Tag Archives: PubMed

Video Tipp der Woche: die New PubMed Filter Sidebar

In der heutigen Spitze Ich bin mit einem YouTube-Video Verknüpfung von NCBI mit kurzen Erläuterungen zu den neuen Filter Sidebar Feature Das hat zu hinzugefügt worden PubMed. Wir sahen einen Tweet, dass die Änderung wurde immer wieder am 2. Mai, als ich gerade abgeschlossen insgesamt Update auf unsere volle PubMed Tutorial*.

Ich kämpfte mit, ob Sie unser Produktionsteam für die neue Seitenleiste halten, oder an unserem Tutorial mit dem Plan zu produzieren, um in naher Zukunft zu aktualisieren – es ist immer ein Kampf zu wissen, welche ist die beste Option, da Ressource Änderungen an der Geschwindigkeit des Lichts auftreten kann, oder nach geologischen Zeitskalen (ok, Das ist übertrieben, aber es fühlt sich so, wenn Sie eine wunderbare freigeben wollen, up-to-date-Projekt & Sie hält etwas auf und verursacht verzögerte Veröffentlichung von unserem Tutorial Materialien). Mit PubMed Ich hatte das Glück – Ich sah einen Tweet, dass die Sidebar-Funktion hinzugefügt werden würde “in der nächsten Woche”. Ich fragte unseren professionellen Stimme, um das Skript auf Eis gelegt & Ich ging um PubMed zu warten, was (& wenn) Dinge auftreten würde,.

Zu ihrem Wort, die Sidebar-Funktion zeigte sich auf PubMed Ergebnisse am 10. Mai, genau eine Woche her, seit ich gesehen hatte, die “in der nächsten Woche” Ankündigung – Mein Dank gilt dem NCBI & PubMed Teams! :) Nicht nur, dass sie schieben ihre Updates zeitnah, sie machten ein YouTube-Video zur Erläuterung der Änderungen & diskutieren, wo zukünftige Veränderungen geplant sind, um zu gehen. Das Video ist klar,, und schnelle, so verwende ich es als mein Tipp in dieser Woche. Ich bin mir nicht sicher, dass die Funktion ist 100% stabil, wie ich zeigen im Bild unten, und später in der post beschreiben, aber ich denke, der Wechsel könnte NCBI Ziel zu erreichen – für mehr Menschen zu bemerken, & nutzen Filter für ihre Suchanfragen.

In der Video der Erzähler fest, dass die Filter-Bereich gegangen ist & die beiden Standard-Filter ausgewählt werden permanent, wie von den Häkchen, die nicht sein kann angegeben “unclicked”. In”m nicht zu sehen, diese Häkchen auf entweder “Kostenloser Volltext verfügbar” Link (gezeigt) oder “Überprüfung” Link, das ist nicht in Sicht in meinem Bild. Ich sehe auch einen Unterschied, ob ich die richtigen gefilterte Teilmengen je nachdem, ob ich in mein NCBI angemeldet bin (die obere Fenster an der Rückseite des Bildes dargestellt), oder nicht (die untere, Frontscheibe). In meinen Händen IE 9.0 & Firefox 12.0 Beide funktionieren in ähnlicher Weise in diesen Aspekten.

Das NCBI Video nicht wirklich zeigen, wie Ergebnisse nach Filtern hinzugefügt werden schauen, aber in Spielen mit mir sieht es aus wie alle Ihre Filter werden angewendet, um die Suche & Sie bekommen nur eine Reihe von Ergebnissen, nicht verschiedenen Teilmengen verbindet. Zwar ist es jetzt einfacher, Filter, um Suchvorgänge hinzufügen, wenn es das ist, wie Filter werden zur Arbeit gehen nach vorne gehen, Ich denke ich werde die alten Filter verpassen – Irgendwie mag ich in der Lage, zwischen verschiedenen Unterkategorien der Ergebnisse wechseln, ohne meine Filter ändern oder erneut Suchen. Achten Sie darauf, Ihre Gedanken zu teilen & Vorlieben mit NCBI, so dass sie für ihre Nutzer die beste Ressource erstellen können muss!

* OpenHelix Tutorial für diese Ressource zum Einzelkauf oder über ein Abonnement.

