Tag Archives: Protein-Struktur

Video Tipp der Woche: Die PSI SBKB den neuen Inhalt Hubs


In der heutigen Spitze werde ich die neu organisierte Inhalte über Drehkreuze an die Funktion Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase, oder PSI SBKB. Wir haben eine frei, full-length-Tutorial auf der PSI SBKB dass wir uns in den Prozess der Aktualisierung, aber ich dachte, ich würde nur auf einem der neuen Updates für die PSI SBKB jetzt berühren, während es “heiß”. :) Ich zitiere aus ihrem PSI: Biologie im Rampenlicht, Juli 2012 News:

Dieser Monat, veröffentlichen wir einen neuen linken Menü, die unsere neue wissenschaftliche Hubs hebt. Diese Hubs sind so konzipiert, PSI und SBKB Informationen zu sammeln, so dass unser Publikum Funktionen basierend auf ihren Anforderungen finden.

Ich habe mit diesen Hubs gearbeitet in den letzten Monaten, und bekommen haben, um zuzusehen, wie sie entwickelt worden sind. Diese wissenschaftlichen Hubs machen es einfach für die Nutzer auf bestimmte Inhalte sowohl von der SBKB und dem PSI als Ganzes angeboten zugreifen, weil sie von Inhalten organisiert. Ich denke, die neue linke Organisation ist schön – Der helle Banner und Organisation wird diese Naben an Benutzer markieren, die hoffentlich in vollem Umfang nutzen die Ressourcen in jeder Nabe gefunden. Derzeit sind die wissenschaftlichen Zentren sind rund um die folgenden Inhalte organisiert: Ziele; Protein-Strukturen, Sequenzen und Funktion; Membranproteine; Homologiemodelle; und Methoden. In der Spitze Video, das ich kurz besuchen Sie die Membranproteine ​​Nabe und die Methoden-Hub, um Ihnen eine Vorstellung davon, welche Arten von Links und Inhalten, die Sie finden, aber so sicher sein, sie heraus zu überprüfen auf eigene Faust zu sehen, welche Ressourcen Sie können zur Förderung ihrer Forschung.

Für weitere Details auf der PSI SBKB, siehe die Links unten, & stay tuned für unsere volle, aktualisiert Tutorial kommenden frei für einen Browser in Ihrer Nähe! :)

Note: Die Open-Access-Beiträge werden nicht auf die neue Hubs, sondern beschreiben viele der Ressourcen zugänglich von den Hubs.

Quick-Links:
PSI Strukturbiologie Knowledgebase Ressource: http://www.sbkb.org

OpenHelix Einführungstutorial auf der PSI SBKB (frei zugänglich):
http://www.openhelix.com/sbkb

In Verbindung stehende Ressource – RCSB Protein Data Bank (RCSB HVE): http://www.rcsb.org

Verwandte OpenHelix Einführungstutorial auf der RCSB HVE (frei zugänglich):
http://www.openhelix.com/pdb

Psi SBKB Referenzen:

Gifford LK, Carter LG, Gabanyi MJ, Berman HM, & Adams PD (2012). Die Proteinstruktur Initiative Strukturbiologie Knowledgebase Portal-Technologie: eine strukturelle Biologie Web-Ressource. Zeitschrift für strukturelle und funktionelle Genomik, 13 (2), 57-62 PMID: 22527514 (Abonnement erforderlich)

Gabanyi MJ, Adams PD, Arnold K, Bordoli L, Carter LG, Flippen-Andersen J, Gifford L, Haas J, Ein Kouranov, McLaughlin WA, Micallef IN, Minor W, Shah R, Schwede T, Tao YP, Westbrook JD, Zimmerman M, & Berman HM (2011). Die Strukturbiologie Knowledgebase: ein Portal für den Protein-Strukturen, Sequenzen, Funktionen, und Methoden. Zeitschrift für strukturelle und funktionelle Genomik, 12 (2), 45-54 PMID: 21472436 (Open Access hier)

Cormier CY, Park JG, Fiacco M, Stahl J, Hunter P, Kramer J, Singla R, & LaBaer J (2011). PSI:Biologie-Materialien Repository: eines Biologen Ressource für die Protein-Expressionsplasmide. Zeitschrift für strukturelle und funktionelle Genomik, 12 (2), 55-62 PMID: 21360289 (Open Access hier)

 

News Updates mit Bezug zu den PDB (Protein Data Bank), usw..

