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Tipp der Woche: Von UniProt der PSI SBKB and Back Again


Es ist oft nützlich, um mehrere biomedizinische Datenbanken oder Ressourcen zu besuchen, selbst wenn sie scheinen überlappende Informationen liefern, da keine zwei Ressourcen auf dem exakt gleichen Informationen konzentrieren, oder präsentieren sie in genau der gleichen Weise. Statt Duplizieren jedes andere’ Kuration Bemühungen, Datenbank häufig Link aus, um Informationen an andere Ressourcen. Sie können diese Links als denken “soziale Verbindungen”, wenn Sie und in der heutigen Spitze möchte ich möchte Ihnen ein paar Verbindungen zwischen Protein Informationsressourcen, einschließlich einer neuen Verbindung, die wirklich zeigt einige der Grundwerte der PSI Strukturbiologie Knowledgebase, or SBKB.

Ich fange an die Spitze bei die UniProtKB, wo ich für eine UniProt ID-Nummer suchen. Aus dem resultierenden Protein Bericht, den ich zuerst kurz zeigen, wie man Link aus, um eine entsprechende RCSB HVE Bericht, wo finden Sie qualitativ hochwertige Protein-Struktur Informationen und mehr. Wenn Sie an weiteren Informationen über die RCSB PDB interessiert & Wie benutzt man es, bitte OpenHelix vollständige, free-Tutorial, das durch die RCSB PDB gefördert wird.

Von dort bin ich auf die UniProt Bericht zurück und zeigen einen neuen Link out-Option, die Links zu Protein-Protokolle, zur Verfügung stehenden Materialien, sowie Informationen über theoretische Modelle und vorhergesagten Protein-Targets aus dem SBKB. Ich habe keine Zeit, es zu zeigen, sondern eine aktuelle Update für das SBKB ermöglicht es Benutzern, jetzt suchen die Strukturbiologie Knowledgebase mit einer UniProt Zugangsnummer. Diese Recherchen stellt dem Anwender zusätzliche Informationen wie Protein-Struktur und Informationen über pre-released Struktur-Sequenz. Wie bei den RCSB PDB, haben wir eine kostenlose Tutorial auf der SBKB dass wird gefördert von der Protein Structure Initiative.

Als ich durch scrollen UniProt Protein Bericht Nutzer Informationen und Links für eine breite Palette von biowissenschaftlichen Informationen siehe. OpenHelix, da ich sicher bin, viele von Ihnen sind uns bewusst,, hat Anleitungen, wie viele dieser Ressourcen zu nutzen. Unsere Tutorials auf der RCSB PDB und die PSI SBKB sind beide kostenlos. Unsere Tutorials auf UniProt und viele andere Ressourcen werden durch ein Abonnement unserer Datenbank von Trainings oder durch den Kauf von individuellen Zugang zur Verfügung. Ob Sie lernen die Ressourcen durch unsere Tutorials, durch die Referenzen I Liste unten, oder durch eigene Erkundungen der Datenbanken, es ist wirklich eine erstaunliche Menge an verfügbaren Informationen über diese miteinander, öffentlich finanzierten Ressourcen – Bitte nutzen Sie diese bei Ihrer Recherche!

Quick Links:

UniProt Knowledgebase - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial auf UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB HVE – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

Das Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial auf der SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Gesamtverzeichnis aller OpenHelix Tutorials – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenzen:
Die UniProt Consortium. (2009). Die Universal-Protein Ressource (UniProt) in 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790

Tipp der Woche: DomainDraw für schnelle Motiv Diagramme

Bioinformatik Ressourcen können sehr komplex–manchmal entmutigend, stark mit entscheidenden Daten geladen, und bieten erstaunliche Visualisierung von großen Datenmengen und verschiedene Funktionen der zugrunde liegenden Daten. Und andere Zeiten, das ist Weg mehr als Sie benötigen. Overkill. Wie will ein Elefant Waffe auf eine Mücke.