Quick-Links:

OpenHelix Einleitende Lernprogramm zur Verwendung von PubMed (bald aktualisiert werden): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

PubMed Ressource: http://www.pubmed.gov/

PubMed-Referenz:
Sayers, E.W., Barrett, T., Benson, DA, Bolton, E., Bryant, S.H., Canese, K., Chetvernin, V, Kirche, DM, DiCuccio, M., Federhen, S. & (2011). Database Ressourcen des National Center for Biotechnology Information, Nucleic Acids Research, 40 (D1) D25. DOI: 10.1093/nar/gkr1184

Bekanntgabe der Aktualisierung Tutorial Materials: UniProt, Übersicht der Genome Browser, und World Tour von Ressourcen

Wie viele von Ihnen wissen,, OpenHelix ist spezialisiert auf den Menschen hilft, Zugang und nutzen die Goldmine des öffentlichen bioscience Daten, um die weitere Forschung. Eine der Möglichkeiten, dass wir dies tun, ist durch die Schaffung von Materialien zu trainieren Menschen – Forscher, Kliniker, Bibliothekare, und wer in der Wissenschaft interessiert - auf, wo man Daten, die sie daran interessiert sind, finden, und wie man Daten bei bestimmten öffentlichen Datenbanken und Daten-Repositories zugreifen. Wir haben über habe 100 solche Tutorials auf alles aus PubMed zum Functional Glycomics-Gateway (dazu später mehr).

Darüber hinaus schafft diese Tutorials, wir verbringen auch viel Zeit, um sie genaue und up-to-date. Dies kann eine Herausforderung sein, vor allem, wenn viele Datenbanken oder Ressourcen haben alle Major-Releases um die gleiche Zeit. Unser Team prüft und aktualisiert ständig unsere Materialien und in diesem Beitrag Ich bin glücklich, vor kurzem veröffentlichten Updates zu drei unserer Tutorials ankündigen: UniProt, World Tour, und Übersicht der Genome Browser.

Unsere Einleitende UniProt Tutorial zeigt dem Nutzer, wie man: Text sucht bei UniProt für relevante Protein Informationen, Suche mit Sequenzen als Ausgangspunkt, verstehen, die verschiedenen Arten von UniProt Aufzeichnungen, und erstellen Multi-Sequenz-Alignments von Protein Datensätze mit Clustal.

Unsere Übersicht der Genome Browser stellt Nutzern zur Einführung Ensembl, Map Viewer, UCSC Genome Browser, der Integrierte mikrobielle Genome (IMG) Browser, und die GBrowse Software-System. Wir haben auch auf berühren WebGBrowse, JBrowse, der Integrative Genomics Viewer (IGV), der ARGO Genome Browser, der Integrierte Genome Browser (IGB)Schar, und die Circular Genome-Viewer, oder CGView.

Unsere World Tour für Genomik Resources ist kostenlos und ohne Registrierung zugänglich. Es beinhaltet eine Führung durch Beispiel Ressourcen, organisiert nach Kategorien wie Algorithms and Analysis Tools, Ausdruck Ressourcen, Genom-Browser (beide Eukaryotische und Prokaryotic / Mikrobielle) , Literatur-und Text-Mining-Ressourcen, und Ressourcen auf konzentrierte Nukleotide, Proteine, Wege, Krankheit und Variation. Diese Haupt-Diskussion wird dann in eine Diskussion darüber, wie die Ressourcen mit den freien finden führen OpenHelix Ressource Search Portal, gefolgt von Lern-Ressourcen mit OpenHelix-Tutorials, und eine Diskussion über zusätzliche Methoden des Lernens über Ressourcen.

Quick Links:

OpenHelix Einleitende UniProt Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

OpenHelix Übersicht Genome Browser Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

Kostenlose OpenHelix World Tour für Genomik Ressourcen Tutorial suite: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


Auf einer Mission für die Protein-Information

Es ist wahrscheinlich nur das menschliche Gehirn in der Lage, um Punkte zu verbinden & Muster finden, aber es kann interessant sein, wie viele “unabhängig” Veranstaltungen und Informations-Bits sammeln sich in meinem Kopf & schließlich in eine Idee oder Theorie Glühwein bekommen. Nehmen, zum Beispiel, einer aktuellen Biotech-Mischer, Bits aus einem Bildungs-Führung Serie & eine Vergangenheit, Nature-Artikel – jeder “Veranstaltung” hat in meinem Kopf schon mäandernden und jetzt sind sie ihren Weg als diesen Blog-Eintrag.

