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Astuce Vidéo de la semaine: la Nouvelle Filtres PubMed Sidebar

En pointe d'aujourd'hui, je suis un lien vers une vidéo YouTube à partir de NCBI que brièvement, explique le nouveau Fonction Sidebar Filtres qui a été ajouté à PubMed. Nous avons d'abord vu un tweet que le changement allait revenir le 2 mai, tout comme je terminais une refonte totale de notre tutoriel complet PubMed*.

J'ai lutté avec l'opportunité d'organiser notre équipe de production pour la nouvelle barre latérale, ou pour produire notre didacticiel avec le plan de la mise à jour dans un proche avenir – il est toujours une lutte pour savoir qui est la meilleure option, car les changements des ressources peut se produire à la vitesse de la lumière, ou selon des échelles de temps géologiques (ok, c'est une exagération, mais il se sent de cette façon quand vous voulez libérer un merveilleux, mise à jour du projet & quelque chose vous tient et provoque la publication retardée de nos matériaux de tutorat). Avec PubMed J'ai eu la chance – J'ai vu un tweet que la fonction encadré seraient ajoutés “la semaine prochaine”. J'ai demandé à notre voix professionnelle pour mettre le script en attente & Je me promenais autour de PubMed en attendant de voir ce que (& où) les choses allaient se produire.

Fidèles à leur parole, la fonction de la barre latérale a montré sur les résultats de PubMed, le 10 mai, exactement une semaine que je n'avais vu l' “la semaine prochaine” annonce – MERCI à mes du NCBI & PubMed équipes! :) Non seulement ont-ils pousser leurs mises à jour en temps opportun, ils ont fait une vidéo sur YouTube expliquant les changements & discuter lorsque des changements futurs sont prévus pour aller. La vidéo est clair, et rapide, Je suis donc de l'utiliser comme mon conseil cette semaine. Je ne suis pas sûr que la fonction est 100% stables, comme je le montre dans l'image ci-dessous, et décrire plus tard dans le poste, mais je pense que le changement pourrait accomplir l'objectif NCBI – pour plus de gens remarquent & utiliser des filtres pour leurs recherches.

Dans le vidéo le narrateur affirme que la zone des filtres est allé & les deux filtres par défaut sont sélectionnés de façon permanente, comme indiqué par les coches qui ne peuvent pas être “unclicked”. Dans”m ne pas voir ces coches sur les deux “Gratuit texte intégral disponible” lien (montré) ou le “Passez en revue” lien, ce qui n'est pas en vue à mon image. Je vois aussi une différence quant à savoir si je reçois des sous-ensembles filtré droit en fonction de si je suis connecté en My NCBI (la fenêtre supérieure représentée à l'arrière de l'image), ou pas (la partie inférieure, fenêtre avant). Dans mon IE mains 9.0 & Firefox 12.0 à la fois fonction de la même façon dans ces aspects.

La vidéo NCBI n'a pas vraiment montrer comment les résultats s'occuper filtres sont ajoutés, mais en jouant avec lui pour moi, ça ressemble à tous vos filtres sont appliqués à votre recherche & vous n'avez qu'une seule série de résultats, pas des liens à divers sous-ensembles. Bien qu'il soit désormais plus facile d'ajouter des filtres aux recherches, si c'est comme ça que les filtres sont d'aller travailler à l'avenir, Je pense que je vais manquer les anciens filtres – J'ai en quelque sorte l'impression d'être en mesure de basculer entre les différentes sous-catégories de résultats sans avoir à changer mes filtres ou relancer des recherches. Assurez-vous de partager vos pensées & préférences avec NCBI afin qu'ils puissent créer la meilleure ressource pour leurs besoins des utilisateurs!

* Tutoriel OpenHelix pour cette ressource disponible à l'achat individuel ou par le biais d'un abonnement.

