Tag Archives: la formation

Quelle est la réponse? (comment se tenir au courant)

Cette semaine est un peu différent de l'habituel “Quelle est la réponse?” afficher dans des endroits nous mettons en évidence une question d'un forum que nos lecteurs pourraient être intéressés à. Cependant–dans ce message, l'une des réponses comprend Biostar–de sorte qu'il sorte de revient autour!

Stephen Turner (alias @ Genetics_blog) a écrit un billet de blog récemment en réponse à des gens qui lui demandaient comment il se tient au courant en bioinformatique / génomique. Je sais que beaucoup de personnes retweeté ce poste au moment, et son inclusion type même de OpenHelix conduit à une certaine bonne circulation à ce blog et de nouveaux adeptes de Twitter. Et hier soir, j'ai vu cela aussi bien, confirmant mon impression de ce post:

Il ya des blogs, forums, recherches automatisées, Twitter, et de la littérature–bien sûr. Beaucoup de gens pourraient connaître quelques-unes de ces, mais il est agréable de voir quelqu'un monter une collection. Il est également intéressant de voir comment il est similaire à ma stratégie.

Donc, il semblait que cela pourrait être un élément de plaisir à mettre en évidence comme une bonne source de réponses sur un certain nombre de choses, et un bon moyen pour trouver des sites utiles et les gens d'être conscient de dans ce domaine. Check it out.

Comment se tenir au courant en matière de bioinformatique / génomique

Tellement de données et d'information. Tu dois avoir des stratégies. Et vous devez avoir plus de la littérature.

Astuce Vidéo de la semaine: Grands changements à Ressources NCBI génome


NCBI a été créée en 1988 et a maintenu le GenBank base de données pendant des années. Ils fournissent également de nombreuses ressources informatiques et des systèmes de récupération de données pour de nombreux types de données biologiques. Comme tels, ils savent trop bien à quelle vitesse les données que les biologistes de recueillir a changé et élargi. Comme utilise pour différents types de données ont été développés, il est devenu évident que de nouveaux types d'informations (telles que les métadonnées élargi) doivent être collectées, et de nouvelles façons de manipulation de données sont nécessaires.

NCBI a été adaptée à ces besoins tout au long des années et a récemment été l'adaptation de ses ressources génomiques. La pointe d'aujourd'hui seront basés sur certains de ces changements. Ma vidéo se concentrera sur les “site de Génome complètement redessiné”, qui a été récemment mis en place et annoncé dans le le plus récent bulletin de NCBI. Je n'ai pas trouvé une publication décrivant les changements, mais le bulletin va dans le détail et le L'annonce se trouve en haut du site Génome (& que je signale dans la vidéo) a des détails très utiles sur les changements.

Comme vous pourrez le voir dans l'annonce, l' Génome ressources n'est pas la seule ressource liée à des changements ont subi récemment, incluant le réaménagement de la ressource dans le projet du génome BioProject ressources et la création de la Échantillon biologique des ressources. Je n'aurai pas le temps d'aller dans les détails au sujet de ces deux ressources, mais à la fin de mon post, je vais lien vers deux récentes publications NCBI qui est sorti dans Nucleic Acids Research ce mois-ci – Ce sont de bonnes ressources à lire pour plus d'informations sur BioProject, Échantillon biologique, et sur le NCBI dans son ensemble. Pour une perspective historique J'ai aussi un lien vers la référence du génome d'origine, qui est actuellement en bioinformatique et libre d'accès.

Certains de ces changements sont très intéressants, y compris celle “Enregistrements seul génome représentent désormais un organisme et non un génome pour un isolat.” Les Etats NCBI bulletin “D'importantes améliorations comprennent une organisation plus naturelle au niveau de l'organisme pour procaryotes, eucaryotes, et de génomes viraux. Les rapports incluent des informations sur la disponibilité de l'énergie nucléaire ou procaryotes génomes primaire ainsi que les organelles et les plasmides. ” Il ya aussi une note qui “En raison de la réorganisation d'un système de classification naturelle, identificateurs génome âgées ne sont plus valides. Généralement, ces identifiants génome n'ont pas été exposés dans le système précédent et ont été utilisés principalement pour l'accès programmatique. ” Cela me fait me demander quels changements cela va le mandat à d'autres ressources NCBI, ainsi que des ressources externes. Je n'ai pas vu des annonces sur ce encore, donc je vais devoir rester à l'écoute & vérifier autour souvent.

