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[Update]Tipp der Woche: A Lapse in Mittel, Einige Auswirkungen auf Forschung

nsfclosed[auf dem Laufenden über die Wirkung auf die Forschung zu halten, dies ist eine gute Artikel aus Science Careers, siehe unten für weitere Links und Informationen]. Verzeihen Sie mir, wie ich einen Ablauf in unserem wöchentlichen Tipps erstellen und stattdessen geben ein "Insider-’ Blick auf die Abschaltung (oder Erlöschen der Mittel in den offiziellen Sprachgebrauch). Das ganz sicher nicht ein umfassendes Verständnis davon, wie die Regierung Herunterfahren werden Sie als Forscher bewirken, Erzieher oder Student, aber hoffentlich wird Ihnen eine Idee geben.

Wie viele Leser wissen,, Ich bin derzeit auf einer temporären Abschied von OpenHelix an der National Science Foundation arbeiten. Obwohl auf Urlaub, Schreibe ich noch Tipps (Unter anderem) für das Blog. Jetzt bin ich dran war heute. Leider, gestern der Regierung stillgelegt und obwohl es tat, es dauerte viel des Tages, um für eine "geordnete Herunterfahren vorzubereiten.’ Wir waren einen großen Teil des Tages gegeben heruntergefahren Operationen. Das war eine intensive Zeit der E-Mails, Anrufe und Zubereitungen. Wir mussten das Büro verlassen durch 1:30pm. (Leider ist für mich mein Computer zu Hause beschlagnahmt bis in seine eigene Version einer Abschaltung am Vortag). Damit Sie, unsere Leser, kann eine Vorstellung von der Auswirkung des Herunterfahren auf NSF und Forschung im Allgemeinen bekommen, erlauben Sie mir, meine Erfahrung und einige der Auswirkungen der Abschaltung auf Forschung haben Sie beziehen und ggf..

Meine Arbeit bei NSF (und AAAS), zumeist, bringt der Arbeit an Programmen zur Teilnahme an wissenschaftlichen Ausbildung erweitern. Unter anderem, Ich organisiere Arbeitstreffen, um die Forschung in das Thema zu erforschen und zu entwickeln, und führen Sie eine Wissenschaft Engagement Projekt für Flüchtlingskinder Jugend.

Als Teil der Abschaltung, NSF schloss seine Türen. Das ist so ziemlich die komplette Abschaltung. Alle Mitarbeiter wurden NSF gesagt, sie hätten bis 1:30pm zu vervollständigen ein “ordnungsgemäßes Herunterfahren” aller Aktivitäten. Für mich ist diese E-Mail enthalten alle PIs und Erzieher an einer Sitzung nächste Woche hier bei NSF über Informatik-Ausbildung für Menschen mit Behinderungen und andere, dass ich mit der Arbeit an anderen Projekten. Durch Bundes-Regeln, keine NSF Mitarbeiter, Kollegen oder andere Mitarbeiter darf E-Mails zugreifen, Kommunikation zu antworten, funktionieren auf jedem und alle NSF-Aktivitäten, Reisen zu Konferenzen oder Meetings oder sonst alle Geschäfte. Die Verletzung ist dies eine hohe Geldbuße.

Was bedeutet das für diejenigen, die Finanzierung haben oder Umgang mit NSF bedeuten? Wenn Sie keinen unmittelbaren Arbeit oder müssen eine NSF Mitarbeiter kontaktieren, als der Effekt ist minimal, wenn die Abschaltung ist kurz. Wenn Sie brauchen, um einen Zuschuss Vorschlag einreichen, sprechen Sie mit einem Zuschuss Offizier oder eine NSF Treffen zu besuchen oder jedes andere Unternehmen mit NSF in den nächsten Tagen (oder solange der Abschaltung dauert) Sie werden nicht in der Lage, dies zu tun. Alle Aktivitäten haben aufgehört. Wenn es eine Sitzung NSF, die während der Abschaltung, es wird abgebrochen.

Zum Beispiel, Ich habe die Planung und Organisation ein Treffen hier bei NSF für Pädagogen in der Informatik für Menschen mit Behinderungen. Es hat alles, was zur Folge davor Zimmer nieder, um die Einstellung zu wählen Agenden Rezensenten Beschaffung ASL Dolmetscher und Übersetzungen der Texte in Braille. Wenn das Herunterfahren weiter in die nächste Woche, dieser Sitzung wird abgebrochen und alle Teilnehmer werden nicht kommen. So, in meinem Fall, wenn das Herunterfahren dauerte bis in die nächste Woche, würde dies sogar abgesagt werden, die Forscher und Pädagogen (über 20) Teilnahme müssen ihre Flüge und Pläne stornieren und alle Vorkehrungen werden für die Katz sein. Offensichtlich wird dies einige Kosten aus verlorenen Flüge und Pläne, aber es bedeutet auch, dass Hunderte von Arbeitsstunden der bisherigen Arbeit verschwendet werden.

