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Vídeo Consejo de la semana: Nueva barra lateral de PubMed Filtros

En la punta de hoy me une a un vídeo de YouTube de NCBI que explica brevemente el nuevo Filtros función de la barra lateral que ha sido añadido a PubMed. Vimos por primera vez un tweet que el cambio iba a volver el 2 de mayo, justo cuando estaba completando una actualización total de nuestro tutorial completo de PubMed*.

Luché con el hecho de mantener nuestro equipo de producción para la nueva barra lateral, o para producir nuestro tutorial con el plan para actualizar en un futuro próximo – siempre es una lucha para saber cuál es la mejor opción ya que los cambios de recursos se puede producir a la velocidad de la luz, o de acuerdo a escalas de tiempo geológicas (ok, eso es una exageración, pero se siente de esa manera cuando se quiere lanzar una maravillosa, puesta al día del proyecto & algo que sostiene y hace que la publicación tardía de los materiales de nuestro tutorial). Con PubMed tuve la suerte de – Vi a un tweet que la función de la barra lateral se sumaría “en la próxima semana”. Le pregunté a nuestro profesional de la voz para poner el guión en espera & Me paseaba por PubMed esperando a ver qué (& cuando) las cosas que ocurren.

Fieles a su palabra, la función de la barra lateral se presentó en los resultados de PubMed el 10 de mayo, exactamente una semana desde que había visto al “en la próxima semana” anuncio – mi agradecimiento a la Revista & PubMed Equipos! :) No sólo empujar sus actualizaciones de forma oportuna, hicieron un vídeo de YouTube que explica los cambios & discutiendo en futuros cambios están programados para salir. El video es claro, y rápida, así que lo estoy usando como mi punta de esta semana. No estoy seguro de la función es 100% estable, como muestro en la imagen de abajo, y describen más adelante en el puesto, pero creo que el cambio podría cumplir con el objetivo NCBI – para que más gente cuenta & utilizar filtros para las búsquedas.

En el vídeo el narrador afirma que el área de los filtros se ha ido & los dos filtros por defecto se selecciona de forma permanente, como se indica por las marcas de verificación que no pueden ser “unclicked”. En”no estoy viendo las marcas de verificación en cualquiera de “Texto libre disposición completa” enlace (se muestra) o el “Revisión” enlace, que no está en la vista en mi imagen. También veo una diferencia en cuanto a si tengo derecho de los subconjuntos filtrados en función de si estoy registrado en Revista (la ventana superior se muestra en la parte posterior de la imagen), o no (la parte inferior, ventana delantera). En mi IE manos 9.0 & Firefox 12.0 tanto la función de manera similar en estos aspectos.

El video NCBI en realidad no muestran cómo los resultados de mira después de los filtros se añaden, pero en jugar con él a mí me parece que todos los filtros se aplican a su búsqueda & que sólo te dan una serie de resultados, no vincula a varios subconjuntos. Aunque ahora es más fácil añadir filtros para búsquedas, si es así como filtros que van a trabajar en el futuro, Creo que voy a extrañar los filtros viejos – Me gusta ser capaz de cambiar entre las diferentes categorías de resultados sin tener que cambiar mis filtros o volver a ejecutar búsquedas. Asegúrese de compartir sus pensamientos & preferencias con NCBI para que puedan crear el mejor recurso para sus necesidades de los usuarios!

* OpenHelix tutorial para este recurso disponible para compra individual o por medio de una suscripción.

Enlaces rápidos:

Tutorial de introducción a la OpenHelix PubMed (pronto a ser actualizado): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

PubMed de recursos: http://www.pubmed.gov/

PubMed de referencia:
Sayers, E.W., Barrett, T., Benson, D.Ä., Bolton, E., Bryant, S.H., Canese, K., Chetvernin, V, Iglesia, D.M., DiCuccio, M., Federhen, S. & (2011). Los recursos de base de datos del Centro Nacional de Información Biotecnológica, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D25. DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Anuncio de materiales didácticos Actualizado: UniProt, Resumen de navegadores del genoma, La Vuelta al Mundo y de los Recursos

Como muchos de ustedes saben, OpenHelix se especializa en ayudar a las personas a acceder y utilizar la mina de oro de datos públicos biociencia para futuras investigaciones. Una de las maneras en que podemos hacerlo es mediante la creación de materiales para capacitar a las personas – los investigadores, los médicos, bibliotecarios, y cualquier persona interesada en la ciencia - sobre dónde encontrar los datos que están interesados ​​en, y la forma de acceder a los datos en determinadas bases de datos públicas y repositorios de datos. Tenemos más de 100 tutoriales como en todo, desde PubMed a la Funcionales de puerta de enlace Glicómica (lo veremos más adelante).