Profitez de la pointe & nous laisser, ou de NCBI, ce que vous pensez de leurs changements! :)

Liens rapides:

Page d'accueil du NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Page d'accueil Entrez Genome Resource: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

Page d'accueil Ressources BioProject: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Références:

Historique de référence Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Génomes complets dans WWW Entrez: représentation des données et l'analyse Bio-informatique, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V., Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). Bases de données et de BioProject échantillon biologique au NCBI: la capture et de faciliter l'organisation des métadonnées Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., ChT.vernin, V., Eglise, D., DiCuccio, M., Federhen, S., V.olo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Rendre fou, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V., Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Souvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Vous, J. (2011). Base de données des ressources du Centre national d'information sur la biotechnologie Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Astuce de la semaine: De UniProt à l'SBKB PSI et Back Again


Il est souvent avantageux de visiter plusieurs bases de données biomédicales ou de ressources, même si elles semblent à fournir des informations qui se chevauchent, car il n'ya pas deux ressources se concentrent sur les mêmes informations, ou de le présenter exactement de la même manière. Au lieu de dupliquer les uns des autres’ curation des efforts, base de données souvent un lien vers des informations connexes à d'autres ressources. Vous pouvez penser que ces liens “les liens sociaux”, si vous voulez et en pointe d'aujourd'hui, je veux vous montrer quelques liens entre les ressources d'information en protéines, notamment une nouvelle connexion qui offre vraiment quelques-unes des valeurs fondamentales de l' PSI Biologie Structurale Knowledgebase, ou SBKB.

Je commence à la pointe l'UniProtKB, où je chercher un numéro ID UniProt. Depuis le rapport de la protéine résultant J'ai d'abord brièvement vous montrer comment lier à un correspondant RCSB PDB rapport, où vous pouvez trouver des informations de haute qualité de la structure des protéines et plus. Si vous êtes intéressés à en apprendre davantage sur l'APB RCSB & comment l'utiliser, s'il vous plaît consulter OpenHelix est pleine, tutoriel gratuit qui est parrainé par l'APB RCSB.

De là, je reviens au rapport UniProt et démontrer un nouveau lien sur l'option que les liens vers les protocoles de protéines, matériaux disponibles, cibles des protéines ainsi que des informations sur des modèles théoriques et prédit à partir du SBKB. Je n'ai pas le temps de le montrer, mais une récente mise à jour du SBKB permet aux utilisateurs de maintenant rechercher la structure de connaissances de biologie avec un numéro d'accession UniProt. Ces recherches fournissent aux utilisateurs des informations supplémentaires, y compris les informations de structure des protéines et des informations sur la séquence structure pré-publié. Comme avec l'APB RCSB, nous avons une tutoriel gratuit sur les SBKB qui est parrainé par le Initiative de la structure des protéines.

Comme je l'ai défiler les utilisateurs UniProt rapport protéines verrez des informations et des liens pour une grande variété de ressources en biosciences. OpenHelix, comme je suis sûr que beaucoup d'entre vous sont conscients, a tutoriels sur la façon d'utiliser beaucoup de ces ressources. Nos tutoriels sur l'APB et le RCSB SBKB PSI sont à la fois libre. Notre tutoriels sur UniProt et beaucoup d'autres ressources sont disponibles via un abonnement à notre base de données des formations ou par l'achat de l'accès individuel. Que vous apprennent les ressources grâce à nos tutoriels, à travers les références que je liste ci-dessous, ou par votre propres explorations des bases de données, il ya vraiment une quantité incroyable d'informations disponibles à travers ces interconnectés, ressources publiques financées par – S'il vous plaît de les utiliser dans vos recherches!

