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¿Cuál es la respuesta? (cómo mantenerse al día)

Esta semana es un poco diferente a la habitual “¿Cuál es la respuesta?” publicar donde destacamos una pregunta de un foro en el que nuestros lectores podrían estar interesados ​​en. Sin embargo–en este post, una de las respuestas incluye Biostar–por lo que una especie de llega de nuevo!

Stephen Turner (aka @ Genetics_blog) escribió una entrada en el blog recientemente, en respuesta a las personas que le pedían la forma en que se mantiene al día en bioinformática / genómica. Conozco a un montón de gente retweeted ese cargo en el momento, y su inclusión mismo tipo de OpenHelix llevado a un buen tráfico de este blog y los nuevos seguidores en Twitter. Y justo anoche vi esto también, que confirma mi impresión de este post:

Hay blogs, foros, búsquedas automatizadas, Gorjeo, y la literatura–por supuesto. Mucha gente puede saber acerca de algunos de estos, pero es bueno ver a alguien que reunir una colección. También es interesante ver lo similar que es mi estrategia.

Así que me pareció que esto podría ser un elemento de diversión a destacar como una buena fuente de respuestas en una serie de cosas, y una buena manera de encontrar sitios útiles y la gente a tener en cuenta en este campo. Échale un vistazo.

¿Cómo mantenerse al día en Bioinformática / Genómica

Tantos datos e información. Tienes que tener algunas de las estrategias. Y tienes que tener más de la literatura.

Vídeo Consejo de la semana: Grandes cambios al genoma NCBI Recursos


NCBI fue creado en 1988 y ha mantenido la GenBank base de datos para los años. También ofrecen muchos recursos computacionales y sistemas de recuperación de datos para muchos tipos de datos biológicos. Como tales, saben muy bien lo rápido que los datos que recogen los biólogos se ha modificado y ampliado. Como los usos de distintos tipos de datos se han desarrollado, se ha hecho evidente que los nuevos tipos de información (como los metadatos ampliado) deben ser recogidos, y nuevas formas de manejo de datos son necesarios.

NCBI se ha ido adaptando a las necesidades de estos a lo largo de los años y recientemente se ha ido adaptando sus recursos genoma. Punta de hoy se basa en algunos de esos cambios. Mi video se centrará en la “Genoma completamente rediseñado sitio”, que se extendió recientemente y publicada en el más reciente boletín NCBI. No he encontrado una publicación que describe los cambios, pero el boletín entra en algunos detalles y la El anuncio en la parte superior de la página del Genoma (& que señalo en el video) Tiene detalles muy útiles acerca de los cambios.

Como se verá en el anuncio, la Genoma de los recursos no es el único recurso que tienen relación con cambios que ha experimentado recientemente, incluyendo el rediseño de los recursos del Proyecto del Genoma en la BioProject de recursos y la creación de la Muestra biológica de recursos. No voy a tener tiempo para entrar en detalles sobre los dos recursos, pero al final de mi post que unirá a dos recientes publicaciones Revista que salió en Nucleic Acids Research este mes – estos son un buen recurso para leer más información sobre BioProject, Muestra biológica, y en la Revista como un todo. Para una perspectiva histórica que también enlazan con la referencia del genoma original de, que es en Bioinformática y en la actualidad libre acceso.

Algunos de los cambios son muy interesantes, incluyendo la “Registros individuales del genoma representan en la actualidad un organismo y no aislar el genoma de uno.” El NCBI boletín afirma que “Las mejoras más importantes son una organización más natural a nivel del organismo de procariotas, eucariotas, y genomas virales. Los informes incluyen información sobre la disponibilidad de los genomas nuclear primaria o procariotas, así como los organelos y plásmidos. ” También hay una nota que “Debido a la reorganización de un sistema de clasificación natural, mayores identificadores de genoma ya no son válidas. Normalmente, estos identificadores genoma no fueron expuestos en el sistema anterior y se utiliza principalmente para el acceso programático. ” Eso me hace preguntarme qué cambios que esto mandato de otros recursos del NCBI, así como los recursos externos. No he visto ningún anuncio de que aún, así que voy a tener que permanecer atentos & comprobar a menudo en torno a.

