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주의 비디오 도움말: 뉴 PubMed 필터 사이드바

오늘의 팁에서는 전에서 YouTube 동영상로 연결하고 NCBI 그렇게 짧게는 새로운을 설명 필터 사이드바 기능 추가되었습니다 PubMed. 우리는 먼저 변경 월 2 일에 다시 온다는 트윗을 보았다, 그러 고는 총 업데이 트를 완료했습니다 마찬가지로 우리의 전체 PubMed 자습서*.

나는 새 사이드바 위해 우리의 생산 팀을 보유 여부와 분투, 또는 계획을 우리의 자습서를 생성하기 위해 가까운 시일 내에 업데이 트하는 방법 – 자원 변경 빛의 속도로 발생할 수 있기 때문에 항상 어떤이 가장 좋은 방법이라고 알 투쟁이다, 또는 지질 학적 시간 단위에 따라 (확인, 너무 과장하지만 멋진을 공개하려고 할 때 그것 심정, 최신 프로젝트 & 뭔가가 당신을 보유 및 튜토리얼 자료 지연될 간행물의 원인). PubMed를 통해 전 운이 좋았 – 저는 사이드바 기능이 추가될 것이라고 짹짹를 봤어요 “다음주에”. 나는 보류 스크립트를 넣어 우리의 목소리가 전문적인 질문 & 나는 기다리고 PubMed 주위 진행는지 (& 때) 일들이 발생할 것이다.

자신의 단어에 참, 사이드바 기능은 5 월 10 일에 PubMed 결과에 나타나기, 내가 본했기 때문에 정확히 하나의 주 “다음주에” 발표 – NCBI에 감사 & PubMed 팀! :) 뿐만 아니라 그들은 적시에 해당 업데이 트를 밀어 않았다, 그들은 변화를 설명하는 유튜브 비디오를 만들었 & 향후 변경 사항이 갈 예정 어디 논의. 비디오가 분명하다, 빠르고, 그래서 이번주 팁을로 사용하고. 나는 기능인지 모르겠 네요 100% 안정된, 나는 아래 이미지에 표시로, 이후 게시물에 대한 설명, 하지만 변화는 NCBI의 목표를 달성 같아요 – 더 많은 사람들이 눈치하기위한 & 해당 검색에 대한 필터를 활용.

동영상 나레이터 필터 영역이 없어져있다 밝히고 & 두 개의 기본 필터는 영구적으로 선택됩니다, 같이있을 수없는 수표 기호로 표시 “unclicked”. 에”다음주 중에 그 수표 자국이 안 보이는 “사용 가능한 무료 전문” 링크 (표시) 또는 “리뷰” 링크, 이는 내 이미지로보기에 없습니다. 나는 또한 내가 정말 좋아하는 여자가 내 NCBI에 로그 인한 여부에 따라 오른쪽 필터링된 하위 집합을 얻을 것인 지에 대한 차이를 볼 (상단 창이 이미지의 뒷면에 표시), 여부 (낮은, 앞 창문). 내 손을 IE에서 9.0 & 파이어 폭스 12.0 이러한 측면에서 유사하게 두 기능.

NCBI 비디오 정말 필터가 추가됩니다 후에 결과가 어떻게 보이는지 보여주지 않는, 하지만 나에게 장난으로 그것이 모든 필터 닮은 귀하의 검색에 적용됩니다 & 당신은 단지 결과의 한 세트를 얻을, 다양한 하위 집합에 연결하지. 그것은 검색에 필터를 추가 할 쉬워이지만, 그 필터가 앞으로 어떤 효과가 있을까하는 방식이라면, 나는 오래된 필터를 그리워 할거라고 생각 – 내 필터를 변경하거나 검색을 다시 실행하지 않고 결과의 다양한 하위 범주 전환할 수있는 사람 이란다. 의견을 공유하십시오 & NCBI와 환경들이 사용자를위한 최상의 리소스를 만들 수 있도록이 필요!

* 개별 구입 가능이 리소스 또는 가입을 통해 OpenHelix 자습서.

