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一周的视频提示: 水族馆, 流线型获得蛋白质的结构生物学家

本周本周视频提示是 水族馆, 探索蛋白质结构的新资源, 突变, 和相似的其他蛋白质. 这是一个非常精心设计和互动体验为最终用户. 它主要是针对生物学家谁可以受益于探索他们感兴趣的蛋白质的结构细节, 但通过针对结构生物学家工具吓倒. 但对于开发者工具, 你也应该看看如何去部署. 它是一个工具,推出的一个最好的例子我已经看到了在这个领域. 我已经看到了很多.

因此,首先, 该工具. 水族馆为用户提供了一个简化的方式来访问和探索蛋白质结构. 结合各种信息,你从一开始 临时区议会վ 结构资源, 而像其他详细信息 UniProt 突变. 目前,您可以通过要求按名称蛋白开始一个基本的搜索, 或PDB或ID的UniProt. 他们已经预先计算的PDB和SWISS-PROT蛋白质的关系,迅速为您提供一个结构和相关的蛋白质. 该纸币: “目前, 水族馆包含 46 百万预先计算的序列到结构的路线, 致使至少一个匹配结构 87% SWISS-PROT蛋白质和中位数的 35 每个蛋白质结构….” 此外, 它可以让你探索其他重要的生物学功能,如 InterPro 域, 翻译后修饰, 所以你可以想想如何突变 + 结构 + 功能影响特定的蛋白质,你有兴趣. 当他们形容它:

“我们从UNIPROT和INTERPRO加载S​​NP数据,所以你可以看到那里的突变趴在您的3D模型. 我们已经发现,你可能会惊喜地发现在三维空间中的突变集群!”

该水族馆的乡亲提供了一个介绍视频让你开始:

他们提供了另一个方便的特点是 快速参考卡的快捷方式功能 [PDF格式]. 除了此介绍, 它们具有较长的视频以及. 这更像是一个典型的讲座与背景, 该框架, 该项目的目标, 而更多的底层数据库.

现在, 这件事情有关这个软件项目的推出. 我发现它时,我一直在寻找通过谈判在即将举行 VIZBI会议 (生物数据可视化). 每年我发现有说出来VIZBI的想法真棒, 和工具,我想探索. 其中今年水族馆. 所以我去寻找更多的细节, 并发现了一些传统的东西. 本文 (下面), 的 新闻稿, 等. 然后我找到了 书签交易讨论. 该水族馆的团队做了科学AMA 此工具. 它从事了一系列的乡亲–科学的一些人只是球迷谁也许从未见过的蛋白质结构之前. 这是没问题–更多的人谁欣赏的研究和了解研究者如何探索蛋白质是好事. 但其他人有良好的技术问题,为球队–如其它方式找到的同序列的搜索感兴趣的蛋白质, 或与其他工具,如整合 UCSC基因组浏览器. 所有的答案都在那里. 我很喜欢 关于工具的名称质询:

看来你得到我们所想要的想法: 使用水族馆让我们看到这些迷人的动物 (蛋白质) 从自然世界. 水族馆创建了一个人工环境和照明,我们可以观察到分离的蛋白质; 喜欢观赏鱼, 蛋白质往往是美丽的 (平时) 生活在水中.

我问他们关于如何发挥出, 和他们有〜1000人访问他们的网站,因为这书签交易事件的结果. 这真的很有趣,我, 和一个非常整齐的路线驶往意识.

他们还提供了一个方法来支持用户与我的其他喜欢的资源之一–Biostars. 他们创造了一个支持线程在那里有用途可以提出问题并得到答案. https://www.biostars.org/t/aquaria/ 我这么喜欢这个邮件列表, 我很高兴看到这个简单的方法来获得支持. 事实上, 我问的东西,我不能完全弄清楚尚未.prot_structure_sample (这是我一直在寻找的蛋白质: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A 我想看到全彩色的所有亚基, 你去选择自动对焦做. 和颜色由链这个版本。)

还, 对于显影剂类型: 他们提供了一个方法可以让你的水族馆软件进行互动与他们的API添加自己感兴趣的特征. 也许你有新的突变,你发现了你在实验室已经取得了一定的顺序, 例如. 他们上提供指导,在这里: 銈://bit.ly/aquaria-features. 他们接触这个在较长的视频 (〜27分钟) 如果你想多一点的解释. 我从高品质的支持,他们提供怀疑, 他们很想从你听到什么功能,你想看到的应用到这些蛋白质,以及.