Liens rapides:

OpenHelix Didacticiel d'introduction sur l'utilisation de PubMed (dès la mise à jour): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

PubMed ressources: http://www.pubmed.gov/

PubMed Référence:
Sayers, E.W., Barrett, T., Benson, D.A., Bolton, E., Bryant, S.H., Canese, K., ChT.vernin, V., Eglise, D.M., DiCuccio, M., Federhen, S. & (2011). Base de données des ressources du Centre national d'information sur la biotechnologie, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D25. DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Annonce des matériaux Tutoriel Mise à jour: UniProt, Vue d'ensemble des Navigateurs Génome, et le Tour du Monde des Ressources

Comme beaucoup d'entre vous le savez, OpenHelix se spécialise à aider les gens accèdent et utilisent la mine d'or de données biosciences publics afin de poursuivre les recherches. Une des façons que nous faisons c'est par la création de matériaux pour former des gens – chercheurs, cliniciens, bibliothécaires, et quiconque s'intéresse à la science - sur où trouver les données qui les intéressent, et comment accéder aux données à particulier bases de données publiques et les référentiels de données. Nous avons plus de 100 tutoriels sur tout, de telles PubMed à l' Fonctionnelle Passerelle Glycomics (plus sur cela plus tard).

En plus de créer ces tutoriels, Nous passons aussi beaucoup de temps à les garder exacts et à jour. Ce peut être un défi, en particulier lorsque les lots de bases de données ou de ressources ont toutes les versions majeures à la même époque. Notre équipe évalue continuellement et met à jour nos matériaux et dans ce post, je suis heureux d'annoncer les mises à jour publiées récemment pour trois de nos tutoriels: UniProt, Le Tour du Monde, et aperçu des Navigateurs Génome.

Notre Introduction UniProt tutoriel montre aux utilisateurs comment: effectuer des recherches de texte à UniProt des informations de protéine d'intérêt, recherche avec des séquences comme point de départ, comprendre les différents types d' UniProt les dossiers, et de créer des alignements multiples séquences à partir d'enregistrements de protéines en utilisant Clustal.

Notre Vue d'ensemble des Navigateurs Génome présente aux utilisateurs d'introduire Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, l' Génomes microbiens intégré (IMG) navigateur, et à le système logiciel GBrowse. Nous touchons aussi sur WebGBrowse, JBrowse, l' Integrative Genomics Viewer (IGV), l' ARGO Génome Browser, l' Navigateur intégré Génome (IGB)Troupeau, et le Circulaire du génome Viewer, ou CGView.

Notre Tour du monde des ressources en génomique est gratuit et accessible sans inscription. Il comprend une visite de ressources par exemple, organisé par catégories telles que Algorithmes et outils d'analyse, les ressources d'expression, navigateurs génome (deux Eucaryotes et Procaryotes / microbienne) , Ressources minières littérature et le texte, et des ressources axés sur nucléotides, protéines, voies, la maladie et de la variation. Cette discussion principale conduira ensuite à une discussion sur la façon de trouver des ressources avec le logiciel gratuit OpenHelix Resource Portal Search, suivie d'apprendre à utiliser les ressources avec des tutoriels OpenHelix, et une discussion des méthodes d'apprentissage supplémentaire sur les ressources.

Liens rapides:

OpenHelix introduction UniProt tutoriel Suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

Aperçu OpenHelix à la suite tutoriel Génome Navigateurs: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Free Tour du Monde de la suite OpenHelix tutoriel Genomics Ressources: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Sur une mission d'information sur la protéine

C'est probablement la capacité de tout le cerveau humain se connecter points & trouver des modèles, mais il peut être intéressant de voir comment de nombreux “sans rapport” événements et des bits d'information s'accumulent dans ma tête & finissent par être chaud dans une idée ou une théorie. Prenez, par exemple,, un mélangeur récents des biotechnologies, bits à partir d'une série leadership en éducation & un article dans Nature dernières – chaque “évènement” a été méandres de mon esprit et maintenant, ils trouvent leur chemin comme ce blog.

