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Viernes SNPpets

This week includes one of those stories that reminds me of the power of databases. See that diagnostic odyssey of a family with a child with mystery symptoms and the doctor who sleuthed out some information–then connected with other families awaiting answers (Hudson Alpha tweet). But then there’s also the looming issues of misuse of information, two tweets on that this week. More tools. More genomes. Wild plants, wild viruses, wild ancestors. Reactome graphical components are popular–if you make them, people will use them.


SNPpets_2Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


https://twitter.com/genetics_blog/status/867075369643511809A

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Vídeo Consejo de la semana: Plant Reactome at Gramene

gramene_logoReactome is one of our favorite tools to explore pathways. And they cover a wide range of species, which is helpful for many researchers. But there are times when having a topic-specific tool can be even more useful for a research community. Sometimes these types of tools are disease-specific, or in the case of today’s Video Tip of the Week, plant-centric. If you haven’t seen it before, this introduction to Plant Reactome is worth exploring.

In this overview of Plant Reactome, Justin Preece describes the data model to help understand the foundation of Reactome. And then quickly moves into how you can access this tool from the Gramene portal. There’s guidance on the organization of the interface, and how to access pathways you are interested in. Then there’s an explanation of their process of projecting pathways from well-characterized rice data on to other species that might be less well characterized. They have over 200 curated rice pathways and ongoing curation as well. There are dozens of Arabidopsis curated pathways too. There’s a bit about the move to the new Reactome platform, and analysis tools available with that. There’s an example of time course data shown to illustrate a series of data. The talk touches a little bit on the new main Reactome interface that we also highlighted.

Pruébelo.

Enlaces rápidos:

Plant Reactome directly: http://plantreactome.gramene.org/

Gramene main site: http://www.gramene.org/

Reactome: http://www.reactome.org/

Referencias:

Tello-Ruiz, M., Stein, J., Wei, S., Preece, J., Olson, A., Naithani, S., Amarasinghe, V, Dharmawardhana, P., Jiao, Y., Mulvaney, J., Kumari, S., Chougule, K., Elser, J., B.ng, B., Thomason, J., Bolser, D., Kerhornou, A., Walts, B., Fonseca, N., Huerta, L., Keays, M., Espiga, Y., Parkinson, H., Fabregat, A., McKay, S., Weiser, J., D’Eustachio, P., Stein, L., Petryszak, R., Kersey, P., Jaiswal, P., & Verdadero, D. (2015). Gramene 2016: comparative plant genomics and pathway resources Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkv1179

Fabregat, A., Sidiropoulos, K., Garapati, P., Gillespie, M., Hausmann, K., Haw, R., Jassal, B., Jupe, S., Korninger, F., McKay, S., Matthews, L., De mayo, B., Milacic, M., Rothfels, K., Shamovsky, V, Webber, M., Weiser, J., Williams, M., Wu, G., Stein, L., Hermjakob, H., & D’Eustachio, P. (2015). The Reactome pathway Knowledgebase Nucleic Acids Research DOI: 10.1093/nar/gkv1351

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Vídeo Consejo de la semana: Nueva Reactome Camino Portal 3.0

new_reactomeLa Reactome pathway browser has long been a favorite of ours. We’ve watched it evolve over the years, and continue to appreciate the organization and features that it provides for exploring pathways and interactions across a range of species.

From the mailing list recently, I learned about a new version of the Reactome Pathway Portal, v3.0, that’s now available for everyone. I’ll post a piece of it here, but you can click through to their announcement for full details.

The Reactome team announces the release of our new pathway browser, accessible through our web site http://www.reactome.org/PathwayBrowser/ . The browser provides faster and more reliable navigation of our content and better access to our analysis tools. Improvements include improved and customizable color schemes, and the ability to search for terms within an individual pathway diagram using names, gene names and identifiers including identifiers for molecules hidden within complexes and molecule sets displayed in the diagram. El navegador “back” y “forward” buttons allow the user to review every selection made to reach the current view. The level of detail shown in diagrams is zoom-dependent, so recurring small molecules like ATP and water fade out and colored overlays appear to identify subpathways appear as the user zooms out, providing a more legible and informative overview.

So their great foundation remains, but navigation is improved and other features have changed in this update. Delightfully, they have created a short intro video as well, and that becomes our Video Tip of the Week today. Nota: there’s no audio with this, watch for the annotations.

I expect that there will be a paper to come with the new details, but I wasn’t able to locate it just yet. I’ll add back the reference when I find it (y sí, I do trawl the Advance Access section of NAR to see what’s coming in the next database issue pretty regularly….).

