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Astuce Vidéo de la semaine: Aquariums, un accès simplifié à des structures de protéines pour les biologistes

Vidéo astuce de cette semaine de la semaine est Aquariums, une nouvelle ressource pour explorer les structures protéiques, mutations, et similitudes avec d'autres protéines. Ce est une expérience très bien conçu et interactif pour les utilisateurs finaux. Il est destiné en grande partie à des biologistes qui pourraient bénéficier d'explorer les détails structurels de leurs protéines d'intérêt, mais sont intimidés par des outils visant à biologistes structurels. Mais pour les développeurs d'outils, vous devriez également examiner comment ce déploiement se. Ce est l'un des meilleurs exemples d'un lancement de l'outil que je ai vu dans ce domaine. Et je ai vu beaucoup.

Alors d'abord, l'outil. Aquaria offre aux utilisateurs un moyen simple d'accéder et d'explorer des structures protéiques. En combinant les types d'informations que vous recevez de la PIB ressources de structure, et des détails supplémentaires comme le UniProt mutations. Actuellement, vous commencez avec une recherche de base en demandant une protéine par nom, ou PDB ou UniProt ID. Ils ont pré-calculé les relations de protéines dans l'APB et Swiss-Prot de vous offrir rapidement une structure et des protéines liées. Les notes de papier: “Actuellement, Aquariums contient 46 million précalculées séquence à structure alignements, résultant en au moins une structure d'adaptation pour 87% de protéines Swiss-Prot et une médiane de 35 structures par protéine….” En outre, il vous permet d'explorer d'autres caractéristiques biologiques importantes telles que InterPro domaines, modifications post-traductionnelles, de sorte que vous pouvez penser à la façon dont les mutations + structures + fonctions affectent une protéine donnée que vous êtes intéressé à. Comme ils le décrivent:

“Nous avons chargé les données de SNP Uniprot et Interpro de sorte que vous pouvez voir où les mutations se trouvent sur votre modèle 3D. Et nous avons constaté que vous pourriez être agréablement surpris de trouver votre regroupement des mutations dans l'espace 3D!”

Les gens Aquaria fourni une vidéo d'intro pour vous lancer:

Une autre fonctionnalité pratique ils ont fourni un Carte de référence rapide des raccourcis vers les fonctions [PDF]. En plus de cette intro, ils ont une vidéo plus longue ainsi. Ce est plus comme une conférence typique avec l'arrière-plan, le cadre, les objectifs du projet, et plus sur la base de données sous-jacente.

Maintenant, cette chose sur le déploiement de ce projet de logiciel. Je l'ai trouvé quand je étais à la recherche au cours des discussions lors de la prochaine Conférence VIZBI (Visualisation des données biologiques). Chaque année, je trouve qu'il ya des idées incroyables qui sortent de VIZBI, et des outils Je veux explorer. Parmi eux cette année est Aquaria. Alors je suis allé à la recherche pour plus de détails, et a trouvé certaines des choses traditionnelle. Le papier (ci-dessous), l' communiqué de presse, etc. Et puis je ai trouvé le Discussion Reddit. L'équipe a fait un Aquaria AMA sciences sur cet outil. Il a engagé un éventail de gens–certaines personnes seulement les fans de science qui avait probablement jamais vu structures de protéines avant. Ce est très bien avec moi–les plus de gens qui apprécient la recherche et en apprendre davantage sur la façon dont les chercheurs explorent des protéines est une bonne chose. Mais d'autres avaient de bonnes questions techniques pour l'équipe–comme d'autres façons de trouver des protéines d'intérêt avec les recherches de séquence, ou l'intégration avec d'autres outils tels que UCSC Genome Browser. Toutes les réponses sont là-bas. Je ai apprécié la question sur le nom de l'outil:

Il semble que vous avez les idées que nous avions à l'esprit: utilisant Aquaria nous permet d'observer ces créatures fascinantes (protéines) du monde naturel. Aquaria crée un environnement artificiel et l'éclairage où nous pouvons observer des protéines isolées; comme les poissons d'aquarium, protéines sont souvent belles et (habituellement) vivre dans l'eau.

Je leur ai demandé comment ce joue, et ils avaient ~ 1 000 personnes visitent leur site à la suite de cet événement Reddit. Ce était vraiment intéressant pour moi, et une route très soignée pour sensibiliser le public.