Liens rapides:

UniProt connaissances - http://www.uniprot.org/

Tutoriel sur la OpenHelix UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

Tutoriel sur l'APB OpenHelix RCSB – http://www.openhelix.com/pdb

L'Initiative de la structure des protéines Biologie Structurale Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

Tutoriel sur la OpenHelix SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Catalogue de tous les tutoriels OpenHelix – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Références:
Le Consortium UniProt. (2009). La ressource de protéines universelle (UniProt) dans les 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jeunes, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). La RCSB Protein Data Bank: nouveau site Web et services Web Nucleic Acids Research, 39 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Shah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Suédois, T., Arnold, K., Pine, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Carter, L., Mineure, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). L'initiative la structure des protéines structurelles génomique de connaissances Nucleic Acids Research, 37 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkn790

cours d'été sur place par nos amis de Bioinformatics.org

Je viens de cet avis dans mon courrier–à partir de Bioinformatics.org:

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- =-=-=-=-=-=-=-=-=-

Présentation à la bioinformatique CS101 Programmation

Juillet 28-29, 2011

*SUR LE SITE * à Cambridge, Massachusetts, USA

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- =-=-=-=-=-=-=-=-=-

***Ceci est une offre spéciale de notre cours d'introduction de programmation, donnée en personne à Kendall Square, Cambridge, Massachusetts .***

OBJECTIFS:

Ce cours enseigne aux spécialistes des TI, bioinformaticiens et de biologistes de niveau d'entrée de tirer parti de Linux et open-source de divers outils bioinformatiques, en collaboration avec les scripts et outils de gestion des données, d'effectuer des calculs dans la recherche biologique et créer des informations à partir de données. Les exemples de ce cours sera l'utilisation des données de séquences d'ADN et des acides aminés, profils biopuces, images, spectrométrie de masse, LIMS, et les annotations biologiques.

PROGRAMME:

Le cours est divisé en 4 séances, avec environ 1-1.5 heures de cours, et du temps supplémentaire pour des exercices en laboratoire. Une 5ème séance est réservée à la discussion des projets et toutes les questions pertinentes d'autres bien sûr les étudiants peuvent vouloir discuter.

Session 1 couvrira un aperçu du paysage informatique pour la bioinformatique. Commune de gestion de données et les problèmes d'exploitation sera mis en évidence, alongwith un aperçu des problèmes difficiles et leurs solutions. Linux OS aperçu sera fait, alongwith laboratoire exercices d'amener les participants familiers avec Linux.

Session 2 couvrira les fondamentaux de l'écriture de scripts en Perl, tels que les scalaires, tableaux, l'interpolation de variables, opérateurs (les mathématiques, conditionnelle, logiques), fichier d'entrée / sortie, l'impression, boucles (if-then-else, pour, tout), Liste des opérations, etc. Exercices en laboratoire seront effectués

Session 3 couvrira les fonctions / routines, tableaux de hachage et expressions régulières. Les participants seront initiés aux bases de données MySQL.

Session 4 couvrira l'installation de paquets Perl, et quelques exemples d'utilisation de l'emballage BioPerl célèbre pour manipuler des séquences, automatisant requêtes BLAST, etc. Projet sera assigné et qui utilise BioPerl l'interface perl

PRÉALABLES: Aucune expérience en programmation n'est requise, juste un besoin d'apprendre à programmer.

POUR PLUS D'INFORMATIONS: Pour les frais de scolarité et autres enquêtes, S'il vous plaît contactez edu@bioinformatics.org.

Remarque: Ce n'est pas associée à OpenHelix, nous savons juste, et comme l'équipe Bioinformatics.org et je voulais passer le mot.

 

APB RCSB et OpenHelix annoncent une mise à jour gratuite Matériaux Tutorial et de la Formation

Le nouveau tutoriel reflète les nombreux changements et améliorations sur le site RCSB APB, et comprend une narration sur le didacticiel en ligne, Diapositives PowerPoint, documents, et des exercices.

Bellevue, WA (PRWEB) Avril 12, 2011

Le Collectif de recherche pour la biologie structurale (RCSB) Protein Data Bank (PIB) s'est associé à OpenHelix de fournir un tutoriel révisé et mis à jour (http://www.openhelix.com/PDB) sur ses ressources Web gratuit basé pour l'étude des macromolécules biologiques (http://www.pdb.org).

L'APB RCSB fournit toute une gamme d'outils et de ressources à utiliser pour étudier des macromolécules biologiques. L'APB est le seul référentiel international de déterminé de manière expérimentale en 3D des structures biologiques des protéines, acides nucléiques et des assemblages complexes. En tant que membre de la collaboration dans le monde APB (wwpdb.org), l'APB RCSB curés et annote les données PDB, et présente la recherche de base et avancées, méthodes d'affichage et de visualisation d'accéder à ces données.

