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주의 비디오 도움말: 수족관, 생물 학자 단백질 구조에 대한 효율적인 액세스

금주의 금주의 비디오 팁입니다 수족관, 단백질 구조를 탐험을위한 새로운 자원, 변이, 다른 단백질과의 유사성. 그것은 최종 사용자에게 매우 잘 디자인과 상호 작용 경험이다. 그것은 자신의 관심 단백질의 구조적 세부 사항을 탐험 혜택을 누릴 수있는 생물 학자에 크게 목표로, 하지만 구조 생물 학자 목표 도구에 의해 daunted된다. 그러나 도구 개발자를위한, 당신은 또한이 롤아웃 갔다 방법을 찾아야한다. 내가이 분야에서 본 적이 도구 출시의 가장 좋은 예 중 하나입니다. 그리고 나는 많이 보았다.

그래서 처음, 도구. 수족관은 사용자에게 단백질 구조를 액세스하고 탐구 할 수있는 효율적인 방법을 제공합니다. 당신이에서 얻는 정보의 종류를 결합 GDP는 구조 자원, 와 같은 추가적인 세부 UniProt 변이. 현재는 이름으로 단백질을 요청하여 기본 검색 시작, PDB 또는 UniProt ID 또는. 그들은 당신에게 구조와 관련된 단백질을 제공하고 신속하게하기 위해 PDB와 스위스 보호 해주는 단백질의 관계를 미리 계산 한. 종이 노트: “현재, 수족관은 포함 46 미리 계산 된 시퀀스 만 투 정렬 구조, 적어도 하나의 매칭 구조의 결과 87% 스위스 보호 해주는 단백질과의 중간의 35 단백질 당 구조….” 또한, 그것은 당신이 같은 다른 중요한 생물학적 기능을 탐색 할 수 있습니다 InterPro 도메인, 번역 후 변형, 그래서 당신은 돌연변이 방법에 대해 생각할 수있는 + 구조 + 기능은 관심있는 특정 단백질에 영향을 미칠. 그들은 그것을 설명으로:

“돌연변이가 당신의 3D 모델에 놓여있는 위치를 볼 수 있도록 우리는 Uniprot과 Interpro에서 SNP 데이터를로드 한. 그리고 우리는 당신이 3D 공간에서 돌연변이 클러스터링을 찾을 웃음이 될 수 있음을 발견했다!”

수족관의 사람들은 당신이 시작하는 인트로 동영상을 제공:

그들이 제공하는 또 다른 편리한 기능입니다 기능에 대한 단축키 빠른 참조 카드 [PDF 파일]. 이 외에도 인트로, 그들은뿐만 아니라 더 긴 동영상을 가지고. 이것은 더 많은 배경으로 전형적인 강의처럼, 프레임 워크, 프로젝트의 목표, 기본 데이터베이스에 대한 더.

지금, 이 소프트웨어 프로젝트의 롤아웃 이번 일에 대해. 나는 곧에서 회담을 통해 찾고 때 나는 그것을 발견 VIZBI 회의 (생물 학적 데이터를 떠올리). 내가 VIZBI에서 나온 멋진 아이디어가 발견 매년, 및 도구는 내가 탐구 할. 그 중 올해 수족관입니다. 그래서 자세한 내용을 찾고 갔다, 전통적인 물건의 일부를 발견. 종이 (아래), the 보도 자료, 등등. 그리고 내가 발견 레딧 토론. 아쿠아 팀은 과학 AMA했다 이 도구에. 그것은 사람들의 범위를 종사–아마 전에 단백질 구조를 본 적이 없었다 과학의 몇몇 사람에게 그냥 팬. 즉, 나와 함께 괜찮아요–연구에 감사 연구자들은 단백질을 탐색하는 방법에 대해 알아 더 많은 사람들은 좋은 일이있다. 그러나 다른 팀에 좋은 기술적 인 질문을했다–이러한 시퀀스 검색하여 원하는 단백질을 찾을 수있는 다른 방법으로, 같은 다른 툴과의 통합 또는 UCSC 게놈 브라우저. 모든 해답은 거기있다. 내가 즐겼던 도구의 이름에 대한 질문:

그것은 당신이 우리가 생각했던 아이디어를 얻을 것: 수족관 우리는이 매혹적인 생물을 관찰 할 수 있습니다 사용 (단백질) 자연 세계에서. 수족관은 우리가 고립 된 단백질을 관찰 할 수있는 인공 환경과 조명을 만듭니다; 수족관 물고기처럼, 단백질은 종종 아름답고 (보통) 물에 사는.

이 펼쳐 어떻게에 대해 그들에게 물었다, 그들은 1000 ~ 사람들이 레딧 이벤트로 인해 자신의 사이트를 방문했다. 그건 나에게 정말 흥미로웠다, 매우 깔끔한 경로는 인식을 구동하기.

