Tag Archives: BIP

Video Tipp der Woche: Aquarien, optimierten Zugriff auf Proteinstrukturen für Biologen

In dieser Woche Video-Tipp der Woche ist Aquarien, eine neue Ressource für Ausflüge in Proteinstrukturen, Mutationen, und Ähnlichkeiten zu anderen Proteinen. Es ist ein sehr gut durchdacht und interaktives Erlebnis für Endanwender. Es wird größtenteils an Biologen, die von der Erforschung der strukturellen Details der Proteine ​​von Interesse profitieren könnten, gerichtet, sondern werden von Werkzeugen bei Strukturbiologen sollen eingeschüchtert. Aber für Tool-Entwickler, Sie sollten auch, wie dieses Rollout ging aussehen. Es ist eines der besten Beispiele für ein Werkzeug Start Ich habe auf diesem Gebiet gesehen. Und ich habe viel gesehen.

Also zuerst, das Werkzeug. Aquaria bietet Anwendern eine optimierte Weise den Zugang und die Proteinstrukturen zu erforschen. Die Kombination der Arten von Informationen, die Sie aus der get BIP Struktur Ressourcen, und zusätzliche Details wie die UniProt Mutationen. Derzeit können Sie mit einem einfachen Suchvorgang zu starten, indem er für ein Protein mit Namen, oder PDB oder UniProt ID. Sie haben vor, berechnet die Beziehungen von Proteinen in PDB und Swiss-Prot, schnell bieten Ihnen eine Struktur und verwandten Proteinen. Die Notizen auf Papier: “Zur Zeit, Aquarien enthält 46 Millionen vorberechneten Sequenz-to-Struktur Ausrichtungen, wodurch wenigstens eine Anpassungsstruktur 87% der Swiss-Prot Proteinen und einem Median von 35 Strukturen pro Protein….” Darüber hinaus, es lässt Sie andere wichtige biologische Funktionen wie erkunden InterPro Domains, post-translationale Modifikationen, schauen Sie sich darüber, wie die Mutationen zu denken + Strukturen + Funktionen beeinflussen ein bestimmtes Protein, das Sie interessiert sind. Wie sie es beschreiben:

“Wir haben SNP Daten aus Uniprot und Interpro geladen, so dass Sie sehen können, wo die Mutationen liegen auf Ihrem 3D-Modell. Und wir festgestellt, dass Sie angenehm überrascht, um Ihren Clustering-Mutationen im 3D-Raum zu finden!”

Die Aquaria Leute bot eine Intro-Video, um Ihnen den Einstieg:

Ein weiteres praktisches Feature sie vorgesehen ist Kurzübersichtskarte mit Verknüpfungen zu den Funktionen [PDF]. Neben dieser Einleitung, sie eine längere Videos haben, sowie. Das ist mehr wie ein typisches Vortrag mit dem Hintergrund, der Rahmen, Die Ziele des Projekts, und mehr über die zugrunde liegende Datenbank.

Jetzt, die Sache mit dem Roll-out der Software-Projekt. Ich fand es, als ich in den Gesprächen auf der kommenden suchen VIZBI Konferenz (Visualizing Biological Data). Jedes Jahr finde ich es super Ideen, die aus VIZBI kommen, und Tools Ich möchte erkunden. Unter ihnen ist in diesem Jahr Aquaria. Also ging ich auf der Suche nach mehr Details, und festgestellt, einige der traditionellen Zeug. Das Papier (unten), der Pressemitteilung, usw.. Und dann fand ich die Reddit Diskussion. Das Aquaria Team hat Wissenschaft AMA zu diesem Werkzeug. Es beschäftigt eine Reihe von Leuten,–einige Leute nur Fans von Science, die wahrscheinlich nie Proteinstrukturen gesehen hatte. Das ist in Ordnung mit mir–je mehr Leute, die Forschung zu schätzen wissen und lernen Sie, wie Forscher entdecken Proteine ​​ist eine gute Sache. Aber andere hatten gute technische Fragen für das Team–wie andere Wege, um Proteine ​​von Interesse mit Sequenzsuchen finden, oder die Integration mit anderen Tools wie UCSC Genome Browser. Alle Antworten sind dort drüben. Ich genoss die Frage nach dem Namen des Werkzeugs:

Es scheint, Sie die Ideen, die wir im Sinn hatte, zu erhalten: Verwendung Aquaria lässt uns diese faszinierenden Tiere beobachten (Proteine) aus der Natur. Aquaria schafft eine künstliche Umgebung und Beleuchtung, wo wir isolierten Proteinen beobachten; wie Zierfische, Proteine ​​sind häufig schön und (in der regel) leben im Wasser.

