الوسم المحفوظات: التدريب

ما هو الجواب? (كيفية البقاء الحالية)

هذا الأسبوع هو مختلف قليلا من المعتاد “ما هو الرد?” حيث تستطيع أن نسلط الضوء على سؤال من أحد المنتدى الذي قد تكون مهتمة قرائنا في. ومع ذلك–في هذا المنصب, واحد من الأجوبة يشمل BIOSTAR–لذلك النوع من يأتي مرة أخرى في جميع أنحاء!

ستيفن تيرنر (اكا @ genetics_blog) كتب حتى بلوق وظيفة في الآونة الأخيرة ردا على الناس وطلب منه كيف انه يبقى الحالية في المعلوماتية الحيوية / علم الجينوم. أنا أعرف الكثير من الناس أن ريتويتيد آخر في ذلك الوقت, وأدى إدراج الرقيقة جدا من OpenHelix إلى بعض الحركة جيدة لهذا بلوق وجديد أتباع التغريد. والليل الماضي فقط رأيت هذا فضلا عن, يؤكد انطباعي هذا المنصب:

هناك بلوق, المنتديات, عمليات البحث الآلي, تغريد, والأدب–بالطبع. ربما هناك الكثير من الناس يعرفون عن بعض هذه, ولكن من الجميل أن نرى شخص ما تجميع مجموعة. ومن المهم أيضا أن نرى كيف أنها مماثلة لاستراتيجيتي.

هكذا بدا الأمر في مثل هذا قد يكون عنصر المتعة لتسليط الضوء على مصدر جيد للأجوبة على عدد من الأمور, وسيلة جيدة للعثور على مواقع مفيدة، والناس ليكون على بينة من في هذا المجال. التحقق من ذلك.

كيفية البقاء الحالية في المعلوماتية الحيوية / علم الجينوم

الكثير من البيانات والمعلومات. أنت فلدي بعض الاستراتيجيات. ويكون لديك أكثر من الأدبيات.

تلميح فيديو للأسبوع: تغييرات كبيرة على الموارد في الجينوم NCBI


نكبي تم إنشاؤه في 1988 وحافظت بنك الجينات قاعدة بيانات لسنوات. كما أنها توفر العديد من الموارد الحاسوبية ونظم استرجاع البيانات لأنواع عديدة من البيانات البيولوجية. على هذا النحو أنهم يعرفون جيدا مدى سرعة البيانات التي جمع علماء البيولوجيا قد تغيرت وتوسعت. كما وضعت يستخدم لأنواع البيانات المختلفة, أصبح من الواضح أن أنواع المعلومات الجديدة (مثل التعريف الموسع) يجب أن يتم جمعها, ويتطلب طرقا جديدة للمعالجة البيانات.

وقد NCBI التكيف مع هذه الاحتياجات على مر السنين ، ومؤخرا تم تكييف الموارد الجينوم. وسوف يستند تلميح اليوم على بعض هذه التغييرات. الفيديو الخاص بي وسوف تركز على “أعيد تصميمها بالكامل الجينوم موقع”, الذي توالت مؤخرا ، وأعلن في أحدث نشرة NCBI. لم أجد منشور يصف التغييرات, لكن النشرة يذهب الى بعض التفاصيل و الإعلان عن العثور على الجزء العلوي من موقع الجينوم (& أود أن أشير إلى أن في شريط الفيديو) وتفاصيل مفيدة للغاية حول التغييرات.

كما سترى في الاعلان, و الجينوم الموارد ليس من الموارد ذات الصلة الوحيدة التي شهدت مؤخرا تغييرات, بما في ذلك إعادة تصميم مشروع الجينوم في الموارد Bioproject الموارد ، وإنشاء العينة البيولوجية مورد. وأنا ليس لدي الوقت للذهاب الى التفاصيل حول تلك الموارد اثنين ولكن في نهاية منصبي سوف تصل إلى منشورين NCBI الأخيرة التي خرجت في أبحاث الأحماض النووية هذا الشهر – هذه هي موارد جيدة لقراءة المزيد من المعلومات عن BioProject, العينة البيولوجية, وعلى NCBI ككل. لمنظور تاريخي أنا أيضا الربط مع الإشارة الجينوم الأصلي, الذي هو في المعلوماتية الحيوية وخالية حاليا للوصول إلى.