Le nouveau tutoriel reflète les nombreux changements et améliorations sur le site RCSB APB, dont une nouvelle donnée de drill-down et disposent de synthèse des données, caractéristiques ligand mis à jour comme une page de téléchargement, images et des données d'affinité de liaison, types de rapports et de nouvelles options de visualisation, parmi beaucoup d'autres.

Le nouveau matériel de formation (à http://www.openhelix.com/pdb) comprennent un didacticiel en ligne a rapporté que démontre: recherches de base et avancées, comment générer des rapports, les différentes options pour explorer les structures individuelles, et beaucoup de ressources de recherche et d'enseignement et les outils disponibles à l'APB RCSB. Le tutoriel d'environ 60 minutes, qui fonctionne dans n'importe quel navigateur, peut être consulté du début à la fin ou navigué en utilisant des chapitres et en avant et en arrière curseurs.

En plus de ce tutoriel, RCSB utilisateurs APB pouvez également accéder à une formation utile et de matériel pédagogique, y compris les diapositives PowerPoint animées utilisées comme base pour le tutoriel, scénario proposé pour les diapositives, polycopiés diapositives, et des exercices. Cela peut économiser un temps énorme et les efforts des enseignants et des professeurs pour créer du contenu en classe.

Les utilisateurs peuvent consulter le tutoriel et télécharger le matériel gratuitement à http://www.openhelix.com/pdb.

A propos de l'APB RCSB
La RCSB Protein Data Bank (http://www.pdb.org), administré par le Collectif de recherche pour Bioinformatique structurale (RCSB), soutient la recherche scientifique et dans le monde l'éducation en fournissant une ressource essentielle des informations sur des structures biomoléculaires. Ces molécules de la vie se retrouvent dans tous les organismes, des bactéries et des plantes aux animaux et les humains.

Les institutions membres de l'APB RCSB gérer conjointement le projet: Rutgers, L'Université d'État du New Jersey et le San Diego Supercomputer Center et l'Ecole de Pharmacie et Skaggs sciences pharmaceutiques à l'Université de Californie, San Diego.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) fournit une recherche en bioinformatique et génomique et portail de formation, donnant aux chercheurs un lieu à trouver et apprendre à utiliser les ressources et les bases de données sur le web. Le portail de recherche OpenHelix recherches sur des centaines de ressources, suites tutoriel et autre matériel pour diriger les chercheurs vers les ressources les plus pertinentes et les documents de formation OpenHelix pour leurs besoins. Les chercheurs et les institutions peuvent gagner du temps, ressources budgétaires et de personnel en misant sur un abonnement à près de 100 suites tutoriel disponible en ligne via le portail. Une utilisation plus efficace des ressources les plus pertinentes des moyens de recherche plus rapide et plus efficace.

L'Initiative de la structure protéique annonce une mise à jour gratuite OpenHelix Matériaux Tutorial et de formation pour la base de connaissances Biologie Structurale (SBKB).

Suite tutoriel gratuit sur les fonds structurels de connaissances de biologie comprend un film en ligne narré, Diapositives PowerPoint, polycopiés de diapositives et des exercices.

Bellevue, WA (PRWEB) Avril 11, 2011

La Biologie Structurale Knowledgebase (SBKB), un guichet unique d'information sur les protéines hébergé à l'Université Rutgers, s'est associé avec OpenHelix de fournir une suite tutoriel à jour et révisé gratuitement (http://www.openhelix.com/sbkb) sur sa protéine de "portail" en ligne située à http://sbkb.org/.

Le SBKB est un logiciel gratuit, globale des ressources produites par une collaboration entre le National Institutes of Health Initiative a Protein Structure: Programme de biologie et de la Nature Publishing Group. Le PSI comporte SBKB génétique, structurelles, informations fonctionnelles et expérimentales sur les protéines qui est facilement accessible grâce à une variété de rapports et affiche. Le portail comprend également des liens vers de nombreuses ressources supplémentaires.

