의 모든 기사는 아직 사용할 수있다면 나도 잘 모르 겠네, 하지만 보이는 몇 가지 저널의 고급 액세스 영역에서 아르. 생물 정보학 교육 영역입니다 (명백하게) 그 OpenHelix 상관 깊이에 대해 & 우리는 모든 기사를 읽을 수 있도록 우리가 걱정스럽게 전체 문제를 우리의 복사본을 기다리고 있습니다, 하지만 난 빗나가다…

제목 “OpenHelix: 다른 상자의 외부 생물 정보학 교육” (당신은 paywall를 부딪혔다면, 또는 문제가 액세스하는, 우리는 기꺼이 무단 전재를 보내드립니다. 그냥 해당 작성자에게 이메일을, 제니퍼는 추상적으로 나열거나 물어 우리의 연락처 링크- 삼점의 카드) 문서의 리뷰어 중 하나에서 멋진 제안했다 – 내 원래 제목이 훨씬 다스리는했다 (확인, 더 지루한). 최종 타이틀에 관계없이, 우리가 문서에 해보고 싶었던 생물 정보학 교육의 비공식 소스를 논의하는 것입니다. 교육함으로써 우리는 연구자들이 생물 정보학 분야 내에서 작동할 수 있도록 해당 정보를 취득 뜻. 우리는 전통적인 의미 이외의 비공식으로, 신용 기반 수업 및 학위. 본질적으로 우리는 지식의 비트를 제공 - 어떻게 우리는 자원의 수백 작업의 년간 모여있어 알고, 워크샵 참가자 수천, 그리고 수많은 온라인 연락처에 대한 어디 연구원, 또는 사서, 또는 누군가가 생물 정보학 분야의 다양한 정보 욕구를 끌 수 있습니다.

우리의 경합은 모든 사람이 요즘 관리하고 조작하는 그들의 생물 학적 데이터를 순서대로 프로그램 필요가있다. 그렇게 많은 벌금을 사용할 데이터베이스가 공개적으로이 없습니다, 알고리즘, 도구 및 기타, 그것은 누구 포맷 수 있도록하고 자신의 개인 데이터를 분석에 대한 인식과 훈련의 문제일 따름입니다 세트. 우리는 그 유지 :

…생물 정보학 교육은 네 가지 최소 할 필요:

1. 사용 가능한 자원의 인식을 높이
2. 연구자들은 발견하고 평가 리소스 기능을 사용
3. 인식과 자원의 사용 사이의 낮은 장벽
4. 정기적인 자원 사용자들의 지속적인 교육적 필요를 지원

신문에서 우리는 이러한 각각의 산책 – 우리가 처음 지점과 관련된 요구 사항 예제를 설명, 다음 요구 사항을 충족 가능한 비공식 자원을 커버. 문서 자원의 테이블과 그들에게 링크와 많은 많은 참조를 포함. 우리가 정말 생물 정보학 교육의 분야에서 매우 유용한 리소스입니다 희망. 난 이미 다음 특수 교육 문제에 기여를 기대하고 있습니다, 내 작문 실력을 연마할 우리가 독자를 제공할 수있는 정보를 확장하는 두. 댓글 제발, 이메일, 뭐든 시켜서 우​​리가 사용하는 리소스에 대해 알고, 당신이 문서에서 배웠는지, 등등. 오, 여기에 인용 정보의:
ResearchBlogging.org
윌리엄스, 제이, 망간, 엠, Perreault - Micale, C., 선반, 미국, Sirohi, 북아 일, & 선반, 에. (2010). OpenHelix: 다른 상자의 외부 생물 정보학 교육 생물 정보학에 브리핑 간접 자원부: 10.1093/bib/bbq026