Ich fragte sie, wie dieser ausgespielt, und sie hatten etwa 1000 Menschen besuchen Sie die Website als Ergebnis dieser Veranstaltung Reddit. Das war wirklich interessant für mich,, und eine sehr gepflegte Weg, um das Bewusstsein zu fahren.

Sie einen Weg, um Nutzer mit einem meiner anderen Lieblings-Ressourcen zu unterstützen, hat auch–Biostars. Sie schufen eine Unterstützung Faden dort, wo Anwendungen können Fragen stellen und erhalten Antworten. https://www.biostars.org/t/aquaria/ Ich bevorzuge diese so zu Mailing-Listen, und ich bin froh, diese einfache Methode, um Unterstützung zu erhalten sehen. In der Tat, Fragte ich etwas, das ich noch nicht ganz herausfinden,.prot_structure_sample (Hier ist das Protein Ich betrachtete: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A Ich wollte alle Untereinheiten in Farbe sehen, Sie de-select Autofokus, das zu tun. Und Farbe durch Ketten für diese Version.)

Auch, für den Entwicklertypen: sie bieten eine Möglichkeit für Sie, mit dem Aquaria-Software interagieren eigene Merkmale von Interesse mit ihren API hinzufügen. Vielleicht haben Sie neue Mutationen Sie in irgendeiner Sequenz, die Sie in Ihrem Labor erhalten habe festgestellt haben,, zum Beispiel. Sie bieten Leitlinien zu, dass hier: http://bit.ly/aquaria-features. Sie berühren diese auf längere Videos (~ 27min) wenn Sie ein wenig mehr Erklärung wollen. Ich vermute, von der hohen Qualität Unterstützung sie bieten, sie interessiert, von Ihnen zu hören würde und welche Funktionen Sie möchten, dass diese Proteine ​​als auch angewendet sehen.

So ein dickes Lob an dieses Team für ein schickes Tool und wirklich ernst Multi-Media-Bemühungen verstärkt. Ich glaube, es war gut in allen Punkten durchgeführt. Ich wette, Sie mehrere der richtigen Leute erreicht Reddit als einer Pressemitteilung jemals wird. PIOs zur Kenntnis nehmen–erhalten Sie Ihre Wissenschaftler auf Reddit.

Quick-Links:

Aquarien Website: http://aquaria.ws/

Reddit Wissenschaft AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

Biostar Stützgewinde: https://www.biostars.org/t/aquaria/

Referenz:
O'Donoghue S.I., Kenneth S Sabir, Maria Kalemanov, Christian Stolte, Benjamin Wellmann, Vivian Ho, Manfred Roos, Nelson Perdigão, Fabian A Sträucher, Julian Heinrich & Burkhard Rost & (2015). Aquarien: Vereinfachung der Entdeckung und Erkenntnis von Proteinstrukturen, Nature Methods, 12 (2) 98-99. DOI: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

Prioritäten, wenn die Arbeitsplatz ist in Brand:

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • Schönes Video über RNA-Interferenz von Nature Reviews Genetics. Sie können auf alle der vorgestellten Multimedia-RNAi-Verbindungen von diese Seite, oder fahren Sie geradeaus zum Video auf dieser Seite. [Jennifer]
  • Interessante, Das Repertoire 10K (R10K) Projekt: RT @ deannachurch: CG: gehen Sie zu http://t.co/rekf2Gkd Für weitere Informationen zu dem Projekt beitreten! #AGBT [Mary]
  • Und es ist nicht in der Zeitung mehr… RT @ Genome_gov: Pachter: “Mein schlimmster Alptraum: der Fluch der tiefen Sequenzierung” Auch bekannt als: zu viele Daten. #AGBT [Mary]
  • Lesen Sie einen Ausblick auf die Natur von Allergien November. 2011 – viele neue Philosophien & Theorien, die ich nicht bewusst war. Derzeit kostenlos vollen Zugang zur Verfügung steht die Natur Allergie Outlook [Jennifer]
  • RT @ Andrewsu: Word Wolke von NAR 2012 Datenbank-Ausgabe Abstracts über http://t.co/TMtefZ0k http://t.co/2zRzZkEG [Mary]
  • Coole neue Option für die HVE-Einreichungen: Ehrenamtliche Strukturen Für Foldit [Jennifer]
  • RT @ LouWoodley NYC tweeps – der nächste Science Online NYC ist am 20. März auf die Forschung zu halten Rekord geradeaus http://bit.ly/xwziUb #sonyc [Jennifer]
  • RT @GeneSherpas: "@ GeneticsUpdate: Können Sie für Ihre Gene gefeuert werden? http://t.co / fDaOriU"Hoffentlich wird unsere Zukunft nicht sinken, dies zu!" [Mary]
  • Er! Das war unerwartet… RT @ Edyong209: Bizarre SNP Studie zur Genetik des Chorgesangs. Zusammenfassung nimmt überraschende Wendung im letzten Zeilen. http://t.co/VkSU4fd0 [Mary]
  • RT @ Jacksonlab: Mit Blick auf eine seltene genetische Erkrankung zusammen #, Wentzell die Familie lässt nichts sie verlangsamen. #raredisease http://t.co/bscdUXoN [Mary]

RCSB HVE kostenlosen Webinar

Ich wollte nur ein Heads geben bis zu unserem kostenlosen Webinar am RCSB Protein Databank. Es wird am kommenden Mittwoch sein, um 11 Uhr Pacific US-Zeit. (das ist 18:00 UTC). Es wird etwa eine Stunde sein, und habe ich gesagt, es ist kostenlos?

Die Teilnehmerzahl ist begrenzt, so früh anmelden.

Sie können unsere Ankündigung finden Sie hier: http://blog.openhelix.eu/?p=11055

und Sie können registrieren Sie sich jetzt hier: http://www.openhelix.com/cgi/webinars.cgi

Wenn Sie sich nicht machen, das Webinar, Sie können Besuche unsere Schulungsunterlagen und Tutorial hier (auch kostenlos, gesponsert von RCSB HVE)

News Updates mit Bezug zu den PDB (Protein Data Bank), usw..

Dies ist eine schnelle post, Sie auf Ereignisse zu aktualisieren & Neuigkeiten, die ich gesammelt habe, die mit der Protein Data Bank und andere Protein Ressourcen verbunden sind,.

  • Kürzlich erhielten wir einen Vorschlag für die RCSB PDB durch twitter:

    RT @27andaphd: @Wir verstehen @openhelix Sie wissen, was? Ich glaube wirklich, die pdb sollte eine Firefox Toolbar für struct bio ppl wie ich haben. cc @openhelix

Nun , Sie haben Glück, @ 27andaphd! Ich sprach mit jemandem auf der PDB-Team und haben Sie mit der Symbolleiste abgedeckt, wie in diesem Sommer beschrieben 2010 Newsletter Artikel: Suche in der RCSB PDB in Ihre Web-Browser

  • Das Structural Biology KnowledgeBase, or SBKB, ist eine Schwester Datenbank, um die RCSB HVE, und am letzten Donnerstag veröffentlichten sie Version 4.0 der SBKB. Ich habe Auschecken der Freisetzung & es sieht gut aus – sie haben Kategorien von Informationen und Ressourcen in organisierte “Naben”, wie eine strukturelle Ziele Hub, eine Sequenz, Struktur, & Function Hub, A-Methoden Hub, und mehr. Ich bin in den Prozess nun der Aktualisierung unserer sponsored (frei) SBKB Tutorial jetzt, Sie können aber prüfen wollen, die Freigabe & sehen, was neu.

  • Wir werden weitere spannende Nachrichten bald, so stay tuned!