Ils ont également fourni un moyen de soutenir les utilisateurs avec un de mes autres ressources préférées–Biostars. Ils ont créé un thread de support là où utilisations peuvent poser des questions et obtenir des réponses. https://www.biostars.org/t/aquaria/ Je préfère cette façon aux listes de diffusion, et je suis heureux de voir cette méthode facile à obtenir de l'aide. En fait,, Je ai demandé quelque chose que je ne arrivais pas à comprendre encore.prot_structure_sample (Voici la protéine je regardais: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A Je voulais voir tous les sous-unités en couleur, vous sélectionnez autofocus de-faire. Et la couleur par des chaînes pour cette version.)

Aussi, pour les types de développeurs: ils offrent un moyen pour vous d'interagir avec le logiciel Aquaria pour ajouter vos propres caractéristiques d'intérêt avec leur API. Peut-être que vous avez de nouvelles mutations que vous avez trouvé dans certains séquence que vous avez obtenu dans votre laboratoire, par exemple,. Ils offrent des conseils sur ce ici: http://bit.ly/aquaria-features. Ils touchent à ce sujet dans la vidéo plus (~ 27min) si vous voulez un peu plus d'explications. Je soupçonne du soutien de haute qualité qu'ils offrent, ils seraient intéressés à entendre parler de vous et ce que vous dispose aimerais voir appliqué à ces protéines ainsi.

Donc bravo à cette équipe pour un outil astucieux et les efforts de sensibilisation multimédia vraiment graves. Je pense que ce était bien fait sur tous les plans. Je parie que vous Reddit atteint plus des gens de droite qu'un communiqué de presse sera jamais. PIO prendre note–obtenir vos scientifiques sur Reddit.

Liens rapides:

Aquariums place: http://aquaria.ws/

Reddit sciences AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

Thread de support Biostar: https://www.biostars.org/t/aquaria/

Référence:
O'Donoghue S.I., Kenneth S Sabir, Maria Kalemanov, Christian Stolte, Benjamin Wellmann, Vivian Ho, Manfred Roos, Nelson Perdigão, Fabian A Arbustes, Julian Henry & Burkhard Rost & (2015). Aquariums: simplifier la découverte et la perspicacité de structures de protéines, Nature Methods, 12 (2) 98-99. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • RT @ Massgenomics: Faits saillants de ENCODE papier transcriptome, qui a réfuté solidement “ARN répandues et les différences d'ADN” le papier (Li et al): http://t.co/ipYoHYZO
  • RT @ Cytoscape: Cytoscape 3 Beta est hors! http://t.co/cY7fM3g4http://t.co/fj54agPN
  • De la liste de diffusion PBDE: L' 2012 Prix ​​Nobel de chimie a été décerné à Robert J.
    Lefkowitz et Brian K. Kobilka pour leurs études de G-récepteurs couplés aux protéines. Vous pouvez en apprendre davantage sur cette importante famille de récepteurs en explorant leurs structures au sein de la PIB. http://pdbe.org/nobel2012
  • RT @ The_prbb: «La médecine personnalisée et Big Pharma besoin de bioinformatique" http://t.co/lf5v6MXU
  • RT @ Cswitwer: @ MountSinaiNYC annonce cours de séquençage du génome ur propre, pour former docs avenir. Oui! http://t.co/WAGANX92 #wgs ​​# P4 @ ISBUSA
  • RT @ Doe_jgi: MT @ BrookhavenLab usine virtuelle # biologie: simulant des graines pour augmenter la production d'huile de nourriture et de carburant vert # – http://t.co/565N7EPw
  • RT @ Bioinformer: Quelques-uns des meilleurs outils pour la bioinformatique virus sont plus au LANL ... http://t.co/0I92VEE2 Beau travail!

