Tag Archives: Ausbildung

Was ist die Antwort? (wie dem Laufenden zu bleiben)

Diese Woche ist ein bisschen anders als die üblichen “Was ist die Antwort?” Post, wo wir eine Frage von einem Forum, dass unsere Leser Interesse an markieren. Allerdings–in diesem Beitrag, eine der Antworten enthält Biostar–so es irgendwie geht wieder um!

Stephen Turner (aka @ Genetics_blog) schrieb einen Blog-Post vor kurzem in Reaktion auf die Menschen fragen ihn, wie er aktuell bleibt in der Bioinformatik / Genomforschung. Ich kenne eine Menge Leute, dass retweeted Beitrag zu dem Zeitpunkt, und seine sehr freundlichen Aufnahme OpenHelix führte zu einigen guten Traffic auf diesem Blog und neue Twitter-Follower. Und gerade letzte Nacht Ich sah dies ebenso, bestätigt meinen Eindruck von diesem Post:

Es gibt Blogs, Foren, automatisierten Abruf, Twitter, und Literatur–natürlich. Eine Menge Leute vielleicht über einige von diesen wissen, aber es ist schön zu sehen, wie jemand eine Sammlung zusammenstellen. Es ist auch interessant zu sehen, wie ähnlich es zu meiner Strategie ist.

So schien es wie könnte dies ein Spaß Element als eine gute Quelle für Antworten auf eine Reihe von Dingen hervorgehoben sein, und ein guter Weg zu nützlichen Websites und Leute finden sich bewusst sein, in diesem Bereich. Check it out.

Wie Sie wohnen in Bioinformatik / Genomforschung Aktuelles

So viel Daten und Informationen. Sie erhielten, einige Strategien. Und man muss mehr als der Literatur haben.

Video Tipp der Woche: Big Änderungen NCBI Genome Ressourcen


NCBI wurde in erstellt 1988 und hat die gepflegt GenBank Datenbank für die Jahre. Sie bieten auch viele Rechenressourcen und Daten-Retrieval-Systeme für viele Arten von biologischen Daten. Als solche sind sie wissen nur zu gut, wie schnell die Daten, die Biologen sammeln hat sich verändert und erweitert. Als Einsatzmöglichkeiten für verschiedene Datentypen sind entwickelt worden,, ist deutlich geworden, dass neue Arten von Informationen (wie erweiterte Metadaten) müssen gesammelt werden, und neue Wege im Umgang mit Daten erforderlich.

NCBI hat auf diese Bedürfnisse wurden Anpassung im Laufe der Jahre und vor kurzem wurde die Anpassung seines Genoms Ressourcen. Der heutige Tipp wird auf einige dieser Veränderungen beruhen. Mein Video wird auf den Schwerpunkt “komplett überarbeitet Genome site”, das erst kürzlich ausgerollt und kündigte in der jüngsten NCBI Newsletter. Ich habe nicht eine Publikation beschreibt die Veränderungen gefunden, aber der Newsletter geht in einigen Details und die Ankündigung auf der Oberseite des Genome Seite gefunden (& dass ich darauf hinweisen, in dem video) hat eine sehr hilfreiche Details über die Änderungen.

Wie Sie in der Ankündigung siehe, der Genome Ressource ist nicht der einzige Zusammenhang Ressource erlebt die letzten Änderungen haben, einschließlich der Neugestaltung der Genome Project-Ressource in der BioProject Ressourcen und die Schaffung des BioSample Ressource. Ich werde keine Zeit haben, um ins Detail über diese beiden Ressourcen gehen, aber am Ende meines Posts werde ich zwei neuere NCBI Publikationen, die in Nucleic Acids Research kam in diesem Monat verlinken – das sind gute Quellen für weitere Informationen über BioProject lesen, BioSample, und auf der NCBI als Ganzes. Für eine historische Perspektive, die ich auch auf die ursprüngliche Genome Referenz Link, die in der Bioinformatik und derzeit frei zugänglich.

