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금주의 팁: UniProt에서 PSI의 SBKB로 다시 돌아오다


그것은 여러 생물 의학 데이터베이스 또는 리소스를 참조하는 것이 도움이됩니다, 그들은 더 두 자원이 동일한 정보에 집중하지 않기 때문에 중복되는 정보를 제공하는 것 경우에도, 또는 정확하게 같은 방법으로 그것을 제시. 대신 서로 다른 중복의’ curation 노력, 데이터베이스는 종종 다른 자원에서 관련 정보로 링크. 당신은 이러한 링크를 생각할 수 “사회적 연결”, 당신이 원하는 오늘의 팁의 경우에는 당신에게 단백질 정보 자원 간의 연결 정도를 표시하려면, 정말의 핵심 가치의 일부 기능이 새로운 연결을 포함하여 PSI의 구조 생물학 지식, 또는 SBKB.

나는에 제보를 시작 UniProtKB, 나는 UniProt ID 번호로 검색 어디에. 결과 단백질 보고서에서 내가 먼저 간략하게 대응로 연결하는 방법을 보여 RCSB PDB 보고서, 당신은 높은 품질의 단백질 구조 정보와 자세한 내용을 찾을 수. 당신은 RCSB PDB에 대한 자세한 내용을 배우는 데 관심이있다면 & 어떻게 그것을 사용, OpenHelix의 전체를 확인하시기 바랍니다, RCSB PDB 후원됩니다 무료 튜토리얼.

거기에서 나는 UniProt 보고서로 돌아가 옵션을 밖으로 새로운 링크를 보여주는 것을 단백질 프로토콜에 대한 링크, 사용 가능한 자료, SBKB에서뿐만 아니라, 이론 모델에 대한 정보와 예측 단백질 타겟. 내가 보여줄 시간이 없어요하지만 SBKB으로 최근 업데이 트를 사용자가 이제 UniProt의 가입 번호와 구조 생물학 기술 자료를 검색하실 수 있습니다. 이러한 검색 사전 출시 구조 순서에 대한 단백질 구조 정보와 정보를 포함한 추가 정보를 제공합니다. RCSB PDB와 마찬가지로, 우리는이 SBKB에서 무료 튜토리얼 후원입니다 단백질 구조 이니셔티브.

난 스크롤로 UniProt 단백질 보고서 사용자는 bioscience 자원의 다양한 정보와 링크를 볼 수 있습니다. OpenHelix, 제가 확신로 많은 인식, 이러한 자원을 많이 사용하는 방법에 대한 자습서를 가지고. RCSB PDB와 PSI SBKB에 대한 자습서는 무료가 모두. 우리 UniProt에 대한 튜토리얼다른 많은 자원 훈련 우리의 데이터베이스에 등록이나 개별 접근 구입을 통해 사용할 수 있습니다. 당신은 우리의 자습서를 통해 자원을 배울 수 있는지 여부, 참조를 통해 아래리스트, 또는 데이터베이스의 자신의 탐험을 통해, 정말 이런 류의를 통해 제공되는 정보의 놀라운 금액이 있습니다, 공개 투자 자원 – 귀하의 연구에 활용하시기 바랍니다!

빠른 연결:

UniProt의 지식 - http://www.uniprot.org/

UniProt에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

RCSB PDB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/pdb

단백질 구조 사업 구조 생물학 지식 (SBKB) - http://www.sbkb.org/

SBKB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/sbkb

모든 OpenHelix 자습서의 카탈로그 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

참고 문헌:
UniProt 컨소시엄. (2009). 유니버설 단백질 자원 (UniProt) 에 2010 핵산 연구, 38 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkp846

장미, 추신, Beran, B를, BI, C., 블룸, 더블유, Dimitropoulos, D., , 디, 은 Goodsell, 디, Prlic, 대답 :, 퀘사다, 엠, 퀸, 샷, 웨스트 브룩, 제이, 젊은, 제이, Yukich, B를, Zardecki, C., 버먼, 반장님, & 목적지, 피. (2010). RCSB 단백질 데이터 은행: 디자인된 웹 사이트 및 웹 서비스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1021

버먼, 반장님, 웨스트 브룩, 제이, Gabanyi, 엠, 나, 더블유, 이라느 국왕의 존칭, 기철, Kouranov, 대답 :, 스웨덴 인, 토니, 아놀드, 사장님, 키퍼, F., Bordoli, 실은, 코프, 제이, Podvinec, 엠, 아담스, 추신, 카터, 실은, 미성년자, 더블유, 나이르, 기철, & 배어, Kokocinski. (2009). 단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식 핵산 연구, 37 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식

금주의 팁: 빠른 모티프 다이어그램에 대한 DomainDraw

생물 정보학 자원 정말 복잡할 수–때로는 발굴, 크게 중요한 데이터로드, 대형 데이터 세트의 놀라운 시각화 및 기본 데이터의 다양한 기능을 제공합니다. 그리고 다른 회, 그건 방법 필요 이상. 잔인 함. 모기에서 코끼리 총을 겨냥처럼.