Wenn Sie eine aktuelle Auszeichnung, es sollte wenig Einfluss auf kurze Sicht sein, aber keine neuen Aufforderungen gemacht werden, Zuschüsse werden nicht erlaubt, eingereicht werden, usw.. Da die Homepage sagt jetzt:

Keine neuen Fördermöglichkeiten (Programmbeschreibungen, Ankündigungen oder Aufforderungen) ausgestellt werdenFastLane Vorschlag Vorbereitung und Einreichung ist nicht verfügbar.Grants.gov kann in Betrieb genommen werden, aber, seit FastLane wird nicht in Betrieb sein, Vorschlag Downloads aus Grants.govfindet nicht statt. Daher Vorschläge werden nicht für die Einhaltung der Anforderungen an die Vorbereitung NSF Vorschlag geprüft oder verarbeitet werden, bis die normalen Operationen sind erlaubt, um fortzufahren.”

Das National Institutes of Health Auch wenn die Auswirkungen Abschaltung wird etwas anders sein. Seit NIH ist eine Forschungseinrichtung neben eine Gewährung sein (NSF ist eine Gewährung Institution), alle Forschung an NIH wird aufhören. Universitäten fühlen sich wenig kurzfristig als eine der drei Gewährung Zyklen gerade abgeschlossen beeinflussen. Das sagte, 5. Oktober ist die nächste Runde der Fristen und wenn die Abschaltung weiterhin Vergangenheit dieses Datum, keine Zuschussanträge werden akzeptiert. Ein kurzer Abschaltung verzögert nur die Verarbeitung dieser Stipendien für bis zu einem Monat, je länger die Verzögerung desto exponentiell verzögert wird der Prozess wegen der Rückstände zu.

Es gibt noch andere Auswirkungen auf das Herunterfahren auf Forscher auch. Visa Patenschaften oder Anfragen von Gastwissenschaftlern nicht beim Herunterfahren ausgestellt und einige Aktivitäten verschoben wird oder nicht mehr. Ein weiteres Beispiel aus meiner eigenen Arbeit ist die Wissenschaft Engagement Programm, das ich laufen für Flüchtlingskinder Jugend. Obwohl nicht durch NSF finanziert, es ist etwas, was ich tun unter meiner Gemeinschaft und somit darf ich nicht, daran zu arbeiten. Dies bedeutet, das Programm bis auf weiteres und die Schüler nicht in der Lage, an den Aktivitäten beteiligen sie schon immer sehr aufgeregt zu tun haben wird gestoppt werden.

So, Lassen Sie uns einmal auf die Spitze 10 Auswirkungen auf die Forschung die Abschaltung wird:

10. NSF, NIH und anderen Agentur Websites und Informationen nicht verfügbar oder betroffenen. Viele Datenbanken wie PubMed wird nicht aktualisiert oder gewartet werden.
9. Visa für Gastwissenschaftler in die USA oder Wissenschaftler zusammen Übersee werden nicht bearbeitet.
8. Zahlungen von Studiendarlehen und Stipendien könnten verlangsamt oder anderweitig beeinträchtigt auf lange Sicht.
7. NIH, NSF und andere Agentur-hosted Sitzungen und Diskussionen wird aufhören.
6. New Zuschüsse Vorschläge werden nicht akzeptiert, verarbeitet oder Bewertung.
5. Subunternehmen und Unternehmen, die auf NSF verlassen, NIH und anderen Forschungseinrichtungen und Institutionen Gewährung erhalten kein Geschäft und Zahlungen verzögert werden.
4. Regierung beschäftigt Forscher, gewähren Offiziere und Personal (am NIH und NSF unter anderem Agenturen) wird nicht gezahlt.
3. Regierung beschäftigt Forscher, Zuschuss Offiziere und Mitarbeiter werden nicht erlaubt zu arbeiten oder mit einem oder allen Sitzungen beitragen, arbeitsbezogene Aktivitäten oder Kommunikation.
2. Forschung an der NIH (und einige andere Agenturen wie Energy ARPA-E) wird aufhören.

und die Nummer eins beeinflussen (zumindest in der Traurigkeit Faktor)
1. Kinder mit Krebs werden abwenden am NIH.

