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RCSB HVE und OpenHelix kündigen eine aktualisierte Free Tutorial und Schulungsmaterialien

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Änderungen und Verbesserungen auf dem RCSB PDB site, und beinhaltet eine kommentierte Online-Tutorial, PowerPoint-Folien, Handouts, und Übungen.

Bellevue, WA (PRWEB) April 12, 2011

Die Forschung Collaboratory für Strukturbiologie (RCSB) Protein Data Bank (BIP) hat mit OpenHelix zusammengetan, um eine überarbeitete und aktualisierte Anleitung bieten (http://www.openhelix.com/PDB) an seinem freien Web-basierte Ressourcen für das Studium biologischer Makromoleküle (http://www.pdb.org).

Die RCSB PDB bietet eine Vielzahl von Tools und Ressourcen zu nutzen, um biologische Makromoleküle Studie. Die PDB ist die einzige weltweit Repository von experimentell bestimmten 3D-biologischen Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und komplexen Baugruppen. Als Mitglied des Worldwide PDB Zusammenarbeit (wwpdb.org), die RCSB PDB kuratiert und kommentiert PDB-Daten, und stellt grundlegende und erweiterte Suche, Anzeige-und Visualisierungs-Methoden Zugang zu diesen Daten.

Das neue Tutorial spiegelt die vielen Änderungen und Verbesserungen auf dem RCSB PDB site, einschließlich eines neuen Daten Drill-Down-und Daten-Zusammenfassung Feature, aktualisiert Ligand-Features wie eine Download-Seite, Bilder und Bindungsaffinität Daten, neuen Report-Typen und Visualisierungsmöglichkeiten, unter vielen anderen.

Das neue Schulungsunterlagen (bei http://www.openhelix.com/pdb) gehören ein Online-Tutorial, das zeigt, erzählt: Grund-und erweiterte Suche, wie man Berichte, die verschiedenen Optionen für die Erkundung einzelnen Strukturen, und viele der Forschungs-und Bildungseinrichtungen Ressourcen und Tools erhältlich unter der RCSB PDB. Die rund 60-minütige Tutorial, die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler.

Zusätzlich zu den Tutorials, RCSB PDB Benutzer können auch auf nützliche Trainings-und Unterrichtsmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Grundlage für das Lernprogramm verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

Benutzer können das Tutorial und laden Sie die kostenlose Materialien http://www.openhelix.com/pdb.

Über die RCSB PDB
Die RCSB Protein Data Bank (http://www.pdb.org), verwaltet von der Forschung Collaboratory für Structural Bioinformatics (RCSB), unterstützt die wissenschaftliche Forschung und Ausbildung weltweit ein und bietet eine wesentliche Ressource von Informationen über biomolekularen Strukturen. Diese Moleküle des Lebens sind in allen Organismen zu finden, von Bakterien und Pflanzen, Tiere und Menschen.

Die RCSB PDB Mitglied Institutionen gemeinsam zu verwalten das Projekt: Rutgers, Die State University of New Jersey und San Diego Supercomputer Center und die Skaggs School of Pharmacy und Pharmazeutische Wissenschaften an der University of California, San Diego.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (http://www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die OpenHelix Search Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, die wichtigsten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Budget-und Personalressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der wichtigsten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Proteinstrukturanalyse – How Far We've Come!

Das Team hier bei OpenHelix hat vor kurzem unsere gesponsert Tutorials auf zwei ausgezeichnete Strukturbiologie Ressourcen aktualisiert, der RCSB Protein Data Bank (PBD) und die PSI-Nature Structural Biology Knowledgebase (PSI SBKB). Da die Tutorien von diesen Ressourcen sind gesponsert sie sind frei für jedermann zu sehen und in full download. Sie können unsere Schulungsunterlagen für die Ressourcen in unserem Zugriff RCSB PDB Zielseite, oder unsere PSI SBKB Zielseite. Ich bin sehr glücklich mit beiden Tutorial-Suiten, also bitte check them out.