또한 내 다른 좋아하는 자원들 중 하나와 사용자를 지원하는 방법을 제공하는–Biostars. 그들은 사용이 질문을하고 답변을 얻을 수있는 곳이 지원 스레드를 생성. https://www.biostars.org/t/aquaria/ 나는 이렇게 메일 링리스트에이 선호, 나는 지원을받을 수있는이 쉬운 방법을 만나서 다행이야. 사실, 내가 아직은 이해할 수 없었다 뭔가를 물어.prot_structure_sample (여기에 내가보고 된 단백질이다: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A 나는 풀 컬러의 모든 서브 유닛을보고 싶어, 당신은 선택 해제 자동 초점 것을 할 수. 그리고이 버전의 체인에 의해 색상.)

또한, 개발자 유형: 그들은 그들의 API에 관심이 자신의 기능을 추가하는 당신이 수족관 소프트웨어와 상호 작용하는 방법을 제공합니다. 어쩌면 당신은 새로운 돌연변이는 당신은 당신이 당신의 실험실에서 얻은 한 어떤 순서로 발견했다, 예를 들면. 그들은 여기에 대한 지침을 제공하고 있습니다: HTTP를://bit.ly/aquaria-features. 그들은 더 이상 영상이에 터치 (~ 27min) 당신은 좀 더 설명을 원하는 경우. 나는 그들이 제공하는 높은 품질의 지원에서 의심, 그들은 당신에게서 듣고 싶네 무엇을 당신을 제공하는 것은 물론 이들 단백질에 적용보고 싶습니다.

멋진 도구이 팀에 찬사 정말 심각한 멀티 미디어 아웃 리치 노력 그래서. 나는 그것이 아니라 모든 계산에 죽은 것. 나는 어느 것 당신이 보도 자료보다 오른쪽 사람들을 더 도달 레딧 겠지. PIOs 걸릴 노트–레딧에 당신의 과학자를 얻을 수.

빠른 링크:

수족관 사이트: http://aquaria.ws/

레딧 과학 AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

바이오 스타 (Biostar) 지원 스레드: https://www.biostars.org/t/aquaria/

참조:
O'Donoghue S.I., 케네스 S 사 비르, 마리아 Kalemanov, 크리스찬 스톨 트, 벤자민 Wellmann, 비비안 호, 프레드 로스, 넬슨 페르 디, 파비안 관목, 줄리안 헨리 & 부르크 하르트 로스트 & (2015). 수족관: 단백질 구조에서 발견과 통찰력을 단순화, 자연 방법, 12 (2) 98-99. 간접 자원부: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

금요일 SNPpets

오신 것을 환영 금요일 기능 링크 모음: SNPpets. 일주일 동안 우리는 링크의 많은 가로질러 와서 우리가 흥미있는 것을 읽습니다, 하지만 블로그 게시물에 그것을 만들지 마. 여기에 그들은 당신의 즐거움을위한…

  • 실시간 @ Massgenomics: 의 하이라이트는 transcriptome 종이를 인코딩, 이는 온전하게 반박 “광범위한 RNA와 DNA의 차이” 종이 (리 외): http://t.co/ipYoHYZO
  • 실시간 @ cytoscape: Cytoscape 3 베타 부족합니다! http://t.co/cY7fM3g4http://t.co/fj54agPN
  • PDBe 메일 링리스트에서: The 2012 화학 노벨상 로버트 J에게 수여되었습니다.
    비츠와 브라이언 K. G-단백질 결합 수용체의 학업에 대한 Kobilka. 당신은 내 자신의 구조를 탐색하여 수용체의 중요한 가족에 대한 자세한 내용을 확인할 수 있습니다 GDP는. http://pdbe.org/nobel2012
  • 실시간 @ the_prbb: "맞춤형 의학 및 큰 제약은 생물 정보학이 필요합니다" http://t.co/lf5v6MXU
  • 실시간 @ cswitwer: @ MountSinaiNYC는 UR 자신의 게놈을 시퀀싱에 코스를 발표, 미래의 문서를 훈련하는 방법. 예! http://t.co/WAGANX92 #wgs​​ # P4 @ ISBUSA
  • 실시간 @ doe_jgi: MT @ BrookhavenLab 가상 공장 # 생물학: 기름 식품에 대한 생산 및 # 녹색 연료를 높이 씨를 시뮬레이션 – http://t.co/565N7EPw
  • 실시간 @ bioinformer: 바이러스 생물 정보학을위한 최고의 도구 중 일부는 LANL의 이상은 ... http://t.co/0I92VEE2 잘 했어!