所以荣誉这支球队的一个极好的工具,真正严重的多媒体推广工作. 我认为这是很好的所有罪状完成. 我敢打赌,你比书签交易的新闻稿达到更合适的乡亲永远会. PIO的注意一下–让您的科学家在Reddit上.

快速链接:

水族馆的网站: http://aquaria.ws/

书签交易科学AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

映泰支持线程: https://www.biostars.org/t/aquaria/

参考:
奥多诺休S.I., 肯尼斯·S萨比尔, 玛丽亚Kalemanov, 基督教斯托尔特, 本杰明WELLMANN, 徐若瑄豪, 曼弗雷德·鲁斯, 尼尔森Perdigão公司, 费边一个灌木, 朱利安·亨利 & 布克哈德罗斯特 & (2015). 水族馆: 简化的发现和见解的蛋白质结构, 自然方法, 12 (2) 98-99. 分类号: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

星期五SNPpets

欢迎来到我们的链接集合星期五功能: SNPpets. 一周之内,我们遇到了很多链接和读取,我们认为很有趣, 但不要到一个博客帖子. 在这里,他们是您的享受…

优先级时, 工作场所是火灾:

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  • RNA干扰自然评论遗传学尼斯视频. 你可以访问所有功能的RNAi技术的多媒体链接 此页, 或直行 此页面上的视频. [詹妮弗]
  • 有趣的, “汇辑”10K (R10K) 项目: RT @ deannachurch: 企业管治: 去 http://t.co/rekf2Gkd 加入该项目的更多信息! #AGBT [玛丽]
  • 它不再是在报纸上… 逆转录 @ genome_gov: 帕切特: “我最糟糕的噩梦: 深度测序的诅咒” 又名太多的数据. #AGBT [玛丽]
  • 阅读从十一月过敏的自然观. 2011 – 很多新的理念 & 理论,我不知道. 目前无完整的访问是提供给 自然抗过敏展望 [詹妮弗]
  • 逆转录 @ andrewsu: 全国房地产经纪人协会的字云 2012 通过HTTP的数据库问题摘要://t.co/TMtefZ0k http://t.co/2zRzZkEG [玛丽]
  • 临时区议会提交的很酷的新选项: 志愿者Foldit结构 [詹妮弗]
  • 逆转录 @ LouWoodley 纽约tweeps – 未来科学在线纽约3月20日直保持的研究纪录 http://bit.ly/xwziUb #sonyc [詹妮弗]
  • 逆转录 @ GeneSherpas: “@ GeneticsUpdate: 你可以为你的基因被解雇? 銈://t.co / fDaOriU“希望我们的未来不下来这!“ [玛丽]
  • 他! 这是意外… 逆转录 @ edyong209: 离奇的SNP研究遗传学合唱. 摘要在最后几行令人惊讶的转. http://t.co/VkSU4fd0 [玛丽]
  • 逆转录 @ jacksonlab: 共同面临的一个比较罕见的遗传性疾病, Wentzell家庭不会让任何事情慢下来. #raredisease http://t.co/bscdUXoN [玛丽]

RCSB的PDB免费研讨会

我只是想给磁头RCSB蛋白数据库的免费网络研讨会. 这将是下周三, 美国太平洋时间上午11点. (这是 18:00 联合技术). 这将是一个小时左右, 我说,它是免费的?

座位有限, 所以尽早报名.

这里你可以看到我们的公告: http://blog.openhelix.eu/?p=11055

你可以去注册,现在在这里: http://www.openhelix.com/cgi/webinars.cgi

如果你不能使研讨会, 你可以检查出我们的培训教材和教程 (还免费, 主办RCSB的PDB)

新闻更新相关的PDB (蛋白质数据银行), 等.

