标记档案: 研究

[更新]提示的周: 时隔拨款, 有些影响研究

nsfclosed[跟上的效果研究, 从是一个很好的 文章从科学事业, 请参阅下面的更多的链接和信息]. 原谅我,因为我在我们每周的提示创建一个失效,而是给一个“内幕’ 鉴于关机 (官方的说法拨款或失效). 这绝对不是一个充分了解政府如何关闭会影响你作为一个研究人员, 教育家或学生, 但希望会给你一个想法.

许多读者都知道, 我目前暂时的 从OpenHelix离开 在美国国家科学基金会. 虽然离开, 我还是写提示 (除其他活动) 博客. 今天轮到我. 不幸的, 昨天政府关闭了,虽然它做, 它花了很多的日子,准备有序关机。’ 他们给了我们很大一部分的一天进行关机操作. 这是一个强烈的电子邮件, 电话和准备. 我们不得不离开办公室 1:30下午. (不幸的是我家里的电脑中查获了它自己的版本关机的前一天). 所以,你, 我们的读者, 可能获得NSF和研究总体上影响关机的想法, 让我与我的经验和一些关闭将研究的影响,可能你.

我的工作在美国国家科学基金会 (和美国科学促进会), 大部分, 需要的工作方案,以扩大参与科学教育. 在其他活动, 我组织工作会议,探讨研究的话题,发展和运行的科学难民青年参与项目.

作为关机的一部分, NSF关闭它的门. 这是一个很值得完全关闭. NSF的所有员工被告知他们有直到 1:30下午完成 “有序关闭” 所有活动. 对于我来说,这包括发邮件给所有的督察和教育工作者参加会议下周在美国国家科学基金会关于计算机科学教育,为残疾人和其他人,我的工作与在其他项目上. 由联邦规则, 没有NSF员工的, 资深会员或其他工作人员被允许访问电子邮件, 应对通信, 任何及所有NSF相关活动, 会议或会议旅游,或以其他方式进行任何业务. 违反本是一家大型的罚款.

这是什么意思为那些有资金的人或买卖与NSF? 如果您有没有直接工作,或需要联系NSF雇员, 比的影响将是微乎其微的,如果关机短. 如果您需要提交补助金的建议, 谈的授官或在接下来的几天内有一个NSF会议,出席大会或任何其他业务与NSF (或只要关断持续时间) 您将无法这样做. 所有的活动已经停止. 如果有一个NSF会议,发生在关机, 在被取消.

例如, 我一直在策划和组织一次会议在这里NSF计算机科学教育,为残疾人士提供. 它已经引起越来越客房结算选择评论的议程设置采购ASL口译和文件翻译成盲文的一切. 如果关闭持续到下周, 该会议将被取消,所有与会者将不能来. 因此,, 在我的情况下,, 如果关机持续到下周, 这甚至会被取消, 研究人员和教育工作者 (关于 20) 出席将不得不取消航班和计划的各项安排将是徒劳的. 显然,这将有一些丢失的航班和计划成本, 但它也意味着对过去工作的数百个工时将被浪费.

如果你有一个奖, 应该在短期内影响不大, 但将作出任何新的招揽, 赠款将不会被允许提交, 等. 现在的网页说:

没有新的筹资机会 (方案说明, 公告或招揽) 将发行最终使其方案的编制和提交将无法使用.Grants.gov 可能是启动和运行, 然而, 因为最终使其不会被操作, 建议下载 Grants.gov不会发生. 因此,建议将不会被检查,以符合NSF建议书的编制要求或处理,直到恢复正常生产经营。”

国家卫生研究院 虽然影响也将关闭会有些不同. 由于NIH是一个研究机构,除了是给予一个 (NSF是给予机构), 在美国国立卫生研究院将停止所有的研究. 大学会觉得有点作为一个刚刚完成三个周期授予的短期影响. 这就是说, 10月5日是下一轮的最后期限,如果停摆继续过去那种日, 没有补助金申请将被接受. 短关机只会拖延处理这些拨款长达一个月, 拖得越久就越成倍拖延了进程,将成为因为积压.

