Tag Archives: Reactome

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SNPpets vendredi

Cette semaine comprend une de ces histoires qui me rappelle la puissance des bases de données,,en,Voir qu'Odyssey diagnostic d'une famille avec un enfant présentant des symptômes de mystère et le médecin qui sleuthed quelques informations,,en,puis connecté à d'autres familles en attente de réponses,,en,Hudson Alpha tweet,,fr,Mais il y a aussi les problèmes qui se profilent d'une mauvaise utilisation de l'information,,en,deux tweets sur cette semaine,,en,autres outils,,en,plus de génomes,,en,Plantes sauvages,,en,virus sauvages,,en,ancêtres sauvages,,en,composants graphiques Reactome sont populaires,,en,si vous les faites,,en,les gens vont les utiliser,,en,Anti-Trump science Manifestants finalement publié leurs estimations de foule soigneusement vérifié Fact-,,en,pic.twitter.com/wX21VKR5XQ,,en,Mother Jones,,en,@MotherJones,,en,Le mouton est étrange que baffles scientifiques,,en,@Digg,,en,Rachel Feltman,,en,@RachelFeltman,,en,QTLtools de,,en,laboratoire publié,,en,logiciels essentiels,,en,Ceci est pour * QTL ce que Plink était pour GWAS,,en. See that diagnostic odyssey of a family with a child with mystery symptoms and the doctor who sleuthed out some information–then connected with other families awaiting answers (Hudson Alpha tweet). But then there’s also the looming issues of misuse of information, two tweets on that this week. More tools. More genomes. Wild plants, wild viruses, wild ancestors. Reactome graphical components are popular–if you make them, people will use them.


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


https://twitter.com/genetics_blog/status/867075369643511809A

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Astuce Vidéo de la semaine: Plant Reactome at Gramene

gramene_logoReactome est l'un de nos outils préférés à explorer les voies. Et ils couvrent un large éventail d'espèces, qui est utile pour de nombreux chercheurs. Mais il ya des moments où avoir un outil spécifique-sujet peut être encore plus utile pour une communauté de recherche. Parfois, ces types d'outils sont spécifiques à la maladie, ou dans le cas de la vidéo d'aujourd'hui Astuce de la semaine, plante-centric. Si vous ne l'avez pas vu avant, cette introduction à Reactome Plant est la peine d'explorer.

Dans cet aperçu de Reactome usine, Justin Preece décrit le modèle de données pour aider à comprendre le fondement de Reactome. Et puis se déplace rapidement dans la façon dont vous pouvez accéder à cet outil à partir de la GRAMENE Portail. Il ya des conseils sur l'organisation de l'interface, et comment accéder aux voies vous êtes intéressé à. Ensuite, il ya une explication de leur processus de projection voies à partir de données de riz bien caractérisé à d'autres espèces qui pourraient être moins bien caractérisée. Ils ont plus 200 voies de riz le commissariat et la conservation continue ainsi. Il ya des dizaines de Arabidopsis organisée voies trop. Il ya un peu plus sur le passage à la nouvelle plate-forme Reactome, outils d'analyse disponibles et avec qui. Il ya un exemple de données de cours de temps montré pour illustrer une série de données. L'entretien touche un peu sur ta nouvelle interface principale Reactome que nous avons également mis en évidence.

Essayez-le.

Liens rapides:

Reactome Plant directement: http://plantreactome.gramene.org/

Site principal GRAMENE: http://www.gramene.org/

Reactome: http://www.reactome.org/

Références:

Tello-Ruiz, M., Stein, J., Wei, S., Preece, J., Olson, A., Naithani, S., Amarasinghe, V., Dharmawardhana, P., Jiao, Y., Mulvaney, J., Kumari, S., Le buy, K., Concessionnaire, J., Wang, B., Thomason, J., Bolser, D., Kerhornou, A., Walts, B., Fonseca, N., Orchard, L., Keays, M., Tang, Y., Parkinson, H., Fabregat, A., McKay, S., Weiser, J., D’Eustachio, P., Stein, L., Petryszak, R., Kersey, P., Jaiswal, P., & Ware, D. (2015). GRAMENE 2016: comparative génomique des plantes et des ressources de la voie Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/grenade / gkv1179

