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Vídeo Consejo de la semana: Acuarios, acceso optimizado a las estructuras de proteínas para los biólogos

Sugerencia Video de la Semana de esta semana es Acuarios, un nuevo recurso para la exploración de estructuras de proteínas, mutaciones, y similitudes con otras proteínas. Es una experiencia muy bien diseñado e interactivo para los usuarios finales. Está dirigido principalmente a los biólogos que podrían beneficiarse de la exploración de los detalles estructurales de sus proteínas de interés, pero son intimidados por las herramientas destinadas a los biólogos estructurales. Pero para los desarrolladores de herramientas, también se debe buscar la forma en que este lanzamiento se fue. Es uno de los mejores ejemplos de un lanzamiento de la herramienta que he visto en este campo. Y he visto un montón.

Así que primero, la herramienta. Aquaria ofrece a los usuarios una manera ágil para acceder y explorar las estructuras de proteínas. La combinación de los tipos de información que se obtiene de la PIB recursos de estructura, y detalles adicionales como el UniProt mutaciones. Actualmente se comienza con una búsqueda básica pidiendo una proteína por nombre, o PDB o UniProt ID. Han pre-calculadas las relaciones de proteínas en AP y Swiss-Prot para ofrecerle rápidamente una estructura y proteínas relacionadas. Las notas de papel: “En la actualidad, Acuarios contiene 46 millón precalculados alineaciones secuencia a la estructura, resultando en al menos una estructura de juego para 87% de proteínas Swiss-Prot y una mediana de 35 estructuras por proteínas….” Además, que le permite explorar otras funciones biológicas importantes como InterPro dominios, modificaciones post-traduccionales, así que usted puede pensar en cómo las mutaciones + estructuras + funciones impactan una determinada proteína que usted está interesado en. Como lo describen:

“Hemos cargado SNP datos de Uniprot y Interpro para que pueda ver donde las mutaciones se encuentran en su modelo 3D. Y hemos encontrado que puede ser una grata sorpresa al encontrar su agrupación mutaciones en el espacio 3D!”

La gente Aquaria presentó una introducción de vídeo para empezar:

Otra característica muy útil que siempre es un Tarjeta de referencia rápida con accesos directos a las funciones [PDF]. Además de esta introducción, tienen un vídeo más largo, así. Esto es más como una charla típica con el fondo, el marco, los objetivos del proyecto, y más acerca de la base de datos subyacente.

Ahora, esta cosa sobre el lanzamiento de este proyecto de software. Lo encontré cuando yo estaba buscando más de las conversaciones en la próxima Conferencia VIZBI (Visualización de datos biológicos). Cada año me parece que hay ideas increíbles que salen de VIZBI, y herramientas que quieren explorar. Entre ellos este año es Aquaria. Así que fui a buscar más detalles, y encontró algunas de las cosas tradicionales. El documento (a continuación), la comunicado de prensa, etc. Y entonces me encontré con la Reddit discusión. El equipo hizo un Aquaria AMA Ciencia en esta herramienta. Se contrató a una serie de personas–algunas personas sólo los fans de la ciencia que probablemente nunca habían visto las estructuras de proteínas antes. Eso está bien para mí–los más gente que aprecian la investigación y aprenden sobre cómo los investigadores exploran las proteínas es una buena cosa. Pero otros tenían buenas preguntas técnicas para el equipo–como otras formas de encontrar proteínas de interés con las búsquedas de secuencias, o la integración con otras herramientas como UCSC Genome Browser. Todas las respuestas están allí. Disfruté de la pregunta sobre el nombre de la herramienta:

Parece usted consigue las ideas que teníamos en mente: utilizando Aquaria nos permite observar estas fascinantes criaturas (proteínas) del mundo natural. Aquaria crea un ambiente artificial e iluminación en el que podemos observar proteínas aisladas; como peces de acuario, proteínas suelen ser hermosas y (en general) vivir en el agua.

Les pregunté acerca de cómo esto juega, y tenían ~ 1.000 personas visitan su sitio como resultado de este evento Reddit. Eso fue muy interesante para mí, y una ruta muy aseado para impulsar la conciencia.