빠른 링크:

PubMed 사용에 관한 OpenHelix 입문 자습서 (곧 업데이 트해야): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

PubMed 자원: http://www.pubmed.gov/

PubMed 참조:
세이어, E.W., 바렛, 토니, 벤슨, 지방 검사, 볼턴, 이봐요, E., 브라 이언트, S.H., Canese, 사장님, Chetvernin, 브이, 교회, D.M., DiCuccio, 엠, Federhen, S. & (2011). 생명 공학 정보를위한 국립 센터의 데이터베이스 자원, 핵산 연구, 40 (D1) D25. 간접 자원부: 10.1093/nar/gkr1184

업데이트 튜토리얼 자료 발표: UniProt, 게놈 브라우저의 개요, 자원과 세계 투어

로 많은 알고, OpenHelix 추가 연구를 위해 사람들이 공공의 생명 과학 데이터의 금광에 접근하고 활용할 수 있도록 전문. 우리는이 작업을 수행하는 방법 중 하나는 기차 사람들에게 자료를 만드는 것입니다 – 연구자, 임상, 사서, 누구나 과학에 관심 - 그들이 관심있는 데이터를 찾을 수있는 위치에, 특히 공공 데이터베이스와 데이터 저장소의 데이터에 액세스하는 방법. 우리는 이상 있어요 100 에서 모든에 이런 튜토리얼 PubMed기능 Glycomics 게이트웨이 (더 많은 것을 나중에).

이 튜토리얼을 만들뿐만 아니라, 우리는 또한 그들에게 정확하고 최신 상태로 유지하기 위해 많은 시간을 보내고. 이것은 도전이 될 수 있습니다, 데이터베이스 또는 리소스의 많은 모두 같은시기에 주요 자료를 가지고 특히. 우리 팀은 지속적으로 평가하고 업데이트합니다 우리의 자료를이 글에서 나는 우리의 튜토리얼의 세 가지로 최근에 출시 된 업데이트를 발표 할 행복: UniProt, 월드 투어, 그리고 게놈 브라우저의 개요.

우리 소개 UniProt 자습서 어떻게 사용자를 보여줍니다: 관련 단백질 정보를 UniProt의에서 텍스트 검색을 수행, 시작 지점으로 시퀀스 검색, 다른 유형의 이해 UniProt 기록, 및 CLUSTAL를 사용하여 단백질 레코드의 다중 서열 정렬을 만들.

우리 게놈 브라우저의 개요 소개에 사용자를 소개합니다 Ensembl, 지도 뷰어, UCSC 게놈 브라우저, the 통합 미생물 Genomes (그림) 브라우저, 및 GBrowse 소프트웨어 시스템. 우리는 또한에 터치 WebGBrowse, JBrowse, the 통합 유전체학 뷰어 (IGV), the 아르고 게놈 브라우저, the 통합 게놈 브라우저 (IGB)거위떼, 그리고 원형 게놈 뷰어, 또는 CGView.

우리 게놈 자원의 월드 투어 무료로 등록하지 않고 액세스할 수 있습니다. 그것은 예를 들어 자원의 투어를​​ 포함, 같은 카테고리로 구성 알고리즘과 분석 도구, 표현 리소스, 게놈 브라우저 (모두 진핵세포미생물 / Prokaryotic) , 문학 및 텍스트 마이닝 자원, 및 자원에 집중 세포핵, 단백질, 경로, 질환과 유사. 이 메인 토론 후 무료로 리소스를 찾을 수있는 방법에 대한 논의로 이어질 것입니다 OpenHelix 자료 검색 포털, OpenHelix 자습서와 리소스를 사용하는 학습에 의해 다음, 과 자원에 대한 학습의 추가 방법을 논의.

빠른 연결:

OpenHelix 기초 UniProt 튜토리얼 스위트: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

게놈 브라우저 자습서 제품군에 OpenHelix 개요: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

지노 믹스 자원 튜토리얼 제품군 무료 OpenHelix 세계 투어: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


단백질 정보에 대한 임무

아마 점을 연결하는 바로 인간의 뇌의 능력의 & 패턴을 찾을, 하지만 흥미로운 수있는 얼마나 많은 “관계가없는” 행사 및 정보 비트 내 머리에 축적 & 결국 아이디어나 이론에 mulled 얻을. 받아, 예를 들면, 최근 생명 공학 믹서, 교육 리더십 시리즈에서 비트 & 과거 자연 기사 – 각각의 “행사” 내 마음에 meandering되었으며 지금은 그들이 블로그 게시물과 같은 자신의 방법을 찾고 있어요.

확인, 지금 설명: 최근 지역 바이오 행사에서 저는 회사에 대해 들었어요 (KeraNetics) 케라틴 단백질을 정화 & 치료 및 연구 애플 리케이션을 개발하기 위해 그들을 사용하여. 회사 & 그들의 연구는 매우 흥미로운 것 같던데 & 그 많은 부상당한 군인들을 은닉 목적으로하기 때문에, 그것은 또한 직접적으로 도움이 소리. 이야기 짧은되었습니다, 약 20 분, 그래서 자세한 내용이나 질문에 대한 시간을 많이도 wasn'ta. 난 내가 알고있는 bioscience 데이터베이스와 자원의 여러 규정을 통해 벤처 및 싶어 결정, 각질에 대한 자세한 내용은하기 위해.

