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금요일 SNPpets

이번 주 데이터베이스의 힘을 생각 나게하는 그 이야기 중 하나 포함,,en,신비의 증상과 가진 아이가있는 가족의 진단 오디세이를 참조하십시오,,en,몇 가지 정보를 보았지만 신비의 증상과 의사가있는 자녀와 가족의 진단 오디세이를 참조하십시오,,en,다음 다른 가족들이 답변을 기다리고 연결,,en,알파 트윗 허드슨,,fr,그러나 또한 오용의 어렴풋한 문제있다,,en. See that diagnostic odyssey of a family with a child with mystery symptoms and the doctor who sleuthed out some information–then connected with other families awaiting answers (Hudson Alpha tweet). 그러나 또한 정보의 오용의 어렴풋한 문제있다,,en,이번 주에 두 트윗,,en,더보기,,en,더 게놈,,en,야생 식물입니다,,en,야생 바이러스,,en,야생 조상,,en,Reactome 그래픽 구성 요소는 인기,,en,당신은 그들을 만들 경우,,en,사람들은 그들을 사용,,en,안티 트럼프 과학 시위대는 마지막으로 그들의 철저하게 사실-검사 군중 견적 출시,,en,pic.twitter.com/wX21VKR5XQ,,en,어머니 존스,,en,@MotherJones,,en,이상한 양 그 당황 과학자,,en,@Digg,,en,레이첼 펠트먼,,en,@RachelFeltman,,en,에서 QTLtools,,en,실험실 발표,,en,필수 소프트웨어,,en,이는 가용 스루풋은 GWAS를 위해 무엇 * QTL들입니다,,en, two tweets on that this week. More tools. More genomes. Wild plants, wild viruses, wild ancestors. Reactome graphical components are popular–if you make them, people will use them.


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은 https://twitter.com/genetics_blog/status/867075369643511809A

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주의 비디오 도움말: Plant Reactome at Gramene

gramene_logoReactome is one of our favorite tools to explore pathways. And they cover a wide range of species, which is helpful for many researchers. But there are times when having a topic-specific tool can be even more useful for a research community. Sometimes these types of tools are disease-specific, or in the case of today’s Video Tip of the Week, plant-centric. If you haven’t seen it before, this introduction to Plant Reactome is worth exploring.

In this overview of Plant Reactome, Justin Preece describes the data model to help understand the foundation of Reactome. And then quickly moves into how you can access this tool from the Gramene 포털. There’s guidance on the organization of the interface, and how to access pathways you are interested in. Then there’s an explanation of their process of projecting pathways from well-characterized rice data on to other species that might be less well characterized. They have over 200 curated rice pathways and ongoing curation as well. There are dozens of Arabidopsis curated pathways too. There’s a bit about the move to the new Reactome platform, and analysis tools available with that. There’s an example of time course data shown to illustrate a series of data. The talk touches a little bit on the new main Reactome interface that we also highlighted.

한번 사용해보세요.

빠른 링크:

Plant Reactome directly: http://plantreactome.gramene.org/

Gramene main site: http://www.gramene.org/

Reactome: http://www.reactome.org/

참고 문헌:

Tello-Ruiz, 엠, 맥주잔, 제이, 웨이, 미국, Preece, 제이, 올슨, 대답 :, Naithani, 미국, Amarasinghe, 브이, Dharmawardhana, 추신, Jiao, Y를, Mulvaney, 제이, Kumari, 미국, Chougule, 사장님, Elser, 제이, 왕, B를, Thomason, 제이, Bolser, 디, Kerhornou, 대답 :, Walts, B를, Fonseca, 북아 일, 과수원, 실은, Keays, 엠, 꽝하고 울리게하다, Y를, 파킨슨, 반장님, Fabregat, 대답 :, 맥케이, 미국, Weiser, 제이, D’Eustachio, 추신, 맥주잔, 실은, Petryszak, 기철, 커지, 추신, Jaiswal, 추신, & 사실, 디. (2015). Gramene 2016: comparative plant genomics and pathway resources 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkv1179