Enlaces rápidos:

Reactome main site: http://www.reactome.org

Reactome new pathway browser: http://www.reactome.org/PathwayBrowser

De referencia:
Croft, D., Mundo, A., Haw, R., Milacic, M., Weiser, J., Wu, G., Caudy, M., Garapati, P., Gillespie, M., Kamdar, M., Jassal, B., Jupe, S., Matthews, L., De mayo, B., Palatnik, S., Rothfels, K., Shamovsky, V, Canción, H., Williams, M., Birney, E., Hermjakob, H., Stein, L., & D’Eustachio, P. (2013). The Reactome pathway knowledgebase Nucleic Acids Research, 42 (D1) DOI: 10.1093/nar/gkt1102

Vídeo Consejo de la semana: TargetMine, Data Warehouse for Drug Discovery

Browsing around genomic regions, layering on lots of associated data, and beginning to explore new data types I might come across are things that really fire up my brain. Para mí, visualization is key to forming new ideas about the relationships between genomic features and patterns of data. But frequently I want to take this to the next step–asking where else these patterns appear, how many other instances of this situation are there in a data set, and maybe adding additional complexity to the problem and refine the quest. This is not always easy to do with primarily visual software tools. This is when I turn to tools like the UCSC Browser Tabla, BioMart, y internacionales mina to handle some list of genes, or regions, or features.

We’ve touched on all of these before–sometimes with full tutorial suites (UCSC, BioMart), and sometimes as a Consejo del la Semana, internacionales mina y InterMine para consultas complejas. Learning about the foundations of these tools will let you use various versions or flavors of them at other sites. I love to see tools that are re-used for different topics when that’s possible, rather than building a whole new system. There are ModENCODE, rata, yeast mines, y más. This week’s tip is about one of those others–TargetMine is built on the InterMine foundation, with a specific focus on prioritizing candidate genes for pharmaceutical interventions. Desde their site overview, I’ll add this description they use: TargetMine

TargetMine is an integrated data warehouse system which has been primarily developed for the purpose of target prioritisation and early stage drug discovery.

For more details about their framework and philosophy, you should see their papers (relacionados a continuación). The earlier one sets out the rationale, the data types, and the data sources they are incorporating. They also establish their place in the ecosystem of other databases in this arena, which helps you to understand their role. But you should see the next paper for a really good grasp of how their candidate prioritization work with the “Integrated Pathway Clusters” concept they’ve added. They combined data from KEGG, Reactome, y NCI’s PID collections to enhance the features of their data warehouse system.

This week’s Video Tip of the Week highlights one of the tutorial movies that the TargetMine team provides. There’s no spoken audio with it, but the captions that help you to understand what’s going on are in English. I followed along on a browser with their example–they have a sample list to simply click on, and you can see various enrichments of the sets–vías, Gene Ontology, Disease Ontology, InterPro, CATH, and compounds. They call these the “biological themes” and I find them really useful. You can create new lists from these theme collections. They also illustrate the “template” option–pre-defined queries with typical features people may wish to search. The example shows how to go from the list of genes you had to pathways–but there are other templates as well.

Another section of the video has an example of a custom query with the Query Builder. They ask for structural information for proteins targeted by acetaminophen. It’s a nice example of how to go from a compound to protein structure–a question I’ve seen come up before in discussion threads.

In their more recent paper (also below), they have some case studies that illustrate the concepts of prioritizing targets for different disease situations with their system. They also expand on the functions with additional software to explore the pathways: http://targetmine.mizuguchilab.org/pathclust/ .

So have a look at the features of TargetMine for prioritization of candidate genes. I think the numerous “themes” are a really useful way to assess lists of genes (or whatever you are starting with).

Enlaces rápidos:

TargetMine: http://targetmine.mizuguchilab.org/ [nota: their domain name has changed since the publications, this is the one that will persist.]

internacionales mina: http://intermine.github.io/intermine.org/

Referencias:

Chen, Y., Tripathi, L., & Mizuguchi, K. (2011). TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery PLoS ONE, 6 (3) DOI: 10.1371/journal.pone.0017844

Chen, Y., Tripathi, L., Dessailly, B., Nyström-Persson, J., Ahmad, S., & Mizuguchi, K. (2014). Integrated Pathway Clusters with Coherent Biological Themes for Target Prioritisation PLoS ONE, 9 (6) DOI: 10.1371/journal.pone.0099030

Kalderimis A., R. Lyne, D. Butano, S. Contrino, AbT.l. Lyne, J. Heimbach, F. Hu, R. Herrero, R. Stěpán, J. Sullivan & G. Micklem & (2014). internacionales mina: extensive web services for modern biology, Nucleic Acids Research, 42 (W1) W468-W472. DOI: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku301

