الوسم المحفوظات: تسلسل الحمض النووي الريبي.

UCSC Genome Bioinformatics

تلميح فيديو للأسبوع: الوضع UCSC الجينوم متصفح اكسون فقط,en

الفريق في UCSC متصفح الجينوم continues to update their resources and offer new ways to find and visualize features of interest to researchers. One of the newer features is the “multi-region” option. When it was first launched, I did a tip on how to use that, with some of the things that I noticed while I was testing it pre-launch. But now the folks at UCSC have their own video on the exon-only display that you might also find useful.

One of the things that is illustrated here is how the exon-only mode is handy to enhance your exploration of RNA-Seq data. It also uses a great ترميز data set as an example, and if you haven’t been using that collection it’s a good reminder of the kinds of things you can find in that resource still. And this extensive data set shows how much easier it is to look at different isoforms in the data in this new exon-only mode.

So have a look at this display option if you haven’t before, especially how it can help you to see transcript differences. إذا كنت لم تكن مألوفة مع ترميز البيانات that’s being used, you can also see our training on that which will help you to understand how to use that data and the filtering features that are also used in this video.

ملاحظة خاصة: I have updated the UCSC Intro slides to include the new Gateway strategies as well. So download those slides for the latest look.

+++++++++++++

إفشاء: UCSC Genome Browser tutorials are freely available because UCSC مقدمي us to do training and outreach on the UCSC Genome Browser.

وصلات سريعة:

UCSC متصفح الجينوم: http://genome.ucsc.edu

UCSC Genome Browser training materials: http://openhelix.com/ucsc

ترميز: المتشعب://www.openhelix.com/ENCODE2

المراجع:

مهماز, م., فرع, أ., Rosenbloom, ك., راني, ب., مقدمي, ب., Nejad, P., لي, ب., المستفادة, ك., Karolchik, د., Hinrichs, أ., Heitner, س., الثابت, ر., Haeussler, م., Guruvadoo, L., فوجيتا, P., Eisenhart, C., Diekhans, م., كلوسون, ه., كاسبر, ج., حلاق, غ., هاوسلر, د., كوهن, ر., & كينت, في. (2016). مستعرض قاعدة بيانات الجينوم UCSC: 2016 التحديث أبحاث الأحماض النووية, 44 (D1) دوى: 10.1093/nar/gkv1275

الكونسورتيوم مشروع ترميز (2012). موسوعة متكاملة من عناصر DNA في الجينوم البشري طبيعة, 489 (7414), 57-74 دوى: 10.1038/nature11247

expVIP example

تلميح فيديو للأسبوع: expVIP, an Expression, تصور, and Integration Platform

كما ذكرت في الاسبوع الماضي, I am watching a lot of farmers on twitter talk about this year’s North American growing season. To get a taste of that yourself, إلقاء نظرة على #Plant16 + قمح as a search. This is where the rubber of tractor tires and plant genomics hits the…جيد…rows. And just coincidentally I saw a story about this new plant genomics research tool–actually in the farming media.

It’s kind of nice to see plant bioinformatics get some recognition beyond the bioinformatics nerd community. The piece “New online tool helps predict gene expression in food crops” did a pretty good job of talking about the features of the expVIP tool, and I was eager to have a look.

expVIP stands for expression فيوisualization فيNTEGRATING فlatform. expVIP exampleAlthough the emphasis here is plant data, it can be used for any species. A good summary of their project is taken from their paper (ترتبط أدناه):

expVIP takes an input of RNA-seq reads (from single or multiple studies), quantifies expression per gene using the fast pseudoaligner kallisto (Bray et al., 2015) and creates a database containing the expression and sample information.

And it can handle polyploid species–try that on some of the tools aimed at human genomics! They illustrate this with some wheat samples from a number of different studies. And then they use the metadata about the studies, such as tissues and treatment conditions, to show how it works with some great sorting and filtering options. They created a version of this for you to interact with on the web: Wheat Expression Browser. But you can create your own data collections with their tools, aimed at your species or topics of interest.

This week’s Video Tip of the Week is their sample of how this Wheat Expression Browser works. Although you see the wheat data here, it’s just an example of how it can work with any species you’d like to examine.