Kennen Sie einen Effekt kennen verpasst hier? Wie!

Ein Artikel aus ThinkProgress über einige andere Auswirkungen auf Wissenschaft und Forschung, einschließlich anderer Organisationen wie NOAA, usw..

Ein lange Reddit Diskussion von Wissenschaftlern (mit einigen guten Zeiger und nicht-so-gute Geschichten) über die Auswirkungen.

Mach dir keine Sorgen, das Erlöschen in einem Video-Tipp wird nicht lange dauern, wie die Abschaltung. Ich habe viel Zeit heute :D , so tun werden, eine für später.

Es gibt eine Datenbank für alles, sogar uber-Operons

Ich war etwa das Spiel mit Google Scholar ist neues Zitat Feature dass mir erlaubt, meine Papiere in einem Ort leicht zu sammeln (funktionierte ziemlich gut, Mehrwertsteuer, sparen ein paar Pannen, siehe unten) als ich merkte, es verpasst ein Papier von mir aus 2000: “Gene Kontext Erhaltung einer höheren Ordnung als Operons.” Die abstrakte:

Operons, co-transkribiert und co-reguliert zusammenhängende Sätze von Genen, sind schlecht über kurze Zeiträume der Evolution konserviert. Das Gen, um, Gen Inhalt und Regulationsmechanismen des Operons kann sehr unterschiedlich sein, auch in eng verwandten Arten. Hier, präsentieren wir verschiedene Hinweise, die darauf hindeuten,, obwohl ein Operon und seine einzelnen Genen und regulatorischen Strukturen neu geordnet beim Vergleich der Genome verschiedener Spezies, Diese Umlagerung ist eine konservative Verfahren. Genomische Rearrangements immer halten einzelne Gene in sehr spezifischen funktionalen und regulatorischen Kontext. Wir nennen diese konservierten Kontext ein uber-Operon.

Die uber-Operon. Es war mein PI vorgeschlagen Begriff. Leben und Arbeiten in Deutschland zum Zeitpunkt, Ich dachte, es war irgendwie komisch. Sowieso, Ich habe nie wirklich mehr als ein anderes Papier oder so auf, dass die Forschung und die Art der Überblick verloren erweitert, ob das Papier in viel resultierte. I in 'uber-Operon getippt’ in google heute und fand, dass es schon ein paar Mal zitiert (88) und, Ich fand das interessant: es wurden ein paar Datenbanken aufgebaut worden von “uber-Operons.”

Eine chinesische Forschergruppe schuf die Uber-Operon Database. Das Papier sieht interessant aus, aber leider ist der Server ausgefallen ist (ob es sich um vorübergehende oder dauerhafte, Ich weiß nicht,), der ODB (Operon Database) verwendet uber-Operons (die sie als Referenz Operons) zu Operons in der Datenbank vorhersagen , Nebulon ist ein weiterer, HUGO ist ein weiterer. Lesen Sie die capitel über numerische Methoden für die Vorhersage uber-Operons :)

Genau da, Ihnen zu zeigen,, gibt es eine Datenbank für alles.

Oh, und zurück zu Google Scholar Zitat. Es fand fast jedes Papier, das ich veröffentlicht habe, obwohl es verpasste zwei (einschließlich des oben) und hatte zwei Fehlalarme. Zusätzlich, viele Zitate fehlen (wie die 88 für dieses Papier, und viele andere aus anderen Zeitungen). Das ist nicht zu sagen, es ist nicht sinnvoll, Ich finde es ein nettes Tool, aber es ist nicht perfekt. Sie können find Sie mehr über Google Scholar Zitat hier, und etwa Microsoft ist eine ähnliche Funktion bietet sich hier.

Oh, und tut dies nach setzte mich in die HumbleBrag Hall of Fame? Wenn das für twitter vorbehalten, als vielleicht sollte ich twitter dieser so kann ich es bekommen :). (obwohl ich nicht sicher bin, unter Hinweis darauf, relativ kleinen Datenbanken eine relativ geringe Papier stellt Prahlerei, Demut ist oder nicht LOL).

