الوسم المحفوظات: ركتوم

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

ويشمل هذا الاسبوع واحدة من تلك القصص التي يذكرني قوة قواعد البيانات,,en,نرى أن ملحمة التشخيصية للأسر التي لديها طفل يعانون من أعراض الغموض والطبيب الذي sleuthed بعض المعلومات,,en,ثم ترتبط مع عائلات أخرى تنتظر إجابات,,en,ألفا سقسقة هدسون,,fr,ولكن بعد ذلك هناك أيضا القضايا التي تلوح في الأفق من إساءة استخدام المعلومات,,en,اثنين من التغريدات على أن هذا الأسبوع,,en,المزيد من الأدوات,,en,عن الجينوم,,en,النباتات البرية,,en,الفيروسات البرية,,en,أسلاف البرية,,en,مكونات رسومية Reactome شعبية,,en,إذا كنت جعلها,,en,الناس سوف استخدامها,,en,محتجون مناهضون للترامب العلوم المفرج عنهم أخيرا تلك بدقة، تم الفحص الحقائق تقديرات الحشد,,en,pic.twitter.com/wX21VKR5XQ,,en,الأم جونز,,en,MotherJones,,en,الخراف الغريب أن حير العلماء,,en,Digg,,en,راشيل فيلتمان,,en,RachelFeltman,,en,QTLtools من,,en,مختبر المنشورة,,en,البرامج الأساسية,,en,هذا هو لQTLs * ما كان طقطقة لGWAS,,en. See that diagnostic odyssey of a family with a child with mystery symptoms and the doctor who sleuthed out some information–then connected with other families awaiting answers (Hudson Alpha tweet). But then there’s also the looming issues of misuse of information, two tweets on that this week. More tools. More genomes. Wild plants, wild viruses, wild ancestors. Reactome graphical components are popular–if you make them, people will use them.


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


HTTPS://twitter.com/genetics_blog/status/867075369643511809A

gramene_logo

تلميح فيديو للأسبوع: Plant Reactome at Gramene

gramene_logoركتوم is one of our favorite tools to explore pathways. And they cover a wide range of species, which is helpful for many researchers. But there are times when having a topic-specific tool can be even more useful for a research community. Sometimes these types of tools are disease-specific, or in the case of today’s Video Tip of the Week, plant-centric. If you haven’t seen it before, this introduction to Plant Reactome is worth exploring.

In this overview of Plant Reactome, Justin Preece describes the data model to help understand the foundation of Reactome. And then quickly moves into how you can access this tool from the Gramene بوابة. There’s guidance on the organization of the interface, and how to access pathways you are interested in. Then there’s an explanation of their process of projecting pathways from well-characterized rice data on to other species that might be less well characterized. They have over 200 curated rice pathways and ongoing curation as well. There are dozens of Arabidopsis curated pathways too. There’s a bit about the move to the new Reactome platform, and analysis tools available with that. There’s an example of time course data shown to illustrate a series of data. The talk touches a little bit on the new main Reactome interface that we also highlighted.

جربه.

وصلات سريعة:

Plant Reactome directly: http://plantreactome.gramene.org/

Gramene main site: http://www.gramene.org/

ركتوم: http://www.reactome.org/

المراجع:

Tello-Ruiz, م., شتاين, ج., وي, س., Preece, ج., أولسون, أ., Naithani, س., Amarasinghe, خامسا, Dharmawardhana, P., Jiao, Y., Mulvaney, ج., كوماري, س., Chougule, ك., Elser, ج., وانغ, ب., Thomason, ج., Bolser, د., Kerhornou, أ., Walts, ب., Fonseca, ن., بستان, L., Keays, م., مسحة, Y., باركنسون, ه., Fabregat, أ., مكاي, س., Weiser, ج., D’Eustachio, P., شتاين, L., Petryszak, ر., Kersey, P., Jaiswal, P., & سلعة, D. (2015). Gramene 2016: comparative plant genomics and pathway resources أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkv1179