우선 순위 때 직장 불이:

금요일 SNPpets

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  • 자연 리뷰 유전학에 의한 RNA 간섭에 대한 멋진 동영상. 이 기능 RNAi 멀티미디어 모든 링크에서 액세스할 수 있습니다 이 페이지를, 혹은 직진 이 페이지의 동영상. [제니퍼]
  • 흥미있는, 레퍼토리의 10K (R10K) 프로젝트: RT @ deannachurch: CG: 로 이동 http://t.co/rekf2Gkd 프로젝트 참여에 대한 자세한 내용은! #AGBT [메리]
  • 그리고 그것은 더 이상 신문에 없어… 실시간 @ genome_gov: Pachter: “나의 최악의 악몽: 깊은 시퀀싱의 저주” 너무 많은 데이터를 아카. #AGBT [메리]
  • 11월에서 알레르기의 자연 Outlook을 읽고. 2011 – 새로운 철학의 많은 & 제가 알고 아니라고 이론. 현재 무료로 모든 액세스는 사용할 수 자연 알레르기 아웃룩 [제니퍼]
  • 실시간 @ andrewsu: NAR의 워드 구름 2012 HTTP를 통해 데이터베이스 발급 초록://t.co/TMtefZ0k http://t.co/2zRzZkEG [메리]
  • PDB 제출을위한 멋진 새 옵션: Foldit 들어 구조 자원 봉사자 [제니퍼]
  • 실시간 @ LouWoodley 뉴욕의 tweeps – 다음 과학 온라인 뉴욕은 연구 기록을 똑바로 유지에 3월 20일에 http://bit.ly/xwziUb #sonyc [제니퍼]
  • 실시간 @ GeneSherpas: "@ GeneticsUpdate: 당신은 당신의 유전자에 대한 해고 수? HTTP를://t.co / fDaOriU"아마 우리의 미래는 이렇게 내려와하지 않습니다!" [메리]
  • 그는! 예상 밖이었다… 실시간 @ edyong209: 합창의 유전학에 대한 엽기 SNP 연구. 초록이 최종 라인에서 놀라운 회전 소요. http://t.co/VkSU4fd0 [메리]
  • 실시간 @ jacksonlab: 함께 희귀한 # 유전병에 직면, Wentzell 가족 아무것도 그들을 진정시키지 않아. #raredisease http://t.co/bscdUXoN [메리]

RCSB PDB 무료 웹 세미나

난 그냥 RCSB 단백질 Databank에 무료 웹 세미나에 머리를 포기하고 싶었. 그것은 다음주 수요일 될거야, 오전 11시 태평양 미국시. (그건 18:00 세계 협정시). 그것은 약 한 시간은 걸릴거다, 그리고 무료입니다 제가 뭐라고 했어요?

좌석이 제한됩니다, 이렇게 일찍 등록.

여기서 우리의 발표를 볼 수 있습니다: http://blog.openhelix.eu/?p=11055

그리고 당신은 지금 여기에 등록 갈 수있다: http://www.openhelix.com/cgi/webinars.cgi

당신은 웹 세미나를 할 수없는 경우, 여기서 우리의 교육 자료와 자습서를 확인하실 수 있습니다 (또한 무료, RCSB PDB에 의해 후원)

PDB에 관련 뉴스 업데이트 (단백질 데이터 뱅크), 등등.

이 이벤트에 업데이 트를 신속하게 게시됩니다 & 단백질 데이터 은행 및 기타 단백질 자원과 관련된 내 수집했던 뉴스 항목.

  • 우리는 최근 트위터를 통해 RCSB PDB에 대한 제안을 받았습니다:

    실시간 @27andaphd: @우리는 이해 @openhelix 당신이 알고있는 걸? 정말 PDB 나 같은 구조체 바이오 ppl에 대한 파이어 폭스 툴바를 가지고해야한다고 생각. CC @openhelix

음 , 당신은 행운이있다, @ 27andaphd! 내가 PDB 팀에 누군가에게 이야기하고 그들은 당신이 툴바로 덮여있다, 본 여름에 설명된 2010 뉴스 레터 항목: 웹 브라우저의 RCSB PDB 검색

  • The 구조 생물학 지식, 또는 SBKB, 에 자매 데이터베이스입니다 RCSB PDB, 그리고 지난 목요일 그들은 버전을 발표 4.0 SBKB의. 나는 자료를 체크 아웃 있었어 & 좋아 보인다 – 그들에 정보와 자원의 카테고리를 구성했습니다 “허브”, 구조 대상 허브 등, 순서, 구조, & 기능 허브, 방법 허브, 더. 나는 우리를 업데이 트 지금 과정에있어 후원 (무료) SBKB 자습서 지금, 하지만 당신은 릴리스를 확인 할 수 있습니다 & 새로운 기능 확인.

  • 우리는 곧 더 흥미로운 뉴스 항목이 있습니다, 있으니 계속 지켜봐 주시기 바랍니다!

빠른 링크:
구조 생물학 지식 (SBKB): http://www.sbkb.org/

단백질 데이터 뱅크 (GDP는) http://www.pdb.org/

SBKB에 OpenHelix의 무료 입문 가이드: http://www.openhelix.com/sbkb

PDB에 OpenHelix의 무료 입문 가이드: http://www.openhelix.com/pdb

단백질 정보에 대한 임무

아마 점을 연결하는 바로 인간의 뇌의 능력의 & 패턴을 찾을, 하지만 흥미로운 수있는 얼마나 많은 “관계가없는” 행사 및 정보 비트 내 머리에 축적 & 결국 아이디어나 이론에 mulled 얻을. 받아, 예를 들면, 최근 생명 공학 믹서, 교육 리더십 시리즈에서 비트 & 과거 자연 기사 – 각각의 “행사” 내 마음에 meandering되었으며 지금은 그들이 블로그 게시물과 같은 자신의 방법을 찾고 있어요.