OK, maintenant l'explication: Lors d'une manifestation récente de biotechnologie locale que j'ai entendu parler d'une entreprise (KeraNetics) purification des protéines de kératine & les utiliser pour développer des applications thérapeutiques et de recherche. La société & leurs recherches semblé très intéressant & parce que beaucoup d'elle vise à aider les soldats blessés, il a aussi sonné directement bénéfique. L'exposé a été de courte, seulement environ 20 minutes, donc il n'y avait pas beaucoup de temps pour plus de détails ou questions. J'ai décidé que je serais s'aventurer à travers plusieurs de bases de données des biosciences et des ressources que je connais et que j'aime, afin d'en apprendre plus sur la kératine.

Ma quête était à la fois amusant et frustrant à cause de la nature de la bête – kératine est “bien connu” (i.e. il arrive dans les compétitions universitaires du secondaire défi «beaucoup», en fonction de quelqu'un dans le savoir), mais il est difficile de travailler avec (i.e. résistant, insolubles, fibreuse protéines structurales) qu'il est difficile de trouver beaucoup d'informations générales sur votre base de données moyenne en protéines (car elle est faite de nombreux produits de gènes différents, tous les appelés “kératine”). J'ai décidé de commencer mon aventure à deux de mes ressources protéine favorite, PIB & SBKB, mais je trouve pas de structures résolu pour la kératine. En raison de la façon dont les bases de données organisme modèle sont organisée et organisé, Je commence souvent une recherche de protéines il y, juste pour avoir quelques connaissances de base, noms de gènes, information sur la séquence, etc. Dans (bien sûr) rien trouvé d'autres d'un couple de termes dans le GO Saccharomyces Genome Database (SGD), mais j'ai trouvé des centaines de résultats dans les deux Informatique de génome de souris (MGI) (660 caractéristiques génomiques) et Rat Genome Database (RGD) (162 gènes du rat, 342 gènes humains). J'ai aussi trouvé les noms de gènes (* Krt), séquences et les annotations de synthèse de nombreuses références à des maladies avec des liens vers OMIM. Quand j'ai interrogé pour “kératine”, dans les OMIM Je me suis 180 frappe, y compris les 61 “synopsises cliniques”, dans les UniProt retour 505 entrées en revue et 2,435 entiries non révisés, dans les Entrez protéines 10,611 résultats et dans PubMed 26,430 articles avec 1,707 commentaires. J'ai obtenu ma curiosité sur KeraNetics’ la recherche rassasié en utilisant une recherche PubMed avancés pour la kératine dans l'abstrait ou le titre & le PI nom en tant qu'auteur (search = “(kératine[Titre / Résumé]) ET Van Dyke[Auteur]“).

J'ai fini avec une foule d'informations conduit que je pouvais avoir chassé par le biais, mais il a été un processus amusant dans lequel j'ai beaucoup appris sur la kératine. C'est là que les choses l'éducation vient en. J'ai vu beaucoup d'études vont en parlant de la réforme de l'éducation à une enquête plus approfondie conduit, et je ne peux absolument voir comment cela peut fonctionner. “D'apprentissage” à travers la mémorisation & régurgitation est sèche pour tous & rugueuses pour les “la mémoire a contesté”, comme moi. Avoir une raison ou une curiosité à découvrir, avec une pépite de nouvelles données ou de compréhension qui rôdent autour de chaque coin, l'information semble juste pour obtenir une meilleure & rester plus longtemps. (OT, mais j'ai décidé mentionnent un site que j'ai trouvé aujourd'hui, w / quelques trucs sympa: Mind / Maj-Comment nous allons apprendre.)