También proporcionaron una manera de apoyar a los usuarios con uno de mis otros recursos favoritos–Biostars. Crearon un hilo de soporte allí donde los usos se pueden hacer preguntas y obtener respuestas. https://www.biostars.org/t/aquaria/ Yo lo prefiero esto a las listas de correo, y estoy contento de ver este fácil método para obtener soporte. De hecho, Le pregunté algo que no pude averiguar todavía.prot_structure_sample (Aquí está la proteína que estaba viendo: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A Quería ver todas las subunidades a todo color, se anule la selección de enfoque automático para hacer eso. Y el color de cadenas para esta versión.)

También, para los tipos de desarrolladores: que ofrecen una forma de interactuar con el software Aquaria para añadir sus propias características de interés con su API. Tal vez usted ha nuevas mutaciones que ha encontrado en alguna secuencia que haya obtenido en su laboratorio, por ejemplo. Están ofreciendo orientación sobre eso aquí: http://bit.ly/aquaria-features. Tocan en esto en el video ya (~ 27min) si quieres un poco más de explicación. Sospecho del soporte de alta calidad que están ofreciendo, que estarían interesados ​​en saber de usted y lo que usted ofrece gustaría ver aplicado a estas proteínas, así.

Así que felicitaciones a este equipo para una ingeniosa herramienta y realmente serios esfuerzos de difusión multimedia. Creo que estaba bien hecho de todos los cargos. Apuesto a que Reddit llegado a más de la gente de derechas que un comunicado de prensa nunca lo hará. PIO toma nota–conseguir sus científicos en Reddit.

Enlaces rápidos:

Acuarios sitio: http://aquaria.ws/

Reddit Ciencia AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

Biostar hilo de soporte: https://www.biostars.org/t/aquaria/

De referencia:
O'Donoghue S.I., Kenneth S Sabir, Maria Kalemanov, Cristiano Stolte, Benjamin Wellmann, Vivian Ho, Manfred Roos, Nelson Perdigão, Fabian A Arbustos, Julian Henry & Burkhard Rost & (2015). Acuarios: la simplificación de descubrimiento y conocimiento de las estructuras de proteínas, Nature Methods, 12 (2) 98-99. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • RT @ Massgenomics: Aspectos destacados de ENCODE papel transcriptoma, que refutó firmemente “ARN generalizadas y las diferencias de ADN” papel (Li et al): http://t.co/ipYoHYZO
  • RT @ Cytoscape: Cytoscape 3 Beta no está! http://t.co/cY7fM3g4http://t.co/fj54agPN
  • Desde la lista de correo PDBe: La 2012 Premio Nobel de Química ha sido otorgado a Robert J.
    Lefkowitz y K Brian. Kobilka para sus estudios de receptores acoplados a proteína G-. Usted puede aprender más acerca de esta importante familia de receptores mediante la exploración de las estructuras dentro de la PIB. http://pdbe.org/nobel2012
  • RT @ The_prbb: "La medicina personalizada y las grandes empresas farmacéuticas necesitan bioinformática" http://t.co/lf5v6MXU
  • RT @ Cswitwer: @ MountSinaiNYC anuncia curso en la secuenciación del genoma propio ur, para entrenar a doctores futuro. Sí! http://t.co/WAGANX92 #wgs ​​# P4 @ ISBUSA
  • RT @ Doe_jgi: MT @ BrookhavenLab planta virtual # biología: simulando las semillas para aumentar la producción de petróleo por alimentos y el combustible verde # – http://t.co/565N7EPw
  • RT @ Bioinformática: Algunas de las mejores herramientas para la bioinformática virus son más de LANL ... http://t.co/0I92VEE2 Buen trabajo!