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • ROFL: RT @ Madkayaker: Profesor de Bioinformática: “Vamos a pasar por alto algunas cosas para que podamos llegar a la cocaína…ejercicio.” Mejor última palabra siempre. [María]
  • Mejor línea en una historia basada en el comunicado de prensa que vio evah: “Que más o menos demuestra que los dinosaurios tenían cerebros pequeños. O carecían de habilidades culinarias.” Desde El análisis genético revela Historia, Evolución de una delicadeza Antiguo — Colmenillas punta ha @ Franknfoode [María]
  • RT @ Kdpru: Bookshelp actualizada NCBI es muy agradable. SUGERENCIA: Examinar para buscar documentación NCBI de recursos mediante el filtrado de onType = Documentación & Editor = NCBI [María]
  • RT @ Chris_Evelo: Reactome portal at WikiPathways now life! http://reactome.wikipathways.org [María]
  • Oh, hombre, algunos días Twitter grietas me up. Muy a la semana para que: RT @ Lipscombe1: He recibido una advertencia de la informática departamento de mi empleador que busqué en Google 'del genoma rata topo desnuda ". ¿Hay algo menos atractivo sexual en la Tierra? [María]

Reactome le gustaría que su entrada – Encuesta de usuarios & T-Shirts

La semana pasada algunos de ustedes han asistido a la Reactome webinar con María & I y oído hablar de algunas de las nuevas características de gran allá. Yo ya había estado explorando & pruebas de las actualizaciones de la interfaz, porque estoy actualizando nuestro completo tutorial sobre Reactome, pero el seminario fue una confirmación agradable que me estaba pegando a la "material correcto". El webinar fue grabado y debe ser liberado pronto, así que si te perdiste la estancia webinar sintonía & échale un vistazo cuando esté disponible. Yo pensé que era interesante – que proporciona más de fondo & teoría sobre la Reactome, además de algunos estudios de caso. Nuestro manual es más práctico, paso a paso la exploración de cómo utilizar muchas, pero no todos, de las funciones de Reactome es por lo que el seminario y el tutorial realmente se complementan muy bien, en mi opinión.

Pero no he llegado a las camisetas sin embargo, – mi mal. Todo el mundo ha tenido una semana desde el seminario para explorar Reactome & el equipo de Reactome espera que esté listo para compartir sus pensamientos, sugerencias e ideas con ellos. Como un aliento '’ que están ofreciendo 5 Reactome camisetas a los participantes de la encuesta al azar. Aquí está la convocatoria de los encuestadores que recibimos de Robin:

Agradecemos su ayuda en la evaluación de Reactome. Sus respuestas nos dan una indicación de la efectividad de la página web de Reactome y herramientas, y áreas en las que la mejora se podría hacer. Nos gustaría saber un poco acerca de sus antecedentes e intereses de investigación y agradecemos sus comentarios y sugerencias por escrito.

La encuesta debería tomar alrededor de 5 minutos para completar. La información que usted proporcione nunca a disposición del público o compartida con terceros.

Participación en la encuesta es opcional. Sin embargo, cinco afortunados participantes que completen la encuesta recibirán un Reactome T-shirt.

Puede acceder a la encuesta en: https://www.surveymonkey.com/s/RV63355

Gracias por participar.

Saludos,
Robin Haw

Robin Haw, PhD
Asociado científica
Director de Extensión Reactome

Ontario Institute for Cancer Research
MaRS Centre, Torre Sur
101 College Street, Suite 800
Toronto, Ontario, Canadá M5G 0A3

Definitivamente voy a participar en la encuesta, por lo que probablemente la voluntad de María. Tengo algunas ideas para compartir & una gran cantidad de complementos en lo que han hecho. Los dedos cruzados para que obtener una gran cantidad de información & encontrar un poco más camisetas para repartir – ¿no sería genial si todos podemos estar caminando vallas Reactome? :)

Reactome Webinar subiendo; Mie Feb 2

Estábamos en la carretera la semana pasada haciendo talleres, así que esto es de pocos días, ahora. Pero si usted no está en la lista de correo Amigos GO es posible que es nuevo para usted. Unas palabras sobre GO lista de amigos: porque tantas herramientas se basan en Ontología de Genes y tienen algún tipo de componentes GO, hay un amplio rango de cosas que vienen en la lista de correo. No es sólo para los desarrolladores de GO per se. Es posible que desee comprobarlo.