Einige der Änderungen sind sehr interessant, einschließlich “Einzel-Genom Aufzeichnungen stellen nun einen Organismus und nicht ein Genom für ein Isolat.” Die NCBI Newsletter besagt, dass “Wesentliche Verbesserungen sind eine natürliche Organisation auf der Ebene des Organismus für prokaryotische, eukaryotischen, und viralen Genomen. Die Berichte enthalten Informationen über die Verfügbarkeit von Nuklear-oder prokaryotischen primäre Genome sowie Organellen und Plasmide. ” Es gibt auch einen Hinweis, dass “Aufgrund der Reorganisation zu einer natürlichen Klassifikation, älteren Genom Kennungen sind nicht mehr gültig. Typischerweise sind diese Genom-IDs wurden nicht in das bisherige System ausgesetzt und wurden hauptsächlich für den programmgesteuerten Zugriff verwendet. ” Das macht mich fragen, was ändert dies an andere NCBI Ressourcen Mandat, sowie externer Ressourcen. Ich habe keine Ankündigungen diesbezüglich noch nicht gesehen, also werde ich nur noch stay tuned & Check rund um häufig.

Genießen Sie die Spitze & lassen Sie uns, oder NCBI, wissen, was Sie von deren Veränderungen denken! :)

Quick Links:

NCBI Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez Genome Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject Ressourcen Homepage: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

Referenzen:

Historische Referenz Entrez Genome: Tatusova, T., Karsch-Mizrachi, I., & Ostell, J. (1999). Komplette Genome in WWW Entrez: Darstellung der Daten und Analysen Bioinformatik, 15 (7), 536-543 DOI: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

Barrett, T., Clark, K., Gevorgyan, R., Gorelenkov, V, Gribov, E., Karsch-Mizrachi, I., Kimelman, M., Pruitt, K., Resenchuk, S., Tatusova, T., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject und BioSample Datenbanken NCBI: Erleichterung Erfassung und Organisation von Metadaten Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1163

Sayers, E., Barrett, T., Benson, D., Bolton, E., Bryant, S., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, D., DiCuccio, M., Federhen, S., Feola, M., Fingerman, I., Geer, L., Helmberg, W., Kapustin, Y., Krasnov, S., Landsman, D., Lipman, D., Lesen, Z., Madden, T., Madej, T., Maglott, D., Marchler-Bauer, A., Miller, V, Karsch-Mizrachi, I., Ostell, J., Panchenko, A., Phan, L., Pruitt, K., Schuler, G., Sequeira, E., Sherry, S., Shumway, M., Sirotkin, K., Slotta, D., Suworow, A., Starchenko, G., Tatusova, T., Wagner, L., Wang, Y., Wilbur, W., Yaschenko, E., & Ihr, J. (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Tipp der Woche: Von UniProt der PSI SBKB and Back Again


Es ist oft nützlich, um mehrere biomedizinische Datenbanken oder Ressourcen zu besuchen, selbst wenn sie scheinen überlappende Informationen liefern, da keine zwei Ressourcen auf dem exakt gleichen Informationen konzentrieren, oder präsentieren sie in genau der gleichen Weise. Statt Duplizieren jedes andere’ Kuration Bemühungen, Datenbank häufig Link aus, um Informationen an andere Ressourcen. Sie können diese Links als denken “soziale Verbindungen”, wenn Sie und in der heutigen Spitze möchte ich möchte Ihnen ein paar Verbindungen zwischen Protein Informationsressourcen, einschließlich einer neuen Verbindung, die wirklich zeigt einige der Grundwerte der PSI Strukturbiologie Knowledgebase, or SBKB.