I followed along and tried what they were showing in the video, and I found it to be a really slick and impressive way to explore the data. The dynamic filtering and sorting was really nice. You can customise the filtering/sorting/etc for the visualizations with the metadata that’s useful to your research. So you could set the tissue types, or treatment conditions, or whatever you want–and filter around to look at the expression with those. They go on to show that their strategies to compare genes in different situations seemed to reflect known biology in disease and abiotic stress conditions.

So their pipeline for gene matching, as well as the tools to explore and visualize RNA-Seq data, offer a great way to look at data that you might generate yourself or you could mine from existing submitted data–but that might not be well organized and available in a handy database just yet.

وصلات سريعة:

Wheat expression browser: www.wheat-expression.com

expVIP at GitHub: https://github.com/homonecloco/expvip-web

مرجع:

Philippa Borrill, Ricardo Ramirez-Gonzalez, & Cristobal Uauy (2016). expVIP: a customisable RNA-seq data analysis and visualisation platform فسيولوجيا النبات, 170, 2172-2186 : 10.​1104/​pp.​15.​01667

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets include RNAMiner for mining RNA-seq data and MarkerMiner for angiosperms, who qualifies to be a bioinformatician, how to attract women to scitech careers, dangers of default parameters, و 10 simple rules to win a Nobel Prize, وأكثر….


ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/Primary_Immune1/status/592667925166825473

علم الجينوم التأثير على الأمراض المعدية (مع الفيديو)

كجزء من وعلم الجينوم في سلسلة محاضرات طب من NHGRI, قدم جوناثان Zenilman محاضرة عن الطرق المختلفة التي تقنية جديدة للجينوم ساعدت في الطرق التي يمكن تشخيص الأطباء, إدارة, وعلاج الأمراض المعدية. هذه السلسلة من المحاضرات وتقديم عدد من أشرطة الفيديو على التقاطعات المختلفة من الحالات الطبية السريرية وعلم الجينوم, ليس فقط على الأبحاث الأساسية في مجال.

فرص لدراسة حالات الجرثومية مظلم سابقا–بما في ذلك الكائنات unculturable, ومستعمرات مختلطة من الميكروبات التي يمكن غزو الجروح, كان مثيرا للاهتمام حقا (لكن التفكير في المجتمع في خراج المخ وكان…هو…ليست مناسبة للعرض وقت الغداء ربما). ولكن ليس فقط وكانت هذه الحالات يكاد يكون من المستحيل أن نفهم قبل–ولكن لم يتمكنوا من معرفة ما إذا كانت هناك كائنات حية مقاومة في هناك. لذلك تأثيرا خطيرا العلاجات.

نقطة البيانات مثيرة للاهتمام: في خراجات الدماغ, باستخدام تقنيات زراعة القياسية, حددوا 22 البق. باستخدام PCR وجدوا 72! وكان بعض غير معروف, أيضا. وكان مريض واحد 16 سلالات. هذا هو الى حد بعيد معركة.

واحد من الآثار الجانبية لهذه الاستراتيجيات الجديدة على الرغم من أنه أنه النزوات من مديري المستشفيات. فجأة بسبب حساسية متزايدة من الاختبارات, هناك الكثير من الكائنات الحية انعكس على تقاريرها.

التقنيات الجديدة تسير حقا للمساعدة في علاج الجروح المزمنة. وكانت نقطة واحدة المهم أن فحص الحمض النووي الريبي البيانات، وما يليها هو مفتاح الحل, لأنه من المهم أن نعرف transcriptomes التي تنشط. البق القتلى تعقيد التحليل, حتى معرفة تلك التي هي حاليا قيد الحياة والتي تؤثر على الجرح حاسم.

وآخر النتائج الهامة لهذا العمل يكون الحصول على مؤشرات إلى علاجات أكثر العوامل المسببة للأمراض الموجه. واسعة الطيف العلاجات التي تسبب مشاكل خاصة بهم, وسيكون وجود وسائل أكثر دقة في استهداف الخلل سيئا حقا أن يكون من المجدي.

لقد تعلق عينة من أنواع البيانات التي Zenilman وزملاؤه ونشرت على أنواع من العمل الذي كان يصف في هذه المحاضرة, ولكن يمكنك أن تجد العديد من الأمثلة أكثر. أردت أن تختار على سبيل المثال النفاذ المفتوح على الرغم من, لذلك هذا هو واحد أنا وتشمل.