Dies ist eine schnelle post, Sie auf Ereignisse zu aktualisieren & Neuigkeiten, die ich gesammelt habe, die mit der Protein Data Bank und andere Protein Ressourcen verbunden sind,.

  • Kürzlich erhielten wir einen Vorschlag für die RCSB PDB durch twitter:

    RT @27andaphd: @Wir verstehen @openhelix Sie wissen, was? Ich glaube wirklich, die pdb sollte eine Firefox Toolbar für struct bio ppl wie ich haben. cc @openhelix

Nun , Sie haben Glück, @ 27andaphd! Ich sprach mit jemandem auf der PDB-Team und haben Sie mit der Symbolleiste abgedeckt, wie in diesem Sommer beschrieben 2010 Newsletter Artikel: Suche in der RCSB PDB in Ihre Web-Browser

  • Das Structural Biology KnowledgeBase, or SBKB, ist eine Schwester Datenbank, um die RCSB HVE, und am letzten Donnerstag veröffentlichten sie Version 4.0 der SBKB. Ich habe Auschecken der Freisetzung & es sieht gut aus – sie haben Kategorien von Informationen und Ressourcen in organisierte “Naben”, wie eine strukturelle Ziele Hub, eine Sequenz, Struktur, & Function Hub, A-Methoden Hub, und mehr. Ich bin in den Prozess nun der Aktualisierung unserer sponsored (frei) SBKB Tutorial jetzt, Sie können aber prüfen wollen, die Freigabe & sehen, was neu.

  • Wir werden weitere spannende Nachrichten bald, so stay tuned!

Quick-Links:
Die Strukturbiologie KnowledgeBase (SBKB): http://www.sbkb.org/

Die Protein Data Bank (BIP) http://www.pdb.org/

OpenHelix kostenlos Einführungstutorial auf der SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

OpenHelix kostenlos Einführungstutorial auf der PDB: http://www.openhelix.com/pdb

Video Tipp der Woche: VND Resource for Genetic Variation and Drug Informationen


In der heutigen Tipp, den ich gehe, um eine Ressource, die ich vor kurzem Funktion. Ich habe die Aktualisierung unserer dbSNP Tutorial, die Mary & Trey wird in Workshops präsentiert in Marokko, und auch unsere frei PDB Tutorial, die durch die geförderten RCSB HVE Team. Ich habe daher über Proteinstrukturen und kleinen Sequenzvariationen in letzter Zeit viel nachgedacht. Als ich erkundeten die Letzte Datenbank-Ausgabe des NAR Suche nach Ressourcen, um einen Tipp zu tun, Ich fand einen Artikel über die VND (genetische Variation and Drug) Ressource, die auch unter der URL zugegriffen werden www.vandd.org, nach dem NAR Artikel. Der Artikel ist “VND: eine Struktur-centric-Datenbank von krankheits-assoziierten SNPs und Drogen“, und Ziffer Eins zeigt eine veritable Who is Who der Proteinstruktur, Variation und Krankheit Ressourcen, so hatte ich zu untersuchen,.

Was ich bei VND fand mich sicher, dass dies eine Ressource, die wollte ich in ein Tipp-Funktion wurde. VND wird aus dem Korean Bioinformation-Center, oder KOBIC, wer hat eine Liste der Datenbanken und Werkzeuge, die sie anbieten. Ich werde den Rest der KOBIC Ressourcen für eine andere Stelle zu sparen & konzentrieren sich auf VND hier. Kompilieren von Daten aus Ressourcen wie RefSeq, OMIM, UniProt, BIP, DrugBank, dbSNP, GAD und hätte kühl genug haben, je nachdem, wie es geschah, aber die VND auch nicht ihre eigene Struktur Modellierung Analyse darüber, wie die Variation wirkt sich auf die Proteinstruktur und Drogen / Ligandenbindung.