Priorités dans l' lieu de travail est en feu:

SNPpets vendredi

Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…

  • Nice video sur l'interférence ARN par Nature Reviews Genetics. Vous pouvez accéder à tous les liens ARNi vedette multimédia à partir de cette page, ou aller tout droit à la vidéo sur cette page. [Jennifer]
  • Intéressant, Les 10K Répertoire (R10K) Projet: RT @ deannachurch: CG: aller à http://t.co/rekf2Gkd pour plus d'informations sur l'adhésion au projet! #AGBT [Mary]
  • Et ce n'est pas dans les journaux plus… RT @ Genome_gov: Pachter: “Mon pire cauchemar: la malédiction de séquençage en profondeur” aka trop de données. #AGBT [Mary]
  • Lire une prévision de la nature sur les allergies à partir de novembre. 2011 – beaucoup de nouvelles philosophies & théories que je n'étais pas au courant de. Actuellement libre accès complet est disponible à l' Perspectives allergie Nature [Jennifer]
  • RT @ Andrewsu: Nuage de mots de la NAR 2012 Numéro résumés de base de données via http://t.co/TMtefZ0k http://t.co/2zRzZkEG [Mary]
  • Refroidir nouvelle option pour les soumissions APB: Ouvrages d'art Pour bénévole Foldit [Jennifer]
  • RT @ LouWoodley Tweeps NYC – la science en ligne est la prochaine NYC le 20 Mars sur le maintien du dossier de recherche linéaire http://bit.ly/xwziUb #sonyc [Jennifer]
  • RT @ GeneSherpas: "@ GeneticsUpdate: Pouvez-vous être congédié pour vos gènes? http://t.co / fDaOriU"Nous espérons que notre avenir ne se résume pas à cette!" [Mary]
  • Il! C'était inattendu… RT @ Edyong209: Bizarre étude SNP sur la génétique du chant choral. Résumé prend tournure surprenante dans les lignes finales. http://t.co/VkSU4fd0 [Mary]
  • RT @ Jacksonlab: Face à une maladie rare génétique # ensemble, la famille Wentzell ne laisse rien les ralentir. #raredisease http://t.co/bscdUXoN [Mary]

RCSB APB Webinaire gratuit

Je voulais juste donner un heads-up à notre webinaire gratuit sur la banque de données RCSB Protein. Il va être mercredi prochain, à 11h du Pacifique des États-Unis le temps. (c'est 18:00 UTC). Ce sera environ une heure, et ce que j'ai dit c'est gratuit?

Les places sont limitées, inscrivez-vous dès.

Vous pouvez voir notre annonce ici: http://blog.openhelix.eu/?p=11055

et vous pouvez aller vous inscrire dès maintenant ici: http://www.openhelix.com/cgi/webinars.cgi

Si vous ne pouvez pas faire le webinaire, vous pouvez consulter nos documents de formation et de tutorat ici (également libres, parrainé par RCSB APB)

Mises à jour Nouvelles connexes à l'APB (Protein Data Bank), etc.

Ceci est un petit post pour vous informer sur les événements & les nouvelles que j'ai recueillies qui sont associés à la Protein Data Bank et les ressources d'autres protéines.

  • Nous avons récemment reçu une suggestion pour l'APB RCSB grâce à Twitter:

    RT @27andaphd: @Compris @openhelix vous savez ce que? Je pense vraiment que l'APB doit avoir une barre d'outils Firefox pour struct bio ppl comme moi. cc @openhelix

Eh bien , Vous avez de la chance, @ 27andaphd! J'ai parlé à quelqu'un de l'équipe APB et ils vous ont couverts de la barre d'outils, comme décrit dans cet été 2010 Point bulletin: Rechercher dans l'APB RCSB Votre navigateur Web

  • L' Biologie Structurale de connaissances, ou SBKB, est une base de données de la soeur RCSB PDB, et jeudi dernier ils ont publié la version 4.0 de l'SBKB. J'ai été vérifier la libération & il semble bon – ils ont organisé des catégories d'information et de ressources dans “concentrateurs”, comme un Hub structurels cibles, une séquence, Structure, & Hub Fonction, un Hub Méthodes, et plus. Je suis en train maintenant de mettre à jour nos parrainé (libre) SBKB tutoriel aujourd'hui, mais vous pouvez consulter le communiqué & voir les nouveautés.

  • Nous avons des articles de presse les plus excitantes bientôt, Restez à l'écoute!

Liens rapides:
La Biologie Structurale de connaissances (SBKB): http://www.sbkb.org/

La Protein Data Bank (PIB) http://www.pdb.org/

OpenHelix du tutoriel gratuit d'initiation à l'SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

OpenHelix du tutoriel gratuit d'initiation à l'APB: http://www.openhelix.com/pdb

Sur une mission d'information sur la protéine

C'est probablement la capacité de tout le cerveau humain se connecter points & trouver des modèles, mais il peut être intéressant de voir comment de nombreux “sans rapport” événements et des bits d'information s'accumulent dans ma tête & finissent par être chaud dans une idée ou une théorie. Prenez, par exemple,, un mélangeur récents des biotechnologies, bits à partir d'une série leadership en éducation & un article dans Nature dernières – chaque “évènement” a été méandres de mon esprit et maintenant, ils trouvent leur chemin comme ce blog.

