Archivo de la etiqueta: la genómica personal

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Viernes SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomas, biosecurity, oveja, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, aunque, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


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And why I want gene drive mosquitoes:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, hay grandes medios de comunicación sobre el artículo ADN reidentificación de Venter,,en,pero también hay retroceso significativo en ese,,en,Una serie de tweets allí llega a ese,,en,De otra manera,,en,más de las otras cosas interesantes en la genómica en torno a las herramientas disponibles y alrededor de otras especies,,en,Feliz de anunciar que nuestra herramienta de diseño de la pantalla de CRISPR agrupada,,en,GUÍAS,,en,Ahora se publica,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,genómica hibridación y la historia especiación con introgresión medidas a través de los genomas de todos los gansos,,en,ornitología,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identificación de individuos por predicción rasgo utilizando todo el genoma,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,En realidad soy un autor en este documento y que era una de las razones por las que dejé HLI,,en–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, more of the other cool things in genomics around the tools available and around other species.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–puede vote for GenBank every day in August. And I know it’s September now, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Primero, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli datos, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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Esta semana fue muy rico,,en,epigenoma de manzana y un conjunto de maíz nuevo,,en,a tiempo para sus picnics de verano del hemisferio norte,,en,protistas marinos para que usted pueda pensar durante sus paseos en la playa,,en,El retorno de la Venn,,en,y una guía de parcelas PCA,,en,Un conjunto muy fresco de complejos de proteínas humanas,,en,herramientas de biología sintética,,en,Mi favorito esta semana,,en,fue la secuenciación de diferentes partes de una,,en,viejo roble años,,en,Esa es una idea genial,,en,"Dar a alguien un programa,,en,se les frustra por un día,,en,enseñarles a programar,,en,se les frustra para toda la vida.,,en,David Leinweber,,en,La sabiduría de programación,,en,@CodeWisdom,,cy,Nuestro trabajo en el genoma de la manzana y el epigenoma se publicó finalmente,,en,@bionanogenomics,,en,pic.twitter.com/FcLyEYbL0A,,en,Etienne Bucher,,fr,"Graphtyper,,en,Población genotipado a gran escala utilizando gráficos pangenoma,,en,Josh Penalba,,en,@JoshPenalba,,id,tutorial rápido,,en,"Cómo dibujar un diagrama de Venn en I,,en,Adem Bilic que,,tr. Apple epigenome and a new corn assembly, in time for your northern hemisphere summer picnics. Marine protists for you to think about during your walks on the beach. The return of the Venn, and a guide to PCA plots. A very cool set of human protein complexes. Synbio tools.

My favorite this week, aunque, was the sequencing of different parts of a 200+ year old oak tree. That is a cool idea.


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https://twitter.com/CSHL/status/874282809761910784

https://twitter.com/nekton4plankton/status/874357230866317313

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Vídeo Consejo de la semana: Direct to Consumer Genetic Testing and Genetic Counselling

En OpenHelix, nos recuerda los días en que la gente ni siquiera apenas tienen documentación con su software cuando se ponen hacia fuera,en (yah, Sé que, it still varies). But outreach really is getting better. There are journals now that are also enforcing more reader-friendly ways to describe the research, with non-jargon summaries and some terrific visual aids.

Cada vez más, there are also videos associated with papers. I just came across this one, and thought it was a nice example of an important issue for non-scientists to access.

So this looks at direct-to-consumer (DTC) services available in Europe, but some of the same ones are available in the US. Por supuesto, en los EE.UU., as we muck around with health care again and what is/is not a pre-existing condition, the advice might be different. Suspiro.

Sombrero de punta:

De referencia:

Middleton, A., Mendes, Á., Benjamín, C. M., & Howard, H. C. (2017). Direct-to-consumer genetic testing: where and how does genetic counseling fit?. Medicina Personalizada, (14:3) , Páginas 249-257 , DOI 10.2217/pme-2017-0001.

 

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This week’s SNPpets include items just posted to bioRxiv–which is lately where I see all the really intriguing tools. Including the awesomely-named “Clusterflock”. In a popular related item, someone responds to the Biostar pregunta, “why are there errors in bioinformatics software?”. We have bat and bean genomics. And conch and lobster DNA. There’s at least 2 efforts to coordinate/wrangle human public genomes. Y más.


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This week’s SNPpets include a popular slide deck that illustrates roads that go to bioinformatics; questions of what to do with your own genome data (assuming you aren’t a PhD in bioinformatics); fast identification of bacterial strains with StrainSeeker; and the epigenomic landscape of prokaryotes; the ancestors of cultivated peanuts sequenced; a cancer tool with proteomics coactivation pairs; very cool detailed visualization of tissue-level data that offers new insights; and microbiomes abound.


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This week’s SNPpets include quite a range of things. New species genomes projects (pineapple is out, bauhinia being crowdfunded). I dare you to resist a tool called “Time Curves“. The pre-print on over 60k protein coding human variations. Updates via FlyBase and discussed for QIIME. Best quip of the week: You can buy a DNA test on Amazon and it costs less than the textbook about it. A couple of items on bioinformatics pain. Some new solutions. Y más….


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This week’s SNPpets include a lot of back-and-forth on the artist formerly known as personal genomics (now personalized medicine). We got the EU mucking up access, we have privacy issues unearthed, we have the cost of variant calling–and the uncounted cost of other analyses. But we also have the importance of genome sharing. There’s a follow-up story on the kid who was the “first child saved by genome sequencing”. Also some cool research on “essential” genes humanos. New databases or updates, as usual (dbGaP is one I need to go deeper on). Y más….


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