الوسم المحفوظات: مجلات

تلميح فيديو للأسبوع: الجديد في PubMed مرشحات الشريط الجانبي

في قمة اليوم وأنا ربط شريط فيديو يوتيوب من نكبي هذا باختصار ما يفسر جديد مرشحات الشريط الجانبي ميزة التي تم إضافتها إلى مجلات. شاهدنا لأول مرة سقسقة أن التغيير قادم مرة أخرى على 2 مايو, تماما كما كنت استكمال التحديث إلى إجمالي لدينا البرنامج التعليمي مجلات كامل*.

أنا ناضلت مع ما إذا كان سيتم عقد فريق العمل لدينا لإنتاج الشريط الجانبي جديدة, أو لإنتاج البرنامج التعليمي لدينا مع خطة لتحديث في المستقبل القريب – هو دائما النضال من أجل تعرف ما هو الخيار الأفضل لأن التغيرات في الموارد يمكن أن تحدث في سرعة الضوء, أو وفقا لجداول زمنية جيولوجية (موافق, وهذا من قبيل المبالغة لكنه يشعر بهذه الطريقة عندما تريد اطلاق سراح رائع, ما يصل إلى تاريخ المشروع & شيء يحمل لكم ويسبب تأخر نشر مواد البرنامج التعليمي لدينا). مع مجلات وكنت محظوظا – رأيت سقسقة التي من شأنها أن تضاف ميزة الشريط الجانبي “في الاسبوع المقبل”. سألت صوتنا المهنية لوضع البرنامج النصي في الانتظار & وسجل لي حول مجلات ننتظر لنرى ما (& عندما) لكانت الأمور تحدث.

صحيح أن كلمتهم, وأظهرت ميزة الشريط الجانبي حتى على النتائج في مجلات 10 مايو, بالضبط منذ أسبوع واحد كنت قد رأيت “في الاسبوع المقبل” إعلان – بي بفضل NCBI & مجلات فرق! :) ليس فقط أنها لم تدفع من التحديثات الخاصة بهم في الوقت المناسب, جعلوا يوتيوب فيديو لشرح التغييرات & حيث من المقرر مناقشة التغييرات المستقبلية للذهاب. شريط الفيديو هو واضح, وسريعة, لذلك أنا باستخدام أنها معلومات سرية لي هذا الاسبوع. لست متأكدا من هذه الميزة 100% مستقر, كما تبين لي في الصورة أدناه, ووصف في وقت لاحق آخر, لكنني أعتقد أن التغيير قد تحقق هدف NCBI في – لمزيد من الناس لاحظت & استخدام المرشحات لعمليات البحث الخاصة بهم.

في فيديو الراوي ينص على أن ذهابه منطقة مرشحات & ويتم اختيار المرشحات بشكل دائم الافتراضي 2, كما يتبين من علامات الاختيار التي لا يمكن أن يكون “unclicked”. في”م لا نرى تلك علامات الاختيار على أي من “النص الكامل متاح مجانا” رابط (أظهرت) أو “مراجعة” رابط, وهي ليست في طريقة العرض في صورة بلدي. كما أنني أرى فرقا ما إذا كان يمكنني الحصول على حق تصفية فرعية اعتمادا على ما إذا أنا كنت في تسجيل NCBI بلادي (الإطار العلوي هو مبين في الجزء الخلفي من الصورة), أم لا (انخفاض, أمام النافذة). في IE يدي 9.0 & فايرفوكس 12.0 على حد سواء وظيفة مماثلة في هذه الجوانب.

شريط الفيديو NCBI لا يظهر حقا كيف تبدو النتائج بعد إضافة مرشحات, ولكن يتم تطبيقها في اللعب مع لي يبدو ان كل من المرشحات لبحثك & يمكنك الحصول على مجموعة واحدة فقط من النتائج, لا يربط إلى مجموعات فرعية مختلفة. على الرغم من أنه هو الآن أسهل لإضافة مرشحات للتفتيش, إذا هذه هي الطريقة التي المرشحات والذهاب إلى العمل للمضي قدما, أعتقد أنني سيغيب عن المرشحات القديمة – أنا نوع من مثل أن تكون قادرة على تبديل بين مختلف فئات فرعية من النتائج دون الحاجة إلى تغيير الفلاتر بلدي أو إعادة تشغيل عمليات البحث. مما لا شك فيه لتبادل الأفكار الخاصة بك & الأفضليات مع NCBI حتى يتمكنوا من إيجاد أفضل مورد لمستخدمي احتياجاتها!

* البرنامج التعليمي OpenHelix لهذا المورد متاحة للشراء الفردية أو من خلال الاشتراك.