Fabregat, A., Sidiropoulos, K., Garapati, P., Gillespie, M., Hausmann, K., Haw, R., Jassal, B., Jupe, S., Korninger, F., McKay, S., MatthewDenoeud>, N., Dickson, M., Thomas, D., Weirauch, M., Stamatoyannopoulos "id =" Noble "dataReymond" R2lsYThurman "data source =" "> Gilbert, L., Mai, B., Milacic, M., Rothfels, K., Shamovsky, V., Webber, M., Weiser, J., Williams, M., Wu, G., Stein, L., Hermjakob, H., & D’Eustachio, P. (2015). La voie de connaissances Reactome Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/grenade / gkv1351

new_reactome

Astuce Vidéo de la semaine: New Reactome Pathway Portal 3.0

new_reactomeL' Reactome pathway browser has long been a favorite of ours. We’ve watched it evolve over the years, and continue to appreciate the organization and features that it provides for exploring pathways and interactions across a range of species.

From the mailing list recently, I learned about a new version of the Reactome Pathway Portal, v3.0, that’s now available for everyone. I’ll post a piece of it here, but you can click through to their announcement for full details.

The Reactome team announces the release of our new pathway browser, accessible through our web site http://www.reactome.org/PathwayBrowser/ . The browser provides faster and more reliable navigation of our content and better access to our analysis tools. Improvements include improved and customizable color schemes, and the ability to search for terms within an individual pathway diagram using names, gene names and identifiers including identifiers for molecules hidden within complexes and molecule sets displayed in the diagram. Le navigateur “back” et “forward” buttons allow the user to review every selection made to reach the current view. The level of detail shown in diagrams is zoom-dependent, so recurring small molecules like ATP and water fade out and colored overlays appear to identify subpathways appear as the user zooms out, providing a more legible and informative overview.

So their great foundation remains, but navigation is improved and other features have changed in this update. Delightfully, they have created a short intro video as well, and that becomes our Video Tip of the Week today. Remarque: there’s no audio with this, watch for the annotations.

I expect that there will be a paper to come with the new details, but I wasn’t able to locate it just yet. I’ll add back the reference when I find it (et oui, I do trawl the Advance Access section of NAR to see what’s coming in the next database issue pretty regularly….).

Liens rapides:

Reactome main site: http://www.reactome.org

Reactome new pathway browser: http://www.reactome.org/PathwayBrowser

Référence:
Petite ferme, D., Mundo, A., Haw, R., Milacic, M., Weiser, J., Wu, G., Caudy, M., Garapati, P., Gillespie, M., Kamdar, M., Jassal, B., Jupe, S., MatthewDenoeud>, N., Dickson, M., Thomas, D., Weirauch, M., Stamatoyannopoulos "id =" Noble "dataReymond" R2lsYThurman "data source =" "> Gilbert, L., Mai, B., Palatnik, S., Rothfels, K., Shamovsky, V., Chanson, H., Williams, M., Birney, E., Hermjakob, H., Stein, L., & D’Eustachio, P. (2013). The Reactome pathway knowledgebase Nucleic Acids Research, 42 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkt1102

Astuce Vidéo de la semaine: TargetMine, Data Warehouse for Drug Discovery

Browsing around genomic regions, layering on lots of associated data, and beginning to explore new data types I might come across are things that really fire up my brain. Pour moi, visualization is key to forming new ideas about the relationships between genomic features and patterns of data. But frequently I want to take this to the next step–asking where else these patterns appear, how many other instances of this situation are there in a data set, and maybe adding additional complexity to the problem and refine the quest. This is not always easy to do with primarily visual software tools. This is when I turn to tools like the Table Browser UCSC, BioMart, et InterMine to handle some list of genes, or regions, or features.

We’ve touched on all of these before–sometimes with full tutorial suites (UCSC, BioMart), and sometimes as a Astuce de la semaine, InterMine et InterMine pour les requêtes complexes. Learning about the foundations of these tools will let you use various versions or flavors of them at other sites. I love to see tools that are re-used for different topics when that’s possible, rather than building a whole new system. There are ModENCODE, rat, yeast mines, et plus. This week’s tip is about one of those others–TargetMine is built on the InterMine foundation, with a specific focus on prioritizing candidate genes for pharmaceutical interventions. De their site overview, I’ll add this description they use: TargetMine

TargetMine is an integrated data warehouse system which has been primarily developed for the purpose of target prioritisation and early stage drug discovery.