Ich fange an die Spitze bei die UniProtKB, wo ich für eine UniProt ID-Nummer suchen. Aus dem resultierenden Protein Bericht, den ich zuerst kurz zeigen, wie man Link aus, um eine entsprechende RCSB HVE Bericht, wo finden Sie qualitativ hochwertige Protein-Struktur Informationen und mehr. Wenn Sie an weiteren Informationen über die RCSB PDB interessiert & Wie benutzt man es, bitte OpenHelix vollständige, free-Tutorial, das durch die RCSB PDB gefördert wird.

Von dort bin ich auf die UniProt Bericht zurück und zeigen einen neuen Link out-Option, die Links zu Protein-Protokolle, zur Verfügung stehenden Materialien, sowie Informationen über theoretische Modelle und vorhergesagten Protein-Targets aus dem SBKB. Ich habe keine Zeit, es zu zeigen, sondern eine aktuelle Update für das SBKB ermöglicht es Benutzern, jetzt suchen die Strukturbiologie Knowledgebase mit einer UniProt Zugangsnummer. Diese Recherchen stellt dem Anwender zusätzliche Informationen wie Protein-Struktur und Informationen über pre-released Struktur-Sequenz. Wie bei den RCSB PDB, haben wir eine kostenlose Tutorial auf der SBKB dass wird gefördert von der Protein Structure Initiative.

Als ich durch scrollen UniProt Protein Bericht Nutzer Informationen und Links für eine breite Palette von biowissenschaftlichen Informationen siehe. OpenHelix, da ich sicher bin, viele von Ihnen sind uns bewusst,, hat Anleitungen, wie viele dieser Ressourcen zu nutzen. Unsere Tutorials auf der RCSB PDB und die PSI SBKB sind beide kostenlos. Unsere Tutorials auf UniProt und viele andere Ressourcen werden durch ein Abonnement unserer Datenbank von Trainings oder durch den Kauf von individuellen Zugang zur Verfügung. Ob Sie lernen die Ressourcen durch unsere Tutorials, durch die Referenzen I Liste unten, oder durch eigene Erkundungen der Datenbanken, es ist wirklich eine erstaunliche Menge an verfügbaren Informationen über diese miteinander, öffentlich finanzierten Ressourcen – Bitte nutzen Sie diese bei Ihrer Recherche!

Quick Links:

UniProt Knowledgebase - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial auf UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB HVE – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

Das Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial auf der SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Gesamtverzeichnis aller OpenHelix Tutorials – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenzen:
Die UniProt Consortium. (2009). Die Universal-Protein Ressource (UniProt) in 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790

Vor-Ort-Sommerkurs von unseren Freunden bei Bioinformatics.org

Wir sind gerade diese Mitteilung in der Post–von Bioinformatics.org:

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- -

CS101 Introduction to Bioinformatics Programming

Juli 28-29, 2011

*ON-SITE * in Cambridge, Massachusetts, US-

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- -

***Dies ist ein spezielles Angebot an unsere Einführungskurs zur Programmierung, gegeben in-person in Kendall Square, Cambridge, Massachusetts .***

ZIELE:

Dieser Kurs vermittelt IT-Spezialisten, Einstiegsmodell Bioinformatiker und Biologen zu nutzen, Linux und verschiedene Open-Source-Werkzeuge der Bioinformatik, zusammen mit Scripting-und Datenmanagement-Tools, um Berechnungen in der biologischen Forschung durchführen und erstellen aus Daten Informationen. Beispiele in diesem Kurs werden Daten aus DNA-und Aminosäuresequenzen, Microarray-Profilen, Bilder, Massenspektrometrie, LIMS, und biologischen Anmerkungen.

LEHRPLAN:

Der Kurs gliedert sich in 4 Sitzungen, mit rund 1-1.5 Stunden Vorlesung, und zusätzliche Zeit für praktische Übungen. A 5. Sitzung für das Projekt diskutiert und alle anderen natürlich relevanten Themen reserviert ist, die Schüler können besprechen,.

Session 1 wird ein Überblick über die Computing-Landschaft für Bioinformatik abdecken. Gemeinsame Datenhaltung und Bergbau Fragen werden hervorgehoben, alongwith einen Überblick über die schwierigen Probleme und deren Lösungen. Linux OS Überblick Wille geschehe, alongwith Übungen für die Teilnehmer vertraut mit Linux zu bekommen.