Fabregat, 대답 :, Sidiropoulos, 사장님, Garapati, 추신, 길레스피, 엠, Hausmann, 사장님, 산사나무의 열매, 기철, Jassal, B를, Jupe, 미국, Korninger, F., 맥케이, 미국, 매튜스, 실은, 월, B를, Milacic, 엠, Rothfels, 사장님, Shamovsky, 브이, Webber, 엠, Weiser, 제이, 윌리엄스, 엠, 우, 샷, 맥주잔, 실은, Hermjakob, 반장님, & D’Eustachio, 피. (2015). The Reactome pathway Knowledgebase 핵산 연구 간접 자원부: 10.1093/nar/gkv1351

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주의 비디오 도움말: 새로운 Reactome 통로 포털 3.0

new_reactomeThe Reactome pathway browser has long been a favorite of ours. We’ve watched it evolve over the years, and continue to appreciate the organization and features that it provides for exploring pathways and interactions across a range of species.

From the mailing list recently, I learned about a new version of the Reactome Pathway Portal, v3.0, that’s now available for everyone. I’ll post a piece of it here, but you can click through to their announcement for full details.

The Reactome team announces the release of our new pathway browser, accessible through our web site http://www.reactome.org/PathwayBrowser/ . The browser provides faster and more reliable navigation of our content and better access to our analysis tools. Improvements include improved and customizable color schemes, and the ability to search for terms within an individual pathway diagram using names, gene names and identifiers including identifiers for molecules hidden within complexes and molecule sets displayed in the diagram. 브라우저 “back” 및 “forward” buttons allow the user to review every selection made to reach the current view. The level of detail shown in diagrams is zoom-dependent, so recurring small molecules like ATP and water fade out and colored overlays appear to identify subpathways appear as the user zooms out, providing a more legible and informative overview.

So their great foundation remains, but navigation is improved and other features have changed in this update. Delightfully, they have created a short intro video as well, and that becomes our Video Tip of the Week today. 참고: there’s no audio with this, watch for the annotations.

I expect that there will be a paper to come with the new details, but I wasn’t able to locate it just yet. I’ll add back the reference when I find it (및 예, I do trawl the Advance Access section of NAR to see what’s coming in the next database issue pretty regularly….).

빠른 링크:

Reactome main site: HTTP를://www.reactome.org

Reactome new pathway browser: http://www.reactome.org/PathwayBrowser

참조:
집과 잇닿은 작은 농장, 디, Mundo, 대답 :, 산사나무의 열매, 기철, Milacic, 엠, Weiser, 제이, 우, 샷, Caudy, 엠, Garapati, 추신, 길레스피, 엠, Kamdar, 엠, Jassal, B를, Jupe, 미국, 매튜스, 실은, 월, B를, Palatnik, 미국, Rothfels, 사장님, Shamovsky, 브이, 노래, 반장님, 윌리엄스, 엠, Birney, 이봐요, E., Hermjakob, 반장님, 맥주잔, 실은, & D’Eustachio, 피. (2013). The Reactome pathway knowledgebase 핵산 연구, 42 (D1) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkt1102

주의 비디오 도움말: TargetMine, Data Warehouse for Drug Discovery

Browsing around genomic regions, layering on lots of associated data, and beginning to explore new data types I might come across are things that really fire up my brain. 날 위해서, visualization is key to forming new ideas about the relationships between genomic features and patterns of data. But frequently I want to take this to the next step–asking where else these patterns appear, how many other instances of this situation are there in a data set, and maybe adding additional complexity to the problem and refine the quest. This is not always easy to do with primarily visual software tools. This is when I turn to tools like the UCSC 테이블 브라우저, BioMart, 및 InterMine to handle some list of genes, or regions, or features.