Le nouveau tutoriel reflète les nombreux changements et améliorations à la SBKB, y compris un changement de nom récent de Génomique Structurale de connaissances pour Biologie Structurale Knowledgebase, nouvelle organisation de la navigation, et remodelé Portail Protein Model rapports, parmi beaucoup d'autres.
Le didacticiel en ligne raconté fonctionne dans n'importe quel navigateur et peut être parcouru dans un certain nombre de façons. Dans environ 60 minutes, le tutoriel souligne et explique les caractéristiques et les fonctionnalités nécessaires pour commencer à utiliser le SBKB efficace. Le tutoriel peut être utilisé par les nouveaux utilisateurs de les introduire sur le portail de protéines, par les utilisateurs précédents pour voir de nouvelles fonctionnalités, ou simplement comme un outil de référence pour comprendre les caractéristiques spécifiques.

En plus de ce tutoriel, les utilisateurs peuvent également accéder à une formation utile et du matériel didactique, y compris les diapositives PowerPoint animées utilisées comme base pour le tutoriel, scénario proposé pour les diapositives, polycopiés diapositives, et des exercices. Cela peut économiser un temps énorme et les efforts des enseignants et des professeurs pour créer du contenu en salle de classe.

Les utilisateurs peuvent visualiser les tutoriels et télécharger le matériel gratuitement à http://www.openhelix.com/sbkb.

A propos de l'ISP
L'Initiative de la structure des protéines (PSI, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/psi_biology/), qui est soutenu par le National Institutes of Health, est un programme fédéral, efforts université et l'industrie visant à réduire radicalement les coûts et à réduire le temps qu'il faut pour déterminer une structure de protéine en trois dimensions. L'objectif à long terme du PSI est de rendre les trois dimensions à l'échelle atomique des structures de la plupart des protéines faciles à obtenir à partir des connaissances de leurs séquences d'ADN correspondant. La PSI vise à mieux comprendre biologiques de nouvelles structures et d'aider la communauté de recherche biomédicale larges faire usage des résultats de recherche PSI.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) fournit une recherche en bioinformatique et génomique et portail de formation, donnant aux chercheurs un lieu à trouver et apprendre à utiliser les ressources et les bases de données sur le web. Le portail de recherche OpenHelix recherches sur des centaines de ressources, suites tutoriel et autre matériel pour diriger les chercheurs vers les ressources les plus pertinentes et les documents de formation OpenHelix pour leurs besoins. Les chercheurs et les institutions peuvent gagner du temps, les ressources du budget et du personnel en misant sur un abonnement à plus de 100 suites tutoriel disponible en ligne via le portail. Une utilisation plus efficace des ressources les plus pertinentes des moyens de recherche plus rapide et plus efficace.

Explorez le libre accès à la bioinformatique Outils gratuits “Tour du monde des ressources en génomique” Tutorial Suite

Tutoriel en ligne donne aux chercheurs et aux scientifiques un lieu d'apprentissage sur les ressources biologiques de nombreuses mises à leur disposition.

Quote  startCes liens d'aider les scientifiques en les guidant au pertinents tutoriels techniques sur les ressources qui peuvent être inconnus pour les. Merci à ce partenariat avec OpenHelix, BioMed Central revues sont en mesure de rendre leur contenu scientifique plus utile et l'accès.Quote end

Bellevue, WA (PRWEB) Avril 6, 2011

La communauté scientifique a aujourd'hui un précieux point de lancer d'explorer et de trouver le nombre de bioinformatique et génomique des ressources à leur disposition par la "Tour du monde des ressources en génomiqueSuite tutoriel »par OpenHelix.

La suite comprend un tutoriel gratuit d'échantillonnage des ressources organisé par catégories telles que des algorithmes et des outils d'analyse, les ressources d'expression, navigateurs génome (deux eucaryotes et procaryotes / microbienne), ressources minières littérature et le texte, et des ressources axés sur les nucléotides, protéines, voies, la maladie et de la variation.

Dans chaque catégorie, le tutoriel explore non seulement les ressources les plus populaires, mais aussi quelques moins connus qui remplissent uniques des besoins scientifiques ou sont particulièrement utiles pour les chercheurs.

La visite montre également des moyens faciles d'accomplir la tâche difficile de trouver et d'apprentissage sur d'autres ressources avec l'outil de recherche OpenHelix gratuitement, suites tutoriel, et d'autres outils.

«Avec les ensembles de données en constante expansion et les ressources de l'ère de la génomique», a déclaré Warren (Trey) Tour, Conseiller scientifique en chef au OpenHelix, "Cette suite tutoriel comble le besoin critique de scientifiques donnant un aperçu des ressources et en leur montrant des moyens de les trouver et apprendre comment les utiliser."