Als meine persönliche Feier für diese Releases Ich lese eine Vielzahl von Artikeln, welche die Tragweite, wie weit unsere Fähigkeiten, Proteinstrukturen zu analysieren gekommen. Der erste Artikel ist eine, die mir Mary wies auf eine Weile zurück, die beschreibt die Kindheit der Bioinformatik, berechtigt “Die Wurzeln der Bioinformatik in Proteinevolution” von RF Doolittle (nachstehend genannten, wie alle erwähnten Artikel). In diesem wunderbaren Perspektive Dr. Doolittle beschreibt eine Zeit, in der DNA-Sequenzierung wurde unvorstellbar und Protein-Sequenzierung wurde aufwendig, langsam, und doch so neu, dass jeden Tag voller Spannung wurde als eine weitere Aminosäure identifiziert wurde. Es ist eine aufschlussreiche Einblicke in ein Forschungs-Ära vorbei gegangen – Doolittle zu finden sind, “Wissenschaft als ein Versuch lebt von Veralterung.” – und nennt die Beiträge von Margaret Dayhoff, die Mary hat gebloggt.

Die nächste historische Artikel, den ich las, war berechtigt “The Early Years von retroviralen Protease Kristallstrukturen” von M Miller (frei verfügbar PMC). Wie man aus dem Titel zu sagen, Dies umfasst eine Zeit, jüngeren Datums als der Doolittle Artikel, wenn Proteinkristallisation Studien wurden mögliche. Dr. Miller zeichnet die Röntgenstrukturanalyse Studien von retroviralen Proteasen an der NCI-Fredrick in den späten 1980′s und Anfang 1990′mit, und sie beschreibt, wie die chemische Synthese von HIV1-PR entscheidend für den Erhalt ausreichend Protein für die Kristallisation wurde und wie die Kristallstruktur der es (hinterlegt in den PDB-Archiv und damit frei verfügbar für alle Wissenschaftler zu studieren) war von unschätzbarem Wert für das Design von Inhibitoren der HIV-1-PR als Anti-Aids-Medikamente.

Ich habe auch perusing neueren Arbeiten, wie Protein-Strukturen lassen sich biologische Untersuchungen zu unterstützen Highlight. Dazu gehören: “Struktur der Säuger-AMPK und seine Regulierung durch ADP“, “Bioinformatischen Analyse von ungeordneten Proteinen in Prokaryoten“, “Kristallstruktur von Inhibitor der kappaB Kinase β” und andere. Es wäre auch lustig zu besuchen “Die 25. Jahrestagung der Gruppen Untersuchung der Strukturen der AIDS-Related-Systeme und deren Anwendung auf gezielte Drug Design” Um mehr zu erfahren, aber leider werde ich nicht in das Gebiet zum Zeitpunkt des Treffens. Wie ich schon geschrieben, Ich bin ein Genetiker durch Bildung. Für mich sehen die Entwicklung von Protein-Studien (durch die historischen Bewertungen) und die Studien derzeit auftretenden auf dem Gebiet der Strukturbiologie, kombiniert mit dem erstaunlichen verfügbaren Angeboten frei durch die beiden RCSB HVE und die PSI SBKB wirklich wie eine angemessene fühlen, und angenehm, Fest für die Fertigstellung unserer Tutorial-Updates. Lassen Sie mich wissen, was Sie über sie nachdenken, wenn Sie eine Chance bekommen! :)

Aktualisiert frei verfügbar sponsored Tutorials; Film, Folien, Übungen zur Verwendung:

Referenzen:

  • Berman, H. (2000). Die Protein Data Bank Nucleic Acids Research, 28 (1), 235-242 DOI: 10.1093/nar/28.1.235
  • Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790
  • Doolittle, R. (2010). Die Wurzeln der Bioinformatik in Proteinevolution PLoS Computational Biology, 6 (7) DOI: 10.1371/journal.pcbi.1000875
  • Miller, M. (2010). Die frühen Jahre der retroviralen Protease Kristallstrukturen Biopolymere, 94 (4), 521-529 DOI: 10.1002/bip.21387