Et j'aurais pu faire la recherche avancée PubMed dans le début, mais quel plaisir cela aurait été? Plus il ya beaucoup de choses que j'ai appris sur la kératine de ce que je n'ai pas trouvé, comme ça il n'y avait pas pléthore de structures APB pour protéines de kératine. Ce qui m'amène à le point final de ma Mullings – un article que j'ai rencontré aujourd'hui, comme je travaille sur mon carnet de lecture: “Trop de routes non pris“. Si vous avez un abonnement à la Nature, vous pouvez le lire, mais le point principal est que les chercheurs sont encore largement axée sur le même ensemble de protéines qui ont été pendant longtemps, car ce sont les protéines pour lesquelles il existe des outils de recherche (anticorps, chimiques inhibiteurs, etc). Ce même genre de philosophie qui alimente l'Initiative de la structure des protéines (PSI) les efforts, tel que décrit ici. De toute façon, J'ai trouvé l'article intéressant & accord avec les suggestions des auteurs générale. Je voudrais toutefois l'étendre au-delà de ces outils de recherche physique & dire que les chercheurs vont avancer besoin de plus d'outils d'analyse de données, et de formation sur la façon de les utiliser – mais je voudrais, ne serais-je? :)

Références:

  • Sierpinski P, Garrett J, I J, Appelez-P, Klorig D, Smith T, Comment la, Un Atala, & M Van Dyke (2008). L'utilisation de biomatériaux dérivés de kératine des cheveux humains pour la promotion de la régénération rapide des nerfs périphériques. Biomatériaux, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Trop de routes non pris Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163une

Quelle est la réponse? Base de données des anomalies

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de la communauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

La question de la semaine:

Des entrées incorrectes / inhabituel dans les bases de données principales (GenBank, UniProt, APB)? Pierre Poulain asks ” Dans… conseille à mes élèves d'être prudents avec les données qu'ils peuvent trouver dans ces bases de données. Pour illustrer cette, J'ai trouvé des entrées tout à fait inhabituel dans GenBank:..” et il énumère ensuite quelques bons.

Il y avait plusieurs intéressante, et drôle, réponses dont celle de notre propre Mary,

Mon article préféré base de données PubMed bizarre était une une. C'était bien avant que le blog a été créé NCBI ROLF. J'étais à la recherche des gènes identifiés dans la transition vers des cheveux gris. Ce n'était pas utile….

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12079806

Il s'agit de la TITRE (Remarque, pas de l'abstrait):

Je suis un homme de 64 ans, et j'ai toujours été fière de mon dossier de santé parfaite. J'ai aussi été fier de ma tête pleine de cheveux, même après la grise a commencé à ramper. Il ya quatre mois j'ai attrapé une pneumonie et a passé huit jours à l'hôpital (trois en soins intensifs). Il a fallu un certain temps, mais je suis finalement de retour à la normale – sauf que mon cheveux tombent. Il sort en touffes quand je le shampooing ou même peigne, et c'est devenu nettement plus minces tous les. Je me souviens avoir lu sur le Propecia dans votre newsletter, mais je n'ai pas la vieille question. Devrais-je essayer le médicament?

Consultez les réponses d'autres pour des exemples de bonnes raisons pour lesquelles le chercheur doit toujours vérifier les données.

SNPets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

Mise à jour Didacticiels en ligne des ressources NCBI y compris un aperçu du NCBI et PubMed et les tutoriels l'expression des gènes Omnibus

Tutoriels complets sur les ressources disponibles publiquement NCBI permettre aux chercheurs de rapidement et efficacement l'utilisation de ces ressources inestimables.

Seattle, WA (PRWEB) Juin 8, 2010 – OpenHelix a annoncé aujourd'hui la disponibilité de trois didacticiels mis à jour sur les ressources NCBI.

Le National Center for Biotechnology Information, NCBI, est le foyer de nombreuses bases de données les plus couramment utilisées publiquement disponibles et les outils de la biologie moléculaire d'aujourd'hui. Elles abritent de telles bases de données populaires et largement utilisés comme GenBank, PubMed, GEO, Entrez Gene, Entrez protéines, et plus. NCBI produit également, maintient et met à jour une variété d'outils, comme la grande famille des outils de BLAST similarité des séquences de recherche et de la recherche et des outils de récupération Entrez. En outre, ils fournissent une grande variété de services pour l'éducation, diffusion des nouvelles et des différents types de soumission des données. Ce tutoriel présente un large aperçu des bases de données NCBI, outils, ressources éducatives et des protocoles de soumission de données. En plus d'une mise à jour sur cette vue d'ensemble, OpenHelix a mis à jour tant qu'il est PubMed et GEO tutoriels. PubMed est le moteur de recherche par excellence pour la littérature biomédicale. Plus que 18 millions de citations provenant de revues sciences de la vie peuvent être recherchés à travers ce service gratuit. L' Omnibus expression des gènes, ou GEO, est une ressource précieuse conçu pour stocker l'expression génique à haut débit et de données d'abondance moléculaires. Ces trois didacticiels, en conjonction avec le OpenHelix nombreuses autres mises à jour des didacticiels sur les ressources tels que BLAST NCBI, Entrez, dbSNP, MMDB, Resoruces virale, MapViewer et d'autres vont vous donner un ensemble de ressources de formation pour aider soit efficiente et efficace au consulter et analyser les données du génome.