بعض التغييرات مثيرة جدا للاهتمام, بما في ذلك “سجلات الجينوم واحدة تمثل الآن كائن حي وليس عزل جينوم واحد.” النشرة الدول التي NCBI “تحسينات رئيسية تشمل تنظيم أكثر طبيعية على مستوى الكائن الحي لبروكاريوتيك, حقيقية النواة, والجينوم الفيروسي. تتضمن التقارير معلومات حول توفر الجينوم الابتدائي النووية أو بدائية ، وكذلك العضيات والبلازميدات. ” هناك أيضا ملاحظة أن “وبسبب إعادة التنظيم إلى نظام تصنيف الطبيعي, معرفات الجينوم القديمة لم تعد صالحة. عادة لم يتعرضوا هذه المعرفات الجينوم في النظام السابق ، وكانت تستخدم أساسا من أجل الوصول البرمجي. ” هذا يجعلني أتساءل ما هي التغييرات التي سيقوم هذا تفويض لموارد NCBI الأخرى, فضلا عن الموارد الخارجية. أنا لم أر أي إعلانات على ذلك حتى الآن, لذا فإنني سوف يكون لمجرد البقاء ضبطها & حول الاختيار في كثير من الأحيان.

يتمتع غيض & دعونا, أو NCBI, أعرف ما رأيك في التغييرات الخاصة بهم! :)

روابط سريعة:

NCBI الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez الجينوم الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome

BioProject الموارد الرئيسية: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/

المراجع:

مرجع تاريخي Entrez الجينوم: Tatusova, ت., Karsch - مزراحي, I., & Ostell, J. (1999). الجينوم الكامل في Entrez WWW: تمثيل البيانات وتحليلها المعلوماتية الحيوية, 15 (7), 536-543 دوى: 10.1093/bioinformatics/15.7.536

باريت, ت., كلارك, ك., GevorgyanGorelenkov, ر., Gorelenkov, خامسا, Gribov, E., Karsch - مزراحي, I., Kimelman, م., بروت, ك., Resenchuk, س., Tatusova, ت., Yaschenko, E., & Ostell, J. (2011). BioProject العينة البيولوجية وقواعد البيانات في NCBI: القبض على تسهيل وتنظيم البيانات الوصفية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1163

القائلون, E., باريت, ت., بينسون, د., بولتون, E., براينت, س., Canese, ك., الفصل ت. فيرنين, خامسا, كنيسة, د., DiCuccio, م., Federhen, س., Feolo, م., Fingerman, I., الجير, L., Helmberg, دبليو., كابوستين, Y., كراسنوف, س., الفلاح, د., ليبمان, د., لو, ز., غيظ, ت., ماديج, ت., Maglottقاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184, د., Marchler باور, أ., طحان, خامسا, Karsch - مزراحي, I., Ostell, ج., Panchenko, أ., بهان, L., بروت, ك., شولر, غ., سكويرا, E., خمرة, س., شموي, م., Sirotkin, ك., Slotta, د., سوفوروف, أ., Starchenko, غ., Tatusova, ت., فاغنر, L., وانغ, Y., ويلبر, دبليو., Yaschenko, E., & انتم, J. (2011). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkr1184

نصيحة الأسبوع: من UniProt إلى SBKB المبادرة والعودة مرة أخرى


غالبا ما يكون من المفيد لزيارة قواعد البيانات الطبية الحيوية أو موارد متعددة, حتى لو يبدو أنها توفر تداخل المعلومات لأنه لا يوجد اثنين من الموارد التركيز على المعلومات نفسها بالضبط, أو تقديمه في بنفس الطريقة تماما. بدلا من تكرار بعضها البعض’ curation الجهود, قاعدة بيانات ربط في كثير من الأحيان على المعلومات ذات الصلة على الموارد الأخرى. يمكنك التفكير في هذه الروابط كما “اتصالات الاجتماعية”, إذا كنت ترغب في تلميح واليوم أريد أن أعرض لكم بضع اتصالات بين موارد المعلومات البروتين, بما في ذلك الاتصال الجديد الذي يتميز فعلا بعض القيمة الأساسية لل المبادرة في علم الأحياء الهيكلي الدروس, الذهب SBKB.

أبدأ في تلميح وUniProtKB, حيث كنت ابحث عن رقم معرف UniProt. تقرير من البروتين الناتج أنا أول عرض لفترة وجيزة كنت في كيفية ربط إلى المطابق RCSB PDB تقرير, حيث يمكنك العثور على هيكل بروتين عالية الجودة ومعلومات أكثر. إذا كنت مهتما بمعرفة المزيد عن PDB RCSB & كيفية استخدامها, يرجى مراجعة كاملة لOpenHelix, حرر هذا البرنامج التعليمي ترعاه PDB RCSB.