Dieser Tipp Film ist nicht lang genug, um wirklich zeigen Ihnen die Bandbreite dessen, was von der VND zur Verfügung, aber ich hoffe, es wird genug sein, um Sie ermutigen, die NAR Artikel lesen (unten aufgeführten), und heraus zu überprüfen VND. Eine Sache zu beachten: erwarten Sie nicht, jeden dbSNP rs # find da drüben – eine, die ich in unserem Tutorial verwendet haben, ist nicht dort. Sie sind speziell in Variationen in Genen, die Wirkung Droge binden könnten interessiert. Aber hey, Sie können nicht abgefragt werden DrugBank mit rs # s, und ich habe nie die Struktur-Modellierung wie VND getan gesehen, so ist es ein würdiger Ressource, die Sie untersuchen möchten, wenn Sie daran interessiert, wie genetische Variationen mit der Krankheit und medikamentöse Therapien verbinden.

Quick-Links:

VND: Variationen und Drogen Ressource - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Korean Bioinformation-Center (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB - http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Short genetische Variationen, von NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

OpenHelix Tutorial auf NCBI ist dbSNP - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Für Links zu anderen Ressourcen und OpenHelix Tutorials erwähnt in diesem Beitrag, finden Sie in unserem Katalog von Ressourcen - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenz:
Yang, J., Oh, S., Meine, G., Park, S., Kim, W., Lee, B., & Lee, S. (2010). VND: eine Struktur-centric-Datenbank von krankheits-assoziierten SNPs und Drogen Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq957

Tipp der Woche: Von UniProt der PSI SBKB and Back Again


Es ist oft nützlich, um mehrere biomedizinische Datenbanken oder Ressourcen zu besuchen, selbst wenn sie scheinen überlappende Informationen liefern, da keine zwei Ressourcen auf dem exakt gleichen Informationen konzentrieren, oder präsentieren sie in genau der gleichen Weise. Statt Duplizieren jedes andere’ Kuration Bemühungen, Datenbank häufig Link aus, um Informationen an andere Ressourcen. Sie können diese Links als denken “soziale Verbindungen”, wenn Sie und in der heutigen Spitze möchte ich möchte Ihnen ein paar Verbindungen zwischen Protein Informationsressourcen, einschließlich einer neuen Verbindung, die wirklich zeigt einige der Grundwerte der PSI Strukturbiologie Knowledgebase, or SBKB.

Ich fange an die Spitze bei die UniProtKB, wo ich für eine UniProt ID-Nummer suchen. Aus dem resultierenden Protein Bericht, den ich zuerst kurz zeigen, wie man Link aus, um eine entsprechende RCSB HVE Bericht, wo finden Sie qualitativ hochwertige Protein-Struktur Informationen und mehr. Wenn Sie an weiteren Informationen über die RCSB PDB interessiert & Wie benutzt man es, bitte OpenHelix vollständige, free-Tutorial, das durch die RCSB PDB gefördert wird.

Von dort bin ich auf die UniProt Bericht zurück und zeigen einen neuen Link out-Option, die Links zu Protein-Protokolle, zur Verfügung stehenden Materialien, sowie Informationen über theoretische Modelle und vorhergesagten Protein-Targets aus dem SBKB. Ich habe keine Zeit, es zu zeigen, sondern eine aktuelle Update für das SBKB ermöglicht es Benutzern, jetzt suchen die Strukturbiologie Knowledgebase mit einer UniProt Zugangsnummer. Diese Recherchen stellt dem Anwender zusätzliche Informationen wie Protein-Struktur und Informationen über pre-released Struktur-Sequenz. Wie bei den RCSB PDB, haben wir eine kostenlose Tutorial auf der SBKB dass wird gefördert von der Protein Structure Initiative.