وصلات سريعة:

دروس تمهيدية OpenHelix على استخدام مجلات (قريبا ليتم تحديثه): http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=70

مجلات الموارد: http://www.pubmed.gov/

مجلات المرجعي:
القائلون, E.W., باريت, ت., بينسون, D.A., بولتون, E., براينت, S.H., Canese, ك., الفصل ت. فيرنين, خامسا, كنيسة, D.M., DiCuccio, م., Federhen, S. & (2011). قاعدة بيانات الموارد من المركز الوطني لمعلومات التقنية الحيوية, أبحاث الأحماض النووية, 40 (D1) D25. دوى: 10.1093/nar/gkr1184

الاعلان عن المواد التعليمية حدثت: UniProt, نظرة عامة على برامج التصفح الجينوم, وجولة حول العالم للموارد

كما يعلم الكثيرون منكم, OpenHelix متخصصة في مساعدة الناس من الوصول والاستفادة من منجم للذهب العلوم الحيوية من البيانات العامة من أجل إجراء مزيد من البحوث. واحدة من السبل التي يمكننا القيام بذلك هو من خلال خلق المواد اللازمة لتدريب الناس – الباحثين, الأطباء, المكتبات, والمهتمين في مجال العلوم - حول مكان العثور على البيانات التي ترغب في, وكيفية الوصول إلى البيانات في قواعد البيانات العامة وخاصة مستودعات البيانات. لقد حصلنا على أكثر من 100 مثل هذه الدروس على كل شيء من مجلات إلى وظيفية عبارة غليكوميكس (المزيد عن هذا لاحقا).

بالإضافة إنشاء هذه الدروس, نحن أيضا تنفق الكثير من الوقت للحفاظ على دقة وتصل إلى تاريخ. هذا يمكن أن يكون تحديا, وخصوصا عندما الكثير من قواعد البيانات أو الموارد وجميع النشرات الرئيسية في نفس الوقت تقريبا. فريق العمل لدينا ويقيم باستمرار وتحديث المواد لدينا في هذا المنصب وانا سعيد بان يعلن التحديثات التي تم إصدارها مؤخرا لثلاثة من الدروس لدينا: UniProt, جولة حول العالم, ونظرة عامة على برامج التصفح الجينوم.

لنا استهلالي UniProt التعليمي ويبين كيفية المستخدمين: إجراء عمليات بحث النص على UniProt للحصول على معلومات البروتين ذات الصلة, بحث مع تسلسل كنقطة انطلاق, فهم أنواع مختلفة من UniProt السجلات, وخلق التحالفات متعددة تسلسل من السجلات باستخدام بروتين كلوستال.

لنا نظرة عامة على برامج التصفح الجينوم يقدم للمستخدمين إدخال Ensembl, خريطة عارض, UCSC متصفح الجينوم, و خريطة جينوم الميكروبية المتكاملة (IMG) المتصفح, و نظام GBrowse البرمجيات. نحن أيضا أتطرق إلى WebGBrowse, JBrowse, و علم الجينوم التكاملية عارض (IGV), و آرغو الجينوم المستعرض, و الجينوم المتكاملة المستعرض (مجلس الحبوب العراقي)نقنق, و التعميم الجينوم عارض, أو CGView.

لنا جولة في عالم الموارد جينوم مجاني ويمكن الوصول إليها من دون تسجيل. وهي تشمل جولة الموارد سبيل المثال, نظمتها فئات مثل خوارزميات وأدوات التحليل, التعبير الموارد, مستعرضات الجينوم (على حد سواء حقيقية النواة و بروكاريوتيك / الميكروبية) , الموارد الأدب والنصوص والتعدين, وركز على الموارد النيوكليوتيدات, البروتينات, مسارات, المرض والاختلاف. وسوف تؤدي هذه المناقشة الرئيسي ثم إلى مناقشة كيفية إيجاد موارد مع مجانا OpenHelix الموارد بوابة البحث, تليها تعلم استخدام الموارد مع الدروس OpenHelix, ومناقشة وسائل إضافية للتعلم حول الموارد.

روابط سريعة:

OpenHelix تمهيدية UniProt جناح تعليمي: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

نظرة عامة OpenHelix إلى جناح تعليمي الجينوم المتصفحات: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=65

جولة حول العالم مجانا OpenHelix للجينوم جناح تعليمي الموارد: http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=119

 


على بعثة لمعلومات البروتين

انها على الارجح مجرد قدرة الدماغ البشري لتوصيل النقاط & إيجاد أنماط, ولكن يمكن أن تكون مثيرة للاهتمام كم “لا علاقة” الأحداث والمعلومات بت تتراكم في رأسي & في نهاية المطاف إلى الحصول على بحثه فكرة أو نظرية. أخذ, مثلا, خالط الأخيرة في مجال التكنولوجيا الحيوية, بت من التعليم سلسلة القيادة & مادة الطبيعة الماضي – كل “حدث” وقد التعرجات في ذهني ، والآن يجدون طريقهم للخروج لأن هذا بلوق وظيفة.