مرجع:

السعر, L., ليو, C., ميلينديز, ج., فرانكل, Y., Engelthaler, د., عزيز, م., باورز, ج., راتراي, ر., تشوش, ج., كنجسلي, C., جرثومة, P., لعازر, غ., & Zenilman, J. (2009). تحليل المجتمع من البكتيريا بالجروح المزمنة باستخدام 16S الريباسي القائمة على الجينات Pyrosequencing: تأثير مرض السكري والمضادات الحيوية على الجراثيم الجروح المزمنة بلوس ONE, 4 (7) دوى: 10.1371/journal.pone.0006462

ترميز البيانات تسلسل الحمض النووي الريبي ، المعايير–نحن بحاجة ستعمل 'م

أنا فقط حصلت على رسالة بالبريد الالكتروني من المهم ترميز اعلان القائمة البريدية في UCSC متصفح الجينوم. لم تتح لي الوقت للذهاب من خلالهم ما انا التعبئة لرحلة, لكنني أعتقد أن وثيقة PDF سيجعل بعض القراءة الطائرة غرامة!

وقد وضع اللمسات الأخيرة على اتحاد ترميز "المعايير, المبادئ التوجيهية وأفضل الممارسات لتسلسل الحمض النووي الريبي - V1.0′, كجزء من الجهود المستمرة الكونسورتيوم لتوليد معايير البيانات. الوثيقة متاحة في ترميز البوابة هنا:

http://encodeproject.org/ENCODE/dataStandards.html

“تسلسل الحمض النووي الريبي ، هو نهج موجهة تجريبية تهدف إلى تحديد خصائص النسخ في العينات البيولوجية. هذه الوثيقة مجموعة من المبادئ التوجيهية والمعايير التي تركز على أفضل الممارسات لإنشاء "مرجعية الجودة’ transcriptome القياسات.”

تبع ذلك وصلة مباشرة وثيقة PDF تسلسل الحمض النووي الريبي ،: http://encodeproject.org/ENCODE/protocols/dataStandards/ENCODE_RNAseq_Standards_V1.0.pdf

وأعتقد أنه سيكون من المثير للاهتمام أن تقرأ هذا, كما كنت مجرد النظر في تسلسل الحمض النووي الريبي ، في اليوم بيانات أخرى عندما ستيفن تيرنر بدأ النقاش حول بعض الأخبار الساخنة:

@ genetics_blog أتمنى أن تقرأ ($UB) MT @ GenomeWeb: وفرة نص يختلف كثيرا btwn تسلسل الحمض النووي الريبي ، expts ث / نفس المنصة http://bit.ly/kfShZH
وأجاب نحن مع هذا:
@ OpenHelix: @ genetics_blog يشير إلى هذه الورقة http://bit.ly/l9akCF
أعدت ورقة حول التغير هو التقنية في تسلسل الحمض النووي الريبي ، بيانات من نفس العينات بالطريقة نفسها بالضبط. وأعتقد أنه سيكون من المهم أن يكون على بينة من هذا التباين في البيانات كما أنها نستكشف. وأنا متأكد من أن الناس سوف كونسورتيوم ترميز إلقاء نظرة على هذه الورقة والنظر في تلك المعلومات.

واحد من أشياء عظيمة عن حقيقة أن الكونسورتيوم ترميز تعمل على تطوير المعايير هو أن هناك مجموعات البيانات هذه كبيرة الكبيرة التي تتوفر لنا جميعا أن ننظر إلى, وهناك أشخاص اتهموا تقييم التكنولوجيا وأساليب للحصول على أقصى استفادة منها.

إذا كنت لم تكن مألوفة مع مجموعات المشروع وترميز البيانات, يرجى إلقاء نظرة على البرنامج التعليمي ترميز المواد التي لدينا, وهي متاحة بحرية لأن برعاية من قبل فريق ترميز UCSC. نعرض لكم عن إطار المشروع, كيفية التعرف على تلك البيانات هناك, وبعض الجوانب الهامة للتفاعل معها.

ترميز التعليمي: http://openhelix.com/ENCODE