Disfrute de la punta & vamos a, o NCBI, saber lo que piensa de los cambios! :)

Enlaces rápidos:

Revista Página de Inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genoma de Recursos Página de inicio: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Página de recursos: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referencias:

Histórico Entrez Genoma de referencia: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Genomas completos en la WWW Entrez: de representación de datos y análisis Bioinformática, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., GevorgyanGorelenkov, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject muestra biológica y bases de datos en el NCBI: captura de la facilitación y organización de los metadatos Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Iglesia, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feolo, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lu, Z., Enloquecer, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Molinero, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Jerez, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suvorov, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., B.ng, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Os, J. (2011). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Consejo del la Semana: Desde UniProt a la SBKB PSI Ida y una Vuelta


A menudo es beneficioso para visitar varias bases de datos biomédicas o de los recursos, incluso si parecen proporcionar información superposición porque no hay dos recursos se centran en exactamente la misma información, o se presente en la misma forma. En lugar de duplicar los demás’ los esfuerzos de preservación, base de datos suele vincular a la información relativa a otros recursos. Usted puede pensar en estos enlaces “conexiones sociales”, si quieres, y en la punta de hoy te quiero mostrar un par de conexiones entre los recursos de información de proteína, incluyendo una nueva conexión que realmente cuenta con algunos de los valores centrales de la Base de Conocimiento de Biología Estructural PSI, o SBKB.

Comienzo de la punta en la UniProtKB, donde puedo buscar un número de ID UniProt. Desde el informe proteína resultante por primera vez brevemente le mostrará la forma de vincular a la correspondiente RCSB AP informe, donde puedes encontrar proteínas de alta calidad de la información y la estructura más. Si usted está interesado en aprender más sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB & cómo usarlo, por favor, consulte OpenHelix está lleno, tutorial gratuito que está patrocinado por la AP RCSB.

A partir de ahí volver al informe UniProt y demostrar una relación nueva opción de salida que une a los protocolos de las proteínas, materiales disponibles, así como información acerca de los modelos teóricos y predecir los objetivos de la proteína de la SBKB. No tengo tiempo para demostrarlo, pero una reciente actualización de la SBKB permite a los usuarios buscar ahora la estructura de base de conocimiento de Biología con un número de acceso UniProt. Estas búsquedas a los usuarios información adicional, incluyendo información de estructura de proteínas y la información sobre la estructura de la secuencia pre-liberados. Al igual que con el anteproyecto de presupuesto RCSB, tenemos un tutorial libre en el SBKB que es patrocinado por la Iniciativa de Estructura de la proteína.

Como puedo desplazarme por los usuarios proteína UniProt informe verá la información y los enlaces para una amplia variedad de recursos de las biociencias. OpenHelix, como estoy seguro que muchos de ustedes saben, dispone de tutoriales sobre el uso de muchos de estos recursos. Nuestros tutoriales sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB y el PSI SBKB son gratis. Nuestro tutoriales sobre UniProt y muchos otros recursos están disponibles a través de una suscripción a nuestra base de datos de los entrenamientos o en la compra de acceso individual. Si se aprende de los recursos a través de nuestros tutoriales, a través de las referencias que a continuación la lista, oa través de sus propias exploraciones de las bases de datos, realmente hay una increíble cantidad de información disponible a través de estos entre sí, recursos financiados con fondos públicos – Por favor haga uso de ellos en su investigación!

Enlaces rápidos:

UniProt Base de Conocimientos - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial en UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB AP – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB – http://www.openhelix.com/pdb

La Iniciativa de Estructura de Proteínas estructurales Conocimiento de Biología (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial sobre el SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Catálogo de todos los tutoriales OpenHelix – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referencias:
El Consorcio UniProt. (2009). La proteína de recursos universal (UniProt) en 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rosa, P., Beran, B., Se, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jóvenes, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). El Banco de Datos de Proteínas RCSB: sitio web rediseñado y servicios web Nucleic Acids Research, 39 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Shah, R., J.uranovLa iniciativa de la estructura de proteínas estructurales de la base de conocimientos de genómica Nucleic Acids Research, 37 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkn790, A., Sueco, T., Arnold, K., MAXILAR, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Carretero, L., Menor de edad, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). La iniciativa de la estructura de proteínas estructurales de la base de conocimientos de genómica Nucleic Acids Research, 37 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkn790

verano en las instalaciones por supuesto por nuestros amigos de Bioinformatics.org

Acabo de recibir esta notificación en mi correo electrónico–de Bioinformatics.org:

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CS101 Introducción a la Bioinformática de programación

De julio 28-29, 2011

*En el sitio * en Cambridge, Massachusetts, EE.UU.