Prioridades en la lugar de trabajo está en llamas:

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • Buen video sobre la interferencia de ARN por Nature Reviews Genetics. Puede acceder a todos los enlaces destacados RNAi multimedia de esta página, o ir directamente el video en esta página. [Jennifer]
  • Interesante, Los 10K Repertorio (R10K) Proyecto: RT @ deannachurch: CG: ir a http://t.co/rekf2Gkd Para obtener más información sobre la inscripción del proyecto! #AGBT [María]
  • Y no sale en los periódicos más… RT @ Genome_gov: Pachter: “Mi peor pesadilla: la maldición de la secuenciación profunda” aka demasiados datos. #AGBT [María]
  • Lea una perspectiva sobre las alergias de la Naturaleza noviembre. 2011 – gran cantidad de nuevas filosofías & las teorías que yo no era consciente de. En la actualidad el pleno acceso gratuito a disposición de la Naturaleza de Outlook para alérgicos [Jennifer]
  • RT @ Andrewsu: Nube de palabras de la NAR 2012 Resúmenes de bases de datos de emisión a través de http://t.co/TMtefZ0k http://t.co/2zRzZkEG [María]
  • Cool opción nueva para la presentación de AP: Voluntarios Estructuras Para Foldit [Jennifer]
  • RT @ LouWoodley Tweeps ciudad de Nueva York – la Ciencia de Nueva York el próximo en línea es el 20 de marzo en el mantenimiento del registro de la investigación directa http://bit.ly/xwziUb #Sonyc [Jennifer]
  • RT @ GeneSherpas: "@ GeneticsUpdate: ¿Puede ser despedido por sus genes? http://t.co / fDaOriU"Esperamos que nuestro futuro no se reduce a esta!" [María]
  • Él! Eso fue inesperado… RT @ Edyong209: Extraño estudio SNP en la genética del canto coral. Resumen toma giro inesperado en las líneas finales. http://t.co/VkSU4fd0 [María]
  • RT @ Jacksonlab: Frente a una rara enfermedad genética, junto #, la familia Wentzell no deja nada que aminore su velocidad. #raredisease http://t.co/bscdUXoN [María]

RCSB AP libre webinar

Sólo quería dar las cabezas para arriba en nuestro webinar gratuito en el Banco de Datos de Proteínas RCSB. Va a ser el próximo miércoles, a las 11 am hora del Pacífico EE.UU.. (eso es 18:00 UTC). Será alrededor de una hora, y no digo que es gratis?

El cupo es limitado, así que inscríbase pronto.

Usted puede ver nuestro anuncio aquí: http://blog.openhelix.eu/?p=11055

y se puede ir de alta ahora mismo aquí: http://www.openhelix.com/cgi/webinars.cgi

Si usted no puede hacer el seminario, puedes echar un vistazo a nuestros materiales de formación y tutoriales aquí (también es libre, patrocinado por RCSB AP)

Actualización de noticias relacionadas con el anteproyecto de presupuesto (Protein Data Bank), etc.

Este es un post rápido para ponerle al día sobre los acontecimientos & noticias que he recogido que se asocian con el Banco de Datos de Proteínas y otros recursos de proteína.

  • Recientemente hemos recibido una propuesta para el AP RCSB a través de twitter:

    RT @27andaphd: @Comprendia @openhelix usted sabe lo que? Realmente creo que la AP debe tener una barra de herramientas de Firefox para la estructura bio PPL como yo. cc @openhelix

Bueno , estás de suerte, @ 27andaphd! He hablado con alguien del equipo de AP y lo cubrirán con la barra de herramientas, como se describe en este verano 2010 boletín tema: Buscar en el anteproyecto de presupuesto RCSB en el explorador Web

  • La Base de Conocimiento de Biología Estructural, o SBKB, es una base de datos a la hermana RCSB AP, y el jueves pasado se lanzó la versión 4.0 de la SBKB. He estado revisando el comunicado & se ve bien – que han organizado las categorías de información y recursos en “centros”, como un concentrador de objetivos estructurales, una secuencia, Estructura, & Función de Hub, Métodos de un Hub, y más. Estoy en el proceso de actualización de nuestra actual patrocinado por (libre) SBKB tutorial ahora, pero es posible que desee leer el comunicado de & ver lo que hay de nuevo.

  • Tendremos más emocionantes noticias pronto, así que estad atentos!