Session 2 werden Grundlagen der Skriptsprache Perl Abdeckung, wie Skalare, Arrays, variablen Interpolation, Betreiber (Mathematik, bedingt, logisch), Datei Input / Output, Drucken, Schleifen (if-then-else, für, während), Listen-Operationen, usw.. Lab Übungen durchgeführt werden,

Session 3 werden Funktionen / Subroutinen Abdeckung, Hash-Arrays und reguläre Ausdrücke. Die Teilnehmer werden auf MySQL-Datenbanken eingeführt werden.

Session 4 wird die Installation von Perl-Pakete decken, und einige Beispiele für die Verwendung des berühmten Paket BioPerl zur Manipulation von Sequenzen, Automatisierung von BLAST-Abfragen, usw.. Projekt zugewiesen, die verwendet BioPerl und Perl Database Interface werden

VORAUSSETZUNGEN: Keine Programmierkenntnisse erforderlich, nur müssen lernen, wie man programmiert.

FÜR WEITERE INFORMATIONEN: Für Studiengebühren und sonstige Anfragen, wenden Sie sich bitte edu@bioinformatics.org.

Note: Dies ist nicht mit OpenHelix verbunden, wir wissen nur, und wie die Bioinformatics.org Team und wollte das Wort zu verbreiten.

 

RCSB HVE und OpenHelix kündigen eine aktualisierte Free Tutorial und Schulungsmaterialien

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Änderungen und Verbesserungen auf dem RCSB PDB site, und beinhaltet eine kommentierte Online-Tutorial, PowerPoint-Folien, Handouts, und Übungen.

Bellevue, WA (PRWEB) April 12, 2011

Die Forschung Collaboratory für Strukturbiologie (RCSB) Protein Data Bank (BIP) hat mit OpenHelix zusammengetan, um eine überarbeitete und aktualisierte Anleitung bieten (http://www.openhelix.com/PDB) an seinem freien Web-basierte Ressourcen für das Studium biologischer Makromoleküle (http://www.pdb.org).

Die RCSB PDB bietet eine Vielzahl von Tools und Ressourcen zu nutzen, um biologische Makromoleküle Studie. Die PDB ist die einzige weltweit Repository von experimentell bestimmten 3D-biologischen Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und komplexen Baugruppen. Als Mitglied des Worldwide PDB Zusammenarbeit (wwpdb.org), die RCSB PDB kuratiert und kommentiert PDB-Daten, und stellt grundlegende und erweiterte Suche, Anzeige-und Visualisierungs-Methoden Zugang zu diesen Daten.

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Änderungen und Verbesserungen auf dem RCSB PDB site, einschließlich eines neuen Daten Drill-Down-und Daten-Zusammenfassung Feature, aktualisiert Ligand-Features wie eine Download-Seite, Bilder und Bindungsaffinität Daten, neuen Report-Typen und Visualisierungsmöglichkeiten, unter vielen anderen.

Das neue Schulungsunterlagen (bei http://www.openhelix.com/pdb) gehören ein Online-Tutorial, das zeigt, erzählt: Grund-und erweiterte Suche, wie man Berichte, die verschiedenen Optionen für die Erkundung einzelnen Strukturen, und viele der Forschungs-und Bildungseinrichtungen Ressourcen und Tools erhältlich unter der RCSB PDB. Die rund 60-minütige Tutorial, die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler.

Zusätzlich zu den Tutorials, RCSB PDB Benutzer können auch auf nützliche Trainings-und Unterrichtsmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Grundlage für das Lernprogramm verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

Benutzer können das Tutorial und laden Sie die kostenlose Materialien http://www.openhelix.com/pdb.