在关机的效果还有其他​​研究人员也. 签证赞助 或访问科学家的请求不会被发出在关机和一些活动将被推迟或终止. 从我自己的工作的另一个例子是我跑难民青年科学参与计划. 虽然没有通过NSF资助, 这是我做的事情,根据我的奖学金,因此我不允许工作. 这意味着该计划将暂停,直至另行通知,学生将无法参加活动,他们已经很高兴做.

因此,, 让我们重申顶部 10 关机的影响研究:

10. 美国国家科学基金会, 美国国立卫生研究院和其他机构的网站和信息将不可用或受影响. 许多数据库将不会被更新或维护,如医学.
9. 签证访问科学家到美国或海外的科学家合作将不会被处理.
8. 支付学生贷款和助学金,可能会减缓或以其他方式在长期影响.
7. 美国国立卫生研究院, 美国国家科学基金会和其他机构主办的会议和讨论会停止.
6. 新的拨款提案将不被接受, 加工或审阅.
5. 承包商和企业依靠NSF, 美国国立卫生研究院和其他研究和授予机构不会收到任何业务和支付将被推迟.
4. 政府雇用的研究人员, 授予人员和工作人员 (其他机构之间在NIH和NSF) 将不会支付.
3. 政府雇用的研究人员, 授出的官员和工作人员,将不会被允许工作或贡献任何及所有会议, 与工作相关的活动或通信.
2. 在美国国立卫生研究院的研究 (和其他一些机构,如能源部ARPA-E) 将停止.

和头号影响 (至少在悲伤因素的)
1. 孩子 癌症将在NIH.

你知道错过这里的效果? 如何!

一个 从ThinkProgress文章 其他的一些科学和研究的影响,包括其他机构,如NOAA, 等.

从科学家的reddit讨论长 (一些好的指针和不那么好的故事) 关于影响.

不要担心, 在视频尖端失效不会很长的关机. 今天我有很多的时间 :D , 所以会做一个后.

有一个适用于所有数据库, 甚至尤伯杯-操纵子

我玩弄 Google学术搜索的新的引文功能 让我收集在一个地方,我的论文容易 (工作非常出色, 增值税, 节省了一些小问题, 见下文) 当我注意到它错过了我的一个文件 2000: “比操纵子基因高阶的背景下保护.” 抽象:

操纵子, 共同的基因转录和共同调节的连续套, 过短时间的进化时间差保守. 基因序列, 基因的操纵子的内容和监管机制,可以有很大的不同, 即使在密切相关的物种. 这里, 我们目前的证据的几行,这表明,, 虽然操纵子和其个别的基因和监管结构比较不同物种的基因组时,重新排列, 这种重排是一个保守的过程. 基因重排总是保持在非常特殊的功能和监管环境的单个基因. 我们称这种保守的背景下一个超级的操纵子.

尤伯杯的操纵子. 这是我有价证券的建议长期. 当时在德国的生活和工作, 我认为这是一种滑稽的. 无论如何, 我从来没有真正扩大超过另一个失去了跟踪,研究和种类的纸张或该文件是否在多. 我输入了“超级操纵’ 今天在谷歌发现,它的被引用几次 (88) 和, 我发现这个有趣的: 已建成了几个数据库 “尤伯杯操纵子。”

一个中国研究组创建 尤伯杯操纵子数据库. 纸看起来很有趣, 但不幸的是,服务器已关闭 (这是否是临时或永久, 我不知道), 的 ODB (操纵子数据库) 使用超级-操纵子 (他们称之为参考操纵子) 在数据库中预测的操纵子 , Nebulon 是另一种, 雨果 是另一种. 阅读 çhapter上的计算方法 为预测尤伯杯操纵子 :)

只是去告诉你, 有一个适用于所有数据库.