나의 탐구 때문에 짐승의 성격 재미와 좌절 둘 다 – 각질은 “잘 알려진” (나. 이 고등학교 학업 도전 대회 '많은'에 있습니다, 알고있는 누군가에 따라), 하지만 작동하기 어렵다 (나. 강인한, 용해되지 않는, 섬유 구조 단백질) 그건 당신이 평균 단백질 데이터베이스에서 많은 일반적인 정보를 찾을 어렵습니다 (그것은 많은 다른 유전자의 제품 만들어져 있기 때문에,, 모든라고도 “케라틴”). 내가 좋아하는 단백질 자원의 두에서 내 모험을 시작하기로 결정, GDP는 & SBKB, 하지만 각질에 대한 해결 구조를 찾을 수 없음. 방식으로 인해 모델 생물 데이터베이스는 curated 및 구성됩니다, 나는 자주 단백질 검색을 시작합니다, 그냥 기본적인 배경 지식을 얻으려면, 유전자 이름, 시퀀스 정보, 등등. 에 (물론) 몇 가지 이외의 아무 것도 발견의 조건을 가지 Saccharomyces 게놈 데이터베이스 (SGD), 하지만 둘다 결과 수백을 발견 마우스 게놈 정보학 (MGI) (660 게놈 기능) 및 쥐 게놈 데이터베이스 (RGD) (162 쥐 유전자, 342 인간의 유전자). 또 유전자 이름을 발견 (Krt의 *), OMIM에 대한 링크가있는 질병에 대한 참조와 시퀀스 많은 요약 주석. 꿈에 쿼리하는 경우 “케라틴”, 에 OMIM 내가 가진 180 조회수, 포함 61 “임상 synopsises”, 에 UniProt 반환 505 검토 항목과 2,435 검토되지 않은 entiries, 에 단백질을 입력하세요 10,611 결과 및 PubMed 26,430 와 기사 1,707 리뷰. 나는 KeraNetics에 대한 나의 호기심을 가지고’ 연구 추상적인 또는 제목에 각질을위한 PubMed 고급 검색을 사용하여 sated & 저자로 PI의 이름 (검색 = “(케라틴[제목 / 초록]) 반 크[저자]“).

나는 많은 정보를 통해 내가 사냥을 수도있다는 걸 리드와 종료, 하지만 내가 각질에 대해 많은 것을 배웠있는 재미있는 과정습니다. 교육 물건에 오는 곳이에요. 좀 더 조사를 중심으로 교육 개혁에 관한 대화를 통해 연구의 많은 이동이 떠올라요, 그리고 난 정말 그 일을하는 방법을 볼 수 있습니다. “배우기” 암기를 통해 & 병리 현상은 모두 건조 & 를위한 거친 “메모리 도전”, 나 같은. 탐험 이유로 호기심을 갖는, 새로운 데이터 너겟 또는 각 모퉁이에 숨어 이해, 정보가 더 들어갈 것 같다 & 이상 체류. (OT, 하지만 오늘 W / 몇 가지 깔끔한 물건을 발견했다 난 관련 사이트를 언급 줄 알았는데: 마음 / 시프트 - 어떻게 우리가 배울 수 있습니다.)

그리고 처음의 고급 PubMed 검색을 할 수 있었, 하지만 재미 것은되었을 것이라고? 게다가 내가 발견하지 못했던 것과 각질에 대해 배운 것이 많이있다, 그런 케라틴 단백질을위한 PDB 구조의 과다 거기서 wasn'ta. 그게 내 mullings의 최종 점에 따로 – 내가 읽기 백로그에서 일한대로 오늘 전체 왔다고 기사: “촬영 너무 많은 길을“. 당신은 자연에 가입있다면 당신은 그것을 읽을 수, 하지만 중요 한건 연구자가 여전히 주로 그들이 오랫동안 것으로 단백질 같은 세트에 주력하고있다, 이들은 연구 도구가있는 단백질 때문에 (항체, 화학 억제제, 등등). 철학의이 같은 종류의 단백질 구조 사업에 연료를 채우고있다 (PSI는) 노력, 로 설명 여기에. 어쨌든, 나는이 문서가 흥미로운 발견 & 저자 일반적인 제안에 동의. 나는 그러나 이러한 물리적인 연구 도구 넘어 그것을 확장하는 것입니다 & 가는 앞으로 연구자들이 더 많은 데이터 분석 도구가 필요하다는 말을, 그들을 사용하는 방법에 대한 교육 – 하지만 난 것입니다, 저는 오늘 여기 있지 않았 을겁니다? :)

