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Astuce de la semaine: NCBI Genome Workbench

Pointe d'aujourd'hui est de NCBI. Spécifiquement, NCBI Génome Workbench. Le plan de travail est

…une application intégrée pour la visualisation et l'analyse des données de séquence. Avec Génome Workbench, vous pouvez afficher les données dans les bases de données de séquences accessibles au public au NCBI, et mélanger ces données avec vos propres données privées.

C'est un programme utile et ils ont un grand ensemble de vidéos pour vous présenter les fonctions du Workbench et caractéristiques. La vidéo intégrée ici est l'introduction, mais ils ont aussi plusieurs autres vidéos y compris la façon de charger un génome dans le plan de travail, phylogénies et d'autres. Check it out.

( pardonner le retard de la pointe de cette semaine. Neige annulée travail, et frappa sur l'accès à Internet!)

Astuce Vidéo de la semaine: PATRIC, Resource Centre Pathosystèmes Intégrations

PATRIC est un portail d'intégration (comme son nom l'indique) des données concernant les bactéries pathogènes infectieux. Ou pour le dire dans leurs mots:

Patric l' Bactérienne Bioinformatics Resource Center, un système d'information conçu pour soutenir le travail de la communauté de recherche biomédicale sur les maladies infectieuses bactériennes grâce à l'intégration de l'information vitale pathogène avec des données riches et les outils d'analyse.

Nous avons mentionné PATRIC au début de l'année dans un SNPpets. Aussi, Je parlais récemment avec un spécialiste de la réduction des menaces qui se lamentait du manque de données sur les génomes des bactéries coordonnées infectieuses. J'étais sûr qu'il y avait un tel site, alors nous avons laissé notre blog ici et le tour est joué, bien sûr, exactement ce dont ils avaient besoin.

PATRIC coordonne en effet beaucoup de différents types de données à partir des bactéries pathogènes infectieux. Cela inclut les données de tous NIAID biodéfense A / B / C pathogènes. Cela inclut des centaines de génomes provenant de sources isolement de nombreux. Par exemple, de cette écriture il ya près de 500 génomes, y compris les 57 complète, de Escherichia. En plus des données génomiques, il existe de nombreux autres types de données, y compris phylogénétique, hôte-pathogène interactions protéine-protéine, protéines, voies et plus. Une caractéristique intéressante, de nombreux, la carte de la maladie (pour mycobactérie seulement maintenant) qui montre des flambées locales et des alertes. Il ya de nombreux outils pour accéder et d'analyser ces données de recherches spécialisées pour les navigateurs.

Pour avoir une bonne idée de ce qui est disponible à PATRIC, consulter la vidéo d'intro rapide intégré au-dessus de la part des développeurs Patric. Ils deux autres didacticiels vidéo sur la table de fonction et d'identifier de nouvelles protéines vous pourriez également vouloir vérifier. Aussi, consultez le blog pour plus de bases de données et de ressources pour les agents pathogènes de maladies infectieuses.

Pour citer ou en savoir plus sur PATRIC, voir:

Gillespie, J., Wattam, A., Cammer, S., Gabbard, J., Shukla, M., Le dalaï-, O., Driscoll, T., Hix, D., Crinière, S., Mao, C., Nordberg, E., Scott, M., Schulman, J., Snyder, E., Sullivan, D., Wang, C., Warren, A., Williams, K., Xue, T., Seung Yoo, H., Zhang, C., Zhang, Y., Will, R., Kenyon, R., & Sobral, B. (2011). PATRIC: complète des ressources bactérienne Bioinformatique avec un focus sur les espèces pathogènes de l'homme Maladies infectieuses et immunitaires, 79 (11), 4286-4298 DOI: 10.1128/IAI.00207-11