موافق, الآن الشرح: في حدث مؤخرا في مجال التكنولوجيا الحيوية المحلية سمعت عن شركة (KeraNetics) تنقية البروتينات الكيراتين & استخدامها لتطوير التطبيقات العلاجية والبحثية. الشركة & بدا أبحاثهم مثيرة جدا للاهتمام & ويهدف لأن الكثير منها في مساعدة الجنود الجرحى, وبدا أنه من المفيد أيضا مباشرة. كان الحديث القصير, فقط 20 دقائق, لذا لم يكن هناك الكثير من الوقت للحصول على تفاصيل أو أسئلة. قررت أنني كنت يتجهن من خلال العديد من قواعد البيانات العلوم الحيوية والموارد التي أعرفها وأحبها, من أجل معرفة المزيد عن الكيراتين.

وكان سعيي كلا المرح ومحبطة بسبب طبيعة الوحش – الكيراتين هو “معروف” (أنا. وتأتي في المسابقات المدرسية التحدي الأكاديمية العالية 'الكثير', وفقا لشخص في معرفة), ولكن من الصعب العمل مع (أنا. قاسي, غير قابل للذوبان, هيكلية البروتينات الليفية) ان من الصعب العثور على الكثير من المعلومات العامة في قاعدة البيانات الخاصة بك من البروتين في المتوسط (لأنه مصنوع من العديد من المنتجات الجينات المختلفة, ويشار إلى جميع “الكيراتين”). قررت أن أبدأ مغامرتي في اثنين من مواردي البروتين المفضلة, الناتج المحلي الإجمالي & SBKB, ولكن لم أجد حل لهياكل الكيراتين. بسبب الطريقة التي يتم من تنسيق قواعد البيانات ونظم النموذج الحي, أبدأ غالبا ما يكون هناك بحث البروتين, فقط للحصول على بعض المعلومات الأساسية, الجينات أسماء, تسلسل المعلومات, الخ. في (بالطبع) العثور على أي شيء عدا بضعة GO المصطلحات في قاعدة بيانات الجينوم السكيراء (SGD), ولكنني وجدت المئات من النتائج في كل من الماوس الجينوم المعلوماتية (كونكورد) (660 الجينومية الميزات) و قاعدة بيانات الجينوم الفئران (RGD) (162 جينات الفئران, 342 الجينات البشرية). كما أنني وجدت أسماء الجين (* KRT), متواليات والشروح الموجزة مع إشارات إلى العديد من الأمراض مع وصلات إلى OMIM. عندما كنت استفسر عن “الكيراتين”, في OMIM حصلت على 180 مشاهدات, بما في ذلك 61 “السريرية synopsises”, في UniProt عاد 505 استعرض مداخل و 2,435 لم تتم مراجعتها entiries, في نوع من البروتين 10,611 والنتائج في مجلات 26,430 مع المواد 1,707 نقدية. حصلت فضولي لمعرفة KeraNetics’ البحث متخم باستخدام خاصية البحث المتقدم في PubMed عن كيراتين المجرد أو عنوان & المعهد البترولي اسم كمؤلف (البحث = “(الكيراتين[عنوان / الخلاصة]) وفان دايك[كاتب]“).

انتهى بي الأمر مع الكثير من المعلومات يؤدي أنني يمكن أن يكون من خلال مطاردة, إلا أنه كان بمثابة عملية المتعة التي تعلمت الكثير عن الكيراتين. هذا هو المكان الذي يأتي في الاشياء التعليم. لقد كنت أرى الكثير من الدراسات انتقل بالحديث عن إصلاح التعليم على أن تكون أكثر تحقيقا مدفوعة, وأستطيع أن أرى تماما كيف يمكن أن تعمل. “تعلم” من خلال التلقين & قلس جافة للجميع & الخام لل “تحدى الذاكرة”, مثلي. وجود سبب أو الفضول لاستكشاف, مع كتلة صلبة جديدة من البيانات أو التفاهم حول كل زاوية المتربصة, المعلومات فقط ويبدو للحصول على أفضل & البقاء لفترة أطول. (OT, ولكن اعتقدت أن أذكر موقع ذات الصلة التي وجدت اليوم ث / بعض الأشياء الرائعة: العقل / التحول ، كيف سنتعلم.)