Ein paar Mal in den letzten Woche habe ich bemerkt, dass Fragensteller am BioStar war wollte etwas einfach nur zeigen, ein paar Features ihrer Gene / Proteine ​​von Interesse in einer Diashow oder eine Figur Format. Sie wollten nicht, um sie in PowerPoint zu tun, denn sie wollten einige Besonderheiten in den Standorten–nicht nur etwas Freihand–aber die UCSC Genome Browser hat viel zu viele Dinge für das, was sie wollten, um zu zeigen,, zum Beispiel.

Wenn Sie ein bekanntes Protein, einer meiner Lieblings-Tools, um eine Domain-Diagramm zeigen, ist SMART. Wenn Sie und gehen Sie rufen ein Protein, wie die Probe, den sie bieten TEC_Human:

Bei Verwendung von SMART nicht nur, dass Sie diesen großen Diagrammen, Sie können aber zu den Domains verlinken, und so eine ganze Reihe von Suchanfragen, und mehr. Es gibt Ihnen auch einen schönen numerische Ausgabe der Domains, die ich hier zeigen, denn ich werde in dem Beispiel verwenden bin:

Aber es kann vorkommen, dass Sie ein Diagramm wie diese zeigen wollen, sondern auch für Ihre Arbeit angepasst. Vielleicht hat dieses Protein ohne die SH2-Domäne. Vielleicht entdeckte eine Splice-Variante, die die BTK Domäne fehlt. Oder Sie möchten mehrere Homologe, die die Domains in leicht unterschiedlichen Orten zeigen. Es gibt viele Gründe, eine Figur wie die wollen.

Zwar gab es mehrere Antworten auf BioStar zur Lösung dieses, Ich wollte auf einen der coolen Antworten, die vorgesehen war Schwerpunkt. Die Antwort, dass das Problem für den Fragesteller gelöst wurde DomainDraw.

DomainDraw ist herum für eine Weile, aber ich kann sehen, dass es sehr nützlich für eine lange Zeit. Es kann auch für jeden Organismus eingesetzt werden–oder sogar eine synthetische Konstruktion. Sie können eine komplexe Datei, aber für einfache Zeichnungen können Sie einfach ein paar Parameter eingeben und zeichnen Sie ein wenig Protein. Mit den Zahlen hatte ich für TEC oben, Ich zog diese:

Es ist nicht ganz so auffällig wie die Smart One, aber es bekommt den Job getan. Und man konnte sich sehr schnell daran drehen, um kleinere Stücke haben, oder Entfernen von Domänen, oder was auch immer möchten Sie vielleicht zu tun, um Merkmale von Interesse bei den Spleißvarianten oder verwandten Proteinen zeigen.

Ich wünschte, es gäbe einfachere Problemlösung Art von Anwendungen wie diese. Wenn jemand andere nützliche Kleinigkeiten wie diese, Lassen Sie mich in den Kommentaren wissen. Wir sind immer auf der Suche nach neuen, um in unserem wöchentlichen Tipps Highlight!

Quick-Link zu DomainDraw: http://domaindraw.imb.uq.edu.au/

Vorheriger Tipp von MyDomains: http://blog.openhelix.eu/?p=679

OpenHelix Tutorial auf SMART (Abonnement erforderlich)

BioStar Fragen zu diesem Zusammenhang:

Wie erzeugt man eine einfache Isoform Diagramm

Protein-Domain-Display

Referenz:

Fink JL, & Hamilton N (2007). DomainDraw: eine makromolekulare Funktion Zeichenprogramm. In-silico-Biologie, 7 (2), 145-50 PMID: 17688439

Viele Protein Ressourcen haben vor kurzem angekündigten Updates

PDB Struktur 3RG9

 

 

 

 

In unserem Streben der up-to-date-Tutorials, Ich habe das Nachverfolgen von Änderungen, die auf Ressourcen vollziehen und der Planung unserer entsprechend aktualisiert. Protein Ressourcen sind vor allem würde mich von Ärger fern halten in diesem Sommer, weil ihre Entwickler und Kuratoren beschäftigt gewesen! Ich habe eine kurze Zusammenfassung nachfolgend zusammengestellt, und würden uns freuen, Kommentare zu anderen Ressourcen, die Sie kennen, oder wollen zu prahlen! :)