참고 문헌:

  • Sierpinski P, 개렛 J, 마, 애플 P, Klorig D, 스미스 T, LA 마찬가지로, Atala, & 반다이 크 M (2008). 주변 신경의 빠른 재생을 추진 머리카락에서 파생된 각질 biomaterials의 사용. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • 에드워즈, 대답 :, Isserlin, 기철, Bader, 샷, 프라이, 미국, Willson, 토니, & 유, F 조. (2011). 촬영 너무 많은 길을 자연, 470 (7333), 163-165 간접 자원부: 10.1038/470163a

무슨 대답이야? 데이터베이스 예외

Biostar 질문에 대한 사이트입니다, 응답 및 생물 정보학 질문에 대해 논의. 우리의 회원 커뮤니티는 매우 유용한 찾아. 자주 질문 및 답변은​​ 우리의 독자들에게 밀접한 관계가있는 것을 BioStar에서 발생하는 (게놈 자원의 최종 사용자). 매주 목요일은 우리가이 스레드 여기에 그 질문 중 하나이며, 답변을 강조합니다. 당신이이 스레드에 질문을 할 수, 또는 당신은 항상 BioStar에 참가할 수.

주간 질문:

주요 데이터베이스에 특이한 / 잘못된 항목 (GenBank, UniProt, GDP)? 피에르 Poulain은 묻습니다 ” 에… 이러한 데이터베이스에 그들이 찾을 수있는 데이터와 함께 신중을 기해야 내 학생들에게 조언. 이것을 설명하기 위해, 나는 GenBank에 아주 독특한 항목을 찾을 수:..” 그리고 그 다음 좋은 것들을 나열.

몇 가지 흥미가 있었다, 재미있는, 우리의 메리에서 하나를 포함하여 답변,

내가 제일 좋아하는 기괴한 데이터베이스 항목은 PubMed 하나. 그 NCBI ROLF 블로그가 생성되기 전에이 오래되었습니다. 나는 회색 머리로의 전환에서 확인된 유전자를 찾고 있었어요. 이것은 유용하지되었습니다….

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12079806

이다 제목 (참고, 추상 없습니다):

저는 64 세의 남자입니다, 그리고 난 항상 완벽한 의료 기록 자랑 스러웠다. 또 머리카락 내 전체 머리 자랑 스러웠다, 회색에서 기어 오르나 시작 이후에도. 넉 달 전에 폐렴에 걸려 병원에 8 시간을 쏟았다 (집중 치료 세). 그것은 좀 걸렸어요, 하지만 정상으로 돌아 마침내 – 내 머리 밖으로 떨어지는 것을 제외하고. 언제 샴푸 또는 빗을 그것은 대단히 짧은 시간에 밖으로 나오는 사람, 그리고 온통 눈에 띄게 얇은 할거야. 당신의 뉴스 레터에 Propecia에 대해 읽고 기억하지만 오래된 문제가 없습니다. 나는 약물을 시도해야?

연구자는 항상 데이터를 다시 확인해해야하는 이유에 대해서 좋은 예제에 대한 다른 답변을 확인.

금요일 SNPets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

NCBI 개요 및 PubMed과 유전자 표현 다수의 자습서를 포함한 NCBI 리소스에 대한 온라인 자습서 업데이트

공개 NCBI 자원에 대한 종합적인 튜토리얼은 신속하고 연구를 활성화 효과적으로 이러한 귀중한 자원을 사용.

시애틀, 웨스턴 오스트 레일 리아 (PRWEB) June 8, 2010 – OpenHelix 오늘은 NCBI 자원 세 업데이 트 자습서의 가용성을 발표했다.