Enlaces rápidos:
La base de conocimientos de Biología Estructural (SBKB): http://www.sbkb.org/

El Banco de Datos de Proteínas (PIB) http://www.pdb.org/

Gratis tutorial introductorio OpenHelix en el SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

Gratis tutorial introductorio OpenHelix en el anteproyecto de presupuesto: http://www.openhelix.com/pdb

En una misión de información de proteínas

Probablemente es sólo la capacidad del cerebro humano para unir puntos & encontrar patrones, pero puede ser interesante ver cómo muchos “no relacionado” eventos y los bits de información se acumulan en mi cabeza & eventualmente se caliente en una idea o una teoría. Tomar, por ejemplo, un mezclador de la biotecnología reciente, bits de una serie de liderazgo educativo & un artículo de Nature el pasado – cada “evento” ha sido sinuoso en mi mente y ahora están encontrando su camino fuera de esta entrada del blog.

Aceptar, Ahora la explicación: En un reciente evento de biotecnología locales me enteré de una empresa (KeraNetics) purificación de proteínas de queratina & su utilización para desarrollar aplicaciones terapéuticas y de investigación. La empresa & su investigación sonaba muy interesante & porque muchos de los que está dirigido a ayudar a los soldados heridos, sino que también sonaba beneficia directamente. La charla fue breve, sólo 20 minutos, por lo que no era mucho tiempo para los detalles o preguntas. Decidí que aventurarse a través de muchas de las bases de datos de las biociencias y los recursos que conozco y amo, con el fin de aprender más acerca de queratina.

Mi búsqueda era a la vez divertido y frustrante debido a la naturaleza de la bestia – La queratina es “bien conocido” (yo. Se produce en las competiciones de la escuela secundaria para el desarrollo académico "mucho", de acuerdo con alguien en el saber), pero es difícil trabajar con (yo. duro, insoluble, fibroso proteínas estructurales) que es difícil encontrar información general tanto sobre la base de datos promedio de proteína (porque está hecha de muchos diferentes productos génicos, todos los mencionados como “queratina”). Decidí comenzar mi aventura en dos de mis recursos favoritos de la proteína, PIB & SBKB, pero no encontraron estructuras resueltas por queratina. Debido a la forma de bases de datos modelo de organismo son curada y organizada, A menudo comienzan una búsqueda de proteínas que, sólo para obtener algunos antecedentes básicos, nombres de los genes, secuencia de la información, etc. En (por supuesto) no se encontró nada más que un par de GO términos en el Saccharomyces Genome base de datos (SGD), pero he encontrado cientos de resultados, tanto en Genoma del ratón Informática (MGI) (660 características genómicas) y Base de datos del genoma de rata (RGD) (162 genes de rata, 342 genes humanos). También encontré los nombres de genes (Krt *), secuencias y muchas anotaciones de resumen con referencias a enfermedades, con enlaces a OMIM. Cuando le pregunté por “queratina”, en OMIM Me 180 accesos, incluso 61 “synopsises clínica”, en UniProt regresó 505 entradas revisado y 2,435 sin revisar entiries, en Proteína de tipo 10,611 resultados y en PubMed 26,430 artículos con 1,707 revisiones. Tengo mi curiosidad acerca de KeraNetics’ investigación saciado con una búsqueda en PubMed avanzadas para la queratina en el resumen o el título & el nombre de la PI como autor (search = “(queratina[Título / Abstract]) Y Van Dyke[Autor]“).

Terminé con un montón de información conduce que yo podría haber cazado a través de, pero fue un proceso divertido en el que he aprendido mucho acerca de la queratina. Aquí es donde las cosas se presenta en la educación. He estado viendo un montón de estudios de ir hablando de la reforma de la educación para ser más investigación impulsada, y estoy totalmente de puede ver la forma en que pueden trabajar. “Aprendizaje” través de la memorización & La regurgitación es seco para todo el mundo & difícil para el “memoria desafió”, como yo. Tener una razón o por la curiosidad de explorar, con una pepita de nuevos datos o de la comprensión que acechan en cada esquina, la información sólo parece estar en mejor & permanecer más tiempo. (Antiguo Testamento, pero pensé que hablar de un sitio relacionado que he encontrado hoy w / algunas cosas muy buenas: Mente / Shift-¿Cómo vamos a aprender.)