제가 BioStar에서 해당 questioners 납 마지막 주에 두어번 더 간단한 무언가는 그냥 슬라이드이나 그림 형식으로 자신의 유전자 / 단백질의 관심의 몇 가지 기능을 설명하려고. 그들은 PowerPoint에서 그들을 해보고 싶지 않았어요, 그들은 위치에 어떤 특이성을 원했기 때문에–아니라 뭔가 프리핸드–그러나 UCSC 게놈 브라우저들이 보여주 싶은위한 너무 많은 것들을 가지고, 예를 들면.

당신이 알려진 단백질이있다면, 도메인 다이어그램을 표시 좋아하는 도구 중 하나입니다 스마트. 당신이 가서 샘플 것과 같은 단백질을 호출하면 그들은 TEC_Human를 제공합니다:

당신은 스마트 사용하는 경우뿐만 아니라 당신이 큰 다이어그램을받을 수 있나요, 하지만 도메인의 세부 사항에 연결할 수 있습니다, 그리고 검색의 모든것, 더. 그것은 또한 당신에게 도메인의 좋은 숫자 출력을 제공합니다, 어느 제가 예제에서 사용하려고라서 여기서 보여 드리죠:

하지만 당신이 이런 다이어그램을 보여주고 싶은 경우가있을 수 있습니다, 하지만 작업에 맞게. 어쩌면 당신은 SH2 도메인을하지 않고 단백질을 만들어. 어쩌면 당신은 BTK 도메인이 부족 스플 라이스 변종을 발견했다. 또는 당신은 약간 다른 장소에있는 도메인이 여러 상동를 표시 할. 그런 모습을하려는 이유 많아요.

가 있었지만 BioStar 여러 답변이를 해결하기 위해, 나는 제공된 시원한 해답 중 하나에 초점을 맞추고 싶어. 질문자에 대한 문제를 해결 대답 DomainDraw되었습니다.

DomainDraw 잠시 동안 주변되었습니다, 하지만 그것이 오랜 기간 동안 매우 유용하고 볼 수 있습니다. 그것은 또한 유기체 사용할 수 있습니다–심지어 어떤 합성 공사. 당신은 더 복잡한 파일을 만들 수 있습니다, 하지만 간단한 도면에 몇 매개 변수를 입력하고 약간의 단백질을 얻을 수 있습니다. 숫자를 사용하여 나는 위의 TEC를 보냈다, 나는 이것을 그렸다:

그것은 스마트로 때리는 등 상당히 아니에요, 하지만 그렇게 일을 도착. 그리고 당신은 매우 빨리 작은 조각을 가지고 조정할 수, 또는 도메인을 제거, 아니면 뭐든 스플 라이스 변종 또는 관련 단백질 간의 관심의 특징을 설명하기 위해해야​​ 할 수도 있습니다.

이런 애플 리케이션의 더 간단한 문제 해결 정렬이 있었으면 좋겠. 사람이 같은 다른 편리한 작은 항목이있다면, 내가 코멘트에 알려. 우리는 항상 우리의 주간 도움말을 강조하기 위해 새로 찾고 있습니다!

DomainDraw 빠른 링크: http://domaindraw.imb.uq.edu.au/

MyDomains 이전 팁: http://blog.openhelix.eu/?p=679

SMART에 대한 OpenHelix 자습서 (필수 가입)

BioStar 질문이 관련:

간단한 이소형 다이어그램을 생성하는 방법

단백질 도메인 디스플레이

참조:

핑크 JL, & 해밀턴 N (2007). DomainDraw: macromolecular 기능 드로잉 프로그램. silico 생물학, 7 (2), 145-50 PMID: 17688439

많은 단백질 리소스 최근 업데이트 발표

PDB 구조 3rg9

 

 

 

 