  • I featured die ExPASy Liste der Proteom-Tools in einem Vergangenheit Spitze. Ab Dienstag ist diese Liste nicht mehr gehalten up-to-date, aber die ExPASy Ressource hat sich über das erweitert worden “nur” eine Proteomik-Ressource und ist jetzt der neue SIB Bioinformatics Resource Portal. Nach seinen Entwicklern, das Portal:

    “bietet Zugang zu wissenschaftlichen Datenbanken und Software-Tools in verschiedenen Bereichen der Lebenswissenschaften, einschließlich der Proteomforschung, Genomik, Phylogenie, Systembiologie, Populationsgenetik, Transcriptomics etc.. … Auf diesem Portal finden Sie Informationen aus vielen verschiedenen SIB Gruppen sowie externen Institutionen.”

    Und keine Angst, es ist immer noch ein up-to-date Liste der Proteomik-Tools gefunden hier.

  • Ich erwähnte in meinem Tipp letzte Woche, dass NCBI ist MMDB unterzogen wurde, ein Update & Ich werde die Aktualisierung unser Tutorial auf bald.
  • NCI / Nature Pathway Interaction Database, oder PID, hatte ein Update 14. Juni, dass neue und aktualisierte Informationen der Signalwege schließt.
  • PROSITE hatte ein Update 21. Juni, die Release- 20.73, und umfasst nun 1618 Dokumentation Einträge, 1308 Muster, 936 Profile und 925 ProRules.
  • Das RCSB PDB Ressource hat angekündigt, Updates für ihre Browse Database-Funktion, erweiterte Sequenz-Displays von Struktur Übersichtsseiten und die PDB-101 pädagogische Ressource verfügbar ab Tafel Logos auf PDB Seiten. Für weitere Details zur Verwendung von PDB, entnehmen Sie bitte unserem frei PDB Einführungstutorial gesponsert von der RCSB.
  • STRING ist 9.0 Freigabe ist ab sofort verfügbar, und wir zu nichts zu suchen müssen wir in update unser Tutorial infolge.
  • UniProt ein Update 28. Juni, die enthalten ein großes Update bei vielen Bakterien und Archaea Type II Toxin-Antitoxin-Module, wie beschrieben hier.

Genießen Sie alle neuen Informationen – Ich weiß, ich werde! :)

Tipp der Woche: Update zu Cn3D Viewer NCBI


Wie ich schon sagte in der Spitze Film, Ich mag zu besuchen NCBI Homepage & gleich um durchstreifen dort, um eine Vorstellung von dem, was die neue bekommen. Sie entwickeln so viele bioscience Werkzeuge, Algorithmen & andere Ressourcen, die es gibt immer etwas Neues. Heute habe ich herausgefunden, dass sie ihre aktualisierten Cn3D interaktive 3D-Viewer-Software ab der Version 4.1 auf 4.3 – Version 4.2 wurde eine Preview-Version nur im Bundle mit frei CDTree Software. Das 4.3 Version ist eine Stand-alone-Version, die mit CDTree kommunizieren können, und können die Benutzer einige erweiterte Funktionen im Vergleich zu den 4.1 Version der Software Cn3D. Es kann wichtig sein, für einige von Ihnen zur Kenntnis, dass 4.3 ist nur für Windows angeboten & Mac. Anwender, die eine Unix-Version benutzen müssen weiterhin mit der Version 4.1, wie erklärt hier.

Vor der Verwendung der Cn3D Software müssen Sie es auf Ihren Computer herunterladen. Zuvor Herunterladen der 4.1 Version Cn3D hat keinen Einfluss auf Ihre Fähigkeit, herunterladen und verwenden die 4.3 Version. In der Tat können Sie sie Seite an Seite, wenn Sie es wünschen. Wie ich schon sagte, die Cn3D Software ist eine interaktive 3D-Viewer, so dass, sobald Sie die Software herunterladen werden Sie wahrscheinlich unter einer anderen Datenbank, die Protein-Struktur Aussicht stellt in einem Cn3D Format. In der Spitze verwende ich die Myosin VI Struktur Übersichtsseite von NCBI ist Molecular Modeling Database (MMDB) wie mein Beispiel. Ich hatte keine Zeit, Ihnen zu zeigen, wie die Seite in die Spitze Film Zugang, aber es ist die genaue Seite verwenden wir in unsere volle MMDB Tutorial So können Sie alle Details dort zu finden. (HINWEIS: Ich werde die Aktualisierung der MMDB tutorial bald, so für die Ankündigung später anzusehen.)