Y yo podría haber hecho la búsqueda avanzada de PubMed en el principio, pero lo que sería divertido que se han? Además, hay muchas cosas que he aprendido acerca de la queratina por lo que no encontró, como que no había una plétora de estructuras de AP para las proteínas keratina. Esto me lleva al punto final en mi Mullings – un artículo que me encontré hoy mientras trabajaba en mi cartera de lectura: “Demasiados caminos no tomados“. Si usted tiene una suscripción a la naturaleza se puede leer, pero el punto principal es que los investigadores están todavía en gran parte se centra en el mismo conjunto de proteínas que han sido durante mucho tiempo, porque estas son las proteínas para las cuales no son herramientas de investigación (anticuerpos, químicos inhibidores de la, etc). Este mismo tipo de filosofía está impulsando la Iniciativa de Estructura de Proteínas (PSI) esfuerzos, como se describe aquí. De todos modos, Me pareció interesante el artículo & de acuerdo con las sugerencias de los autores en general. Sin embargo, quisiera que se extienden más allá de estas herramientas de investigación de física & decir que va hacia adelante los investigadores necesitan más herramientas de análisis de datos, y capacitación sobre cómo usarlos – pero me gustaría, no me? :)

Referencias:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mi J, Apel P, Klorig D, Smith T, Como LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). El uso de biomateriales derivados de la queratina del pelo humano para la promoción de la rápida regeneración de los nervios periféricos. Biomateriales, 29 (1), 118-28 Palabras: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Demasiados caminos no tomados Naturaleza, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163una

Vídeo Consejo de la semana: VND fuente de información la variación genética y de la droga


En la punta de hoy voy a función de un recurso que he encontrado recientemente. He estado actualizando nuestro tutorial dbSNP, que María & Trey va a presentar en los talleres en Marruecos, y también nuestra gratis tutorial AP, que es patrocinado por la RCSB AP equipo. Por tanto, he estado pensando en las estructuras de proteínas y pequeñas variaciones de secuencia mucho últimamente. Mientras exploraba los última base de datos tema de la NAR en busca de recursos para hacer una punta de, He encontrado un artículo que describe la VND (Variación genética y de la droga) de recursos, que también se puede acceder a la URL www.vandd.org, de acuerdo con el artículo NAR. El artículo es “VND: una base de datos centrada en la estructura de las enfermedades relacionadas con SNPs y las drogas“, y una cifra muestra un auténtico quién es quién de la proteína, la variación y la enfermedad de los recursos, así que tuve que investigar.

Lo que encontré en VND me confirmó que se trataba de un recurso que quería figurar en la punta. VND es de la Corea bioinformación Centro, o KOBIC, que tiene una lista de bases de datos y herramientas que proporcionan. Voy a guardar el resto de los recursos KOBIC para otro post & concentrarse en VND aquí. Compilación de datos de recursos tales como RefSeq, OMIM, UniProt, PIB, DrugBank, dbSNP, GAD y más podría haber sido lo suficientemente frío, dependiendo de cómo se hizo, pero el dong también tiene sus propios análisis, modelado de la estructura de cómo la variación afecta a la estructura de las proteínas y las drogas / ligando.

Esta película la punta no es tiempo suficiente para realmente mostrar la amplitud de lo que está disponible en el VND, pero yo espero que sea suficiente para animar a leer el artículo de NAR (se enumeran a continuación), y echa un vistazo VND. Una cosa a notar: no esperes encontrar todos los dbSNP rs # que hay – que he estado usando en nuestro tutorial no está allí. Están especialmente interesados ​​en las variaciones en los genes que podrían afectar la droga vinculante. Pero bueno, no se puede consultar con DrugBank rs # s, y nunca he visto el modelado de la estructura como el hecho de dong, por lo que es un recurso digno de que es posible que desee investigar si usted está interesado en cómo las variaciones genéticas en contacto con la enfermedad y las terapias de drogas.