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***Esta es una oferta especial de nuestro curso introductorio a la programación, dada en persona en Kendall Square, Cambridge, Massachusetts .***

OBJETIVOS:

Este curso enseña a los especialistas de TI, bioinformáticos y biólogos de nivel de entrada para aprovechar Linux y varias herramientas de código abierto bioinformática, junto con las secuencias de comandos y herramientas de gestión de datos, para realizar cálculos en la investigación biológica y crear información de los datos. Ejemplos de este curso se utilizan los datos de ADN y las secuencias de aminoácidos, microarrays de perfiles, imágenes, espectrometría de masas, LIMS, y anotaciones biológicas.

PLAN DE ESTUDIOS:

El curso se divide en 4 sesiones, con más o menos 1-1.5 horas de conferencia, y tiempo adicional para los ejercicios de laboratorio. Una sesión de quinto está reservado para la discusión del proyecto y las cuestiones curso pertinente a los estudiantes puede discutir.

Sesión 1 cubrirá una visión general del panorama informático de la bioinformática. Gestión de datos común y temas de minería se destacó, alongwith una visión general de problemas difíciles y sus soluciones. Linux OS visión general se llevará a cabo, alongwith ejercicios prácticos para que los participantes familiarizarse con Linux.

Sesión 2 cubrirá los fundamentos de la creación de scripts con Perl, como escalares, arrays, la interpolación de variables, los operadores (matemáticas, condicional, lógico), archivo de entrada / salida, impresión, bucles (si-entonces-sino, de, mientras que), operaciones de la lista, etc. Los ejercicios prácticos se llevarán a cabo

Sesión 3 cubrirá las funciones / subrutinas, matrices de hachís y expresiones regulares. Los participantes serán introducidos a las bases de datos MySQL.

Sesión 4 cubre la instalación de los paquetes de Perl, y algunos ejemplos del uso de la BioPerl famoso paquete para la manipulación de secuencias, automatización de consultas BLAST, etc. Proyecto se le asignará que utiliza BioPerl y la interfaz de base de datos de Perl

REQUISITOS PREVIOS: No se requiere experiencia en programación, sólo la necesidad de aprender a programar.

PARA MÁS INFORMACIÓN: Para los costos de matrícula y otras consultas, póngase en contacto con edu@bioinformatics.org.

Nota: Esto no se asocia con OpenHelix, sólo sabemos y como el equipo Bioinformatics.org y quería correr la voz.

 

AP RCSB y OpenHelix anuncian una actualización gratis Tutorial de Materiales y Formación

El nuevo tutorial refleja los numerosos cambios y mejoras en el sitio RCSB AP, e incluye un narró tutorial en línea, Diapositivas de PowerPoint, folletos, y ejercicios.

Bellevue, WA (AmbosMedios) De abril 12, 2011

La investigación Collaboratory de Biología Estructural (RCSB) Protein Data Bank (PIB) se ha asociado con OpenHelix para proporcionar una versión revisada y actualizada tutorial (http://www.openhelix.com/PDB) en su recurso web gratuito basado para el estudio de macromoléculas biológicas (http://www.pdb.org).

El AP RCSB proporciona una variedad de herramientas y recursos a utilizar para estudiar macromoléculas biológicas. El AP es el único repositorio mundial de determinado experimentalmente 3D estructuras biológicas de las proteínas, ácidos nucleicos y complejos montajes. Como miembro de la colaboración en todo el mundo AP (wwpdb.org), el anteproyecto de presupuesto RCSB curas y anota los datos de AP, y presenta la búsqueda básica y avanzada, métodos de visualización y la visualización para acceder a estos datos.