Quick-Links:
Die Strukturbiologie KnowledgeBase (SBKB): http://www.sbkb.org/

Die Protein Data Bank (BIP) http://www.pdb.org/

OpenHelix kostenlos Einführungstutorial auf der SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

OpenHelix kostenlos Einführungstutorial auf der PDB: http://www.openhelix.com/pdb

Auf einer Mission für die Protein-Information

Es ist wahrscheinlich nur das menschliche Gehirn in der Lage, um Punkte zu verbinden & Muster finden, aber es kann interessant sein, wie viele “unabhängig” Veranstaltungen und Informations-Bits sammeln sich in meinem Kopf & schließlich in eine Idee oder Theorie Glühwein bekommen. Nehmen, zum Beispiel, einer aktuellen Biotech-Mischer, Bits aus einem Bildungs-Führung Serie & eine Vergangenheit, Nature-Artikel – jeder “Veranstaltung” hat in meinem Kopf schon mäandernden und jetzt sind sie ihren Weg als diesen Blog-Eintrag.

OK, nun die Erklärung: Bei einer kürzlich lokale Biotech-Veranstaltung hörte ich von einem Unternehmen (KeraNetics) Reinigung Keratinproteinen & mit ihnen zu therapeutischen und wissenschaftlichen Anwendungen entwickeln. Das Unternehmen & ihre Forschung klang sehr interessant & weil ein großer Teil davon ist auf Beihilfe verwundeten Soldaten gerichtet, es klang auch direkt von Vorteil. Die Rede war nur von kurzer, nur etwa 20 Minuten, so gab es kein viel Zeit für Details oder Fragen. Ich beschloss her Venture durch viele der biowissenschaftlichen Datenbanken und Ressourcen, die ich kenne und liebe, Um mehr über Keratin.

Meine Suche war sowohl Spaß und frustrierend, weil der Natur der Sache – Keratin ist “bekannt” (i. es kommt in der High School akademische Herausforderung Auswahlverfahren "eine Menge", nach jemand in der wissen), aber ist schwer zu verarbeiten (i. zäh, unlöslich, faserigen Strukturproteine) Das ist schwer zu viel allgemeine Informationen über finden in Ihrem durchschnittlichen Protein-Datenbank (da es viele verschiedene Genprodukte hergestellt, alle genannt “Keratin”). Ich beschloss, mein Abenteuer auf zwei meiner Lieblings-Protein Ressourcen beginnen, BIP & SBKB, aber ich fand keine Lösung Strukturen für Keratin. Aufgrund der Art, Modell-Organismus Datenbanken werden kuratiert und organisiert, I beginnen oft ein Protein suchen dort, nur um einige grundlegende Hintergrund, Gen-Namen, Sequenz-Information, usw.. In (natürlich) nichts gefunden außer ein paar GO Begriffe in der Saccharomyces Genome Database (SGD), aber ich fand Hunderte von Ergebnissen in beiden Mouse Genome Informatics (MGI) (660 genomische Funktionen) und Ratte Database (RGD) (162 rat genes, 342 menschliche Gene). Ich fand auch Gennamen (Krt *), Sequenzen und viele Zusammenfassung Anmerkungen mit Hinweisen auf Krankheiten mit Links zu OMIM. Als ich fragte für “Keratin”, in OMIM Ich habe 180 Hits, einschließlich 61 “klinischen synopsises”, in UniProt zurück 505 Bewertung Einträge und 2,435 Nicht freigegebene entiries, in Geben Protein 10,611 Ergebnisse und in PubMed 26,430 Artikel mit 1,707 Bewertungen. Ich habe meine Neugier KeraNetics’ Forschung mit einem PubMed erweiterte Suche nach Keratin in der abstrakten oder Titel satt & der PI Namen als Autor (search = “(Keratin[Titel / Abstract]) UND Van Dyke[Autor]“).