최신 자습서 우리의 지속적인 추구, 나는 자원에서 발생하고 이에 따라 우리의 업데이 트를 계획하고 변경 사항을 추적하고 있었어. 단백질 자원, 특히 여름에 문제가 나를 계속하실 작정 이오, 그들의 개발자와 큐레이터 바쁜 되었기 때문에! 나는 아래의 간단한 개요를 뽑아 봤어요, 당신이에 대해 알고 다른 리소스에 대한 의견을 부탁드립니다, 또는 자랑하고 싶지! :)

  • 나는 특집 proteomic 도구 ExPASy 목록과거 팁. 이리스트는 더 이상 화요일로 유지되는 최신, 하지만 ExPASy 자원 되고 이후 확장되었습니다 “막” proteomics 리소스와 이제 새로운 SIB 생물 정보학 자원 포털입니다. 의 개발자에 따르면, 포털:

    “proteomics를 포함한 생명 과학의 여러 분야에서 과학적 데이터베이스와 소프트웨어 도구에 대한 액세스를 제공합니다, 게놈, phylogeny, 시스템 생물학, 인구 유전학, transcriptomics 등. … 이 포털에서 당신은 여러 SIB 그룹뿐만 아니라 외부 기관으로부터 자료를 찾습니다.”

    그리고 겁내지마, 발견 proteomics 도구의 최신 목록은 아직있다 여기에.

  • 내가 지난 주에 우리 팁에서 언급되는 NCBI의 MMDB 업데이 트를 거쳐이 & 내가 업데이 트됩니다 우리의 튜토리얼 그것에 곧.
  • NCI / 자연 패스 상호 작용 데이터베이스, 또는 PID, 새로운 업데이트 경로 정보를 포함하는 업데이 트 6월 14일 있었.
  • 물어보세요 업데이 트 6월 21일 있었, 릴리스하는 것입니다 20.73, 그리고 지금 포함 1618 문서 항목, 1308 패턴, 936 프로필 925 ProRules.
  • The RCSB PDB 자원 그들 찾아보기 데이터베이스 함수에 발표 업데이 트를했다, 구조 요약 페이지와에서 향상된 시퀀스가​​ 표시됩니다 PDB - 101 교육 자원 PDB 페이지에 칠판 로고에서 사용할 수. PDB를 사용에 대한 자세한 내용은, 우리를 참조하시기 바랍니다 무료 PDB 소개 자습서 후원 RCSB.
  • STRING의 9.0 공개 지금 사용할 수 있습니다, 우리가 어떤을 찾고있을거야 안으로 업데이 트해야합니다 우리의 튜토리얼 결과로.
  • UniProt 많은 박테리아 및 archaeal 유형 II 독소 - 항독소 모듈에 대한 주요 업데이 트를 포함하는 업데이 트를 릴리스 6월 28일, 으로 설명되어 있습니다 여기에.

모든 새로운 정보를 즐기십시오 – 전 그럴 거예요! :)

금주의 팁: NCBI의 Cn3D 뷰어 업데이트


나는 끝에 영화의 말씀으로, 내가 방문하려는 NCBI 홈페이지 & 단지 새로운 어떤 아이디어를 얻으려면 저기 돌아다닐 수. 그들은 이렇게 많은 bioscience 도구를 개발, 알고리즘 & 뭔가 새로운 것을 항상있다 다른 자원. 오늘은 그들을 업데이 트한다는 걸 알게 Cn3D 대화형 3D 뷰어 소프트웨어 버전 4.1 에 4.3 – 버전 4.2 습니다와 함께 번들에만 공개 프리뷰 버전 CDTree 소프트웨어. The 4.3 버전 CDTree와 통신할 수있는 독립형 버전입니다, 사용자에게에 비해 몇 가지 고급 기능을 허용 4.1 Cn3D 소프트웨어 버전. 그것은 당신의 일부 참고하는 것이 중요있을 수 있습니다 4.3 단 Windows 용 제공 & 맥. 유닉스 버전을 사용하고자 사용자는 버전을 계속 사용해야합니다 4.1, 로 설명 여기에.

Cn3D 소프트웨어를 사용하기 전에 당신의 컴퓨터에 다운로드해야합니다. 이전에 다운로드 4.1 Cn3D 버전이 당신의 능력이 다운로드에 영향을하고를 사용하지 않습니다 4.3 버전. 사실 당신이 그들 나란히를 사용할 수 있습니다, 당신이 원하는 경우. 내가 말했듯이, Cn3D 소프트웨어는 아마도 Cn3D 형식으로 단백질 구조 전망을 제공하는 다른 데이터베이스를 방문하므로 일단 당신이 소프트웨어를 다운로드 3D 대화형 뷰어입니다. 끝에서 나는에서 마이 오신 VI 구조 요약 페이지를 사용하여 NCBI의 분자 모델링 데이터베이스 (MMDB) 내 예로. 나는 끝에 영화의 페이지에 액세스하는 방법을 보여 시간이 없었, 하지만 우리가 사용하는 정확한 페이지입니다 우리의 전체 MMDB 자습서 그래서 당신은 세상의 모든 세부 사항을 찾을 수 있습니다. (참고: 나는 곧 MMDB 자습서를 업데이 트됩니다, 그래서 나중에 발표에 대한 감시.)