El nuevo tutorial refleja los numerosos cambios y mejoras en el sitio RCSB AP, incluyendo los nuevos datos de drill-down y función de resumen de datos, actualizada características ligando como una página de descarga, imágenes y el enlace de datos de afinidad, nuevos tipos de informes y opciones de visualización, entre muchos otros.

Los nuevos materiales de capacitación (en http://www.openhelix.com/pdb) incluir una línea narrado tutorial que demuestra: búsquedas básicas y avanzadas, cómo generar informes, las diferentes opciones para explorar las estructuras individuales, y muchas de las investigaciones y los recursos educativos y herramientas disponibles en el AP RCSB. Los cerca de 60 minutos tutorial, que va del navegador en apenas alrededor de cualquier, se puede ver de principio a fin o navegado utilizando capítulos y hacia adelante y hacia atrás deslizadores.

Además de la guía de aprendizaje, AP RCSB usuarios también pueden acceder a una formación útil y material didáctico incluido el animado diapositivas de PowerPoint utilizado como base para el tutorial, guión sugerido para las diapositivas, folletos de diapositivas, y ejercicios. Esto puede ahorrar una enorme cantidad de tiempo y esfuerzo para los maestros y profesores para crear el contenido de clase.

Los usuarios pueden ver el tutorial y descargar los materiales gratis en http://www.openhelix.com/pdb.

Acerca de la AP RCSB
El Banco de Datos de Proteínas RCSB (http://www.pdb.org), administrado por el Collaboratory de Investigación de Bioinformática Estructural (RCSB), apoya la investigación científica y la educación en todo el mundo, proporcionando un recurso esencial de información acerca de las estructuras biomoleculares. Estas moléculas de la vida se encuentran en todos los organismos, de las bacterias y las plantas a los animales y los seres humanos.

Las instituciones RCSB AP miembros gestionan conjuntamente el proyecto: Rutgers, La Universidad Estatal de Nueva Jersey y el San Diego Supercomputer Center y la Escuela Skaggs de Farmacia y Ciencias Farmacéuticas de la Universidad de California, San Diego.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) proporciona una bioinformática y genómica de la búsqueda y el portal de formación, ofreciendo a los investigadores un sitio para buscar y aprender cómo utilizar los recursos y bases de datos en la web. El OpenHelix Buscar cientos portal busca de recursos, suites tutorial y otro material para dirigir a los investigadores a los recursos más relevantes y materiales OpenHelix de formación para sus necesidades. Los investigadores y las instituciones pueden ahorrar tiempo, presupuesto y los recursos de personal mediante el aprovechamiento de una suscripción a casi 100 suites tutorial en línea disponibles a través del portal. Un uso más eficiente de los recursos más relevantes, la investigación más rápida y eficaz.

La Iniciativa de la estructura proteica anuncia un OpenHelix Actualización gratis Tutorial de Materiales y Capacitación para la Base de Conocimiento de Biología Estructural (SBKB).

Conjunto en la Web libre en la Base de Conocimiento de Biología Estructural incluye una película en línea narrada, Diapositivas de PowerPoint, folletos de diapositivas y ejercicios.

Bellevue, WA (AmbosMedios) De abril 11, 2011

La Base de Conocimiento de Biología Estructural (SBKB), una ventanilla única para obtener información sobre las proteínas alojadas en la Universidad de Rutgers, se ha asociado con OpenHelix para proporcionar un conjunto actualizado y revisado tutorial gratuito (http://www.openhelix.com/sbkb) de su proteína en línea "portal", ubicado en http://sbkb.org/.

El SBKB es un país libre, global de recursos producidos a través de una colaboración entre los Institutos Nacionales de la Iniciativa de Salud de la estructura de proteínas: Biología y el programa de Nature Publishing Group. El SBKB PSI contiene genética, estructural, información funcional y experimental sobre las proteínas que es fácilmente accesible a través de una variedad de informes y pantallas. El portal también incluye enlaces a numerosos recursos adicionales.