من هناك أعود إلى تقرير UniProt ويبرهن على وجود ارتباط جديد إلى الخيار الذي يربط بين لبروتوكولات البروتين, المواد المتاحة, أهداف البروتين وكذلك معلومات حول نماذج نظرية وتوقع من SBKB. ليس لدي الوقت لاظهار ذلك ، ولكن عملية تحديث الأخيرة إلى SBKB يتيح للمستخدمين البحث الآن في هيكل الأحياء الدروس مع انضمام عدد UniProt. عمليات البحث هذه توفر للمستخدمين معلومات إضافية بما في ذلك المعلومات بنية البروتين والمعلومات حول تسلسل الهيكل قبل اطلاق سراحهم. كما هو الحال مع PDB RCSB, لدينا تعليمي مجاني على SBKB أن يرعاه بروتين بنية المبادرة.

وأنا من خلال التمرير وسوف تقرير البروتين المستخدمين UniProt عرض معلومات وروابط لمجموعة واسعة من موارد العلوم الحيوية. OpenHelix, وأنا متأكد من أن الكثير من تعلمون, والدروس حول كيفية استخدام العديد من هذه الموارد. دروس لدينا على PDB RCSB وSBKB PSI كلاهما مجانا. لنا الدروس على UniProt و الكثير من الموارد الأخرى وتتوفر من خلال الاشتراك في قاعدة البيانات لدينا من التدريبات أو من خلال شراء وصول الأفراد. إذا كنت تعلم الدروس لدينا الموارد من خلال, من خلال المراجع أنا القائمة أدناه, أو من خلال الاستكشافات الخاصة بك من قواعد البيانات, هناك فعلا مبلغا من المعلومات المتاحة من خلال هذه مترابطة مذهلة, الممولة من القطاع العام الموارد – يرجى الاستفادة منها في البحث الخاص بك!

روابط سريعة:

UniProt قاعدة المعرفة - http://www.uniprot.org/

دروس OpenHelix على UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

دروس OpenHelix على PDB RCSB – http://www.openhelix.com/pdb

مبادرة بنية البروتين الهيكلي الأحياء الدروس (SBKB) - http://www.sbkb.org/

دروس OpenHelix على SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

كتالوج لجميع الدروس OpenHelix – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

المراجع:
وUniProt كونسورتيوم. (2009). موارد البروتين العالمي (UniProt) في 2010 أبحاث الأحماض النووية, 38 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkp846

وارتفع, P., Beran, ب., سوف, C., بلوم, دبليو., Dimitropoulos, د., جودسيل, د., برليتش, أ., كيسادا, م., كوين, غ., ويستبروك, ج., شاب, ج., Yukich, ب., Zardecki, C., بيرمان, ه., & بورن, ف. (2010). البروتين RCSB بنك المعلومات: تصميم موقع على شبكة الإنترنت وخدمات الويب أبحاث الأحماض النووية, 39 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkq1021

بيرمان, ه., ويستبروك, ج., Gabanyi, م., تاو, دبليو., الشاه, ر., Kouranov, أ., السويدي, ت., أرنولد, ك., صنوبر, ف., Bordoli, L., كوب, ج., Podvinec, م., ادامز, P., سائق الكارة, L., قاصر, دبليو., ناير, ر., & باير, J. (2009). مبادرة البنية المعرفية الجينوميات البروتين الهيكلي أبحاث الأحماض النووية, 37 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkn790

على موقع الدورة الصيفية التي أصدقائنا في Bioinformatics.org

فقط حصلت على هذا الإشعار في بريدي–من Bioinformatics.org:

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- =-=-=-=-=-=-=-=-=-

CS101 مقدمة لبرمجة المعلوماتية الحيوية

يوليو 28-29, 2011

*الموقعي * في كامبريدج, ماساتشوستس, الولايات المتحدة الأمريكية

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=- =-=-=-=-=-=-=-=-=-

***هذا هو طرح خاص لمسارنا البرمجة استهلالي, بالنظر في شخص في ساحة كيندال, كامبردج, ماساتشوستس.***

الأهداف:

هذا المساق المتخصصين في تكنولوجيا المعلومات, bioinformaticians مستوى الدخول وعلماء الأحياء للاستفادة من لينكس والمصدر المفتوح مختلف الأدوات المعلوماتية الحيوية, جنبا إلى جنب مع أدوات البرمجة وإدارة البيانات, لتنفيذ العمليات الحسابية في مجال البحوث البيولوجية وإنشاء معلومات من البيانات. والأمثلة في هذا المساق استخدام بيانات من الحمض النووي وتسلسل الأحماض الأمينية, ملامح ميكروأري, الصور, الطيف الكتلي, LIMS, والبيولوجية شروحه.

المنهج:

وتنقسم الدورة الى 4 الدورات, مع ما يقرب من 1-1.5 ساعة من محاضرة, وقتا إضافيا لإجراء تدريبات المختبر. محجوز جلسة لمناقشة المشروع 5 وأية قضايا أخرى ذات صلة بطبيعة الحال يمكن للطلاب يرغبون في مناقشة.