Les suites tutoriel, disponible moyennant un abonnement annuel OpenHelix, contenir une ligne, rapporté, didacticiel multimédia, qui se déroule à peu près n'importe quel navigateur connecté à Internet, ainsi que des diapositives avec un script complet, documents et d'exercices. Avec les tutoriels, les chercheurs peuvent rapidement apprendre à utiliser efficacement ces ressources. Les scripts, documents et autres matériaux peuvent également être utilisés comme référence ou pour d'autres la formation.

Ces tutoriels vous apprendra les utilisateurs:

NCBI Aperçu

*de comprendre la structure de base du NCBI et ses différents types de ressources
*pour naviguer NCBI à trouver les bases de données et des outils d'analyse dont vous avez besoin
*Quels types de ressources pédagogiques sont disponibles au NCBI
*base de procédures de soumission des données et des renseignements généraux
*comment rechercher l'ensemble du site du NCBI, ainsi que tout sous-ensemble de bases de données Entrez

PubMed

*base, avancés, et les méthodes de recherche booléenne
*d'autres méthodes de recherche comme la requête Entrez mondial et la requête MeSH
*des conseils pour comprendre les repères visuels et affiche
*d'utiliser My NCBI pour personnaliser vos résultats et sauvegarder des recherches qui peut être exécuté et envoyé régulièrement

Omnibus expression des gènes (GEO)

*des moyens efficaces de requête GEO pour des gènes spécifiques ou des modèles expérimentaux
*comment naviguer à travers affiche la sortie du GEO pour trouver l'information spécifique que vous souhaitez
*comment naviguer GEO architecture complexe de données pour la recherche par types GEO enregistrement spécifique

Pour en savoir plus sur ces et plus 85 suites tutoriel d'autres visiter le Catalogue OpenHelix et OpenHelix. Ou visitez le OpenHelix Blog pour obtenir des renseignements à jour sur la génomique et de ressources en génomique.

A propos de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) fournit un bio-informatique et de recherche en génomique et le portail de formation, en donnant aux chercheurs un endroit à trouver et apprendre à utiliser les ressources et les bases de données sur le web. Le portail des centaines OpenHelix Recherche recherches des ressources, suites tutoriel et d'autres documents à diriger les chercheurs vers les ressources les plus pertinentes et les matériaux de formation OpenHelix à leurs besoins. Les chercheurs et les institutions peuvent gagner du temps, budget et des ressources humaines en misant sur un abonnement à près de 100 en ligne suites tutoriel disponible sur le portail. Une utilisation plus efficace des ressources les plus pertinentes des moyens de recherche plus rapide et plus efficace.

Personal Genomics, l'évaluation clinique et des ressources en ligne

ResearchBlogging.orgLe document The Lancet, L'évaluation clinique intégrant un génome personnelles, a eu lieu ce week-end ma fascination (oui, Je l'ai lu à la plage). Mary posté vendredi et nouveau samedi sur le papier et le segment NPR liés. Il se sent à moi d'être un papier séminal, si je suis d'accord avec Daniel au futur génétique, il ya beaucoup là, nous ne savons toujours pas. Une grande partie de la variation est dans des régions non codantes, et donc les prévisions et tendances sont difficiles à trouver avec l'analyse disponibles. En fait,, comme il l'a fait remarquer, plusieurs des variations région codante ont peu d'information quant à leur effet sur la maladie. J'ajouterais aussi que même si nous arriverons à cette Saint Graal de $1,000 de séquencer un génome personnelles, ce genre d'analyse approfondie serait encore temps et le coût prohibitif pour la grande majorité des génomes séquencés.