Neues Feature, Forschungsartikel, auf OpenHelix site

Wenn man über die OpenHelix Startseite, Sie beginnen, einige Unterschiede feststellen. Unser Tutorial Landingpages haben eine neue Funktion hinzugefügt,. Wir haben jetzt einen Abschnitt auf jeder Zielseite, dass die neuesten Forschungsergebnisse in der BioMed Central-Zeitschriften zeigt. Zum Beispiel, Screenshot hier ist für unsere GeneMANIA Tutorial suite. In der linken unteren Ecke sehen Sie die 5 neuesten wissenschaftlichen Artikeln, die verwendet haben GeneMANIA aus dem BioMed Central Katalog der wissenschaftlichen Zeitschriften. Dies kann hilfreich sein, um Nutzer auf eine Idee davon, welche Art von Daten kann eine Ressource und Forschung, die getan wird erhalten mit der Ressource. Dies wird auch hilfreich sein, andere Ressourcen, die von Nutzen sein könnte finden (häufig ein Zusammenhang-Ressource wird in Verbindung mit der Ressource von Interesse erwähnt werden).

Dies ist der Beginn einer Reihe von neuen Features, die wir hoffen, dass die Zielseiten, die Fähigkeit der Forscher zu lernen verbessern wird hinzugefügt, was sie können über die Daten und Werkzeuge zur Verfügung, um sie. Wir werden das Hinzufügen einer “jüngsten Video-Tipps” Abschnitt und mehr.

Und, wenn Sie ein Herausgeber von Forschungsliteratur und möchte eine "neuere Forschungen Liste zu erhalten’ wie dies auf unsere Landingpages für Ihre Zeitschriften (Zugang zum vollständigen Wortlaut der Artikel müssen), Bitte kontaktieren Sie uns und wir würden uns freuen, mit Ihnen zu arbeiten, dies zu tun zum Wohle Ihrer Zeitschriften, die Ressourcen, die Forscher und ja, OpenHelix :).

In unserer kontinuierlichen Bemühungen zum Erhalt und Ausbau unserer Suchdatenbank und Motor, unsere Tutorials, unserem Blog und mehr, Sie werden auch bemerken, haben wir Werbung auf unserer Webseite hinzugefügt. Die Anzeigen sind ein Top-Banner, eine Seite Skyscraper und eine kleine Anzeige auf Tutorial Landingpages. Bitte beachten Sie betrachten diese Sponsoren, wenn sie für Sie interessant. Anzeigen werden nicht auf gesponserte Tutorials wie sein UCSC Genome Browser und BIP, und andere, noch werden sie sichtbar für alle Teilnehmer, um den Katalog von Tutorials.

Wenn Sie möchten, ein Tutorial Sponsor so dass er öffentlich zugänglich ist, ob Sie der Entwickler des Werkzeugs oder eines Unternehmens, Bitte kontaktieren Sie uns über die Gelegenheit, Aus-und Hilfsangebote für eine große Zahl von Forschern zu bekommen.

Auch, aber wir haben ein Dutzend gesponsert Tutorials, die öffentlich zugänglich sind, wir haben eine großen Katalog von mehr als 90 weitere Tutorials zur Zeichnung zur Verfügung. Sie können subscribe, diese als einen individuellen Zugang, Abteilung oder Institution.

 

Tipp der Woche: Langlebigkeit beeinflusst durch RNA-Editierung von bestimmten genetischen Varianten, die ein Rückgrat haben Arsen, das YouTube der Wissenschaft

Jede Woche machen wir einen Video-Tipp der Woche. Jede Woche nutzen wir Langlebigkeit beeinflusst durch RNA-Editierung von bestimmten genetischen Varianten, die ein Rückgrat haben Arsen zum Hochladen und teilen Sie dieses Video (unser Konto hier). Wir haben jetzt fast 50 Tipps und Videos wohnhaft in SciVee. SciVee wurde das YouTube der Wissenschaft genannt. Wie YouTube, Es ermöglicht Ihnen, Videos hochzuladen, obwohl in diesem Fall ausschließlich für die Wissenschaft, die Sie. Zusätzlich aber, SciVee können Sie einige "Wissenschaft-spezifische tun’ Aktionen, die Sie nicht in der Lage wäre, um mit YouTube oder Vimeo tun. PubCasts und PosterCasts sind zwei von mehreren solcher Merkmale (Papercasts ähneln Pubcasts, nur nicht veröffentlichten Papiere). Diese Features ermöglichen es Ihnen, ein Video zur Beschreibung Ihrer Forschung hochladen und dann laden Sie ein Papier und Plakat-und Sync-Papier oder Plakat, um das Video. Dies erlaubt dem Autor auf dem Papier beschreiben (oder Poster) und der Forschung, während die Zuschauer sehen die relevanten Abschnitte des Papiers oder Poster. Es ist mehr darüber, wie dies zu tun hier. Eine virtuelle Postersession, oder eine virtuelle Diskussion. Sobald Sie das tun,, Sie können Ihr Video auf einer anderen Website einbetten (wie wir hier!) zu teilen und damit andere zu teilen. Es ist ein hervorragendes Werkzeug, um Ihre Forschung zu teilen und um es einem breiteren Publikum.

