Tag Archives: genomica personale

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Venerdì SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, pecora, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, anche se, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


SNPpets_2Benvenuto nella nostra raccolta di link caratteristica Venerdì: SNPpets. Durante la settimana abbiamo incontrato un sacco di link e legge che riteniamo interessanti, ma non ce la fanno ad un post del blog. Eccoli per il vostro divertimento…


And why I want gene drive mosquitoes:

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Venerdì SNPpets

Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–potresti,,en,fino alla fine del concorso,,en,Ci sono nuove risorse in SNPpets di questa settimana che sono sicuramente discendenti di GenBank,,en,altro tit-for-tat sulla privacy carta problema dramma Venter,,en,Una storia molto personale genoma da un ricercatore del genoma personale,,en,Ti fa pensare circa le questioni di politica in modo nuovo,,en,politica in materia di modifica del gene nelle piante,,en,La prima specie ad avere ogni membri,,en,Gene counts tramite RNA-Seq in una nuova risorsa,,en,e un nuovo repository gene del cancro,,en,C'mon persone,,en,cerchiamo di far sapere al mondo quanto amiamo GenBank,,en,e il resto,,en,Continua a votare,,en,Pure,,en,Può essere una Rockstar Medical Librarian,,en,@ lwu5,,xh,E 'acceso,,en,governo olandese ha il buon senso,,en,presenta l'iniziativa per il trattamento di piante pragmatica genoma modificato,,en,pic.twitter.com/5FdfDvlFim,,en vote for GenBank every day until the end of the competition. Su altri fronti,,en,c'è grande supporto sull'articolo DNA nuova identificazione di Venter,,en,ma c'è anche significativo ritorno di fiamma su quella,,en,Una serie di tweet in là arriva a quel,,en,Altrimenti,,en,più delle altre cose interessanti nel campo della genomica intorno agli strumenti disponibili e in giro altre specie,,en,Felice di annunciare che il nostro strumento di progettazione schermo CRISPR pool,,en,GUIDE,,en,è ora pubblicato,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,genomica di ibridazione e la storia speciazione con introgression misurati attraverso genomi di tutte le oche,,en,ornitologia,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identificazione dei singoli da trait predizione utilizzando intero genoma,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,In realtà sono un autore su questo documento ed è stato uno dei motivi per cui ho lasciato HLI,,en, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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Venerdì SNPpets

Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–si può vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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Questa settimana ho lasciato il,,en,chiamare all'azione,,en,twittare in cima,,en,si può votare per GenBank tutti i giorni nel mese di agosto,,en,Il taglio è in arrivo,,en,Quindi, andare votare di nuovo,,en,In altro,,en,In altre notizie di questa settimana,,en,una storia di dati di grandi dimensioni per la valutazione della biodiversità attraverso il tempo e lo spazio,,en,E una grande foto,,en,Whole-sequenziamento del genoma nelle cure primarie,,en “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Primo, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli dati, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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Questa settimana era gustosissima,,en,Apple ha epigenoma e una nuova assemblea di mais,,en,le tue pic-nic estivi dell'emisfero settentrionale,,en,protisti marini per voi di pensare durante le vostre passeggiate sulla spiaggia,,en,Il ritorno del Venn,,en,e una guida a trame PCA,,en,Un insieme molto cool di complessi proteici umani,,en,strumenti Synbio,,en,Il mio preferito di questa settimana,,en,era il sequenziamento delle diverse parti di un,,en,albero anno vecchia quercia,,en,Questa è una grande idea,,en,"Dare a qualcuno un programma,,en,li vanificare per un giorno,,en,insegnare loro come programmare,,en,li vanificare per tutta la vita.,,en,David Leinweber,,en,Programmazione Sapienza,,en,@CodeWisdom,,cy,Il nostro lavoro sul genoma mela e epigenome viene finalmente pubblicato,,en,@bionanogenomics,,en,pic.twitter.com/FcLyEYbL0A,,en,Etienne Bucher,,fr,"Graphtyper,,en,genotipizzazione Popolazione scala utilizzando i grafici pangenome,,en,Josh Penalba,,en,@JoshPenalba,,id,tUTORIAL,,en,"Come disegnare un diagramma di Venn in R,,en,Adem Bilic che,,tr. Apple epigenome and a new corn assembly, in time for your northern hemisphere summer picnics. Marine protists for you to think about during your walks on the beach. The return of the Venn, and a guide to PCA plots. A very cool set of human protein complexes. Synbio tools.

My favorite this week, anche se, was the sequencing of different parts of a 200+ year old oak tree. That is a cool idea.


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https://twitter.com/CSHL/status/874282809761910784

https://twitter.com/nekton4plankton/status/874357230866317313

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Suggerimento Video della Settimana: Direct to Consumer Genetic Testing and Genetic Counselling

A OpenHelix, we remember the days when people didn’t even barely have documentation with their software when they put it out (yah, So, it still varies). But outreach really is getting better. There are journals now that are also enforcing more reader-friendly ways to describe the research, with non-jargon summaries and some terrific visual aids.

Sempre, there are also videos associated with papers. I just came across this one, and thought it was a nice example of an important issue for non-scientists to access.

So this looks at direct-to-consumer (DTC) services available in Europe, but some of the same ones are available in the US. Naturalmente, negli USA, as we muck around with health care again and what is/is not a pre-existing condition, the advice might be different. Sospiro.

Hat punta:

Riferimento:

Middleton, A., Mendes, Á., Benzoino, C. M., & Howard, H. C. (2017). Direct-to-consumer genetic testing: where and how does genetic counseling fit?. Medicina Personalizzata, (14:3) , Pagine 249-257 , DOI 10.2217/pme-2017-0001.

 

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Venerdì SNPpets

This week’s SNPpets include items just posted to bioRxiv–which is lately where I see all the really intriguing tools. Including the awesomely-named “Clusterflock”. In a popular related item, someone responds to the Biostar domanda, “why are there errors in bioinformatics software?”. We have bat and bean genomics. And conch and lobster DNA. There’s at least 2 efforts to coordinate/wrangle human public genomes. E più.


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This week’s SNPpets include a popular slide deck that illustrates roads that go to bioinformatics; questions of what to do with your own genome data (assuming you aren’t a PhD in bioinformatics); fast identification of bacterial strains with StrainSeeker; and the epigenomic landscape of prokaryotes; the ancestors of cultivated peanuts sequenced; a cancer tool with proteomics coactivation pairs; very cool detailed visualization of tissue-level data that offers new insights; and microbiomes abound.


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This week’s SNPpets include quite a range of things. New species genomes projects (pineapple is out, bauhinia being crowdfunded). I dare you to resist a tool called “Time Curves“. The pre-print on over 60k protein coding human variations. Updates via FlyBase and discussed for QIIME. Best quip of the week: You can buy a DNA test on Amazon and it costs less than the textbook about it. A couple of items on bioinformatics pain. Some new solutions. E più….


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Venerdì SNPpets

This week’s SNPpets include a lot of back-and-forth on the artist formerly known as personal genomics (now personalized medicine). We got the EU mucking up access, we have privacy issues unearthed, we have the cost of variant calling–and the uncounted cost of other analyses. But we also have the importance of genome sharing. There’s a follow-up story on the kid who was the “first child saved by genome sequencing”. Also some cool research on “essential” geni umani. New databases or updates, as usual (dbGaP is one I need to go deeper on). E più….


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