확인, 지금 설명: 최근 지역 바이오 행사에서 저는 회사에 대해 들었어요 (KeraNetics) 케라틴 단백질을 정화 & 치료 및 연구 애플 리케이션을 개발하기 위해 그들을 사용하여. 회사 & 그들의 연구는 매우 흥미로운 것 같던데 & 그 많은 부상당한 군인들을 은닉 목적으로하기 때문에, 그것은 또한 직접적으로 도움이 소리. 이야기 짧은되었습니다, 약 20 분, 그래서 자세한 내용이나 질문에 대한 시간을 많이도 wasn'ta. 난 내가 알고있는 bioscience 데이터베이스와 자원의 여러 규정을 통해 벤처 및 싶어 결정, 각질에 대한 자세한 내용은하기 위해.

나의 탐구 때문에 짐승의 성격 재미와 좌절 둘 다 – 각질은 “잘 알려진” (나. 이 고등학교 학업 도전 대회 '많은'에 있습니다, 알고있는 누군가에 따라), 하지만 작동하기 어렵다 (나. 강인한, 용해되지 않는, 섬유 구조 단백질) 그건 당신이 평균 단백질 데이터베이스에서 많은 일반적인 정보를 찾을 어렵습니다 (그것은 많은 다른 유전자의 제품 만들어져 있기 때문에,, 모든라고도 “케라틴”). 내가 좋아하는 단백질 자원의 두에서 내 모험을 시작하기로 결정, GDP는 & SBKB, 하지만 각질에 대한 해결 구조를 찾을 수 없음. 방식으로 인해 모델 생물 데이터베이스는 curated 및 구성됩니다, 나는 자주 단백질 검색을 시작합니다, 그냥 기본적인 배경 지식을 얻으려면, 유전자 이름, 시퀀스 정보, 등등. 에 (물론) 몇 가지 이외의 아무 것도 발견의 조건을 가지 Saccharomyces 게놈 데이터베이스 (SGD), 하지만 둘다 결과 수백을 발견 마우스 게놈 정보학 (MGI) (660 게놈 기능) 및 쥐 게놈 데이터베이스 (RGD) (162 쥐 유전자, 342 인간의 유전자). 또 유전자 이름을 발견 (Krt의 *), OMIM에 대한 링크가있는 질병에 대한 참조와 시퀀스 많은 요약 주석. 꿈에 쿼리하는 경우 “케라틴”, 에 OMIM 내가 가진 180 조회수, 포함 61 “임상 synopsises”, 에 UniProt 반환 505 검토 항목과 2,435 검토되지 않은 entiries, 에 단백질을 입력하세요 10,611 결과 및 PubMed 26,430 와 기사 1,707 리뷰. 나는 KeraNetics에 대한 나의 호기심을 가지고’ 연구 추상적인 또는 제목에 각질을위한 PubMed 고급 검색을 사용하여 sated & 저자로 PI의 이름 (검색 = “(케라틴[제목 / 초록]) 반 크[저자]“).

나는 많은 정보를 통해 내가 사냥을 수도있다는 걸 리드와 종료, 하지만 내가 각질에 대해 많은 것을 배웠있는 재미있는 과정습니다. 교육 물건에 오는 곳이에요. 좀 더 조사를 중심으로 교육 개혁에 관한 대화를 통해 연구의 많은 이동이 떠올라요, 그리고 난 정말 그 일을하는 방법을 볼 수 있습니다. “배우기” 암기를 통해 & 병리 현상은 모두 건조 & 를위한 거친 “메모리 도전”, 나 같은. 탐험 이유로 호기심을 갖는, 새로운 데이터 너겟 또는 각 모퉁이에 숨어 이해, 정보가 더 들어갈 것 같다 & 이상 체류. (OT, 하지만 오늘 W / 몇 가지 깔끔한 물건을 발견했다 난 관련 사이트를 언급 줄 알았는데: 마음 / 시프트 - 어떻게 우리가 배울 수 있습니다.)

그리고 처음의 고급 PubMed 검색을 할 수 있었, 하지만 재미 것은되었을 것이라고? 게다가 내가 발견하지 못했던 것과 각질에 대해 배운 것이 많이있다, 그런 케라틴 단백질을위한 PDB 구조의 과다 거기서 wasn'ta. 그게 내 mullings의 최종 점에 따로 – 내가 읽기 백로그에서 일한대로 오늘 전체 왔다고 기사: “촬영 너무 많은 길을“. 당신은 자연에 가입있다면 당신은 그것을 읽을 수, 하지만 중요 한건 연구자가 여전히 주로 그들이 오랫동안 것으로 단백질 같은 세트에 주력하고있다, 이들은 연구 도구가있는 단백질 때문에 (항체, 화학 억제제, 등등). 철학의이 같은 종류의 단백질 구조 사업에 연료를 채우고있다 (PSI는) 노력, 로 설명 여기에. 어쨌든, 나는이 문서가 흥미로운 발견 & 저자 일반적인 제안에 동의. 나는 그러나 이러한 물리적인 연구 도구 넘어 그것을 확장하는 것입니다 & 가는 앞으로 연구자들이 더 많은 데이터 분석 도구가 필요하다는 말을, 그들을 사용하는 방법에 대한 교육 – 하지만 난 것입니다, 저는 오늘 여기 있지 않았 을겁니다? :)