وكان يمكن أن فعلت البحث في PubMed المتقدمة في بداية, لكن ما المتعة التي تم? بالإضافة إلى أن هناك الكثير مما تعلمته عن الكيراتين عما لم أجد, من هذا القبيل لم يكن هناك عدد كبير من الهياكل PDB للبروتينات الكيراتين. هذا يقودني إلى النقطة النهائية في بلدي مولينغز – مقال أنني صادفت اليوم كما عملت على تراكم قراءتي: “الكثير من الطرق لا تؤخذ“. إذا كان لديك اشتراك في الطبيعة يمكنك قراءتها, ولكن النقطة الأساسية هي أن الباحثين لا تزال تركز إلى حد كبير على نفس المجموعة من البروتينات التي كانوا لفترة طويلة, لأن هذه هي البروتينات التي توجد أدوات البحث (الأضداد, مثبطات الكيميائية, الخ). هذا نفس النوع من الفلسفة هو تأجيج مبادرة بنية البروتين (المبادرة) جهود, كما هو موضح هنا. على أي حال, لقد وجدت هذه المادة مثيرة للاهتمام & نتفق مع الاقتراحات الكتاب عامة. وأود أن تمتد إلى ما بعد ولكن هذه الأدوات البحوث الفيزيائية & ويقول الباحثون أن تسير قدما إلى المزيد من أدوات تحليل البيانات, والتدريب على كيفية استخدامها – ولكني أود أن, لم أكن? :)

المراجع:

  • Sierpinski ف, غاريت J, بي J, آبل ف, Klorig D, تي سميث, كما LA, عطاالله A, & فان دايك M (2008). استخدام الكيراتين الحيوية المستمدة من الشعر البشري لتعزيز التجدد السريع في الأعصاب الطرفية. الحيوية, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • إدواردز, أ., Isserlin, ر., بدر, غ., فراي, س., ويلسون, ت., & يو, F. (2011). الكثير من الطرق لا تؤخذ طبيعة, 470 (7333), 163-165 دوى: 10.1038/470163a

ما هو الجواب? قاعدة الشذوذ

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

والسؤال لهذا الأسبوع:

صحيح / غير عادية الإدخالات في قواعد البيانات الرئيسية (بنك الجينات, UniProt, PDB)? بيار بولان يسأل ” في… تقديم المشورة للطلاب أن أكون حذرا مع البيانات التي يمكن العثور عليها في قواعد البيانات هذه. لتوضيح هذه, لقد وجدت إدخالات غير عادية تماما في بنك الجينات:..” وقال انه بعد ذلك بعض القوائم الجيدة منها.

كانت هناك عدة مثيرة للاهتمام, ومضحك, يجيب بما في ذلك واحد من منطقتنا مريم,

وكان البند المفضلة قاعدة غريبة في PubMed a one. كان هذا قبل وقت طويل من بلوق التي أنشئت ROLF NCBI. كنت تبحث عن الجينات التي تم تحديدها في الانتقال إلى الشيب. هذا لم يكن مفيدا….

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12079806

هذا هو TITLE (مذكرة, ليس مجردا):

أنا رجل 64 عاما, ولقد كنت دائما فخورا سجل بلدي الصحة المثالية. لقد كنت فخورة أيضا رأسي كامل من الشعر, حتى بعد أن بدأ يزحف في الرمادي. قبل أربعة أشهر مسكت الالتهاب الرئوي ، وقضى ثمانية أيام في المستشفى (ثلاثة في العناية المركزة). استغرق الأمر بعض الوقت, لكنني في النهاية إلى وضعها الطبيعي – إلا أن شعري يتساقط. يتعلق الأمر في كتل عندما الشامبو أو المشط حتى, وحصلت عليه ورقيقة بشكل ملحوظ في جميع أنحاء. أذكر أني قرأت عن بروبيكيا في النشرة الخاصة بك ولكن ليس لدي قضية قديمة. وينبغي أن أحاول الدواء?

تحقق من إجابات أخرى للحصول على أمثلة جيدة لماذا ينبغي أن الباحث دائما المزدوج تحقق من البيانات.

الجمعة SNPets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

دروس على الانترنت المحدثة لموارد NCBI بما في ذلك نظرة عامة وNCBI PubMed والدروس التعبير الجيني الجامع

دروس شاملة عن الموارد المتاحة للجمهور NCBI تمكين الباحثين بسرعة وفعالية استخدام هذه الموارد لا تقدر بثمن.

سياتل, WA (PRWEB) حزيران / يونيو 8, 2010 – OpenHelix أعلنت اليوم عن توافر ثلاثة دروس محدثة عن الموارد NCBI.

المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية, نكبي, هي موطن لكثير من قواعد البيانات الأكثر استخداما المتاحة للجمهور وأدوات البيولوجيا الجزيئية في اليوم. انهم مثل قواعد البيانات بيت شعبية وتستخدم على نطاق واسع بنك الجينات, مجلات, GEO, Entrez جين, نوع من البروتين, وأكثر. كما تنتج NCBI, وتحتفظ التحديثات مجموعة متنوعة من الأدوات, مثل عائلة كبيرة من الأدوات BLAST التشابه تسلسل البحث والبحث وأدوات استرجاع Entrez. وبالإضافة إلى ذلك, أنها توفر مجموعة واسعة من الخدمات للتعليم, نشر الأخبار وتقديم أنواع مختلفة من البيانات. هذا الدرس يقدم لمحة واسعة من قواعد البيانات في NCBI, أدوات, الموارد التعليمية وبروتوكولات تقديم البيانات. بالإضافة إلى نظرة عامة على هذا التحديث, OpenHelix قامت بتحديث كلا انها PubMed والدروس GEO. مجلات هو محرك بحث العرض الأول للأدب الطب الحيوي. أكثر من 18 ويمكن البحث من الاستشهادات مليون المجلات علوم الحياة من خلال هذه الخدمة المجانية. و الجين التعبير الجامع, أو GEO, هو المورد الثمين مصممة لتخزين عالية الإنتاجية التعبير الجيني والجزيئي وفرة البيانات. هذه الدروس three, بالتزامن مع OpenHelix العديدة الأخرى ما يصل إلى تاريخ الدروس على موارد NCBI مثل BLAST, دخول, dbSNP, MMDB, الفيروسية resoruces, سوف MapViewer وغيرها تعطيك مجموعة من الموارد للمساعدة في تدريب تكون ناجعة وفعالة في الوصول إلى البيانات وتحليلها الجينوم.

البرنامج التعليمي أجنحة, المتاحة من خلال اشتراك سنوي OpenHelix, تحتوي على الانترنت, وروى, الوسائط المتعددة التعليمي, الذي يعمل في المتصفح فقط عن أي اتصال على شبكة الإنترنت, جنبا إلى جنب مع شرائح كاملة مع النصي, النشرات والتمارين. مع الدروس, يمكن للباحثين يتعلم بسرعة على نحو فعال واستخدام هذه الموارد بكفاءة. البرامج النصية, ويمكن أيضا النشرات والمواد الأخرى التي يمكن استخدامها كمرجع أو لتدريب الآخرين.

وسوف تدرس هذه الدروس المستخدمين:

نظرة عامة NCBI

*لفهم بنية الأساسية للNCBI وأنواعه المختلفة للموارد
*انتقل إلى NCBI للعثور على قواعد البيانات وأدوات التحليل تحتاج
*ما هي أنواع من الموارد التعليمية المتوفرة في NCBI
*إجراءات أساسية تقديم البيانات والمعلومات الأساسية
*كيفية البحث في موقع بأكمله NCBI, فضلا عن مجرد مجموعة فرعية من قواعد البيانات Entrez

مجلات

*الأساسية, متقدم, وطرق البحث منطقية
*تبحث عن وسائل إضافية مثل الاستعلام Entrez العالمية والاستعلام الطبية MeSH
*نصائح لفهم الاشارات البصرية ويعرض
*لاستخدام NCBI بلدي لتخصيص نتائجك وحفظ عمليات البحث التي يمكن تشغيلها بشكل منتظم وعبر البريد الالكتروني

الجين التعبير الجامع (GEO)

*طرق فعالة للاستعلام عن توقعات البيئة العالمية للجينات معينة أو تصاميم تجريبية
*كيفية التنقل من خلال إخراج يعرض لتوقعات البيئة العالمية للعثور على معلومات محددة تريدها
*كيفية التنقل العمارة GEO بيانات معقدة للبحث عن طريق أنواع GEO سجل معين

لمعرفة المزيد حول هذه وأكثر 85 الأجنحة الأخرى تعليمي زيارة OpenHelix الكتالوج و OpenHelix. أو زيارة OpenHelix المدونة لمدة تصل إلى أحدث المعلومات عن موارد علم الجينوم وعلم الجينوم.

حول OpenHelix
OpenHelix, ذ., (www.openhelix.com) يوفر بحث المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم وبوابة التدريب, إعطاء الباحثين للعثور على مكان واحد وتعلم كيفية استخدام الموارد وقواعد البيانات على شبكة الإنترنت. بوابة البحث OpenHelix تفتيش مئات من الموارد, أجنحة التعليمي وغيرها من المواد لتوجيه الباحثين إلى معظم الموارد والمواد ذات الصلة OpenHelix التدريب لتلبية احتياجاتهم. يمكن للباحثين والمؤسسات توفيرا للوقت, موارد الميزانية والموظفين من خلال الاستفادة من اشتراك إلى ما يقرب من 100 جناح تعليمي على شبكة الإنترنت من خلال بوابة. زيادة كفاءة استخدام الموارد الأكثر ملاءمة وسائل البحث أسرع وأكثر فعالية.

