Tag Archives: Pflanzen

Freitag SNPpets

This week’s tips offer some software, including a pre-print from one of my favorite groups–the folks who do great visualizations of sets. I have talked about UpSet before, but now there’s an R package for it. Speaking of great visuals, check out the sponge-microbe symbiosis. Und 10 legume genomes. Cannabis as a gateway to plant genomics. And a story of entrepreneurship, and how it ends.

And for kicks, there’s a video that I helped to script-edit that’s been popular: Are GMOs Good or Bad?


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets cover a range of issues. Attempting to community-curate bioinformatics tools, a new paper on UCSC Genome Browser‘s features, iPlant now reborn as CyVerse, errors in databases, personalized diagnosis from the UK 100000 Genome-Projekt and the re-launch of their PanelApp, and some new plant tools: AgroPortal und 30 plants going into OrothoDB. Auch, read those thesis submissions carefully. There may be an easter egg.


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Video-Tipps der Woche: Annual Review IV, 2zweiten Hälfte

Wie Sie vielleicht wissen, wir getan haben, diese Video- Tipps-of-the-Woche für FOUR Jahren. Wir haben rund abgeschlossen 200 kleinen Leckerbissen Einführungen zu verschiedenen Ressourcen aus dem letzten Jahr, 2011 (ja, es ist 2012 jetzt). Am Ende des Jahres haben wir eine Art von Urlaub Tradition etabliert: wir machen eine Zusammenfassung Post, sie alle zu sammeln. Wenn Sie irgendwelche von ihnen verpasst haben, es ist ein guter Weg, um einen schnellen Blick an, was nützlich sein könnte, um Ihre Arbeit haben.

Sie sehen den letzten Jahren’ Tipps hier: 2008 In, 2008 II, 2009 In, 2009 II, 2010 In, 2010 II. Das Zusammenfassung der ersten Hälfte des 2011 ist aus der vergangenen Woche zur Verfügung.

Juli 2011

Juli 6: Priorisierung von Genen mit Hilfe der Gene Priorisierung Portal

Juli 13: PolySearch, Suche viele Datenbanken auf einmal

Juli 20: Menschliche Epigenomics Visualisierung Hub

Juli 27: Die neue SIB Bioinformatics Resource Portal

 

August 2011

August 3: SNPexp, Korrelation zwischen SNPs und Genexpression

August 10: CompaGB für den Vergleich von Genom-Browser-Software

August 17: Greifen, Vergleich von Genomen revisited

August 24: Domain Draw für die schnelle Motiv-Diagrammen

August 31: Von UniProt der PSI SBKB und wieder zurück

 

September 2011

September 7: Anlage vergleichende Genomik mit Plaza

September 14: phiGENOME für Bakteriophagengenom Exploration

September 21: Erste flankierenden Sequenzen der genomischen Standorten

September 28: Einführung in die Statistik-Software R

 

Oktober 2011

Oktober 5: VND Ressource für genetische Variation und Arzneimittel-Informationssystem

Oktober 12: Track-Hubs in UCSC Genome Browser

Oktober 19: Mitochondriale Transkriptom gbrowser

Oktober 26: Variation von Daten aus Ensembl

 

November 2011

November 2: MizBee Syntenie Browser

November 9: Die neue Datenbank von genomischen Varianten: DGV2

November 16: MapMi, automatisierte Zuordnung von microRNA locin

November 23: BioMart zentrales Portal das neue

November 30: Phosphida, eine post-translationale Modifikation Datenbank

Dezember 2011

Dezember 7: VarSifter, für die Identifizierung wichtiger Sequenzvariationen

Dezember 14: Große Veränderungen zu NCBI das Genom Ressourcen

Dezember 21: Eierlikör für die Feiertage (oder zu erforschen orthologen Genen)

Dezember 28: Video-Tipps der Woche: Annual Review IV (ersten Halbjahr 2011)