OK, maintenant l'explication: Lors d'une manifestation récente de biotechnologie locale que j'ai entendu parler d'une entreprise (KeraNetics) purification des protéines de kératine & les utiliser pour développer des applications thérapeutiques et de recherche. La société & leurs recherches semblé très intéressant & parce que beaucoup d'elle vise à aider les soldats blessés, il a aussi sonné directement bénéfique. L'exposé a été de courte, seulement environ 20 minutes, donc il n'y avait pas beaucoup de temps pour plus de détails ou questions. J'ai décidé que je serais s'aventurer à travers plusieurs de bases de données des biosciences et des ressources que je connais et que j'aime, afin d'en apprendre plus sur la kératine.

Ma quête était à la fois amusant et frustrant à cause de la nature de la bête – kératine est “bien connu” (i.e. il arrive dans les compétitions universitaires du secondaire défi «beaucoup», en fonction de quelqu'un dans le savoir), mais il est difficile de travailler avec (i.e. résistant, insolubles, fibreuse protéines structurales) qu'il est difficile de trouver beaucoup d'informations générales sur votre base de données moyenne en protéines (car elle est faite de nombreux produits de gènes différents, tous les appelés “kératine”). J'ai décidé de commencer mon aventure à deux de mes ressources protéine favorite, PIB & SBKB, mais je trouve pas de structures résolu pour la kératine. En raison de la façon dont les bases de données organisme modèle sont organisée et organisé, Je commence souvent une recherche de protéines il y, juste pour avoir quelques connaissances de base, noms de gènes, information sur la séquence, etc. Dans (bien sûr) rien trouvé d'autres d'un couple de termes dans le GO Saccharomyces Genome Database (SGD), mais j'ai trouvé des centaines de résultats dans les deux Informatique de génome de souris (MGI) (660 caractéristiques génomiques) et Rat Genome Database (RGD) (162 gènes du rat, 342 gènes humains). J'ai aussi trouvé les noms de gènes (* Krt), séquences et les annotations de synthèse de nombreuses références à des maladies avec des liens vers OMIM. Quand j'ai interrogé pour “kératine”, dans les OMIM Je me suis 180 frappe, y compris les 61 “synopsises cliniques”, dans les UniProt retour 505 entrées en revue et 2,435 entiries non révisés, dans les Entrez protéines 10,611 résultats et dans PubMed 26,430 articles avec 1,707 commentaires. J'ai obtenu ma curiosité sur KeraNetics’ la recherche rassasié en utilisant une recherche PubMed avancés pour la kératine dans l'abstrait ou le titre & le PI nom en tant qu'auteur (search = “(kératine[Titre / Résumé]) ET Van Dyke[Auteur]“).

J'ai fini avec une foule d'informations conduit que je pouvais avoir chassé par le biais, mais il a été un processus amusant dans lequel j'ai beaucoup appris sur la kératine. C'est là que les choses l'éducation vient en. J'ai vu beaucoup d'études vont en parlant de la réforme de l'éducation à une enquête plus approfondie conduit, et je ne peux absolument voir comment cela peut fonctionner. “D'apprentissage” à travers la mémorisation & régurgitation est sèche pour tous & rugueuses pour les “la mémoire a contesté”, comme moi. Avoir une raison ou une curiosité à découvrir, avec une pépite de nouvelles données ou de compréhension qui rôdent autour de chaque coin, l'information semble juste pour obtenir une meilleure & rester plus longtemps. (OT, mais j'ai décidé mentionnent un site que j'ai trouvé aujourd'hui, w / quelques trucs sympa: Mind / Maj-Comment nous allons apprendre.)