For more details about their framework and philosophy, you should see their papers (lien ci-dessous). The earlier one sets out the rationale, the data types, and the data sources they are incorporating. They also establish their place in the ecosystem of other databases in this arena, which helps you to understand their role. But you should see the next paper for a really good grasp of how their candidate prioritization work with the “Integrated Pathway Clusters” concept they’ve added. They combined data from KEGG, Reactome, et NCI’s PID collections to enhance the features of their data warehouse system.

This week’s Video Tip of the Week highlights one of the tutorial movies that the TargetMine team provides. There’s no spoken audio with it, but the captions that help you to understand what’s going on are in English. I followed along on a browser with their example–they have a sample list to simply click on, and you can see various enrichments of the sets–voies, Gene Ontology, Disease Ontology, InterPro, CATH, and compounds. They call these the “biological themes” and I find them really useful. You can create new lists from these theme collections. They also illustrate the “template” option–pre-defined queries with typical features people may wish to search. The example shows how to go from the list of genes you had to pathways–but there are other templates as well.

Another section of the video has an example of a custom query with the Query Builder. They ask for structural information for proteins targeted by acetaminophen. It’s a nice example of how to go from a compound to protein structure–a question I’ve seen come up before in discussion threads.

In their more recent paper (also below), they have some case studies that illustrate the concepts of prioritizing targets for different disease situations with their system. They also expand on the functions with additional software to explore the pathways: http://targetmine.mizuguchilab.org/pathclust/ .

So have a look at the features of TargetMine for prioritization of candidate genes. I think the numerous “themes” are a really useful way to assess lists of genes (or whatever you are starting with).

Liens rapides:

TargetMine: http://targetmine.mizuguchilab.org/ [Remarque: their domain name has changed since the publications, this is the one that will persist.]

InterMine: http://intermine.github.io/intermine.org/

Références:

Chen, Y., Tripathi, L., & Mizuguchi, C. (2011). TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery PLoS ONE, 6 (3) DOI: 10.1371/journal.pone.0017844

Chen, Y., Tripathi, L., Dessailly, B., Nyström-Persson, J., Ahmad, S., & Mizuguchi, C. (2014). Integrated Pathway Clusters with Coherent Biological Themes for Target Prioritisation PLoS ONE, 9 (6) DOI: 10.1371/journal.pone.0099030

Kalderimis A., R. Lyne, D. Butano, S. Contrino, M. Lyne, J. Heimbach, F. Hu, R. Smith, R. Stěpán, J. Sullivan & G. Micklem & (2014). InterMine: extensive web services for modern biology, Nucleic Acids Research, 42 (W1) W468-W472. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku301

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • ROFL: RT @ Madkayaker: professeur de bio-informatique: “Nous allons faire l'impasse sur certaines choses que nous puissions rendre à la cocaïne…exercice.” Best dernier mot jamais. [Mary]
  • Best ligne dans une histoire basée sur le communiqué de presse que je evah vu: “Qui prouve assez bien que les dinosaures avaient petits cerveaux. Ou manquent de compétences culinaires.” De L'analyse génétique révèle Histoire, Evolution d'une délicatesse Ancient — Morilles pointe a @ Franknfoode [Mary]
  • RT @ Kdpru: Bookshelp jour NCBI est très agréable. ASTUCE: Parcourir pour trouver de la documentation des ressources NCBI par filtrage onType = Documentation & Editeur = NCBI [Mary]
  • RT @ Chris_Evelo: site Reactome à la vie WikiPathways maintenant! http://reactome.wikipathways.org [Mary]
  • Oh, l'homme, quelques jours twitter me fissures jusqu'à. Bien que pour la semaine: RT @ Lipscombe1: J'ai reçu un avertissement de l'informatique de mon employeur que je dept googlé "génome nu Mole Rat '. Y at-il quelque chose de moins sexuellement attrayante sur Terre? [Mary]