Le didacticiel en ligne narré, qui fonctionne dans n'importe quel navigateur, peut être consulté du début à la fin ou navigué en utilisant des chapitres et en avant et en arrière curseurs.

Inclus dans la suite de tutoriel sont animés diapositives PowerPoint utilisées comme base pour le tutoriel, scénario proposé pour les diapositives, polycopiés diapositives, et la liste AA des ressources et des pages d'atterrissage tutoriel mentionné dans le tutoriel. Cela permet de gagner un temps énorme et les efforts des enseignants et des professeurs de donner ce tour à d'autres.

Un morceau qui accompagne le présent tutoriel gratuit, explorer les moyens de trouver et d'en apprendre davantage sur la biologie des outils de calcul en ligne, est le papier "OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes», Publié dans un numéro spécial de Briefings in Bioinformatics intitulé"Numéro spécial: L'éducation en bioinformatique“. Ce document décrit un large éventail de référentiels où les chercheurs peuvent accéder à des sources informelles d'éducation de l'apprentissage sur la disposition du public les ressources bioinformatiques. Ces incluent une large variété de formats et de stratégies, y compris des listes de ressources, revues qui présentent régulièrement des descriptions d'outils, et des ressources d'apprentissage en ligne de sources telles que l'effort MIT OpenCourseWare.

Nous interrompons ce programme pour un mot… tutoriel sur l'achat individuel

En général, nous ne bloguent pas spécifiquement sur l'achat de tutoriel OpenHelix (Nous le faisons avec les communiqués de presse), ce n'est pas le but du blog, mais je voulais vraiment donner une tête rapide jusqu'à. Beaucoup de nos tutoriels sont libres de l'utilisateur final, car le fournisseur de ressources a financé la formation et de sensibilisation. UCSC, ENCODE, PIB, VUE, SBKB et Galaxy sont que quelques exemples. L'essentiel de nos tutoriels (consultez le catalogue: atteignant 100!) sont derrière un Abonnement mur. Pour les formateurs, génomique d'enseignement des professeurs, apprenants de puissance, groupes et des institutions, abonnements font beaucoup de sens. Parfois, cependant, utilisateurs individuels nécessité de former sur une ou deux ressources et leur besoin est satisfait. Nous avons juste ajouté une fonction d'achat individuel à nos tutoriels pour les utilisateurs.

Si vous n'êtes pas abonné, vous remarquerez nouveau vert “d'achat” et “Abonnez-vous” des boutons (Si vous êtes abonné, ces boutons n'apparaîtront pas, bien sûr, Les tutoriels sont un accès illimité). Cliquez sur le “d'achat” bouton et vous pouvez obtenir l'accès à ce tutoriel spécifique immédiatement après un $28.50 d'achat (via Google Checkout, nécessite un compte Google gratuit, si vous avez un e-mail Google, qui sera al vous avez besoin). Vous aurez un accès immédiat qui durera 3 jours après l'achat. Cela vous donnera un accès illimité à l'animation Flash pour trois jours et la possibilité de télécharger les diapositives, documents et d'exercices.

Encore une fois, vous pouvez voir les tutoriels dans notre liste ici, ou chercher des ressources sur notre accueil et la page de recherche. Il suffit de taper la ressource (ou thème général) vous êtes intéressé par la boîte de recherche. Si nous avons un tutoriel sur la ressource, il y aura un casse-tête »’ icône à gauche du résultat de recherche. Vert signifie qu'il est parrainé et gratuitement, rouge signifie que vous pouvez l'afficher avec un abonnement, ou à l'achat individuel. Il suffit de cliquer sur l'icône :D.

Atelier: World Tour du navigateur du génome et Galaxy des outils d'analyse

Voudrais juste annoncer que Marie et je vais donner un tout-jour atelier pratique sur le Mardi, 2 novembre, 2010 à Washington DC (ma ville natale), juste avant la Conférence ASHG (où l'on sera aussi). Le titre de l'atelier est Un Tour du Monde des Navigateurs génome et une pléiade d'outils d'analyse. Nous aborderons UCSC Genome Navigateurs et le tableau, un aperçu des navigateurs génome d'autres, BioMart, Galaxy et une tournée de ressources génomiques et comment les trouver. Pour plus d'informations sur l'emplacement, coûts, sujets que vous pouvez continuer à lire ici. Il ya des ateliers sur UCSC et Galaxy à ASHG pour attendess (où nous serons à, mais Bob, Anton et d'autres seront faites), mais ceux-ci ont vendu et rempli. Nous vous proposons cet atelier pour ceux qui voudraient apprendre ces sujets et plus, les résidents et les participants DC ASHG.

