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Lior_RatVenn_sm

Video Tipp der Woche: RGDs OLGA Werkzeug, Object List Generator und Analyzer

Lior_RatVenn_smEiner der wirklich hartnäckige Probleme in der Genomik ist, wie entweder eine Liste der Dinge zu bekommen, oder eine Liste der Dinge handhaben. oder die Überlappung unter den Dingen,. Ich denke, dass eine der beliebtesten Themen war mit denen wir in den frühen Tagen der OpenHelix behandelt, aber es ist immer noch ein Problem, dass die Menschen auf verschiedene Weise behandeln müssen. Einige der interessantesten Lösungen haben verschiedene Organismus Venn-Diagramme gewesen, und die Ratte Genom ist ein Klassiker, modelliert hier von Lior Pachter. Ich bin der Notwendigkeit, bestimmte aufzulisten und Genom Features organisieren wird nicht weggehen. Also, wenn ich sah, dass die RGD Leute hatten ein anderes Werkzeug Möglichkeiten, um dies zu tun, Ich habe es richtig in meiner Liste der kommenden Tipps. Und dann wurde der Entwurf der Post unter einer Liste anderer Dinge begraben ich tun musste,. Aber ich wollte zurück, um es zu bekommen–so hier ist ihr Schritt-für-Schritt-Anleitung für das Werkzeug OLGA sie bieten, wie dieses Video Tipp der Woche Woche.

OLGA steht für: Object List Generator und Analyzer-Tool. Ihre Newsletter-Mitteilung beschreibt es in mehr Details.

OLGA ist eine einfache Liste-Builder für Ratte, Mensch und Maus-Genen oder QTLs, oder Rattenstämme, unter Verwendung eines beliebigen (oder alle) einer Vielzahl von Abfragen von Optionen. Das neue Tutorial-Video führt Sie durch den Prozess die RGD-Datenbank Abfragen mit OLGA, einschließlich

  • wie eine einfache Abfrage in OLGA auszuführen
  • wie weiter ausbauen oder filtern Sie die Ergebnismenge zusätzliche Kriterien
  • So erreichen Sie Ihre Abfrageparameter im laufenden Betrieb ändern Ergebnismenge zu verfeinern
  • Welche Möglichkeiten gibt OLGA für die Analyse Ihrer Liste, wenn Sie es haben.

Sie können eine Liste der Elemente mit verschiedenen Ontologien bekommen–Vielleicht möchten Sie eine bestimmte Art von Rezeptor, zum Beispiel, Sie können eine Liste von ihnen bekommen. Oder Sie können schnell eine Liste von Genen in einer bestimmten genomischen Spanne erstellen. Sie können die Einzelteile erhalten, die in einem QTL fallen. Oder Sie können mit einer Liste beginnen und Anmerkungen erhalten. Sie können auch nach Überschneidungen zwischen Sätzen suchen.

Das Video ist ein schöner Spaziergang Durch, wie Sie Ihre Abfrage zu erstellen, und was können Sie zugreifen. Ein wesentliches Merkmal ist, dass es nicht nur Ratte Daten ist, wie Sie bei RGD erwarten. Maus und Humandaten sind ebenfalls verfügbar.

Sie können komplexe und clevere Abfragen erstellen, und Link zu allen Arten von verwandten Daten in sehr einfachen Schritten. Werfen Sie einen Blick auf ihre Ressourcen, und ihre anderen Videos für weitere Hilfe mit den verschiedenen Aspekten ihrer Sammlungen.

Quick-Links:

RGD Hauptseite: http://rgd.mcw.edu/

OLGA direkt: http://rgd.mcw.edu/rgdweb/generator/list.html

Referenz:

Shimoyama, M., Pons, J., Hayman, G., Laulederkind, S., Liu, W., Nigam, R., Petri, V, Smith, J., hier, M., Wang, S., Worthey, E., Dwinell, M., & Jacob, H. (2014). Der Rat Genome Database 2015: genomische, phänotypischen und Umgebungsveränderungen und Krankheiten Nucleic Acids Research, 43 (D1) DOI: 10.1093/Nar / gku1026

Auf einer Mission für die Protein-Information

Es ist wahrscheinlich nur das menschliche Gehirn in der Lage, um Punkte zu verbinden & Muster finden, aber es kann interessant sein, wie viele “unabhängig” Veranstaltungen und Informations-Bits sammeln sich in meinem Kopf & schließlich in eine Idee oder Theorie Glühwein bekommen. Nehmen, zum Beispiel, einer aktuellen Biotech-Mischer, Bits aus einem Bildungs-Führung Serie & eine Vergangenheit, Nature-Artikel – jeder “Veranstaltung” hat in meinem Kopf schon mäandernden und jetzt sind sie ihren Weg als diesen Blog-Eintrag.