Ich landete mit einer Vielzahl von Informationen führt, dass ich durch gejagt haben, aber es war ein Spaß, bei dem ich viel gelernt über Keratin. Dies ist, wo die Bildung Zeug kommt in. Ich habe da eine Menge von Studien gehen, indem man über die Reform des Bildungswesens zu mehr Untersuchungen getrieben, und ich kann ganz sehen, wie das funktionieren kann. “Lernen” durch Auswendiglernen & Regurgitation ist trocken für alle & rau für die “Speicher in Frage gestellt”, wie ich. Mit einem Grund-oder Neugier zu erforschen, mit einem neuen Nugget von Daten oder Verständnis lauert hinter jeder Ecke, Informationen scheint nur in besser & bleiben länger. (OT, aber dachte, ich hätte eine verwandte Seiten erwähnen, dass ich heute gefunden w / einige nette Dinge: Mind / Shift-Wie wir lernen.)

Und ich konnte die erweiterte Suche in PubMed in den Anfang gemacht haben, aber was für ein Spaß wäre das haben? Außerdem gibt es eine Menge, die ich über Keratin gelernt, was ich nicht finden, so gab es kein Fülle von PDB Strukturen für Keratinproteinen. Das bringt mich zu dem Punkt am Ende in meinem Mullings – einen Artikel, dass ich über heute kam, als ich auf meine Lektüre Auftragsbestand gearbeitet: “Zu viele Straßen nicht getroffen“. Wenn Sie ein Abonnement für die Natur haben, können Sie lesen, aber die Hauptsache ist, dass die Forscher sind noch weitgehend mit Schwerpunkt auf die gleiche Gruppe von Proteinen, die sie für eine lange Zeit, denn diese sind die Proteine, für die es Recherche-Tools (Antikörper, chemische Inhibitoren, usw.). Die gleiche Art von Philosophie treibt die Protein Structure Initiative (PSI) Bemühungen, wie beschrieben hier. Sowieso, Ich fand den Artikel interessant & Übereinstimmung mit den Autoren allgemeine Vorschläge. Ich würde jedoch verlängern sie über diese physikalischen Forschung Werkzeuge & sagen, dass geht nach vorne Forscher mehr Daten-Analyse-Tools müssen, und Ausbildung, wie man sie benutzt – aber ich würde, würde ich nicht? :)

Referenzen:

  • Sierpinski P, Garrett J, Mein J, Apel P, Klorig D, Smith T, Als LA, Atala A, & Van Dyke M (2008). Die Verwendung von Keratin Biomaterialien aus menschlichem Haar für die Förderung der schnellen Regeneration von peripheren Nerven abgeleitet. Biomaterials, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • Edwards, A., Isserlin, R., Bader, G., Frye, S., Willson, T., & Yu, F. (2011). Zu viele Straßen nicht getroffen Nature, 470 (7333), 163-165 DOI: 10.1038/470163ein

Video Tipp der Woche: VND Resource for Genetic Variation and Drug Informationen


In der heutigen Tipp, den ich gehe, um eine Ressource, die ich vor kurzem Funktion. Ich habe die Aktualisierung unserer dbSNP Tutorial, die Mary & Trey wird in Workshops präsentiert in Marokko, und auch unsere frei PDB Tutorial, die durch die geförderten RCSB HVE Team. Ich habe daher über Proteinstrukturen und kleinen Sequenzvariationen in letzter Zeit viel nachgedacht. Als ich erkundeten die Letzte Datenbank-Ausgabe des NAR Suche nach Ressourcen, um einen Tipp zu tun, Ich fand einen Artikel über die VND (genetische Variation and Drug) Ressource, die auch unter der URL zugegriffen werden www.vandd.org, nach dem NAR Artikel. Der Artikel ist “VND: eine Struktur-centric-Datenbank von krankheits-assoziierten SNPs und Drogen“, und Ziffer Eins zeigt eine veritable Who is Who der Proteinstruktur, Variation und Krankheit Ressourcen, so hatte ich zu untersuchen,.