Fabregat, أ., Sidiropoulos, ك., Garapati, P., غيليسبي, م., هوسمان, ك., ثمر الزعرور البرى, ر., Jassal, ب., Jupe, س., Korninger, ف., مكاي, س., ماثيوز, L., قد, ب., Milacic, م., Rothfels, ك., Shamovsky, خامسا, Webber, م., Weiser, ج., وليامز, م., وو, غ., شتاين, L., Hermjakob, ه., & D’Eustachio, ف. (2015). The Reactome pathway Knowledgebase أبحاث الأحماض النووية دوى: 10.1093/nar/gkv1351

new_reactome

تلميح فيديو للأسبوع: New Reactome Pathway Portal 3.0

new_reactomeو ركتوم pathway browser has long been a favorite of ours. We’ve watched it evolve over the years, and continue to appreciate the organization and features that it provides for exploring pathways and interactions across a range of species.

From the mailing list recently, I learned about a new version of the Reactome Pathway Portal, v3.0, that’s now available for everyone. I’ll post a piece of it here, but you can click through to their announcement for full details.

The Reactome team announces the release of our new pathway browser, accessible through our web site http://www.reactome.org/PathwayBrowser/ . The browser provides faster and more reliable navigation of our content and better access to our analysis tools. Improvements include improved and customizable color schemes, and the ability to search for terms within an individual pathway diagram using names, gene names and identifiers including identifiers for molecules hidden within complexes and molecule sets displayed in the diagram. المتصفح “back” و “forward” buttons allow the user to review every selection made to reach the current view. The level of detail shown in diagrams is zoom-dependent, so recurring small molecules like ATP and water fade out and colored overlays appear to identify subpathways appear as the user zooms out, providing a more legible and informative overview.

So their great foundation remains, but navigation is improved and other features have changed in this update. Delightfully, they have created a short intro video as well, and that becomes our Video Tip of the Week today. لاحظ: there’s no audio with this, watch for the annotations.

I expect that there will be a paper to come with the new details, but I wasn’t able to locate it just yet. I’ll add back the reference when I find it (ونعم, I do trawl the Advance Access section of NAR to see what’s coming in the next database issue pretty regularly….).

وصلات سريعة:

Reactome main site: المتشعب://www.reactome.org

Reactome new pathway browser: http://www.reactome.org/PathwayBrowser

مرجع:
حقل صغير مسور, د., Mundo, أ., ثمر الزعرور البرى, ر., Milacic, م., Weiser, ج., وو, غ., Caudy, م., Garapati, P., غيليسبي, م., Kamdar, م., Jassal, ب., Jupe, س., ماثيوز, L., قد, ب., Palatnik, س., Rothfels, ك., Shamovsky, خامسا, أغنية, ه., وليامز, م., Birney, E., Hermjakob, ه., شتاين, L., & D’Eustachio, ف. (2013). The Reactome pathway knowledgebase أبحاث الأحماض النووية, 42 (D1) دوى: 10.1093/nar/gkt1102

تلميح فيديو للأسبوع: TargetMine, Data Warehouse for Drug Discovery

Browsing around genomic regions, layering on lots of associated data, and beginning to explore new data types I might come across are things that really fire up my brain. بالنسبة لي, visualization is key to forming new ideas about the relationships between genomic features and patterns of data. But frequently I want to take this to the next step–asking where else these patterns appear, how many other instances of this situation are there in a data set, and maybe adding additional complexity to the problem and refine the quest. This is not always easy to do with primarily visual software tools. This is when I turn to tools like the UCSC الجدول المستعرض, BioMart, و الدولية لإزالة الألغام to handle some list of genes, or regions, or features.

We’ve touched on all of these before–sometimes with full tutorial suites (UCSC, BioMart), and sometimes as a نصيحة الأسبوع, الدولية لإزالة الألغام و InterMine لاستعلامات معقدة. Learning about the foundations of these tools will let you use various versions or flavors of them at other sites. I love to see tools that are re-used for different topics when that’s possible, rather than building a whole new system. There are ModENCODE, نصيحة, yeast mines, وأكثر. This week’s tip is about one of those others–TargetMine is built on the InterMine foundation, with a specific focus on prioritizing candidate genes for pharmaceutical interventions. من their site overview, I’ll add this description they use: TargetMine

TargetMine is an integrated data warehouse system which has been primarily developed for the purpose of target prioritisation and early stage drug discovery.