Cn3D 뷰어에서 마이 오신 바이올렛 파일을 열기하면 분자를 회전 수, 네가 원하는대로 레이블을, 또는 스테레오에서보기. 컨트롤이 상당히 직관적 아르 & 당신은 주위를 클릭하십시오 & 이 이미지에 미치는 영향 확인. 예를 들어, 아래 “스타일>렌더링 바로가기” 메뉴는 당신이 벌레로 분자를 렌더링할 수 있습니다, 튜브, 철사, 공 & 스틱이나 공간을 사용하여 가득 . 당신은 또한 아래에 갈 수 있습니다 “스타일>색칠 공부 바로가기” 그리고 도메인으로 이미지를 색상 선택, 잔류물, 요금, 그리고 다른 많은 옵션. 더 많은 정보를 원한다면, Cn3D를 확인 “도움” 메뉴 또는 Cn3D 인용 (아래), 또는를 통해 작업 튜토리얼.

나는 MMDB를 알고 GoMiner Cn3D 뷰어를 사용하여 – 당신이 Cn3D 소프트웨어를 사용하는 다른 리소스가 없습니다?

참고 문헌:

Baxevanis AD. (2008) Entrez를 사용하여 검색 NCBI 데이터베이스. 커 Protoc 생물 정보학. 2008 Dec;장 1:단위 1.3. 간접 자원부: 10.1002/0471250953.bi0103s24

왕 Y, 기어 LY, C Chappey, 와, 브라 이언트 SH. (2000) Cn3D: 시퀀스 및 Entrez에 대한 구조 전망. 동향 Biochem 문화. 2000 Jun;25(6):300-2. 간접 자원부: 10.1016/S0968 - 0004(00)01561-9 (필수 가입)

WhatsTheAnswer에 WhatsYourProblem

우리 “너의 문제는 무엇입니까” 게시물으로 전환하는 것입니다 “무슨 대답이야” 이번 주에 게시하고 진행. Biostar 질문에 대한 사이트입니다, 응답 및 생물 정보학 질문에 대해 논의. 우리는 지역 사회의 구성원이며 아주 유용한 찾아. 자주 질문 및 답변은​​ 우리의 독자들에게 밀접한 관계가있는 것을 BioStar에서 발생하는 (게놈 자원의 최종 사용자). 매주 우리는이 스레드 여기 그 질문에 답변 중 하나를 강조한다. 당신은 여전히​​이 스레드에 질문을 할 수, 또는 당신은 항상 BioStar에 참가할 수.

금주의 BioStar 질문:

실험 결과에 대한 좋은 온톨로지는 무엇입니까 내가 실험 결과를 게시하려는 경우, 가급적 RDFa를 통해 사용할 수있는 좋은 소스 어떻게 될지 표준 온톨로지를 사용하여. 나는으로 트리플 같은 생각입니다:
단백질 X — 와 상호 작용 — 단백질 Y
존재론 밖으로 철자 것입니다 어디에 “와 상호 작용”.

강조 답변:

나는를 사용하여 데이터를 포맷하는 것이 좋습니다 IMEx (국제 분자 교류 컨소시엄)curation 지침. 이것은 참가자의 데이터베이스 중 하나에 쉽게 데이터를 제출하실 수 있습니다 (물놀이, 박하, 손대지 않은, 등등). IMEX는 사용 PSI는 (Proteomics 표준 이니셔티브) 분자 상호 작용통제 어휘. PSI-MI XML / CV 유효성 검사기가 여기에.

다른 답변을 확인, 당신이 문제에 대한 통찰력이있는 경우 또는 하나를 제공합니다.

금주의 팁: NCBI의 단백질 데이터베이스에 변경 내용 소개


오늘의 팁 년 전에서 변경 사항을 간략하게 소개를합니다 NCBI의 단백질 데이터베이스. 난 변화가 예약이되어 있다고 강조 금요일 SNPets, 누군가 자세한 내용 부탁. 우리의 완전 업데이트된 튜토리얼이 짧은 팁보다 훨씬 더 완성될 것이다, 정도 지켜볼 가까운 시일 내에 완성해야 할 것을 – 하지만 지금까지, 이 도움말을 즐길 & 로 머리 NCBI 자신의 탐구 일부를 할 수!