Et j'aurais pu faire la recherche avancée PubMed dans le début, mais quel plaisir cela aurait été? Plus il ya beaucoup de choses que j'ai appris sur la kératine de ce que je n'ai pas trouvé, comme ça il n'y avait pas pléthore de structures APB pour protéines de kératine. Ce qui m'amène à le point final de ma Mullings – un article que j'ai rencontré aujourd'hui, comme je travaille sur mon carnet de lecture: “Trop de routes non pris“. Si vous avez un abonnement à la Nature, vous pouvez le lire, mais le point principal est que les chercheurs sont encore largement axée sur le même ensemble de protéines qui ont été pendant longtemps, car ce sont les protéines pour lesquelles il existe des outils de recherche (anticorps, chimiques inhibiteurs, etc). Ce même genre de philosophie qui alimente l'Initiative de la structure des protéines (PSI) les efforts, tel que décrit ici. De toute façon, J'ai trouvé l'article intéressant & accord avec les suggestions des auteurs générale. Je voudrais toutefois l'étendre au-delà de ces outils de recherche physique & dire que les chercheurs vont avancer besoin de plus d'outils d'analyse de données, et de formation sur la façon de les utiliser – mais je voudrais, ne serais-je? :)

Références:

  • Sierpinski P, Garrett J, I J, Appelez-P, Klorig D, Smith T, Comment la, Un Atala, & M Van Dyke (2008). L'utilisation de biomatériaux dérivés de kératine des cheveux humains pour la promotion de la régénération rapide des nerfs périphériques. Biomatériaux, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Trop de routes non pris Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163une

Astuce Vidéo de la semaine: Ressources d'information sur la variation de dongs et drogues génétique


Dans la pointe d'aujourd'hui, je vais fonction d'une ressource qui j'ai trouvé récemment. J'ai été mise à jour notre tutoriel dbSNP, laquelle Marie & Trey sera présenté lors d'ateliers au Maroc, et aussi notre gratuitement tutoriel APB, qui est parrainé par le RCSB PDB l'équipe. J'ai donc pensé à la structure des protéines et des variations de séquence de petites beaucoup ces derniers temps. Comme je l'ai exploré les question de dernière base de données de la NAR la recherche de ressources pour faire un bout sur le, J'ai trouvé un article décrivant l' VND (la variation génétique et drogues) des ressources, qui peut également être consulté à l'adresse www.vandd.org, Selon l'article de la NAR. L'article est “VND: une base de données centrée sur la structure de la maladie liée SNP et les drogues“, et chiffre un montre un véritable Qui est qui de la protéine, les ressources de variation et de la maladie, alors j'ai eu à enquêter.

Qu'est-ce que j'ai trouvé à VND m'a fait sûr que ce fut une ressource que je voulais figurer dans une astuce. VND est de la Corée Bioinformation Centre, ou KOBIC, qui a une liste de bases de données et les outils qu'ils fournissent. Je vais sauver le reste des ressources KOBIC pour un autre poste & concentrer sur VND ici. La compilation des données de ressources telles que RefSeq, OMIM, UniProt, PIB, DrugBank, dbSNP, GAD et plus pourraient avoir été assez cool, selon la façon dont cela a été fait, mais le fait aussi VND leur propre analyse sur la façon dont la modélisation des structures de la variation affecte la structure des protéines et des médicaments / ligand.

Ce film pointe n'est pas assez longue pour vraiment vous montrer l'ampleur de ce qui est disponible à partir du VND, mais j'espère que ce sera suffisant pour vous inciter à lire l'article NAR (énumérés ci-dessous), et de vérifier VND. Une chose à noter: ne vous attendez pas à trouver toutes les RS # dbSNP là-bas – celui que j'ai été en utilisant dans notre tutoriel n'est pas là-bas. Ils sont particulièrement intéressés par des variations dans les gènes qui pourraient l'effet du médicament contraignante. Mais bon, Vous ne pouvez pas interroger DrugBank avec RS # s, et je n'ai jamais vu la modélisation de la structure fait comme VND, il est donc une ressource digne que vous pouvez étudier si vous êtes intéressé par la manière dont les variations génétiques en contact avec les thérapies des maladies et des médicaments.