For more details about their framework and philosophy, you should see their papers (ترتبط أدناه). The earlier one sets out the rationale, the data types, and the data sources they are incorporating. They also establish their place in the ecosystem of other databases in this arena, which helps you to understand their role. But you should see the next paper for a really good grasp of how their candidate prioritization work with the “Integrated Pathway Clusters” concept they’ve added. They combined data from KEGG, ركتوم, و NCI’s PID collections to enhance the features of their data warehouse system.

This week’s Video Tip of the Week highlights one of the tutorial movies that the TargetMine team provides. There’s no spoken audio with it, but the captions that help you to understand what’s going on are in English. I followed along on a browser with their example–they have a sample list to simply click on, and you can see various enrichments of the sets–مسارات, أنتولوجيا الجينات, Disease Ontology, InterPro, CATH, and compounds. They call these the “biological themes” and I find them really useful. You can create new lists from these theme collections. They also illustrate the “template” option–pre-defined queries with typical features people may wish to search. The example shows how to go from the list of genes you had to pathways–but there are other templates as well.

Another section of the video has an example of a custom query with the Query Builder. They ask for structural information for proteins targeted by acetaminophen. It’s a nice example of how to go from a compound to protein structure–a question I’ve seen come up before in discussion threads.

In their more recent paper (also below), they have some case studies that illustrate the concepts of prioritizing targets for different disease situations with their system. They also expand on the functions with additional software to explore the pathways: http://targetmine.mizuguchilab.org/pathclust/ .

So have a look at the features of TargetMine for prioritization of candidate genes. I think the numerous “themes” are a really useful way to assess lists of genes (or whatever you are starting with).

روابط سريعة:

TargetMine: http://targetmine.mizuguchilab.org/ [مذكرة: their domain name has changed since the publications, this is the one that will persist.]

الدولية لإزالة الألغام: http://intermine.github.io/intermine.org/

المراجع:

تشن, Y., تريباثي, L., & Mizuguchi, K. (2011). TargetMine, an Integrated Data Warehouse for Candidate Gene Prioritisation and Target Discovery بلوس ONE, 6 (3) دوى: 10.1371/journal.pone.0017844

تشن, Y., تريباثي, L., Dessailly, ب., Nyström-Persson, ج., أ ت. الإعلانية, س., & Mizuguchi, K. (2014). Integrated Pathway Clusters with Coherent Biological Themes for Target Prioritisation بلوس ONE, 9 (6) دوى: 10.1371/journal.pone.0099030

Kalderimis A., R. لين, D. Butano, S. Contrino, M. لين, J. Heimbach, F. هو جين تاو, R. سميث, R. Stěpán, J. سوليفان & G. Micklem & (2014). الدولية لإزالة الألغام: extensive web services for modern biology, أبحاث الأحماض النووية, 42 (W1) W468-W472. دوى: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku301

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • ROFL: RT @ Madkayaker: أستاذ المعلوماتية الحيوية: “نحن ذاهبون الى تجاوز بعض الاشياء حتى نتمكن من الحصول على الكوكايين…ممارسة الرياضة.” مشاركة أفضل من أي وقت مضى كلمة. [ماري]
  • شهد أفضل خط في بيان صحفي صادر عن مقرها القصة evah: “وهو الى حد كبير يثبت أن الديناصورات كانت العقول الصغيرة. أو تفتقر إلى مهارات الطبخ.” من التحليل الجيني يكشف التاريخ, تطور من الحلوى القديمة — Morels قبعة غيض @ فرانك foode [ماري]
  • RT @ Kdpru: Bookshelp NCBI يتم تحديثها هو لطيف جدا. HINT: استعراض للعثور على وثائق NCBI الموارد عن طريق تصفية onType = التوثيق & ناشر = NCBI [ماري]
  • RT @ Chris_Evelo: Reactome بوابة WikiPathways الآن في الحياة! http://reactome.wikipathways.org [ماري]
  • يا, رجل, بعض الأيام تويتر الشقوق بي. تماما لهذا الأسبوع: RT @ lipscombe1: أنا حصلت على تحذير من قسم الحوسبة رب بلدي وأنا غوغليد 'فأر الخلد عارية الجينوم'. هل هناك شيء أقل جاذبية جنسيا على الأرض? [ماري]