We’ve touched on all of these before–sometimes with full tutorial suites (UCSC, BioMart), and sometimes as a 금주의 팁, InterMine복잡한 쿼리에 대한 InterMine. Learning about the foundations of these tools will let you use various versions or flavors of them at other sites. I love to see tools that are re-used for different topics when that’s possible, rather than building a whole new system. There are ModENCODE, 쥐, yeast mines, 더. This week’s tip is about one of those others–TargetMine is built on the InterMine foundation, with a specific focus on prioritizing candidate genes for pharmaceutical interventions. 부터 their site overview, I’ll add this description they use: TargetMine

TargetMine is an integrated data warehouse system which has been primarily developed for the purpose of target prioritisation and early stage drug discovery.

For more details about their framework and philosophy, you should see their papers (아래 링크). The earlier one sets out the rationale, the data types, and the data sources they are incorporating. They also establish their place in the ecosystem of other databases in this arena, which helps you to understand their role. But you should see the next paper for a really good grasp of how their candidate prioritization work with the “Integrated Pathway Clusters” concept they’ve added. They combined data from KEGG, Reactome, 및 NCI’s PID collections to enhance the features of their data warehouse system.

This week’s Video Tip of the Week highlights one of the tutorial movies that the TargetMine team provides. There’s no spoken audio with it, but the captions that help you to understand what’s going on are in English. I followed along on a browser with their example–they have a sample list to simply click on, and you can see various enrichments of the sets–경로, 유전자 온톨로지, Disease Ontology, InterPro, CATH, and compounds. They call these the “biological themes” and I find them really useful. You can create new lists from these theme collections. They also illustrate the “template” option–pre-defined queries with typical features people may wish to search. The example shows how to go from the list of genes you had to pathways–but there are other templates as well.

Another section of the video has an example of a custom query with the Query Builder. They ask for structural information for proteins targeted by acetaminophen. It’s a nice example of how to go from a compound to protein structure–a question I’ve seen come up before in discussion threads.

In their more recent paper (also below), they have some case studies that illustrate the concepts of prioritizing targets for different disease situations with their system. They also expand on the functions with additional software to explore the pathways: http://targetmine.mizuguchilab.org/pathclust/ .

So have a look at the features of TargetMine for prioritization of candidate genes. I think the numerous “themes” are a really useful way to assess lists of genes (or whatever you are starting with).

빠른 연결:

TargetMine: http://targetmine.mizuguchilab.org/ [참고: their domain name has changed since the publications, this is the one that will persist.]

InterMine: http://intermine.github.io/intermine.org/

참고 문헌:

첸, Y를, Tripathi, 실은, & 미즈 구치, C 조. (2011). TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery PLoS 하나, 6 (3) 간접 자원부: 10.1371/journal.pone.0017844

첸, Y를, Tripathi, 실은, Dessailly, B를, Nyström-Persson, 제이, 아마드, 미국, & 미즈 구치, C 조. (2014). Integrated Pathway Clusters with Coherent Biological Themes for Target Prioritisation PLoS 하나, 9 (6) 간접 자원부: 10.1371/journal.pone.0099030

Kalderimis A., 연구. 라인, 디. Butano, S. Contrino, M. 라인, Kokocinski. Heimbach, F 조. 후, 연구. 스미스, 연구. Stěpán, Kokocinski. 설리반 & G 조. Micklem & (2014). InterMine: extensive web services for modern biology, 핵산 연구, 42 (W1) W468-W472. 간접 자원부: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku301