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Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • Und wir beobachten diese, so dass wir unser Tutorial aktualisieren können auf WormBase wenn die neue Oberfläche ist von beta und stabil. RT @ Wormbase: Öffentliche Beta-Phase des neuen WormBase Website jetzt offen! http://bit.ly/qsLqCw und http://beta.wormbase.org/ #softlaunch # celegans [Mary]
  • RT @ GenePattern: Ankündigung GParc: die GenePattern Archiv. Sagen Sie Ihre Module und wachsen die GP-Community. http://bit.ly/fwlYqY #Bioinformatik # Genomik [Mary]
  • A vorhergesagt 9.3 Milliarden Menschen leben von 2050 – das ist schwer für mich, mein Gehirn herum wickeln, um. Spezielle Ausgabe von Science (29 Juli 2011) befasst sich mit Bevölkerung und Entwicklung, ein Großteil der Inhalte ist offen. [Jennifer]
  • RT @ Bffo: New COSMIC Update beinhaltet update of Cancer Census Gene http://bit.ly/qXcI5L ## # Krebs Genomics Bioinformatik [Mary]
  • Heilpflanze Genome–sehr cool. PhytoMetaSyn: RT @ mikesgene: Kanadische Wissenschaftler Gen-Datenbank für die Öffentlichkeit zugänglich zu helfen, neue Chancen für die Biotechnologie-Industrie http://bit.ly/nqPH6Q #Genom [Mary]
  • Männlich, Ich will spielen! Coole Klassenzimmer Ressourcen für K-undergrad, pro diesem Science-Artikel – “Beckman Institute Bugscope, http://bugscope.beckman.illinois.edu, eine kostenlose Bildungs-Technologie Outreach-Projekt, welche ermöglicht Kindergarten bis 12. Klasse (K-12) und Studenten und Lehrer den Remote-Zugriff und Kontrolle des Mikroskops in Echtzeit von ihrem Computer im Klassenzimmer.” [Jennifer]
  • Schütze Biostar! RT @ Bioinformer: OpenSource Bioinformatik-Tools sind oft so schlecht dokumentiert, aber @ BioStarQuestion wieder durchzieht, was ich brauchte. [Mary]
  • Ich sah gerade dieser Pressemitteilung” EDU-SCIENCE SCIENTIFIC AMERICAN Premiers
    BRANDED LINE OF SCIENCE TOYS AT FALL TOY VORSCHAU IN DALLAS
    ” – aber werden sie für Weihnachten? [Jennifer]
  • RT @ Eurogene: Betrachter sieht interessant aus, jetzt brauche ich meine Genom MT @ pathogenomenick: Tablet – viele Pläne für dieses hervorragende Betrachter http://bit.ly/mSEMkJ [Mary]
  • Dies ist ein nettes kleines Tool–Brauch Genom Diagramme: RT @ NCBI: Laden Sie Ihr Genom Anmerkungen, sehen, wie sie auf einem Ideogramm angezeigt und laden Sie ein svg oder eps-Datei. http://1.usa.gov/mTGIze #Genomik [Mary]

Tipp der Woche: Anlage vergleichende Genomik mit Plaza

ResearchBlogging.orgQuadrat, eine Ressource für den Anlagenbau vergleichende Genomik, hat viel mehr als das Auge sieht auf den ersten. Derzeit die Datenbank vergleichende Werkzeuge und Daten für fast 2 Dutzend Anlagen einschließlich Monokotyledonen, Dikotyledonen, Moose und Algen. Es gibt einige offensichtliche Werkzeuge und Daten von der Homepage, aber ich schlage vor, Sie nehmen einen Blick auf die Dokumentation und Tutorials, Sie finden es viel mehr, wenn Sie beginnen in sie einzutauchen. In diesem Tipp, Ich werde aber immer Phylogenie einer Genfamilie von einem bestimmten Stamm zu veranschaulichen, dass es hier viel zu Fuß, die Sie vielleicht gar nicht erst sehen.

Quadrat: http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

Für Gras vergleichende Genomik könnten Sie auch prüfen wollen, Gramene (Tutorial, Abo) und für allgemeine vergleichende Genomik, VIEW (Tutorial, frei) ist eine hervorragende Ressource auch.