OK, nun die Erklärung: Bei einer kürzlich lokale Biotech-Veranstaltung hörte ich von einem Unternehmen (KeraNetics) Reinigung Keratinproteinen & mit ihnen zu therapeutischen und wissenschaftlichen Anwendungen entwickeln. Das Unternehmen & ihre Forschung klang sehr interessant & weil ein großer Teil davon ist auf Beihilfe verwundeten Soldaten gerichtet, es klang auch direkt von Vorteil. Die Rede war nur von kurzer, nur etwa 20 Minuten, so gab es kein viel Zeit für Details oder Fragen. Ich beschloss her Venture durch viele der biowissenschaftlichen Datenbanken und Ressourcen, die ich kenne und liebe, Um mehr über Keratin.

Meine Suche war sowohl Spaß und frustrierend, weil der Natur der Sache – Keratin ist “bekannt” (i. es kommt in der High School akademische Herausforderung Auswahlverfahren "eine Menge", nach jemand in der wissen), aber ist schwer zu verarbeiten (i. zäh, unlöslich, faserigen Strukturproteine) Das ist schwer zu viel allgemeine Informationen über finden in Ihrem durchschnittlichen Protein-Datenbank (da es viele verschiedene Genprodukte hergestellt, alle genannt “Keratin”). Ich beschloss, mein Abenteuer auf zwei meiner Lieblings-Protein Ressourcen beginnen, BIP & SBKB, aber ich fand keine Lösung Strukturen für Keratin. Aufgrund der Art, Modell-Organismus Datenbanken werden kuratiert und organisiert, I beginnen oft ein Protein suchen dort, nur um einige grundlegende Hintergrund, Gen-Namen, Sequenz-Information, usw.. In (natürlich) nichts gefunden außer ein paar GO Begriffe in der Saccharomyces Genome Database (SGD), aber ich fand Hunderte von Ergebnissen in beiden Mouse Genome Informatics (MGI) (660 genomische Funktionen) und Ratte Database (RGD) (162 rat genes, 342 menschliche Gene). Ich fand auch Gennamen (Krt *), Sequenzen und viele Zusammenfassung Anmerkungen mit Hinweisen auf Krankheiten mit Links zu OMIM. Als ich fragte für “Keratin”, in OMIM Ich habe 180 Hits, einschließlich 61 “klinischen synopsises”, in UniProt zurück 505 Bewertung Einträge und 2,435 Nicht freigegebene entiries, in Geben Protein 10,611 Ergebnisse und in PubMed 26,430 Artikel mit 1,707 Bewertungen. Ich habe meine Neugier KeraNetics’ Forschung mit einem PubMed erweiterte Suche nach Keratin in der abstrakten oder Titel satt & der PI Namen als Autor (search = “(Keratin[Titel / Abstract]) UND Van Dyke[Autor]“).

Ich landete mit einer Vielzahl von Informationen führt, dass ich durch gejagt haben, aber es war ein Spaß, bei dem ich viel gelernt über Keratin. Dies ist, wo die Bildung Zeug kommt in. Ich habe da eine Menge von Studien gehen, indem man über die Reform des Bildungswesens zu mehr Untersuchungen getrieben, und ich kann ganz sehen, wie das funktionieren kann. “Lernen” durch Auswendiglernen & Regurgitation ist trocken für alle & rau für die “Speicher in Frage gestellt”, wie ich. Mit einem Grund-oder Neugier zu erforschen, mit einem neuen Nugget von Daten oder Verständnis lauert hinter jeder Ecke, Informationen scheint nur in besser & bleiben länger. (OT, aber dachte, ich hätte eine verwandte Seiten erwähnen, dass ich heute gefunden w / einige nette Dinge: Mind / Shift-Wie wir lernen.)