Über die RCSB PDB
Die RCSB Protein Data Bank (http://www.pdb.org), verwaltet von der Forschung Collaboratory für Structural Bioinformatics (RCSB), unterstützt die wissenschaftliche Forschung und Ausbildung weltweit ein und bietet eine wesentliche Ressource von Informationen über biomolekularen Strukturen. Diese Moleküle des Lebens sind in allen Organismen zu finden, von Bakterien und Pflanzen, Tiere und Menschen.

Die RCSB PDB Mitglied Institutionen gemeinsam zu verwalten das Projekt: Rutgers, Die State University of New Jersey und San Diego Supercomputer Center und die Skaggs School of Pharmacy und Pharmazeutische Wissenschaften an der University of California, San Diego.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die OpenHelix Search Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, die wichtigsten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Budget-und Personalressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der wichtigsten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Das Protein Structure Initiative kündigt eine aktualisierte Free OpenHelix Tutorial und Schulungsmaterialien für die Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB).

Kostenloses Tutorial Suite auf der Strukturbiologie Knowledgebase enthält ein Online-Film erzählt, PowerPoint-Folien, Dia Handouts und Übungen.

Bellevue, WA (PRWEB) April 11, 2011

Die Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB), ein One-Stop-Shop für Informationen über Proteine ​​an der Rutgers University gehostet, hat mit OpenHelix zusammengetan, um eine aktualisierte und überarbeitete kostenlose Tutorial-Suite sorgen (http://www.openhelix.com/sbkb) auf seine Online-Protein "Portal" befindet sich am http://sbkb.org/.

Die SBKB ist ein kostenloser, umfassende Ressource durch eine Zusammenarbeit zwischen der National Institutes of Health Protein Structure Initiative produziert: Biologie-Programm und die Nature Publishing Group. Die PSI SBKB enthält genetische, strukturelle, Funktions-und experimentelle Informationen über Proteine, die leicht zugänglich durch eine Vielzahl von Berichten und Anzeigen ist. Das Portal enthält auch Links zu vielen zusätzlichen Ressourcen.

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Veränderungen und Verbesserungen an der SBKB, einschließlich einer aktuellen Namensänderung von Structural Genomics Knowledgebase zur Strukturbiologie Knowledgebase, neue Navigations-Organisation, und umgebaut Protein Modell Portal Berichte, unter vielen anderen.
Das Online-Tutorial erzählt läuft in fast jedem Browser und kann in eine Reihe von Möglichkeiten navigiert werden. In über 60 Minuten, das Tutorial zeigt und erläutert die Features und Funktionen benötigt, um zu starten mit dem SBKB effektiv. Das Tutorial kann durch neue Benutzer verwendet werden, um sie an das Protein-Portal einführen, von früheren Nutzern angezeigt werden neue Features und Funktionen, oder einfach als Nachschlagewerk zu verstehen Besonderheiten.

Zusätzlich zu den Tutorials, Benutzer können auch auf nützliche Trainings-und Unterrichtsmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Bild Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien http://www.openhelix.com/sbkb.

Über das PSI
Das Protein Structure Initiative (PSI, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/psi_biology/), die durch die National Institutes of Health unterstützt, ist ein föderaler, Hochschule und Industrie Bemühungen um eine drastische Reduzierung der Kosten und die Verringerung der Zeit es braucht, um eine dreidimensionale Proteinstruktur ermitteln sollen. Das langfristige Ziel des PSI ist es, die dreidimensionale atomare Ebene Strukturen der meisten Proteine ​​leicht erhältlich aus der Kenntnis ihrer entsprechenden DNA-Sequenzen. Das PSI ist bestrebt, biologische Erkenntnisse aus neuen Strukturen zu gewinnen und zu helfen, das breite biomedizinischen Forschung nutzen PSI Forschungsergebnisse.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die OpenHelix Search Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, die wichtigsten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Budget und personelle Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements über 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der wichtigsten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Erkunden Open Access Bioinformatik-Tools mit der Freien “World Tour für Genomik Resources” Tutorial Suite

Online-Tutorial gibt Forschern und Wissenschaftlern ein Ort, um über die vielen Biologie Ressourcen zur Verfügung zu lernen.