El nuevo tutorial refleja los muchos cambios y mejoras en el SBKB, incluyendo un reciente cambio de nombre de la base de conocimiento de Genómica Estructural de Biología Estructural de Conocimientos, nuevo sistema de navegación organización, y remodelación de proteínas informes modelo de portal, entre muchos otros.
El tutorial en línea narrada se ejecuta en casi cualquier navegador y se puede navegar en un número de maneras. En aproximadamente 60 minutos, el tutorial pone de relieve y explica las características y funciones necesarias para empezar a utilizar el SBKB efectiva. El tutorial puede ser utilizado por los nuevos usuarios para introducirlos en el portal de la proteína, por los usuarios anteriores para ver las nuevas características y funcionalidades, o simplemente como una herramienta de referencia para entender las características específicas.

Además de la guía de aprendizaje, los usuarios también pueden acceder a una formación útil y material didáctico incluidos los dibujos animados diapositivas de PowerPoint que sirvan de base para el tutorial, guión sugerido para las diapositivas, folletos de diapositivas, y ejercicios. Esto puede ahorrar un tiempo enorme cantidad y el esfuerzo de los maestros y profesores para crear contenido de una clase.

Los usuarios pueden ver los tutoriales y descargar los materiales libres de http://www.openhelix.com/sbkb.

Acerca de la ISP
La Iniciativa de Estructura de Proteínas (PSI, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/psi_biology/), que es apoyada por los Institutos Nacionales de Salud, es un federal, universidad y esfuerzo de la industria destinada a reducir drásticamente los costes y disminuir el tiempo que tarda para determinar una estructura de la proteína tridimensional. El objetivo a largo plazo de la PSI es hacer que las tres dimensiones las estructuras a nivel atómico de la mayoría de las proteínas fáciles de obtener a partir del conocimiento de sus secuencias de ADN correspondientes. El PSI se esfuerza por obtener conocimientos biológicos a partir de estructuras nuevas y ayudar a la comunidad en general la investigación biomédica hacer uso de resultados de la investigación de la ISP.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) proporciona una bioinformática y genómica de la búsqueda y el portal de formación, ofreciendo a los investigadores un sitio para buscar y aprender cómo utilizar los recursos y bases de datos en la web. El OpenHelix Buscar cientos portal busca de recursos, suites tutorial y otro material para dirigir a los investigadores a los recursos más relevantes y materiales OpenHelix de formación para sus necesidades. Los investigadores y las instituciones pueden ahorrar tiempo, los recursos presupuestarios y de personal mediante el aprovechamiento de una suscripción a más de 100 suites tutorial en línea disponibles a través del portal. Un uso más eficiente de los recursos más relevantes, la investigación más rápida y eficaz.

Explora el Acceso Abierto Herramientas Bioinformáticas con el Tratado de Libre “La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica” Tutorial Suite

Tutorial en línea ofrece a los investigadores y los científicos un lugar para aprender sobre la biología de los recursos a su disposición muchos.

Quote  startEstos enlaces ayudan a los científicos, guiando a los pertinentes tutoriales técnicos sobre los recursos que pueden ser desconocidos para ellos. Gracias a esta colaboración con OpenHelix, Revistas de BioMed Central son capaces de hacer su contenido científico más útil y el acceso.Quote end

Bellevue, WA (AmbosMedios) De abril 6, 2011

La comunidad científica tiene ahora un valioso punto de lanzamiento para explorar y descubrir los muchos bioinformática y la genómica recursos disponibles a través de la "La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica"Tutorial suite de OpenHelix.

La suite libre tutorial incluye un muestreo de recursos organizados por categorías tales como los algoritmos y herramientas de análisis, recursos de la expresión, genoma navegadores (eucarióticas como procarióticas / microbiana), la literatura y el texto de los recursos mineros, y los recursos se centraron en los nucleótidos, proteínas, vías, la enfermedad y la variación.

En cada categoría, el tutorial explora no sólo los recursos más populares, pero también algunos menos conocidos que llenan las necesidades únicas de científicos o son especialmente útiles para los investigadores.

El recorrido también muestra formas sencillas de llevar a cabo la difícil tarea de buscar y aprender acerca de otros recursos con la herramienta de búsqueda gratuita OpenHelix, suites tutorial, y otras herramientas.

"Con los juegos cada vez más amplio de datos y recursos de la era de la genómica", dijo Warren (Trey) Torno, Director científico en OpenHelix, "Este conjunto de tutorial satisface la necesidad crítica de dar a los científicos una visión general de los recursos y les enseña la manera de encontrar y aprender a usarlos."