Astuce Vidéo de la semaine: Visualisation de la Galaxie


Une galaxie antennes

Eh bien, pas ce genre de galaxie (si ceux qui sont de visualiser très agréable), ce type de Galaxy. Galaxy est un excellent outil pour analyser, reproduire et partager des données de génomique et les gens sont toujours Galaxy mise à jour, l'amélioration et l'ajout de fonctionnalités à l'outil. Nous avons un tutoriel pour Galaxy pour vous aider à commencer à utiliser cet outil. Comme vous l'aurez deviné à partir de la phrase précédente, Galaxy est une cible mouvante. Les bases (et c'est ce que le tutoriel est fait pour) sont les mêmes, mais le tutoriel est en train d'être mis à jour afin de refléter certains de ces changements. Cette mise à jour devrait être plus tôt que plus tard, mais que ledit, nous ne pouvons pas tout faire rentrer dans le tutoriel. L'outil de visualisation relativement nouveau, c'est quelque chose qui ne sera pas dans le tutoriel. Comme il ya pas de tutoriels sur la visualisation à la Galaxie le site que je peux trouver (si vous savez de toute, les relier ici!), J'ai inclus une introduction rapide à l'aide de visualisations Galaxy dans cette astuce de la semaine.

Il ya d'autres façons de visualiser les données analysées au Galaxy. Ensembles de données Galaxy peut souvent être vu directement à l'UCSC Genome Browser, Ensembl, RViewer ou dans l'intérieur GeneTrack Galaxy. Ce sont tous d'excellents outils et les moyens puissants pour visualiser et d'explorer votre analyse en profondeur. En outre, l'outil de visualisation de la galaxie est un moyen de visualiser rapidement vos données pour aider à la découverte, analyse plus directe et partager ce que vous avez trouvé. Il n'est évidemment pas un navigateur à part entière, mais est très utile en faisant une simple visualisation de vos données à partir de Galaxy. Pointe d'aujourd'hui donne une introduction rapide à la visualisation Galaxy.

Liens rapides:
Galaxy (OH tutoriel-abonn.)
UCSC Genome Browser (OH tutoriaux-libre)
Ensembl (OH tutoriaux-abonn.)
RViewer
GeneTrack

P.S. Vous pourriez ici quelques chants d'oiseaux dans l'arrière-plan. Je suis en, et de travail à partir, Hawaï pour le mois prochain (Ouais, c'est un travail difficile, mais quelqu'un a eu à le faire). Pas moyen d'obtenir ces oiseaux (ou les grenouilles dans la nuit) de se taire un peu.

Astuce Vidéo de la semaine: GenomeSpace, un intégrateur d'intégrateurs


Récemment,, l' Broad Institute a annoncé un nouvel outil: GenomeSpace. Quand j'ai regardé, certes un look très rapide, Je n'étais pas sûr de savoir comment il serait très différent de celui d'un intégrateur d'outils comme Galaxy ou Motif Gene. Il est évident que rapide coup d'œil était mauvais au premier coup d'œil depuis deux Galaxy et GenePattern sont dans leur liste de outils qui sont supportés. Alors, quelle est GenomeSpace? Eh bien, vous pouvez lire la réponse ici à leur “Qu'est-ce que GenomeSpace” Page :). Fondamentalement, GenomeSpace a plusieurs fonctions. Comme décrit ici, “GenomeSpace prend en charge plusieurs outils bioinformatiques, le tout intégré pour permettre un accès facile, conversion facile, et le partage sans frottement.” C'est un espace (en ce que chaque expansion nuage Amazon) qui vous permet de stocker vos fichiers de données et, important, GenomeSpace vous permet de déplacer de manière transparente les fichiers entre les outils nécessaires pour compléter complexe, ou simple, analyses. Il y parvient en convertissant automatiquement les formats de fichiers et en permettant à l'utilisateur de joindre leurs comptes à des outils pour leur compte à GenomeSpace, éliminant ainsi la nécessité de se connecter à plusieurs reprises lors de l'utilisation de plusieurs outils de.

Pour avoir une bonne idée de ce que pourrait GenomeSpace être capable de faire pour un chercheur, consultez les recettes sur le site. Comme Anton Unis:

GenomeSpace est une intégration des intégrateurs,"Saïd Nekrutenko. "L'avantage pour l'utilisateur, c'est que cette rassemble des collections distinctives de fonctionnalités offertes par les outils individuels."