Prost, S., Bel, M., Sterck, L., Billiau, K., Van Parys, T., Van de Peer, Y., & Vandepoele, C. (2009). PLAZA: A Comparative Genomics Ressource zu Gene und Genome Evolution in Plants Study The Plant Cell ONLINE, 21 (12), 3718-3731 DOI: 10.1105/tpc.109.071506

Freitag SNPpets

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  • Ich konnte nicht herausfinden, die Folklore Teil, aber dieses handliche kleine Schnittstelle namens Matrix2png nimmt Listen und eine Matrix-Diagramm, sah ein bisschen nützlich für mich: RT @ Pleonard: Wonder, wenn Autoren von Visualisierungs-Software für Proteinsequenzierung wusste, dass es eines Tages auf den dänischen Folklore verwendet werden? http://bit.ly/e9HS5v [Mary]
  • Ugene: http://ugene.unipro.ru/index.html Sie haben vor kurzem eine neue Version veröffentlicht, und es sieht sehr schön aus.. Nachfolger von Taverne? [John, from last week’s SNPpets comments]
  • Neue Software für vergleichende Genomik: PHAST und RPHAST. [Trey]
  • Liebte dieses Bildmaterial: RT @HHMINEWS: Evan Eichler: Die sich entwickelnde menschliche Genom als ein Action-Adventure Film mit mehreren Autounfällen: http://ow.ly/3Oocv hat tip to @ WudIzThePoint [Mary]
  • iPlant Ankündigung–sehr cool. Beachten Sie auch, sie suchen Software-Ingenieure für ihre Projekte: RT @ Plantdisease: InTheNews: Eine leistungsstarke neue Partnerschaft in Plant Science http://bit.ly/gJ3PTh [Mary]
  • Auf dem Weg zur Integration der Genomik in Gesundheitswesen: RT @ Eurogene: Die Kombination adv Informatik, Genomik, Beratung, Emerge 1. Schritt zur genomischen inc. in routinemäßige http://bit.ly/gYtNHl Keith Grimaldi Line-Typ [Mary]
  • Von BIO SmartBrief, einen Artikel über mit Genomik der Tuberkulose-Erreger, Kurse von Antibiotika zu bestimmen für den einzelnen Patienten in der Hoffnung, Erhöhung der Effektivität der Behandlungen & abnehmender Auftreten von Resistenzen gegen antimikrobielle Arzneimittel. Wie cool ist das? [Jennifer]
  • CSI Genomik: RT @ EricTopol: Erste “molekulare Autopsie” mit Sequenzierung ganzer Genome, um die Todesursache festzustellen http://bit.ly/ffzPBN [Mary]

Die Wahl eines Genom-Browser für Ihren Organismus…

Es gibt eine Reihe von Genom-Browser da draußen–haben wir abgedeckt, die eine Anzahl von Malen. Und es werden immer neue kommen zusammen. Mit dem Ansturm von Sequenzdaten wir sind dabei, von Hochdurchsatz-Sequenzierung zu bekommen, mehr und mehr Forschergruppen, Gemeinden, und Einzelpersonen gehen zu müssen, um ein Genom-Browser wählen, um ihre Daten anzuzeigen.

Einmal habe ich über die Ergebnisse der Umfrage für eine Gruppe gestoßen, dass die Wahl einer neuen Plattform, um ihre Gemeinschaft Datenanzeige wurde: MaizeGDB. In schrieb darüber dann weil ich dachte, es war interessant, und weil ich weiß, die Menschen konfrontiert sind diese ziemlich regelmäßig jetzt. Wir bekommen gefragt. Aber seit dieser Zeit haben sie fortgeschritten, umgesetzt, und sie schrieb ihre Erfahrungen. Es ist jetzt erschienen in Database.