Además de la creación de estos tutoriales, nosotros también pasamos mucho tiempo para mantenerlos precisa y al día. Este puede ser un desafío, especialmente cuando muchas de las bases de datos o recursos tienen grandes lanzamientos al mismo tiempo. Nuestro equipo evalúa y actualiza continuamente nuestros materiales y en este post estoy feliz de anunciar actualizaciones publicadas recientemente a tres de nuestros tutoriales: UniProt, La Vuelta al Mundo, y visión general de los navegadores del genoma.

Nuestro Introductorio UniProt tutorial muestra a los usuarios cómo: realizar búsquedas de texto en UniProt proteína para obtener información relevante, búsqueda con secuencias como un punto de partida, entender los diferentes tipos de UniProt archivos, y crear múltiples alineamientos de secuencias de proteínas utilizando Clustal registros.

Nuestro Resumen de navegadores del genoma introduce a los usuarios a introducir Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, la Genomas microbianos integrado (IMG) navegador, y el sistema de software GBrowse. Igualmente se aborda en WebGBrowse, JBrowse, la Visor de Genómica Integrativa (IGV), la ARGO Genome Browser, la Genoma del navegador integrado (IGB)Manada, y el Circular del Genoma Visor, o CGView.

Nuestro La Vuelta al Mundo de los Recursos Genómica es gratuita y accesible sin necesidad de registro. Se incluye un recorrido por los recursos ejemplo, organizados por categorías tales como Algoritmos y herramientas de análisis, recursos de la expresión, genoma navegadores (ambos Eucariotas y Procariotas / Microbial) , La literatura y el texto los recursos mineros, y recursos enfocados en nucleótidos, proteínas, vías, la enfermedad y la variación. Esta discusión principal se llevará a una discusión sobre cómo encontrar los recursos con el libre OpenHelix Recursos Búsqueda en el portal, seguida de aprender a utilizar los recursos con tutoriales OpenHelix, y una discusión de nuevos métodos de aprendizaje sobre los recursos.

Enlaces rápidos:

OpenHelix introductoria UniProt tutorial conjunto: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix general a la habitación tutorial Genoma navegadores: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

OpenHelix Free Tour Mundial de la suite de Genómica tutorial Recursos: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


En una misión de información de proteínas

Probablemente es sólo la capacidad del cerebro humano para unir puntos & encontrar patrones, pero puede ser interesante ver cómo muchos “no relacionado” eventos y los bits de información se acumulan en mi cabeza & eventualmente se caliente en una idea o una teoría. Tomar, por ejemplo, un mezclador de la biotecnología reciente, bits de una serie de liderazgo educativo & un artículo de Nature el pasado – cada “evento” ha sido sinuoso en mi mente y ahora están encontrando su camino fuera de esta entrada del blog.

Aceptar, Ahora la explicación: En un reciente evento de biotecnología locales me enteré de una empresa (KeraNetics) purificación de proteínas de queratina & su utilización para desarrollar aplicaciones terapéuticas y de investigación. La empresa & su investigación sonaba muy interesante & porque muchos de los que está dirigido a ayudar a los soldados heridos, sino que también sonaba beneficia directamente. La charla fue breve, sólo 20 minutos, por lo que no era mucho tiempo para los detalles o preguntas. Decidí que aventurarse a través de muchas de las bases de datos de las biociencias y los recursos que conozco y amo, con el fin de aprender más acerca de queratina.