Tipp der Woche: RCSB PDB Data Distribution Zusammenfassungen


In der heutigen Spitze werde ich Merkmal der Verteilung der Daten Zusammenfassungen und ihren Drill-Down-Funktionen, die Sie von vielen sehen können RCSB HVE Suchen. Wir sind in den Prozess der Aktualisierung unserer vollen Tutorial durch die RCSB HVE-Team gesponsert, und als Teil dieser Anstrengung, die ich kennen gelernt und schätzen diese neue Darstellung der Daten-Format haben. In den letzten fünf Jahren ist die RCSB PDB hat wirklich hart gearbeitet, bei der Neugestaltung der Ressource leichter durch eine Vielzahl von Benutzern zugänglich. Nachfolgend finden Sie eine aktuelle Zitat aus der Gruppe erklärt, alle ihre Updates und die Logik dahinter. Das Papier ist ein gutes Buch, weil ich nicht haben Zeit, etwas anderes als an der Oberfläche kratzen der Neugestaltung tun & Sie werden die Details dorthin zu gelangen, sondern auch, weil das Intro gibt auch einen großen Einblick in das, was Ressourcen zu tun haben in der Art von 'Datenflut'. Der Zuwachs an Benutzern und Daten, die RCSB PDB hat sich in den letzten Jahren erlebt ist umwerfend!

OK, zurück zu den Daten-Distributionen. Für mich ist diese sind wirklich elegantere Wege zu helfen, jedem Benutzer – PDB ist keineswegs nur für Strukturbiologen – gekommen, um die RCSB PDB & schnell und einfach Zugriff auf ganze Kategorien von interessanten Informationen und dann einen Drilldown in detaillierte Möglichkeiten, um die spezifische Struktur oder Daten zugreifen, die sie am meisten interessiert sind. Zum Beispiel, Ich konnte mit einer Suche nach dem Begriff etwas so allgemein wie "Kinase" beginnen. Diese Suche ruft über 4 Tausend Zugriffe, die könnte ziemlich entmutigend, aber an der Spitze der Ergebnisse des Berichts werden unter Kategorien wie Organism angezeigt, Taxonomy, Experimentelle Methode, SCOP Klassifizierung und mehr. Unterkategorien unter jeder dieser Kategorien lässt mich wissen, wie viele Treffer, zum Beispiel sind eine gemischte Polymer-Typ, sind menschliche hits, oder alpha-und beta-Proteine. Ich kann mit der Maus über eine Unterkategorie Titel, um herauszufinden, der prozentuale Anteil der Treffer in dieser Kategorie im Vergleich zu allen Treffern, oder auf den Titel klicken, um weitere Drill-Down-Verteilung der Daten auf genau das Unterkategorie der Ergebnisse. Die Verteilung Zusammenfassungen werden aktualisiert, um dann gezielt auf die Verteilung der Daten. Mit diesen Zusammenfassungen ist viel intuitiver als jede Textbeschreibung Beschreibung, die ich aufbringen kann.

Mein Rat? Schauen Sie sich die Spitze, dann schauen Sie in die Verteilung der Daten Zusammenfassungen, Drill-Down-Dienstprogramm, und all die anderen tollen Funktionen des RCSB PDB & sehen, wie einfach es ist, Informationen über Ihre Lieblings-Gen zu finden, ist. Oh ja, und beobachten uns unsere volle freizugeben, frei & neu aktualisiert Tutorial auf der RCSB PDB Ressource bald!

ResearchBlogging.orgRose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Education at NCBI

Ich möchte darauf hinweisen, das neue NCBI Education Seite. Es gibt eine Menge gibt, die Sie vielleicht prüfen wollen,. NCBI werden, ab Herbst dieses Jahres, bietet eine Reihe von zweitägigen Schulungen werden sie rufen Discovery-Workshops. Vor zwei Jahren endete die NCBI Field Guide Workshops, so scheint dies eine willkommene Abwechslung sein.

Es gibt auch Webinare. Unsere Untersuchungen zeigen, dass Webinare sind nicht besonders beliebt, so bin ich neugierig, wie diese ausfallen. Es gibt auch "how-to’ Führungen, Dokumentation, Gemeinde, Lehrer Ressourcen. Es ist ein ganz netter Ort mit vielen Dingen heraus zu überprüfen.