금요일 SNPpets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

  • ROFL: 실시간 @ madkayaker: 생물 정보학 교수: “우리가 코카인을 얻을 수 있도록 몇 가지 물건을 건너거야…운동.” 최고의 마지막으로 할 말은 적. [메리]
  • 보도 자료 기반 이야기 베스트 라인 나도 봤어 evah: “어떤 사람들은 굉장히 큰 공룡이 작은 두뇌를했음을 알아냈습. 아니면 요리 실력이 부족.” 부터 유전자 분석 내역을 밝히지, 고대 진미의 진화 — Morels 팁했습니다 @ franknfoode [메리]
  • 실시간 @ kdpru: NCBI의 업데이트된 Bookshelp도 꽤 괜찮습니다. 힌트: 찾아보기 onType 필터링하여 = 설명서를 NCBI 자원 문서를 찾을 수 & 출판사 = NCBI [메리]
  • 실시간 @ Chris_Evelo: 지금 WikiPathways 생활에 Reactome 웹사이트! http://reactome.wikipathways.org [메리]
  • 오, 남자, 어떤 날은 균열을 날 트위터. 그 아주 주: 실시간 @ lipscombe1: 나는 '벌거벗은 뒤쥐의 게놈'을 구글로 내 고용주의 컴퓨팅 부서에서 경고를 가지고. 지구에서 덜 성적인 매력적인 일이 있어요? [메리]

Reactome은 입력 싶습니다 – 사용자 설문 조사 & T 셔츠

지난주의 일부가 참석 할 수 있습니다 Reactome 웹 세미나 메리와 함께 & 저기 멋진 새 기능 중 일부에 대해서는 및 들었. 난 이미 탐험했다 & 저는 현재 업데이 트이기 때문에 인터페이스 업데이 트를 테스트 Reactome에 대한 완전한 튜토리얼, 하지만 웹 세미나 내가 '바로 물건을'때리는 것을 좋은 확인했습니다. 웹 세미나가 녹음되어 곧 출시한다, 당신이 조정된 웹 세미나 숙박을 놓친 그렇다면 & 그것을 확인할 때 사용할 수. 나는 그것이 재미 있다고 생각 – 그것은 더 많은 배경을 제공합니다 & 이론 Reactome, 플러스 몇 가지 사례 연구. 우리 자습서보다 실무에, 많이 사용하는 방법을 단계별로 탐사, 전부는 아니지만, Reactome의 기능 때문에 웹 세미나 및 튜토리얼은 정말 잘 서로를 보완, 제 생각에는.

하지만 아직 T - 셔츠에 확보하지 못했어요 – 내 실수야. 웹 세미나가 Reactome를 탐험하기 때문에 모두가 이제 일주일왔다 & Reactome 팀이 귀하의 의견을 공유할 준비가되어 주길 바라고 있습니다, 제안하고 그들과 아이디어. '격려로’ 그들은 최대 제공하고 있습니다 5 Reactome 무작위 설문 조사 참가자들에게 티셔츠. 여기에 우리가 로빈에서 가져온 것을 조사 선언에 대한 호출의:

우리는 Reactome을 평가에 도움을 주셔서 감사합니다. 귀하의 답변은 우리에게 Reactome 웹사이트 및 도구의 효과의 표시를 줄 것이다, 개선이 이루어질 수있는 분야. 저희는 귀하의 배경 및 연구 관심 분야에 대해 조금 알고 귀하의 서면 의견과 제안을 환영하고 싶습니다.

설문 조사에 대해 소요됩니다 5 완료 분. 귀하가 제공하는 정보는 공개하지 않았다 또는 제 3 자와 공유되지 않습니다.

설문 조사 참여는 선택 사항입니다. 그러나, 설문 조사를 완료 오 행운의 참가자들은 T - 셔츠 Reactome를 받게됩니다.

당신은 설문 조사에 액세스할 수 있습니다: https://www.surveymonkey.com/s/RV63355

부분을​​ 내주셔서 감사합니다.