Als ich durch scrollen UniProt Protein Bericht Nutzer Informationen und Links für eine breite Palette von biowissenschaftlichen Informationen siehe. OpenHelix, da ich sicher bin, viele von Ihnen sind uns bewusst,, hat Anleitungen, wie viele dieser Ressourcen zu nutzen. Unsere Tutorials auf der RCSB PDB und die PSI SBKB sind beide kostenlos. Unsere Tutorials auf UniProt und viele andere Ressourcen werden durch ein Abonnement unserer Datenbank von Trainings oder durch den Kauf von individuellen Zugang zur Verfügung. Ob Sie lernen die Ressourcen durch unsere Tutorials, durch die Referenzen I Liste unten, oder durch eigene Erkundungen der Datenbanken, es ist wirklich eine erstaunliche Menge an verfügbaren Informationen über diese miteinander, öffentlich finanzierten Ressourcen – Bitte nutzen Sie diese bei Ihrer Recherche!

Quick Links:

UniProt Knowledgebase - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial auf UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB HVE – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

Das Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial auf der SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Gesamtverzeichnis aller OpenHelix Tutorials – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenzen:
Die UniProt Consortium. (2009). Die Universal-Protein Ressource (UniProt) in 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790

RCSB HVE und OpenHelix kündigen eine aktualisierte Free Tutorial und Schulungsmaterialien

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Änderungen und Verbesserungen auf dem RCSB PDB site, und beinhaltet eine kommentierte Online-Tutorial, PowerPoint-Folien, Handouts, und Übungen.

Bellevue, WA (PRWEB) April 12, 2011

Die Forschung Collaboratory für Strukturbiologie (RCSB) Protein Data Bank (BIP) hat mit OpenHelix zusammengetan, um eine überarbeitete und aktualisierte Anleitung bieten (http://www.openhelix.com/PDB) an seinem freien Web-basierte Ressourcen für das Studium biologischer Makromoleküle (http://www.pdb.org).

Die RCSB PDB bietet eine Vielzahl von Tools und Ressourcen zu nutzen, um biologische Makromoleküle Studie. Die PDB ist die einzige weltweit Repository von experimentell bestimmten 3D-biologischen Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und komplexen Baugruppen. Als Mitglied des Worldwide PDB Zusammenarbeit (wwpdb.org), die RCSB PDB kuratiert und kommentiert PDB-Daten, und stellt grundlegende und erweiterte Suche, Anzeige-und Visualisierungs-Methoden Zugang zu diesen Daten.

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Änderungen und Verbesserungen auf dem RCSB PDB site, einschließlich eines neuen Daten Drill-Down-und Daten-Zusammenfassung Feature, aktualisiert Ligand-Features wie eine Download-Seite, Bilder und Bindungsaffinität Daten, neuen Report-Typen und Visualisierungsmöglichkeiten, unter vielen anderen.

Das neue Schulungsunterlagen (bei http://www.openhelix.com/pdb) gehören ein Online-Tutorial, das zeigt, erzählt: Grund-und erweiterte Suche, wie man Berichte, die verschiedenen Optionen für die Erkundung einzelnen Strukturen, und viele der Forschungs-und Bildungseinrichtungen Ressourcen und Tools erhältlich unter der RCSB PDB. Die rund 60-minütige Tutorial, die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler.

Zusätzlich zu den Tutorials, RCSB PDB Benutzer können auch auf nützliche Trainings-und Unterrichtsmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Grundlage für das Lernprogramm verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

Benutzer können das Tutorial und laden Sie die kostenlose Materialien http://www.openhelix.com/pdb.

Über die RCSB PDB
Die RCSB Protein Data Bank (http://www.pdb.org), verwaltet von der Forschung Collaboratory für Structural Bioinformatics (RCSB), unterstützt die wissenschaftliche Forschung und Ausbildung weltweit ein und bietet eine wesentliche Ressource von Informationen über biomolekularen Strukturen. Diese Moleküle des Lebens sind in allen Organismen zu finden, von Bakterien und Pflanzen, Tiere und Menschen.