哦, 回到谷歌学者引用. 它没有发现几乎每一个我发表的论文, 虽然错过了两个 (包括上面) 有两个误报. 此外, 许多引文失踪 (像 88 本文, 从其他文件和许多其他). 这并不是说这是没有用处的, 我觉得一个很好的工具,但它并不是完美的. 您可以fIND出更多关于Google学者引用, 约 微软类似的功能.

哦, 这篇文章在我 HumbleBrag厅名人堂? 如果是这样的保留的Twitter, 也许我应该叽叽喳喳,这样我就可以得到有 :). (虽然我不知道他指出相对较小的数据库为基础的一个相对较小的纸张构成吹牛, 虚心或不LOL).

新功能, 研究文章, 网站上OpenHelix

如果你去到了 OpenHelix 首页, 你会开始注意到一些差异. 我们的目标网页教程有一个附加的新功能. 我们现在有一个在每个目标网页部分,显示了中央在生物医学期刊的最新研究. 例如, 这里的截图是我们的 GeneMANIA教程套房. 在左下角你会看到 5 最近的研究,已经使用的文章 GeneMANIA生物医学中心 研究期刊目录. 得到一个想法,什么样的数据资源和研究使用资源做到这一点,这将是对用户有用. 这也将有助于寻找其他资源,可能是使用 (往往是相关的资源会提到会同感兴趣的资源).

这是一个系列的新功能,我们希望添加到目标网页,这将提高科研人员的学习能力,他们可以开始所有有关数据和工具提供给他们. 我们将增加一个 “最近的视频提示” 部分多.

和, 如果你是一个出版商的研究文献,并希望获得“最近的研究表’ 像这样为您的杂志对我们的目标网页 (需要访问的文章全文), 请与我们联系 我们很乐意与你做你的期刊中受益,, 资源, 研究人员和肯定, OpenHelix :).

在我们继续努力保持和扩大我们的 搜索数据库和发动机, 我们的教程, 我们的博客 多, 你也会注意到我们增加了广告我们的网站. 该广告是一种顶部横幅广告, 边摩天大楼广告和目标网页的教程小广告. 请考虑浏览这些赞助商,​​如果他们感兴趣. 广告将不会在诸如赞助教程 UCSC基因组浏览器 临时区议会վ, 和 其他, 也不会为任何用户可见的教程目录.

如果你想赞助的教程,以便它是公开的, 不管你是该工具的开发者或公司, 请联系我们有机会 获得培训和推广了大量的研究人员.

还, 虽然我们有十几个是公开的赞助教程, 我们有一个 在大目录 90 可供认购的额外教程. 您可以subscribe访问这些作为个人, 部门或机构.

 

提示的周: SciVee, 对科学的YouTube

每个星期我们做了一周的视频头. 每周我们使用 SciVee 上传和共享视频 (在这里我们的帐户). 我们现在有近 50 提示和视频居住于SciVee. SciVee被称为科学的YouTube. 像YouTube, 它可以让你上传视频, 尽管在这种情况下,全部涉及到科学. 此外,虽然, SciVee允许你做一些科技专用’ 动作,你将无法跟YouTube或Vimeo. PubCastsPosterCasts 几个这样的两个特点 (Papercasts类似Pubcasts, 唯一的非发表的论文). 这些功能允许您上传的视频描述你的研究,然后上载一张纸,海报和同步的纸张或海报的视频. 这让笔者描述的文件 (或海报) 和研究,而观众可以看到纸张或海报的有关章节. 有 有关如何做到这一点 这里. 虚拟海报会议, 或虚拟谈话. 一旦你这样做, 你可以嵌入其他网站的视频 (我们在这里做!) 分享,让别人分享. 这是一个很好的工具,分享您的研究,并把它放到一个更广泛的受众.

今天的周端是一个简短的介绍到SciVee和对快速上传自己的视频教程.