Enlaces rápidos:

VND: Variaciones y Drogas de los recursos - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Corea bioinformación Centro (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB AP - http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Las variaciones genéticas corto, de NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

OpenHelix Tutorial en dbSNP NCBI - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Para los enlaces a otros recursos y tutoriales OpenHelix mencionado en este post, Consulte nuestro catálogo de recursos - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

De referencia:
Yang, J., Oh, S., Ko, G., Parque, S., Kim, W., Sotavento, B., & Sotavento, S. (2010). VND: una base de datos centrada en la estructura de las enfermedades relacionadas con SNPs y las drogas Nucleic Acids Research, 39 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkq957

Consejo del la Semana: Desde UniProt a la SBKB PSI Ida y una Vuelta


A menudo es beneficioso para visitar varias bases de datos biomédicas o de los recursos, incluso si parecen proporcionar información superposición porque no hay dos recursos se centran en exactamente la misma información, o se presente en la misma forma. En lugar de duplicar los demás’ los esfuerzos de preservación, base de datos suele vincular a la información relativa a otros recursos. Usted puede pensar en estos enlaces “conexiones sociales”, si quieres, y en la punta de hoy te quiero mostrar un par de conexiones entre los recursos de información de proteína, incluyendo una nueva conexión que realmente cuenta con algunos de los valores centrales de la Base de Conocimiento de Biología Estructural PSI, o SBKB.

Comienzo de la punta en la UniProtKB, donde puedo buscar un número de ID UniProt. Desde el informe proteína resultante por primera vez brevemente le mostrará la forma de vincular a la correspondiente RCSB AP informe, donde puedes encontrar proteínas de alta calidad de la información y la estructura más. Si usted está interesado en aprender más sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB & cómo usarlo, por favor, consulte OpenHelix está lleno, tutorial gratuito que está patrocinado por la AP RCSB.

A partir de ahí volver al informe UniProt y demostrar una relación nueva opción de salida que une a los protocolos de las proteínas, materiales disponibles, así como información acerca de los modelos teóricos y predecir los objetivos de la proteína de la SBKB. No tengo tiempo para demostrarlo, pero una reciente actualización de la SBKB permite a los usuarios buscar ahora la estructura de base de conocimiento de Biología con un número de acceso UniProt. Estas búsquedas a los usuarios información adicional, incluyendo información de estructura de proteínas y la información sobre la estructura de la secuencia pre-liberados. Al igual que con el anteproyecto de presupuesto RCSB, tenemos un tutorial libre en el SBKB que es patrocinado por la Iniciativa de Estructura de la proteína.

Como puedo desplazarme por los usuarios proteína UniProt informe verá la información y los enlaces para una amplia variedad de recursos de las biociencias. OpenHelix, como estoy seguro que muchos de ustedes saben, dispone de tutoriales sobre el uso de muchos de estos recursos. Nuestros tutoriales sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB y el PSI SBKB son gratis. Nuestro tutoriales sobre UniProt y muchos otros recursos están disponibles a través de una suscripción a nuestra base de datos de los entrenamientos o en la compra de acceso individual. Si se aprende de los recursos a través de nuestros tutoriales, a través de las referencias que a continuación la lista, oa través de sus propias exploraciones de las bases de datos, realmente hay una increíble cantidad de información disponible a través de estos entre sí, recursos financiados con fondos públicos – Por favor haga uso de ellos en su investigación!

Enlaces rápidos:

UniProt Base de Conocimientos - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial en UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB AP – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial sobre el anteproyecto de presupuesto RCSB – http://www.openhelix.com/pdb

La Iniciativa de Estructura de Proteínas estructurales Conocimiento de Biología (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial sobre el SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Catálogo de todos los tutoriales OpenHelix – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referencias:
El Consorcio UniProt. (2009). La proteína de recursos universal (UniProt) en 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rosa, P., Beran, B., Se, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jóvenes, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). El Banco de Datos de Proteínas RCSB: sitio web rediseñado y servicios web Nucleic Acids Research, 39 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Shah, R., J.uranovLa iniciativa de la estructura de proteínas estructurales de la base de conocimientos de genómica Nucleic Acids Research, 37 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkn790, A., Sueco, T., Arnold, K., MAXILAR, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Carretero, L., Menor de edad, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). La iniciativa de la estructura de proteínas estructurales de la base de conocimientos de genómica Nucleic Acids Research, 37 (Base de datos) DOI: 10.1093/nar/gkn790