Die RCSB PDB Mitglied Institutionen gemeinsam zu verwalten das Projekt: Rutgers, Die State University of New Jersey und San Diego Supercomputer Center und die Skaggs School of Pharmacy und Pharmazeutische Wissenschaften an der University of California, San Diego.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die OpenHelix Search Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, die wichtigsten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Budget-und Personalressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der wichtigsten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Das Protein Structure Initiative kündigt eine aktualisierte Free OpenHelix Tutorial und Schulungsmaterialien für die Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB).

Kostenloses Tutorial Suite auf der Strukturbiologie Knowledgebase enthält ein Online-Film erzählt, PowerPoint-Folien, Dia Handouts und Übungen.

Bellevue, WA (PRWEB) April 11, 2011

Die Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB), ein One-Stop-Shop für Informationen über Proteine ​​an der Rutgers University gehostet, hat mit OpenHelix zusammengetan, um eine aktualisierte und überarbeitete kostenlose Tutorial-Suite sorgen (http://www.openhelix.com/sbkb) auf seine Online-Protein "Portal" befindet sich am http://sbkb.org/.

Die SBKB ist ein kostenloser, umfassende Ressource durch eine Zusammenarbeit zwischen der National Institutes of Health Protein Structure Initiative produziert: Biologie-Programm und die Nature Publishing Group. Die PSI SBKB enthält genetische, strukturelle, Funktions-und experimentelle Informationen über Proteine, die leicht zugänglich durch eine Vielzahl von Berichten und Anzeigen ist. Das Portal enthält auch Links zu vielen zusätzlichen Ressourcen.

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Veränderungen und Verbesserungen an der SBKB, einschließlich einer aktuellen Namensänderung von Structural Genomics Knowledgebase zur Strukturbiologie Knowledgebase, neue Navigations-Organisation, und umgebaut Protein Modell Portal Berichte, unter vielen anderen.
Das Online-Tutorial erzählt läuft in fast jedem Browser und kann in eine Reihe von Möglichkeiten navigiert werden. In über 60 Minuten, das Tutorial zeigt und erläutert die Features und Funktionen benötigt, um zu starten mit dem SBKB effektiv. Das Tutorial kann durch neue Benutzer verwendet werden, um sie an das Protein-Portal einführen, von früheren Nutzern angezeigt werden neue Features und Funktionen, oder einfach als Nachschlagewerk zu verstehen Besonderheiten.

Zusätzlich zu den Tutorials, Benutzer können auch auf nützliche Trainings-und Unterrichtsmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Bild Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien http://www.openhelix.com/sbkb.

Über das PSI
Das Protein Structure Initiative (PSI, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/psi_biology/), die durch die National Institutes of Health unterstützt, ist ein föderaler, Hochschule und Industrie Bemühungen um eine drastische Reduzierung der Kosten und die Verringerung der Zeit es braucht, um eine dreidimensionale Proteinstruktur ermitteln sollen. Das langfristige Ziel des PSI ist es, die dreidimensionale atomare Ebene Strukturen der meisten Proteine ​​leicht erhältlich aus der Kenntnis ihrer entsprechenden DNA-Sequenzen. Das PSI ist bestrebt, biologische Erkenntnisse aus neuen Strukturen zu gewinnen und zu helfen, das breite biomedizinischen Forschung nutzen PSI Forschungsergebnisse.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die OpenHelix Search Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, die wichtigsten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Budget und personelle Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements über 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der wichtigsten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Proteinstrukturanalyse – How Far We've Come!

Das Team hier bei OpenHelix hat vor kurzem unsere gesponsert Tutorials auf zwei ausgezeichnete Strukturbiologie Ressourcen aktualisiert, der RCSB Protein Data Bank (PBD) und die PSI-Nature Structural Biology Knowledgebase (PSI SBKB). Da die Tutorien von diesen Ressourcen sind gesponsert sie sind frei für jedermann zu sehen und in full download. Sie können unsere Schulungsunterlagen für die Ressourcen in unserem Zugriff RCSB PDB Zielseite, oder unsere PSI SBKB Zielseite. Ich bin sehr glücklich mit beiden Tutorial-Suiten, also bitte check them out.

