الوسم المحفوظات: تحد

نصيحة الأسبوع: وبعد عام في الثالث نصائح (النصف الأخير من 2010)

كما قد تعلمون, لقد كنا نفعل نصائح من بين أيام الأسبوع ، لمدة ثلاث سنوات حتى الآن. أكملنا حول 150 مقدمات طعام شهي القليل من الموارد المختلفة. في نهاية السنة لقد أقمنا نوعا من التقليد عطلة: نحن نقوم بإعداد ملخص آخر لجمع كل منهم. إذا كان لديك أي غاب منهم انها طريقة رائعة لإلقاء نظرة سريعة على ما قد يكون من المفيد لعملك.

هنا هي النصائح من النصف الأول من العام, وفيما يلي سوف تجد نصائح من النصف الأخير من 2010 (يمكنك ان ترى السنوات الماضية’ نصائح هنا: 2008 في, 2008 الثاني, 2009 في, 2009 الثاني):

يوليو

يوليو 7: النعناع لتفاعلات البروتين, مقدمة لدراسة MINT البروتين البروتين التفاعلات
يوليو 14: مقدمة لتغييرات في قاعدة البيانات لبروتين NCBI, كما تنص :D
يوليو 21: 1000 مشروع الجينوم المستعرض, 1000 الجينوم المشروع يحتوي على بيانات تجريبية, هذا هو المستعرض.
يوليو 28: R علم الوراثة في المجرة, وأضاف في تحليل سير العمل وأداة غالاكسي R علم الوراثة أدوات التحليل.

آب / أغسطس

آب / أغسطس 4: YeastMine, SGD يضيف قدرة InterMine للبحث قاعدة البيانات الخاصة بهم.
آب / أغسطس 11: نقنق الجينوم المستعرض, أداة لإتاحة الفرصة لتصور البيانات الجينومية, جزء من “نقنق مكونات”
آب / أغسطس 18: بريندا, معلومات شاملة انزيم.
آب / أغسطس 25: علم الأمراض الجينية الماوس, خلافا لنصائح أخرى, هذا ليس فيديو بل هو مقدمة مفصلة لموقع جديد.

سبتمبر

سبتمبر 1: صفحات المجرة, وعرض وثائق جديدة وقدرة المجتمع على تقاسم غالاكسي.
سبتمبر 8: أصناف. قاعدة بيانات للمنقوش. مورد اختلاف البيانات التي تدمج الإنسان ، مثل تعدد الأشكال والتنوعات في عدد النسخ.
سبتمبر 15: CircuitsDB لشبكات تنظيم TF / ميرنا / الجين.
سبتمبر 21: Pathcase طريقا للبيانات.
سبتمبر 29: قاعدة النسبية الوراثة السمية (CTD), VennViewer. أداة جديدة لإنشاء الرسوم البيانية لمقارنة مجموعات البيانات فين عن الجينات المرتبطة بها, أمراض أو المواد الكيميائية.

أكتوبر

أكتوبر 6: خادم BioExtract, خادم يسمح الباحث لتخزين البيانات, تحليل البيانات وخلق مسارات البيانات.
أكتوبر 13: NCBI Epigenomics, “ما وراء الجينوم” NCBI للموقع للحصول على المعلومات والبيانات عن علم التخلق.
أكتوبر 20: المقارنة بين قواعد البيانات الميكروبية بما في ذلك IMG, UCSC المتصفحات الميكروبية وArcheal, CMR وغيرها.
أكتوبر 27: iTOL, التفاعلية شجرة الحياة

تشرين الثاني

تشرين الثاني 3: VISTA محسن المستعرض استكشاف العناصر التنظيمية الممكنة مع علم الجينوم المقارن
تشرين الثاني 10: الحصول على معلومات الكنسي الجين من مستعرض UCSC. الحاجة إلى إصدار واحد الجينات "حكم عليهم جميعا"?
تشرين الثاني 17: ترميز البيانات في متصفح الجينوم UCSC, بأكمله 35 دقيقة حول المشروع التعليمي ترميز.
تشرين الثاني 24: Flink. أداة التي تربط العناصر في قاعدة بيانات NCBI واحد إلى آخر بطريقة هادفة والموزون.