Pourtant,, comme avec toutes les étapes au début de la science et la médecine, il ya des pièces manquantes, de grandes lacunes et les efforts énormes (pense “voyages dans l'espace,” “ordinateurs,” “fours à micro-ondes,” “Internet,”) qu'au fil du temps devenu monnaie courante et peu coûteux (ok, si l'ancien n'est pas nécessairement “peu coûteuse”). Le séquençage des génomes deviendra coûteux avant l'analyse ne, mais les deux viendront. Et je pense que ce papier est pointant vers ce futur.

L'autre obstacle à grande échelle en génomique personnelle que je vois (bien sûr) est la compréhension et l'utilisation de la génomique et les ressources de données. Les auteurs utilisent un grand (et une excellente, à mon avis) ensemble de ressources en génomique pour faire obtenir des données et leur analyse ne. Je vais les énumérer ici avec des liens en ordre alphabétique:

dbSNP (T)
GVS (T)
HapMap (T)
HGMD
OMIM (T)
PharmGKB
PolyPhen
PubMed (T)
EIPD
UniProt (T)

Toutes ces ressources ont une richesse de données, mais même alors,, cela fait beaucoup d'analyse et de familiarisation avec ce qui est nécessaire avec chaque outil. Chaque outil possède la documentation et des tutoriels, et bien sûr OpenHelix a tutoriels sur beaucoup de ceux mentionnés (ceux qui ont relié “T”s après le nom). Toujours, cette analyse on a pris un grand nombre d'outils et de familiarisation.

Le papier a une jolie figure de bons (Figure 1) décrivant le processus d'analyse. Par exemple, qu'ils TAMIS le génome de trouver des gènes associés à, non synonymes, rares et les maladies nouvelles et les variations associées, puis analysés en utilisant ces dbSNP, HGMD, OMIM et PubMed pour analyser quelque chose comme HFE2 qui pourraient avoir un lien avec Haemochromotosis. Un de mes arguties avec le papier, comme c'est souvent avec ces papiers, est qu'il n'y a pas une bonne méthodes «walk-through’ du papier en utilisant quelque chose comme Galaxy ou Taverne dans une histoire ou de workflow qui permettrait de reproduire l'analyse.

Nous avons aussi un tutoriel, je tiens à vous indiquer, celui qui marche à travers un processus similaire et enseigne aux utilisateurs les bases de la marche à travers ce processus. Vous pouvez trouver ce tutoriel ici, c'est gratuit et accessibles au public. Le tutoriel guide l'utilisateur à travers l'analyse d'une variation du gène, dans ce cas dans le CYPC9 que les effets de réponse d'un individu à la warfarine. Il ya une variation similaire (gène différent, affecte la réponse même médicament) dans le document. Le didacticiel utilise le site NIEHS SNP pour obtenir un aperçu de la variation y compris des prédictions relatives aux EIPD et PolyPhen, ensuite au navigateur du génome UCSC de trouver un aperçu de la région, promenades à travers les informations et ne dbSNP une étiquette rapide analyse SNP utilisant GVS. Ce tutoriel est seulement une étape très faible dans ce devra être une éducation immenses ressources en génomique et génomique.

C'est tout de souligner que le papier est une étape passionnante première, et comme une première étape suggère les trous béants que nous aurons en apportant la génomique personnelle à la médecine.