Der heutige Tipp der Woche ist eine kurze Einführung in SciVee und eine kurze Anleitung zum Hochladen von eigenen Videos.

Am Ende werden Sie sehen, wir haben eine Gemeinde am SciVee genannt “Genomics Resource Training.” Dort sehen Sie alle Tipps der Woche haben wir getan. Darüber hinaus, fügen wir andere Genomik und biologische Daten Ressource-Tools und Datenbanken für die Gemeinschaft, wenn wir sie finden. Check-out und der Community beitreten:

Visit Genomics Resource Training Community

Ein neues Feature BioMed Central

Präsentiert von OpenHelix und BioMed Central :D. Wir mögen vor allem die Funktion und Idee (natürlich) und dachten, wir würden es weitergeben.

BioMed Central (BMC) ist ein Open Access-Verlag. BMC zusammen mit OpenHelix startete eine neues Feature kürzlich zu den Lesern der Zeitschriften BMC rechtzeitig Zugang zu relevanten genomischen Ressource Tutorials. Beim Lesen einer Forschungs-Artikel bei BMC, Forscher sind nun Links zu Online-Tutorials für viele der Genomik Ressourcen und Tools zur Verfügung gestellt werden oder zitiert in dem Artikel. Der Link führt den Leser direkt an die Ausbildung der Zielseite auf der Website OpenHelix. BMC hat eine große Auswahl an Open-Access-Qualität begutachteten Fachzeitschriften und ein Großteil der Forschung berichtet heute verwendet und zitiert viele der Ressourcen OpenHelix Züge auf. Forscher können jetzt schnell Training auf der Datenbanken und Werkzeuge in der Forschung verwendet. Zum Beispiel, dieser kürzlich erschienenen Artikel , Genomweite Charakterisierung der Nicht-polyadenylierte RNAs, in BMC Genome Biology zitiert mehrere Werkzeuge in der Forschung genutzten einschließlich GEO, AUCH und andere. Die neue Funktion findet diese Zitate in dem Artikel und Links zu den Listen OpenHelix Tutorials auf diese Ressourcen, wie im Bild zu sehen.

Es kann hart sein, um einen schnellen Link zu einer entsprechenden Ressource zu finden in Papiere–die Zitate sind manchmal unvollständig, oder nicht zu dem Standort stehen.

Wir haben Pläne, um diese Funktion in mehrfacher Hinsicht eine Ausbildung relevanten und wichtigen Genomik Ressourcen erweitern einfacher und schneller für Forscher.

Wir haben schon einige tolle Resonanz auf diese bekommen–Tolle Idee!

@jytricker Tolle Idee! @BioMedCentral / OpenHelix GU wird Trainer Wissenschaftler auf Genomik / Bioinformatik in Zeitungen erwähnt http://ow.ly/4eQbG

 

iPad App für bewegliche Moleküle

Sie haben diese von Wired am Freitag, iPad Lets Wissenschaftler Ziehen, Pinch und Swipe Real Moleküle . Es ist eine Anwendung, die Wissenschaftler zu Molekülen mit einer optischen Pinzette manipulieren mit dem iPad als Schnittstelle erlaubt. Ziemlich faszinierend app und das Video ist interessant.

Hat mir zu denken, Wie wird und kann ein Tablet-PC in der Biologie verwendet werden (Bank oder auf andere Weise)? Ich schrieb über iPhone-Apps vor.

Ich habe ein iPad, und ich verwende es sehr viel für das Lesen von Nachrichten, Bücher lesen, Aufholjagd auf E-Mail, Filme. Ich finde es das Potenzial aber viel faszinierender als das, was ich mit dabei bin für.

Es gibt einige große biologische Forschung im Zusammenhang mit Anwendungen verwende ich. Ich benutze Papers (öffnet iTunes) zu lesen und zu kommentieren Forschungsarbeiten, und ich habe die Nature und PLoS Leser-Anwendungen, aber es fühlt sich für mich, dass Entwickler haben nur die Oberfläche dessen, was man mit einem Handheld-Touch-Screen-Tablette tun könnten abgebaut (sei es iPad oder Schiefer oder…). Oder zumindest, wie es scheint, sollten Sie in der Lage, auf Basis tun Star Trek Filme :D.