감사합니다,
로빈 올라가자

로빈 올라가자, 박사
과학 부교수
Reactome 공익 사업의 관리자

암 연구를위한 온타리오 연구소
MARS 센터, 사우스 타워
101 칼리지 스트리트, 스위트 800
토론토, 온타리오, 캐나다 M5G 0A3

확실히 조사를 할것입니다, 그래서 아마 메리 것입니다. 내가 공유하는 몇 가지 생각을 해 & 많은 사람들이 무슨 짓을했는지에 대한 보완. 손가락들이 많은 피드백을 얻을 교차 & 티셔츠 몇 가지가 통과를 찾을 수 – 우리 모두가 Reactome 간판을 걸어 수있다면 멋질 것 같지 않아? :)

Reactome 웹 세미나가 오는; 수요일 Feb 2

우리는 도로에서 워크샵을하고 지난 주에 있었다, 그래서이 이제 며칠 나이. 그러나 GO 친구 메일링리스트에없는 경우에는 그것이 당신의 새로운 가능성. 에 대한 빠른 단어 친구 목록 GO: 많은 도구는 유전자 온톨로지에 의존하고 이동을 구성 요소의 몇 가지 종류를 가지고 있기 때문에, 해당 메일링리스트에 와서 일을 꽤 다양한있다. 이 글 개발자 GO위한 것만이 아니라. 당신은 그것을 확인해 수도 있습니다.

어쨌든, 제가 오늘에 집중하려고하면 향후에 대해 공지합니다 Reactome 웹 세미나. 인터페이스에 큰 변화가 있었다, 하지만 기본 냉정과 모든 생물 학적 경로의 높은 품질이 그대로 유지, 물론! Reactome 우리가 오랫동안 사랑 도구입니다, 그리고 우리는 다음 업데이 트에 대한 주위 Reactome 사람과 조정했습니다 우리의 튜토리얼. 이제 우리는 업데이 트에 최선을 다하고 있습니다.

당신이 원한다면 Reactome에 대한 자세한 내용과 이러한 새로운 변경 내용, 곧 웹 세미나가있을거야. 당신은 등록해야, 그리고는 여기에 세부 사항 중 일부를주지. 에 반하고 친구 메시지 링크를 GO 나머지를 볼.

온타리오 게놈 연구소 (법률) 암 연구를위한 온타리오 연구소 (OICR) 공동 호스팅하는 한 시간 웹 컨퍼런스 / Reactome 패스 데이터베이스에 대한 웹 세미나 (http://www.reactome.org) - 자유롭게 사용할 수, 핵심 생물 학적 경로의 수동 curated 리소스. Reactome 데이터베이스 대사의 기본 경로에서 같은 GPCR 신호 및 apoptosis와 같은 복잡한 사건에 이르기까지 인간 생물학의 영역을 캡슐 경로 데이터를 제공합니다.

이것은 후속 웹 세미나는보다 직관적인 사용자 인터페이스 및 데이터 분석 도구의 새로운 제품군으로 업데이트 웹 사이트를 소개합니다. 여러 연구 그룹에서 사례 연구를 통해이 데이터베이스를 사용하는 방법을 배우게.

프레 젠 테이션은 박사에 의해 주어집니다. 로빈 올라가자, Reactome 공익 사업의 관리자, OICR, 그리고에 대한 업데이트된 Reactome 리소스를 사용하는 방법을 다룰 것입니다:

• 탐색 및 경로의 지식을 검색,
• 네트워크 및 경로 데이터를 통합,
• 실험 데이터 세트를 분석 패스와 표현 분석 도구를 사용하여,
• Reactome BioMart와 실험 데이터 세트에 주석을,
Reactome 기능성 상호 작용 네트워크 Cytoscape 플러그인을 사용하여 암 및 기타 질병에 관한 • 발견 네트워크 패턴,
• Reactome 데이터 및 분석 도구를 이용 사례를 소개합니다.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

등록 정보에 대한 링크로 이동. 나는 듣고있을 거예요 (우리는 그날 워크샵을 예약하지 않은 경우!)

뉴 Reactome 릴리스 오늘 발표

메리는 새로운 대한 발표도 Reactome 을 통해 오늘 릴리즈 메일링리스트를 Gofriends. 넌 할 수 발표를 읽으, 나는 여기 릴리스 내 간략한 분석을 공유하는 겁니다. 나는 새로운 기능이 오후 놀았던.


