Tag Archives: persönlichen Genomik

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Freitag SNPpets

This week we’ve got DNA in the gig economy and for sports fans (?), new software resources for virus and lipids, a handy collection of cancer genomics papers, microbiomes, biosecurity, Schaf, pearl millet, and de-extinction. My favorite read this week, obwohl, was the mosquito and gene drive review paper. I am so on board to gene-drive those things….


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


And why I want gene drive mosquitoes:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you could vote for GenBank every day until the end of the competition. On other fronts, there’s big media on Venter’s DNA re-identification article–but there’s also significant blowback on that. A series of tweets in there gets to that. Otherwise, mehr der anderen coolen Sachen in der Genomik um die Werkzeuge zur Verfügung, und um andere Arten,,en,Glücklich, dass unsere gepoolt CRISPR Screen-Design-Tool ankündigen,,en,GUIDES,,en,ist erschienen,,en,pic.twitter.com/q3AYw9gTUW,,en,Neville Sanjana,,en,@nevillesanjana,,en,twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944,,en,Hybridization Genomik und Speziation Geschichte mit Einkreuzungen über Genome aller Gänse gemessen,,en,Vogelkunde,,en,pic.twitter.com/cxDPXg1ZAe,,en,Ornithomics,,en,@ornithomics,,en,Identifizierung von Personen durch Merkmal Vorhersage unter Verwendung des gesamten Genoms,,en,pic.twitter.com/JCKesjsAC2,,en,TeselaGen Biotech,,en,Ich bin eigentlich ein Autor auf diesem Papier und es war einer der Gründe, warum ich HLI links,,en,‚S hier Ziel war es, Informationen zu teilen zu verhindern,,en,Jason Piper,,en,@piper_jason,,en,Preprints Umformung Biologie Verlags,,en,Papier in PNAS bei,,en,entlarvt durch,,en,in bioRxiv vor,,en,twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136,,en.


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https://twitter.com/david_a_knowles/status/905203427931602944

https://twitter.com/clairemcwhite/status/905445932094939136

 

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This week I left the “call to action” tweet at the top–Sie können vote for GenBank every day in August. Und ich weiß, es September ist jetzt,,en,aber ich wollte gehen und,,en,aber ich wollte gehen und überprüfen,,en,und sie schafften es in die letzten vier,,en,So geht Stimme für GenBank einig mehr,,en,Gleicher Link funktioniert gut,,en,Andere Dinge in dieser Woche,,en,NYTimes zeigt,,en, but I wanted to go and check–and they made it to the final four! So go vote for GenBank some more. Same link works fine. Other things this week: NYTimes shows more stories of people whose recreational genomics endeavors reveal family secrets. One of them is what’s in the reference genome? I don’t think the answer came up completely clearly, but it reminds me I want to look into that again. The breakthrough cancer diagnostics kit is approved. The girlfriend meme. And one more example of how far ahead agriculture is on genomics.


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This seems to be the answer:

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This week I left the “call to action” tweet at the top–you can vote for GenBank every day. But the other tweets are new this week. Erste, don’t fall for the fake grant scam. A catalog of museum samples (I love the data from sequencing projects using those), genotyping arrays vs. sequencing debate and a lot of new data that’s been released, fungi and E. coli Daten, a terrible DNA joke, and a terrible use of DNA testing to see how white a White Nationalist is.


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https://twitter.com/surt_lab/status/897187105495019520

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This week was yummy. Apple epigenome and a new corn assembly, in time for your northern hemisphere summer picnics. Marine protists for you to think about during your walks on the beach. The return of the Venn, and a guide to PCA plots. A very cool set of human protein complexes. Synbio tools.

My favorite this week, obwohl, was the sequencing of different parts of a 200+ year old oak tree. That is a cool idea.


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https://twitter.com/CSHL/status/874282809761910784

https://twitter.com/nekton4plankton/status/874357230866317313

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Video Tipp der Woche: Direct to Consumer Genetic Testing and Genetic Counselling

Am OpenHelix, we remember the days when people didn’t even barely have documentation with their software when they put it out (yah, Ich weiß,, it still varies). But outreach really is getting better. There are journals now that are also enforcing more reader-friendly ways to describe the research, with non-jargon summaries and some terrific visual aids.

Zunehmend, there are also videos associated with papers. I just came across this one, and thought it was a nice example of an important issue for non-scientists to access.

So this looks at direct-to-consumer (DTC) services available in Europe, but some of the same ones are available in the US. Natürlich, in den USA, as we muck around with health care again and what is/is not a pre-existing condition, the advice might be different. Seufzer.

Hat tip:

Referenz:

Middleton, A., Mendes, Á., Benjamin, C. M., & Howard, H. C. (2017). Direct-to-consumer genetic testing: where and how does genetic counseling fit?. Personalisierte Medizin, (14:3) , Seiten 249-257 , DOI 10.2217/pme-2017-0001.

 

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This week’s SNPpets include items just posted to bioRxiv–which is lately where I see all the really intriguing tools. Including the awesomely-named “Clusterflock”. In a popular related item, someone responds to the Biostar Frage, “why are there errors in bioinformatics software?”. We have bat and bean genomics. And conch and lobster DNA. There’s at least 2 efforts to coordinate/wrangle human public genomes. Und mehr.


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This week’s SNPpets include a popular slide deck that illustrates roads that go to bioinformatics; questions of what to do with your own genome data (assuming you aren’t a PhD in bioinformatics); fast identification of bacterial strains with StrainSeeker; and the epigenomic landscape of prokaryotes; the ancestors of cultivated peanuts sequenced; a cancer tool with proteomics coactivation pairs; very cool detailed visualization of tissue-level data that offers new insights; and microbiomes abound.


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This week’s SNPpets include quite a range of things. New species genomes projects (pineapple is out, bauhinia being crowdfunded). I dare you to resist a tool called “Time Curves“. The pre-print on over 60k protein coding human variations. Updates via FlyBase und diskutiert QIIME. Best quip of the week: Sie können einen DNA-Test auf Amazon zu kaufen und es weniger als das Lehrbuch kostet es. Ein paar Punkte auf Bioinformatik Schmerzen. Einige neue Lösungen. Und mehr….


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This week’s SNPpets include a lot of back-and-forth on the artist formerly known as personal genomics (now personalized medicine). We got the EU mucking up access, we have privacy issues unearthed, we have the cost of variant calling–and the uncounted cost of other analyses. But we also have the importance of genome sharing. There’s a follow-up story on the kid who was the “first child saved by genome sequencing”. Also some cool research on “essential” menschliche Gene. New databases or updates, as usual (dbGaP is one I need to go deeper on). Und mehr….


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