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금주의 팁: UniProt에서 PSI의 SBKB로 다시 돌아오다


그것은 여러 생물 의학 데이터베이스 또는 리소스를 참조하는 것이 도움이됩니다, 그들은 더 두 자원이 동일한 정보에 집중하지 않기 때문에 중복되는 정보를 제공하는 것 경우에도, 또는 정확하게 같은 방법으로 그것을 제시. 대신 서로 다른 중복의’ curation 노력, 데이터베이스는 종종 다른 자원에서 관련 정보로 링크. 당신은 이러한 링크를 생각할 수 “사회적 연결”, 당신이 원하는 오늘의 팁의 경우에는 당신에게 단백질 정보 자원 간의 연결 정도를 표시하려면, 정말의 핵심 가치의 일부 기능이 새로운 연결을 포함하여 PSI의 구조 생물학 지식, 또는 SBKB.

나는에 제보를 시작 UniProtKB, 나는 UniProt ID 번호로 검색 어디에. 결과 단백질 보고서에서 내가 먼저 간략하게 대응로 연결하는 방법을 보여 RCSB PDB 보고서, 당신은 높은 품질의 단백질 구조 정보와 자세한 내용을 찾을 수. 당신은 RCSB PDB에 대한 자세한 내용을 배우는 데 관심이있다면 & 어떻게 그것을 사용, OpenHelix의 전체를 확인하시기 바랍니다, RCSB PDB 후원됩니다 무료 튜토리얼.

거기에서 나는 UniProt 보고서로 돌아가 옵션을 밖으로 새로운 링크를 보여주는 것을 단백질 프로토콜에 대한 링크, 사용 가능한 자료, SBKB에서뿐만 아니라, 이론 모델에 대한 정보와 예측 단백질 타겟. 내가 보여줄 시간이 없어요하지만 SBKB으로 최근 업데이 트를 사용자가 이제 UniProt의 가입 번호와 구조 생물학 기술 자료를 검색하실 수 있습니다. 이러한 검색 사전 출시 구조 순서에 대한 단백질 구조 정보와 정보를 포함한 추가 정보를 제공합니다. RCSB PDB와 마찬가지로, 우리는이 SBKB에서 무료 튜토리얼 후원입니다 단백질 구조 이니셔티브.

난 스크롤로 UniProt 단백질 보고서 사용자는 bioscience 자원의 다양한 정보와 링크를 볼 수 있습니다. OpenHelix, 제가 확신로 많은 인식, 이러한 자원을 많이 사용하는 방법에 대한 자습서를 가지고. RCSB PDB와 PSI SBKB에 대한 자습서는 무료가 모두. 우리 UniProt에 대한 튜토리얼다른 많은 자원 훈련 우리의 데이터베이스에 등록이나 개별 접근 구입을 통해 사용할 수 있습니다. 당신은 우리의 자습서를 통해 자원을 배울 수 있는지 여부, 참조를 통해 아래리스트, 또는 데이터베이스의 자신의 탐험을 통해, 정말 이런 류의를 통해 제공되는 정보의 놀라운 금액이 있습니다, 공개 투자 자원 – 귀하의 연구에 활용하시기 바랍니다!

빠른 연결:

UniProt의 지식 - http://www.uniprot.org/

UniProt에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

RCSB PDB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/pdb

단백질 구조 사업 구조 생물학 지식 (SBKB) - http://www.sbkb.org/

SBKB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/sbkb

모든 OpenHelix 자습서의 카탈로그 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

참고 문헌:
UniProt 컨소시엄. (2009). 유니버설 단백질 자원 (UniProt) 에 2010 핵산 연구, 38 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkp846

장미, 추신, Beran, B를, BI, C., 블룸, 더블유, Dimitropoulos, D., , 디, 은 Goodsell, 디, Prlic, 대답 :, 퀘사다, 엠, 퀸, 샷, 웨스트 브룩, 제이, 젊은, 제이, Yukich, B를, Zardecki, C., 버먼, 반장님, & 목적지, 피. (2010). RCSB 단백질 데이터 은행: 디자인된 웹 사이트 및 웹 서비스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1021