جلسة 1 وسوف تغطي لمحة عامة عن المشهد الحوسبة المعلوماتية الحيوية. وسيتم تسليط الضوء مشتركة لإدارة البيانات والقضايا التعدين, إرفاق لمحة عامة عن المشاكل الصعبة وحلولها. وسوف يتم لينكس نظام التشغيل نظرة عامة, إرفاق المختبر للحصول على تدريبات المشاركين مألوفة مع لينكس.

جلسة 2 وسوف تغطي أساسيات البرمجة مع بيرل, مثل scalars, المصفوفات, متغير الاستيفاء, مشغلي (الرياضيات, شرطي, منطقي), ملف الإدخال / الإخراج, طبع, حلقات (إذا ، ثم آخر ،, إلى, بينما), قائمة العمليات, الخ. وستجرى المناورات المختبر

جلسة 3 وسوف تغطي المهام / الوظائف الفرعية, تجزئة المصفوفات والتعابير العادية. وسيتم تعريف المشاركين قواعد بيانات MySQL.

جلسة 4 وسوف تغطي تثبيت حزم بيرل, وبعض الأمثلة على استخدام حزمة BioPerl الشهير لمعالجة متواليات, أتمتة الاستعلامات BLAST, الخ. وسيخصص المشروع الذي يستخدم واجهة BioPerl قاعدة بيرل

المتطلبات الأساسية: مطلوب أي خبرة البرمجة, مجرد الحاجة لتعلم كيفية البرنامج.

لمزيد من المعلومات: لتغطية تكاليف الرسوم الدراسية وغيرها من الاستفسارات, يرجى الاتصال edu@bioinformatics.org.

لاحظ: لا يرتبط هذا مع OpenHelix, ونحن نعرف تماما مثل فريق Bioinformatics.org وأراد أن نشر الكلمة.

 

RCSB فوسفات وOpenHelix اعلان مجاني حدثت في المواد التعليمية والتدريب

البرنامج التعليمي الجديد يعكس العديد من التغييرات والتحسينات على موقع PDB RCSB, ويتضمن روى على الخط التعليمي, باور بوينت الشرائح, الصدقات, والتمارين.

بيلفو, WA (PRWEB) نيسان / أبريل 12, 2011

وCollaboratory بحوث علم الأحياء الإنشائية (RCSB) بنك معلومات البروتين (الناتج المحلي الإجمالي) تشاركت مع OpenHelix لتقديم برنامج تعليمي المنقحة والمحدثة (http://www.openhelix.com/PDB) على موارده الحر القائم على شبكة الإنترنت لدراسة الجزيئات البيولوجية (المتشعب://www.pdb.org).

وPDB RCSB توفر مجموعة متنوعة من الأدوات والموارد لاستخدامها لدراسة الجزيئات البيولوجية. وPDB هو مستودع واحد في جميع أنحاء العالم من الهياكل التي تحددها تجريبيا 3D البيولوجي للبروتينات, الأحماض النووية والتجمعات المعقدة. بوصفها عضوا في تعاون PDB في جميع أنحاء العالم (wwpdb.org), وPDB RCSB الخورية وannotates البيانات PDB, ويقدم البحث الأساسية والمتقدمة, عرض التصور وطرق الوصول إلى هذه البيانات.

البرنامج التعليمي الجديد يعكس العديد من التغييرات والتحسينات على موقع PDB RCSB, بما في ذلك البيانات الجديدة إلى أسفل الحفر والبيانات ميزة ملخص, ميزات يجند المحدثة مثل صفحة التحميل, الصور والبيانات تقارب ملزم, أنواع التقارير وخيارات جديدة التصور, ضمن أشياء أخرى كثيرة.

مواد تدريبية جديدة (في http://www.openhelix.com/pdb) يتضمن البرنامج التعليمي عبر الإنترنت وروى أن يوضح: عمليات البحث الأساسية والمتقدمة, كيفية إنشاء تقارير, الخيارات المختلفة لاستكشاف الهياكل الفردية, والعديد من الموارد التعليمية والبحثية والأدوات المتاحة في PDB RCSB. البرنامج التعليمي حوالي 60 دقيقة, الذي يعمل في المتصفح فقط عن أي, ويمكن الاطلاع من البداية إلى النهاية ، أو التنقل بينها باستخدام فصول وإلى الأمام وإلى الوراء المتزلجون.

بالإضافة إلى البرنامج التعليمي, ويمكن للمستخدمين RCSB PDB أيضا الوصول إلى التدريب والمواد التعليمية المفيدة بما في ذلك شرائح PowerPoint متحركة تستخدم كأساس لتعليمي, اقترح النصي للشرائح, الشريحة الصدقات, والتمارين. وهذا يمكن أن ينقذ وقت وجهد هائل للمعلمين وأساتذة لإنشاء محتوى الفصول الدراسية.