Pour acheter un siège et d'enregistrer, aller à notre venir la page des ateliers.

Continuer la lecture

Briefings in Bioinformatics – notre papier d'éducation est désormais disponible

Retour en avril il m'est arrivé de mentionner que nous (OpenHelix) ont écrit un papier sur des sources informelles de l'éducation bioinformatique (dans un élément de vendredi SNPets) et on nous a demandé d'annoncer lorsque le papier est sorti. Eh bien, nous avons appris la semaine dernière que l'article a été publié. L'article paraît dans un numéro spécial de Briefings in Bioinformatics qui est consacré à l'éducation bioinformatique. Je ne sais pas si tous les articles dans le numéro n'est encore disponible, mais il semble que plusieurs sont dans la zone de la revue Advanced Access. Bioinformatique éducation est un domaine (bien évidemment) qui se soucie profondément de OpenHelix & Nous attendons avec impatience nos copies de la question complète afin que nous puissions lire tous les articles, mais je m'égare…

Le titre “OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes” (Si vous frappez un paywall, ou ont des difficultés à accéder, nous serons heureux de lui envoyer une réimpression. Just e-mail de l'auteur correspondant, Jennifer énumérés dans l'abstrait ou demander à partir de notre lien contact- Trey) était une suggestion cool de l'un des examinateurs de l'article – mon titre original était beaucoup plus docile (ok, plus ennuyeux). Peu importe le titre final, ce que nous voulions faire dans l'article est de discuter des sources informelles de l'éducation bioinformatique. En éducation, nous voulons dire l'acquisition de l'information applicable qui permet à un chercheur d'opérer dans le domaine de la bioinformatique. Par informelles que nous entendons en dehors des traditionnels, les classes de crédit en fonction des degrés et des. Essentiellement, nous fournir un peu de la connaissance et le savoir-faire que nous avons recueillies au cours des années de travail avec des centaines de ressources, des milliers de participants à l'atelier, et de nombreux contacts en ligne sur l'endroit où un chercheur, ou bibliothécaire, ou quiconque peut se transformer pour divers besoins d'information dans le domaine de la bioinformatique.

Notre thèse est que tous n'ont pas besoin de programmer en vue de gérer et de manipuler leurs données biologiques de ces jours. Il ya tellement de belles bases de données accessibles au public, algorithmes, outils et plus encore, c'est juste une question de sensibilisation et de formation pour quiconque d'être en mesure de reformater et analyser leurs données personnelles ensembles. Nous soutenons que :

…bioinformatique l'éducation doit faire un minimum de quatre choses:

1. sensibiliser le public aux ressources disponibles
2. permettre aux chercheurs de trouver et d'évaluer les fonctionnalités des ressources
3. abaisser la barrière entre la conscience et l'utilisation d'une ressource
4. soutenir les besoins d'éducation permanente des utilisateurs des ressources régulières

Dans le document nous marchons à travers chacun de ces – Nous décrivons d'abord les besoins par exemple associée au point, puis couvrir d'éventuelles ressources informelles qui répondent aux besoins. L'article comprend des tableaux des ressources et des liens vers eux et beaucoup beaucoup de références. Nous espérons vraiment que c'est une ressource très utile dans le domaine de l'éducation bioinformatique. Je suis déjà impatient de contribuer à la prochaine question de l'éducation spéciale, à la fois pour parfaire mes compétences d'écriture et d'étendre l'information, nous pouvons offrir aux lecteurs. S'il vous plaît ne commenter, email, n'importe quoi et nous faire connaître les ressources que vous utilisez, ce que vous appris de l'article, etc. Oh, Voici l'info de citation:
ResearchBlogging.org
Williams, J., Mangan, M., Perreault-Micale, C., Tour, S., Sirohi, N., & Tour, Dans. (2010). OpenHelix: bioinformatique éducation à l'extérieur d'une boîte de différentes Briefings in Bioinformatics DOI: 10.1093/bib/bbq026