Recursos muchas proteínas han anunciado recientemente actualizaciones

3rg9 estructura AP

 

 

 

 

En nuestra continua búsqueda de clases particulares hasta al día, He estado siguiendo los cambios que están ocurriendo en los recursos y la planificación de nuestras actualizaciones en consecuencia. Recursos de la proteína son especialmente me va a mantenerse fuera de problemas este verano, debido a que sus promotores y conservadores han estado ocupados! He compilado una breve sinopsis a continuación, y agradecería comentarios sobre cualquier otro recurso que saber sobre, o si quieres presumir de! :)

  • Me contó con la ExPASy lista de herramientas proteómicas en un punta del pasado. Hasta el martes la lista ya no está siendo mantenido al día, pero la ExPASy recursos se ha ampliado más allá de ser “sólo” un recurso de la proteómica y ahora es el nuevo Portal de Recursos Bioinformática SIB. Según sus desarrolladores, el portal:

    “proporciona acceso a bases de datos científicas y herramientas de software en diferentes áreas de ciencias de la vida, incluida la proteómica, genómica, filogenia, la biología de sistemas, la genética de poblaciones, Transcriptómica, etc. … En este portal encontrará recursos de diferentes grupos de la SIB, así como las instituciones externas.”

    Y no tengas miedo, todavía hay una lista actualizada de las herramientas de proteómica encontrado aquí.

  • He mencionado en mi punta de la semana pasada que Revista de MMDB ha sido objeto de una actualización & Voy a estar actualizando nuestro tutorial de pronto se.
  • NCI / Naturaleza Camino de bases de datos de interacción, o PID, había una actualización de 14 de junio, que incluye la información vía nueva y actualizada.
  • Pedir había una actualización de 21 de junio, que es la liberación 20.73, y ahora incluye 1618 las entradas de la documentación, 1308 los patrones de, 936 perfiles y 925 ProRules.
  • La RCSB AP recursos ha anunciado cambios en su función de base de datos en Examinar, muestra una mayor secuencia de páginas de resumen de la estructura y el AP-101 recursos educativos disponibles a partir de logos en las páginas de pizarra AP. Para más detalles sobre el uso de AP, por favor consulte nuestra gratis tutorial de introducción AP patrocinado por la RCSB.
  • Cuerda 9.0 liberación ya está disponible, y vamos a estar mirando todo lo que tenga que actualizar en nuestro tutorial a consecuencia.
  • UniProt publicado una actualización 28 de junio que incluyó una actualización importante en muchas bacterias y arqueas Tipo II toxina-antitoxina módulos, como se describe aquí.

Disfrute de toda la nueva información – Sé que voy a! :)

Consejo del la Semana: Nuevo y mejorado OMIM ®

En el ámbito de los recursos bioinformáticos, algunas son más venerable que OMIM ®, Línea de herencia mendeliana en el hombre [así, originalmente fuera de línea, en tarjetas ...]. Para aquellos que podrían ser nuevas para OMIM, se trata de un catálogo de genes y sus variaciones, y que resulta en fenotipos humanos, con una perspectiva más clínica que algunos ofrecen recursos. Como yo estaba revisando la historia de la OMIM para este post, Empecé a preguntarme si hay incluso algún repositorio de la genómica que se ha mantenido en un marco de equipo ya. Yo sé de un programa de análisis de proteínas mayores que Yo escribí una vez aquí–de Margaret Dayhoff y Robert Ledley. Pero como un curso repositorio o catálogo que se almacenó, Victor McKusick escribió:

Herencia mendeliana en el hombre se ha mantenido en el equipo desde 1964.