Mi búsqueda era a la vez divertido y frustrante debido a la naturaleza de la bestia – La queratina es “bien conocido” (yo. Se produce en las competiciones de la escuela secundaria para el desarrollo académico "mucho", de acuerdo con alguien en el saber), pero es difícil trabajar con (yo. duro, insoluble, fibroso proteínas estructurales) que es difícil encontrar información general tanto sobre la base de datos promedio de proteína (porque está hecha de muchos diferentes productos génicos, todos los mencionados como “queratina”). Decidí comenzar mi aventura en dos de mis recursos favoritos de la proteína, PIB & SBKB, pero no encontraron estructuras resueltas por queratina. Debido a la forma de bases de datos modelo de organismo son curada y organizada, A menudo comienzan una búsqueda de proteínas que, sólo para obtener algunos antecedentes básicos, nombres de los genes, secuencia de la información, etc. En (por supuesto) no se encontró nada más que un par de GO términos en el Saccharomyces Genome base de datos (SGD), pero he encontrado cientos de resultados, tanto en Genoma del ratón Informática (MGI) (660 características genómicas) y Base de datos del genoma de rata (RGD) (162 genes de rata, 342 genes humanos). También encontré los nombres de genes (Krt *), secuencias y muchas anotaciones de resumen con referencias a enfermedades, con enlaces a OMIM. Cuando le pregunté por “queratina”, en OMIM Me 180 accesos, incluso 61 “synopsises clínica”, en UniProt regresó 505 entradas revisado y 2,435 sin revisar entiries, en Proteína de tipo 10,611 resultados y en PubMed 26,430 artículos con 1,707 revisiones. Tengo mi curiosidad acerca de KeraNetics’ investigación saciado con una búsqueda en PubMed avanzadas para la queratina en el resumen o el título & el nombre de la PI como autor (search = “(queratina[Título / Abstract]) Y Van Dyke[Autor]“).

Terminé con un montón de información conduce que yo podría haber cazado a través de, pero fue un proceso divertido en el que he aprendido mucho acerca de la queratina. Aquí es donde las cosas se presenta en la educación. He estado viendo un montón de estudios de ir hablando de la reforma de la educación para ser más investigación impulsada, y estoy totalmente de puede ver la forma en que pueden trabajar. “Aprendizaje” través de la memorización & La regurgitación es seco para todo el mundo & difícil para el “memoria desafió”, como yo. Tener una razón o por la curiosidad de explorar, con una pepita de nuevos datos o de la comprensión que acechan en cada esquina, la información sólo parece estar en mejor & permanecer más tiempo. (Antiguo Testamento, pero pensé que hablar de un sitio relacionado que he encontrado hoy w / algunas cosas muy buenas: Mente / Shift-¿Cómo vamos a aprender.)

Y yo podría haber hecho la búsqueda avanzada de PubMed en el principio, pero lo que sería divertido que se han? Además, hay muchas cosas que he aprendido acerca de la queratina por lo que no encontró, como que no había una plétora de estructuras de AP para las proteínas keratina. Esto me lleva al punto final en mi Mullings – un artículo que me encontré hoy mientras trabajaba en mi cartera de lectura: “Demasiados caminos no tomados“. Si usted tiene una suscripción a la naturaleza se puede leer, pero el punto principal es que los investigadores están todavía en gran parte se centra en el mismo conjunto de proteínas que han sido durante mucho tiempo, porque estas son las proteínas para las cuales no son herramientas de investigación (anticuerpos, químicos inhibidores de la, etc). Este mismo tipo de filosofía está impulsando la Iniciativa de Estructura de Proteínas (PSI) esfuerzos, como se describe aquí. De todos modos, Me pareció interesante el artículo & de acuerdo con las sugerencias de los autores en general. Sin embargo, quisiera que se extienden más allá de estas herramientas de investigación de física & decir que va hacia adelante los investigadores necesitan más herramientas de análisis de datos, y capacitación sobre cómo usarlos – pero me gustaría, no me? :)

Referencias:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mi J, Apel P, Klorig D, Smith T, Como LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). El uso de biomateriales derivados de la queratina del pelo humano para la promoción de la rápida regeneración de los nervios periféricos. Biomateriales, 29 (1), 118-28 Palabras: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Demasiados caminos no tomados Naturaleza, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163una

¿Cuál es la respuesta? Anomalías de base de datos

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de la la comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

La pregunta de la semana:

Entradas incorrectas / inusual en las bases de datos principales (GenBank, UniProt, AP)? Pierre Poulain pregunta ” En… Aconsejo a mis estudiantes a ser cautelosos con los datos que se pueden encontrar en estas bases de datos. Para ilustrar este, Me pareció bastante inusual entradas en el GenBank:..” y luego las listas de algunos buenos.

Hubo varias interesantes, y divertido, respuestas entre ellos uno de nuestra propia María,

Mi tema favorito de la base de datos era un extraño en PubMed una. Esto fue mucho antes de que el blog se ha creado NCBI ROLF. Yo estaba buscando los genes identificados en la transición a las canas. Esto no fue útil….