هل لديك Reactome مثل الإدخال – مسح المستخدم & تي شيرت

في الاسبوع الماضي قد حضر بعض منكم Reactome الويبينار مع مريم & وسمعت عن بعض من الميزات الجديدة العظيمة هناك. كنت قد تم بالفعل استكشاف & اختبار التحديثات واجهة لأنني حاليا بتحديث لدينا البرنامج التعليمي الكامل على Reactome, ولكن كان الويبينار تأكيدا لطيفة التي كنت ضرب 'الاشياء الحق'. تم تسجيل الويبينار ، وينبغي أن يطلق سراحه قريبا, إذا كان الأمر كذلك غاب لك البقاء الويبينار ضبطها & التحقق من ذلك عندما تكون متاحة. اعتقد انها كانت مثيرة للاهتمام – فإنه يوفر المزيد من المعلومات الأساسية & نظرية ركتوم, بالإضافة إلى بعض دراسات الحالة. البرنامج التعليمي لدينا مزيد من التدريب العملي على, خطوة بخطوة استكشاف كيفية استخدام العديد من, ولكن ليس كلها, وظائف في Reactome حتى الويبينار والتعليمي لدينا حقا تكمل بعضها البعض بشكل جيد للغاية, في رأيي.

لكنني لم نصل إلى القمصان بعد – بلدي سيئة. وكان الجميع الآن في الأسبوع منذ الويبينار لاستكشاف Reactome & فريق Reactome تأمل ان كنت على استعداد لتقاسم أفكارك, الاقتراحات والأفكار معهم. تشجيعا "’ فهي توفر ما يصل 5 Reactome القمصان إلى المشاركين في الاستطلاع العشوائي. هنا الدعوة للمتقدمين المسح أن وصلنا من روبن:

نحن نقدر مساعدتكم في تقييم Reactome. سوف ردودكم تعطينا مؤشرا لمدى فعالية الموقع والأدوات Reactome, والمجالات التي يمكن أن تحسن. نود أن نعرف قليلا عن خلفيتك والاهتمامات البحثية ، ونرحب بآرائكم واقتراحات مكتوبة.

وينبغي أن المسح يستغرق حوالي 5 دقيقة لكي يكتمل. ولن توفر المعلومات التي تتاح للجمهور أو مشتركة مع أطراف ثالثة.

المشاركة في الاستطلاع اختياري. ومع ذلك, وخمسة من المشاركين المحظوظين الذين يكملون الدراسة تلقي Reactome تي شيرت.

يمكنك الوصول إلى المسح في: https://www.surveymonkey.com/s/RV63355

أشكركم على المشاركة.

التحيات,
روبن الزعرورة

روبن الزعرورة, دكتوراه
المعاون العلمي
مدير التوعية Reactome

اونتاريو معهد أبحاث السرطان
مركز المريخ, برج الجنوب
101 شارع الكلية, حشم 800
تورونتو, أونتاريو, كندا M5G 0A3

بالتأكيد سوف يكون مع المسح, ومن المحتمل جدا مريم. لقد حصلت على بعض الأفكار لتقاسم & الكثير من يكمل على ما فعلوه. أصابع عبرت أنها تحصل على الكثير من ردود الفعل & العثور على مزيد من بضعة قمصان لتمرير – لن يكون باردا إذا استطعنا جميعا أن المشي لوحات Reactome? :)