ديسمبر

ديسمبر 1: PhylomeDB. وهناك قاعدة بيانات phylogenies الجينات لكثير من الأنواع.
ديسمبر 8: BioGPS لمزيد من البيانات والتعبير.
ديسمبر 15: Reptar, قاعدة بيانات للمواقع المستهدفة ميرنا.

نصيحة الأسبوع: Reptar, قاعدة بيانات للمواقع المستهدفة ميرنا

microRNAs أصبحت مصدرا غنيا للبحث لأنها من المحتمل أن يكون لها تأثير كبير على التعبير الجيني والمرض. يجوز للجينوم البشري على ترميز 1,000 miRNAs التي تستهدف أكثر من نصف جيناتنا. أنهم قد يكونون متورطين في الكثير من الأمراض الشائعة (التي لم تم انتقاؤها في الدراسات GWAS?). فهي منطقة رائعة من الأحياء الذي يأتي إلا من كان على في العقد الأخير. على هذا النحو, عدد قواعد البيانات لmiRNAs كتالوج كبير. نصيحة اليوم هو يوم واحد جديد, Reptar, وهو وذكرت في العدد القادم قاعدة NAR. وRepTar المتخصصة تحاول ملء هو الحصول على تنبؤات miRNAs أكثر شمولا بما في ذلك البحوث العلمية الجديدة في خوارزمية. هذه الأبحاث الجديدة تشير إلى أن هناك أكثر المواقع المستهدفة المحتملة مما كان يعتقد سابقا. كما ورد في المادة,

مؤخرا, وتم توسيع الخيارات ميرنا ملزمة أخرى مع تحديد "مواقع محورها", ميرنا وظيفية مواقع المستهدفة التي تفتقر إلى كل من الاقتران بذور الكمال ، والاقتران 3' - التعويضية وبدلا من ذلك المعرض الاقتران هدف على طول 11-12 أزواج متجاورة في مركز ميرنا (4). في حين خففت بعض الخوارزميات التطورية معيار الحفظ (5-11) و / أو تقدم أيضا تنبؤات 3' - التعويضية المواقع [مثل مصاريف. (6,12,13)], قواعد بيانات قليلة تقدم تنبؤات للذخيرة كاملة من أنماط استهداف ميرنا. وعلاوة على ذلك حتى تاريخه, لا توجد قاعدة بيانات الجينوم على نطاق قوائم التنبؤ أهداف الخلوية من miRNAs الفيروسية. هذه miRNAs عدم حفظ تطورية هامة وأهدافها ليست بالضرورة من المتوقع أن يكون الحفظ تطويريا. وبالإضافة إلى ذلك, وقد أظهرت القليلة حددت أهداف كل من ميرنا الفيروسية البذور التقليدية الملزمة والملزمة 3' - التعويضية [مثل مصاريف. (3,14)].

هنا نقدم قاعدة بيانات الجينوم على نطاق التوقعات المستهدفة ميرنا للماوس والجينات البشرية, استنادا إلى التوقعات المستهدفة لدينا رواية الخوارزمية التنبؤ, Reptar

سأترك القيمة التنبؤية حتى الباحثين ميرنا, ولكن اعتقدت يعرض موقع.

بينما أنا في ذلك, اسمحوا لي أن قائمة بضعة مواقع أخرى ميرنا من المعامل والمعاهد حتى النائية مثل الصين, إيطاليا, إسرائيل, وكندا ، والولايات المتحدة. ربما يوما ما سأفعل مقارنة.

CircuitsDB, ولم التي جنيفر عظيم غيض من البرنامج التعليمي في الأسبوع.

miRBase, التي لدينا كامل طول البرنامج التعليمي على.
microRNA.org
HMDD
miRDB
tarBase
miRecords:
PicTar, لديهم لمتابعة الشرح UCSC متصفح الجينوم
miRNA2Disease
PuTmiR (بالنسبة إلى عوامل النسخ)
microRNAdb:

قائمتين للقبض على البعض الآخر: http://mirnablog.com/microrna-target-prediction-tools/ و http://www.ncrna.org/KnowledgeBase/link-database/mirna_target_database

فيل, ن., بيرجر, أ., شين, ه., Hofree, م., مرغليت, ه., & Altuvia, و. (2010). Reptar: وتوقع قاعدة بيانات للأهداف الخلوية المضيفة وmiRNAs الفيروسية أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkq1233