생명 공학 정보를위한 국가 센터, NCBI, 가장 일반적으로 공개적으로 사용 가능한 데이터베이스 및 도구 분자 생물학의 많은 가정이 오늘. 그들은 GenBank으로 인기있는 등 광범위하게 사용되는 데이터베이스를 집, PubMed, 지리적, Entrez 진, 단백질을 입력하세요, 더. NCBI는 또한 생산, 유지 관리 및 업데이 트를 다양한 도구, 검색 도구를 폭발 시퀀스 유사성의 큰 가족과 Entrez 검색 및 검색 도구처럼. 또한, 그들은 서비스의 광범위한 다양한 교육을 제공합니다, 뉴스 보급 및 데이터 제출 다양한 종류의. 이 튜토리얼은 NCBI의 데이터베이스의 광범위한 개요를 제시, 도구, 교육 자원 및 데이터 제출 프로토콜. 이 개요에 대한 업데이 트뿐만 아니라, OpenHelix 모두를 업데이트했습니다 그것은 유용한 자료와 GEO 자습서의. PubMed 의치 문학에 대한 초연 검색 엔진입니다. 이상 18 수있는 생명 과학 저널에서 만 딱지이 무료 서비스를 통해 검색. The 유전자 발현의 다수의, 또는 지리적, 높은 처리량 유전자 발현 및 분자 풍부한 데이터를 저장하기위한 귀중한 자원입니다. 이 세 자습서, 다른 많은 OpenHelix과 함께 폭발과 같은 NCBI 자원에 최신 자습서, 입력, dbSNP, MMDB, 바이러스가 resoruces, MapViewer과 다른 사람들이 당신에게 접근하고 분석하는 게놈 데이터에 효율적이고 효과적으로 될 수 있도록 훈련 자원의 집합을 제공합니다.

튜토리얼 스위트, 연간 OpenHelix 구독를 통해 사용할 수, 온라인을 포함, narrated, 멀티미디어 튜토리얼, 웹에 연결된 막 모든 브라우저에서 실행되는, 따라서 전체 스크립트를 슬라이드와 함께, 유인물과 연습. 자습서와 함께, 연구자들은 빠르고 효과적으로 배울 수 있고 효율적으로 이러한 리소스를 사용하여. 스크립트, 유인물 및 기타 자료도 참고로 또는 교육 기타 사용할 수 있습니다.

이 튜토리얼은 사용자가 가르쳐 줄거야:

NCBI 개요

*NCBI의 기본 구조와 리소스를 자사의 다른 유형을 이해하는
*필요한 데이터베이스와 분석 도구를 찾기 위해 NCBI를 탐색
*교육 자원의 종류 NCBI에서 제공되는
*기본적인 데이터 제출 절차 및 배경 정보
*방법 전체 NCBI 사이트를 검색하는, 뿐만 아니라 단지 Entrez의 하위 집합은 데이터베이스

PubMed

*기본, 고급, 및 부울 검색 방법
*Entrez 글로벌 쿼리 같은 추가적인 검색 방법과 메쉬 검색어
*도움말 시각적 단서와 디스플레이를 이해하는
*결과를 사용자 정의하고 저장할 실행할 수 있으며 정기적으로 이메일로 검색을 내 NCBI를 사용하여

유전자 발현의 다수의 (지리적)

*특정 유전자 또는 실험적인 디자인을 위해 쿼리 지리적 효율적인 방법
*어떻게 당신이 원하는 특정 정보를 찾기 위해 지리적 출력 표시를 탐색
*어떻게 특정 레코드 형식으로 지리를 검색할 지리적의 복잡한 데이터 구조를 탐색

이러한 이상에 대해 자세히 알아보려면 85 다른 튜토리얼 스위트 방문 OpenHelix 카탈로그OpenHelix. 아니면 방문 OpenHelix 블로그 최대 - 게놈과 게놈 자원에 대한 최신 정보를.

소개 OpenHelix
OpenHelix, LLC는, (www.openhelix.com) 생물 정보학 및 게놈 검색 및 교육 포털을 제공합니다, 연구자들은 한 장소를 제공해주었습니다 찾는 방법과 웹 리소스 및 데이터베이스를 사용하여 알아보기. 자원의 OpenHelix 검색 포털 검색 수백, 튜토리얼 스위트룸과 기타 자료들이 필요에 가장 관련성이 높은 자원과 OpenHelix 교육 자료를 연구자에게 직접. 연구자 및 기관은 시간을 절약할 수, 에 가입을 활용하여 예산과 직원 자원 거의 100 온라인 자습서 스위트 포털을 통해 제공. 가장 관련성이 높은 자원의 효율적 사용과보다 효과적으로 빠르게 연구 의미.