당신이 릴리스를 확인하는 경우, 필자가 포함되어 이미지를 검사, 당신은 홈페이지가 크게 변경되었습니다 것을 즉시 알 수. 홈페이지 이전에 그 밑에 거대한 인터랙티브지도와 superpathways의 목록을 표시, 상단 네비게이션 옵션. 홈페이지는 이제 정보 소스가 아닌 경로에 즉각적인 항목이 훨씬 더. 상단의 탐색 탭을 많이 같은 도구를 사용하여 계속 사용할 수 있습니다, SkyPainter 도구는 더 이상 나열되지 않습니다 제외. 페이지의 주요 패널은 이제 정보 '를 포함’ 지역, 달의 경로 '의 이미지’ (어떤은 경로 표시에 즉각 액세스 클릭 수), 그리고 뉴스 및 메모 구역. 왼쪽에서 키워드 검색 창에 새로운 탐색 영역입니다, 도구 버튼 (경로 브라우저, 패스 분석, 종 비교와 표현 분석), 다음 여러 다운로드 옵션, '이 시도’ 경로 분석 도구 인터페이스로 이동 영역, 과 지역의 새로운 릴리스에 대한 귀하의 의견을 추가.

새로운 경로 브라우저 인터페이스 왼쪽 패널리스트 경로로 열립니다, 그리고 비어있는 오른쪽 패널. 모든 원하는 경로에 사용자가 클릭 & 다음은 메인 패널에 표시하려는 subpathway을 선택. 주요 패널 경로의 분야에서 확대 표시됩니다. 또한 작은 패널은 전체 경로의 개요 이미지 목록과 경로 패널 사이에 열립니다. 이것은 큰의 경로의 원하는 지역으로 이동하는 데 사용할 수 있습니다, 패널의 확대. 분석의 다양한도 있습니다, 왼쪽 패널에서 탭에서 제공 주석 및 업로드 기능, 및 세부 정보 보고서가 낮은으로 열 수 있습니다 (4일) 작은 화살표 머리를 클릭하여 패널.

The 경로 분석 도구 SkyPainter 도구를 교체해야 나타납니다. SkyPainter와 마찬가지로 그것은 ID의 목록을 소요 & 관련 경로들을 분석. 동안 이상의 표현 통로와 표현 통로를 통해 통계적으로 나와있는 SkyPainter 도구는 색상 코딩된 경로 다이어그램, 분석 도구는 사용자 ID 목록의 각 유전자 또는 단백질에 대한 모든 관련 경로의 목록을 제공합니다. 보고서에서 사용자가 경로 브라우저로 연결할 수하면 더 개별적인 경로를 탐험 표시.

The 종 비교표현 분석 도구는 사용자가 두 가지 종의 전체 경로를 비교할 수, 또는 경로 이미지로 표현 데이터를 매핑. 모두 당신이 누를 수 예제 데이터 세트를 & 실행. 기타 강력한 도구, 이러한 고급 검색으로, BioMart 검색 기능, 탐험자 및 중소 분자 검색 모두 사용할 수 있도록 표시하고 주로 변경, 어떤 멋지다.

우리는 물론 업데이 트됩니다 우리의 전체 Reactome 자습서 상세 변경 사항을 반영하기 위해 – 우리가 확실하게 릴리스 시간의 조금을 준 이후 모든 안정. :)

금주의 팁: 경로 데이터 PathCase

우리는 게놈 데이터를 탐험 많은 시간을 보내고, 유사, 와 주석. 물론 유전자와 순서에 선형 관점의 데이터를 검사하는 유일한 방법은 아닙니다. 유전자와 분자 기관 상호 작용하는 경로를 이해하는 것은 이해 시스템 생물학에 중요합니다.