OK, nun die Erklärung: Bei einer kürzlich lokale Biotech-Veranstaltung hörte ich von einem Unternehmen (KeraNetics) Reinigung Keratinproteinen & mit ihnen zu therapeutischen und wissenschaftlichen Anwendungen entwickeln. Das Unternehmen & ihre Forschung klang sehr interessant & weil ein großer Teil davon ist auf Beihilfe verwundeten Soldaten gerichtet, es klang auch direkt von Vorteil. Die Rede war nur von kurzer, nur etwa 20 Minuten, so gab es kein viel Zeit für Details oder Fragen. Ich beschloss her Venture durch viele der biowissenschaftlichen Datenbanken und Ressourcen, die ich kenne und liebe, Um mehr über Keratin.

Meine Suche war sowohl Spaß und frustrierend, weil der Natur der Sache – Keratin ist “bekannt” (i. es kommt in der High School akademische Herausforderung Auswahlverfahren "eine Menge", nach jemand in der wissen), aber ist schwer zu verarbeiten (i. zäh, unlöslich, faserigen Strukturproteine) Das ist schwer zu viel allgemeine Informationen über finden in Ihrem durchschnittlichen Protein-Datenbank (da es viele verschiedene Genprodukte hergestellt, alle genannt “Keratin”). Ich beschloss, mein Abenteuer auf zwei meiner Lieblings-Protein Ressourcen beginnen, BIP & SBKB, aber ich fand keine Lösung Strukturen für Keratin. Aufgrund der Art, Modell-Organismus Datenbanken werden kuratiert und organisiert, I beginnen oft ein Protein suchen dort, nur um einige grundlegende Hintergrund, Gen-Namen, Sequenz-Information, usw.. In (natürlich) nichts gefunden außer ein paar GO Begriffe in der Saccharomyces Genome Database (SGD), aber ich fand Hunderte von Ergebnissen in beiden Mouse Genome Informatics (MGI) (660 genomische Funktionen) und Ratte Database (RGD) (162 rat genes, 342 menschliche Gene). Ich fand auch Gennamen (Krt *), Sequenzen und viele Zusammenfassung Anmerkungen mit Hinweisen auf Krankheiten mit Links zu OMIM. Als ich fragte für “Keratin”, in OMIM Ich habe 180 Hits, einschließlich 61 “klinischen synopsises”, in UniProt zurück 505 Bewertung Einträge und 2,435 Nicht freigegebene entiries, in Geben Protein 10,611 Ergebnisse und in PubMed 26,430 Artikel mit 1,707 Bewertungen. Ich habe meine Neugier KeraNetics’ Forschung mit einem PubMed erweiterte Suche nach Keratin in der abstrakten oder Titel satt & der PI Namen als Autor (search = “(Keratin[Titel / Abstract]) UND Van Dyke[Autor]“).

Ich landete mit einer Vielzahl von Informationen führt, dass ich durch gejagt haben, aber es war ein Spaß, bei dem ich viel gelernt über Keratin. Dies ist, wo die Bildung Zeug kommt in. Ich habe da eine Menge von Studien gehen, indem man über die Reform des Bildungswesens zu mehr Untersuchungen getrieben, und ich kann ganz sehen, wie das funktionieren kann. “Lernen” durch Auswendiglernen & Regurgitation ist trocken für alle & rau für die “Speicher in Frage gestellt”, wie ich. Mit einem Grund-oder Neugier zu erforschen, mit einem neuen Nugget von Daten oder Verständnis lauert hinter jeder Ecke, Informationen scheint nur in besser & bleiben länger. (OT, aber dachte, ich hätte eine verwandte Seiten erwähnen, dass ich heute gefunden w / einige nette Dinge: Mind / Shift-Wie wir lernen.)