Liens rapides:

VND: Variations et drogues ressources - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Corée Bioinformation Centre (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB APB - http://www.pdb.org

Tutoriel sur l'APB OpenHelix RCSB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Court variations génétiques, du NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

Tutoriel sur la OpenHelix dbSNP NCBI - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Pour les liens vers d'autres ressources et tutoriels OpenHelix mentionnés dans ce message, S'il vous plaît voir notre catalogue de ressources - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Référence:
YH.g, J., Oh, S., Mon, G., Parc, S., Kim, W., Lee, B., & Lee, S. (2010). VND: une base de données centrée sur la structure de la maladie liée SNP et les drogues Nucleic Acids Research, 39 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkq957

Astuce de la semaine: De UniProt à l'SBKB PSI et Back Again


Il est souvent avantageux de visiter plusieurs bases de données biomédicales ou de ressources, même si elles semblent à fournir des informations qui se chevauchent, car il n'ya pas deux ressources se concentrent sur les mêmes informations, ou de le présenter exactement de la même manière. Au lieu de dupliquer les uns des autres’ curation des efforts, base de données souvent un lien vers des informations connexes à d'autres ressources. Vous pouvez penser que ces liens “les liens sociaux”, si vous voulez et en pointe d'aujourd'hui, je veux vous montrer quelques liens entre les ressources d'information en protéines, notamment une nouvelle connexion qui offre vraiment quelques-unes des valeurs fondamentales de l' PSI Biologie Structurale Knowledgebase, ou SBKB.

Je commence à la pointe l'UniProtKB, où je chercher un numéro ID UniProt. Depuis le rapport de la protéine résultant J'ai d'abord brièvement vous montrer comment lier à un correspondant RCSB PDB rapport, où vous pouvez trouver des informations de haute qualité de la structure des protéines et plus. Si vous êtes intéressés à en apprendre davantage sur l'APB RCSB & comment l'utiliser, s'il vous plaît consulter OpenHelix est pleine, tutoriel gratuit qui est parrainé par l'APB RCSB.

De là, je reviens au rapport UniProt et démontrer un nouveau lien sur l'option que les liens vers les protocoles de protéines, matériaux disponibles, cibles des protéines ainsi que des informations sur des modèles théoriques et prédit à partir du SBKB. Je n'ai pas le temps de le montrer, mais une récente mise à jour du SBKB permet aux utilisateurs de maintenant rechercher la structure de connaissances de biologie avec un numéro d'accession UniProt. Ces recherches fournissent aux utilisateurs des informations supplémentaires, y compris les informations de structure des protéines et des informations sur la séquence structure pré-publié. Comme avec l'APB RCSB, nous avons une tutoriel gratuit sur les SBKB qui est parrainé par le Initiative de la structure des protéines.

Comme je l'ai défiler les utilisateurs UniProt rapport protéines verrez des informations et des liens pour une grande variété de ressources en biosciences. OpenHelix, comme je suis sûr que beaucoup d'entre vous sont conscients, a tutoriels sur la façon d'utiliser beaucoup de ces ressources. Nos tutoriels sur l'APB et le RCSB SBKB PSI sont à la fois libre. Notre tutoriels sur UniProt et beaucoup d'autres ressources sont disponibles via un abonnement à notre base de données des formations ou par l'achat de l'accès individuel. Que vous apprennent les ressources grâce à nos tutoriels, à travers les références que je liste ci-dessous, ou par votre propres explorations des bases de données, il ya vraiment une quantité incroyable d'informations disponibles à travers ces interconnectés, ressources publiques financées par – S'il vous plaît de les utiliser dans vos recherches!

Liens rapides:

UniProt connaissances - http://www.uniprot.org/

Tutoriel sur la OpenHelix UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

Tutoriel sur l'APB OpenHelix RCSB – http://www.openhelix.com/pdb

L'Initiative de la structure des protéines Biologie Structurale Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

Tutoriel sur la OpenHelix SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Catalogue de tous les tutoriels OpenHelix – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Références:
Le Consortium UniProt. (2009). La ressource de protéines universelle (UniProt) dans les 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jeunes, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). La RCSB Protein Data Bank: nouveau site Web et services Web Nucleic Acids Research, 39 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Shah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Suédois, T., Arnold, K., Pine, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Carter, L., Mineure, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). L'initiative la structure des protéines structurelles génomique de connaissances Nucleic Acids Research, 37 (Base de données) DOI: 10.1093/nar/gkn790

Ressources en protéines Beaucoup ont annoncé récemment mises à jour

3rg9 structure de l'APB

 

 

 

 

Dans notre recherche constante de mise à jour des tutoriels, J'ai suivi des changements qui se produisent à des ressources et la planification de nos mises à jour en conséquence. Ressources en protéines sont particulièrement allait me sortir du pétrin cet été, parce que leurs développeurs et les conservateurs ont été occupés! J'ai compilé un court synopsis ci-dessous, et apprécierait des commentaires sur toutes les autres ressources que vous connaissez, ou si vous voulez vanter! :)