Se almacena en un ordenador central en la Universidad Johns Hopkins en ese momento. El otro que yo pensaba que era probable que se cierre RCSB AP, que se describe en su “sobre” Página de esta manera:

La AP se estableció en 1971 Laboratorio Nacional de Brookhaven y contenía originalmente 7 estructuras.

Es probable que en alguna forma su existencia en un sistema informático antes de que–y puede dar MIM un plazo para el registro. Bruno Strasser se describe 4 recursos desarrollados en la misma época–1965–como la base de datos estructurales de Cambridge, ME, Index Medicus, y Atlas de secuencia de proteínas y estructura.

No es fácil de mantener y desarrollar un recurso para este tiempo. Sólo el mes pasado nos enteramos de el riesgo de irse KEGG. Pero en bioinformática–como la biología–un recurso tiene que evolucionar o morir. (En realidad, Recuerdo que en la escuela de posgrado esa frase fue utilizada por el presidente de nuestro departamento para describir lo que la facultad de biología que tiene que hacer así.) En la punta de esta semana de la semana, Me informan que se está desarrollando OMIM, y te presento a la nueva interfaz.

La mayoría de la gente ha encontrado OMIM en el NCBI. Pero si vas a allí hoy, tendrá el siguiente aviso en la página principal:

Esto se debe a OMIM tiene un nuevo hogar. No está claro en este momento si la encarnación NCBI se actualizará en el futuro. El equipo de OMIM en JHU está solicitando que los proveedores de software que sirven enlaces a OMIM ahora migrar los enlaces a los nuevos OMIM.org sitio, que el equipo considera que es OMIM el sitio oficial y será la puesta al día un.

Vamos a hablar específicamente sobre el OMIM evolucionado ahora: que entró en un nuevo siglo! Sagitario! La colección increíble profundidad de datos curados durante las décadas sigue siendo, pero la nueva interfaz es muy agradable de usar y de mirar–ya no se parece a 1995 por ahí. También hay nuevos enlaces útiles, y nuevas opciones de búsqueda, y las nuevas funciones aún por llegar.

Comparar este mismo registro para el gen APC (contribuye al cáncer de colon hereditario) en ambos lugares:

Antiguo OMIM en NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/611731

Nueva OMIM en JHU: http://www.omim.org/entry/611731

Me parece la nueva página es significativamente más ordenado, ¿no es así? Los enlaces que necesita otros recursos todavía están allí, pero usted puede cambiar abrir los menús para encontrar ahora. Y algunos de los enlaces son a los recursos que no estaban disponibles en la página antigua (por ejemplo, BioGPS y PharmGKB que nos gusta mucho!). También me han dicho que en las páginas adecuadas, habrá vínculos con la Descifrar de recursos.

Puede navegar por el mapa MIM haciendo clic en el vínculo Búsqueda avanzada de Gene Mapa: http://www.omim.org/search/advanced/geneMap . He hecho esto durante muchos días, cuando he encontrado algo interesante en una región cromosómica, y quiero ver lo que se informó en esa área y se almacena en OMIM.

Otra característica que creo que es muy interesante es la opción para cambiar el idioma con el menú de Google Translate. Sé que no es perfecto, pero me estoy encontrando cada vez que quiero leer blogs en otros idiomas y me estoy encontrando que funciona bastante bien. Hacer que los datos OMIM tan fácilmente accesible a los no hablan Inglés es un toque muy agradable.

Aunque a veces es difícil hacer la transición a un nuevo software, Creo que esta es una buena señal. Además de mantener la colección excelente conocimiento que se inició hace mucho tiempo, una nueva interfaz significa que OMIM continúa creciendo y cambiando para satisfacer las necesidades de hoy. Y a medida que avanzamos para identificar las variaciones genómicas más y más y alteraciones que afectan la salud humana, bases de conocimiento bien curada y profundas como ésta son esenciales.

Felicidades al equipo de OMIM en la nueva imagen y nuevo hogar.

Vínculos a los nuevos OMIM: http://www.omim.org/

(Prima: ¿Sabía usted que hay también una línea Herencia mendeliana en los animales OMIA? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia )

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Referencias:
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