Ich möchte auch darauf hinweisen, die “empfohlene Links” Abschnitt. Es gibt viele Links zu weiterführenden Bildungseinrichtungen Ressourcen wie die Cold Spring Harbor Dolan DNA Learning Center und vieles mehr. Und, übrigens :), einen Link zu unserer eigenen kostenlosen Tutorials das war sehr schön zu sehen,. Vielleicht möchten Sie diese auschecken, Wir haben über 10 einschließlich PDB, SGKB, UCSC Genome Browser, Galaxy, mehrere Modell-Organismus Datenbanken, und mehr.

Tipp der Woche: WAVe, Web Analyse der Variome

Die heutige Tipp der Woche ist eine kurze Einführung in WAVe, oder die Web-Analyse der Variome. Das Werkzeug wurde uns vor kurzem eingeführt, und ich fand es eine willkommene Einführung in die Werkzeuge zur Verfügung, die Forscher für die menschliche Variante analysieren. Dies ist angesichts der jüngsten apropos Papier wir uns auf die klinische Beurteilung des persönlichen Genoms habe diskutieren (hier, hier und hier) und dass Papiere Implikationen für die personalisierte Medizin und die Nutzung von Online-Ressourcen Variation. Wave auch hat mir einige zusätzliche Werkzeuge, die ich entweder nicht habe bewusst eingeführt, oder nicht genutzt haben, die möglicherweise von Nutzen sein, wie: LOVD (Leiden Open Database Variation), QuExT (Erweiterung der Suchanfrage Tool, auch von den gleichen Entwicklern als WAVE), und andere. Natürlich gibt es auch Datenbankinformationen zog ab Ensembl, Reactome, KEGG, InterPro, BIP, UniProt, NCBI und viele andere. Nehmen Sie sich Zeit, check it out.

RCSB PDB Teams mit OpenHelix bekannt zu geben, Freie Tutorial und Training Materials

Die Protein Data Bank (BIP) Bioinformatics Resource Partner mit OpenHelix zu Online-Tutorial-Suite sorgen, Kurzübersichten, und anderen Ausbildungs-und Beratungsprogramme.

Seattle, WA (PRWEB) April 13, 2010 — Die Forschung Collaboratory für Strukturbiologie (RCSB) Protein Data Bank (BIP), hat eine Partnerschaft mit OpenHelixTM auf eine umfassende Ausbildung und Outreach-Programme für ihre freien Verfügung, Web-basierte Ressourcen (www.pdb.org).

Die RCSB PDB bietet eine Vielzahl von Tools und Ressourcen zu nutzen, um biologischen Makromolekülen Studie. Die PDB ist die einzige weltweit Repository von experimentell bestimmten 3D-biologischen Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren und komplexen Baugruppen. Als Mitglied des wwPDB, die RCSB PDB kuratiert und kommentiert PDB-Daten, und stellt grundlegende und erweiterte Suche, Anzeige-und Visualisierungs-Methoden Zugang zu diesen Daten.

"RCSB PDB ist eine erste Ressource mit einer langen Geschichte von den Forschern mit hervorragenden Daten und Werkzeuge,", Sagte OpenHelix Gründer und Präsident Dr.. Mary Mangan. "Wir sind stolz darauf, in der Lage sein, um den Aufwand der Nutzer den Zugang und das Verständnis für diese Instrumente zu erhöhen beitragen."

Das neue Schulungs-Tools (bei http://www.openhelix.com/pdb) gehören ein Online-Tutorial, das zeigt, erzählt: Grund-und erweiterte Suche, wie man Berichte, die verschiedenen Optionen für die Erkundung einzelner Strukturen, und viele der Forschungs-und Bildungseinrichtungen Ressourcen und Tools erhältlich unter der RCSB PDB. Die rund 60-minütige Tutorial, die läuft in fast jedem Browser, können von Anfang bis Ende gelesen werden oder navigiert mit Kapiteln und vorwärts und rückwärts Schieberegler.