يمكن للمستخدمين عرض البرنامج التعليمي ، وتنزيل المواد مجانا على http://www.openhelix.com/pdb.

حول PDB RCSB
البروتين RCSB بنك المعلومات (المتشعب://www.pdb.org), التي يديرها Collaboratory بحوث المعلوماتية الحيوية الإنشائية (RCSB), يدعم البحث العلمي والتعليم في جميع أنحاء العالم من خلال توفير الموارد الضرورية للحصول على معلومات حول الهياكل الجزيئية البيولوجية. تم العثور على هذه الجزيئات من الحياة في جميع الكائنات الحية, من البكتيريا والنباتات على الحيوانات والبشر.

عضو PDB المؤسسات RCSB إدارة المشروع بالاشتراك: روتجرز, جامعة ولاية نيو جيرسي ، وسان دييغو مركز الحاسوب العملاق ومدرسة Skaggs الصيدلة والعلوم الصيدلانية في جامعة كاليفورنيا, سان دييغو.

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (المتشعب://www.openhelix.com) يوفر بحث المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم وبوابة التدريب, إعطاء الباحثين للعثور على مكان واحد وتعلم كيفية استخدام الموارد وقواعد البيانات على شبكة الإنترنت. بوابة البحث OpenHelix تفتيش مئات من الموارد, أجنحة التعليمي وغيرها من المواد لتوجيه الباحثين إلى معظم الموارد والمواد ذات الصلة OpenHelix التدريب لتلبية احتياجاتهم. يمكن للباحثين والمؤسسات توفيرا للوقت, موارد الميزانية والموظفين من خلال الاستفادة من اشتراك إلى ما يقرب من 100 جناح تعليمي على شبكة الإنترنت من خلال بوابة. زيادة كفاءة استخدام الموارد الأكثر ملاءمة وسائل البحث أسرع وأكثر فعالية.

مبادرة بروتين بنية يعلن عن OpenHelix حدثت الحرة المواد التعليمية والتدريب من أجل الدروس الأحياء الإنشائية (SBKB).

جناح تعليمي مجاني على قاعدة المعرفة علم الأحياء الهيكلي يتضمن الفيلم روى الانترنت, باور بوينت الشرائح, الشريحة النشرات والتمارين.

بيلفو, WA (PRWEB) نيسان / أبريل 11, 2011

وعلم الأحياء الإنشائية الشائعة (SBKB), محل وقفة واحدة للحصول على معلومات حول البروتينات استضافتها في جامعة روتجرز, تشاركت مع OpenHelix لتوفير المحدثة والمنقحة جناح تعليمي مجاني (http://www.openhelix.com/sbkb) على موقعها على الانترنت "بوابة" البروتين الموجود في http://sbkb.org/.

وSBKB هو حر, شاملة الموارد المنتجة من خلال التعاون بين المعاهد الوطنية للصحة وبنية البروتين مبادرة: برنامج البيولوجيا ومجموعة النشر الطبيعة. وتتضمن المبادرة SBKB الجينية, الهيكلية, الفنية والتجريبية من المعلومات حول البروتينات التي يمكن الوصول إليها بسهولة من خلال مجموعة متنوعة من التقارير ويعرض. وتشمل البوابة أيضا وصلات إلى موارد إضافية كثيرة.

البرنامج التعليمي الجديد يعكس العديد من التغييرات والتحسينات على SBKB, بما في ذلك تغيير اسم الأخيرة من جينوم الإنشائية الشائعة في الأحياء الدروس الإنشائية, منظمة الملاحة الجديد, وتشكيلها بوابة النموذجي بروتين التقارير, ضمن أشياء أخرى كثيرة.
البرنامج التعليمي على الانترنت روى يعمل في المتصفح فقط عن أي ويمكن التنقل في عدد من الطرق. في حوالي 60 دقائق, يبرز البرنامج التعليمي ويشرح الميزات والوظائف المطلوبة لبدء استخدام SBKB بفعالية. ويمكن استخدام البرنامج التعليمي من قبل المستخدمين الجدد لتعريفهم المدخل البروتين, من قبل المستخدمين السابقة لعرض الميزات والوظائف الجديدة, أو ببساطة كأداة مرجعية لفهم سمات محددة.

بالإضافة إلى البرنامج التعليمي, يمكن للمستخدمين أيضا الوصول إلى التدريب والمواد التعليمية المفيدة بما في ذلك شرائح PowerPoint متحركة تستخدم كأساس لتعليمي, اقترح النصي للشرائح, الشريحة الصدقات, والتمارين. وهذا يمكن أن ينقذ وقت وجهد هائل للمعلمين وأساتذة لإنشاء محتوى الفصول الدراسية.