Und ich konnte die erweiterte Suche in PubMed in den Anfang gemacht haben, aber was für ein Spaß wäre das haben? Außerdem gibt es eine Menge, die ich über Keratin gelernt, was ich nicht finden, so gab es kein Fülle von PDB Strukturen für Keratinproteinen. Das bringt mich zu dem Punkt am Ende in meinem Mullings – einen Artikel, dass ich über heute kam, als ich auf meine Lektüre Auftragsbestand gearbeitet: “Zu viele Straßen nicht getroffen“. Wenn Sie ein Abonnement für die Natur haben, können Sie lesen, aber die Hauptsache ist, dass die Forscher sind noch weitgehend mit Schwerpunkt auf die gleiche Gruppe von Proteinen, die sie für eine lange Zeit, denn diese sind die Proteine, für die es Recherche-Tools (Antikörper, chemische Inhibitoren, usw.). Die gleiche Art von Philosophie treibt die Protein Structure Initiative (PSI) Bemühungen, wie beschrieben hier. Sowieso, Ich fand den Artikel interessant & Übereinstimmung mit den Autoren allgemeine Vorschläge. Ich würde jedoch verlängern sie über diese physikalischen Forschung Werkzeuge & sagen, dass geht nach vorne Forscher mehr Daten-Analyse-Tools müssen, und Ausbildung, wie man sie benutzt – aber ich würde, würde ich nicht? :)

Referenzen:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mein J, Apel P, Klorig D, Smith T, Als LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). Die Verwendung von Keratin Biomaterialien aus menschlichem Haar für die Förderung der schnellen Regeneration von peripheren Nerven abgeleitet. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Zu viele Straßen nicht getroffen Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163ein

Tipp der Woche: InterMine für den Bergbau “Große Datenmengen”

Die Integration großer Datensätze für Abfragen innerhalb–und über–verschiedenen Sammlungen ist eine der Arenen, die in letzter Zeit wurde sehr aktiv in der Bioinformatik. Da mehr und mehr “Große Datenmengen” Projekte bringen riesige Anzahl von Datenpunkten und Datentypen, dies ist nur immer notwendig. Ich liebe es, Daten durchsuchen, aber es gibt Zeiten, in denen eine groß angelegte angepasste Abfrage ist das, was Sie wollen etwas breiteren Entdeckungen zu machen.

Im Moment gibt es eine Reihe von Ressourcen und Schnittstellen, die ich mich wenden, für die strukturierte und individuelle Anfragen von Datensammlungen. Das UCSC Table Browser, BioMart, Galaxy–diese sind es, ich habe meine Hände auf nahezu kontinuierlich. Aber es gibt noch Lager-und Interface-System, dass wir sehen mehr und mehr: InterMine.

Meine erste wirkliche Begegnung mit InterMine wurde für die modENCODE Daten. Es gibt einige wirklich tolle Datenfluss aus diesem Projekt jetzt (Ich sprach ein wenig über die vor kurzem hier), und die Schnittstelle und Storage-System sie verwenden, ist InterMine.

FlyMine war die Initialzündung für die “Meine” System. Vor einigen Jahren FlyMine wurde als Lager-und Abfrage-System für die steigenden Mengen von fly Daten, die aus verschiedenen Projekten kommenden erstellt wurde. Ziel war es, ein System leistungsfähig genug für Bioinformatik haben + Super User, sondern auch eine freundliche und leistungsstarke Schnittstelle zur Bank Biologen verwenden.

Die erste Papier beschreibt die grundlegenden Komponenten: eine Benutzeroberfläche mit 3 Hauptkomponenten: eine Schnellsuche, die große für das Durchsuchen der; Vorlage Bibliothek, mit der Benutzer Zugriff auf einige vordefinierte Standard-oder wahrscheinlich Abfrage-Typen, die sie für ihre Bedürfnisse optimieren können; und eine voll anpassbare Query Builder für die modernsten Zugang. Da dieses Papier die Entwicklung geht weiter, und es gibt auch andere neue und coole Features, die auch.

Ein weiteres großes Ziel der FlyMine Anstrengung war in der Lage sein, mit Listen umgehen. Eine der häufigsten Fragen, die wir noch in der Werkstatt zu bekommen ist: “Ich habe eine Liste von _____. Was ist der beste Weg, um damit umzugehen?” FlyMine–und die InterMines im Allgemeinen–Menschen zu helfen, abzufragen und zu verwalten ihre Erkundungen mit Listen von Sachen.

Die MyMine Merkmal der InterMines ist auch eine schöne Komponente. Sie können einen Benutzernamen und ein Geschäft Dinge, die Sie wiederholt Zugang zu haben: Anfragen, Listen, usw..

Es gibt andere Leute mit InterMine für ihre Systeme zu–einer neueren Arbeit auf TargetMine, für “Gene Priorisierung und Target Discovery” ist verfügbar, und könnte als eine bevorstehende Spitze erscheinen! Jennifer hat einen Tipp YeastMine von SGD einmal als gut.