Es ist eine ziemlich straighforward Papier. Sie beschreiben ihre Bedürfnisse und ihre Einschätzung der Ressourcen ihrer Gemeinde hatte und verwendet. Sie befragten wahrscheinlich Benutzer zu sehen, was sie wollten, und wie sie sich gefühlt über die Stücke, die bereits existierten. Ein Stück, das sie ausdrücklich darauf hingewiesen,–Auf die Frage,, viele Benutzer nicht sagen, dass sie verwendet Ensembl, aber die Ensembl Software war die Gründung einer der Gegenstände, die sie hat gesagt, sie verwendet. MaizeGDB schreibt:

Dieses Ergebnis zeigt, dass die Benutzer möglicherweise nicht bewusst sein, die zugrunde liegende Browser-Software, dass die verschiedenen Websites verwenden.

Ah, ja. Hier ist eine andere Sache, das zeigt,: Datenbank Endanwender sind definitiv nicht zu denken Browser-Software auf die gleiche Weise Datenbank-Entwickler sind. Und ich glaube nicht, dass Endbenutzer sind dumm. Sie wissen nur nicht über diese Dinge denke, die Art und Weise Software-Anbieter denken, sie tun. Wir halten versuchen zu sagen, diese Anbieter. Es ist nicht immer gut an.

Wie auch immer, bewegen sie sich auf, um die Kandidaten für die neue Umsetzung zu bewerten. Der Fokus auf Ensembl, GBrowse, Map Viewer, UCSC Genome Browser, und xGDB. Sie beschreiben den Rahmen, Möglichkeiten, und Grenzen der jeweils für ihre Zwecke. Ich denke, das ist ein schöner Blick auf die verschiedenen Optionen, die viele Menschen angesichts der Frage nützlich finden sollte. Darüber hinaus soll mit, dass es andere Browser, da haben, oder noch, mitkommen in die Zukunft, die in Betracht gezogen werden könnte, aber zu der Zeit waren die Schwerpunkte.

Sie gehen auf ihre Erfahrung in der Umsetzung beschreiben. Sie scheinen zufrieden mit ihm. Und sie markieren einen eines ihrer Lieblingsstücke, ein Locus Lookup-Tool, , dass sie ebenfalls hinzugefügt. Es klingt wie es serviert hat ihre Gemeinschaft wirklich schön.

Dies ist ein sehr nützliches Papier für die Menschen auf dem Markt für die Genom-Browser. Es ist nicht für jedermann, sicher. Nun, zumindest noch nicht. Aber dein Tag wird kommen. Du wirst einen Browser müssen irgendwann….

Sie können sich über ihre GBrowse Umsetzung auf: http://gbrowse.maizegdb.org/

Und wenn Sie daran interessiert sind, können Sie unseren kostenlosen GBrowse Training Suite finden Sie hier: http://www.openhelix.com/gbrowse

Referenzen:
Seine, T., Harper, L., Schaeffer, M., Andorf, C., Seigfried, T., Campbell, D., & Lawrence, C. (2010). Die Wahl eines Genom-Browser für ein Modell Organism Database: Vermessung der Mais-Community Database, 2010 DOI: 10.1093/database/baq007

Andorf, C., Lawrence, C., Harper, L., Schaeffer, M., Campbell, D., & Seine, T. (2010). Der Locus Lookup-Tool bei MaizeGDB: Identifizierung von genomischen Regionen in Mais durch die Integration von Sequenz-Informationen mit physikalischen und genetischen Karten Bioinformatik, 26 (3), 434-436 DOI: 10.1093/bioinformatics/btp556

EDIT: hinzugefügt Links zu ein paar ältere Blog-Beiträge, sollte hatte sie in zuvor….

Glücklich Memorial Day (und Gartenarbeit) Sie an diesem Wochenende!