这是一个快速后更新事件 & 有消息称,我已经收集项目,与蛋白质数据银行和其他蛋白质资源.

  • 我们最近收到了通过Twitter RCSB PDB的建议:

    逆转录 @27andaphd: @Comprendia @openhelix 你知道什么? 我真的觉得PDB应该有像我这样的结构生物PPL的Firefox工具栏. CC @openhelix

嗯 , 你很幸运, @ 27andaphd! 我跟某人PDB上的团队,他们有你覆盖工具栏, 在今年夏天描述 2010 通讯项目: 在Web浏览器,搜索RCSB PDB

  • 结构生物学知识库, 或SBKB, 是数据库的一个妹妹 RCSB PDB, 上周四,他们发布的版本 4.0 在SBKB. 我已经检查出的释放 & 看起来不错 – 他们已经组织类别的信息和资源 “集线器”, 如结构目标集线器, 序列, 结构, & 功能集线器, 一个方法中心, 多. 我现在在这个过程中,更新我们的 赞助商 (免费) SBKB教程 现在, 但你可能要检查的释放 & 看看有什么新.

  • 我们将有更令人振奋的消息很快, 敬请关注!

快速链接:
结构生物学知识库 (SBKB): http://www.sbkb.org/

蛋白质数据银行 (临时区议会վ) http://www.pdb.org/

OpenHelix的免费入门教程的SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

OpenHelix的PDB上的免费入门教程: http://www.openhelix.com/pdb

在蛋白质信息的使命

这可能只是人类大脑的能力,连接点 & 找到模式, 但它可以是有趣的多少 “无关” 事件和信息位的积累在我的头上 & 最终得到研磨成一种思想或理论. 利用, 例如, 最近生物技术混合器, 位从教育领导系列 & 一个过去的自然条 – 每个 “事件” 一直蜿蜒在我的脑海中,现在他们发现这个博客帖子的出路.

确定, 现在的解释: 当地的生物科技在最近的一次事件中,我听说过一个公司 (KeraNetics) 净化角质蛋白 & 用它们来开发治疗和研究中的应用. 该公司 & 他们的研究听起来很有趣 & 很多,因为它的目的是帮助受伤的士兵, 它也吹响了直接受益. 会谈是短, 只有约 20 分钟, 所以没有哪细节或问题很多时间. 我决定通过许多生物科学数据库和资源,我斗胆提出,我知道和爱, 为了更了解角蛋白.

我的任务是既有趣又令人沮丧的,因为兽的性质 – 角蛋白是 “众所周知” (我. 它出现在高中的教学擂台赛“很多”, 根据有人知道), 但很难工作 (我. 强硬, 不溶性, 纤维结构蛋白) 这是很难找到很多的一般资料,在您的平均蛋白质数据库 (因为它是由许多不同的基因产物, 统称为 “角蛋白”). 我决定开始我的冒险,在我最喜欢的两个蛋白资源, 临时区议会վ & SBKB, 但我发现角质没有解决结构. 由于策划和组织的模式生物数据库, 我常开始搜索有一种蛋白质, 只是为了得到一些基本的背景, 基因名称, 序列信息, 等. 在 (当然) 一对夫妇以外一无所获中的条款 酵母基因组数据库 (新元), 但我发现数百结果 小鼠基因组信息学 (麦肯锡) (660 基因组功能) 和 大鼠基因组数据库 (含RGD) (162 大鼠基因, 342 人类基因). 我还发现,基因名称 (KRT *), 序列和简要注释引用链接到OMIM疾病. 当我质疑 “角蛋白”, 在 OMIM 我 180 点击, 包括 61 “临床synopsises”, 在 UniProt 返回 505 审查条目和 2,435 未审核的entiries, 在 输入蛋白质 10,611 结果和 PubMed的 26,430 与第 1,707 评论. 我得到了我KeraNetics的好奇心’ 吃饱抽象或标题中使用一个医学先进的搜索角蛋白的研究 & PI的作者名称 (搜索= “(角蛋白[标题/摘要]) 和范戴克[作者]“).