Ich kann eine App für das Halten eines Labors Buch sehen (Es gibt Notebook-Anwendungen, aber ich möchte etwas in Richtung Labor Noten ausgerichtet. Ich kann eine App für die Manipulation von multiplen Sequenzalignments sehen (Art wie JalView) oder sogar ein Spiel wie Falten Sie es auf der iPad für mehrere Reihenfolge richtet. In der Tat, warum nicht klappen es auf dem iPad oder Tablette. Dachte er UCSC Genome Browser können mit dem Browser auf dem iPad werden, Ich sehe eine suped bis GenomePad für die Tafel. Wie wäre es mit einem persönlichen Genomik app?

Haben Sie Ideen oder Anwendungen, die Sie verwenden für die Forschung oder sehen möchte?

Peer-Review wieder…

Nur eine kurze Bemerkung über einen Link sammelte Maria zeigte mir. Ich habe meinen Lauf Ins Rezensenten von Papieren und Stipendien. Einige Rezensenten haben definitiv eine Agenda und, als Menschen, Alle Bewertungen haben subjektive Verzerrungen. Ich könnte Ihnen Geschichten. Aber, zumeist, auch bei den wenigen großen Enttäuschungen, den Review-Prozess habe meine Forschung und Papiere besser und dichter der Wissenschaft gemacht.

Peer-Review ist nicht ohne Probleme, gibt es ganze Blogs (wie Peer-to-Peer) und Gemeinden diskutieren sie. Und natürlich, eine Menge minderwertiger Forschungsergebnisse veröffentlicht, als possiblty durch die r belegteuere Diskussion der Arsen-fressende Bakterien Papier. Ich habe meine Quote von wirklich schlechten Forschung und falsche Schlüsse aus peer-reviewed Zeitschriften lesen. Aber wieder, es ist die Summe des Peer-Review-System (und der anschließenden Diskussion, mehr Forschung, Widerlegung Publikationen) das scheint sich exzellente Wissenschaft und die Weiterentwicklung unseres Verständnisses der Biologie bisher erstellt.

Natur Precedings ist keine Alternative peer-review, es ist ein Ort der Forschung vor peer-reviewed Veröffentlichung gestellt, die Diskussion einladen, Sporn weitere Forschung und eine Priorität in Anspruch. Aber ich gesehen habe darauf hingewiesen, die als Teil einer alternativen. Doch, es Papiere wie diese (und zwei weitere vom gleichen Autor) die machen mir klar, dass Peer-Review ist eine notwendige Fegefeuer. Ich werde nicht die Zeit verbringen Ausnehmen der Probleme dieser Forschung, sie sind Legion, und es ist meine Zeit nicht wert. Ich kann mir vorstellen den flüchtigen Leser der Natur Precedings könnte über sie kommen und sehen alle biolingo und finde es legitim Forschung, aber wirklich, dass geht mich nichts an. Aber, der Verfasser dieser Artikel nutzt sie, um Legitimität zu seiner Hauptthese verleihen: “Genom-Daten als falsch erweist der Evolutionstheorie.” Er tut dies in einer Pressemitteilung (http: //www.prweb.com/releases/theory/genome/prweb4896744.htm .. Ich will nicht so wie Link nicht auf diese nicht mehr Web Legitimität geben, aber man kann den Raum aus, wenn Sie es sehen wollen) wo er für alle drei Verbindungen “Veröffentlichungen”:

Mit modernen Genomik, Dr. Senapathy und sein Team die Arbeit, zeigte, wie die Fülle und Vielfalt des Lebens auf der Erde direkt ihren Ursprung in der präbiotischen Umwelt. Sie haben die Ergebnisse in drei wissenschaftlichen Publikationen in Nature Precedings vorgestellt: Veröffentlichung 1, Veröffentlichung 2, Veröffentlichung 3.

Die Forschung zeigt, dass die moderne Genom-Daten komplett entwurzelt die Evolution-Modell.

Er nutzt den wohlverdienten Respekt der Marke “Nature” und die Fingerfertigkeit zu nennen “Veröffentlichungen” (wenn alles, was sie sind Pre-Prints ohne Peer-Review oder Überprüfung der Wissenschaft) zur Legitimierung eines gefälschten Abschluss verleihen.

Mit all den "woo’ in dieser Welt, Ich würde vermuten, dass Peer-Review oder eine andere rigorose Lösung (die ich noch nicht gesehen) ist mehr denn je notwendig, um die Wissenschaft voranzubringen.