버먼, 반장님, 웨스트 브룩, 제이, Gabanyi, 엠, 나, 더블유, 이라느 국왕의 존칭, 기철, Kouranov, 대답 :, 스웨덴 인, 토니, 아놀드, 사장님, 키퍼, F., Bordoli, 실은, 코프, 제이, Podvinec, 엠, 아담스, 추신, 카터, 실은, 미성년자, 더블유, 나이르, 기철, & 배어, Kokocinski. (2009). 단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식 핵산 연구, 37 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식

RCSB의 PDB 및 OpenHelix가 업데이트 무료 튜토리얼 및 교육 자료 발표

새로운 자습서 RCSB PDB 사이트에서 많은 변화와 개선을 반영, 그리고 narrated 온라인 자습서를 포함, 파워 포인트 슬라이드, 유인물, 과 연습.

벨뷰, 웨스턴 오스트 레일 리아 (PRWEB) April 12, 2011

연구 구조 생물학에 대한 Collaboratory (RCSB) 단백질 데이터 은행 (GDP는) 개정 및 업데이트된 튜토리얼을 제공하기 위해 OpenHelix와 제휴 (http://www.openhelix.com/PDB) 생물 학적 macromolecules를 공부를위한 무료 웹 기반 리소스에 (HTTP를://www.pdb.org).

RCSB PDB는 생물 학적 macromolecules을 공부하는 데 사용하는 도구와 리소스의 다양한 제공. PDB는 단백질의 실험적 결정 - 3D 생물 학적 구조의 단일 세계적인 저장소입니다, 핵산과 복잡한 어셈블리. 전세계 PDB 협력의 일원으로서 (wwpdb.org), RCSB PDB는 PDB 데이터를 curates 및 annotates, 기초 및 고급 검색을 제시, 이러한 데이터에 액세스하는 표시 및 시각화 방법.

새로운 자습서 RCSB PDB 사이트에서 많은 변화와 개선을 반영, 새 데이터 드릴 다운하고 데이터 요약 기능을 포함, 이러한 다운로드 페이지로 업데이트된 리간드 기능, 이미지와 바인딩 친화 데이터, 새 보고서 유형 및 시각화 옵션, 많은 사람 중에서.

새로운 교육 자료 (에 http://www.openhelix.com/pdb) 온라인 자습서를 포함 narrated 그 보여줍니다: 기본 및 고급 검색, 어떻게 리포트를 생성하는, 개별 구조를 탐험에 대한 다른 옵션, 그리고 RCSB PDB에서 제공하는 연구 및 교육 리소스와 도구의 많은. 약 60 분 자습서, 즉 막 모든 브라우저를 실행, 처음부터 끝까지 볼 또는 지부 및 순방향 및 역방향 슬라이더를 사용하여 이동한 수 있습니다.

튜토리얼 외에도, RCSB PDB 사용자는 또한 튜토리얼에 대한 근거로 사용되는 애니메이션 파워 포인트 슬라이드를 포함하여 유용한 교육 및 교재에 액세스할 수 있습니다, 슬라이드에 대한 제안 스크립트, 슬라이드 유인물, 과 연습. 이것은 수업 내용을 만들고 교사와 교수에 대한 엄청난 양의 시간과 노력을 절약할 수 있습니다.

사용자는 다음 위치에서 무료로 자료를 자습서를보고 다운로드할 수 있습니다 http://www.openhelix.com/pdb.

RCSB의 PDB에 대하여
RCSB 단백질 데이터 은행 (HTTP를://www.pdb.org), 구조 생물 정보학에 대한 연구 Collaboratory에서 관리 (RCSB), biomolecular 구조에 대한 정보가 필수적인 자원을 제공함으로써 과학 연구 및 교육 전세계 지원. 생명의 이러한 분자는 모든 유기체에서 발견되는, 박테리아와 식물에서 동물과 인간.

RCSB PDB 회원 기관이 공동으로 프로젝트를 관리: Rutgers, 캘리포니아 대학에서 뉴저지와 샌디에고 슈퍼 컴퓨터 센터 및 약학과 약학의 Skaggs 학교의 주립 대학, 샌디에고.