我结束了,我可以猎杀通过了大量的信息与信息, 但它是一个有趣的过程中,我学到了很多关于角质. 这是教育的东西来. 我已经看到了很多研究去谈论改革教育,更多的调查驱动, 我完全可以看到如何可以. “学习” 通过记忆 & 返流是为大家干 & 粗糙对的 “内存挑战”, 像我这样的. 有一个原因或好奇探索, 一个新的数据或理解周围的每个角落潜伏金块, 信息似乎变得更好 & 停留的时间较长. (旧约, 但想到我提一个相关的网站,今天我发现W /一些巧妙的东西: 心/移位,我们将如何学习.)

而我可以做先进的医学搜索开始, 但有什么好玩的,已? 另外还有很多,从我没有找到我角质, 这样,没有哪角质蛋白过多的PDB结构. 这使我想到我现在的最终点 – 一篇文章,今天我碰到了,因为我对我的阅读积压工作: “没有采取太多的道路“. 如果你有一个自然的订阅,你可以阅读, 但主要的一点是,研究人员仍然在很大程度上注重的蛋白质相同的设置,他们已经有很长一段时间, 因为这些都是蛋白质,其中有研究工具 (抗体, 化学抑制剂, 等). 这种理念相同的排序是助长了蛋白质结构计划 (防扩散安全倡议) 努力, 描述 这里. 无论如何, 我发现有趣的文章 & 与一般性的建议作者达成一致. 不过,我想超出这些物理研究工具 & 说,展望未来的研究人员需要更多的数据分析工具, 如何使用它们和培训 – 但我想, 是不是我? :)

参考文献:

  • 谢尔宾斯基P, 加勒特J, 马一, 苹果P, Klorig ð, 史密斯T, 由于LA, 阿塔拉一个, & 凡戴克M (2008). 促进末梢神经的快速再生派生从人的头发的角蛋白生物材料的使用. 生物材料, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • 爱德华兹, 答:, Isserlin, 河, 贝德, 克, 弗莱, 学, 威尔森, 吨, & 于, F. (2011). 没有采取太多的道路 自然, 470 (7333), 163-165 分类号: 10.1038/470163一

一周的视频提示: 越南盾资源遗传变异与药物信息


在今天的小费,我要的功能,我最近发现一个资源. 我一直在更新我们的dbSNP教程, 其中玛丽 & 三分球将出席研讨会在摩洛哥, ,也是我们 免费的PDB教程, 这是由赞助商 RCSB PDB 团队. 因此,我一直在思考的蛋白质结构和小序列变异了很多最近. 正如我探讨 全国房地产经纪人协会的最新数据库问题 寻找资源,做一个对尖, 我发现了一篇文章,描述 美元 (遗传变异与药物) 资源, 也可访问的URL www.vandd.org, 根据全国房地产经纪人协会的文章. 文章 “美元: 一个与疾病相关的单核苷酸多态性和药物的结构为中心的数据库“, 和 图一 显示了一个名副其实的谁是谁的蛋白质, 变异和疾病资源, 所以我不得不调查.

我发现在越南盾使我确信,这是一个资源,我想在提示功能. 越南盾是从 韩国生物信息中心, 或KOBIC, 谁拥有的数据库和工具,它们提供的清单. 另一篇文章中,我会节省其余KOBIC资源 & 这里集中越南盾. 从资源,如编译数据 的RefSeq, OMIM, UniProt, 临时区议会վ, DrugBank, dbSNP, 谷氨酸脱羧酶 更可能已经不够冷静, 这取决于它是怎么做, 但越南盾还没有自己的结构上的变化如何影响蛋白质的结构和药物/配体结合的建模分析.