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12079806

Este es el TÍTULO (nota, No lo abstracto):

Yo soy un hombre de 64 años de edad, y siempre he estado orgulloso de mi récord perfecto estado de salud. También he estado orgullosa de mi cabeza llena de cabello, incluso después de que el gris comenzó a arrastrarse en. Hace cuatro meses Cogí una pulmonía y pasó ocho días en el hospital (tres en cuidados intensivos). Me tomó un tiempo, pero por fin estoy de vuelta a la normalidad – excepto que mi pelo se está cayendo. Se presenta en grupos cuando champú o el peine hasta que, y actualmente se ha vuelto notablemente más delgada de todo. Recuerdo haber leído acerca de Propecia en su boletín de noticias, pero no tengo la vieja cuestión. ¿Debo tratar la medicación?

Echa un vistazo a las otras respuestas de los buenos ejemplos de por qué el investigador siempre debe verificar los datos.

Viernes SNPets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

Actualizado Tutoriales en línea para los recursos NCBI incluye un panorama general y NCBI PubMed y los tutoriales de la Expresión Génica Omnibus

Tutoriales integral de los recursos NCBI a disposición del público los investigadores a utilizar de forma rápida y efectiva estos recursos invaluables.

Seattle, WA (AmbosMedios) De junio 8, 2010 – OpenHelix ha anunciado hoy la disponibilidad de tres tutoriales actualizados sobre los recursos NCBI.

El Centro Nacional de Información sobre Biotecnología, NCBI, es el hogar de muchas de las bases de datos más utilizadas a disposición del público y las herramientas de la biología molecular de hoy. Que albergan tales bases de datos populares y ampliamente utilizadas como GenBank, PubMed, GEO, Introduzca Gene, Proteína de tipo, y más. NCBI también produce, mantiene y actualiza una serie de herramientas, como la gran familia de herramientas de búsqueda de similitud de secuencias BLAST y la búsqueda de Entrez y herramientas de recuperación. Además, que proporcionan una amplia variedad de servicios para la educación, difusión de noticias y los diferentes tipos de presentación de datos. Este tutorial presenta una visión general de las bases de datos del NCBI, herramientas, recursos educativos y los protocolos de presentación de datos. Además de una actualización de esta revisión, OpenHelix ha actualizado tanto es PubMed y GEO tutoriales. PubMed es el motor de búsqueda de la premier para la literatura biomédica. Más que 18 millones de citas de revistas de ciencias de la vida se puede buscar a través de este servicio gratuito. La Gene Expression Omnibus, o GEO, es un recurso valioso, diseñada para almacenar de alto rendimiento de la expresión génica y la abundancia de datos moleculares. Estos tres tutoriales, en conjunto con el OpenHelix muchos otros hasta al día tutoriales sobre los recursos NCBI como BLAST, Entrar, dbSNP, MMDB, Resoruces viral, MapViewer y otros le dan un conjunto de recursos de formación para ayudar a ser eficientes y eficaces en el acceso y análisis de datos del genoma.

Las suites tutorial, disponibles a través de una suscripción anual OpenHelix, contiene una línea, narrado, tutorial multimedia, que se ejecuta en casi cualquier navegador conectado a la web, junto con las diapositivas con guión completo, folletos y ejercicios. Con los tutoriales, los investigadores pueden aprender rápidamente de manera eficaz y eficiente uso de estos recursos. Las secuencias de comandos, folletos y otros materiales también se pueden utilizar como referencia o para entrenar a otros.

Estos tutoriales le enseñará a los usuarios:

Revista general

*para entender la estructura básica de NCBI y sus diferentes tipos de recursos
*Revista para navegar para encontrar las bases de datos y herramientas de análisis que necesita
*¿Qué tipo de recursos educativos disponibles en el NCBI
*los datos básicos de los procedimientos de presentación y antecedentes
*cómo buscar en todo el sitio NCBI, así como sólo el subconjunto de bases de datos de Entrez

PubMed

*básico, avanzado, y los métodos booleanos
*otros métodos de búsqueda como la búsqueda de Entrez global y la consulta MeSH
*consejos para entender las señales visuales y pantallas
*utilizar My NCBI para personalizar los resultados y guardar las búsquedas que se pueden ejecutar y enviado por correo electrónico con regularidad

Gene Expression Omnibus (GEO)

*formas eficientes de consulta GEO de genes específicos o diseños experimentales
*cómo navegar a través de pantallas de salida de GEO para encontrar la información específica que desea
*la forma de navegar la compleja arquitectura de GEO GEO de datos para buscar por tipo de registro específico

Para obtener más información acerca de estos y más 85 otros conjuntos de visitar el tutorial OpenHelix Catálogo y OpenHelix. O visite el OpenHelix blog para obtener información actualizada sobre los recursos de la genómica y genómica.