Was ich bei VND fand mich sicher, dass dies eine Ressource, die wollte ich in ein Tipp-Funktion wurde. VND wird aus dem Korean Bioinformation-Center, oder KOBIC, wer hat eine Liste der Datenbanken und Werkzeuge, die sie anbieten. Ich werde den Rest der KOBIC Ressourcen für eine andere Stelle zu sparen & konzentrieren sich auf VND hier. Kompilieren von Daten aus Ressourcen wie RefSeq, OMIM, UniProt, BIP, DrugBank, dbSNP, GAD und hätte kühl genug haben, je nachdem, wie es geschah, aber die VND auch nicht ihre eigene Struktur Modellierung Analyse darüber, wie die Variation wirkt sich auf die Proteinstruktur und Drogen / Ligandenbindung.

Dieser Tipp Film ist nicht lang genug, um wirklich zeigen Ihnen die Bandbreite dessen, was von der VND zur Verfügung, aber ich hoffe, es wird genug sein, um Sie ermutigen, die NAR Artikel lesen (unten aufgeführten), und heraus zu überprüfen VND. Eine Sache zu beachten: erwarten Sie nicht, jeden dbSNP rs # find da drüben – eine, die ich in unserem Tutorial verwendet haben, ist nicht dort. Sie sind speziell in Variationen in Genen, die Wirkung Droge binden könnten interessiert. Aber hey, Sie können nicht abgefragt werden DrugBank mit rs # s, und ich habe nie die Struktur-Modellierung wie VND getan gesehen, so ist es ein würdiger Ressource, die Sie untersuchen möchten, wenn Sie daran interessiert, wie genetische Variationen mit der Krankheit und medikamentöse Therapien verbinden.

Quick-Links:

VND: Variationen und Drogen Ressource - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

Korean Bioinformation-Center (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB - http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB - http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: Short genetische Variationen, von NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

OpenHelix Tutorial auf NCBI ist dbSNP - http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

Für Links zu anderen Ressourcen und OpenHelix Tutorials erwähnt in diesem Beitrag, finden Sie in unserem Katalog von Ressourcen - http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenz:
Yang, J., Oh, S., Meine, G., Park, S., Kim, W., Lee, B., & Lee, S. (2010). VND: eine Struktur-centric-Datenbank von krankheits-assoziierten SNPs und Drogen Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq957

Tipp der Woche: Von UniProt der PSI SBKB and Back Again


Es ist oft nützlich, um mehrere biomedizinische Datenbanken oder Ressourcen zu besuchen, selbst wenn sie scheinen überlappende Informationen liefern, da keine zwei Ressourcen auf dem exakt gleichen Informationen konzentrieren, oder präsentieren sie in genau der gleichen Weise. Statt Duplizieren jedes andere’ Kuration Bemühungen, Datenbank häufig Link aus, um Informationen an andere Ressourcen. Sie können diese Links als denken “soziale Verbindungen”, wenn Sie und in der heutigen Spitze möchte ich möchte Ihnen ein paar Verbindungen zwischen Protein Informationsressourcen, einschließlich einer neuen Verbindung, die wirklich zeigt einige der Grundwerte der PSI Strukturbiologie Knowledgebase, or SBKB.

Ich fange an die Spitze bei die UniProtKB, wo ich für eine UniProt ID-Nummer suchen. Aus dem resultierenden Protein Bericht, den ich zuerst kurz zeigen, wie man Link aus, um eine entsprechende RCSB HVE Bericht, wo finden Sie qualitativ hochwertige Protein-Struktur Informationen und mehr. Wenn Sie an weiteren Informationen über die RCSB PDB interessiert & Wie benutzt man es, bitte OpenHelix vollständige, free-Tutorial, das durch die RCSB PDB gefördert wird.

Von dort bin ich auf die UniProt Bericht zurück und zeigen einen neuen Link out-Option, die Links zu Protein-Protokolle, zur Verfügung stehenden Materialien, sowie Informationen über theoretische Modelle und vorhergesagten Protein-Targets aus dem SBKB. Ich habe keine Zeit, es zu zeigen, sondern eine aktuelle Update für das SBKB ermöglicht es Benutzern, jetzt suchen die Strukturbiologie Knowledgebase mit einer UniProt Zugangsnummer. Diese Recherchen stellt dem Anwender zusätzliche Informationen wie Protein-Struktur und Informationen über pre-released Struktur-Sequenz. Wie bei den RCSB PDB, haben wir eine kostenlose Tutorial auf der SBKB dass wird gefördert von der Protein Structure Initiative.