Als meine persönliche Feier für diese Releases Ich lese eine Vielzahl von Artikeln, welche die Tragweite, wie weit unsere Fähigkeiten, Proteinstrukturen zu analysieren gekommen. Der erste Artikel ist eine, die mir Mary wies auf eine Weile zurück, die beschreibt die Kindheit der Bioinformatik, berechtigt “Die Wurzeln der Bioinformatik in Proteinevolution” von RF Doolittle (nachstehend genannten, wie alle erwähnten Artikel). In diesem wunderbaren Perspektive Dr. Doolittle beschreibt eine Zeit, in der DNA-Sequenzierung wurde unvorstellbar und Protein-Sequenzierung wurde aufwendig, langsam, und doch so neu, dass jeden Tag voller Spannung wurde als eine weitere Aminosäure identifiziert wurde. Es ist eine aufschlussreiche Einblicke in ein Forschungs-Ära vorbei gegangen – Doolittle zu finden sind, “Wissenschaft als ein Versuch lebt von Veralterung.” – und nennt die Beiträge von Margaret Dayhoff, die Mary hat gebloggt.

Die nächste historische Artikel, den ich las, war berechtigt “The Early Years von retroviralen Protease Kristallstrukturen” von M Miller (frei verfügbar PMC). Wie man aus dem Titel zu sagen, Dies umfasst eine Zeit, jüngeren Datums als der Doolittle Artikel, wenn Proteinkristallisation Studien wurden mögliche. Dr. Miller zeichnet die Röntgenstrukturanalyse Studien von retroviralen Proteasen an der NCI-Fredrick in den späten 1980′s und Anfang 1990′mit, und sie beschreibt, wie die chemische Synthese von HIV1-PR entscheidend für den Erhalt ausreichend Protein für die Kristallisation wurde und wie die Kristallstruktur der es (hinterlegt in den PDB-Archiv und damit frei verfügbar für alle Wissenschaftler zu studieren) war von unschätzbarem Wert für das Design von Inhibitoren der HIV-1-PR als Anti-Aids-Medikamente.

Ich habe auch perusing neueren Arbeiten, wie Protein-Strukturen lassen sich biologische Untersuchungen zu unterstützen Highlight. Dazu gehören: “Struktur der Säuger-AMPK und seine Regulierung durch ADP“, “Bioinformatischen Analyse von ungeordneten Proteinen in Prokaryoten“, “Kristallstruktur von Inhibitor der kappaB Kinase β” und andere. Es wäre auch lustig zu besuchen “Die 25. Jahrestagung der Gruppen Untersuchung der Strukturen der AIDS-Related-Systeme und deren Anwendung auf gezielte Drug Design” Um mehr zu erfahren, aber leider werde ich nicht in das Gebiet zum Zeitpunkt des Treffens. Wie ich schon geschrieben, Ich bin ein Genetiker durch Bildung. Für mich sehen die Entwicklung von Protein-Studien (durch die historischen Bewertungen) und die Studien derzeit auftretenden auf dem Gebiet der Strukturbiologie, kombiniert mit dem erstaunlichen verfügbaren Angeboten frei durch die beiden RCSB HVE und die PSI SBKB wirklich wie eine angemessene fühlen, und angenehm, Fest für die Fertigstellung unserer Tutorial-Updates. Lassen Sie mich wissen, was Sie über sie nachdenken, wenn Sie eine Chance bekommen! :)

Aktualisiert frei verfügbar sponsored Tutorials; Film, Folien, Übungen zur Verwendung:

Referenzen:

  • Berman, H. (2000). Die Protein Data Bank Nucleic Acids Research, 28 (1), 235-242 DOI: 10.1093/nar/28.1.235
  • Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790
  • Doolittle, R. (2010). Die Wurzeln der Bioinformatik in Proteinevolution PLoS Computational Biology, 6 (7) DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000875
  • Miller, M. (2010). Die frühen Jahre der retroviralen Protease Kristallstrukturen Biopolymere, 94 (4), 521-529 DOI: 10.1002/bip.21387