Zusätzlich zu den Tutorials, RCSB PDB Benutzer zugreifen können nützliche Lehrmaterialien einschließlich der animierte PowerPoint-Folien als Basis für das Tutorial verwendet, vorgeschlagen Skript für die Folien, Dia Handouts, und Übungen. Dies spart enorm viel Zeit und Aufwand für die Lehrer und Professoren, um Inhalte aus dem Klassenzimmer zu schaffen.

OpenHelix hat auch kostenlosen Quick Reference Cards für die RCSB PDB erstellt. Die Quick Reference Card Highlights Features auf der Startseite, sowie Suchstrategien, Features, und Funktionalitäten. Die Karten können bestellt werden bei www.openhelix.com. Thirty-Karten können zu einem Zeitpunkt bestellt werden und der Versand ist kostenlos innerhalb der Vereinigten Staaten.

"Wir sind über die Zusammenarbeit mit OpenHelix erfreut, diese neue Schulungsmaterialien neben ihren anderen großen Bioinformatics Resource Tutorials bieten,", Sagte Helen M. Berman, Direktor des RCSB PDB. "Die Suite von Materialien können neue Benutzer zur RCSB PDB einzuführen und dienen als schnelle Referenz für unsere Experten."

Benutzer können die Tutorien und laden Sie die kostenlose Materialien www.openhelix.com.

Über die RCSB PDB
Die RCSB Protein Data Bank (www.pdb.org), verwaltet von der Forschung Collaboratory für Structural Bioinformatics (RCSB), unterstützt die wissenschaftliche Forschung und Ausbildung weltweit ein und bietet eine wesentliche Ressource für Informationen über biomolekularen Strukturen. Diese Moleküle des Lebens sind in allen Organismen zu finden, von Bakterien und Pflanzen, Tiere und Menschen.

Die RCSB PDB Mitglied Institutionen gemeinsam zu verwalten das Projekt: Rutgers, Die State University of New Jersey und San Diego Supercomputer Center und der Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences an der University of California, San Diego.

Über OpenHelix
OpenHelix, LLC, (www.openhelix.com) bietet eine Bioinformatik und Genomik Such-und Lernportal, den Forschern an einem Ort zu finden und zu lernen, wie man Ressourcen und Datenbanken im Web verwenden. Die Suche OpenHelix Portal durchsucht hunderte von Ressourcen, Tutorial Suiten und anderes Material für Forscher, um die relevantesten Ressourcen und OpenHelix Schulungsmaterial für ihre Bedürfnisse direkt. Forscher und Institutionen können Sie Zeit sparen, Haushalt und Personal-Ressourcen durch den Einsatz eines Abonnements auf fast 100 Online-Tutorial Suiten zur Verfügung über das Portal. Effizientere Nutzung der relevantesten Ressourcen bedeutet schnellere und effektivere Forschung.

Schnell beachten: SGKB und PDB-Tutorials

We ror kurzem angekündigt, eine kostenlose Nachhilfestunde (sponsored by PSI) auf der Structural Genomics Knowledgebase (SGKB). Ich dachte, es könnte von Interesse für unsere Leser. YDog oder Zugriff auf die kostenlose Tutorial (ca.. ein 1h Film, Folien, Handouts und Übungen) hier.

Wir werden auch bald geben eine kostenlose Tutorial auf der Protein-Datenbank (BIP), Sie können jedoch bereits Zugang hier.

Für eine vollständige Liste unserer kostenlose Tutorials und Schulungsunterlagen, Klicken Sie hier (etwa ein Dutzend), oder Sicht unsere anderen 80 oder mehr Tutorien auf eine breite Palette von Themen, die von Abo.

Tipp der Woche: Jahr der Tipps, Teil zwei

Als Trey posted letzte Woche in Teil I, wir getan haben Tipps-of-the-Woche für 2 Jahre jetzt. Wir haben mehr als abgeschlossen 100 kleinen Leckerbissen Einführungen zu verschiedenen Ressourcen *. Am Ende des Jahres werden wir tun, eine Zusammenfassung Post, sie alle zu sammeln. Wenn Sie irgendwelche von ihnen verpasst haben, es ist ein guter Weg, um einen schnellen Blick an, was nützlich sein könnte, um Ihre Arbeit haben.