这提示电影真正显示你是什么越南盾的广度不够长, 但我希望这将足以鼓励您阅读全国房地产经纪人协会的文章 (下面列出), 检查越南盾. 有一点要注意: 不要指望在那里找到每dbSNP RS# – 之一,我一直在使用我们的教程是不是那边. 他们特别感兴趣,在基因变异可能影响药物结合. 但是,嘿, 你不能查询RS#S DrugBank, 和我从来没有见过像越南盾进行结构建模, 所以它是一个有价值的资源,你可能要调查,如果你感兴趣的是如何连接的遗传变异与疾病和药物疗法.

快速链接:

美元: 变化及药物资源 - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

韩国生物信息中心 (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB - 銈://www.pdb.org

RCSB PDB OpenHelix教程 - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: 短的遗传变异, 从NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

NCBI的dbSNP OpenHelix教程 - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

对于其他资源和OpenHelix教程的链接在​​这篇文章中提到, 请参阅我们的资源目录 - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

参考:
杨, j的, 哦, 学, 我的, 克, 公园, 学, 金, 瓦特, 李, 二, & 李, S. (2010). 美元: 一个与疾病相关的单核苷酸多态性和药物的结构为中心的数据库 核酸研究, 39 (数据库) 分类号: 10.1093/nar/gkq957

提示的周: 从UniProt的PSI SBKB,然后再返回


它往往是有益的访问多个生物医学数据库或资源, 即使他们似乎提供重叠的信息,因为没有两个完全相同的信息资源集中在, 或完全相同的方式在目前. 而不是重复彼此’ 打捞努力, 数据库往往链接其他资源相关信息. 你可以认为这些链接 “社会关系”, 如果你想和在今天的小费,我想告诉你几个蛋白质信息资源之间的连接, 一些核心价值的真正功能,包括一个新的连接 PSI的结构生物学知识库, 或SBKB.

我开始在提示 在UniProtKB, 我搜索一个UniProt ID号. 从产生的蛋白质的报告,我首先简要地告诉你如何链接到相应的 RCSB PDB 报告, 在这里你可以找到高品质的蛋白质的结构信息和更多的. 如果你有兴趣了解更多有关RCSB PDB & 如何使用它, 请检查出OpenHelix的全, RCSB临时区议会赞助的免费教程.

从那里,我要回到UniProt报告,并表现出了新的链接选项链接到蛋白质协议, 可用的材料, 以及有关理论模型的信息和预测蛋白质目标的SBKB. 我没有时间来证明这一点,但最近更新的SBKB允许用户到现在的结构生物学知识库搜索UniProt加入号码. 这些搜索为用户提供额外信息,包括蛋白质的结构信息和有关预发行结构序列的信息. RCSB PDB, 我们有一个 免费教程上SBKB 这是由赞助商 蛋白质结构计划.

正如我翻阅的UniProt蛋白质的报告用户会看到各种各样的生物科学资源的信息和链接. OpenHelix, 因为我相信你们许多人都知道, 就如何利用这些资源的许多教程. RCSB PDB和PSI的SBKB我们的教程都是免费的. 我们的 教程UniProt许多其他资源 都可以通过我们的培训数据库的订阅,或通过购买单独的访问. 无论你学习的资源,通过我们的教程, 通过参考我下面的列表, 或通过你自己的探索数据库, 真的是通过这些相互关联的可用信息的数量惊人, 公帑资助的资源 – 请利用它们在您的研究!

快速连结:

的UniProt知识库 - http://www.uniprot.org/

OpenHelix教程上UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

OpenHelix教程RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

蛋白质的结构倡议结构生物学知识库 (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix教程上SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

所有OpenHelix教程目录 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

参考文献:
UniProt联盟. (2009). 通用蛋白质资源 (UniProt) 在 2010 核酸研究, 38 (数据库) 分类号: 10.1093/nar/gkp846

玫瑰, 体育, Beran, 二, 毕, 三, 布卢姆, 瓦特, Dimitropoulos, 四, 古德塞尔, 四, 普尔利奇, 答:, 克萨达, 米, 奎恩, 克, 韦斯特布鲁克, j的, 年轻的, j的, Yukich, 二, Zardecki, 三, 伯曼, 阁下, & 畛域, P. (2010). 蛋白质数据银行的因子rcsB: 重新设计网站和网络服务 核酸研究, 39 (数据库) 分类号: 10.1093/nar/gkq1021