Reactome الويبينار القادمة; الأربعاء فبراير 2

كنا على الطريق في الاسبوع الماضي القيام ورش العمل, لذلك هذا هو بضعة أيام من العمر الآن. ولكن إذا لم تكن على قائمة بريدية أصدقاء GO انه من الممكن انها جديدة بالنسبة لك. كلمة سريعة حول GO قائمة الأصدقاء: لأن الكثير من الأدوات تعتمد على الجينات وعلم الوجود ونوع من المكونات GO, هناك الكثير من مجموعة من الاشياء التي تأتي عبر تلك القائمة البريدية. انها ليست فقط للذهاب للمطورين في حد ذاته. قد ترغب في التحقق من ذلك.

على أي حال, ما أردت التركيز على هذه الملاحظة اليوم هو حول القادمة ركتوم الويبينار. كانت هناك تغييرات كبيرة على واجهة, لكن البرودة الكامنة وذات جودة عالية من جميع هذه المسارات البيولوجية لا تزال على حالها, بالطبع! Reactome هو أداة لدينا أحب لفترة طويلة, ولقد نسقنا مع الناس Reactome حول التحديثات القادمة لل لدينا البرنامج التعليمي. نحن نعمل على ذلك التحديث الآن.

إذا كنت تريد معرفة المزيد حول Reactome وهذه التغييرات الجديدة, هناك ستكون الويبينار قريبا. يجب عليك التسجيل, وسوف أعطي إلا بعض التفاصيل هنا. رئيس لأكثر من GO أصدقاء ربط رسالة لمشاهدة بقية.

معهد أونتاريو جينوم (أوجي) ومعهد أونتاريو للبحوث السرطان (الاتحاد الدولي للدراجات) وشارك في استضافة المؤتمر على شبكة الإنترنت ساعة واحدة / الويبينار عن قاعدة بيانات المسار Reactome (http://www.reactome.org) -- وهو متاح بحرية, يدويا من تنسيق الموارد من المسارات البيولوجية الأساسية. قاعدة بيانات Reactome تقدم مسار التغليف مجالات البيولوجيا البشرية تتراوح بين المسارات الأساسية لعملية التمثيل الغذائي للأحداث معقدة مثل إشارات النوع من الاختزال وموت الخلايا المبرمج.

وهذا الويبينار متابعة إدخال تحديث الموقع مع واجهة مستخدم أكثر سهولة ، ومجموعة جديدة من أدوات تحليل البيانات. تعلم كيفية استخدام قاعدة البيانات هذه من خلال دراسات حالة من مختلف المجموعات البحثية.

وسيتم في ضوء العرض الذي قدمه الدكتور. روبن الزعرورة, مدير التوعية Reactome, الاتحاد الدولي للدراجات, وسوف تغطي كيفية استخدام الموارد لتحديث Reactome:

• التصفح والبحث عن المعرفة طريقا,
• دمج الشبكة ومسار البيانات,
• استخدام المسار وأدوات التحليل لتحليل التعبير قواعد البيانات التجريبية,
• قواعد البيانات التجريبية مع التأشير BioMart Reactome,
• أنماط اكتشاف الشبكة المرتبطة بالسرطان والأمراض الأخرى باستخدام الشبكة Reactome التفاعل الوظيفي Cytoscape المكونات في,
• إدخال حالات الاستخدام للبيانات وأدوات التحليل Reactome.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

انتقل إلى الارتباط للحصول على تفاصيل تسجيل. سأنصت في (إذا كنا لا جدول ورشة عمل لهذا اليوم!)

الإعلان عن النسخة الجديدة Reactome اليوم

حصلت ماري الإعلان عن جديد ركتوم الافراج اليوم عن طريق Gofriends القائمة البريدية. يمكنك قراءة هذا الاعلان, وسأطلع تحليلي موجز لاطلاق سراح هنا. لقد كنت ألعب مع المهام الجديدة بعد ظهر اليوم.