Acerca de OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) proporciona una búsqueda de la bioinformática y la genómica y portal de formación, dando a los investigadores un lugar para encontrar y aprender a utilizar los recursos y bases de datos en la web. El portal de búsqueda OpenHelix busca en cientos de recursos, suites tutorial y otros materiales para dirigir a los investigadores a los recursos más relevantes y materiales OpenHelix de formación para sus necesidades. Los investigadores y las instituciones pueden ahorrar tiempo, presupuesto y el personal de recursos mediante el aprovechamiento de una suscripción a casi 100 suites tutorial en línea disponibles a través del portal. Uso más eficiente de los recursos más relevantes, la investigación más rápida y eficaz.

Personal Genómica, la evaluación clínica y recursos en línea

ResearchBlogging.orgEl artículo de The Lancet, La incorporación de la evaluación clínica de un genoma personal, ha ocupado mi fascinación este fin de semana (sí, Lo leí en la playa). María publicada el viernes y de nuevo el sábado en el papel y el segmento de NPR relacionados. Que me siento de ser un documento fundamental, aunque estoy de acuerdo con Daniel en el futuro genético, hay muchos hay que todavía no sabemos. Una gran parte de la variación en regiones no codificantes, y por lo tanto las predicciones y tendencias son difíciles de conseguir con los análisis disponibles. De hecho, como señaló, muchas de las variaciones de codificación de la región tienen poca información en cuanto a su efecto sobre la enfermedad. Yo añadiría también que incluso si llegamos a ese santo grial de la $1,000 a la secuencia de un genoma personal, este tipo de análisis extensos todavía habría tiempo y el costo prohibitivo para la inmensa mayoría de los genomas secuenciados.

Todavía, como con todos los primeros pasos en la ciencia y la medicina, hay piezas que faltan, grandes lagunas y grandes esfuerzos (pensar “los viajes espaciales,” “computadoras,” “hornos de microondas,” “Internet,”) que con el tiempo a ser barato y común (ok, por lo que el primero no es necesariamente “barato”). Secuenciación de los genomas será barato antes de que el análisis se, sin embargo, ambos vienen. Y creo que este trabajo apunta a que en el futuro.

El otro obstáculo a la gran escala de la genómica personal veo (por supuesto) es la comprensión y el uso de la genómica y los recursos de datos. Los autores utilizan una gran (y excelente, en mi opinión) conjunto de recursos de la genómica a la obtienen los datos y hacer su análisis. Los voy a enumerar aquí, con enlaces en orden alfabético:

dbSNP (T)
GVS (T)
HapMap (T)
HGMD
OMIM (T)
PharmGKB
PolyPhen
PubMed (T)
SIFT
UniProt (T)

Todos estos recursos tienen una gran cantidad de datos, pero aún así, que es una gran cantidad de análisis y de familiarización que se necesita con cada herramienta. Cada herramienta tiene la documentación y tutoriales, y por supuesto OpenHelix tiene tutoriales sobre muchos de los mencionados (aquellos vinculados con “T”s después del nombre). Todavía, este análisis se tomó un gran número de herramientas y la familiarización.

El documento tiene una cifra bastante buena (figura 1) describiendo el proceso de análisis. Por ejemplo, se tamiza el genoma para encontrar genes asociados, no es sinónimo de, variaciones asociadas raros y novedosos y la enfermedad y luego se analizaron los usuarios de dbSNP, HGMD, OMIM y PubMed para analizar algo como HFE2 que podría haber una asociación con Haemochromotosis. Uno de mis problemillas con el papel, como a menudo con estos documentos, es que no hay una buena métodos 'walk-through’ del papel con algo así como Galaxia o Taberna en una historia o flujo de trabajo que ayude a reproducir el análisis.