참고 문헌:

  • Sierpinski P, 개렛 J, 마, 애플 P, Klorig D, 스미스 T, LA 마찬가지로, Atala, & 반다이 크 M (2008). 주변 신경의 빠른 재생을 추진 머리카락에서 파생된 각질 biomaterials의 사용. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • 에드워즈, 대답 :, Isserlin, 기철, Bader, 샷, 프라이, 미국, Willson, 토니, & 유, F 조. (2011). 촬영 너무 많은 길을 자연, 470 (7333), 163-165 간접 자원부: 10.1038/470163a

주의 비디오 도움말: 유전 변이 및 마약 정보에 대한 VnD 자원


오늘의 팁에 제가 최근에 찾은 자원을 기능 갈거야. 나는 우리 dbSNP 자습서를 업데이 트 했어요, 어느 메리 & 트레이는 모로코의 워크숍에서 발표합니다, 또한 우리 무료 PDB 자습서, 후원하는 RCSB PDB 팀. 나는 따라서 단백질 구조와 작은 시퀀스 유사 많은 요즘에 대해 생각했습니다. 나는을 탐구로서 NAR의 최신 데이터베이스 문제 에 대한 제보를 할 자원을 찾고, 나는를 설명하는 기사를 발견 VnD (유전 변이와 약물) 리소스, 어느 또한 URL에 액세스할 수 있습니다 www.vandd.org, NAR의 기사에 따르면. 이 문서는 “VnD: 질병 관련 SNPs와 약물의 구조 중심의 데이터베이스“, 및 그림 하나 누구의 단백질 누가 진정한을 보여줍니다, 변동과 질병 자원, 그래서 연구한.

제가 VnD에서 찾은이게 내가 팁에서 기능 싶었던 자원 거라고 확신했다. VnD는 출신 한국어 Bioinformation 센터, 또는 KOBIC, 누가 그들이 제공하는 데이터베이스 및 도구의 목록을 가지고. 난 다른 게시물에 대한 KOBIC 자원의 나머지 부분을 저장 게요 & 여기 VnD에 집중. 같은 자원에서 데이터를 컴파일 RefSeq, OMIM, UniProt, GDP는, DrugBank, dbSNP, 더 충분히 냉각되었을, 그것이 끝날 방법에 따라, 하지만 VnD도 유사 단백질 구조와 약물 / 바인딩 리간드에 영향을 미치는 방법에 대한 자신의 구조 모델링 분석을 수행.

이 팁 영화는 정말 당신에게 VnD에서 구할 수 있습니다 무엇의 범위를 보여주 긴 것만으로는 충분하지 않습니다, 하지만 난 그게 당신이 NAR 기사를 읽어보실 것을 권해드립니다하기에 충분하길 바란다 (아래에 나열된), 그리고 VnD를 확인. 한가지 유의할 사항: 저기 # 모든 dbSNP RS를 기대하지 마라 – 난 우리 튜토리얼에 사용 하셨던 사람은 저기 없습니다. 그들은 특별히 마약 구속 효과가있을 유전자 변형 이내에 관심이있는. 그러나 헤이, 당신은 RS # s와 DrugBank를 쿼리할 수 없습니다, 나는 VnD처럼 한 구조 모델링을 본 적이 없어, 그래서 당신이 유전자 변화가 질병 및 약물 치료와 연결하는 방법에 관심이있다면 당신은 조사를 할 수 있습니다 그 가치 리소스입니다.

빠른 링크:

VnD: 변화 및 ​​약물 자원 - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

한국어 Bioinformation 센터 (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB - HTTP를://www.pdb.org

RCSB PDB에 OpenHelix 자습서 - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: 짧은 유전 유사, NCBI에서 - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

NCBI의 dbSNP에 OpenHelix 자습서 - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

기타 자원과 OpenHelix 자습서에 대한 링크가이 게시물에 언급에 대한, 자원의 카탈로그를 참조하시기 바랍니다 - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

참조:
동양 철학의 양, 제이, 오, 미국, 고, 샷, 공원, 미국, 김, 더블유, 리, B를, & 리, S. (2010). VnD: 질병 관련 SNPs와 약물의 구조 중심의 데이터베이스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq957

금주의 팁: UniProt에서 PSI의 SBKB로 다시 돌아오다


그것은 여러 생물 의학 데이터베이스 또는 리소스를 참조하는 것이 도움이됩니다, 그들은 더 두 자원이 동일한 정보에 집중하지 않기 때문에 중복되는 정보를 제공하는 것 경우에도, 또는 정확하게 같은 방법으로 그것을 제시. 대신 서로 다른 중복의’ curation 노력, 데이터베이스는 종종 다른 자원에서 관련 정보로 링크. 당신은 이러한 링크를 생각할 수 “사회적 연결”, 당신이 원하는 오늘의 팁의 경우에는 당신에게 단백질 정보 자원 간의 연결 정도를 표시하려면, 정말의 핵심 가치의 일부 기능이 새로운 연결을 포함하여 PSI의 구조 생물학 지식, 또는 SBKB.