Quote  startDiese Links helfen Wissenschaftlern indem sie sie zu den relevanten technischen Tutorials auf Ressourcen, die eventuell nicht vertraut sind, sie zu. Dank dieser Partnerschaft mit OpenHelix, BioMed Central Zeitschriften sind in der Lage, um ihre wissenschaftlichen Inhalte nützlicher und Zugang.Quote end

Bellevue, WA (PRWEB) April 6, 2011

Die wissenschaftliche Gemeinschaft hat jetzt eine wertvolle Startpunkt zu erforschen und zu finden, die vielen Bioinformatik und Genomforschung zur Verfügung stehenden Ressourcen, um sie durch die "World Tour für Genomik Resources"Tutorial-Suite von OpenHelix.

Das kostenlose Tutorial Suite verfügt über eine Abtastrate von Ressourcen nach Kategorien wie Algorithmen und Analyse-Tools organisiert, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (sowohl eukaryotische und prokaryotische / mikrobielle), Literatur und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf Nukleotide konzentriert, Proteine, Wege, Krankheit und Variation.

In jeder Kategorie, Das Tutorial beschäftigt sich nicht nur die beliebteste Ressourcen, aber auch einige weniger bekannte diejenigen, die einzigartige wissenschaftliche Bedürfnisse zu füllen oder sind besonders hilfreich für Forscher.

Die Tour zeigt auch einfache Möglichkeiten zur Ausführung der schwierigen Aufgabe, das Finden und das Lernen über andere Ressourcen mit dem kostenlosen OpenHelix Suchwerkzeug, Tutorial Suiten, und andere Werkzeuge.

"Mit der stetig wachsenden Datenmengen und die Ressourcen der Genomik Ära", sagte Warren (Trey) Drehmaschine, Chief Science Officer bei OpenHelix, "Dieses Tutorial Suite erfüllt den dringenden Bedarf von den Wissenschaftlern einen Überblick über die Ressourcen und Möglichkeiten aufzeigt, sie zu finden und lernen, wie man sie benutzt."

Die Online-Tutorial erzählt, die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler.

Inbegriffen im Tutorial-Suite sind animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und aa Liste der Ressourcen und Tutorials Zielseiten in der Anleitung erwähnten. Das spart enorm viel Zeit und Aufwand für Lehrer und Professoren, diese Tour an andere weiterzugeben.

Ein Pendant zu diesem kostenlosen Tutorial, nach Möglichkeiten zu finden und erfahren Sie mehr über Online-Biologie Computational Tools, ist das Papier "OpenHelix: Bioinformatik Bildung außerhalb einer anderen Box"In einer Sonderausgabe des Briefings in der Bioinformatik mit dem Titel"Special Issue: Ausbildung in der Bioinformatik“. Dieses Papier beschreibt eine breite Palette von Repositories, in denen Forscher informelle Bildungsangebote Quellen des Lernens auf öffentlich zugänglichen Bioinformatik-Ressourcen zugreifen können. Dazu gehören eine Vielzahl von Formaten und Strategien einschließlich einer Liste von Ressourcen, Zeitschriften, die regelmäßig Feature Tool Beschreibungen, und eLearning-Ressourcen Quellen wie dem MIT OpenCourseWare Aufwand.