주의 비디오 도움말: 알레르기 항원 아틀라스

문학을 통해 이번 주 청소는 우리가 과거에서 다루지 않는 것을 주제에 새 리소스를 알려준 경우, 나는 흥분했다. 하지만 그것은 내가 이전에 노출되지 않았던하는 다른 자원과 전략의 무리를 찾아 내게 더욱 주도. 그럼에도 불구하고 나에게 가까운 영역입니다–매우 가까운–하지만 난 주위 자리에 있던 생물 정보학 자원을 몰랐다.

나는 땅콩에 알레르기가 있어요. 그리고이 알레르기 가정에서 온. 대부분 우리의 알레르기는 다른 아이템입니다–나는 단지 땅콩있어 하나의. 하지만 내 가족의 나머지는 그들과 함께로드됩니다–달걀, 꽃가루, 애완 동물, 딸기, 그리고 많이 더. 꽤 범위. 그리고 트레이 코코넛에 알레르기. 그것은 우리 중 하나를 죽일 수 있기 때문에 우리가 세션을 훈련 않는 경우 그래서 우리는 태국 음식이 결코 :O

그래서 나는 알레르겐 데이터베이스에 대해 배울 매료되었다. 나는 알레르기 책에서 내 표정으로 시작합니다 (그게이 퀘스트를 시작) 그리고이 사냥에 내가 발견한 다른 리소스를 언급로 움직일거야. This week’s Video Tip of the Week is on allergenicity resources:

알레르기 항원 아틀라스: http://tiger.dbs.nus.edu.sg/ATLAS/ 그것에 대한 논문: HTTP를://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19213741

IUIS: 면역 학회 국제 연합 http://www.iuisonline.org/

Allergome: http://www.allergome.org/

Allermatch: http://www.allermatch.org/ FAO / WHO 시퀀스 매칭 도구

금주의 팁: 분자 상호 작용 데이터베이스 (박하)

mint_thumbnail.jpg박하, the Molecular 정수eraction 데이터베이스, 너무 재미가 사용하는 것입니다. 나도 알아–과학 문학에서 고품질 큐레이터 정보가 없습니다. 그리고 그것이 진짜 요점. 하지만 솔직히 말해서, 난 단지에있는 단백질 단백질 상호 작용을 검토하는 사랑 박하 뷰어. 이 간단히 (에 대해 3 분) 높은 수준의 기능 중 일부의 탐구 박하 난 재미와 정보를이 리소스에 얼마나의 미각을 제공할 것입니다.
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로마 대학에서 팀 쳐 박하 당신에게. 여기보세요: http://mint.bio.uniroma2.it/mint/

하지만 단 몇 분, 우리는 그래픽을 이해하는 방법과 가장 효과적으로 사이트를 이용하는 방법에 대한 전체 세부 사항을 제공할 수 없습니다. 우리가 튜토리얼 전체 이것은 당신이 정기적으로 사용하고자하는 것이다 도구인지 검사할 수 있습니다 민트에.

그리고 배경에 대한 자세한 정보와 민트 당신이해야 목표에 대한 그들의 종이를 체크 아웃. 그들의 추상에서:

큐레이터의 지난 몇 년 동안의 수를 물리적인 상호 작용이 이상으로 치솟고있다 95000.

그건 민트 많이 있어요. 당신이 나 같은 경우 집안의 이전 소유자가 민트를 심었, 당신이 범위를 알게 될 것입 :)

주의 팁: 스마트 단백질 도메인 분석

우리는 많은 사람들이 대한 자세한 내용을 학습에 관심이있는 것을 발견 도메인 관심이 그들의 단백질에. 훌륭한 도구가 도메인을 검사하는 데 사용할, 그들의 구조 / 조직, 그들의 관계는 스마트, the 간단한 모듈형 아키텍처 연구 도구. 그것은 개발과 유지 스웨덴 연구소에 의해 EMBL에서 (많은 훌륭한 도구의 원천). 이 전채 영화는 스마트 분석과 관심의 단백질 검사에 관심을받을 수 있습니다. 우리는 방법과 단백질의 수백을 찾을 보여 “transmembrane 수용체” 도메인에 대해 3 분.

우리가 스마트에 대한 자습서를 완료 그게 훨씬 더 자세하게 정보를 제공합니다.