Eröffnung der Myosin-vi-Datei im Cn3D Viewer können Sie drehen das Molekül, beschriften Sie, wie Sie wünschen, oder zeigen Sie es in Stereo. Die Steuerung ist sehr intuitiv & können Sie rund um klicken & sehen, wie es Ihr Bild wirkt. Zum Beispiel, unter der “Stil>Rendering Shortcuts” Menü können Sie das Molekül als Würmer machen, Rohre, Draht, Ball & Stick oder Raum gefüllt mit den . Sie können auch unter der go “Stil>Coloring Shortcuts” und wählen Sie das Bild durch Domänen Farbe, Rückstände, Gebühr, und viele andere Optionen. Wenn Sie mehr Details, Schau im Cn3D “Hilfe” Menü oder die Cn3D Zitat (unten), oder durch ihre Arbeit Tutorial.

Ich weiß, MMDB und GoMiner die Cn3D Betrachter – Gibt es weitere Möglichkeiten, wo Sie die Cn3D Software?

Referenzen:

Baxevanis AD. (2008) Searching NCBI Datenbanken mit Entrez. Curr Protokoll Bioinformatik. 2008 Dezember;Kapitel 1:Einheit 1.3. DOI: 10.1002/0471250953.bi0103s24

Wang Y, Geer LY, Chappey C, Die Frequenz JA, Bryant SH. (2000) Cn3D: Sequenz und Struktur Ansichten für Entrez. Trends Biochem Sci. 2000 Juni;25(6):300-2. DOI: 10.1016/S0968-0004(00)01561-9 (Abonnement erforderlich)

WhatsYourProblem zu WhatsTheAnswer

Unsere “What's Your Problem” Beitrag zu einer Umstellung werden “Was ist die Antwort” Beitrag in dieser Woche als auch in Zukunft. Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder der Community und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jede Woche werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können noch Fragen zu stellen in diesen Thread, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

BioStar Frage der Woche:

Was ist ein guter Ontologie für experimentelle Ergebnisse Wenn ich will experimentellen Ergebnisse veröffentlichen, vorzugsweise über RDFa mit Hilfe eines standardisierten Ontologie, was eine gute Quelle zu nutzen wäre. Ich bin von einer dreifachen wie Denken:
Protein X — Interagiert mit — Protein Y
Wo der Ontologie wäre buchstabieren “Interagiert mit”.

Hervorgehoben Antwort:

Ich würde empfehlen, das Formatieren von Daten mit Hilfe der IMEX (International Molecular Exchange-Consortium)Kuration Richtlinien. Dies ermöglicht es Ihnen, Ihre Daten einfach übermitteln, um einen der Teilnehmer-Datenbanken (DIP, MINT, INTACT, usw.). Die IMEx verwendet PSI (Proteomics Standards Initiative) Molecular Interactionskontrolliertes Vokabular. Es ist ein PSI-MI XML / CV-Validator hier.

Schauen Sie sich die anderen Antworten, oder stellen ein, wenn Sie einen Einblick in das Problem haben.

Tipp der Woche: Einführung in die Änderungen an NCBI-Protein-Datenbank


In der heutigen Spitze will ich Ihnen kurz vorstellen, um die Änderungen zu NCBI-Protein-Datenbank. Ich hob hervor, dass Veränderungen in einem gemacht worden Freitag SNPets, und jemand, um weitere Informationen gebeten. Unser komplettes Tutorial aktualisiert wird viel vollständiger als diese kurze Spitze, so für aufpassen, dass in naher Zukunft abgeschlossen sein – aber jetzt, genießen Sie diesen Tipp & Kopf über die NCBI auf Entdeckungsreise der eigenen zu tun!