나는에 제보를 시작 UniProtKB, 나는 UniProt ID 번호로 검색 어디에. 결과 단백질 보고서에서 내가 먼저 간략하게 대응로 연결하는 방법을 보여 RCSB PDB 보고서, 당신은 높은 품질의 단백질 구조 정보와 자세한 내용을 찾을 수. 당신은 RCSB PDB에 대한 자세한 내용을 배우는 데 관심이있다면 & 어떻게 그것을 사용, OpenHelix의 전체를 확인하시기 바랍니다, RCSB PDB 후원됩니다 무료 튜토리얼.

거기에서 나는 UniProt 보고서로 돌아가 옵션을 밖으로 새로운 링크를 보여주는 것을 단백질 프로토콜에 대한 링크, 사용 가능한 자료, SBKB에서뿐만 아니라, 이론 모델에 대한 정보와 예측 단백질 타겟. 내가 보여줄 시간이 없어요하지만 SBKB으로 최근 업데이 트를 사용자가 이제 UniProt의 가입 번호와 구조 생물학 기술 자료를 검색하실 수 있습니다. 이러한 검색 사전 출시 구조 순서에 대한 단백질 구조 정보와 정보를 포함한 추가 정보를 제공합니다. RCSB PDB와 마찬가지로, 우리는이 SBKB에서 무료 튜토리얼 후원입니다 단백질 구조 이니셔티브.

난 스크롤로 UniProt 단백질 보고서 사용자는 bioscience 자원의 다양한 정보와 링크를 볼 수 있습니다. OpenHelix, 제가 확신로 많은 인식, 이러한 자원을 많이 사용하는 방법에 대한 자습서를 가지고. RCSB PDB와 PSI SBKB에 대한 자습서는 무료가 모두. 우리 UniProt에 대한 튜토리얼다른 많은 자원 훈련 우리의 데이터베이스에 등록이나 개별 접근 구입을 통해 사용할 수 있습니다. 당신은 우리의 자습서를 통해 자원을 배울 수 있는지 여부, 참조를 통해 아래리스트, 또는 데이터베이스의 자신의 탐험을 통해, 정말 이런 류의를 통해 제공되는 정보의 놀라운 금액이 있습니다, 공개 투자 자원 – 귀하의 연구에 활용하시기 바랍니다!

빠른 연결:

UniProt의 지식 - http://www.uniprot.org/

UniProt에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

RCSB PDB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/pdb

단백질 구조 사업 구조 생물학 지식 (SBKB) - http://www.sbkb.org/

SBKB에 OpenHelix 자습서 – http://www.openhelix.com/sbkb

모든 OpenHelix 자습서의 카탈로그 – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

참고 문헌:
UniProt 컨소시엄. (2009). 유니버설 단백질 자원 (UniProt) 에 2010 핵산 연구, 38 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkp846

장미, 추신, Beran, B를, BI, C., 블룸, 더블유, Dimitropoulos, D., , 디, 은 Goodsell, 디, Prlic, 대답 :, 퀘사다, 엠, 퀸, 샷, 웨스트 브룩, 제이, 젊은, 제이, Yukich, B를, Zardecki, C., 버먼, 반장님, & 목적지, 피. (2010). RCSB 단백질 데이터 은행: 디자인된 웹 사이트 및 웹 서비스 핵산 연구, 39 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/nar/gkq1021

버먼, 반장님, 웨스트 브룩, 제이, Gabanyi, 엠, 나, 더블유, 이라느 국왕의 존칭, 기철, Kouranov, 대답 :, 스웨덴 인, 토니, 아놀드, 사장님, 키퍼, F., Bordoli, 실은, 코프, 제이, Podvinec, 엠, 아담스, 추신, 카터, 실은, 미성년자, 더블유, 나이르, 기철, & 배어, Kokocinski. (2009). 단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식 핵산 연구, 37 (데이터베이스) 간접 자원부: 10.1093/단백질 구조 사업 구조 유전체학의 지식

많은 단백질 리소스 최근 업데이트 발표

PDB 구조 3rg9

 

 

 

 

최신 자습서 우리의 지속적인 추구, 나는 자원에서 발생하고 이에 따라 우리의 업데이 트를 계획하고 변경 사항을 추적하고 있었어. 단백질 자원, 특히 여름에 문제가 나를 계속하실 작정 이오, 그들의 개발자와 큐레이터 바쁜 되었기 때문에! 나는 아래의 간단한 개요를 뽑아 봤어요, 당신이에 대해 알고 다른 리소스에 대한 의견을 부탁드립니다, 또는 자랑하고 싶지! :)