También contamos con un tutorial que me gustaría señalar que, uno que camina a través de un proceso similar y enseña a los usuarios los conceptos básicos de caminar a través de ese proceso. Usted puede encontrar este tutorial aquí, es gratis y a disposición del público. El tutorial guía al usuario a través del análisis de la variación genética, en este caso en el que los efectos CYPC9 la respuesta individual a la warfarina. Hay una variación similar (genes diferentes, afecta a la respuesta misma droga) en el documento. El tutorial utiliza el sitio NIEHS SNPs para obtener una visión general de la variación entre las predicciones y la SIFT PolyPhen, luego a la UCSC Genome Browser para encontrar una visión general de la región, camina a través de la información dbSNP y no una etiqueta rápido análisis de SNP con GVS. Este tutorial es sólo un paso muy pequeño en lo que tendrá que ser una educación inmenso en genómica y genómica recursos.

Eso es todo para señalar que el documento es un primer paso interesante, y como primer paso, sugiere los huecos vamos a tener para llevar la genómica personal a la medicina.

Ashley, E., Butte, A., Rodador, M., Chen, R., Klein, T., Dewey, F., Dudley, J., Ormond, K., Pavlovic, A., & Morgan, A. (2010). La incorporación de la evaluación clínica de un genoma personal The Lancet, 375 (9725), 1525-1535 DOI: 10.1016/S0140-6736(10)60452-7

Cuando las bases de datos hacen reír…

Si usted es alguien que ha pasado mucho tiempo profundo en los recovecos de las bases de datos — más profunda que la media de los usuarios finales — a veces encuentras cosas muy interesantes. A veces son instructivas, tal como: hmm…No me di cuenta ratones tenían un hueso no hasta que yo estaba trabajando en la jerarquía de la estructura anatómica a Jax… A veces son espeluznantes. Enterrado en la jerarquía MeSH trataba de la plazo más repulsiva Que jamás había visto en un vocabulario controlado. Me quejé a ellos probablemente 10 años, y acabo de dar cuenta que no aparece en el vocabulario 2010, finalmente.

Pero también hay otras veces en que una búsqueda de base de datos deja a uno ROFL. Eso ocurrió hace algún tiempo cuando me encontré con este bocado extraño en la búsqueda de los genes del cabello gris. Que generó una discusión entre mi esfera de sus colegas acerca de otras cosas divertidas que hemos encontrado en las bases de datos.

Bueno, hay un blog entero dedicado a la búsqueda del humor en PubMed del NCBI. Me acabo de enterar de los # scio10 tweets de la reunión ScienceOnline2010 de que han encontrado un nuevo hogar en la colección de blogs Discover!

Revista ROFL: ¡Hola, mundo! (otra vez)

Felicidades a ellos. Si usted encuentra que tiene que reírse a veces en la literatura–o necesita una muestra divertida para una presentación tal vez, Échales un vistazo a su nuevo hogar. También se tienen sugerencias. Así que si usted encuentra algo en PubMed que las grietas de hasta, enviar a lo largo de.

Webcasts en PubMed?

Iñigo Montoya: De seguir usando la palabra. Yo no creo que signifique lo que usted piensa que significa.

Así que yo estaba leyendo el NLM Technical Bulletin de noviembre y diciembre de esta mañana. (Sí, agarre, Sé que–y un mes más tarde. Ya sabes cómo son las fiestas…). Pero me encontré con algo interesante. Esto es lo que dice:

Hmm…webcasts. Ok. Pero ¿cómo van a? ¿Y cuáles son las fuentes? ¿Cómo están anotados? Así que vamos a echar un vistazo. En PubMed He hecho clic en búsquedas avanzadas. Comprobado el “Tipo de artículo” caja. Y que la búsqueda funcione.

Me 3. Aquí están mis resultados:

Fui a la primera en el sitio del editor. Hay una breve introducción abstracta-como. No se puede enlace a 2 Vídeos. No es un examen del paciente, pre- y post-tratamiento. Hay un documento de Word con la leyenda de vídeo. Aquí está toda la leyenda…No estoy realmente seguro de por qué esta necesidad de ser entregado en un documento de Word y no en la página.

Leyenda: Un hombre de 43 años de edad con deficiencia de tiamina, se manifiesta como la marcha y alteraciones del movimiento del ojo sin encefalopatía (vídeo 1) que mejora notablemente tras el diagnóstico precoz y el reemplazo empírica tiamina (vídeo 2).

Ok. Esto es algo útil para neurólogos, Estoy seguro de que. Pero no es lo que yo he llamado un “webcast”. Tal vez sea sólo yo…Yo hubiera pensado que era más o menos en esencia una figura en este documento.