Reactome souhaitez que votre entrée – Sondage auprès des utilisateurs & T-shirts

La semaine dernière, certains d'entre vous ont assisté à la Reactome webinaire avec Marie & J'ai entendu parler et quelques-unes des nouvelles fonctionnalités, là-bas. J'avais déjà exploré & test des mises à jour d'interface parce que je suis actuellement à jour notre tutoriel complet sur Reactome, mais le webinaire a été une confirmation de Nice que j'ai été frapper le 'Right Stuff ». Le webinar a été enregistré et devrait être publié prochainement, donc si vous avez raté le séjour webinaire à l'écoute & check it out lorsque disponible. J'ai pensé qu'il était intéressant – il fournit plus de fond & théorie sur Reactome, ainsi que quelques études de cas. Notre tutoriel est plus pratique, étape par étape, l'exploration de la façon d'utiliser de nombreux, mais pas tous, des fonctions Reactome tellement le webinaire et notre tutoriel vraiment se complètent très bien, à mon avis.

Mais je n'ai pas eu le t-shirt encore – mon mauvais. Chacun a maintenant eu une semaine depuis le webinaire d'explorer Reactome & l'équipe Reactome espère que vous êtes prêt à partager vos pensées, des suggestions et des idées avec eux. Comme un encouragement "’ Ils offrent jusqu'à 5 Reactome t-shirts aux participants du sondage aléatoire. Voici l'appel à la preneurs d'enquête que nous avons obtenu de Robin:

Nous apprécions votre aide dans l'évaluation de Reactome. Vos réponses nous donnera une indication de l'efficacité du site et des outils Reactome, et de domaines où des améliorations pourraient être apportées. Nous aimerions en savoir un peu sur vos antécédents et intérêts de recherche et d'accueillir vos commentaires et des suggestions écrites.

L'enquête devrait prendre environ 5 minutes à remplir. Les informations que vous fournissez ne seront jamais rendus publics ou partagés avec des tiers.

La participation à l'enquête est facultative. Cependant, cinq participants chanceux qui complète l'enquête recevront un t-shirt Reactome.

Vous pouvez accéder au sondage à: https://www.surveymonkey.com/s/RV63355

Merci pour avoir pris part.

Cordialement,
Robin Haw

Robin Haw, PhD
Scientifique adjoint
Responsable des Reactome Outreach

L'Ontario Institute for Cancer Research
Centre MaRS, Tour Sud
101 College Street, Suite 800
Toronto, L'Ontario, Canada M5G 0A3

Je vais certainement prendre part au sondage, donc probablement Mary. J'ai quelques réflexions à partager & beaucoup de compléments sur ce qu'ils ont fait. Croisons les doigts qu'ils obtiennent beaucoup de commentaires & trouver un peu plus t-shirts pour passer à – ça ne serait pas cool si nous pouvions tous être marcher panneaux Reactome? :)

Reactome Webinar venir jusqu'à; Mer Fév 2

Nous étions sur la route la semaine dernière faire des ateliers, c'est donc un vieux de quelques jours maintenant. Mais si vous n'êtes pas sur la liste de diffusion GO amis, il est possible que c'est nouveau pour vous. Un petit mot sur GO liste d'amis: parce que les outils tant de s'appuyer sur Gene Ontology et avoir une sorte de composants GO, il ya tout un éventail de choses qui viennent sur cette liste de diffusion. Ce n'est pas seulement pour les développeurs GO soi. Vous pouvez le vérifier.

De toute façon, ce que je voulais me concentrer sur aujourd'hui est le présent avis sur la prochaine Reactome webinaire. Il ya eu de gros changements dans l'interface, mais la fraîcheur sous-jacente et la haute qualité de toutes ces voies biologiques reste intact, bien sûr! Reactome est un outil que nous avons aimés pendant une longue période, et nous avons coordonné avec les gens autour de la Reactome prochaines mises à jour pour les notre tutoriel. Nous travaillons sur cette mise à jour maintenant.

Si vous voulez en savoir plus sur Reactome et ces nouvelles modifications, il va y avoir bientôt un webinaire. Vous devez vous inscrire, et je vais seulement donner quelques détails ici. Rendez-vous sur le GO lien message Amis pour voir le reste.

L'Ontario Genomics Institute (OGI) et de l'Ontario Institute for Cancer Research (UCI) sont co-organise un un heure web de la conférence / séminaire en ligne sur la base de données Pathway Reactome (http://www.reactome.org) - Un libre accès, ressource manuellement-commissaire du noyau voies biologiques. La base de données offre les données Reactome voie encapsulant les domaines de la biologie humaine allant de voies du métabolisme de base à des événements complexes telles que signalisation des RCPG et l'apoptose.