Aber was ausgelöst mich zu diesem Tipp ist, dass ein Schreiben der kam RGD Mailing-Liste der vergangenen Woche, dass dies so:

Effektive Freitag, Mai 20th, 2011 der MCW BioMart Werkzeug eingezogen werden von RGD und der MCW Proteomics-Center. Für den Bergbau Ratte Daten, Wir haben festgestellt, dass die RatMIne Werkzeug einfacher zu bedienen ist, flexibler und umfasst mehrere Typen von Daten als BioMart. Darüber hinaus, RatMine umfasst Analyse-Tools nicht in BioMart gefunden, geben RatMine Benutzer nur einen einzigen, intuitive Schnittstelle sowohl für Beschaffung und Analyse von Daten.

So sind sie voll Umzug nach InterMine und zurückhaltend den Rat BioMart, ausschließlich mit RatMine bei ihrer Installation. Also das Tipp der Woche erkunden InterMine, RatMine, und einige andere Mines. Das ist eine Menge Boden zu decken–aber es ist wohl wert Ihre Zeit, um über InterMine wissen, wie es ganz allgemein verfügbar wird. Es ist auch wichtig zu verstehen, wie man mit den Minen abfragen, wenn Sie die Daten auf Galaxy bringen für die weitere Analyse wollen. Wenn Sie Galaxy besuchen Sie feststellen, dass ihre “Get Data” Abschnitt ermöglicht Ihnen den Zugriff Bergwerk-Tools–aber Sie müssen noch wissen, wie man die grundlegenden Fragen bei der Host-Seite zuerst tun.

Obwohl dieser Tipp auf RatMine Touch, der Schwerpunkt liegt in der allgemeinen InterMine suite. RGD sagte auch, dies in ihrer Mitteilung:

Für einen Überblick über RatMine und wie man es benutzt, Gehen Sie auf die RGD Tutorial-Video, “Eine Einführung in die RatMine Database”, bei http://rgd.mcw.edu/wg/home/rgd_rat_community_videos/an-introduction-to-the-ratmine-database2. Alternativ, folgen Sie dem “self-guided tour” von RatMine durch Klicken auf die “Machen Sie eine Tour” Link am Anfang jeder Seite RatMine.

Zum Ausprobieren RatMine für sich selbst, gehen Sie zu http://ratmine.mcw.edu/ und mit vereinfachten Data-Mining-und Analyse loslegen.

Also, wenn Sie wollen mehr spezifische Informationen über die Verwendung RatMine haben, sicher sein, zu prüfen, ihre Einführung.

Quick Links:

InterMine: http://intermine.org/

RatMine: http://ratmine.mcw.edu/

modENCODE: http://www.modencode.org/

Galaxy: http://usegalaxy.org/

Referenz:
Lyne, R., Smith, R., Rutherford, K., Wakeling, M., Varley, A., Guillier, F., Janssens, H., Ihr, W., Mclaren, P., Nördlich, P., Rana, D., Riley, T., Sullivan, J., Watkins, X., Woodbridge, M., Lilley, K., Russell, S., Ashburner, M., Mizuguchi, K., & Micklem, G. (2007). FlyMine: eine integrierte Datenbank für Drosophila und Anopheles Genomik Genome Biology, 8 (7) DOI: 10.1186/gb-2007-8-7-R129

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Tipp der Woche: Ratmine

Ratmine ist ein "Data Warehouse’ Das erlaubt es dem Benutzer, Abfragen über verschiedene Bereiche des biologischen Wissens Konstrukt aus SNPs zu Pathways. Es ist von den Leuten bei entwickelt RGD und nutzt Intermine ein Projekt entwickelt, für Flymine und als Teil eines Projektes zwischen RGD, SGD und Tanz zu implementieren Intermine für diese Datenbanken und ” Entwicklung neuer Methoden der Interoperabilität für cross-Organismus erforschen.” Wir haben Intermine erwähnt und es ist auch verwendet in ModEncode Intermine ist zu haben, um ein Thema zu einem späteren Beitrag Ich denke, werden :).