Und ich konnte die erweiterte Suche in PubMed in den Anfang gemacht haben, aber was für ein Spaß wäre das haben? Außerdem gibt es eine Menge, die ich über Keratin gelernt, was ich nicht finden, so gab es kein Fülle von PDB Strukturen für Keratinproteinen. Das bringt mich zu dem Punkt am Ende in meinem Mullings – einen Artikel, dass ich über heute kam, als ich auf meine Lektüre Auftragsbestand gearbeitet: “Zu viele Straßen nicht getroffen“. Wenn Sie ein Abonnement für die Natur haben, können Sie lesen, aber die Hauptsache ist, dass die Forscher sind noch weitgehend mit Schwerpunkt auf die gleiche Gruppe von Proteinen, die sie für eine lange Zeit, denn diese sind die Proteine, für die es Recherche-Tools (Antikörper, chemische Inhibitoren, usw.). Die gleiche Art von Philosophie treibt die Protein Structure Initiative (PSI) Bemühungen, wie beschrieben hier. Sowieso, Ich fand den Artikel interessant & Übereinstimmung mit den Autoren allgemeine Vorschläge. Ich würde jedoch verlängern sie über diese physikalischen Forschung Werkzeuge & sagen, dass geht nach vorne Forscher mehr Daten-Analyse-Tools müssen, und Ausbildung, wie man sie benutzt – aber ich würde, würde ich nicht? :)

Referenzen:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mein J, Apel P, Klorig D, Smith T, Als LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). Die Verwendung von Keratin Biomaterialien aus menschlichem Haar für die Förderung der schnellen Regeneration von peripheren Nerven abgeleitet. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Zu viele Straßen nicht getroffen Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163ein

Was ist die Antwort? Database Anomalien

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Die Frage der Woche:

Falsche / unübliche Einträge im Haupt-Datenbanken (GenBank, UniProt, BIP)? Pierre Poulain fordert ” In… rate meinen Studenten, vorsichtig zu sein mit den Daten, die sie finden in diesen Datenbanken. Um dies zu veranschaulichen, Ich fand recht ungewöhnlich Einträge in GenBank:..” und er listet dann einige gute.

Es gab mehrere interessante, und lustig, Antworten darunter eine aus unserer eigenen Mary,

Meine Lieblings-bizarre Datenbank Element war ein PubMed ein. Das war lange bevor die NCBI ROLF Blog wurde geschaffen,. Ich war für die Gene in den Übergang identifiziert suchen, um graue Haare. Das war nicht hilfreich….

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12079806

Dies ist TITEL (beachten, nicht die abstrakte):

Ich bin ein 64-jähriger Mann, und ich war schon immer stolz auf meine vollkommene Gesundheit Rekord. Ich habe auch stolz auf meinen Kopf voller Haare, Auch nach dem grauen begann schleichend in. Vor vier Monaten fing ich eine Lungenentzündung und verbrachte acht Tage im Krankenhaus (drei in der Intensivstation). Es dauerte eine Weile, aber ich bin endlich wieder normal – außer, dass mein Haar fällt aus. Es kommt in Büscheln aus, wenn ich es Shampoo oder auch Kamm, und es ist gekommen merklich dünner ganzen. Ich erinnere mich gelesen zu Propecia in Ihrem Newsletter, aber ich habe nicht das alte Problem. Sollte ich versuchen das Medikament?

Schauen Sie sich die anderen Antworten für gute Beispiele, warum die Forscher sollten immer überprüfen Sie die Daten.

Freitag SNPets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Aktualisiert Online Tutorials für NCBI Ressourcen einschließlich einer Übersicht und NCBI PubMed und die Gene Expression Omnibus-Tutorials

Umfangreiche Tutorials auf der öffentlich zugänglichen NCBI Ressourcen ermöglichen es Forschern, schnell und effektiv nutzen diese wertvolle Ressourcen.

Seattle, WA (PRWEB) Juni 8, 2010 – OpenHelix kündigte heute die Verfügbarkeit von drei aktualisiert Tutorials auf NCBI Ressourcen.

Das National Center for Biotechnology Information, NCBI, ist die Heimat vieler der am häufigsten verwendeten öffentlich zugänglichen Datenbanken und Tools in der Molekularbiologie heute. Sie beherbergen so populären und weit verbreiteten Datenbanken wie GenBank, PubMed, GEO, Entrez Gene, Geben Protein, und mehr. NCBI produziert auch, pflegt und aktualisiert eine Vielzahl von Werkzeugen, wie der großen Familie der BLAST Sequenzähnlichkeit Suchwerkzeugen und Entrez Such-und Retrieval-Tools. Darüber hinaus, sie bieten eine umfangreiche Palette von Dienstleistungen für die Bildung, Nachrichten Verbreitung und verschiedene Arten von Daten Vorlage. Dieses Tutorial bietet einen umfassenden Überblick der NCBI-Datenbanken, Werkzeuge, Bildungsressourcen und Datenübermittlung Protokolle. Neben einem Update auf diese Übersicht, OpenHelix hat sowohl aktualisiert, es ist PubMed und GEO Tutorials. PubMed ist die Premiere Suchmaschine für biomedizinische Literatur. Mehr als 18 Millionen Zitierungen von Life-Science-Zeitschriften gesucht werden kann durch diesen kostenlosen Service. Das Gene Expression Omnibus, oder GEO, ist eine wertvolle Ressource zur High-Throughput-Genexpression und molekulare Fülle Datenspeicher. Diese drei Tutorials, in Verbindung mit den vielen anderen OpenHelix up-to-date Tutorials auf NCBI BLAST Ressourcen wie, Geben Sie, dbSNP, MMDB, Viral resoruces, MapViewer und andere werden Ihnen eine Reihe von Ausbildungsgängen Ressourcen, um effektiv und effizient auf den Zugriff und die Analyse Genomdaten.