Ce suivi webinaire présentera le site internet mis à jour avec une interface utilisateur plus intuitive et une nouvelle suite d'outils d'analyse de données. Apprenez à utiliser cette base de données à travers des études de cas de divers groupes de recherche.

La présentation sera donnée par le Dr. Robin Haw, Responsable des Reactome Outreach, UCI, et portera sur la façon d'utiliser la ressource Reactome mis à jour pour:

• La navigation et la recherche de connaissances voie,
• Intégrer les données du réseau et la voie,
• Utilisation des sentiers et des outils d'analyse d'expression pour analyser des ensembles de données expérimentales,
• Annotation des ensembles de données expérimentales avec Reactome BioMart,
• Découvrir les modèles de réseau liés au cancer et autres maladies en utilisant les Reactome Cytoscape fonctionnelle réseau d'interaction de plug-in,
• Présentation de cas d'utilisation pour les données et les outils d'analyse Reactome.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

Allez au lien pour les détails d'inscription. Je vais être à l'écoute de (si nous ne faisons pas planifier un atelier pour ce jour!)

Nouvelle sortie annoncée aujourd'hui Reactome

Mary a obtenu une annonce concernant une nouvelle Reactome communiqué aujourd'hui par la Gofriends liste de diffusion. Vous pouvez lire l'annonce, et je vais partager mon analyse sommaire de la version ici. Je joue avec les nouvelles fonctions cet après-midi.


Si vous consultez le communiqué, ou d'examiner l'image que j'ai inclus, vous remarquerez immédiatement que la page d'accueil a été sensiblement modifié. La page d'accueil affichée précédemment une immense carte interactive et une liste des superpathways en vertu de cette, avec des options de navigation le long du sommet. La page d'accueil est maintenant beaucoup plus une source d'information plutôt que d'une entrée immédiate dans les voies. Les onglets de navigation du haut sont encore disponibles avec beaucoup des mêmes outils, l'exception de l'outil SkyPainter n'est plus. Le panneau principal de la page contient désormais un «A propos’ zone de, une image de "la voie du mois’ (qui peut être cliqué pour un accès immédiat à l'affichage de la voie), et une zone Notes et Nouvelles. Sur la gauche est une nouvelle zone de navigation avec une fenêtre recherche par mot clé, boutons à outils (Pathway navigateur, Pathway Analysis, Comparaison des espèces et analyse de l'expression), alors les options de téléchargement multiples, un «essayez ceci’ zone qui vous emmène à l'interface de l'outil d'analyse Pathway, et une zone pour ajouter vos commentaires sur la nouvelle version.

La nouvelle L'interface du navigateur Pathway s'ouvre avec une liste des voies gauche du panneau, et le panneau de droite vide. Un utilisateur clique sur une voie désirée & sélectionne ensuite le subpathway qu'ils veulent être affichés dans le panneau principal. Le panneau principal affiche un zoom dans la zone de la voie. En outre, un minuscule panneau s'ouvre entre la liste et le panneau de voie avec une image aperçu de la voie complète. Ceci peut être utilisé pour naviguer vers la zone désirée de la filière dans le plus grand, zoom-dans le panneau. Il ya également une variété d'analyses, fonctions d'annotation et de téléchargement disponibles à partir d'un onglet dans le panneau de gauche, et un rapport des détails peut être ouvert comme un bas (4e) panneau en cliquant sur une tête petite flèche.

L' Outil de Pathway Analysis semble avoir remplacé l'outil SkyPainter. Comme le SkyPainter elle prend une liste d'identifiants & les analyse pour voies associées. Bien que l'outil SkyPainter diagrammes voie de couleur avec plus de voies représentées et répertoriées statistiquement plus représentées voies, l'outil d'analyse fournit une liste de toutes les voies associées pour chaque gène ou protéine dans la liste des ID utilisateurs. Depuis le rapport de l'utilisateur peut lien vers le navigateur affiche Pathway pour explorer davantage les parcours individuels.