علم الجينوم الشخصية, السريرية وتقييم الموارد عبر الإنترنت

ResearchBlogging.orgلانسيت ورقة, السريرية بتقييم دمج الجينوم الشخصية, وقد عقدت سحر بلادي في نهاية هذا الاسبوع (نعم, قرأته على الشاطئ). ماري نشرت الجمعة و السبت مرة أخرى على ورقة وما يتصل بها من الجزء NPR. يشعر لي أن ورقة المنوية, على الرغم من أنني لا أتفق مع دانيال في المستقبل الوراثية, هناك هناك الكثير ما زلنا لا نعرف. جزء كبير من التباين في المناطق غير الترميز, وبالتالي التكهنات والنزعات يصعب الحصول عليها مع التحليل المتاحة. في الواقع, كما أشار إلى, العديد من الاختلافات المنطقة الترميز لديها معلومات كثيرة عن تأثيرها على المرض. وأود أن أضيف أيضا أنه حتى لو وصلنا الى تلك الكأس المقدسة $1,000 لتسلسل الجينوم الشخصية, فإن هذا النوع من التحليل واسعة النطاق لا يزال الوقت والتكلفة الباهظة ، بالنسبة للغالبية العظمى من الجينوم التسلسل.

حتى الآن, كما هو الحال مع جميع الخطوات المبكر في مجال العلوم والطب, هناك قطعة مفقودة, كبير الثغرات وجهود ضخمة (اعتقد “الفضاء السفر,” “أجهزة الكمبيوتر,” “أفران الميكروويف,” “الإنترنت,”) أنه بمرور الوقت أصبح مألوفا وغير مكلفة (موافق, لذلك ليس بالضرورة السابق “غير مكلف”). تسلسل الجينوم سوف تصبح مكلفة قبل التحليل لا, ولكن سوف يأتي على حد سواء. وأعتقد أن هذه الورقة هو الإشارة إلى أن مستقبل.

عقبة أخرى لشخصية كبيرة الحجم الجينوميات أرى (بالطبع) هو فهم واستخدام البيانات والموارد الجينوميات. الكتاب استخدام كبير (وممتازة, في رأيي) مجموعة من الموارد للقيام الجينوميات الحصول على البيانات والقيام بتحليلها. أنا هنا مع قائمة لهم صلات بالترتيب الأبجدي:

dbSNP (T)
GVS (T)
هاب ماب (T)
HGMD
OMIM (T)
PharmGKB
PolyPhen
مجلات (T)
نخل
UniProt (T)

كل هذه الموارد لديها ثروة من البيانات, لكن حتى ذلك الحين, أن الكثير من التحليل والتعرف على ما هو مطلوب مع كل أداة. كل أداة لديه وثائق وبرامج تعليمية, وبالطبع OpenHelix والدروس في كثير من تلك المذكورة (تلك التي ترتبط “T”ليالي بعد اسم). لا يزال, استغرق هذا التحليل احدة في عدد كبير من الأدوات والتعريف.

ورقة لديه شخصية جيدة (شخصية 1) تحدد عملية تحليل. مثلا, منخول أنهم الجينوم للعثور على الجينات المرتبطة, غير مرادف, تحليل النادرة والرواية والمرض الاختلافات المرتبطة بها وتلك التي تستخدم ثم dbSNP, HGMD, OMIM ومجلات لتحليل شيء من هذا القبيل HFE2 التي قد يكون لها ارتباط مع Haemochromotosis. واحدة من الخفايا التي أجريتها مع ورقة, وغالبا ما يتم مع هذه الأوراق, هو أن ليس هناك طرق جيدة سيرا على الأقدام من خلال’ من الورق باستخدام شيء من هذا القبيل المجرة أو حانة في التاريخ أو سير العمل الذي من شأنه أن يساعد إنتاج تحليل.

لدينا أيضا برنامج تعليمي أود أن أشير لك, احد ان يمشي من خلال عملية مماثلة ، ويعلم المستخدمين وأساسيات من المشي من خلال هذه العملية. يمكنك أن تجد هذا البرنامج التعليمي هنا, انها مجانية والمتاحة للجمهور. البرنامج التعليمي مشارب المستخدم من خلال تحليل الاختلاف الجيني, في هذه الحالة في أن الآثار CYPC9 استجابة الفرد في الورفرين. هناك اختلاف مماثل (الجينات مختلفة, يؤثر على نفس الاستجابة للدواء) في ورقة. البرنامج التعليمي يستخدم موقع النيوكلوتايد معهد علوم الصحة البيئية للحصول على نظرة عامة على تباين التوقعات بما في ذلك التدقيق وPolyPhen, ثم إلى متصفح الجينوم UCSC للعثور على لمحة عامة عن المنطقة, يمشي من خلال المعلومات dbSNP ولا تحليل سريع باستخدام البطاقات SNP GVS. هذا البرنامج التعليمي هو إلا خطوة واحدة صغيرة جدا في ما سيكون عليه أن يكون التعليم هائلة في علم الجينوم والموارد الجينوميات.