Le site est nouveau, et que dans bêta. Ils ne vient d'ouvrir l'enregistrement de leur invitation seulement stade. Comme ces, il ya quelques bugs et quelques fonctionnalités qui ne sont pas tout à fait à pleine capacité. Par exemple, la Galaxie et l'intégration du navigateur UCSC tableau est avec les versions de test de ces outils au cours bêta. Ainsi, par exemple,, votre compte au Galaxy ne sera pas reconnu lors de la tentative de lier ce compte avec GenomeSpace. J'ai dû créer un nouveau sur le site de test. Et, si vous allez à la version publique de la Table Browser, il aura un aspect différent (aucun lien avec GenomeSpace car il ya sur le site de test). Actuellement, il ya sept outils, plus à venir.

Tout cela de côté, c'est certainement un outil pour se familiariser avec. Et dans cet esprit, prendre un tour dans l'introduction rapide avec moi dans la pointe vidéo de cette semaine pour avoir une idée de ce que vous pourriez être en mesure de le faire.

Liens rapides:

GenomeSpace
Table Browser UCSC (OH tutoriel)
Galaxy (OH Tutoriel)
Cytoscape (OH Tutoriel)
Génomique
Motif Gene
IGV
InSilicoDB

Broad Institute
NHGRI

 

Astuce de la semaine: Base de données comparative toxicogénomique (CTD), VennViewer

ResearchBlogging.org

Il ya quelques années (oui, nous avons fait près de conseils pour 3 ans maintenant!) J'ai fait une astuce sur CTD, introduisant la base de données pour les nouveaux utilisateurs. Comme je l'ai indiqué, puis, CTD:

…est une excellente base de données pour trouver des informations sur les produits chimiques des interactions gène-maladie. Il s'agit d'une base de données organisée de produits chimiques-gène interactions, chimiques-maladie et les associations gène-maladie.

Eh bien, les développeurs de CTD ont été occupés. CTD a eu un peu de modifications de l'interface qui rendra un peu plus simple pour naviguer. La pointe lien ci-dessus tient toujours comme une introduction assez bien à ce CTD est et ne, mais ils ont également ajouté quelques fonctionnalités très agréable pour les comparaisons et plus. Vous pouvez lire beaucoup plus sur la c'est dans leur base de données récente émission NAR l'article. La lecture de cet article, J'ai trouvé qu'il ya un bon nombre de nouveaux outils et fonctionnalités. Impossible de les faire tous :), Donc, en bout d'aujourd'hui je vous présente une nouvelle très brève introduction à CTD et une introduction à l'une des caractéristiques de plusieurs nouvelles CTD, VennViewer. VennViewer crée une Diagramme de Venn “de comparer les données associées ensembles pour un maximum de trois produits chimiques, maladies ou des gènes.” Un bon moyen de comparer les interactions.

Lire le document et d'explorer la base de données pour trouver plus!

Davis AP, Roi BL, Mockus S, Murphy CG, Sarrasin Richards C, Rosenstein M, Wiegers T, & Mattingly CJ (2010). La base de données comparative toxicogénomique: mise à jour 2011. Nucleic Acids Research PMID: 20864448

SciVee groupe

J'ai mentionné ce, avant, mais comme je suis en train d'obtenir ce bout semaines prêts, Je pensais que je rappeler à nos lecteurs que nous avons une communauté de plus au SciVee (YouTube pour scientifiques :): Formation de ressources en génomique. Nous affichons tous nos conseils et nous là maintenant ajouter des vidéos d'autres utilisateurs que les utilisateurs former environ des ressources en génomique. Nous avons environ 2-3 douzaine de vidéos dans notre communauté aujourd'hui. Come on over et rejoindre!