Ashley, E., Butte, A., Wheeler, M., Chen, R., Klein, T., Dewey, F., Dudley, J., Ormond, K., Pavlovic, A., & Morgan, Une. (2010). L'évaluation clinique intégrant un génome personnelles The Lancet, 375 (9725), 1525-1535 DOI: 10.1016/S0140-6736(10)60452-7

Lorsque les bases de données que vous craquer…

Si vous êtes quelqu'un qui a passé beaucoup de temps profond dans les recoins de bases de données — plus profond que la moyenne des utilisateurs finaux — parfois vous trouvez des choses vraiment intéressantes. Parfois, ils sont instructifs, tels que: hmm…Je n'ai pas réalisé souris a eu un os, il ya jusqu'à ce que je travaille la hiérarchie de l'anatomie à Jax… Parfois, ils sont monstrueux. Enterré dans la hiérarchie du MeSH était sur le terme le plus répugnant Je n'avais jamais vu dans un vocabulaire contrôlé. Je me suis plaint au sujet de ce qui leur probablement 10 ans, et juste réalisé qu'il n'apparaît pas dans MeSH 2010, Enfin.

Mais il ya d'autres moments où une recherche de base de données laisse une ROFL. Cela s'est passé il ya quelque temps quand je suis tombé cette friandise impairs dans une recherche de gènes de cheveux gris. Il a généré des discussions entre la sphère de mes collègues sur d'autres choses amusantes que nous avons rencontrés dans les bases de données.

Eh bien, il ya un blogue entière consacrée à la poursuite de l'humour dans PubMed du NCBI. Je viens de découvrir des tweets # scio10 de la réunion ScienceOnline2010 qu'ils ont trouvé une nouvelle maison sur la collection Discover blogs!

NCBI ROFL: Bonjour, monde! (nouveau)

Bravo à eux. Si vous trouvez que vous avez besoin de rire à la littérature parfois–ou le besoin d'un échantillon drôle pour une présentation peut-être, les vérifier à leur nouvelle maison. Ils prennent également des suggestions. Donc, si vous trouvez quelque chose dans PubMed que vous fissures, envoyez-le accompagné.

Webcasts dans PubMed?

Inigo Montoya: Vous continuez à utiliser ce mot. Je ne pense pas que cela signifie ce que vous pensez que cela signifie.

Alors je lisais le NLM Technical Bulletin pour Novembre-Décembre, ce matin. (Ouais, préhension, Je sais–et un mois de retard. Vous savez combien les vacances sont…). Mais je suis tombé sur quelque chose de fascinant. Voici ce qu'il dit:

Hmm…webcasts. Ok. Mais comment vont-ils en? Et quelles sont les sources? Comment sont-ils annotée? Donc, nous allons jeter un coup d'oeil. A PubMed J'ai cliqué sur des recherches avancées. Vérifié le “Type de l'article” boîte. Et que la recherche de fonctionner.

Je me suis 3. Voici mes résultats:

Je suis allé au La première sur le site de l'éditeur. Il ya une brève introduction abstraite comme. Là, vous pouvez lien 2 vidéos. Il ya un examen du patient, pré- et post-traitement. Il ya un doc word avec la légende de la vidéo. Voici l'ensemble de la légende…Je ne suis pas vraiment sûr pourquoi ce besoin d'être livré dans un doc Word et non pas sur cette page.

Légende: Un homme de 43 ans avec une carence en thiamine, manifeste que la démarche et des anomalies des mouvements oculaires sans encéphalopathie (vidéo 1) qui améliore nettement après un diagnostic rapide et empirique thiamine remplacement (vidéo 2).

Ok. C'est des trucs utiles pour les neurologues, Je suis sûr que. Mais ce n'est pas ce que j'aurais appelé un “webcast”. Peut-être que c'est juste moi…J'aurais pensé que c'était assez bien essentiellement une figure dans cet article.

La seconde je ne m'attendais pas à avoir accès à. Mais quand je suis arrivé à le site il est apparu que j'ai fait. Mon allemand est inexistante, mais j'ai été capable de déchiffrer le mot “Podcast”. Donc j'ai cliqué. J'ai eu accès à un podcast allemand. C'est cool. Mais aussi, c'est pas ce que j'aurais appelé “webcast”.