El tutorial en línea narrada, que va del navegador en apenas alrededor de cualquier, se puede ver de principio a fin o navegado utilizando los capítulos y hacia adelante y hacia atrás deslizadores.

Incluido en el paquete tutorial se animan las diapositivas de PowerPoint utilizada como base para el tutorial, guión sugerido para las diapositivas, folletos de diapositivas, y la lista de aa de los recursos y las páginas de aterrizaje tutorial se menciona en el tutorial. Esto ahorra tiempo y esfuerzo enorme cantidad de maestros y profesores para dar a este viaje a los demás.

Una pieza que acompaña a este tutorial gratuito, explorar formas de encontrar y aprender sobre la biología de las herramientas computacionales en línea, es el papel "OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes", Publicado en una edición especial de sesiones de información en Bioinformática titulado"Número especial: Educación en Bioinformática“. Este artículo describe una amplia gama de depósitos, donde los investigadores pueden tener acceso a fuentes informales de educación de la formación en recursos bioinformáticos a disposición del público. Estas incluyen una amplia variedad de formatos y estrategias, tales como listas de recursos, revistas que habitualmente acompañadas de descripciones de las herramientas, de fuentes y recursos e-learning, tales como el esfuerzo del MIT OpenCourseWare.

Interrumpimos este programa para una palabra… sobre la compra de tutoría individual

Por lo general, no específicamente sobre la compra de blog tutorial OpenHelix (lo hacemos con los comunicados de prensa), no es el propósito del blog, pero tenía muchas ganas de dar una rápida cabeza hasta. Muchos de nuestros tutoriales son gratuitos para el usuario final debido a que el proveedor de los recursos ha financiado la capacitación y divulgación. UCSC, CODIFICAR, PIB, VER, SBKB y Galaxia son sólo algunos ejemplos. La mayor parte de nuestros tutoriales (ver el catálogo: llegar a 100!) está detrás de un suscripción pared. Para los entrenadores, profesores de la enseñanza de la genómica, los alumnos el poder, grupos e instituciones, suscripciones hacer un montón de sentido. A veces sin embargo, usuarios individuales necesidad de formar en uno o dos los recursos y su necesidad se cumple. Acabamos de agregar una función de compra individual de nuestros tutoriales para los usuarios.

Si usted no está suscrito, te darás cuenta de nuevo verde “compra” y “suscribir” botones (si usted está suscrito, los botones no aparecen, por supuesto,, los tutoriales son de acceso ilimitado). Haga clic en el “compra” botón y usted puede tener acceso a ese tutorial específico inmediatamente después de una $28.50 compra (a través de Google Checkout, requiere una cuenta gratuita de Google, si usted tiene un correo electrónico de Google, que será al que usted necesita). Usted tendrá acceso inmediato que tendrá una duración de 3 días después de la compra. Eso le dará acceso ilimitado a la película de Flash durante tres días y la posibilidad de descargar las diapositivas, folletos y ejercicios.

Otra vez, se puede ver el tutoriales en la lista aquí, o la búsqueda de los recursos en nuestro hogar y en la página de búsqueda. Sólo tienes que escribir en el recurso (o tema general) usted está interesado en el cuadro de búsqueda. Si tenemos un tutorial sobre el recurso, habrá un rompecabezas '’ icono de la izquierda de los resultados de búsqueda. Verde significa que es patrocinado y libre, rojo significa que se puede ver con una suscripción, o adquisición de manera individual. Simplemente haga clic en el icono :D.

Taller: La Vuelta al Mundo de Genoma del navegador y el Galaxy de herramientas de análisis

Se complace en anunciar que acaba de María y voy a dar una todos los días de taller práctico sobre Martes, 02 de noviembre, 2010 en Washington DC (mi ciudad natal), justo antes de la SAG conferencia (donde también se). El título del taller es Una gira mundial de navegadores del genoma y una galaxia de herramientas de análisis. Vamos a estar cubriendo navegadores UCSC Genoma y la Tabla, una visión general de los navegadores de otro genoma, BioMart, Galaxy y un recorrido por los recursos del genoma y cómo encontrarlos. Para más información sobre la ubicación, costo, temas en los que se puede seguir leyendo aquí. Hay talleres de UCSC y Galaxy en ASHG para attendess (que vamos a estar en, pero Bob, Anton y otros van a hacer), pero los que se han vendido y se llenó. Estamos ofreciendo este taller para aquellos que quieran aprender estos temas y más, ambos residentes de DC y los asistentes SAG.