De todos modos, lo que quería centrarse en la actualidad es este aviso sobre la próxima Reactome webinar. Ha habido grandes cambios en la interfaz, pero la frialdad subyacente y de alta calidad de todos los procesos biológicos se mantiene intacta, por supuesto! Reactome es una herramienta que hemos amado durante mucho tiempo, y hemos coordinado con la gente de Reactome alrededor de las próximas actualizaciones de nuestro tutorial. Estamos trabajando para que la actualización ahora.

Si desea aprender más acerca de Reactome y estos nuevos cambios, que va a ser un seminario muy pronto. Tienes que estar registrado, y yo sólo voy a dar algunos de los detalles aquí. Dirígete a la GO enlace Amigos mensaje para ver el resto.

El Instituto de Genómica de Ontario (OGI) y el Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer (OICR) son co-anfitriones a una hora de conferencia web / seminario sobre la base de datos Camino Reactome (http://www.reactome.org) - Una libre disposición, recursos manualmente comisariada del núcleo de las vías biológicas. La base de datos Reactome ofrece datos vía encapsular áreas de la biología humana que van desde las vías básicas del metabolismo de eventos complejos, tales como la señalización de GPCR y la apoptosis.

Este seguimiento seminario presentará el sitio web actualizado con una interfaz de usuario más intuitiva y una nueva suite de herramientas de análisis de datos. Aprender a usar esta base de datos a través de estudios de caso de distintos grupos de investigación.

La presentación estará a cargo del Dr.. Robin Haw, Director de Extensión Reactome, OICR, y cubrirá el uso de los recursos Reactome actualizado para:

• La función de búsqueda del conocimiento vía,
• Integración de datos de red y vía,
• Uso de Camino y las herramientas de Análisis de Expresión para analizar conjuntos de datos experimentales,
• Anotación de datos experimentales con Reactome BioMart,
• Descubrir los patrones de la red relacionados con el cáncer y otras enfermedades con el Reactome Cytoscape funcional Red de Interacción con el plug-in,
• Presentación de casos de uso de datos Reactome y herramientas de análisis.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

Ir al enlace de los datos de registro. Voy a estar escuchando (si no programar un taller para ese día!)

Lanzamiento Reactome anunció hoy

María tiene un anuncio sobre un nuevo Reactome el lanzamiento de hoy a través de la Gofriends lista de correo. Usted puede leer el anuncio, y voy a compartir mi breve análisis de la publicación aquí. He estado jugando con las nuevas funciones de esta tarde.


Si usted echa un vistazo a la liberación, o examinar la imagen que he incluido, te darás cuenta de inmediato que la página ha cambiado de manera significativa. La página de inicio se mostró anteriormente un enorme mapa interactivo y una lista de superpathways en que, con opciones de navegación en la parte superior. La página principal ahora es mucho más una fuente de información en lugar de una entrada inmediata en las vías. Las pestañas de navegación superior aún están disponibles con gran parte de las mismas herramientas, excepto la herramienta SkyPainter ya no aparece. El panel principal de la página contiene ahora una página "Sobre’ área, una imagen de "la vía del mes’ (que se puede hacer clic para tener acceso inmediato a la visualización de la vía), y un área de Noticias y Notas. A la izquierda hay un área de navegación nuevo con una ventana de búsqueda por palabra clave, botones de herramientas (Vía navegador, Análisis de la vía, Especies Comparación y Análisis de Expresión), entonces las opciones de descarga de múltiples, una "prueba este’ área que te lleva a la interfaz de Camino herramienta de análisis, y un área para añadir tus comentarios sobre la nueva versión.

El nuevo Vía interfaz de navegador se abre con una lista de vías a la izquierda del panel, y el panel de la derecha vacío. Un usuario hace clic en cualquier ruta deseada & a continuación, selecciona la subpathway que desea que aparezca en el panel principal. El panel principal muestra una zona ampliada de la vía. Además, un pequeño panel se abre entre la lista y el panel de la vía con una imagen general de la ruta completa. Esto se puede utilizar para desplazarse a la zona deseada de la vía en la mayor, zoom en el panel. Hay también una variedad de análisis, anotación y la carga disponible en una pestaña en el panel izquierdo funciones, y un informe de los detalles se puede abrir como un menor (4ª) del panel, haga clic en una cabeza de flecha.

La Vía herramienta de análisis parece haber reemplazado la herramienta SkyPainter. Al igual que el SkyPainter que se necesita una lista de identificadores & analiza en busca de vías asociadas. Si bien la herramienta SkyPainter código de colores diagramas de rutas con más vías de representación y que figuran estadísticamente más representadas las vías, la herramienta de análisis proporciona una lista de todas las vías correspondientes para cada gen o proteína en la lista de identificación de los usuarios. En el informe los usuarios pueden enlazar con el navegador Camino muestra para seguir explorando los caminos individuales.