La segunda, que no esperaba tener acceso a. Pero cuando llegué a el sitio parecía que hice. Mi alemán es inexistente, pero fui capaz de descifrar la palabra “Podcast”. Así que hice clic. Tuve acceso a un podcast alemán. Eso está bien. Pero tampoco es lo que yo he llamado “webcast”.

Ok. El próximo Yo no tengo acceso a la. No puedo evaluar lo que realmente es. Pero tengo que decir 2/3 no son lo que yo esperaba como webcasts…

Tal vez sea semántica. Pensé webcasts serían seminarios gente le dio en su trabajo, o artículos especiales publicados como los materiales de capacitación que hemos, o algo así. Tal vez las grabaciones de presentaciones de la conferencia.

Me gusta la idea–Creo que tenemos que empezar a pensar en maneras de hacer este tipo de publicaciones / presentaciones disponibles valiosos. Me preguntaba cómo el contenido se indexa por la NLM. Todos nuestros webcasts de formación tienen el guión completo disponible como texto, pero yo diría que es bastante raro. La mayoría de los casos tienen un título y un resumen desnudo en el mejor en mi experiencia.

¿Qué te parece? ¿Es eso lo que usted llama webcasts? Mi evaluación actual de este desarrollo = Idea: excelente. Ejecución (en la actualidad): eh.

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MacDonald, R., Stanich, P., Monrad, P., & Mateen, F. (2009). La enseñanza de neuroimágenes Vídeo: Wernicke encefalopatía sin cambios del estado mental Neurología, 73 (20) DOI: 10.1212/WNL.0b013e3181c1de31

Consejo del la Semana: Revista Makeover!

NCBI_interface_movieLos dos primeros recursos bioinformáticos basados ​​en la web que puedo recordar confiando en mi carrera fueron Lista y NCBI de Pedro. (Para aquellos de ustedes que necesitan un poco de nostalgia viaje se puede ver una copia de Lista de Pedro está aquí.) Hay un montón de descendientes de la lista de Pedro en diversas formas–incluyendo nuestro reciente lanzamiento herramienta de búsqueda de recursos. Sin embargo, el Centro Nacional de Información sobre Biotecnología (NCBI) interfaz ha sido un poco…así…confortablemente estables–desde hace mucho tiempo. Me miré en el Wayback Machine para ver lo que las interfaces antiguas utilizadas para parecerse. Tuve la oportunidad de encontrar una variante de 1997 que me había olvidado hasta que lo vi. Pero seguí buscando y encontré la versión que estoy más familiarizado con el inicio de 1999. Si se compara 1999 a 2009 verá esencialmente el mismo diseño. Aquí es una comparación de las interfaces anteriores, y el nuevo:

NCBI interfaces through the years

Revista de interfaces a través de los años

ncbi_new_2009

Bueno, todo eso está cambiando ahora! El NCBI está haciendo una revisión a fondo de las interfaces. Usted puede examinar el aspecto de la página de inicio Vista previa del sitio aquí (vínculo se puede romper cuando se desplazan a la producción con él), y se puede ver en la PubMed cambios aquí, e incluso empezar a usar el PubMed vista previa del sitio aquí.

Esto supone una ruptura con el pasado, gran, y como todas las nuevas interfaces se llevará un poco de tiempo para acostumbrarse a. Pero tengo que decir que me gusta la organización. La navegación de la izquierda hará que la búsqueda de las herramientas más fáciles. La “Popular” cuadro será el acceso rápido a los elementos más utilizados. Puntos destacados y noticias están disponibles aún así. Hay algunas cosas que voy a extrañar. Nos gustó la diseño del mapa del sitio para explicar las características de un tipo general de manera, y la página de vista previa no se vincula a la–se vincula a la lista alfabética. Podría cambiar, aunque.

De todos modos–Creo que el nuevo aspecto es agradable y eficaz. Por supuesto que tendremos que actualizar todos nuestros tutoriales NCBI con nuevas tomas de las interfaces. Pero parece que los instrumentos subyacentes no cambian mucho conceptualmente–pero puede cambiar la ubicación de los elementos (como los filtros de PubMed). Así que tan pronto como la interfaz se convierte en el sitio principal y parece ser estable vamos a hacer nuestros cambios.

Este breve Consejo de la semana una breve introducción de la nueva interfaz para que usted empezando a pensar en cómo navegar por. Échale un vistazo!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/