Ich habe die zweite Hälfte dieses Jahres zu fassen–Juli bis Dezember 2009. Überprüfen Sie sie heraus!

Juli 2009

7/1 UCSC Wiki Anmerkungen UCSC hat einen Weg für alle, um Anmerkungen zu ihrer Gene von Interesse hinzufügen, indem Sie ein Wiki erstellt.

7/8 CellMiner von NCI Eine relationale Datenbank für Krebs-Zelllinie Daten.

7/15 ENCODE Daten UCSC Die Data Coordination Center, oder DCC, für den menschlichen ENCODE Daten wird eingeführt, mit Anleitung zur ENCODE Daten in der UCSC Genome Browser zugreifen.

7/22 Es ist ein Duplikat Check out Deja Vu, ein Programm zur wissenschaftlichen Abstracts für Ähnlichkeit zu bewerten, einschließlich Vervielfältigung oder mögliche Plagiate Veranstaltungen.

7/29 VirusMINT Die molekulare Wechselwirkung Database, die wir lieben fügte eine Komponente für die Virus-Protein-Wechselwirkungen.

August 2009

8/5 Genomic Encyclopedia of Bacteria & Archaea (Können) Dieses Stück über die Strategie der Wahl neue Genome zu sequenzieren wurde im August eingeführt. Wenn dies für Sie von Interesse, Sie können auch die jüngste Veröffentlichung über dieses Projekt, dass wir sprach über hier.

8/12 NCBI ist neu BioSystems Ressourcen Worin NCBI übernimmt die Speicherung und Darstellung von biologischen Netzwerk-Daten.

8/19 PLAN2L für Arabidopsis Literatur Ein hilfreiches Werkzeug für die Literatur auf der Suche nach Arabidopsis.

8/26 Acytelome, String und eine neue Datenbank Eine Einführung in die Phosida Datenbank, für Phosphorylierung und Acetylierung Informationen.

September 2009

9/2 Eine Maus für alle Fälle Erfahren Sie mehr über die knockoutmouse.org Site, die Informationen und Reagenzien zur Erzeugung Knockout-Mäusen.

9/9 TARGET Eine Quelle für die Identifizierung Transposons und Gene Beziehungen zwischen Sequenz Einreichungen.

9/16 Das Nationale Zentrum für Biomedizinische Ontologie Das zentrale Repository für Ontologien können sehr hilfreich für die Bioinformatik-Software-Projekt-Entwickler.

9/23 JBrowse, ein Spiel-Wechsler? Ein Blick auf eine neue Strategie in der Genom-Browser-Software.

9/30 Das Finden der richtigen Genomik Ressource Dies ist eine kurze Einführung in OpenHelix eigene neue Schnittstelle für die Suche nach Ausbildung Filme und Materialien!

Oktober 2009

10/7 NCBI Makeover! Die Überarbeitung der NCBI-Schnittstelle–mit einem Spaziergang durch memory lane auf einige seiner früheren Inkarnationen–vorgesehen ist.

10/14 Erste flankierenden Sequenz Ein kurzer Blick auf, wie Galaxy nutzen zu benachbarten Sequenzen zu erhalten, das ist ein Frage, die wir häufig in der Ausbildung Situationen gefragt.

10/21 SwissVar, einen neuen Genotyp-Phänotyp-Ressource von SIB Explore "ein Portal zum Swiss-Prot Krankheiten und Varianten.’

10/28 Sol Genomics Network Mögen Sie Tomaten, Auberginen, Kartoffeln, Paprika, und andere Mitglieder der Solanaceae? Wenn dem so ist, Sehen Sie sich diese Ressource.

November 2009

11/4 CHOP CNV Datenbank Wenn Sie neugierig sind copy-number variations, achten Sie darauf, die Sammlung zu CHOP erkunden.

11/11 GEVO und Genome Vergleich Ein schickes Tool für genomische Vergleiche.

11/18 FABLE, Text Mining für die Literatur auf menschliche Gene Ein Literatur-Mining-Ressource zu verbessern Suchen Sie.