L' Comparez les espèces et Analyse d'expression outils permettent aux utilisateurs de comparer les deux voies sur deux espèces, ou de carte de données d'expression sur des images voie. Les deux ensembles de données ont par exemple que vous pouvez cliquer & courir. Autres outils puissants, tels que la recherche avancée, Fonction de recherche BioMart, PathFinder et Recherche petites molécules semblent tous être disponibles et largement inchangée, ce qui est cool.

Nous allons bien sûr être mise à jour notre tutoriel Reactome complète pour refléter les changements dans le détail – après nous donnons le libérer un peu de temps pour être sûr que tout est stable. :)

Astuce de la semaine: PathCase voie pour les données

Nous passons beaucoup de temps à explorer les données génomiques, les variations, et les annotations. Mais bien sûr une perspective linéaire sur les gènes et les séquences n'est pas la seule façon d'examiner les données. Comprendre les voies dans lesquelles les gènes et les entités moléculaires interagissent est cruciale pour comprendre la biologie des systèmes.

Il ya un certain nombre d'outils qui peuvent vous aider à visualiser et d'explorer ce genre de données. KEGG est l'un des outils les plus vénérables de la bioinformatique, BioCyc est bien connu et utilisé, Reactome est l'un de nos favoris. Récemment, NCBI BioSystems est venu le long, et le BioModels outil à EBI fournit davantage de données de ce type ainsi. Base de données d'interaction Pathway est un autre lieu d'essayer. Ce que vous trouverez est que chacun a accent différent, concentrer les espèces ou les ensembles de données disponibles, et différents outils à utiliser pour afficher graphiquement les bases de données. Les façons de personnaliser ou d'interagir avec les données varient ainsi. Alors vous devrez peut-être en essayer plusieurs pour trouver celui que vous voulez pour vos besoins.

Mais pour la pointe d'aujourd'hui de la semaine je mettrai en lumière PathCase, un système de base de données Pathways de la Case Western Reserve University. C'est un outil que j'ai eu mon oeil sur un certain nombre d'années, et ils continuent d'ajouter de nouvelles fonctionnalités et des ensembles de données à leur visualisation et interface de recherche qui sont très bien fait.

PathCase vous offre plusieurs manières de naviguer et de rechercher des voies, processus, organismes, et aussi des entités moléculaires (tels que l'ATP, ions, etc) ainsi que des gènes et des protéines. C'est le tout intégré dans le système, Ainsi, lorsque vous trouvez un article d'intérêt, vous pouvez passer aux autres pièces connexes. Par exemple, de la Pathways vous pouvez trouver des gènes et en apprendre davantage sur les gènes. Des gènes que vous pouvez charger les voies dans lesquelles ils participent.

Quand vous avez les graphiques chargés voie, vous pouvez interagir avec ce chemin en cliquant sur, traînant, réorganiser et plus. Un clic droit vous propose plus de détails sur les éléments et les moyens de visualiser les données. Une option que je n'ai pas eu le temps de montrer dans le film, c'est que vous pouvez utiliser la boîte H20/CO2 à charger les voies qui sont liés à celui que vous regardez et charger ceux qui jusqu'à, va encore plus loin le long d'une route que vous pourriez être intéressé par. Voici juste un court échantillon de ce: depuis la page de gènes NARS2 J'ai chargé la voie d'alanine, puis ajouter la voie du métabolisme des acides gras. Maintenant, je peux explorer les deux d'entre eux avec tous les outils standard et PathCase comprendre beaucoup de leurs relations. Une fois que vous commencez à explorer ces voies-vous être étonné de voir comment les visualisations complexes sont possibles.

Donc, si vous êtes intéressé par voies biologiques, les explorer et de les représenter, vérifier PathCase.

Le site PathCase: http://nashua.cwru.edu/pathwaysweb/

Référence:
Elliott, B., Kirac, M., Cakmak, A., Lente, G., Mayes, S., Cheng, E., Wang, Y., Gupta, C., Ozsoyoglu, G., & Meral Ozsoyoglu, EN. (2008). PathCase: système de base de données des voies Bio-informatique, 24 (21), 2526-2533 DOI: 10.1093/bioinformatics/btn459

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre décharge vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

http://genome.hmgc.mcw.edu/
http://genome-mirror.duhs.duke.edu/
http://genome-mirror.bscb.cornell.edu/
http://genome-mirror.binf.ku.dk/
http://genome.qfab.org/