Das Tutorial Suiten, Verfügung über eine jährliche Abo OpenHelix, enthalten eine Online-, erzählt, Multimedia-Lernprogramm, die läuft in fast jedem Browser mit dem Web, zusammen mit Dias mit voller Skript, Handouts und Übungen. Mit den Tutorials, Forscher können schnell, effektiv zu lernen und effizient zu nutzen diese Ressourcen. Die Skripte, Handouts und andere Materialien können auch als Referenz für die Ausbildung oder anderen verwendet werden.

Diese Tutorials vermitteln Benutzer:

NCBI Übersicht

*die grundlegende Struktur des NCBI und seine verschiedenen Arten von Ressourcen zu verstehen
*NCBI navigieren Sie zu den Datenbanken und Analysetools, die Sie benötigen
*Welche Arten von Bildungsressourcen sind bei NCBI verfügbar
*Basisdaten Einreichung Verfahren und Hintergrundinformationen
*Wie suche ich die gesamte Website NCBI, sowie nur die Teilmenge der Entrez Datenbanken

PubMed

*Grundlagenforschung, Fortgeschrittene, und boolesche Suchmethoden
*weitere Suchmethoden wie die Entrez Global Abfrage und der MeSH-Abfrage
*Tipps zum Verständnis der visuellen Hinweisen und Anzeigen
*Meine NCBI benutzen, um Ihre Ergebnisse anpassen und speichern Durchsuchungen ausgeführt und per E-Mail regelmäßig können

Gene Expression Omnibus (GEO)

*effiziente Möglichkeiten zur Abfrage GEO für bestimmte Gene oder experimentelle Designs
*wie man durch GEO Ausgabe zeigt navigieren, um spezifische Informationen finden Sie
*zur Navigation GEO komplexen Daten-Architektur zu GEO durch spezifische Satzarten Suche

Um mehr über diese und über 85 anderen Tutorial Suiten finden Sie auf der OpenHelix Katalog und OpenHelix. Oder besuchen Sie die OpenHelix Blog für up-to-date Informationen über Genomik und Genomik Ressourcen.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die Suche OpenHelix Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, um die relevantesten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Haushalt und Personal-Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der relevantesten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Personal Genomics, klinische Beurteilung und Online-Ressourcen

ResearchBlogging.orgThe Lancet Papier, Klinische Bewertung eingebautem persönliche Genom, hat entschieden, meine Faszination an diesem Wochenende (ja, Ich las es am Strand). Mary Geschrieben Freitag und wieder Samstag auf dem Papier und verwandte NPR Segment. Es fühlt sich für mich zu einer wegweisenden werden, obwohl ich mit Daniel an Genetic Future vereinbaren, es sind dort viel wir wissen immer noch nicht. Ein großer Teil der Variation in nicht-kodierenden Regionen, und damit Vorhersagen und Neigungen sind schwer zu bekommen mit den vorhandenen Analyse. In der Tat, als er darauf hingewiesen,, viele der kodierenden Region Variationen haben wenig Informationen über ihre Wirkung auf die Krankheit. Ich möchte auch, dass selbst wenn wir zu diesem heiligen Gral der Add $1,000 zu Folge eine persönliche Genom, diese Art der umfassenden Analyse würde noch Zeit und kostspielig für die überwiegende Mehrheit der sequenzierten Genomen werden.