  • J'ai vedette de la Liste des outils protéomiques ExPASy dans un astuce dernières. À partir de mardi cette liste n'est plus maintenu à jour, mais la Ressources ExPASy a été élargi au-delà d'être “simplement” une ressource de la protéomique et est désormais le nouveau portail SIB bioinformatique. Selon ses développeurs, le portail de:

    “donne accès à des bases de données scientifiques et des outils logiciels dans différents domaines des sciences de la vie, y compris la protéomique, génomique, phylogénie, la biologie des systèmes, la génétique des populations, transcriptomique, etc. … Sur ce portail, vous trouverez des ressources de nombreux groupes différents SIB ainsi que des institutions extérieures.”

    Et n'ayez crainte, il ya toujours une liste à jour des outils de la protéomique trouvés ici.

  • J'ai mentionné dans mon conseil la semaine dernière que NCBI MMDB a subi une mise à jour & Je mettrai à jour notre tutoriel sur elle dès.
  • NCI / Nature Database Interaction Pathway, ou PID, avait une mise à jour Juin 14ème inclut des informations nouvelles et actualisées voie.
  • PROSITE avait une mise à jour Juin 21st, ce qui est presse 20.73, et comprend maintenant 1618 entrées de documentation, 1308 modèles, 936 des profils et des 925 ProRules.
  • L' RCSB APB ressources a annoncé les mises à jour de leur fonction Base de données Parcourir, affiche la séquence améliorée à partir des pages de synthèse de la structure et APB-101 ressources pédagogiques disponible à partir logos noir sur les pages APB. Pour plus de détails sur l'utilisation de l'APB, S'il vous plaît voir notre gratuitement tutoriel d'introduction APB parrainé par le RCSB.
  • String 9.0 communiqué est maintenant disponible, et nous allons chercher dans quelque chose que nous devons mettre à jour dans notre tutoriel suite.
  • UniProt a publié une mise à jour Juin 28 que comportait une mise à jour majeure sur de nombreux bactéries et archées type II toxine-antitoxine modules, comme il est décrit ici.

Profitez de toutes les nouvelles informations – Je sais que je vais! :)

Astuce de la semaine: Nouveau et amélioré OMIM ®

Dans le domaine des ressources bioinformatiques, peu sont plus vénérable que OMIM ®, Hérédité mendélienne ligne à Man [ainsi, l'origine n'est pas en ligne, sur des fiches ...]. Pour ceux qui pourraient être nouvelles pour OMIM, il est un catalogue des gènes et de leurs variations, et les phénotypes résultant chez l'homme, avec une perspective plus clinique que certains offrent des ressources. Comme je passais en revue l'histoire de l'OMIM pour ce post, J'ai commencé à me demander s'il n'y a même pas de référentiel en génomique qui a été maintenu sur un cadre informatique plus. Je sais que d'un programme d'analyse âgées protéine qui J'ai écrit environ une fois ici,–de Margaret Dayhoff et Robert Ledley. Mais comme un processus continu référentiel ou d'un catalogue qui a été stocké, Victor McKusick écrit:

Hérédité mendélienne à Man a été maintenue sur l'ordinateur depuis 1964.

Il a été stocké sur un ordinateur central à l'Université Johns Hopkins à cette époque. L'autre que je pensais était probablement proche a été RCSB PDB, qui est décrite sur leur “sur” Page de cette manière:

L'APB a été établi en 1971 à Brookhaven National Laboratory et contenait à l'origine 7 structures.

Il est probable que dans une certaine forme qu'elle existait sur un système informatique plus tôt que cela–et peut donner MIM une course pour le record. Bruno Strasser Décrite 4 ressources développées à la même époque–1965–que la Cambridge Structural Database, ME, Index Medicus, et Atlas des séquences de protéines et de la structure.

Ce n'est pas facile à maintenir et à développer une ressource pour cette longue. Le mois dernier, nous avons appris le risque de s'en aller KEGG. Mais en bioinformatique–comme la biologie–une ressource doit évoluer ou mourir. (En fait, Je me souviens de mes études supérieures que l'expression a été utilisée par le président de notre département pour décrire ce qui faculté de biologie a besoin de faire aussi bien.) En bout de cette semaine de la semaine, Je signale que OMIM est en pleine évolution, et je vous présenter la nouvelle interface.