Dieser Tipp ist eigentlich ein Video von der RGD-Gruppe geleistet und eine dieser Perlen ich SciVee in unseren Versuchen gefunden habe, um unsere Tipps zu SciVee integrieren (die werden kommen). Wir haben gelegentlich wird markieren Sie eine kurze Anleitung von jemand anderem hier bei unseren Tipps getan (gelegentlich) und seit ich dieses Juwel gefunden und gerade zurück aus dem Urlaub in Florida :)…
Btw, während Sie auf es, möchten Sie vielleicht zu prüfen, diese interessante Reihe von Tutorials auf biomedizinischen Ontologien.

Phänotyp Ressourcen und Datenbanken

Bei einem anderen Projekt bin ich auf, Ich musste einige der Quellen von Informationen rund um Phänotypisierung experimentellen Tiermodellen Forschung. Und so wie ich brauchte es, die RGD Team produziert einen sehr schönen Screencast auf Zugang zu den Daten und Ressourcen Phänotypisierung, die sie anbieten zu Ratte Phänotypisierung. Wenn Sie in dieser Art von Daten interessiert, gehen haben einen Blick auf ihre Video-und erkunden Sie die Ressourcen, die sie einführen: RGD Phänotypisierung Portal Screencast.

Wenn das Daten, die Sie sich interessieren, Sie könnten auch einige der anderen Dinge, die ich bei gesucht. Das MGI Team Jackson Laboratory hat eine Abteilung, die auf Maus Phänotyp Daten konzentriert sowie. Namens Mouse Phenome Database (MPD), Sie können auf eine ganze Reihe von Daten, die bereits vorhanden. Sie haben auch Protokolle zur Phänotypisierung, die nützlich für Leute, die Charakterisierung von Tiermodellen sind, können.

Ich stieß auch auf ein Projekt in der EU basieren, die Daten und standardisierte Protokolle für die Phänotypisierung bietet. Eumorphia bietet die Kaiserin SOPs, dass sie sich entwickeln, sowie Zugang zu den sowie Zugang zu den Datenbank mit den Ergebnissen enthält.

So sehr ich immer noch gerne an Genomen Blick, Ich bin bereit, sich zu bewegen auf dem Weg und Blick auf die phenomes zu :)

Zeigen Sie uns bei Genome.gov :)

ohonnhgripageNHGRI kürzlich darauf hingewiesen, unsere neue Reihe von Tutorials auf Modell-Organismus Datenbanken (hauptsächlich durch NHGRI finanziert :) auf ihrer Homepage, genome.gov. Immer schön zu erkennen :D.

Und es gibt mir die Gelegenheit, um erneut darauf hin, dass wir in der Tat haben sieben öffentlich zugänglichen Tutorials und Schulungsunterlagen (Folien, Übungen, usw.) am Modell-Organismus Datenbanken, darunter SGD, RGD, MGI, WormBase, FlyBase und Tanz… und ein Siebtel auf GBrowse, eine generische Genom-Browser von einigen von diesen und anderen Genom-Datenbanken verwendet.

Überprüfen Sie sie heraus (und füllen Sie die neue Umfrage auf der linken Seite :D.

Tipp der Woche: Model Organism Datenbank Tutorials

gbrowseFür den Tipp der Woche heute, Wir möchten darauf hinweisen, eine Reihe von neuen (kostenlos für Sie) Tutorials auf Modell-Organismus Datenbank-Ressourcen. Diese sieben Tutorials (gehören Flash-Film-Tutorial, Folien zum Download, Übungen und Arbeitsblätter) wurden teilweise durch einen Zuschuss finanziert NHGRI. Wir haben nur eine Pressemitteilung zu diesem, aber ich dachte, der Tipp der Woche wäre ein großartiger Ort, um Ihnen diese Tutorials einzuführen. Wir haben sieben Tutorials, die sind (oder werden in Kürze) öffentlich zugänglich (Dieser Link führt Sie auf eine Liste und Links zu all diesen Tutorials). Die ersten vier zur Verfügung stehen auf GBrowse, WormBase, RGD (Ratte Database) und MGI (Mouse Genome Informatics. GBrowse (das Tutorial verbunden, hier zu), wurde durch das generische Modell Organism Database entwickelt (GMOD) Projekt und ist ein großartiges Werkzeug, um Genom-Browser für Modell-und Forschungs-Organismen entwickeln. Viele Modell-Organismus Datenbanken verwenden GMOD Ressourcen in Voll-oder Teilzeit, darunter auch viele der Gäste haben wir Tutorials hier. Drei weitere werden sehr bald kommen auf Tanz (Zebrafisch), FlyBase (Drosophila) und SGD (Hefe). Überprüfen Sie sie heraus :).