이 종류의 데이터를 시각화하고 탐색하는 데 도움이 될 수 있습니다 여러 가지 도구가 있습니다. KEGG 생물 정보학에서 가장 오래된 도구 중 하나입니다, BioCyc 잘 알려진 데 사용됩니다, Reactome 우리의 즐겨찾기 중 하나입니다. 최근에 NCBI BioSystems 함께왔다, 그리고 BioModels EBI에서 도구뿐만 아니라 이러한 유형의 더 많은 데이터를 제공합니다. 경로의 상호 작용 데이터베이스 시도 또 다른 장소입니다. 당신이 찾을 수있을 것이 각각 다른 중점을 가지고있다는 사실이다, 종 초점이나 데이터를 사용할 수 세트, 그리고 다른 도구는 그래픽 데이터베이스를 표시하는 데 사용할. 데이터와 사용자 정의하거나 상호 작용하는 방법은 잘 달라집니다. 그래서 당신은 당신의 목적을 위해 당신이 원하는 하나를 찾기 위해 몇 가지를 시도해야 할 수 있습니다.

그러나 일주일 오늘의 팁 제가 강조 표시됩니다 PathCase, 케이스 웨스턴 리저브 대학에서 경로의 데이터베이스 시스템. 이 년간의 번호에 나는 나의 눈을 했어 도구, 그리고 그들은 매우 정중하게 완료 자신의 시각화 및 검색 인터페이스에 새로운 기능 및 데이터 집합을 추가하려면 계속.

PathCase 당신에게 검색과 경로를 검색하는 몇 가지 방법을 제공합니다, 프로세스, 생물, 또한 분자 단체 (이러한 ATP로, 이온, 등등) 뿐만 아니라 유전자 및 단백질. 이것은 모든 시스템에 통합, 그래서 당신이 관심있는 품목을 찾아 낼 때, 당신은 다른 조각을 이동할 수 있습니다. 예를 들어, 경로에서이 유전자를 찾아 유전자에 대해 자세히 알아볼 수 있습니다. 유전자에서 그들이 참여하는 경로를 로드할 수 있습니다.

당신은 경로 그래픽이 로드된 경우, 를 클릭하여 해당 경로와 상호 작용 할 수, 드래그, 다시 조직 및 기타. 마우스 오른쪽 단추로 클릭하면 항목과 데이터를 시각화하는 방법에 대한 자세한 내용을 제공합니다. 나는 영화에 표시할 시간이 없었 하나의 옵션은 여러분이보고있는 한 연결된 경로를로드하고 그 최대를로드 H20/CO2 상자를 사용할 수있다는 것입니다, 당신이 관심을 가질만한 어떤 경로를 따라 더욱 것. 여기있는 단지 간단한 샘플입니다: NARS2 유전자 페이지에서 내가 알라닌 통로를로드, 다음 지방산 대사 경로를 추가. 지금은 모든 표준 PathCase 도구를 둘 다를 탐험하고 관계의 많은 이해할 수. 일단 당신이 복잡한 시각화가 가능 방법에 대해 놀랄 이러한 경로를 탐색 시작.

당신이 생물 학적 경로에 관심이있다면, 그들을 탐험하고 그들을 대표하는, PathCase 체크 아웃.

PathCase 사이트: http://nashua.cwru.edu/pathwaysweb/

참조:
엘리엇, B를, Kirac, 엠, Cakmak, 대답 :, 천천히, 샷, 메이 예스, 미국, ChengHirsch, 이봐요, E., 왕, Y를, 굽​​타, C., Ozsoyoglu, 샷, & Meral Ozsoyoglu, Z. (2008). PathCase: 경로 데이터베이스 시스템 생물 정보학, 24 (21), 2526-2533 간접 자원부: 10.1093/bioinformatics/btn459

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오신 것을 환영 금요일 기능 링크 덤프: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

http://genome.hmgc.mcw.edu/
http://genome-mirror.duhs.duke.edu/
http://genome-mirror.bscb.cornell.edu/
http://genome-mirror.binf.ku.dk/
http://genome.qfab.org/