伯曼, 阁下, 韦斯特布鲁克, j的, Gabanyi, 米, 我, 瓦特, 沙阿, 河, Kouranov, 答:, 瑞典人, 吨, 阿诺德, 光, 松, 楼, Bordoli, 属, 柯普, j的, Podvinec, 米, 亚当斯, 体育, 卡特, 属, 轻微, 瓦特, 奈尔, 河, & 巴尔, Ĵ. (2009). 蛋白质结构的主动结构基因组学知识库 核酸研究, 37 (数据库) 分类号: 10.1093/nar/gkn790

许多蛋白资源最近宣布更新

PDB结构3rg9

 

 

 

 

在我们的上最新的教程不断的追求, 我一直在跟踪正在发生的变化,在资源和规划我们会相应地更新. 蛋白质资源,特别是要保持我的麻烦了今年夏天, 因为他们的开发者和策展人已经忙! 我编译一个简短的概要如下, 希望你知道的任何其他资源的意见, 还是要吹嘘! :)

  • 我精选了 ExPASy蛋白质组学工具列表 在一 过去提示. 截至周二,这份名单是不再保持最新, 但 ExPASy资源 已超越正在扩大 “刚” 蛋白质组学资源和SIB的新的生物信息资源门户. 据其开发者, 门户网站:

    “在生命科学的不同领域,包括蛋白质组学提供科学数据库和软件工具的访问, 基因组学, 发展史, 系统生物学, 群体遗传学, 转录等. … 在这个门户网站,你发现来自许多不同的氏族群体以及外部机构的资源。”

    从不害怕, 仍有蛋白质组学工具的最新名单 这里.

  • 我刚才在我的提示上周 NCBI的MMDB 已经经历了一个更新 & 我会更新 我们的教程 它很快.
  • NCI /自然途径相互作用数据库, 或PID, 6月14日,包括新的和更新的途径信息更新,.
  • 已更新6月21日, 这是Release 20.73, 现在包括 1618 文档的条目, 1308 模式, 936 配置文件和 925 ProRules.
  • RCSB PDB资源 已经宣布更新其浏览数据库功能, 从结构摘要页和增强序列显示 PDB - 101教育资源 可从港口发展局的网页上的黑板标志. 对于使用的PDB详细信息, 请参阅我们的 免费的临时区议会的入门教程 赞助 因子rcsB.
  • 字符串的 9.0 释放 现已有售, ,我们将寻找到什么,我们需要更新 我们的教程 结果.
  • UniProt 更新6月28日发布,主要更新包括对许多细菌和古细菌II型毒素,抗毒素模块, 正如描述 这里.

享受所有的新信息 – 我知道我会! :)

提示的周: 新的和改进OMIM ®

在生物信息学资源领域, 很少有超过OMIM可敬®, 在男子网上孟德尔遗传 [好, 原本不在线, 在索引卡片...]. 对于那些谁可能是新的OMIM, 它是一种基因及其变异目录, 以及由此产生的人类表型, 用更多的临床的角度提供一些资源比. 当我回顾这个职位的OMIM历史, 我开始怀疑是否有任何甚至是在基因组学资源库的框架已在计算机上保持较长时间. 我知道旧的蛋白质分析程序, 我曾经在这里写了–从玛格丽特Dayhoff和罗伯特莱德利. 但作为一个持续 库或目录 这是存储, 维克多的McKusick写道:

孟德尔的遗传人 一直保持在计算机上自 1964.

这是储存在约翰霍普金斯当时大型机. 另一条,我认为很可能是被关闭 RCSB PDB, 这是描述他们 “关于” 这样页面:

港口发展局成立于 1971 在布鲁克海文国家实验室和原载于 7 结构.