La plupart des gens ont rencontré OMIM au NCBI. Mais si vous passez à là aujourd'hui, vous allez voir cet avis sur la page d'accueil:

C'est parce que OMIM a une nouvelle maison. Il n'est pas clair à ce moment si l'incarnation NCBI sera mis à jour à l'avenir. L'équipe OMIM au JHU demande que les fournisseurs de logiciels qui servent des liens vers OMIM désormais migrer ces liens pour les nouveaux OMIM.org site, dont l'équipe OMIM considère être le site officiel et sera la mise à jour, une.

Parlons plus précisément du OMIM évolué aujourd'hui: c'est entré dans un nouveau siècle! Sagittaire! L'incroyable collection profonde de données organisée au cours des décennies demeure, mais la nouvelle interface est très agréable à utiliser et à regarder–il ne ressemble plus 1995 là-bas. Il ya aussi de nouveaux liens pratiques, et de nouvelles options de recherche, et de nouvelles fonctionnalités à venir.

Comparez cette même dossier pour le gène APC (un contributeur à un cancer du côlon héréditaire) dans les deux endroits:

Ancien OMIM au NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/611731

Nouveau OMIM au JHU: http://www.omim.org/entry/611731

Je trouve la nouvelle page d'être sensiblement plus net, ne vous? Les liens dont vous avez besoin d'autres ressources sont toujours là, mais vous pouvez basculer ouvrir les menus pour les trouver maintenant. Et certains de ces liens mènent à des ressources qui ne sont pas disponibles sur l'ancienne page (par exemple,, BioGPS et PharmGKB dont nous aimons beaucoup!). On me dit aussi que sur les pages appropriées, il y aura des liens vers le DECIPHER des ressources.

Vous pouvez toujours naviguer sur la carte MIM en cliquant sur le lien Recherche avancée pour carte génétique: http://www.omim.org/search/advanced/geneMap . Je l'ai fait sur plusieurs jours où j'ai trouvé quelque chose de fascinant dans une région chromosomique et je veux voir ce qui a été rapporté dans ce domaine et stockés à OMIM.

Une autre caractéristique qui je pense est très cool, c'est la possibilité de changer la langue avec le menu Google Translate. Je sais que ce n'est pas parfait, mais je trouve plus que je veux lire les blogs dans d'autres langues et je trouve ça marche plutôt bien. Rendre les données OMIM si facilement accessible aux non-anglophones est une délicate attention.

Bien que parfois il est difficile de transition vers un nouveau logiciel, Je pense que c'est un bon signe. En plus de maintenir la collection excellente connaissance qui a commencé il ya si longtemps, une nouvelle interface signifie que OMIM est continue à croître et à évoluer pour répondre aux besoins d'aujourd'hui. Et alors que nous avançons pour identifier les variations de plus en plus d'altérations génomiques et que la santé l'impact humain, bases de connaissances bien organisée et profondes de ce genre sont cruciales.

Félicitations à l'équipe OMIM sur le nouveau look et nouvelle maison.

Lien vers le nouveau OMIM: http://www.omim.org/

(Bonus: Saviez-vous qu'il ya aussi un héritage en ligne mendélienne chez les animaux OMIA? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia )

Suivez-les sur Twitter: http://twitter.com/#!/OmimOrg

Références:
McKusick, Dans. (2006). Un conte de 60 ans des taches, Cartes, et les gènes Examen annuel de la génomique et la génétique de l'homme, 7 (1), 1-27 DOI: 10.1146/annurev.genom.7.080505.115749

Amberger, J., Becs, C., & Hamosh, Une. (2011). Un nouveau visage et de nouveaux défis pour l'hérédité mendélienne en ligne chez l'homme (OMIM ®) Human Mutation, 32 (5), 564-567 DOI: 10.1002/humu.21466

Strasser, B. (2009). Collecte, Comparer, Séquences Informatique et: The Making of Margaret O. Dayhoff Atlas de séquence de la protéine et la structure, 1954-1965 Revue de l'Histoire de la biologie, 43 (4), 623-660 DOI: 10.1007/s10739-009-9221-0 (PDF disponible sur son site Web de la Faculté ici.)

Strasser, BJ (2006) “Collecte et Expérimentation: Les économies morales de la recherche biologique, 1960s-1980.”, Prépublications de l'Institut Max-Planck pour l'Histoire des Sciences, 310, 105-23.