Sommer nähert sich und ich bin so gespannt auf einen schönen langen Memorial Day-Wochenende mit Outdoor cookouts und viel Zeit für die Gartenarbeit. Diejenigen von uns, dass Neuengländer ausgehalten haben eine lange, harten Winter wirklich natürliche Viagra alteratives schätzen unsere Winterschlaf und verbringt viel Zeit draußen im Frühjahr endet und Sommer. Der Garten ist einer meiner Lieblings-Aktivitäten, und in diesem Bereich sind wir dringend empfohlen, bis Memorial Day warten, bis die Mehrheit unserer Pflanzung tun. Doch nach Anhörung, dass einer meiner Kollegen war gerade unten mit Poison Ivy, Ich begann mich zu fragen, warum diese Pflanzen so oft in der Weise des Genießens unserer kurzen Saison von Outdoor-Leben erhalten.

Poison Ivy, Eichen und Sumach haben immer eine sehr ärgerliche Teil des Erwachsenwerdens in New England. Sie sind Pflanzen, die ich nie hatte auch viele schöne Gedanken. Doch, Ich habe nie wirklich wusste viel über sie überhaupt – andere als die juckende, irritierend roter Hautausschlag verursachen sie – dh. Ich beschloss, ein wenig zu graben wollen,, Begründung, dass sie einige erlösenden, oder zumindest interessant, biologischen Eigenschaften. Nach allen, es scheint, dass sie nur Schutz gegen uns alle Pflanzenfresser. Sie können nicht genau laufen weg von uns, so haben sie uns in Schach zu halten, wie einige. Ihr Abwehrmechanismus scheint tatsächlich sehr clever.

Eine schnelle Überprüfung in Wikipedia ergab, dass Poison Ivy ist ein Mitglied der Anacardiaceae Familie von Blütenpflanzen. Zu meiner Überraschung Cashew und Pistazien Pflanzen sind auch Mitglieder derselben Familie. Offenbar nicht alle Mitglieder dieser Pflanzenfamilie sind Hautreizstoffe mindestens! Die Reaktion, die Sie von Poison Ivy ist darauf zurückzuführen, mit urushiol Kontakt, ein sehr starkes Öl gefunden in der SAP-. In der Tat, nur etwa 1 Nanogramm ist notwendig, um einen Hautausschlag verursachen (so wenig wie ¼ Unze soll notwendig sein, einen Ausschlag auf jeder Mensch auf der Erde verursachen). Der Ausschlag, oder Toxicodendron Dermatitis, ist ein Ergebnis des Immunsystems verzögerte Überempfindlichkeit Reaktion - also, Die Reaktion kann Stunden oder Tage dauern zu entwickeln. Interessanterweise, über 20% der Bevölkerung ist nicht allergisch auf urushiol. Sie können durch Poison Ivy unbegrenzt wandern und haben keine Probleme (die genetischen Variationen, die für diese Anlage sind sicher ein interessantes Thema für die künftige Arbeit in der Genomik und Immunologie Felder werden). Eine weitere überraschende Tatsache war, dass viele Tiere haben keine Art der allergischen Reaktion auf urushiol. Hirsch, Ziegen, Pferde und Rinder sind mit diesen giftigen Pflanzen Geldbuße. In der Tat, eine der vorgeschlagenen Möglichkeiten Gift loszuwerden Efeu ist eine Ziege erhalten. Dies scheint eine sehr interessante Genetik der Immunität Problem sein - wie und warum einige Tiere schaffen es nicht nur zu umgehen, diese Pflanzen, sondern leben von ihnen. Als vollständiger Genome sind die Gene aufgelöst, SNPs, oder genetische Variationen im Allgemeinen, werden aufgedeckt und wir sollten alle aufgeklärt werden.

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Tipp der Woche: Sol Genomics Network

sol_genomics_networkAbgesehen von einem kurzen Zwischenspiel bei der Sitzung ASHG, wo es ist alles über das menschliche Genom mit einer smidge Aufmerksamkeit auf die Mikroben, die rumhängen mit uns, Ich bin wieder da und ich bin auf pflanzlichen Rohstoffen mit Schwerpunkt erneut. Kürzlich begann ich zu erforschen die Sol Genomics Network Site, und das wird der Schwerpunkt dieser Tipp der Woche werden.