  • 나는 특집 proteomic 도구 ExPASy 목록과거 팁. 이리스트는 더 이상 화요일로 유지되는 최신, 하지만 ExPASy 자원 되고 이후 확장되었습니다 “막” proteomics 리소스와 이제 새로운 SIB 생물 정보학 자원 포털입니다. 의 개발자에 따르면, 포털:

    “proteomics를 포함한 생명 과학의 여러 분야에서 과학적 데이터베이스와 소프트웨어 도구에 대한 액세스를 제공합니다, 게놈, phylogeny, 시스템 생물학, 인구 유전학, transcriptomics 등. … 이 포털에서 당신은 여러 SIB 그룹뿐만 아니라 외부 기관으로부터 자료를 찾습니다.”

    그리고 겁내지마, 발견 proteomics 도구의 최신 목록은 아직있다 여기에.

  • 내가 지난 주에 우리 팁에서 언급되는 NCBI의 MMDB 업데이 트를 거쳐이 & 내가 업데이 트됩니다 우리의 튜토리얼 그것에 곧.
  • NCI / 자연 패스 상호 작용 데이터베이스, 또는 PID, 새로운 업데이트 경로 정보를 포함하는 업데이 트 6월 14일 있었.
  • 물어보세요 업데이 트 6월 21일 있었, 릴리스하는 것입니다 20.73, 그리고 지금 포함 1618 문서 항목, 1308 패턴, 936 프로필 925 ProRules.
  • The RCSB PDB 자원 그들 찾아보기 데이터베이스 함수에 발표 업데이 트를했다, 구조 요약 페이지와에서 향상된 시퀀스가​​ 표시됩니다 PDB - 101 교육 자원 PDB 페이지에 칠판 로고에서 사용할 수. PDB를 사용에 대한 자세한 내용은, 우리를 참조하시기 바랍니다 무료 PDB 소개 자습서 후원 RCSB.
  • STRING의 9.0 공개 지금 사용할 수 있습니다, 우리가 어떤을 찾고있을거야 안으로 업데이 트해야합니다 우리의 튜토리얼 결과로.
  • UniProt 많은 박테리아 및 archaeal 유형 II 독소 - 항독소 모듈에 대한 주요 업데이 트를 포함하는 업데이 트를 릴리스 6월 28일, 으로 설명되어 있습니다 여기에.

모든 새로운 정보를 즐기십시오 – 전 그럴 거예요! :)

금주의 팁: 새로운 OMIM ® 개선

생물 정보학 자원의 영역에서, 몇 가지 더 OMIM보다 ® 오래된 아르, 사람에 온라인 Mendelian 상속 [음, 원래 온라인 상태가 아닙니다, 색인 카드에 ...]. 분은 OMIM에 새로운 수도, 그것은 유전자와 그 변형의 목록입니다, 인간에 ​​phenotypes을 결과, 보다 임상 관점에서 몇 가지 리소스가 제공하는 것보다. 나는이 게시물에 대한 OMIM의 역사를 검토되면서, 난 어떤 게놈에 더 이상 컴퓨터 프레임 워크에 유지가되어있어 저장소가있는 경우 의심하기 시작했다. 내가 나이가 단백질 분석 프로그램 그 알고 내가 한 번 여기에 썼습니다–마가렛 Dayhoff과 로버트 Ledley에서. 하지만 지속으로 저장소 또는 카탈로그 저장다고, 빅터 McKusick 쓴:

남자 Mendelian 상속 이후 컴퓨터에 유지되었습니다 1964.

이것은 당시 존스 홉킨스에​​서 메인 프레임에 보관되었다. 아마 가까운 줄 알았는데 다른 하나는 있었어요 RCSB PDB, 어떤 설명하는 그들의 “에 대해” 이런 방식으로 페이지:

PDB가 설립되었습니다 1971 Brookhaven 국립 연구소와에 원래 포함된 7 구조.

그것은 어떤 형태로 그것은 이전 컴퓨터 시스템 그 이상의 존재 가능성이 높습니다–과 밈에게 기록에 대한 실행을 제공할 수 있습니다. 브루노 Strasser는 설명 4 리소스가 같은시기에 개발된–1965–캠브리지 구조 데이터베이스로, 마인, 색인 Medicus, 단백질 시퀀스와 구조와 아틀라스.

그것은 유지하고이 오래 자원을 개발 쉽지 않아. 그냥이 지난 달, 우리는에 대해서 배웠습니다 KEGG의 위험이 떠나 버려서. 하지만 생물 정보학에–생물학처럼–리소스가 진화하거나 죽을 필요. (사실, 나는 문구는 생물학 교수뿐만 아니라 필요한 걸 설명하는 본학과의 의자에서 사용하는 것을 대학원에 다니는 기억하실 수 있습니다.) 주간 이번주의 팁 있음, 난 OMIM이 변화는 것을보고, 그리고 새로운 인터페이스를 소개.