Ok. Le prochain je n'ai pas accès à. Je ne peux pas évaluer ce qu'il est vraiment. Mais je dois dire 2/3 ne sont pas ce que j'attendais tant webcasts…

C'est peut-être sémantique. Je pensais webcasts seraient séminaires personnes ont donné de leur travail, ou spéciaux articles publiés, comme le matériel de formation, nous avons, ou quelque chose. Peut-être que les enregistrements des présentations de conférence.

J'aime l'idée–Je pense que nous devons commencer à penser à des façons de faire ces types de publications / présentations disponibles précieuses. Je me demandais comment le contenu sera indexé par la NLM. Tous nos webcasts de formation ont le script complet disponible sous forme de texte, mais je dirais que c'est plutôt rare. La plupart des cas ont un titre et un résumé nu, au mieux, dans mon expérience.

Que pensez-vous? Est-ce ce que vous appelez webcasts? Mon évaluation actuelle de ce développement = Idea: excellente. Exécution (actuellement): hein.

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MacDonald, R., Stanich, P., Monrad, P., & Mateen, F. (2009). Enseignement NeuroImages Vidéo: L'encéphalopathie de Wernicke, sans modifications de l'état mental Neurologie, 73 (20) DOI: 10.1212/WNL.0b013e3181c1de31

Astuce de la semaine: NCBI Makeover!

NCBI_interface_movieLes deux premières ressources bioinformatiques Web dont je me souviens en s'appuyant sur de ma carrière étaient la liste et NCBI de Pedro. (Pour ceux d'entre vous qui ont besoin d'un voyage peu de nostalgie, vous pouvez voir une copie de Pedro énumérer ici.) Il ya beaucoup de descendants de la liste de Pedro, sous diverses formes–y compris notre lancée récemment outil de recherche de ressources. Mais le National Center for Biotechnology Information (NCBI) interface a été un peu…ainsi…réconforter stables–pour un temps très long. J'ai regardé dans le Wayback Machine pour voir ce que les anciennes interfaces utilisées pour ressembler. J'ai pu trouver une variante de 1997 que j'avais oublié jusqu'à ce que je l'ai vu. Mais ensuite, j'ai continué à regarder et j'ai trouvé la version que je suis plus familier avec départ en 1999. Si vous comparez 1999 à 2009 vous verrez essentiellement la même disposition. Voici une comparaison des interfaces précédentes, et puis le nouveau:

NCBI interfaces through the years

NCBI interfaces à travers les années

ncbi_new_2009

Eh bien, c'est tout en train de changer! Le NCBI fait une refonte des interfaces. Vous pouvez examiner l'apparence de la page d'accueil à l' Aperçu du site ici (lien peut se casser quand ils se déplacent plus à la production avec elle), et vous pouvez regarder le PubMed changements ici, et même commencer à utiliser la PubMed site de prévisualisation ici.

C'est une rupture avec le passé d'énormes, et comme toutes les nouvelles interfaces prendra un peu de temps pour s'habituer à. Mais je dois dire que j'aime l'organisation. La navigation de gauche permettra de trouver plus facilement les outils. L' “Populaire” boîte sera accéder rapidement aux éléments les plus fréquemment utilisés. Faits saillants et nouvelles sont disponibles toujours aussi bien. Il ya certaines choses vont me manquer. Nous avons apprécié le mise en page plan du site d'expliquer les caractéristiques dans une sorte de passage aperçu, et la page de prévisualisation n'est pas lié à celui–elle est liée à la liste alphabétique. Pourrait changer, si.

De toute façon–Je pense que le nouveau look est sympa et efficace. Bien sûr, nous devrons mettre à jour l'ensemble de nos tutoriels NCBI avec de nouveaux clichés des interfaces. Mais il semble que les outils sous-jacents ne changent pas beaucoup conceptuellement–mais ils peuvent se déplacer l'emplacement des articles (comme les filtres PubMed). Donc dès que l'interface devient le site principal et semble stable, nous allons faire nos changements.

Cette petite astuce de la semaine présente la nouvelle interface brièvement pour vous de commencer à réfléchir à la façon de naviguer dans. Check it out!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/