Sol Genomics Network konzentriert sich auf “Solanaceae als Modellsystem für Vielfalt” wie sie sich selbst beschreiben. Und sie wollen Genotypen zu Phänotypen Verknüpfung für eine Sammlung von Pflanzenarten. Aktuelle Informationen über die Art an diesem Standort gefunden gehören: Tomate, Kartoffel, Aubergine, Pfeffer, Petunie, Tabak, und Kaffee. Nicht alle von ihnen haben Browsern finden Sie hier, aber es gibt einige Karten für mehrere, und es gibt Links zu anderen Quellen, die weitere Informationen über die Projekte vor, kann, Klon Sammlungen, und weitere Details. Sie sind auch die Entwicklung einer Züchter Toolbox und sie würde gerne ein Feedback auf die Bedürfnisse der Gemeinde auf, dass die.

Wir werfen einen Blick auf ihre Tomaten-Browser heute, die in GBrowse umgesetzt, der Generic Genome Browser aus dem GMOD Projekt Tool-Kit, dass so viele Arten und Datentypen unterstützt–und wenn Sie möchten etwas Hilfe Hilfe GBrowse sollten Sie unsere frei verfügbaren Tutorials auf, dass.

Die Website auch eine Reihe von Outreach-Aktivitäten für Studenten auf unterschiedlichen Ebenen–einschließlich eines Praktikums für die High-School-Ebene, ein Wort finden Puzzle für Kinder und Jugendliche mit dieser Arten (Wir möchten hier Puzzles), und den Spaß und die interaktive animierte Serie mit einer Sequenzierung Puzzlespiel, in dem Sie erzeugen eine kleine Versammlung mit einigen Probe BAC-Fragmente (ok, sie sind wirklich klein BACs, aber Sie erhalten den Punkt). Ich kenne eine Menge von, ah, Ältere Wissenschaftler, die stehen mit dem Konzept der Montagearbeiten können sich auf grok, die ein bisschen besser, tatsächlich….

Direkt zur Montage BAC-Sequenzierung Puzzle hier, wenn Sie keine Zeit haben für die ganze Tipp der Woche: http://bti.cornell.edu/multimedia/puzzleComplete.html

Sol Genomics Network Standort direkt: http://solgenomics.net/

Mehr Solanaceae Ressourcen: http://solanaceae.plantbiology.msu.edu/

Pflanzen auf ScienceBlogs! Woot!

arabidopsisIch genieße das Lesen ScienceBlogs. Es sind hochwertige Wissenschaft Kommunikatoren drüben. Und ich bekomme den aktuellen Sachen in meinem Bereich lesen, und es ist ein schöner Ort, um einige der anderen Felder zu lesen–mit einem niedrigeren Barriere für die Einreise als zu versuchen, Physik Zeitung lesen, zum Beispiel.

Aber eine Sache, dachte ich fehlte, war die Vertretung der Pflanzenwissenschaften. Also schrieb ich ihnen eine Weile zurück Anfordern eines Plant Science Blog. Jetzt, Ich sage nicht, dass Zünglein an der Waage, aber ich habe keine Angst, für Sachen, die ich möchte fragen, :) Und jetzt gibt es eine.

Pam Ronald–deren Arbeit ich habe geschrieben etwa vor–ist heute einer der SciBlings! Ich bin nur gekitzelt. Ihr Blog: Tomorrow's Table, ist da drüben bewegt. Es ist noch früh, Sie kann nicht scheinen, um dorthin zu gelangen von der Titelseite noch ScienceBlogs. Aber Sie wissen, wie den Übergang zu einer neuen Stelle geht….Wenn Sie etwas von ihrer Arbeit als Einführung zu sehen, Sie können das Gespräch auf sie gab The Long Now kürzlich.

Ich erfuhr dies aus Biofortified, ein weiterer großartiger Ort für Pflanzenwissenschaften Blogging. Ich habe auch gelesen Gen-Mais regelmäßig. Und jeden Tag lese ich agro.biodiver.se. Überprüfen Sie sie heraus, wenn Sie ein Fan von Plant Science werden.