يمكن للمستخدمين عرض الدروس وتنزيل المواد مجانا على http://www.openhelix.com/sbkb.

حول المبادرة
مبادرة بروتين بنية (المبادرة, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/psi_biology/), وهو مدعوم من قبل المعاهد الوطنية للصحة, هو الفدرالية, الجامعة والصناعة الجهود الرامية إلى الحد بشكل كبير من التكاليف وتقليل الوقت الذي يستغرقه لتحديد بنية البروتين ثلاثي الأبعاد. الهدف طويل المدى لهذه المبادرة هو جعل ثلاثي الأبعاد المستوى الذري هياكل معظم البروتينات التي يمكن الحصول عليها بسهولة من معرفة تسلسل الحمض النووي المطابق. هذه المبادرة تسعى للحصول على أفكار البيولوجية من هياكل جديدة واسعة لمساعدة المجتمع البحوث الطبية الحيوية الاستفادة من نتائج البحوث PSI.

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (المتشعب://www.openhelix.com) يوفر بحث المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم وبوابة التدريب, إعطاء الباحثين للعثور على مكان واحد وتعلم كيفية استخدام الموارد وقواعد البيانات على شبكة الإنترنت. بوابة البحث OpenHelix تفتيش مئات من الموارد, أجنحة التعليمي وغيرها من المواد لتوجيه الباحثين إلى معظم الموارد والمواد ذات الصلة OpenHelix التدريب لتلبية احتياجاتهم. يمكن للباحثين والمؤسسات توفيرا للوقت, موارد الميزانية والموظفين من خلال الاستفادة من اشتراك لأكثر من 100 جناح تعليمي على شبكة الإنترنت من خلال بوابة. زيادة كفاءة استخدام الموارد الأكثر ملاءمة وسائل البحث أسرع وأكثر فعالية.

استكشاف فتح الوصول أدوات المعلوماتية الحيوية مع الحرة “جولة في عالم الموارد جينوم” جناح تعليمي

البرنامج التعليمي على الانترنت يعطي الباحثين والعلماء مكانا للتعرف على العديد من الأحياء الموارد المتاحة لهم.

Quote  startهذه الروابط تساعد العلماء من خلال إرشادهم إلى الدروس التقنية ذات الصلة على الموارد التي قد تكون غير مألوفة لهم. بفضل هذه الشراكة مع OpenHelix, بيوميد المجلات الوسطى قادرون على جعل محتواها العلمي أكثر فائدة وصول.Quote end

بيلفو, WA (PRWEB) نيسان / أبريل 6, 2011

المجتمع العلمي الآن على نقطة ثمينة لاستكشاف وإطلاق العثور على العديد من المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم الموارد المتاحة لهم من خلال "جولة في عالم الموارد جينوم"جناح تعليمي من قبل OpenHelix.

جناح تعليمي مجاني ويشمل عينة من الموارد التي نظمتها فئات مثل خوارزميات وأدوات التحليل, التعبير الموارد, مستعرضات الجينوم (كلا حقيقية النواة وبدائية / الجرثومية), الموارد الأدب والنصوص والتعدين, والموارد التي تركز على النيوكليوتيدات, البروتينات, مسارات, المرض والاختلاف.

في كل فئة, يستكشف البرنامج التعليمي ، ليس فقط على الموارد الأكثر شعبية, ولكن أيضا بعض منها أقل من المعروف أن سد الاحتياجات العلمية الفريدة أو هي مفيدة خصوصا للباحثين.

جولة يظهر أيضا طرق سهلة لإنجاز المهمة الصعبة المتمثلة في إيجاد والتعلم عن موارد أخرى مع أداة البحث الحر OpenHelix, البرنامج التعليمي أجنحة, وغيرها من الأدوات.

"مع مجموعات البيانات دائمة التوسع وموارد عصر الجينوم" وقال وارن (تراي) مخرطة, موظف كبير في العلوم OpenHelix, "هذا الجناح التعليمي يسد الحاجة الماسة لإعطاء العلماء لمحة عامة عن الموارد وتبين لهم الطرق للعثور عليهم ومعرفة كيفية استخدامها."

البرنامج التعليمي على الانترنت روى, الذي يعمل في المتصفح فقط عن أي, ويمكن الاطلاع من البداية إلى النهاية ، أو التنقل بينها باستخدام فصول وإلى الأمام وإلى الوراء المتزلجون.

وشملت في جناح تعليمي يتم تحريك شرائح PowerPoint تستخدم كأساس لتعليمي, اقترح النصي للشرائح, الشريحة الصدقات, وأأ قائمة الموارد والصفحات المقصودة التعليمي المذكورة في البرنامج التعليمي. هذا يوفر وقتا وجهدا هائلا للمعلمين وأساتذة لإعطاء هذه الجولة للآخرين.