إذا كنت تحقق من الافراج, أو فحص صورة لقد تضمنت, ستلاحظ على الفور أنه تم تغيير الصفحة الرئيسية بشكل ملحوظ. الصفحة الرئيسية عرض سابقا على خريطة ضخمة تفاعلية وقائمة بموجب ذلك superpathways, مع خيارات التنقل على طول الجزء العلوي. في الصفحة الرئيسية الآن أكثر من ذلك بكثير مصدر المعلومات بدلا من مجرد دخول فوري في مسارات. علامات تبويب التنقل العلوي لا تزال متاحة بالأدوات بنفس, لم يعد إلا سرد أداة SkyPainter. لوحة رئيسية من الصفحة تحتوي الآن 'عن’ منطقة, صورة 'المسار من الشهر’ (يمكن النقر الذي من أجل الوصول الفوري لعرض الممر), والأخبار ومنطقة ملاحظات. على اليسار هو مجال الملاحة جديدة مع الكلمة إطار البحث, أزرار لأدوات (مسار المتصفح, تحليل المسار, مقارنة وتحليل الأنواع التعبير), خيارات متعددة ثم تحميل, وقال 'هذه محاولة’ المنطقة التي تحيط بكم في واجهة أداة تحليل المسار, ومساحة لإضافة تعليقاتك حول الإصدار الجديد.

الجديد مسار مستعرض الواجهة يفتح مع مسارات لوحة القائمة اليسرى, واللوحة اليمنى فارغة. ينقر المستخدم على أي مسار المطلوب & ثم يختار subpathway أنهم يريدون ليتم عرضها في لوحة رئيسية. لوحة رئيسية يعرض التكبير في منطقة الممر. بالإضافة إلى ذلك لوحة صغيرة تفتح بين القائمة والمسار مع لوحة صورة عامة عن مسار كامل. ويمكن استخدام هذا للانتقال إلى المنطقة المرغوبة للمسار في أكبر, التكبير في لوحة. هناك أيضا مجموعة متنوعة من التحليل, شرح وتحميل الوظائف المتاحة من التبويب في اللوحة اليسرى, ويمكن فتح التقرير تفاصيل عن انخفاض (4ال) لوحة من خلال النقر على السهم الصغير الرأس.

و تحليل مسار أداة ويبدو أن استبدال أداة SkyPainter. مثل SkyPainter يستغرقه قائمة معرفات & بتحليلها للمسارات المرتبطة. في حين أن الأداة SkyPainter المخططات مسار مرمزة مع أكثر المسارات ممثلة إحصائيا والمدرجة على مسارات ممثلة, أداة تحليل يقدم قائمة من جميع المسارات المرتبطة بها عن كل الجينات أو البروتين في قائمة معرف المستخدمين. من التقرير يمكن للمستخدمين ربط المسار إلى مستعرض يعرض على مواصلة استكشاف المسارات الفردية.

و مقارنة بأنواع و تحليل التعبير أدوات تسمح للمستخدمين مقارنة إما عبر مسارات نوعين, أو لبيانات الخريطة التعبير على مسار الصور. لديهما قواعد البيانات سبيل المثال أنه يمكنك النقر فوق & تشغيل. أقوى أدوات أخرى, مثل البحث المتقدم, ابحث عن وظيفة BioMart, باثفايندر البحث جزيء صغير ويبدو كل شيء أن تكون متوفرة وإلى حد كبير دون تغيير, وهو بارد.

سنقوم بالطبع يمكن تحديثها لدينا البرنامج التعليمي الكامل Reactome لتعكس التغيرات في التفاصيل – بعد الإفراج نعطي بعض الوقت للتأكد من كل شيء مستقر. :)

نصيحة الأسبوع: PathCase طريقا للبيانات

ننفق الكثير من الوقت لاستكشاف البيانات الجينومية, الاختلافات, وشروحه. ولكن بالطبع من منظور خطية على الجينات وتسلسل ليست الطريقة الوحيدة لفحص البيانات. فهم مسارات في الجينات التي تتفاعل والكيانات الجزيئية أمر حاسم لفهم بيولوجيا الأنظمة.