Wir unterbrechen das Programm für ein Wort… über die einzelnen Tutorials Kauf

Wir in der Regel nicht speziell Blog über OpenHelix Tutorial Einkauf (das machen wir mit Pressemitteilungen), Es ist nicht Sinn und Zweck des Blogs, aber ich wollte wirklich einen schnellen Heads-up geben. Viele unserer Tutorials sind frei, die End-Benutzer, da die Ressource Anbieter der Ausbildung und der Öffentlichkeitsarbeit finanziert hat. UCSC, ENCODE, BIP, VIEW, SBKB und Galaxy sind nur einige Beispiele. Der Großteil unserer Tutorials (Schau im Katalog: Erreichen 100!) befinden sich hinter einer Abo Wand. Für Trainer, Professoren lehren Genomik, Macht Lernenden, Gruppen und Institutionen, Abonnements machen sehr viel Sinn. Manchmal aber, einzelne Nutzer müssen sich auf ein oder zwei Ressourcen trainieren und ihr Bedürfnis erfüllt ist. Wir haben gerade einen einzelnen Kauf-Funktion, um unsere Tutorials hinzugefügt für diejenigen Benutzer.

Wenn Sie nicht abonniert, Sie werden bemerken, neue grüne “Kauf” und “zeichnen” Tasten (Wenn Sie angemeldet sind, diese Schaltflächen wird natürlich nicht angezeigt, Die Tutorials sind unbegrenzten Zugang). Klicken Sie auf die “Kauf” Button und Sie können den Zugriff auf die spezifische Anleitung sofort nach einer $28.50 Kauf (über Google Checkout, erfordert ein kostenloses Google-Konto, Wenn Sie über ein Google-E-Mail, das wird al, was Sie brauchen). Sie haben sofortigen Zugriff, die für letzten Willen 3 Tagen nach dem Kauf. Das gibt unbegrenzten Zugriff auf den Flash-Film für drei Tage und die Möglichkeit, die Folien zum Download, Handouts und Übungen.

Wieder, Sie sehen die Tutorien in unserer Liste hier, oder suchen Sie nach den Ressourcen auf unserer Heim-und Suchseite. Geben Sie einfach in die Ressource (oder allgemeines Thema) Sie sind in das Suchfeld interessiert. Wenn wir ein Tutorial über die Ressource, es wird ein "Rätsel sein’ Symbol links neben dem Suchergebnis. Grün bedeutet, es ist gesponsert und kostenlos, Rot bedeutet, dass Sie es mit einem Abonnement Blick, oder einzelne Kauf. Klicken Sie einfach auf das Symbol :D.

Werkstatt: World Tour der Genome Browser und Galaxy of Analysis Tools

Möchte nur mitteilen, dass Mary und ich werde geben einem ganztägigen Hands-on Workshop zum Thema Dienstag, 2. November, 2010 in Washington DC (meiner Heimatstadt), unmittelbar vor dem ASHG Konferenz (wo wir auch). Der Titel des Workshops ist A World Tour of Genome Browser und eine Galaxy von Analyse-Tools. Wir werden für UCSC Genome und Tabelle Browser, einen Überblick über andere Genom-Browser, BioMart, Galaxy und eine Tour der Genom-Ressourcen und wie sie zu finden. Für weitere Informationen über Lage, Kosten, Themen können Sie hier weiterlesen. Es gibt Workshops zu UCSC und Galaxy at ASHG für attendess (die wir Ihnen auf, aber Bob, Anton und andere tun werden,), Diese sind aber ausverkauft und füllte. Wir bieten diesen Workshop für diejenigen, die möchten diese Themen und mehr erfahren, sowohl DC Bewohner und ASHG Teilnehmer.

Um einen Sitzplatz kaufen und registrieren, gehen Sie auf unsere kommenden Workshops Seite.

Lesen Sie weiter

Briefings in Bioinformatics – unser Bildungssystem Papier ist ab sofort verfügbar

Bereits im April ich zufällig zu erwähnen, dass wir (OpenHelix) schrieben ein Papier auf informelle Quellen der Bioinformatik Bildung (in einem Freitag SNPets Artikel) und wir wurden gebeten zu verkünden, wenn das Papier kam aus. Nun, wir haben Wort Ende der vergangenen Woche, dass der Artikel veröffentlicht wurde. Der Artikel erscheint in einer Sonderausgabe der Briefings in Bioinformatics das ist die Bioinformatik Ausbildung gewidmet. Ich bin mir nicht sicher, ob alle Artikel in der Ausgabe zur Verfügung stehen noch, aber es sieht aus wie mehrere in Advanced Access der Zeitschrift Bereich sind. Bioinformatics Bildung ist ein Bereich, (offensichtlich) dass OpenHelix kümmert zutiefst besorgt über & wir sind gespannt auf unsere Kopien der vollständigen Ausgabe, so dass wir alle Artikel lesen, aber ich schweife ab…