La Compare las especies y Análisis de Expresión herramientas permiten a los usuarios comparar cualquiera de las vías a través de dos especies, o para asignar los datos de expresión en imágenes de la vía. Ambos tienen bases de datos de ejemplo que puede hacer clic en & ejecutar. Otras herramientas de gran alcance, tales como la búsqueda avanzada, BioMart función de búsqueda, PathFinder y la búsqueda de moléculas pequeñas, parecen estar disponible y sin cambios en gran parte, lo cual es genial.

Vamos, por supuesto, la actualización nuestro tutorial completo Reactome para reflejar los cambios en detalle – después de dar a la liberación de un poco de tiempo para asegurarse de que todo está estable. :)

Consejo del la Semana: PathCase de datos vía

Pasamos mucho tiempo estudiando los datos genómicos, variaciones, y anotaciones. Pero, por supuesto, una perspectiva lineal de los genes y las secuencias no es la única manera de examinar los datos. Comprensión de las vías en que los genes interactúan y entidades moleculares es crucial para entender la biología de sistemas.

Hay una serie de herramientas que pueden ayudarle a visualizar y explorar este tipo de datos. KEGG es una de las herramientas más venerable de la bioinformática, BioCyc Es bien conocido y utilizado, Reactome es uno de nuestros favoritos. Recientemente NCBI BioSystems ha llegado a lo largo de, y el Biomodelos herramienta de EBI ofrece más datos de este tipo, así. Base de datos vía la interacción es otro lugar para tratar de. Lo que encontrará es que cada uno tiene un énfasis diferente, enfoque especies o conjuntos de datos disponibles, y las diferentes herramientas a utilizar para mostrar gráficamente las bases de datos. Las formas de personalizar o interactuar con los datos pueden variar, así. Así que puede que tenga que probar varias hasta encontrar la que desea para sus propósitos.

Sin embargo, para la punta de hoy en día de la semana voy a destacar PathCase, un Sistema de Caminos de bases de datos de la Case Western Reserve University. Esta es una herramienta que he tenido mi ojo en un número de años, y continuar añadiendo nuevas funciones y conjuntos de datos para su visualización y la interfaz de búsqueda que son muy bien hecho.

PathCase le ofrece varias formas de navegar y buscar las vías, los procesos de, organismos, y también entidades moleculares (como el ATP, iones, etc) así como los genes y las proteínas. Todo está integrado en el sistema, así que cuando usted encuentra un artículo de interés que puede desplazarse a otras piezas relacionadas. Por ejemplo, de las vías se encuentran los genes y aprender más acerca de los genes. De los genes se pueden cargar las vías en las que participan.

Cuando haya cargado los gráficos vía, se puede interactuar con esa vía, haga clic en, arrastrando, reorganizar y más. Botón derecho del ratón ofrece más detalles sobre los elementos y formas de visualizar los datos. Una opción que no tuvo tiempo para mostrar en la película es que se puede utilizar el cuadro de H20/CO2 para cargar las vías que están vinculados a la que está mirando y la carga de los de arriba, Yendo aún más lejos a lo largo de una ruta que podría estar interesado en. He aquí sólo una muestra rápida de que: desde la página de genes NARS2 he cargado la ruta de la alanina, y luego añadió la vía del metabolismo de ácidos grasos. Ahora puedo explorar ambos con todas las herramientas estándar PathCase y entender muchas de sus relaciones. Una vez que comience a explorar estas vías que se sorprenderá de lo visualizaciones complejas son posibles.

Así que si usted está interesado en las vías biológicas, exploración de ellos y represente a los, ver PathCase.

PathCase sitio: http://nashua.cwru.edu/pathwaysweb/

De referencia:
Elliott, B., Kıraç, M., Cakmak, A., Lento, G., Mayes, S., Cheng, E., B.ng, Y., Gupta, C., Ozsoyoglu, G., & Meral Ozsoyoglu, La. (2008). PathCase: las vías del sistema de base de datos Bioinformática, 24 (21), 2526-2533 DOI: 10.1093/bioinformatics/btn459

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestro enlace de descarga Viernes característica: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

http://genome.hmgc.mcw.edu/
http://genome-mirror.duhs.duke.edu/
http://genome-mirror.bscb.cornell.edu/
http://genome-mirror.binf.ku.dk/
http://genome.qfab.org/