Als ich durch scrollen UniProt Protein Bericht Nutzer Informationen und Links für eine breite Palette von biowissenschaftlichen Informationen siehe. OpenHelix, da ich sicher bin, viele von Ihnen sind uns bewusst,, hat Anleitungen, wie viele dieser Ressourcen zu nutzen. Unsere Tutorials auf der RCSB PDB und die PSI SBKB sind beide kostenlos. Unsere Tutorials auf UniProt und viele andere Ressourcen werden durch ein Abonnement unserer Datenbank von Trainings oder durch den Kauf von individuellen Zugang zur Verfügung. Ob Sie lernen die Ressourcen durch unsere Tutorials, durch die Referenzen I Liste unten, oder durch eigene Erkundungen der Datenbanken, es ist wirklich eine erstaunliche Menge an verfügbaren Informationen über diese miteinander, öffentlich finanzierten Ressourcen – Bitte nutzen Sie diese bei Ihrer Recherche!

Quick Links:

UniProt Knowledgebase - http://www.uniprot.org/

OpenHelix Tutorial auf UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB HVE – http://www.pdb.org

OpenHelix Tutorial auf der RCSB PDB – http://www.openhelix.com/pdb

Das Protein Structure Initiative Strukturbiologie Knowledgebase (SBKB) - http://www.sbkb.org/

OpenHelix Tutorial auf der SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

Gesamtverzeichnis aller OpenHelix Tutorials – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

Referenzen:
Die UniProt Consortium. (2009). Die Universal-Protein Ressource (UniProt) in 2010 Nucleic Acids Research, 38 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkp846

Rose, P., Beran, B., Bi, C., Bluhm, W., Dimitropoulos, D., Goodsell, D., Prlic, A., Quesada, M., Quinn, G., Westbrook, J., Jung, J., Yukich, B., Zardecki, C., Berman, H., & Bourne, P. (2010). Die RCSB Protein Data Bank: neu gestalteten Website und Web-Services Nucleic Acids Research, 39 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkq1021

Berman, H., Westbrook, J., Gabanyi, M., Tao, W., Schah, R., Nucleic Acids Research, 37, A., Schwede, T., Arnold, K., Kiefer, F., Bordoli, L., Kopp, J., Podvinec, M., Adams, P., Fuhrmann, L., Moll, W., Nair, R., & Baer, J. (2009). Die Proteinstruktur Initiative strukturelle Genomik Knowledgebase Nucleic Acids Research, 37 (Database) DOI: 10.1093/nar/gkn790

Viele Protein Ressourcen haben vor kurzem angekündigten Updates

PDB Struktur 3RG9

 

 

 

 

In unserem Streben der up-to-date-Tutorials, Ich habe das Nachverfolgen von Änderungen, die auf Ressourcen vollziehen und der Planung unserer entsprechend aktualisiert. Protein Ressourcen sind vor allem würde mich von Ärger fern halten in diesem Sommer, weil ihre Entwickler und Kuratoren beschäftigt gewesen! Ich habe eine kurze Zusammenfassung nachfolgend zusammengestellt, und würden uns freuen, Kommentare zu anderen Ressourcen, die Sie kennen, oder wollen zu prahlen! :)

  • I featured die ExPASy Liste der Proteom-Tools in einem Vergangenheit Spitze. Ab Dienstag ist diese Liste nicht mehr gehalten up-to-date, aber die ExPASy Ressource hat sich über das erweitert worden “nur” eine Proteomik-Ressource und ist jetzt der neue SIB Bioinformatics Resource Portal. Nach seinen Entwicklern, das Portal:

    “bietet Zugang zu wissenschaftlichen Datenbanken und Software-Tools in verschiedenen Bereichen der Lebenswissenschaften, einschließlich der Proteomforschung, Genomik, Phylogenie, Systembiologie, Populationsgenetik, Transcriptomics etc.. … Auf diesem Portal finden Sie Informationen aus vielen verschiedenen SIB Gruppen sowie externen Institutionen.”

    Und keine Angst, es ist immer noch ein up-to-date Liste der Proteomik-Tools gefunden hier.