Doch, wie bei allen frühen Schritte in Wissenschaft und Medizin, gibt es Fehlstellen, große Lücken und großen Anstrengungen (denken “Raumfahrt,” “Computer,” “Mikrowellenherde,” “Internet,”) dass im Laufe der Zeit kostengünstig und alltäglich (ok, so ersteres ist nicht unbedingt “preiswert”). Sequenzierung von Genomen wird kostengünstig vor der Analyse nicht, aber beide kommen. Und ich denke, dieses Papiers ist es, dass künftige weisenden.

Die andere Hürde zu großen persönlichen Genomik sehe ich (natürlich) ist das Verständnis und die Nutzung der Genomik und Ressourcen. Die Autoren verwenden eine große (und ausgezeichnete, meiner Meinung nach) Suite von Genomik Ressourcen zu tun bekommen und wollen ihre Daten Analyse. Ich werde sie hier Liste mit Links in alphabetischer Reihenfolge:

dbSNP (T)
GVS (T)
HapMap (T)
HGMD
OMIM (T)
PharmGKB
PolyPhen
PubMed (T)
SIFT
UniProt (T)

Alle diese Mittel haben eine Fülle von Daten, aber selbst dann, das ist eine Menge von Analyse-und Einarbeitungszeit, die mit jedem Werkzeug benötigt wird. Jedes Werkzeug hat die Dokumentation und Tutorials, und natürlich hat OpenHelix Tutorials auf viele der eben genannten (diejenigen mit verknüpften “T”s nach dem Namen). Still, diese Analyse wurden eine große Anzahl von Werkzeugen und Einarbeitung.

Das Papier hat eine ziemlich gute Figur (Abbildung 1) in der die Analyse-Prozess. Zum Beispiel, sie gesichtet das Genom zu Gen-assoziierte finden, nicht gleichbedeutend, selten und Roman und Krankheit assoziiert Variationen und dann analysiert die Verwendung dbSNP, HGMD, OMIM und PubMed zu analysieren etwas wie HFE2 die eine Assoziation mit Haemochromotosis haben könnte. Einer meiner Spitzfindigkeiten mit dem Papier, wie so oft mit diesen Papieren, ist, dass es nicht eine gute Methoden "Walk-Through-’ des Papiers mit so etwas wie Galaxy oder Taverne in einer Geschichte oder Workflow, die helfen reproduzieren die Analyse würde.

Wir haben auch ein Tutorial Ich mag euch darauf hinweisen würde, eines, das durch einen ähnlichen Prozess Spaziergänge und lehrt Benutzer die Grundlagen des Gehens durch diesen Prozess. Sie können dieses Tutorial finden Sie hier, es ist kostenlos und öffentlich zugänglich. Das Tutorial führt den Benutzer durch die Analyse einer Genvariante, in diesem Fall in der CYPC9, dass die individuelle Reaktion auf Warfarin Effekte. Es gibt eine ähnliche Variante (verschiedene Gen-, wirkt gleiche Medikament Antwort) in der Papierindustrie. Das Tutorial verwendet die NIEHS SNPs Website, um einen Überblick über die Variation mit SIFT und PolyPhen Vorhersagen zu bekommen, dann auf die UCSC Genome Browser zu finden, einen Überblick über die Region, Spaziergänge durch die dbSNP Information und stellt eine schnelle tag SNP-Analyse mit GVS. Das Tutorial ist nur ein sehr kleiner Schritt in dem, was müssen eine immense Bildung werden in der Genomik und Genomik Ressourcen.

Das ist alles darauf hin, dass das Papier eine faszinierende erste Schritt ist, und als ersten Schritt die klaffenden Löcher schlägt wir in brachte persönlichen Genomik in der Medizin haben.

Ashley, E., Hügel, A., Wheeler, M., Chen, R., Klein, T., Dewey, F., Dudley, J., Ormond, K., Pavlovic, A., & Morgan, Ein. (2010). Klinische Bewertung eingebautem persönliche Genom The Lancet, 375 (9725), 1525-1535 DOI: 10.1016/S0140-6736(10)60452-7, M., Chen, R., Klein, T., Dewey, F., Dudley, J., Ormond, K., Pavlovic, A., & Morgan, Ein. (2010). Klinische Bewertung eingebautem persönliche Genom The Lancet, 375 (9725), 1525-1535 DOI: 10.1016/S0140-6736(10)60452-7