قطعة مصاحب لهذا البرنامج التعليمي مجانا, استكشاف السبل لإيجاد ومعرفة علم الأحياء الحسابي أدوات الإنترنت, هي ورقة "OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة"نشر في عدد خاص من إحاطات في المعلوماتية الحيوية والمعنون"خاص العدد: التعليم في المعلوماتية الحيوية“. توضح هذه الورقة مجموعة واسعة من المستودعات حيث يمكن للباحثين الوصول إلى المصادر التعليمية الرسمية للتعلم على الموارد المتاحة للجمهور المعلوماتية الحيوية. وتشمل هذه طائفة واسعة من الأشكال والاستراتيجيات بما في ذلك قوائم للموارد, المجلات التي تتميز بانتظام أوصاف الأداة, التعليم الالكتروني ومصادر الموارد مثل هذا الجهد أوبن كورس معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا.

نحن المقاطعة هذا البرنامج عن كلمة… حول شراء البرنامج التعليمي الفردي

ونحن عادة لا بلوق تحديدا حول شراء البرنامج التعليمي OpenHelix (نفعل ذلك مع الصحفية), انها ليست الغرض من هذا بلوق, ولكني أردت حقا أن يعطي رؤساء سريعة تصل. لدينا العديد من الدروس مجانية للمستخدم النهائي لأن الموفر للموارد وتمويل التدريب والتوعية. UCSC, ترميز, الناتج المحلي الإجمالي, VIEW, SBKB و المجرة ليست سوى بعض الأمثلة. الجزء الأكبر من الدروس لدينا (تحقق من كتالوج: الوصول 100!) هي وراء اكتتاب جدار. للمدربين, الجينوميات أساتذة التعليم, السلطة المتعلمين, المجموعات والمؤسسات, الاشتراكات جعل الكثير من معانيها. في بعض الأحيان على الرغم من, المستخدمين الفرديين حاجة للتدريب على واحد أو اثنين الموارد والوفاء حاجتهم. واضاف لدينا مجرد وظيفة الشراء الفردية لدينا دروس لأولئك المستخدمين.

اذا لم تكن مشتركا, ستلاحظ خضراء جديدة “شراء” و “اشترك” أزرار (إذا كنت مشتركا, سوف لا تظهر تلك الأزرار بالطبع, الدروس وصول غير محدود). انقر على “شراء” يمكن زر وتحصل على الوصول إلى هذا البرنامج التعليمي المحددة على الفور بعد $28.50 شراء (من خلال خدمة Google Checkout, يتطلب حساب Google مجانا, إذا كان لديك بريد إلكتروني جوجل, والتي ستكون شركة تحتاج). سيكون لديك إمكانية الوصول الفوري والتي تستمر ل 3 بعد أيام من شراء. وسوف تتيح وصول غير محدود للفيلم فلاش لمدة ثلاثة أيام ، والقدرة على تحميل الشرائح, النشرات والتمارين.

ثانية, يمكنك أن ترى دروس في قائمتنا هنا, أو البحث عن موارد على موقعنا الداخل وصفحة البحث. اكتب فقط في الموارد (أو الموضوع العام) كنت مهتما في خانة البحث. اذا كان لدينا برنامج تعليمي على المورد, سيكون هناك لغز '’ الرمز إلى يسار نتائج البحث. أخضر يعني انها رعت ومجانا, أحمر يعني أنك يمكن مشاهدته مع الاشتراك, أو شراء الفردية. فقط انقر على أيقونة :D.

ورشة: جولة في العالم متصفح الجينوم وكوكبة من أدوات التحليل

أود أن مجرد الإعلان عن أن مريم وسوف أكون إعطاء كل يوم التدريب العملي على ورشة عمل حول الثلاثاء, 2 نوفمبر, 2010 في واشنطن العاصمة. (مسقط رأسي), الحق قبل مؤتمر ASHG (حيث سنكون أيضا). عنوان ورشة العمل وفي جولة حول العالم من المتصفحات الجينوم وكوكبة من أدوات التحليل. سنكون تغطي الجينوم UCSC والجدول المتصفحات, لمحة عامة عن المتصفحات الأخرى الجينوم, BioMart, المجرة وجولة للموارد الجينية وكيفية العثور عليها. لمزيد من المعلومات على الموقع, كلفة, المواضيع يمكنك مواصلة القراءة هنا. هناك ورش عمل حول UCSC وغالاكسي في ASHG لattendess (والتي سوف نكون في, لكن بوب, وانطون وغيرهم أن تفعل), ولكن قد باعوا تلك خارجا ويملأ. نحن نعرض هذه الورشة لأولئك الذين يرغبون في تعلم هذه المواضيع وأكثر, كلاهما من سكان العاصمة والحضور ASHG.