개인 유전체학, 임상 평가 및 온라인 리소스

ResearchBlogging.org랜싯 용지, 개인 게놈를 반영 임상 평가, 이번 주말에 우리를 매료시킨있다 (예, 내가 해변에서 읽어). 메리 금요일 게시또 토요일 신문 및 관련 NPR의 세그먼트에. 그것은 독창성과 종이로 내 기분이, 내가 유전자 미래 다니엘 의견에 동의하지만, 거기 많은 우리가 아직 모르는가 없습니다. 변화의 많은 부분은 단추로 영역을 코딩 이외에, 그래서 예측과 경향 올 수밖에 사용할 수있는 분석으로 어려운. 사실, 그가 지적한대로, 코딩 영역 유사의 많은 질병에 미치는 영향에로 작은 정보를 가지고. 나는 또한 우리가 그 성배에 도착해도 그 추가할 $1,000 개인적인 게놈 순서, 광범위한 이러한 종류의 분석은 여전히​​ 시간과 비용의 순서 genomes의 대부분을 금지하는 것입니다.

아직, 과학 및 의학의 모든 초기 단계와 마찬가지로, 조각도 실종, 큰 빈틈과 거대한 노력 (생각 “우주 여행,” “컴퓨터,” “전자 레인지,” “인터넷,”) 시간이 저렴하고 일상이 될 저 (확인, 그래서 전이 필요하지 “저렴”). 분석이 죽이기 전에 genomes을 시퀀싱 저렴한 될 것입니다, 하지만 둘 다 올 것이다. 그리고 본 논문은 그 미래를 가리키는 것.

내가 보는 대규모 개인 게놈에 다른 장애물 (물론) 이해와 게놈 및 데이터 자원을 사용하는 것입니다. 저자는 대형을 사용 (우수한, 제 생각에는) 게놈 자원 스위트는 데이터를 취득하고 분석을 할 수. 나는 알파벳 순서로 링크가 여기에 표시됩니다:

dbSNP ()
GVS ()
HapMap ()
HGMD
OMIM ()
PharmGKB
PolyPhen
PubMed ()
엄밀히 조사하다
UniProt ()

이러한 리소스의 모든 데이터가 풍부한을 가지고, 하지만 그렇다하더라도, 그 각각의 도구를 사용하여 필요한 분석과 친하게 함의 많은. 각 도구는 문서와 자습서를 갖고 있지, 물론 OpenHelix이 언급한 것들의 많은에 대한 튜토리얼을 가지고 (링크된 가진 사람 “티”이름 다음의). 아직, 이 분석 도구와 친하게 함의 큰 숫자를했다.

신문은 꽤 괜찮은 몸매를 가지고 계시니 (그림 1) 분석 과정을 요약한. 예를 들어, 그들은 유전자 연관을 찾을 게놈을 토막 내고, 비 동의어, 그리고 소설과 질병 관련 유사 희귀하고 그 사용 dbSNP를 분석, HGMD, OMIM과 PubMed은 Haemochromotosis와 연관이있을 거라 HFE2 같은 것을 분석. 종이 내 quibbles 중 하나, 자주 이러한 서류와 함께, 좋은 방법 '연습을 할이 없을 것입니다’ 같은 종이를 사용하여 뭔가 은하 또는 선술집 역사 또는 워크플로우에 분석을 재현하는 데 도움이 될.

우리는 또한 내가 당신을 가리 키도록하려는 튜토리얼을 가지고, 비슷한 과정을 통해 걷고 그리고 그 과정을 통해 걷는 사용자에게 기본을 가르치는 일. 당신이 여기에 튜토리얼 찾을 수 있습니다, 그것은 무료입니다 및 공개. 튜토리얼은 유전자 변이의 분석을 통해 사용자가 산책, Warfarin에 대한 개인의 반응 효과 그 CYPC9이 경우에는. 비슷한 변동이 있습니다 (다른 유전자, 같은 약물 반응에 영향을) 신문에. 튜토리얼은 구별과 PolyPhen 예측 등 변화의 개요를 얻을 수있는 NIEHS SNPs 사이트를 사용하여, 다음 UCSC 게놈 브라우저로 지역의 개요를 찾을 수, dbSNP 정보를 산책하고 GVS를 사용하여 빠르게 태그 SNP 분석을 수행. 저 튜토리얼은 게놈과 게놈 자원에 엄청난 교육을해야한다 무엇에 단 하나 아주 작은 단계입니다.

그게 전부가 용지는 매혹적인 첫 번째 단계는 것을 지적하는 것입니다, 그리고 첫 번째 단계는 크게 벌어진 구멍을 알 수 있듯 우리는 약을 위해 개인 게놈을 가져을 갖게 될 것이다.