最后你会看到我们在SciVee呼吁社会各界 “基因组学资源培训.” 在那里,您会看到一周我们所做的一切秘诀. 此外, 我们添加其他基因组学和生物数据资源工具和数据库,对社会,当我们找到他们. 检查出来,加入社区:

Visit Genomics Resource Training Community

一种新的生物医学中心的功能

给您带来的OpenHelix和生物医学中心 :ð. 我们真的很喜欢的特色和理念 (当然) 并认为我们把它会.

生物医学中心 (BMC的) 是一个开放的访问出版商. BMC的同时推出了OpenHelix 新功能 最近给杂志读者的BMC及时获取相关基因资源教程. 在阅读文章在BMC的一个研究, 研究人员目前提供的链接到的基因资源和工具,许多网上教程中使用或引用 在文章中. 该链接将直接向读者培训登陆网站上的页面OpenHelix. BMC的有一个大的选择开放获取高品质的同行审查的研究刊物和许多研究报告,并列举了目前采用的许多资源OpenHelix列车. 研究人员现在可以快速找到数据库和工具的培训,在研究中使用. 例如, 这个最近的一篇文章 , 基因组表征非polyadenylated的RNA, 在BMC 基因组生物学 引用包括一些在他们的研究使用的工具 全球环境展望, 和其他人. 新的功能在文章中找到并列出这些引文中看到这些资源的图像链接到OpenHelix教程.

它可以很难找到文件的快速连结到相关的资源–有时是不完整的引文, 或没有联系到网站.

我们计划扩大在几个方面作出相关的重要基因资源的培训简单,快捷的为研究此功能.

我们已经得到了一些很好的意见在这–好主意!

@jytricker 好主意! @BioMedCentral / OpenHelix 合资公司将在基因组学/生物信息学工具教练科学家在论文中提到 http://ow.ly/4eQbG

 

iPad版移动分子

上周五发现这个有线, ipad公司可以让科学家拖动, 捏和刷卡实时分子 . 这是一个应用程序,使科学家可以用光学镊操纵分子使用的一个接口在IPAD. 不少引人入胜的应用程序和有趣的视频.

让我去思考, 如何是一个平板电脑,可在生物科学使用 (台或以其他方式)? 我写的 iPhone应用程序 前.

我有一个iPad, 我用它为很多阅读新闻, 读书, 迎头赶上电子邮件, 看电影. 我觉得它的潜力,但更有趣的比我用它.

有一些伟大的生物学研究相关的应用程序我用. 我使用 论文 (打开iTunes中) 阅读和批注的研究论文, 和我有 自然公共科学图书馆 阅读器应用程序, 但我的感觉是,开发商只开采了什么可以做表面一手持式触摸屏平板 (无论是iPad或石板或…). 或者至少是看来你应该能够做到的基础上 星际旅行电影 :ð.

我可以看到保持一个应用程序实验室书 (有笔记本电脑的应用程序, 但我想对一些面向实验室记录. 我可以看到用于操作多序列比对一个应用程序 (有点像JalView) 甚至像游戏 折叠 对多序列对齐ipad公司. 事实上, 为什么不折在iPad或片剂它. 以为他UCSC基因组浏览器可以被视为使用浏览器的iPad, 我可以看到一个suped注册 GenomePad 为Tablet. 如何应用个人基因组学?

有任何意见或应用程序,用于研究或您想看到?

再次同侪审查…

只是一个快速从一个链接收集的意见玛丽表明我. 我曾与我的论文和赠款评论的运行插件. 有些评论家肯定有一个议程和, 作为人类, 所有评论有主观偏见. 我可以告诉你的故事. 但, 大部分, 甚至几个巨大的挫折, 审查过程中,它使我的研究和文件,更好和更严格的的科学.

同行评议是不是没有它的问题, 有整个Blog (像 对等) 和社区讨论. 当然, 出版了很多不合标准的研究, possiblty证明由Recent讨论的砷为食的细菌纸. 我读过我的配额非常糟糕的研究和同行评审期刊的虚假结论. 但同样, 它的同侪审查制度的总和计 (和随后的讨论中, 更多的研究, 反驳出版物) 显然迄今我们的理解创造了优良的科学和生物学的进步.