Bearbeiten von Mary: Ich war nur gerade einige Journalisten entdecken diese Geschichte auf MuckRack (http://muckrack.com / sci ) und hier ist, was sie sagten,:

Tipp der Woche: BioExtract Server

Das BioExtract Server ist ein Werkzeug, dass der Forscher die Suche und Zugriff auf Daten ermöglicht, analysieren die Daten und speichern Sie dann die Daten und Workflows erstellen aus der Analyse. In dieser Hinsicht ist es sehr ähnlich Galaxy. BioExtract wurde von zwei Gruppen entwickelt (Brendel und Lushbough) an der Iowa State und University of South Dakota, bzw..

Der heutige Tipp in eine kurze Einführung in BioExtract. Wenn Sie Galaxy, bevor * verwendet, Sie werden sofort merken, Unterschiede in der Ausführung, Usability und Gemeinde. Beide haben Workflows. Ich mag Galaxy-Implementierung von Geschichten besser und BioExtract scheint auf vergleichende Genomik mehr Fokus. Beide BioExtract und Galaxy sind (oder werden) Teil des MyExperiment, eine Website zu finden, Nutzung und Weitergabe Workflows und anderen “Forschungsobjekte.”

In der heutigen Tipp gebe ich eine grundlegende Einführung, sie haben einen guten Tipp, wie Sie Workflows zu tun, was ich nicht gehen in, hier (mehr Hilfe hier).

*(Bekanntgabe: OpenHelix hat Ausbildungs-und Öffentlichkeitsarbeit für Galaxy)

Tipp der Woche: Galaxy Seiten

Der Tipp der Woche ist eine kurze Einführung in Galaxy Seiten. Dies sind spezielle Seiten, die Benutzer innerhalb der erstellen können Galaxy System zur Beschriftung, beschreiben und erklären verschiedene Analysen durchgeführt mit Galaxy. Der Benutzer hat viele Fähigkeiten, um zu verknüpfen und einbetten Geschichten, Workflows und die Datensätze mit Hilfe von Text und Bildern und mehr in vollem Umfang kommentieren Analysen. Wie beschrieben letzte Woche, Dies ist einer der vielen Ergänzungen Galaxy hat, um die Reproduzierbarkeit und Transparenz der Genomforschung zu erhöhen hat.

Marokkanische Wissenschaft

Al Akhawayn University, Ifrane Marokko

Letzte Woche habe ich besuchte und lehrte einen Workshop für die marokkanische American Society for Life Sciences (Biomatec-US) bei ihrem 2. Internationalen Workshop und 9. Jahrestagung, in Ifrane Marokko.

Ich war tief beeindruckt. Beeindruckt von Marokko, Marokkanische Wissenschaftler und marokkanischen Studenten. Ich hatte die Gelegenheit, mit allen drei interagieren. Zuerst diese Studenten. Ich unterrichtete drei Workshops, einschließlich einer Tour von genomischen Ressourcen und zwei Anleitungen für die UCSC Genome Browser und Browser-Tabelle ist. Alle waren begeistert aufgenommen. Aber mehr als dass ich durch die Begeisterung war beeindruckt diese Schüler zeigten für Genomik und Bioinformatik Forschung. Nach jedem Vortrag und später in den Tag, Ich wurde mit Fragen und Anfragen bombardiert (die ich liebe). Ihre Begeisterung für die Wissenschaft entspricht oder übertrifft jede andere Gruppe von Studenten der Naturwissenschaften ich in meinem getroffen habe 20+ jährigen Karriere in der Biologie. Zusätzlich zu, dass, Ich traf einige Studenten, die ich konnte, um ihre Forschung zu diskutieren mit ein bisschen.

Auch, Ich konnte die Forschung in Marokko mit mehreren marokkanischen Wissenschaftlern informell zu diskutieren und an einer Diskussionsrunde über die vorrückenden marokkanischen Wissenschaft, spezifisch biologischen Forschung und Bioinformatik. Marokkanische Wissenschaftler, sowohl innerhalb als auch außerhalb von Marokko, tun Weltklasse-Forschung, einschließlich mein Gastgeber natürlich. Die Forschung in Marokko und von den marokkanischen "Diaspora getan’ von Wissenschaftlern (es gab marokkanischen Wissenschaftler aus den USA, Europa und dem Nahen Osten gibt es), scheint ein Netzwerk, das reif sein, zusammen mit dem Enthusiasmus der Studenten, ist eine großartige Ressource für das Volk.