Wenn Datenbanken knacken Sie…

Wenn Sie jemand sind, der viel Zeit damit verbracht, die tief in die Vertiefungen von Datenbanken — tiefer als der durchschnittliche Endverbraucher — manchmal finden Sie einige wirklich interessante Dinge. Manchmal sind sie lehrreich, wie: hmm…Ich habe nicht realisiert Mäuse hatten einen Knochen gibt bis ich arbeitete, die der anatomischen Hierarchie Jax… Manchmal sind sie gruselig. Begraben in der MeSH-Hierarchie war in etwa das widrigsten Sicht Ich jemals in einem kontrollierten Vokabular gesehen. Ich beschwerte mich über diese, um sie wahrscheinlich 10 Jahren, und nur klar, dass es nicht in MeSH erscheinen 2010, schließlich.

Aber dann gibt es andere Zeiten, wenn ein Datenbank-Suche verlässt man ROFL. Das geschah vor einiger Zeit stieß ich auf diese seltsame Leckerbissen auf der Suche nach grauen Haaren Gene. Es erzeugt eine Diskussion unter meinen Bereich der Kollegen über andere lustig, was wir über die in den Datenbanken gekommen.

Nun, es gibt eine ganze Blog für die Ausübung des Humors in der NCBI PubMed. Ich habe gerade herausgefunden aus den # scio10 Tweets aus dem ScienceOnline2010 Treffen, dass sie eine neue Heimat auf dem Discover Blogs Sammlung gefunden!

NCBI ROFL: Hallo, Welt! (wieder)

Herzlichen Glückwunsch an sie. Wenn Sie feststellen, Sie brauchen, um bei der Literatur manchmal schmunzeln–benötigen oder eine lustige Probe für eine Präsentation vielleicht, check them out in ihrem neuen Zuhause. Sie nehmen auch Anregungen. Also, wenn Sie etwas finden, in PubMed, dass Sie Risse, schicken Sie es zusammen.

Webcasts in PubMed?

Inigo Montoya: Sie halten mit diesem Wort. Ich glaube nicht, dass es bedeutet, was bedeutet es wohl,.

So las ich die NLM Technical Bulletin für November-Dezember an diesem Morgen. (Yeah, Greif-, Ich weiß,–und einen Monat zu spät. Sie wissen, wie die Ferien sind…). Aber ich stieß auf etwas Faszinierendes. Hier ist, was es sagt,:

Hmm…Webcasts. OK. Aber wie werden sie in? Und was sind die Quellen? Wie sind sie kommentierten? Lassen Sie uns also einen Blick. Bei PubMed Ich klickte auf erweiterte Suche. Überprüft die “Art des Artikels” Box. Und lassen Sie die Suche zu starten.

Ich habe 3. Hier sind meine Ergebnisse:

Ich ging in die erste auf der Verlags-Website. Es ist eine kurze Zusammenfassung-like Einführung. Dort können Sie Link zur 2 Videos. Es gibt eine Untersuchung des Patienten, pre- und Nachbehandlung. Es ist ein Wort, mit dem Video-doc Legende. Hier ist die ganze Legende…Ich bin nicht wirklich sicher, warum dieses Bedürfnis in ein Word-Dokument und nicht auf dieser Seite geliefert werden.

Legende: Ein 43-jähriger Mann mit Thiamin-Mangel, manifestiert sich als Gang-und Augenbewegungen Anomalien ohne Enzephalopathie (Video 1) dass deutlich verbessert nach schnellen Diagnose und empirische Thiamin Ersatz (Video 2).

OK. Dies ist nützlich, Sachen für Neurologen, Ich bin sicher,. Aber es ist nicht das, was ich genannt habe “Webcast”. Vielleicht ist es nur mir…Ich hätte gedacht, dass war so ziemlich im wesentlichen eine Figur in diesem Papier haben.

Das zweite habe ich nicht erwartet, um Zugang zu haben. Aber wenn ich zu der Website es schien, dass ich. Mein Deutsch ist nicht existent, aber ich konnte zu entschlüsseln das Wort “Podcast”. Also klickte ich. Ich hatte Zugang zu einem deutschen Podcast. Das ist cool. Aber auch nicht das, was ich ein angerufen haben “Webcast”.

OK. Das nächste, das ich keinen Zugriff auf. Ich kann nicht beurteilen, was es wirklich ist. Aber ich muss sagen, 2/3 sind nicht das, was ich erwartet hatte, als Webcasts…

Vielleicht ist es semantische. Ich dachte, Webcasts würde Seminaren Menschen gaben auf ihre Arbeit sein, oder spezielle veröffentlichte, wie die Schulungsunterlagen haben wir, oder etwas. Vielleicht Aufnahmen von Konferenz-Präsentationen.