自然Precedings 是不是一个替代的同行审查, 它是一个地方,前同行评审的出版物的研究,以邀请讨论, 推动进一步的研究和要求优先权. 但我见过它指出,作为替代的一部分. 然而,, 像这样的文件 (两个由同一作者的其他) 使我意识到,同行评议是必要的炼狱. 取出内脏这项研究的问题,我不会花时间, 他们是多方面的,它不值得我的时间. 我可以想像,休闲自然Precedings的读者可能会遇到和看到所有的biolingo,并认为这是合法的研究, 但真的不关心我. 但, 这些文章的作者,用他们的合法性借给他的主要论点: “基因组数据证明虚假的进化理论。” 他在一份新闻稿中 (銈: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. 我不会的联系,不给任何网站的合法性, 但你可以利用的空间,如果你想看到它) 在那里他链接到所有三个 “出版物”:

使用现代基因组学, 博士. Senapathy和他的团队的工作, 结果显示,在地球上生活的丰富性和多样性如何的生命起源的环境直接起源于. 他们提出在三年自然Precedings科学出版物的结果: 出版 1, 出版 2, 出版 3.

研究表明,现代基因组数据完全连根拔起的演化模型.

他使​​用的品牌当之无愧的尊重 “自然” 戏法给他们打电话 “出版物” (当所有的预印本没有同行审查或审查的科学) 借给伪造的结论的合法性.

与所有的“宇’ 在这个世界上, 我会怀疑,同行评议或其他一些严格解 (我还没有看到) 更需要比以往任何时候都向前移动科学.

编辑由玛丽: 我只是看一些记者就MuckRack发现这个故事 (銈://muckrack.com / SCI ) 和他们说这里的:

提示的周: BioExtract服务器

BioExtract服务器 是一种工具,允许研究人员搜索和访问数据, 分析这些数据,然后把这些数据的分析工作流程的创建. 在这方面,它非常类似于 星系. BioExtract是由两组 (布伦德尔Lushbough) 在爱荷华州和南达科他大学, 分别.

今天在简要介绍提示要BioExtract. 如果您使用过银河之前*, 你将立即通知执行差异, 可用性和社区. 两人都工作流程. 我喜欢银河的历史,更好地实施和Bioextract似乎就比较基因组学重点更多. 双方BioExtract和银河是 (或将) 部分 MyExperiment, 一个网站,以查找, 利用和共享工作流程与其他 “研究对象。”

在今天的小费我给一个基本的介绍, 它们对如何做工作流程很好的提示, 我不进入, 这里 (更多 帮助 这里).

*(披露: OpenHelix不银河培训和推广)

提示的周: 银河页

这一周的尖端是一个简短的的介绍银河页. 这些特殊的网页内,用户可以创建 星系 系统注释, 各种分析和解释说明使用完银河. 用户有很多的能力来连结和嵌入历史, 工作流程和数据集以及使用文本,图像和更充分诠释分析. 诚如上周, 这是许多补充银河添加到基因组学研究的重现性和透明度增加.

摩洛哥科学

Al Akhawayn大学, 伊夫兰摩洛哥

上周,我 出席会议并教摩洛哥的美国生命科学学会了一个讲习班 (Biomatec -美) 在他们的第二届国际研讨会和第9届年会, 摩洛哥在伊夫兰.

我被彻底感动. 摩洛哥留下了深刻印象, 摩洛哥科学家和摩洛哥学生. 我有机会与所有三个互动. 先学生. 我教的三个讲习班, 包括了基因资源的参观和两个UCSC基因组浏览器和表的浏览器. 均受到热烈欢迎. 但更多的比我的热情留下深刻印象,这些学生表现出基因组学和生物信息学研究. 每个专题讲座后,在当天晚些时候, 我是受到各种问题和要求 (我爱). 他们对科学的热情,符合或超过任何其他科学专业的学生组,我在我的会见 20+ 在生物学年的职业生涯. 此外,, 我会见了几个学生,我是谁能够讨论他们的研究有点.