هذا هو كل شيء أن أشير إلى أن هذه الورقة هي خطوة رائعة first, وكخطوة أولى وتقترح الثغرات سيكون لدينا في تحقيق الجينوم الشخصية في الطب.

اشلي, E., بوتي, أ., ويلر, م., تشن, ر., كلاين, ت., ديوي, ف., دادلي, ج., أورموند, ك., بافلوفيتش, أ., & مورغان, A. (2010). السريرية بتقييم دمج الجينوم الشخصية لانسيت, 375 (9725), 1525-1535 دوى: 10.1016/S0140 - 6736(10)60452-7

عندما كسر قواعد البيانات لكم…

إذا كنت الشخص الذي قضى الكثير من الوقت في عمق أعماق قواعد البيانات — أعمق من المستخدمين النهائيين المتوسط — أحيانا تجد بعض الأشياء مثيرة للاهتمام حقا. أحيانا تكون مفيدة, مثل: HMM…لم أدرك وكان هناك الفئران العظام حتى كنت أعمل في التسلسل الهرمي للالتشريحية في جاكس… أحيانا تكون زاحف. دفن في التسلسل الهرمي في MeSH كان حول معظم مصطلح مثير للاشمئزاز رأيته في قائمة مفردات قياسية. أنا اشتكى هذا لهم ربما 10 منذ سنوات, وأدركت للتو أنها لا تظهر في عيون 2010, أخيرا.

ولكن بعد ذلك هناك أوقات أخرى عندما يترك البحث في قاعدة بيانات واحدة ROFL. حدث ذلك منذ بعض الوقت عندما جئت عبر هذا نبأ سار الغريب في البحث عن الجينات الشيب. انها ولدت بعض المناقشات بين المجال الخاص بي من الزملاء عن الأشياء الأخرى مضحك لدينا تأتي عبر في قواعد البيانات.

جيد, هناك واحد بلوق كامل مخصص للسعي من الفكاهة في PubMed NCBI لل. لقد وجدت للتو من # scio10 تويت لمن الاجتماع ScienceOnline2010 إنهم عثروا على منزل جديد على جمع بلوق اكتشف!

NCBI ROFL: مرحبا, عالم! (ثانية)

مبروك لهم. إذا كنت تجد أنك بحاجة إلى ضحكة مكتومة في الأدب أحيانا–والحاجة أو عينة مضحك لعرض تقديمي ربما, التحقق منها في وطنهم الجديد. كما أنها تأخذ الاقتراحات. حتى إذا كنت تجد شيئا في PubMed أن الشقوق لكم, إرساله على طول.

البث الشبكي في PubMed?

اينيجو مونتويا: يمكنك الاستمرار في استخدام هذه الكلمة. أنا لا أعتقد أنه يعني ما كنت اعتقد انه يعني.

لذا كنت أقرأ في NLM النشرة الفنية لشهري نوفمبر وديسمبر هذا الصباح. (نعم, تجتاح, وأنا أعلم–وأواخر الشهر. أنت تعرف كيف والأعياد هي…). ولكن جئت عبر شيء فضول. وإليك ما يقول:

HMM…البث. موافق. ولكن كيف هم ذاهبون في? وما هي مصادر? كيف يتم المشروح? لذلك دعونا ننظر لها. في مجلات الأول بالضغط على بحث متقدم. فحص “نوع المادة” صندوق. والسماح للبحث تشغيل.

حصلت على 3. وهنا النتائج بلادي:

ذهبت إلى أول واحد في موقع الناشر. هناك موجز مجردة مثل مقدمة. هناك يمكنك تصل إلى 2 الفيديو. هناك فحص المريض, قبل- وبعد العلاج. هناك وثيقة Word مع أسطورة الفيديو. وهنا يكمن أسطورة كله…لست متأكدا حقا لماذا يتم تسليم هذه الحاجة في كلمة وثيقة وليس على تلك الصفحة.

أسطورة: رجل 43 عاما يعانون من نقص الثيامين, كما تجلى مشية وتشوهات الدماغ دون حركة العين (فيديو 1) أن يحسن بشكل ملحوظ بعد التشخيص السريع والمجرب الثيامين الغيار (فيديو 2).

موافق. هذه هي الاشياء المفيدة للأطباء الأعصاب, أنا متأكد. بل انها ليست ما كان يسمى أنا “البث الشبكي”. ربما انها مجرد لي…كان يمكن أن أفكر أن كان الى حد كبير أساسا شخصية في هذه الورقة.

لم ثانية واحدة أكن أتوقع أن يكون الوصول إلى. ولكن عندما وصلت إلى الموقع يبدو أن فعلت. بلدي الألمانية غير موجودة, لكني لم اكن قادرة على فك كلمة “بودكاست”. لذلك أنا النقر. كان لي الوصول إلى بودكاست الألمانية. هذا هو بارد. ولكن أيضا ليس هو ما كنت قد يسمى “البث الشبكي”.