Astuce de la semaine: Tour de la variation génomique I

La pointe du jour de la semaine est en fait le premier d'une série de conseils que je vais faire au cours des mois prochains. Le récent article publié dans The Lancet a fait une évaluation clinique d'un génome individuel. En faisant de sorte, les chercheurs ont utilisé diverses ressources génomiques ne connaître et interpréter les données. Nous avons un tutoriel gratuit sur les SNP NIEHS que les promenades à travers certaines de ces ressources, mais j'ai pensé qu'il serait utile de suivre une variation nucléotidique spécifique à travers un grand nombre de bases de données génomiques plus de montrer à l'utilisateur quelles données sont disponibles et comment y accéder. Chaque bout que je ne cours des mois prochains couples (pas chaque semaine, Je ne astuces chaque 2-3 semaine) suivra un SNP spécifiques à travers les bases de données. Dans ce cas,, rs108622 du gène CYP4F2 (cytochrome P450, la famille 4). Ces conseils ne sont pas pour le génome du jockey et les surfeurs SNP parmi nous, ils sont plus une visite de présentation de ce qui existe. Ils seront utiles pour ceux qui commencent tout juste à regarder les variations génomiques, praticiens médicaux, cliniciens ou ceux ce simplement curieux est disponible. La pointe du jour débutera avec la UCSC Genome Browser, trouver la variation et le suivre jusqu'au dbSNP. Astuce suivant regarder de plus près les informations dbSNP puis suivez le sentier de OMIM et GeneTests. En trucs plus tard, nous allons prendre la variation à l'autre 4-6 différentes bases de données et des ressources variation génomique du HapMap et d'autres. Dans les postes eux-mêmes je vais même un lien vers les bases de données d'autres variations. Il existe une pléthore d'entre eux.

Astuce de la semaine: WAVE, Analyse Web de l'Variome

Astuce du jour de la semaine est une courte introduction à WAVE, ou l'analyse Web de l'Variome. L'outil a été récemment présenté à nous, et j'ai trouvé que c'était une bonne entrée les outils disponibles pour le chercheur d'analyser les variations de l'homme. C'est à propos compte tenu de la publication récente, nous avons discuté sur l'évaluation clinique d'un génome personnels (ici, ici et ici) et que les implications des documents pour la médecine personnalisée et l'utilisation des ressources en ligne variation. WAVE a aussi m'a présenté à d'autres outils que j'ai soit pas au courant de, ou n'ont pas utilisé, qui pourraient être utiles tels que: LOVD (Base de données Open Leiden Variation), QuExT (Outil d'extension des requêtes, également par les développeurs même que WAVE), et d'autres. Bien sûr il ya aussi des informations de base de données tirée à partir de Ensembl, Reactome, KEGG, InterPro, PIB, UniProt, NCBI et beaucoup d'autres. Prenez le temps de le vérifier.

Astuce de la semaine: BON

Cette astuce de la semaine vient à vous par le biais de la récente Article NAR question Database et une Twitter de Francis Ouillette. L' Base de données orthologie Gene-Oriented (ou BON) est relativement nouvelle base de données des régions orthologues trouvés dans quatre génomes (de l'homme, la souris, chimpanzé et de vache) utilisant des régions du gène (d'où le nom) au lieu de protéines afin de déterminer orthologie. Comme les auteurs affirment dans le document:

Plusieurs bases de données orthologue sont maintenant disponibles en ligne. La plupart des les, Mais, considèrent orthologie de l'aspect de la protéine séquences séparément, y compris les HomoloGene, EnsemblCompara, Inparanoid , Roundup , OrthoMCL et OrthoDB . Il existe ambigus et incomplets orthologue missions en raison de la médiation par les interférences épissage alternatif (AS). Isoformes d'un gène pourrait beassigned aux différents groupes orthologues.

Ils utilisent aussi des termes GO dans la profondeur pour aider à déterminer les fonctions et les annotations. Le bout de la semaine cette semaine est une rapide introduction à cette nouvelle base de données.

Astuce de la semaine: Année (2ND!) des Conseils

Si vous avez suivi ce blog, vous saurez que tous les mercredis, qu'il pleuve, brillance ou de voyage, nous affichons une astuce de la semaine. 98% du temps c'est un peu 3-5 screencast minute de certaines bases de données génomiques ou d'une ressource que nous aimons ou un aspect de celui que nous pensons que vous pourriez trouver utiles *. Nous avons fait cela pendant un peu plus 2 ans maintenant, avec plus de 100 Conseils. Cela fait beaucoup de screencasting! A la fin de l'année dernière nous avons récapitulé trucs cette année dans deux postes, l' première moitié de l'année, et la seconde moitié. Nous allons faire cette année à plus de ces deux dernières semaines de l'année. Aujourd'hui, je vais dresser la liste des conseils, nous avons affiché durant le premier semestre de l'année, la semaine prochaine Marie sera la liste de la seconde moitié de la valeur de l'année. La liste pour Janvier à Juin est au-dessous du pli:

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