Wenn das Niveau der Forschung und der Enthusiasmus der Forscher und Studenten sind ein Hinweis, Marokkanische Wissenschaft werden große Fortschritte in den kommenden Jahren. Natürlich, Das ist nichts Neues Ich bin sicher,, nur neu für mich :D.

Ich habe gelernt (neu gelernt) zwei Dinge auf dieser Reise. Die Welt ist sehr klein, und sehr groß. Ich traf einige Leute, mit denen ich den Weg gelaufen war mit vor oder wer wir hatten gemeinsame Freunde. Es war die marokkanische Wissenschaftlerin, die ich kurz in Deutschland traf, während Sie eine Postdoc gibt und die marokkanische Student, der jemand wusste, dass ich wusste aus Katar. Ich wurde gebeten, kurz und die Roundtable-Diskussion zu sprechen und erwähnte ich ein virtuelle afrikanische Konferenz ich einen Workshop gegeben hatte, bei, und dass ich dachte, es war ein marokkanischer Nabe auf dieser Konferenz. Sicher genug, einer der Wissenschaftler an der Diskussion teilgenommen hatte meine Werkstatt (und hatte gute Worte für sie :D). OK, könnte man sagen, Das ist die "Welt’ der Wissenschaft. Nun, er machte sich an die Frau, die ich im Hotel trafen, war ein Fulbright-Stipendiat forscht auf Berber und arabischen Musik noch… und der Mann, der mir eine Fahrt von der Konferenz der letzte Abend, , der gerade mit ihr passiert sein marokkanischen Supervisor.

Und es ist eine riesige Welt mit einer viel zu entdecken und Ehrfurcht meine manchmal abgestumpft selbst (selten, aber ich kann da sein). Ich habe nie gehört hatte, von Arganöl vor,

Straße & Geschäfte in der Medina von Fes, Marokko

traditionell aus Samen aus dem Kot von Ziegen gesammelt produziert (heute ist es wahrscheinlicher, gesammelt und durch modernere Methoden verarbeitet :), oder sogar als einer Tour durch die magischen Medina von Fes (auf die ich MUSS zurück). Ich hatte keine Ahnung von der Existenz Al Akhawayn University in Ifrane, eine kleine Schule der freien Künste in der kühlen (es schneit) Bergen von Marokko in Ifrane (warum will ich behalten, dass das Schreiben als ifrane :D? ). Schönen Campus.

Die andere Sache in den Sinn kam während der Teilnahme an dieser Konferenz und spricht mit marokkanischer Wissenschaftler ist das Potenzial (und unbemerkt Realität) der Forschungs-Möglichkeiten außerhalb des von den USA, Europa und Japan Dreieck. Natürlich Indien und China produzieren große Forschung mehr und mehr im Laufe der Jahre, aber es gibt noch 100 oder so da draußen Ländern mit noch ein paar Milliarden Menschen mit enormem Potential in. Natürlich sind diese kleineren Länder haben immer großen Wissenschaftler produziert, aber ich begann zu denken, dass Genomik und Bioinformatik beginnt kleineren Ländern unterstützen "überholen’ biologische Forschung viel wie Handy-Technologie erlaubt einige Entwicklungsländer zu "überholen’ von traditionellen Telefonleitungen (teuer, schwer zu tun) Umgang mit drahtlosen (billiger). Biologische Forschung ist traditionell, ressourcenintensiv: Labore, größeren Universitäten, Ausrüstung. Bioinformatik und Genomforschung, wenn auch immer noch erforderlich Infrastruktur, hat eine niedrigere Barriere der ich glaube,. Ich habe einen Kommentar in meinem Vortrag, “Es gibt keinen Mangel an Daten,” und es ist wahr. Die Menge der Daten für die Analyse verfügbar ist atemberaubend. Die Zahl der öffentlich verfügbaren Tools und Datenbanken ist überwältigend. Man muss nicht zu tun “Big Science” in der Genomik (obwohl es sicher ist, dass) Weltklasse-Forschung zu tun. Thar Forschung Gold in ihnen thar Daten Hügel (sorry für die Referenz auf die Goldrausch in Kalifornien, I live in _do_ was war das Zentrum von allem). Gold, die von jedem einzelnen abgebaut werden kann, Labor oder Nation mit ein bisschen Bildung und Begeisterung.

Ich hoffe, im nächsten Jahr wieder nach Marokko und im nächsten Jahr Konferenz. Ich habe eine Menge mehr zu lernen :D. Und vielleicht kann ich ein bisschen zu lehren.