11/25 Got Tipps für uns? Wir öffneten den Boden für Anregungen von Werkzeugen zu sehen, wie wir das Erntedankfest gefeiert. Wir nehmen noch Vorschläge–wir lieben es, neue Ressourcen zu erschließen!

Dezember 2009

12/2 RCSB PDB Comparison Tool Vergleichen Sequenzen für strukturelle Ähnlichkeiten mit diesem handlichen Widget.

12/9 GRAIL für die Priorisierung von SNPs Verwenden Sie eine Liste von SNPs, um Gene zu identifizieren, und dann fegen die Literatur für Leads auf die Prozesse, die beteiligt sein könnten.

12/16 GenomePad Check out this very cool iPhone-App für die Erkundung der UCSC Genome Browser.

12/23 Tipp der Woche: Jahr (2nd!) von Tipps für das erste Halbjahr des Jahres die Zusammenfassung von Tipps.

*Für die überwiegende Mehrheit der Ressourcen, die wir in unseren Tipps einführen, wir haben keine finanziellen Beziehungen mit dem Provider oder Entwickler. Die, die wir sind hier aufgelistet.

Tipp der Woche: RCSB PDB Comparison Tool

2009-12-01_PDB_comptoolIn der heutigen Tipp, den ich gehe, um eine Sequenz und Struktur Funktion Vergleichs-Tool die Ihnen von der RCSB Protein Data Bank, oder PDB. Die PDB-Archiv enthält Informationen über experimentell bestimmten Strukturen von Proteinen, Nukleinsäuren, und komplexen Baugruppen. Als Mitglied des wwPDB, die RCSB PDB kuratiert und kommentiert PDB-Daten, und bietet eine Vielzahl von Tools und Ressourcen, um den Zugriff auf diese Daten.

Ich bin sicher, viele von euch sind vertraut mit den RCSB PDB und sich auf sie verlassen, um Ihnen zu Proteinstrukturen Zugang. Wenn Sie noch nicht die RCSB PDB besuchten in letzter Zeit, Sie werden überrascht sein, wie viele Features und Funktionen, die sie aktualisiert und hinzugefügt haben sehen. Wir sind derzeit aktualisiert unser Tutorial auf diese großartige Ressource. Wenn sie fertig ist das Tutorial zeigt Ihnen, wo viele dieser Updates zu finden und wie sie verwendet werden. Ich bin sicher, wir werden die Freisetzung von unserer aktualisierten Materialien bekannt, aber jetzt werde ich Sie mit einem RCSB PDB 'teaser bieten’ ich hoffe, dass Sie zum Besuch und zum Erkunden der RCSB PDB locken, sowie gerade für unsere aktualisierte Tutorial.

Und wenn, nachdem sie diesen Tipp, den Sie denken, möchten Sie vielleicht eine einfache Möglichkeit, dieses Tool Zugriff haben, Sie können es auf Ihrem eigenen Blog oder lab Homepage hinzufügen nur, indem sie die Widget-Code, wie beschrieben in diesem Beitrag von Trey. Genießen Sie diesen Tip der Woche!

Widgets sind cool

RCSB hat goether eine Put- PDB Comparison Tool Widget .


Ich habe in 2K9G und 1ZLM, zwei SH3 Domains. Gebrauchte Kette A für beide und blast2seq als Vergleichsalgorithmus (gibt es mehrere Möglichkeiten), und diese sind meine Ergebnisse. Ich bin mir nicht vielversprechend keine biologische Bedeutung, um meine Entscheidungen und Ergebnisse, aber das Widget funktioniert gut und einfach. Ich kann es als eine schöne Ergänzung zu einer Homepage zu sehen.

Es gibt einige andere 3rd-Party-Widgets auf bei BIP wie diese SGKB Widget, das Sie unter dem Link oben und die bekommen kann Mac Dashboard-Widget können Sie (und ich immer gerne Mac Biologie Widget!).

Welche hast mich zum Nachdenken, Es muss andere Widgets da draußen für die Einbettung in Websites. Ich fand diese Ontology ein, jemand von wissen? Vielleicht kann ich zusammen ein Widget-Seite! zum Spaß.