애쉴리, 이봐요, E., 버트, 대답 :, 조타실, 엠, 첸, 기철, 클라인, 토니, 듀이, F., 더들리, 제이, Ormond, 사장님, Pavlovic, 대답 :, & 모건, A. (2010). 개인 게놈를 반영 임상 평가 랜싯, 375 (9725), 1525-1535 간접 자원부: 10.1016/S0140 - 6736(10)60452-7

데이터베이스는 당신을 깰 때…

당신은 데이터베이스의 recesses 깊은 시간을 많이 소비하는 사람있다면 — 평균 최종 사용자보다 깊이 — 때때로 당신은 정말 흥미로운 것들을 발견. 때때로 그들은 교훈이다, 등: 흠…나는 실현 않았 마우스 거기에 뼈가 붙어 있고 나는 잭스의 해부 학적 구조를 작동되기 전까지… 때로는 오싹하다. 메쉬 계층에 묻혀있는 것은 약이었다 가장 혐오스러운 용어 난 절대 통제 어휘에서 본 것. 아마 그들에게 이것에 대해 불평 10 년 전, 그리고 그냥 메쉬에 나타나지 않습니다 실현 2010, 최종적으로.

데이터베이스 검색 한 ROFL를 떠날 때하지만 다른 시간이있다. 내가 건너 온 때 시간이 좀 전에 일어 이상하게 재미있는 이야기 회색 머리 유전자에 대한 검색. 그것은 우리가 데이터베이스에 걸쳐 온 다른 재미있는 것들에 대한 동료의 제 영역 중에서 몇 가지 논의를 생성.

음, NCBI의 PubMed를의 유머의 추구에 전념 한 전체 블로그가있다. 난 단지 그들이 발견 블로그 컬렉션에 새로운 가정을 발견 한 ScienceOnline2010 회의에서 # scio10 트윗에서 발견!

NCBI ROFL: 안녕하세요, 세계! (다시)

그들에게 축하. 당신이 찾아내는 경우에 당신은 때때로 문학에 킬킬 웃음해야–혹은 프리젠 테이션을위한 재미있는 샘플이 필요, 그들의 새로운 가정에 그들을 체크 아웃. 그들은 또한 제안을. 당신은 당신을 크랙 PubMed에서 뭔가를 찾으면, 함께 그것을 보내.

PubMed에 웹캐스트?

이니고 몬토야: 당신은 그 단어를 계속 사용. 나는 그것이 무슨 뜻인지 당신이 생각하는 의미 생각하지 말고.

그래서 읽고 있었어 NLM 기술 게시판 November 12 월이 아침에. (예, 재밌, 나도 알아–늦은 달. 당신은 휴일입니다 방법을 알고…). 하지만 흥미로운 뭔가를 가로 질러왔다. 여기 그것이 말하는거야:

흠…웹 캐스트. 확인. 하지만 그들이 어떻게 가고있다? 그리고 소스는 무엇입니까? 어떻게 주석이 있습니다? 그래서하자 모습을 가지고. 에 PubMed 내가 클릭한 고급 검색. 선택 “문서의 종류” 상자. 그리고 검색 실행하자.

내가 가진 3. 여기 내 결과입니다:

제가 갔었 첫번째 게시자의 사이트. 간단한 추상 같은 소개가있다. 이 작업을 수행 할 수 있습니다 링크 2 동영상. 환자의 검사가, 용- 및 사후 처리. 비디오 전설 워드 문서가있다. 여기에 전체 전설이다…난 정말 이런 필요성이 단어에 문서를 전달하는 이유가 아닌 그 페이지를 잘 모르겠어요.

전설: 티아민 결핍으로 43 세의 남자, 뇌증없이 보행 및 안구 운동 이상으로 나타냄 (동영상 1) 크게 신속한 진단 및 경험적 티아민 교체 후 개선이 (동영상 2).

확인. 이것은 신경과에 유용 물건입니다, 제가 확신하는데. 하지만 그것이 내가 전화했을 게 아니에요 “웹캐스트”. 아마 내가 그냥…난 거의 본 논문에서는 기본적으로 그림이라고 생각했을.

두 번째 난에 액세스 할 수 있도록 기대하지 않았다. 하지만 난에 도착했을 때 사이트 그것은 내가 한 등장. 내 독일어 존재하지 않는, 하지만 단어를 해독할 수있었습니다 “팟캐스트”. 그래서 클릭. 나는 독일의 포드 캐스트에 대한 액세스를했다. 그 멋지다. 하지만 난라는 것 아닙니까 “웹캐스트”.