لشراء مقعد وتسجيل, انتقل لدينا حلقات العمل القادمة الصفحة.

مواصلة القراءة

إحاطات في المعلوماتية الحيوية – ورقتنا التعليم متاح الآن

مرة أخرى في نيسان حدث لي أن أذكر بأننا (OpenHelix) كانت كتابة ورقة عن مصادر غير رسمية للتعليم المعلوماتية الحيوية (في البند SNPets الجمعة) وطلب منا أن نعلن عندما خرج الورق. جيد, حصلنا على كلمة أواخر الأسبوع الماضي أنه قد تم نشر المقالة. مقالة يظهر في عدد خاص من مجلة إحاطات في المعلوماتية الحيوية ويخصص للتعليم المعلوماتية الحيوية التي. لست متأكدا مما اذا كان جميع المقالات في المسألة متاحة حتى الآن, لكن يبدو أن هناك عدة في منطقة المجلة الوصول متقدم. المعلوماتية الحيوية هو مجال التعليم (بوضوح) OpenHelix أن تهتم بشدة & نحن ننتظر بفارغ الصبر لدينا نسخ كاملة للقضية حتى نتمكن من قراءة جميع المقالات, ولكنني استطرادا…

العنوان “OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة” (اذا ضربت لك paywall, أو لديك مشكلة في الوصول إلى, سنرسل بكل سرور طبع. البريد الالكتروني فقط مؤلف كتاب المقابلة, جنيفر المدرجة في مجردة أو اطلب من وجهة نظرنا ربط الاتصال- تراي) كان هناك اقتراح من احد بارد المقيمين المقال – وكان لقبي الأصلي بكثير تامر (موافق, أكثر مملة). بغض النظر عن العنوان النهائي, ما أردنا القيام به في هذه المادة هو لمناقشة مصادر غير رسمية للتعليم المعلوماتية الحيوية. من خلال التعليم ونحن لا يعني الحصول على المعلومات المطلوبة التي تتيح للباحث للعمل في مجال المعلوماتية الحيوية. بواسطة الرسمية نعني خارج التقليدية, الفئات والدرجات على الائتمان. اساسا نحن نقدم قليلا من المعرفة والدراية التي اجتمعنا على مدى سنوات من العمل مع المئات من الموارد, الآلاف من الحضور ورشة عمل, وعدد لا يحصى من الاتصالات عبر الإنترنت حول مكان الباحث, أو مكتبة, أو يمكن أن تتحول كل من لاحتياجات إعلامية مختلفة في مجال المعلوماتية الحيوية.

خلاف لدينا هو ان ليس كل من يحتاج الى برنامج لإدارة ومعالجة البيانات البيولوجية في هذه الأيام. هناك الكثير من قواعد البيانات المتاحة للجمهور غرامة, خوارزميات, الأدوات وأكثر, انها مجرد مسألة التوعية والتدريب لأحد أن يكون قادرا على إعادة صياغة وتحليل بياناتهم الشخصية مجموعات. نرى أن :

…المعلوماتية الحيوية التعليم بحاجة الى بذل ما لا يقل عن أربعة أشياء:

1. رفع مستوى الوعي للموارد المتاحة
2. تمكين الباحثين من العثور على وظيفة تقييم الموارد
3. انخفاض الحاجز بين الوعي واستخدام الموارد
4. دعم الاحتياجات التعليمية المستمرة لمستخدمي الموارد العادية

في ورقة نسير من خلال كل هذه – وصفنا يحتاج أولا المثال المرتبطة نقطة, وتغطي الموارد غير رسمية ثم الممكنة التي تلبي احتياجات. مقالة تتضمن جداول الموارد ولهم صلات ومراجع كثيرة. نأمل حقا أن هو مورد مفيد جدا في مجال التعليم المعلوماتية الحيوية. أنا فعلا نتطلع إلى المساهمة في قضية التربية الخاصة القادمة, على حد سواء لصقل المهارات وكتابتي لتوسيع المعلومات التي يمكن أن نقدمها للقراء. يرجى التعليق, البريد الإلكتروني, وأيا كان إعلامنا الموارد التي تستخدمها, ماذا تعلمت من هذه المادة, الخ. يا, وهنا يكمن معلومات الاقتباس:
ResearchBlogging.org
وليامز, ج., المنغنيز, م., Perreault - Micale, C., مخرطة, س., Sirohi, ن., & مخرطة, في. (2010). OpenHelix: المعلوماتية الحيوية التعليم خارج مربع مختلفة إحاطات في المعلوماتية الحيوية دوى: 10.1093/bib/bbq026