대부분의 사람들은가 발생했습니다 NCBI에서 OMIM. 하지만 당신이 오늘 거기로 가면, 여러분이 홈페이지에이 통지가 나타납니다:

OMIM에서 새 가정을 가지고 있기 때문입니다. NCBI의 화신이 업데이 트됩니다면 앞으로는 현재로서는 분명하지 않다. JHU에 OMIM 팀은 소프트웨어 공급자는 누가 지금 새에 해당 링크를 마이 그 레이션 OMIM에 대한 링크를 제공을 요청합니다 OMIM.org 사이트, 어느 OMIM 팀으로 간주 공식 사이트 그리고 최대 최신 편이 될 것이다.

이 진화 OMIM에 대해 구체적으로 지금 얘기합시다: 그것은 새로운 세기에 들어온거야! 궁수! 수십 년 동안 큐레이터 데이터의 믿을 수 깊은 컬렉션은 여전히​​ 남아 있습니다, 그러나 새 인터페이스는 매우 사용이 보는 좋은–더 이상 같아 1995 저쪽에. 또한 새로운 편리한 링크가 없습니다, 새로운 검색 옵션, 새로운 기능은 아직 와서.

자동 송출 유전자에 대해이 같은 기록을 비교 (유전성 결장암에 기여) 두 장소에서:

NCBI에서 이전 OMIM: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/611731

JHU에서 새로운 OMIM: http://www.omim.org/entry/611731

나는 새 페이지가 크게 tidier로 발견, 당신은 몰라요? 다른 리소스에 필요한 링크가 아직도 남아 있죠, 하지만 지금은 그들을 찾기 위해 메뉴를 열고 전환할 수 있습니다. 그리고 링크 중 일부는 이전 페이지에 해당되지 않은 리소스에 아르 (예를 들면, BioGPS PharmGKB 이는 우리가별로 좋아하지!). 나는 또한 해당 페이지에 대한 링크가 될 것이라고 말했다 해요 해독하다 리소스.

당신은 여전히​​ 유전자지도 링크에 대한 고급 검색을 클릭하여 밈지도 주위를 탐색할 수 있습니다: http://www.omim.org/search/advanced/geneMap . 내가 염색체 영역에서 뭔가 흥미로운 발견이 있고 그 지역에서보고 있었는지 그리고 저장된 OMIM에보고 싶은 많은 일에이 짓을.

Google 번역 메뉴와 언어를 변경할 수있는 옵션 내가 생각 또 다른 기능은 아주 멋져요입니다. 난 완벽한 사람은 아니 알아, 하지만 난 다른 언어로 된 블로그 게시물을 읽고 싶어하는 것을 점점 찾는 그리고 난 꽤 잘 작동 찾기 오전. OMIM 데이터를 이렇게 쉽게 영어 이외의 스피커에 액세스할 수 있도록 정말 멋진 터치입니다.

비록 때로는 새로운 소프트웨어로 전환하는 힘든, 이건 좋은 징조라고 생각. 너무 오래 전에 시작 우수한 지식 컬렉션을 유지 이외에, 새로운 인터페이스는 OMIM 성장 지속되고 오늘날의 요구를 충족하도록 변경 수단. 그리고 우리가 더 게놈 유사 콘텐츠를 더하고 변경을 식별하는 전진으로 영향을 미치는 인간의 건강, 이렇게 잘 큐레이터과 깊은 지식 기반이 중요합니다.

새로운 외관과 새로운 가정에있는 OMIM 팀에 축하.

새로운 OMIM로 빠른 링크: http://www.omim.org/

(보너스: 한 당신은 또한 동물 OMIA에 온라인 Mendelian 상속 없다는 거 알아? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia )

트위터에 그들을 따라: http://twitter.com/#!/OmimOrg

참고 문헌:
McKusick, 에. (2006). 스포트의 60 년 이야기, 지도, 그리고 유전자 게놈과 인간 유전자의 연례 검토, 7 (1), 1-27 간접 자원부: 10.1146/annurev.genom.7.080505.115749

Amberger, 제이, Mouthpieces, C., & Hamosh, A. (2011). 새로운 얼굴과 인간에 온라인으로 mendelian 상속에 대한 새로운 도전 (OMIM ®) 인간의 돌연변, 32 (5), 564-567 간접 자원부: 10.1002/mu.21466입니다

Strasser, B 조. (2009). 수집, 비교, 및 컴퓨팅 시퀀스: 마가렛 O를 제작. 단백질 시퀀스와 구조의 Dayhoff의 아틀라스, 1954-1965 생물학의 역사 저널, 43 (4), 623-660 간접 자원부: 10.1007/s10739 - 009 - 9221-0 (PDF로 사용할 수 여기에 그의 교수 웹 사이트.)

Strasser, 비제이 (2006) “수집 및 실험: 생물 학적 연구의 도덕 경제, 1960의 - 1980.”, 과학의 역사에 대한 최대 - 플랑크 연구소의 Preprints, 310, 105-23.