Tipp der Woche: PSI Structural Genomics Knowledgebase

Letzten Januar habe ich eine Spitze, dass die monatlichen Structural Genomics Update-featured, die im Wesentlichen einen Newsletter und Artikel Kollektion von PSI Structural Genomics Knowledgebase (SGKB). Allerdings, der Update ist nur ein Aspekt von dem, was SGKB bietet. In der heutigen Spitze möchte ich die wunderbar effiziente Wege, die Funktion Structural Genomics Knowledgebase bietet Ihnen über die Proteine, die Sie interessiert sind zu erfahren. Was ich betonen wollte in diesen Tipp ist die unterschiedliche Betonung, dass Structural Genomics hat die RCSB HVE im Vergleich. Die RCSB PDB ist eine großartige Ressource, die wir auch haben freien Tutorial, aber es war durch und für Strukturbiologen erstellt. Seine Displays zeichnen sich Angström, Winkel, Konformere und mehr.

Mir, Ich bin ein Molekularbiologe durch Training & Ich denke an Proteine ​​im Sinne von Genomen, Wege, medizinische Relevanz, molekularen Funktionen, und dergleichen. Die SGKB denkt wie ich, und sogar organisiert Informationen und Links in diese Art von Kategorien. Ich mag, wie es Eiweiß Informationen stellt für mich, und in den Prozess, wie es erleichtert mich in Gedanken über die weitere "harter Kern’ strukturelle Details, die ich sehe in PDB. Die Spitze ist nur ein Teaser Geschmack der SGKB – wenn ich Ihr Interesse geweckt, wenden Sie bitte zuerst die OpenHelix voll, frei Einführungstutorial auf der PSI-SGKB (sponsored by PSI SGKB) sowie die Site selbst. Man kann nie wissen, Sie können nur lernen, einen Kristall Liebe! :^)

Schnell beachten: SGKB und PDB-Tutorials

We ror kurzem angekündigt, eine kostenlose Nachhilfestunde (sponsored by PSI) auf der Structural Genomics Knowledgebase (SGKB). Ich dachte, es könnte von Interesse für unsere Leser. YDog oder Zugriff auf die kostenlose Tutorial (ca.. ein 1h Film, Folien, Handouts und Übungen) hier.

Wir werden auch bald geben eine kostenlose Tutorial auf der Protein-Datenbank (BIP), Sie können jedoch bereits Zugang hier.

Für eine vollständige Liste unserer kostenlose Tutorials und Schulungsunterlagen, Klicken Sie hier (etwa ein Dutzend), oder Sicht unsere anderen 80 oder mehr Tutorien auf eine breite Palette von Themen, die von Abo.

Das Protein Structure Initiative kündigt kostenloses OpenHelix Tutorial und Schulungsunterlagen für die Structural Genomics Knowledgebase (SGKB)

Kostenloses Tutorial und Schulungsunterlagen für die Structural Genomics Knowledgebase bionformatics Ressource

Arbeiten mit OpenHelix Online-Schulungsmaterialien und bessere Übersicht zu bieten ist ein effektiver Weg, um unsere Bemühungen hinzufügen

Bellevue, WA (PRWEB) März 18, 2010 — Das Structural Genomics Knowledgebase(SGKB), One-Stop-Shop für Informationen über Proteine ​​an der Rutgers University gehostet, hat eine Partnerschaft mit OpenHelixTM zum kostenlosen umfassende Ausbildung und Outreach-Programme für seine Online-Protein "Portal" gelegen an bieten http://kb.psi-structuralgenomics.org.

Die SGKB ist eine kostenlose, umfassende Ressource durch eine Zusammenarbeit zwischen den National Institutes of Health Protein Structure Initiative und Nature Publishing Group produziert. Die PSI SGKB enthält genetische, strukturelle, Funktions-und experimentelle Informationen über Proteine, die leicht zugänglich durch eine Vielzahl von Berichten und Anzeigen ist. Das Portal enthält auch Links zu vielen zusätzlichen Ressourcen.