这可能是因为它以某种形式存在于计算机系统早于该–并可能给MIM为记录运行. 布鲁诺斯特拉瑟描述 4 大约在同一时间开发资源–1965–作为剑桥结构数据库, ME, 医学索引, 和Atlas蛋白质序列和结构.

这并不容易,保持和发展这种长期资源. 刚刚过去的这个月,我们了解到 KEGG的风险消失. 但在生物信息学–如生物学–资源需要发展或死亡. (其实, 我记得在读研究生这句话是由我们的系主任用来描述生物系,以及需要做的。) 在本周的一周尖, 我是不断变化的报告,OMIM, 我向您介绍新界面.

大多数人都遇到过 OMIM在NCBI. 但如果你去到有今天, 你会看到首页上的这个通知:

这是因为OMIM有一个新的家. 这不是在这个时候显然,如果将更新NCBI化身前进. 在JHU OMIM团队,要求软件供应商联系,谁服务OMIM现在迁移到新的链接 OMIM.org 网站, 该小组认为是OMIM 官方网站 并且将向上到日期的前一.

让我们来谈谈现在的发展OMIM专门: 这是进入新世纪! 射手座! 令人难以置信的几十年来收集数据的深层策划仍然, 但新的界面是非常好的使用和看待–它不再看起来像 1995 那边. 也有新的方便的链接, 和新的搜索选项, 和新功能还在后面.

比较为APC基因同样记录 (遗传性结肠癌的贡献) 在两地:

在旧OMIM NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/611731

新OMIM在JHU: http://www.omim.org/entry/611731

我找到新的一页要明显整洁, 你不? 你需要的链接其他资源仍然存在, 但你可以切换打开菜单来找到他们现在. 和某些环节是资源没有可用的旧页面 (例如, BioGPSݿ PharmGKB 我们非常喜欢!). 我还告诉记者,在适当的页面上就会出现链接到 亚能 资源.

您仍然可以浏览周围的MIM地图上的基因地图高级搜索点击链接: http://www.omim.org/search/advanced/geneMap . 我做了很多这天,当我发现一个有趣的染色体区域的东西,我想看看这方面的报道和OMIM存储.

另一个特点,我认为是非常酷的选择改变与谷歌翻译菜单的语言. 我知道这不是完美的, 但我发现越来越多,我要阅读其他语言的博客文章,我发现它工作得很好. 使OMIM数据,以便容易接触到非英语的人确实是一个很好的接触.

虽然有时是很难过渡到新软件, 我觉得这是一个好兆头. 除了维持优良的知识集合,开始了不久前, 一个新的接口意味着OMIM是不断增长和变化,以满足今天的需要. 当我们向前迈进,以确定更多的基因组变化的影响和改变人类健康, 像这样精心策划和深度的知识基础是关键.

对新面貌和新家园恭喜的OMIM队.

快速链接到新的OMIM: http://www.omim.org/

(奖金: 你可知道这里还有一个在线的动物OMIA孟德尔遗传? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia )

按照他们在Twitter: http://twitter.com/#!/OmimOrg

参考文献:
的McKusick, 在. (2006). 一个景点60年的故事, 地图, 和基因 年度回顾基因组学和人类遗传学, 7 (1), 1-27 分类号: 10.1146/annurev.genom.7.080505.115749

Amberger, j的, 喉舌, 三, & Hamosh, 一. (2011). 一个全新的面貌和人类孟德尔遗传在线在新的挑战 (OMIM ®) 人类基因突变, 32 (5), 564-567 分类号: 10.1002/是mu.21466

斯特拉瑟, 乙. (2009). 收集, 比较, 和计算序列: 玛格丽特Ø决策. Dayhoff的蛋白质序列和结构的Atlas, 1954-1965 中国生物史, 43 (4), 623-660 分类号: 10.1007/s10739 - 009 - 9221 - 0 (PDF格式可于 他的教师网站.)

斯特拉瑟, BJ (2006) “收集和实验: 生物学研究的道德经济, 1960S - 1980。”, 预印本的马普科学史研究所, 310, 105-23.