Video Tipp der Woche: Allergen Atlas

Wenn dieser Woche kehren die Literatur führte mich zu einer neuen Ressource zu einem Thema, dass wir in der Vergangenheit nicht abgedeckt, Ich war total aufgedreht. Aber dann führte mich noch weiter auf eine Reihe von anderen Ressourcen und Strategien zu finden, die ich nicht hatte zuvor ausgesetzt. Und doch ist es ein Gebiet, in meiner Nähe–ganz in der Nähe–aber ich wußte nicht, die bioinformatische Ressourcen, die anstelle herum waren.

Ich bin allergisch gegen Erdnüsse. Und ich komme von dieser Allergie Familie. Meistens unsere Allergien sind verschiedene Artikel–Ich bin der einzige Erdnuss ein. Aber der Rest meiner Familie wird mit ihnen geladen–Eier, Pollen, Haustiere, Erdbeeren, und vieles mehr. Quite a Bereich. Und Trey ist allergisch gegen Kokosnuss. So haben wir nie Thai-Food, wenn wir Schulungen zu tun, weil sie entweder töten könnten von uns :Das

Also ich war fasziniert über Allergen Datenbanken lernen. Ich werde mit meinem Blick auf Allergen Atlas starten (dass der Autor dieses Streben) und dann werde ich fahren Sie mit anderen Ressourcen, die ich auf dieser Jagd entdeckt erwähnen. This week’s Video Tip of the Week is on allergenicity resources:

Allergen Atlas: http://tiger.dbs.nus.edu.sg/ATLAS/ und das Papier für sie: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19213741

IUIS: Internationale Union der Immunologischen Gesellschaften http://www.iuisonline.org/

Allergome: http://www.allergome.org/

Allermatch: http://www.allermatch.org/ FAO / WHO-Sequenz passende Werkzeug

Tipp der Woche: Molekulare Wechselwirkung Database (MINT)

mint_thumbnail.jpgMINT, der Molecular INTeraction Database, ist so viel Spaß machen. Ich weiß,–gibt es hochwertige kuratiert Informationen aus der wissenschaftlichen Literatur. Und das ist der eigentliche Punkt. Aber ganz ehrlich, Ich liebe es einfach, das Protein-Protein-Interaktionen in der Prüfung MINT Zuschauer. In dieser kurzen (über 3 Minuten) Erforschung einiger der High-Level-Funktionen MINT Ich biete einen Vorgeschmack, wie viel Spaß und informative diese Ressource.
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Ein Team an der Universität von Rom bringt MINT dir. Check it out hier: http://mint.bio.uniroma2.it/mint/

Aber nur ein paar Minuten, wir können nicht alle Einzelheiten darüber, wie die Grafiken zu verstehen und wie die Website am effektivsten eingesetzt werden. Wir haben eine Das vollständige Tutorial auf MINT, dass Sie vielleicht zu prüfen, ob dies ein Werkzeug, das Sie möchten regelmäßig nutzen würden.

Und für weitere Einzelheiten über die Hintergründe und Ziele des MINT sollten Sie Sehen Sie sich ihre Papier. Von ihrer abstrakten:

In den vergangenen Jahren die Zahl der kuratierten physikalischen Wechselwirkungen auf über schnellte 95000.

Das ist eine Menge von MINT. Wenn Sie wie ich sind und die bisherigen Eigentümer Ihres Hauses gepflanzt Minze, Sie werden verstehen, den Umfang :)

Tipp der Woche: SMART-Protein-Domain-Analyse

Wir finden, dass viele Menschen, die mehr über die interessiert sind, Domains in ihre Proteine ​​von Interesse. Ein großes Werkzeug zu benutzen, um die Domains zu untersuchen, ihre Architektur / Organisation, und ihre Beziehungen ist SMART, der Simple Modular Architecture Research Tool. Es ist entwickelt und von der Bork-Labor am EMBL gepflegt (eine Quelle von vielen tollen Extras). Diese Vorspeise Film kann es zu Interessieren Sie sich für die Prüfung Ihrer Proteine ​​von Interesse mit der SMART-Analyse. Wir zeigen Ihnen, wie Hunderte von Proteinen mit finden “Transmembranrezeptor” Domains in etwa 3 Minuten.

Wir haben eine komplette Tutorial auf SMART Das stellt die Informationen in viel mehr ins Detail.