Kostenlose Lernprogramme auf Model Organism Genomdatenbanken durch OpenHelix Veröffentlicht

OpenHelix gab heute die freie Verfügbarkeit des Tutorial Suiten auf Modell-Organismus Datenbanken und Ressourcen intensiv in der Forschung verwendet. Das erste Tutorial Suiten verfügbar sind GBrowse, Ratte Database (RGD), Mouse Genome Informatics (MGI), und WormBase. Um in den kommenden Wochen hinzugefügt werden Zebrafisch Information Network (Tanz), FlyBase und Saccharomyces (Hefe) Genom-Datenbank (SGD).

Das Tutorial Suiten, finanziert zum Teil durch einen Zuschuss von der National Human Genome Research Institute der National Institutes of Health, gehören ein Selbstbedienungsrestaurant laufen, erzählt Tutorial Einführung des Ressourcen-und wie sie ihre Funktion und Funktionen verwenden. Jede Suite enthält auch PowerPoint-Folien, Handouts, und Übungen, die als Referenz oder für die Ausbildung anderer eingesetzt werden können.

Einer der ersten verfügbaren Tutorials auf GBrowse, entwickelt von dem generischen Modell Organism Database (GMOD) Projekt, ein beliebtes Tool von Forschern benutzt, um Genom-Browser für Modell-Organismen entwickeln, Spezies von Interesse, und besondere Themen. Durch das Erlernen, wie man diese "generic" Genom-Browser verwenden, Sie nutzen können, dass das Wissen um Dutzende von Ressourcen für ein breites Spektrum von Forschungsgebieten nutzen.

"Die OpenHelix GBrowse Benutzer-Tutorial ist sehr gut gemacht und wird eine wertvolle Quelle für die vielen Forschungs-Communities, GBrowse verwenden, um genomische Daten zu visualisieren,", Sagte Dave Clements von der National Evolutionary Synthesis Center, die die GMOD Helpdesk läuft.

Modell-Organismen, wie Hefe, Maus, Ratte, Fliegen, und viele andere, schon lange von den Forschern genutzt, um unser Verständnis der Biologie zu erweitern und die Wirksamkeit und Sicherheit von Therapien vor dem Versuch am Menschen zu beurteilen. Viele der Genome dieser Organismen wurden komplett sequenziert, Angabe der wissenschaftlichen Gemeinschaft noch mehr Einblick in die Organismen und ihre Beziehung zur menschlichen Biologie. Die Genom-Daten ist jetzt verfügbar und durchsuchbar auf öffentlich zugänglichen Online-Datenbanken und Ressourcen.

Sie können das Modell Organism Tutorials auf Sicht http://www.openhelix.com / model_organisms.shtml. OpenHelix bietet über 60 anderen Tutorial-Suiten auf einer Reihe von Genom-Datenbanken und Ressourcen durch eine individuelle, Gruppe, oder institutionelle Abonnements. Weitere Informationen finden Sie unter www.openhelix.com gefunden werden.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet die Genomikkenntnisse Sie benötigen, wenn Sie es brauchen. OpenHelix bietet Online-Self-run-Tutorials und Vor-Ort-Schulungen für Institutionen und Unternehmen auf der mächtigste und populärste freie, Web-basierte, öffentlich zugänglich bioinformatische Ressourcen. Darüber hinaus, OpenHelix wird durch Ressourcen-Anbietern zur Gewährung umfassender, Langzeit-Trainings-und Beratungsprogramme.

Tipp der Woche: RGD die GViewer

Diese Woche war ziemlich beschäftigt, hier bei OpenHelix und den USA. Für die Spitze in dieser Woche, wie wir gelegentlich, Ich werde ein kurzes Tutorial Tipp von jemand anderem erledigt markieren. Diese Woche ist einer von den Entwicklern durchgeführt RGD und zeigt die Verwendung des GViewer. Dieses Tutorial ist für Langlebigkeit beeinflusst durch RNA-Editierung von bestimmten genetischen Varianten, die ein Rückgrat haben Arsen, wie die Beschreibung Staaten:

Die Ratte wird zum Leben erweckt durch die Verwendung des Gviewer Werkzeug. Dieses Video zeigt Ihnen, wie Sie dieses hilfreiche Werkzeug innerhalb der RGD Website nutzen zu http://rgd.mcw.edu /. Genes, QTLs, und Arten syntenies von Interesse können alle visualisiert werden mit Leichtigkeit die Gviewer zoomt und navigiert durch die Ratte mit ein paar Klicks.