"Structural Genomics entwickelt sich schnell als ein wesentliches Instrument bei der Erweiterung unserer Kenntnisse über die Rolle der Proteine ​​in der Biologie und in Krankheit,", Sagte OpenHelix Gründer und CSO Dr.. Warren Drehmaschine. "OpenHelix freut sich auf die Förderung auf diesem Gebiet durch die Unterstützung Forscher in effektiver und effizienter Einsatz dieser leistungsstarken Ressource beitragen."

Das neue Schulungs-Initiativen umfassen ein kostenloses Online-Tutorial-Suite auf, wie Sie mit / search / find / etc. der SGKB.

Die Online-Tutorial erzählt läuft in fast jedem Browser und kann in eine Reihe von Möglichkeiten navigiert werden. In über 60 Minuten, das Tutorial zeigt und erklärt die Features und Funktionen benötigt, um zu starten mit dem SGKB effektiv. Das Tutorial kann durch neue Benutzer verwendet werden, um sie an das Protein-Portal einführen, von früheren Benutzern die Anzeige neuen Features und Funktionen oder einfach nur als Nachschlagewerk, um bestimmte Features zu verstehen.

Zusätzlich zu den Tutorials, SGKB Benutzer können auch auf nützliche Schulungsunterlagen, einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Grundlage für das Lernprogramm verwendet, vorgeschlagen talking points für die Folien, Dia Handouts und Übungen. Dies kann eine enorme Menge Zeit und Aufwand für Erzieher uns auf Inhalte aus dem Klassenzimmer erstellen und speichern.

Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien http://www.openhelix.com/sgkb .

OpenHelix hat auch einen kostenlosen Quick Reference Card für die SGKB erstellt. Die Kurzanleitung Highlights Suchstrategien, Features und Funktionen. Die Karten können in Packungen bestellt werden 30 von www.openhelix.com, und Versand ist kostenlos innerhalb der Vereinigten Staaten.

"Die SGKB zeichnet sich durch den Einbau von so vielen verschiedenen Arten von biologischen Daten (genetische, strukturelle, theoretisch, funktionalen, Protokoll, usw.) das ist wirklich ein "one-stop shop" für ein breites Spektrum an biologischen und biomedizinischen Bereichen. Die Herausforderung für die Ausbildung und Öffentlichkeitsarbeit ist es, diese Daten zugänglich und verständlich zu Wissenschaftlern in verschiedenen Disziplinen,", Sagte Dr.. Helen Berman, Leiter der SGKB. "Arbeiten mit OpenHelix Online-Schulungsmaterialien und bessere Übersicht zu bieten ist ein effektiver Weg, um unsere Bemühungen hinzuzufügen."

Neben der SGKB Tutorial suite, OpenHelix bietet nahezu 90 Tutorial Suiten auf einige der mächtigsten und beliebtesten Bioinformatik und Genomik-Tools im Internet verfügbar. Einige der Suiten Tutorial sind frei zugänglich durch die Unterstützung der Ressourcen-Anbietern. Der ganze Katalog der Tutorial-Suiten wird durch ein Abonnement erhältlich. Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialienwww.openhelix.com.

Über das PSI
Das Protein Structure Initiative (PSI, http://www.nigms.nih.gov/Initiatives/PSI/), die durch die National Institutes of Health unterstützt, ist ein föderaler, Hochschule und Industrie Bemühungen um eine drastische Reduzierung der Kosten und Verringerung der Zeit es braucht, um eine dreidimensionale Proteinstruktur bestimmen soll. Das Fernziel des PSI ist es, die dreidimensionale atomare Ebene Strukturen der meisten Proteine ​​leicht erhältlich aus der Kenntnis ihrer entsprechenden DNA-Sequenzen. Das PSI ist bestrebt, biologische Erkenntnisse aus neuen Strukturen zu gewinnen und zu helfen, das breite biomedizinischen Forschung nutzen PSI Forschungsergebnisse.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die Suche OpenHelix Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, um die relevantesten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Haushalt und Personal-Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der relevantesten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.