Der Titel “OpenHelix: Bioinformatik Bildung außerhalb einer anderen Box” (Wenn Sie traf eine Paywall, oder haben Probleme beim Zugriff auf, Gerne senden wir eine Neuauflage. Einfach E-Mail des jeweiligen Autors, Jennifer in der abstrakten aufgelistet oder fragen Sie unsere Kontakt-Link- Trey) war ein cooler Vorschlag aus einem der Artikel ist Rezensenten – meine ursprüngliche Titel war viel zahmer (ok, mehr langweilig). Unabhängig von der endgültigen Titel, was wir wollten, um in dem Artikel zu tun ist, informelle Quellen der Bioinformatik Bildung zu diskutieren. Durch Bildung wir meinen Erwerb anwendbaren Informationen, ein Forscher auf dem Gebiet der Bioinformatik tätig erlaubt. Durch informelle meinen wir außerhalb der traditionellen, Kredit-basierten Klassen und Stufen. Im Wesentlichen bieten wir ein bisschen von der Wissens-und Know-how, das wir über Jahre der Zusammenarbeit mit Hunderten von Ressourcen gesammelt, Tausende von Workshop-Teilnehmern, und unzählige Online-Kontakte, wo ein Forscher, oder Bibliothekar, oder wer kann für verschiedene Informationsbedürfnisse auf dem Gebiet der Bioinformatik wiederum.

Unsere Behauptung ist, dass nicht jeder zu programmieren braucht, um zu verwalten und zu manipulieren, ihre biologischen Daten in diesen Tagen. Es gibt so viele schöne öffentlich zugänglichen Datenbanken, Algorithmen, Tools und mehr, es ist nur eine Frage der Sensibilisierung und Ausbildung für alle in der Lage sein zu formatieren und zu analysieren, ihre persönlichen Datensätze. Wir behaupten, daß :

…Bioinformatik Bildung muss ein Minimum von vier Dinge tun:

1. das Bewusstsein für die vorhandenen Ressourcen
2. ermöglichen es den Forschern zu finden und zu bewerten Ressourcen-Funktionalität
3. geringer ist die Barriere zwischen Bewusstsein und Nutzung einer Ressource
4. Unterstützung der anhaltenden Förderbedarf der regulären Ressourcen Benutzer

In dem Papier wandern wir durch jede dieser – beschreiben wir zunächst beispielsweise muss mit dem Punkt verbunden, und dann die Abdeckung möglich informellen Ressourcen, die die Bedürfnisse. Der Artikel enthält Tabellen der Ressourcen und Links zu ihnen und viele, viele Referenzen. Wir hoffen wirklich, das ist eine sehr nützliche Ressource auf dem Gebiet der Bioinformatik Bildung. Ich freue mich schon jetzt, um zur nächsten Frage Heilpädagogik, sowohl zu schärfen meine schriftliche Ausdrucksfähigkeit und die Informationen, die wir Leser bieten kann erweitern. Bitte Kommentar, E-Mail, was auch immer und lassen Sie uns über die Ressourcen, die Sie verwenden wissen, was Sie gelernt aus dem Artikel, usw.. Oh, Hier ist das Zitat info:
ResearchBlogging.org
Williams, J., Mangan, M., Perreault-Micale, C., Drehmaschine, S., Sirohi, N., & Drehmaschine, In. (2010). OpenHelix: Bioinformatik Bildung außerhalb einer anderen Box Briefings in Bioinformatics DOI: 10.1093/bib/bbq026