هناك عدد من الأدوات التي يمكن أن تساعدك على تصور واستكشاف هذا النوع من البيانات. KEGG هي واحدة من أكثر الأدوات الجليلة في مجال المعلوماتية البيولوجية, BioCyc ومن المعروف جيدا واستخدامها, ركتوم هي واحدة من المفضلة لدينا. مؤخرا NCBI النظم البيولوجية قد تأتي على طول, و BioModels الأداة في بنك الإمارات الدولي ويوفر المزيد من البيانات من هذا النوع وكذلك. مسار التفاعل قاعدة البيانات ومن مكان آخر في محاولة. ما سوف تجد أن كل واحد له التركيز مختلفة, التركيز الأنواع أو مجموعات البيانات المتاحة, وأدوات مختلفة لاستخدامها لعرض قواعد البيانات بيانيا. سوف الطرق لتخصيص أو التفاعل مع البيانات تختلف كذلك. لذلك قد تحتاج إلى محاولة العديد من العثور على واحد تريد لأغراضك.

ولكن لنصيحة اليوم من الأسبوع سوف أسلط الضوء PathCase, نظام قاعدة بيانات مقررات تمهيدية من جامعة وسترن ريزيرف. هذا هو أداة لقد كان عيني على لعدد من السنوات, واستمروا في إضافة ميزات جديدة ومجموعات البيانات إلى تصور واجهة البحث التي لطيف جدا القيام به.

PathCase يقدم لك عدة طرق لتصفح والبحث عن مسارات, العمليات, الكائنات الحية, وأيضا الكيانات الجزيئية (مثل ATP, أيونات, الخ) فضلا عن الجينات والبروتينات. المتكامل كل ما في النظام, لذلك عندما تجد عنصر من الفائدة يمكنك الانتقال إلى القطع الأخرى ذات الصلة. مثلا, من مقررات تمهيدية يمكنك أن تجد الجينات ومعرفة المزيد عن الجينات. من الجينات يمكنك تحميل المسارات التي تشارك فيها.

عندما يكون لديك الرسومات المسار تحميل, يمكنك التفاعل مع هذا المسار من خلال النقر, سحب, إعادة تنظيم وأكثر. النقر بالزر الأيمن يقدم المزيد من التفاصيل حول بنود وسبل تصور البيانات. خيار واحد لم يكن لدي الوقت لتظهر في الفيلم هو أنه يمكنك استخدام مربع H20/CO2 لتحميل المسارات التي تم ربطها إلى واحد كنت تبحث في وتحميل تلك تصل, يذهب إلى أبعد من ذلك على طول الطريق أي أنك قد تكون مهتمة في. هنا مجرد عينة سريعة من ذلك: من الصفحة الجين NARS2 حملت المسار الألانين, وأضاف بعد ذلك عملية الأيض الأحماض الدهنية المسار. الآن يمكنني أن يستكشف كل منهما مع جميع الأدوات PathCase القياسية وفهم الكثير من علاقاتهم. بمجرد البدء في استكشاف هذه الممرات يكون لكم عن دهشتها كيف أميبا المعقدة ممكنة.

إذا كان الأمر كذلك كنت مهتما في المسارات البيولوجية, استكشاف لهم وتمثيلهم, سحب PathCase.

موقع PathCase: http://nashua.cwru.edu/pathwaysweb/

مرجع:
إليوت, ب., كيراج, م., كاكماك, أ., بطيء, غ., مايز, س., تشنغ, E., وانغ, Y., غوبتا, C., Ozsoyoglu, غ., & ميرال Ozsoyoglu, و. (2008). PathCase: مسارات قاعدة بيانات النظام المعلوماتية الحيوية, 24 (21), 2526-2533 دوى: 10.1093/bioinformatics/btn459

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة الجمعة تفريغ الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

http://genome.hmgc.mcw.edu/
http://genome-mirror.duhs.duke.edu/
http://genome-mirror.bscb.cornell.edu/
http://genome-mirror.binf.ku.dk/
http://genome.qfab.org/