Ich mag die Idee–Ich denke, wir müssen denken über Möglichkeiten beginnen, diese Arten von wertvollen Publikationen / Präsentationen zur Verfügung zu stellen. Ich frage mich, wie der Inhalt von der NLM würde indiziert werden. Alle unsere Ausbildung Webcasts haben die vollständige Skript verfügbar als Text, aber ich würde sagen, das ist eher unüblich. Die meisten Fälle haben einen Titel und einen nackten abstrakten am besten in meiner Erfahrung.

Was denken Sie,? Ist das, was Sie rufen Webcasts? Meine aktuelle Einschätzung dieser Entwicklung = Idea: ausgezeichnet. Ausführung (zur Zeit): eh.

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MacDonald, R., Stanich, P., Monrad, P., & Mateen, F. (2009). Teaching Video NeuroImages: Wernicke-Enzephalopathie ohne Veränderungen des psychischen Zustandes Neurologie, 73 (20) DOI: 10.1212/WNL.0b013e3181c1de31

Tipp der Woche: NCBI Makeover!

NCBI_interface_movieDie beiden frühesten webbasierte Bioinformatik Ressourcen, die ich erinnere unter Berufung auf in meiner Karriere kann waren Pedro Liste und NCBI. (Für diejenigen von Ihnen, ein wenig Nostalgie Reise benötigen, können Sie sehen, eine Kopie des Pedro der Liste hier.) Es gibt viele Nachkommen von Pedro-Liste in verschiedenen Formen–einschließlich unserer kürzlich gestarteten Ressource Suchwerkzeug. Aber das National Center for Biotechnology Information (NCBI) Schnittstelle hat irgendwie schon…gut…beruhigend stabil–für eine wirklich lange Zeit. Ich schaute in die Wayback Machine zu sehen, was die älteren Schnittstellen aussehen. Ich war in der Lage, eine Variante aus finden 1997 das hatte ich etwa vergessen, bis ich es sah. Aber dann habe ich immer auf der Suche und fand die Version, die ich am meisten vertraut ab 1999. Wenn Sie vergleichen 1999 auf 2009 Sie sehen im Wesentlichen das gleiche Layout. Hier ist ein Vergleich der bisherigen Schnittstellen, und dann die neue:

NCBI interfaces through the years

NCBI-Schnittstellen im Laufe der Jahre

ncbi_new_2009

Nun, das ist alles ändert sich jetzt! Das NCBI tut eine Generalüberholung der Schnittstellen. Sie können prüfen, die Homepage Blick auf die Preview Site hier (Link kann brechen, wenn sie über die Produktion zu bewegen mit ihr), und Sie können das Aussehen PubMed Änderungen hier, und sogar beginnen mit der PubMed Vorschau-Seite hier.

Das ist ein großer Bruch mit der Vergangenheit, und wie alle neuen Schnittstellen wird ein wenig Zeit nehmen, um zu gewöhnen. Aber ich muss ich sagen, wie die Organisation. Die linke Navigation wird das Auffinden der Werkzeuge einfacher. Das “Beliebt” Box einen schnellen Zugriff auf die am häufigsten verwendeten Elemente werden. Highlights und News sind immer noch so gut. Es gibt einige Dinge, die ich vermissen werde. Uns gefiel die Sitemap-Layout um die Funktionen im Überblick Art und Weise erklären,, und der Vorschau-Seite bezieht sich nicht auf diesen Link–es Links zu der alphabetischen Liste. Könnte sich ändern, obwohl.

Sowieso–Ich denke, der neue Look ist schön und effektiv. Natürlich müssen wir alle unsere NCBI Tutorials mit neuen Aufnahmen der Schnittstellen aktualisieren. Aber es sieht aus wie die zugrunde liegenden Werkzeuge nicht viel ändern, konzeptionell–aber sie können Sie die Position der Elemente (wie die PubMed-Filter). Also, sobald die Schnittstelle der Hauptort wird und scheint stabil zu sein wir machen unsere Änderungen.

Dieser kurze Tip der Woche stellt die neue Schnittstelle kurz, um Sie fangen an, über wie man rund um navigieren denken. Check it out!

NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/