موافق. واحد القادم وأنا لا يستطيعون الوصول إلى. لا أستطيع تقييم ما هو عليه حقا. ولكن أود أن أقول 2/3 لا ما كنت أتوقع والبث…

ربما انها الدلالي. اعتقدت أن يكون البث الندوات أعطى الناس على عملهم, أو البنود الخاصة مثل نشر مواد التدريب لدينا, أو أي شيء. ربما تسجيلات من العروض المؤتمر.

أحب فكرة–أعتقد أننا بحاجة إلى بدء التفكير في سبل لجعل هذه الأنواع من المنشورات القيمة / العروض المتاحة. وكنت أتساءل كيف سيتم فهرسة المحتوى من قبل NLM. كل من البث التدريب لدينا السيناريو الكامل كنص, ولكن أود أن أقول أن هذا غير المألوف بدلا. معظم الحالات يكون لديهم عنوان ومجردة عارية في أحسن الأحوال في تجربتي.

ما رأيك? هل هذا ما تسمونه البث? تقييمي الحالي من هذا التطور = فكرة: ممتاز. إعدام (حاليا): إيه.

++++++++++++++++++
ماكدونالد, ر., Stanich, P., Monrad, P., & المتين, F. (2009). تدريس NeuroImages فيديو: فيرنيكه الدماغ دون تغيير الحالة العقلية علم الأعصاب, 73 (20) دوى: 10.1212/WNL.0b013e3181c1de31

نصيحة الأسبوع: NCBI مكيوفر!

NCBI_interface_movieوكانت أقرب الموارد المعلوماتية الحيوية على شبكة الإنترنت اللذين أستطيع أن أتذكر الاعتماد على في مسيرتي قائمة بيدرو وNCBI. (لأولئك منكم الذين يحتاجون إلى رحلة الحنين إلى الماضي قليلا يمكنك أن ترى نسخة من بيدرو قائمة هنا.) هناك الكثير من المتحدرين من قائمة بيدرو في أشكال مختلفة–بما في ذلك أطلقت مؤخرا لدينا الموارد أداة بحث. لكن المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (نكبي) وقد واجهة كيندا…جيد…مستقرة ومريحة–لفترة طويلة حقا. نظرت في ايباك آلة لنرى ما هي الواجهات القديمة المستخدمة لتبدو وكأنها. وكنت قادرا على العثور على متغير واحد من 1997 التي كنت قد نسيت حول حتى رأيت ذلك. ولكن بعد ذلك ظللت أبحث وجدت نسخة وأنا أكثر الناس دراية ابتداء من عام 1999. إذا قارنت 1999 إلى 2009 سترون في الأساس نفس التخطيط. هنا هو المقارنة بين الواجهات السابقة, ثم واحدة جديدة:

NCBI interfaces through the years

واجهات NCBI خلال السنوات

ncbi_new_2009

جيد, أن تغير جميع الآن! وNCBI تقوم بعمل إصلاح جذري للواجهات. يمكنك فحص نظرة على موقع معاينة موقع هنا (قد تصل الشوط الاول عندما ينتقلون الى انتاج معها), ويمكنك إلقاء نظرة على هنا التغييرات في PubMed, وحتى تبدأ باستخدام موقع PubMed معاينة موقع هنا.

هذا هو فاصل كبير مع الماضي, ومثل جميع واجهات جديدة سوف يستغرق قليلا من الوقت لتعتاد على. ولكن يجب أن أقول أنا مثل منظمة. فإن التنقل الأيمن جعل العثور على أدوات أسهل. و “شعبي” وسوف يكون مربع الوصول السريع إلى العناصر الأكثر استخداما. ويسلط الضوء على أخبار متوفرة يزال كذلك. هناك بعض الأشياء التي كنت سوف تفوت. نود نحن خريطة الموقع تخطيط لشرح ميزات في المرتبة محة عامة عن الطريقة, وصفحة المعاينة لا صلة لذلك–لأنه يربط إلى القائمة الأبجدية. قد تتغير, رغم أن.

على أي حال–أعتقد أن نظرة جديدة لطيفة وفعالة. بالطبع سيكون لدينا لتحديث كل من الدروس NCBI مع لقطات جديدة من واجهات. لكنها تبدو مثل الأدوات الأساسية لا تتغير كثيرا من الناحية المفاهيمية–ولكنها قد نقل موقع من البنود (مثل الفلاتر في PubMed). لذلك حالما تصبح واجهة الموقع الرئيسي ويبدو أن تكون مستقرة اننا سنحقق التغييرات التي أجريناها.

هذا غيض قصيرة من الأسبوع يقدم واجهة جديدة لفترة وجيزة لتحصل على البدء في التفكير في كيفية التنقل في جميع أنحاء. التحقق من ذلك!

نكبي: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/