还, 我能够非正式的讨论在摩洛哥与摩洛哥几个科学家的研究,并出席圆桌讨论会,关于推进摩洛哥科学, 特别是生物和生物信息学研究. 摩洛哥科学家, 内和摩洛哥外, 做世界一流的研究, 包括 当然我的主机. 该研究成果的摩洛哥和摩洛哥的海外侨民’ 科学家 (有来自美国的摩洛哥科学家, 欧洲和中东), 似乎是一个成熟的网络, 加上学生的积极性, 该国是一个巨大的资源.

如果研究水平和研究人员和学生的积极性是任何迹象显示, 摩洛哥科学将在未来几年大踏步来. 当然, 这不是什么新的东西,我敢肯定, 我只是新 :ð.

我学到的 (再学习) 此行的两个方面. 世界是非常小的, 和非常大的. 我遇见了几个人我谁与谁越过路径之前,我们有共同的朋友. 有摩洛哥的科学家,我简要地满足,而在德国做博士后和摩洛哥谁知道某人的学生,我知道从卡塔尔. 有人问我谈简要和圆桌讨论会,我提到了 我给一个车间的虚拟非洲会议, 并且,我认为是摩洛哥的一个枢纽,在那次会议上. 果然, 在讨论的科学家之一,参加了我的工作室 (好话 :ð). 确定, 你可能会说, 这是“世界’ 科学. 嗯, 下了车,即使我在酒店遇到的女人是一个富布赖特学者做研究柏柏尔和阿拉伯音乐的… 和男人谁给了我乘坐从会议的最后一个晚上, 正好是她的摩洛哥监事.

这是一个巨大的世界,与很多发现和敬畏我有时会厌倦的自我 (很少, 但我可以在那里). 我从来没有听说过 摩洛哥坚果油 前,

街 & Fes的麦地那的店铺, 摩洛哥

从传统生产从山羊的粪便收集的种子 (今天,它更可能收集和处理,更现代的方法 :), 甚至认为游览FeS的神奇的麦地那 (我必须返回). 我已经没有存在的端倪 Al Akhawayn大学在伊夫兰, 在凉爽的一个小的文科学校 (下雪) 摩洛哥山在伊夫兰 (为什么我要保持写作,作为伊夫兰 :ð? ). 美丽的校园.

另一件事,浮现在脑海,同时出席本次会议,并与摩洛哥科学家来说是潜在的 (和被忽视的现实) 美欧洲日本三角以外的研究的可能性. 当然,印度和中国产生很大的研究,多年来,越来越多的, 但也有是另一种 100 或使有潜力巨大,与其他数十亿人的国家. 当然,这些小国总是有伟大的科学家, 但我开始认为基因组学和生物信息学已开始协助小国“跃进’ 生物研究手机技术允许一些发展中国家跨越式’ 从传统的电话线 (昂贵, 很难做到) 以无线 (更便宜). 生物学研究历来是资源密集型: 实验室, 较大的大学, 设备. 生物信息学和基因组学研究, 虽然仍需要基础设施, 较低的进入障碍我相信. 我在我的讲话评论, “没有数据的缺乏,” 和它的真实. 可供分析的数据量是惊人的. 公开可用的工具和数据库的数量是压倒性的. 一个没有做 “大科学” 在基因组学 (虽然 有肯定的是,) 做世界一流的研究. 塔尔在他们的研究金塔尔数据丘陵 (遗憾的参考 加州淘金热, 我_do_住在什么是这一切的中心). 可以由任何个人开采的黄金, 实验室或国家教育和热情位.

我希望明年的回报,摩洛哥和今后几年的会议. 我有很多学习 :ð. 也许我可以教有点太.