Para comprar un asiento y registro, ir a nuestra talleres próximos página.

Seguir leyendo

Reuniones informativas en Bioinformática – nuestro papel de la educación ya está disponible

En abril se me ocurrió mencionar que (OpenHelix) estaban escribiendo un artículo sobre las fuentes informales de la educación bioinformática (en un elemento de Viernes SNPets) y se nos pidió a anunciar cuando el papel se salió. Bueno, nos enteramos semanas a finales del pasado que el artículo ha sido publicado. El artículo aparece en una edición especial de Reuniones informativas en Bioinformática que se dedica a la educación bioinformática. No estoy seguro si todos los artículos en el tema están disponibles todavía, pero parece que algunos están en el área de Advanced Access de la revista. Bioinformática educación es un área (obviamente) OpenHelix que se preocupa profundamente por & pero esperamos ansiosos los ejemplares de la edición completa para que podamos leer todos los artículos, Pero me estoy desviando…

El título “OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes” (si se golpea un paywall, o que tienen problemas para acceder a, con gusto le enviaremos una reimpresión. Simplemente hay que enviar al autor correspondiente, Jennifer aparece en el resumen o solicitar de nuestro póngase en contacto con enlace- Trey) era una sugerencia fría de uno de los encuestados el artículo de – mi título original era mucho más doméstico (ok, más aburrido). Independientemente del título final, lo que quería hacer en este artículo es analizar las fuentes informales de la educación bioinformática. Por la educación que me refiero a la adquisición de información aplicable que permite a un investigador para operar en el campo de la bioinformática. Por informal queremos decir fuera de los tradicionales, de crédito basados ​​en las clases y grados. Básicamente ofrecemos un poco de los conocimientos y know-how que hemos reunido durante años de trabajo con cientos de recursos, miles de asistentes a los talleres, y un sinnúmero de contactos en línea sobre el que el investigador, o el bibliotecario, o quien puede dirigirse para obtener diferentes necesidades de información en el campo de la bioinformática.

Nuestro argumento es que no todo el mundo necesita el programa con el fin de gestionar y manipular sus datos biológicos en estos días. Hay así que muchas bases de datos finos a disposición del público, algoritmos, herramientas y más, es sólo una cuestión de sensibilización y formación para que cualquiera pueda ser capaz de volver a formatear y analizar las bases de datos de carácter personal. Sostenemos que :

…bioinformática la educación tiene que hacer un mínimo de cuatro cosas:

1. aumentar la conciencia de los recursos disponibles
2. permitirá a los investigadores para encontrar y evaluar la funcionalidad de los recursos
3. bajar la barrera entre el conocimiento y la utilización de un recurso
4. apoyar las necesidades de formación permanente de los usuarios de los recursos ordinarios

En el documento que caminar a través de cada uno de estos – primero se describen las necesidades de ejemplo asociados con el punto, y luego cubrir los posibles recursos informales que cubren las necesidades. El artículo incluye las tablas de recursos y enlaces a los mismos y muchas muchas referencias. Esperamos realmente que es un recurso muy útil en el campo de la educación bioinformática. Yo ya estoy deseando contribuir a la próxima edición de educación especial, tanto para perfeccionar mis habilidades de escritura y ampliar la información que podemos ofrecer a los lectores. Por favor, haga un comentario, e-mail, lo que sea y háganos saber acerca de los recursos que se utilizan, lo que aprendió de este artículo, etc. Oh, aquí está la información de la cita:
ResearchBlogging.org
Williams, J., Manganeso, M., Perreault-Micale, C., Torno, S., Sirohi, N., & Torno, En. (2010). OpenHelix: bioinformática educación fuera de un cuadro de diferentes Reuniones informativas en Bioinformática DOI: 10.1093/bib/bbq026