확인. 다음 중 하나 난에 액세스 할 수 없습니다. 나는 정말 무엇을 평가할 수 없습니다. 하지만 난 말을해야 2/3 내가 예상한대로되지 무엇입니까 웹캐스트…

어쩌면 그것은 의미의. 나는 웹 캐스트는 자신의 작품에 사람들이 준 세미나 것이라고 생각, 또는 우리가 가지고있는 교육 자료 같은 특별한 게시된 항목, 이나 뭐. 회의 프레 젠 테이션 어쩌면 기록.

내가 생각을 좋아해–나는 우리가 중요한 출판물 가능합니다 / 프리젠 테이션의 이러한 유형을 만드는 방법에 대한 생각을 시작할 필요가 있다고 생각. 나는 내용이 NLM에 의해 색인 될 것이다 궁금 해서요. 우리 교육 웹 캐스트의 텍스트로 사용할 수있는 전체 스크립트가, 그러나 나는 오히려 드문 말할 것. 대부분의 경우 내 경험에 제목과 최상의 벌거 벗은 추상적이.

어떻게 생각하세요? 당신이 웹 캐스트 부르는 것입니다? 이 개발의 나의 현재의 평가는 = 아이디어: 우수한. 실행 (현재): 어.

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맥도날드, 기철, 스타 니 치는, 추신, Monrad, 추신, & Mateen, F 조. (2009). 비디오 NeuroImages을 가르치고: 정신 상태의 변경없이 Wernicke 뇌증 신경학, 73 (20) 간접 자원부: 10.1212/WNL.0b013e3181c1de31

금주의 팁: NCBI 화장!

NCBI_interface_movie내 경력에 의존 기억할 수있는 두 가지 최초의 웹 기반 생물 정보학 자원 페드로의 목록 및 NCBI했다. (조금 향수 여행이 필요 분은 당신의 사본을 볼 수 있습니다 여기 페드로의 목록.) 많은 페드로의 목록 자손의 다양한 형태가 있습니다–우리가 최근에 출시를 포함하여 리소스 검색 도구. 그러나 생명 공학 정보를위한 국립 센터 (NCBI) 인터페이스는 좀했습니다…음…comfortingly 안정–정말 오랜 시간 동안. 내가 들여다 보았다 웨이백 머신 사용되는 이전 인터페이스의 모습을 확인할 수 있습니다. 나는에서 하나의 변형을 찾을 수 있었다 1997 나는 그것을 볼 때까지 나는 잊었었던. 하지만 그때보고 계속 그리고 난에 시작하는 대부분의 익숙 버전을 발견 1999. 당신이 비교하는 경우 1999 에 2009 당신은 본질적으로 동일한 레이아웃이 나타납니다. 다음은 이전 인터페이스의 비교는, 다음 새:

NCBI interfaces through the years

년 동안 NCBI 인터페이스

ncbi_new_2009

음, 그 모두가 변화의! NCBI는 인터페이스의 주요 정밀 검사를하고있다. 당신의 홈페이지 모습을 확인할 수 있습니다 미리보기 사이트 여기에 (그들이 함께 생산으로 이동할 때 링크는 휴식 있습니다), 그리고 당신은 볼 수 PubMed 여기서 변경, 심지어 PubMed를 사용하여 시작 미리보기 사이트 여기에.

이것은 과거와 큰 휴식이다, 모든 새로운 인터페이스처럼 익숙해 약간의 시간이 걸릴 것. 하지만 조직처럼 나는 말을. 왼쪽 탐색 도구를 쉽게 찾는 것. The “인기있는” 상자가 가장 자주 사용하는 항목에 빠르게 액세스 할 수 있습니다. 하이라이트 소식은 여전히​​ 잘 사용할 수 있습니다. 내가 놓칠 것이다 몇 가지가 있습니다. 우리는 마음에 사이트 맵 레이아웃 방법의 개요 정렬의 기능을 설명하기 위해, 그리고 미리보기 페이지로 링크가되지 않습니다–알파벳 목록에 링크. 변경 될 수 있습니다, 그래도.

어쨌든–나는 새로운 모습이 좋은 효과라고 생각합니다. 물론 우리는 인터페이스의 새로운 장 우리의 NCBI 튜토리얼을 모두 업데이트해야합니다. 기본 도구가 많이 개념적으로 변경되지 않는 것처럼하지만 보인다–그러나 그들은 항목의 위치를​​ 이동할 수 있습니다 (PubMed 필터처럼). 그래서 즉시 인터페이스가 기본 사이트가되고 안정적​​이라고 표시된대로 우리는 변화를 만들거야.

주의이 짧은 팁 당신이 주위를 탐색하는 방법에 대해 생각하기 시작 얻기 위해 간단히 새로운 인터페이스를 소개합니다. 이것 좀 봐!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/