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, (HTTP를://www.openhelix.com) 생물 정보학 및 게놈 검색 및 교육 포털을 제공합니다, 연구자들은 한 장소를 제공해주었습니다 찾는 방법과 웹 리소스 및 데이터베이스를 사용하여 알아보기. 자원의 OpenHelix 검색 포털 검색 수백, 튜토리얼 스위트룸과 기타 자료들이 필요에 가장 관련성이 높은 자원과 OpenHelix 교육 자료를 연구자에게 직접. 연구자 및 기관은 시간을 절약할 수, 거의에 가입을 활용하여 예산과 직원 자원 100 온라인 자습서 스위트 포털을 통해 제공. 가장 관련성이 높은 자원의 효율적 사용과보다 효과적으로 빠르게 연구 의미.

금주의 팁: RCSB PDB 데이터 배포 요약


오늘의 팁에서 당신이 많은에서 볼 수있는 기능을 다운 자료 배포 요약 및 드릴 기능합니다 RCSB PDB 검색. 우리는 RCSB PDB 팀 후원의 모든 튜토리얼을 업데이 트하는 과정에 있습니다, 그리고이 새로운 데이터 프레 젠 테이션 형식을 알고 감사에 들어왔 그 노력의 일환으로. 지난 5 년 동안 RCSB PDB 정말 더 쉽게 사용자의 다양한으로 액세스할 수 자신의 리소스 디자인을 변경해에서 최선을 다하고있다. 아래는 업데이 트를 모두 설명 그룹에서 최근에 인용하고 그들의 배후 논리를 찾을 수 있습니다. 내가 디자인의 표면 스크래치를 제외하고 아무것도 할 시간이되지 않으므로 종이는 좋은 읽어 & 당신은 거기에 세부 사항을거야, 또한 인트로는 자원의 데이터 대홍수 '의 방법을 다루고 무엇으로 큰 망원경을 제공하기 때문에. RCSB PDB 지난 몇 년간 경험이있다는 사용자 및 데이터의 증가는 정신 boggling입니다!

확인, 다시 데이터 배포판에. 내게 이것은 모든 사용자들을 돕는 정말 우아한 방법입니다 – PDB는 구조 생물학에 대한 의미하는 것입니다 – RCSB PDB에 와서 & 쉽고 빠르게 흥미로운 정보의 모든 범주를 액세스하고 그들이 가장 관심있는 특정 구조 나 데이터에 액세스하는 방법에 대한 자세한 방법으로 드릴 다운. 예를 들어, 나는 '키나아제'로 일반으로 뭔가를 키워드 검색으로 시작 할 수. 이 검색을 통해 검색 4 천 안타, 꽤 어려운 수있는, 하지만 보고서 결과의 상단과 같은 생물체와 같은 범주 아래에 표시됩니다, 분류, 실험 방법, SCOP 분류 및 기타. 이러한 범주의 각 아래에 하위 카테고리 내가 얼마나 많은 조회수 알 수 있습니다, 예를 들어 혼합 폴리머 타입입니다, 인간 조회수 있습니다, 또는 알파와 베타 단백질은. 나는 모든 조회에 비해 해당 카테고리의 안타의 비율을 찾기 위해 모든 하위 제목 위에 마우스를 수, 또는 제목을 클릭 자세한 결과를 그 하위 범주의 데이터 배포 - 드릴 다운. 배포 요약은 다음 해당 데이터의 배포에 특별히 초점을 업데이 트됩니다. 이러한 요약을 사용하면 내 마음이 수있는 텍스트 설명 설명 훨씬 더 직관적보다.

내 조언? 팁 체크 아웃, 다음 데이터 배포 요약을 체크 아웃, 유틸리티를 드릴 다운, 그리고 RCSB PDB의 모든 다른 멋진 기능 & 그거 좋아하는 유전자에 대한 정보를 쉽게 찾는 방법을 참조하십시오. 뿐만 아니라 오, 우리가 전체를 공개 및 감시, 무료 & 곧 RCSB PDB 리소스에 새로 업데이트된 튜토리얼!

ResearchBlogging.org장미, 추신, Beran, B를, BI, C., 블룸, 더블유, Dimitropoulos, D., , 디, 은 Goodsell, 디, Prlic, 대답 :, 퀘사다, 엠, 퀸, 샷, 웨스트 브룩, 제이, 젊은, 제이, Yukich, B를, Zardecki, C., 버먼, 반장님, & 목적지, 피. (2010). RCSB 단백질 데이터 은행: 디자인된 웹 사이트 및 웹 서비스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1021