  • Ich erwähnte in meinem Tipp letzte Woche, dass NCBI ist MMDB unterzogen wurde, ein Update & Ich werde die Aktualisierung unser Tutorial auf bald.
  • NCI / Nature Pathway Interaction Database, oder PID, hatte ein Update 14. Juni, dass neue und aktualisierte Informationen der Signalwege schließt.
  • PROSITE hatte ein Update 21. Juni, die Release- 20.73, und umfasst nun 1618 Dokumentation Einträge, 1308 Muster, 936 Profile und 925 ProRules.
  • Das RCSB PDB Ressource hat angekündigt, Updates für ihre Browse Database-Funktion, erweiterte Sequenz-Displays von Struktur Übersichtsseiten und die PDB-101 pädagogische Ressource verfügbar ab Tafel Logos auf PDB Seiten. Für weitere Details zur Verwendung von PDB, entnehmen Sie bitte unserem frei PDB Einführungstutorial gesponsert von der RCSB.
  • STRING ist 9.0 Freigabe ist ab sofort verfügbar, und wir zu nichts zu suchen müssen wir in update unser Tutorial infolge.
  • UniProt ein Update 28. Juni, die enthalten ein großes Update bei vielen Bakterien und Archaea Type II Toxin-Antitoxin-Module, wie beschrieben hier.

Genießen Sie alle neuen Informationen – Ich weiß, ich werde! :)

Tipp der Woche: Neue und verbesserte OMIM ®

Im Bereich der Bioinformatik Ressourcen, einige sind mehr als ehrwürdige OMIM ®, Online Mendelian Inheritance in Man [gut, ursprünglich nicht online, auf Karteikarten ...]. Für diejenigen, die vielleicht neu in OMIM, es ist ein Katalog der Gene und ihrer Varianten, und die daraus resultierenden Phänotypen im menschlichen, mit einer klinischen Perspektive als einige Ressourcen bieten. Als ich auf die Geschichte der OMIM für diesen Eintrag, Ich begann mich zu fragen, ob es noch irgendeine Repository in der Genomik, dass die auf einem Computer Rahmen wurden mehr gepflegt. Ich kenne einen älteren Protein-Analyse-Programm, das Ich schrieb etwa einmal hier–von Margaret Dayhoff und Robert Ledley. Aber als ein fortlaufender Repository oder Katalog das war gespeichert, Victor McKusick schrieb:

Mendelschen Inheritance in Man hat auf dem Computer seit gepflegt 1964.

Es war auf einem Großrechner an der Johns Hopkins damals gespeichert. Der andere, dass ich dachte, war wahrscheinlich in der Nähe war RCSB HVE, die auf ihre beschrieben “über” Seite auf diese Weise:

Die PDB war in den etablierten 1971 am Brookhaven National Laboratory und enthielt ursprünglich 7 Strukturen.

Es ist wahrscheinlich, dass in irgendeiner Form auf einem Computer-System gab es schon früher als die–und kann zu MIM ein Lauf für den Rekord. Bruno Strasser Beschrieben 4 Ressourcen etwa zur gleichen Zeit entwickelt–1965–wie die Cambridge Structural Database, ME, Index Medicus, und Atlas of Protein Sequence und Struktur.

Es ist nicht leicht zu pflegen und entwickeln eine Ressource für diese lange. Gerade im vergangenen Monat haben wir kennen gelernt haben das Risiko von KEGG weg. Aber in der Bioinformatik–wie Biologie–eine Ressource muss weiterentwickelt oder sterben. (Tatsächlich, Ich kann in der Schule grad daran erinnern, dass Phrase durch den Lehrstuhl für unsere Abteilung eingesetzt wurde, um zu beschreiben, was Fachbereich Biologie als auch braucht.) In dieser Woche Tipp der Woche, Ich berichten, dass OMIM entwickelt sich weiter, und ich Ihnen die neue Schnittstelle.

Die meisten Menschen haben festgestellt OMIM am NCBI. Aber wenn Sie gehen über, um dort heute, Sie diese Mitteilung auf der Homepage zu sehen:

Dies liegt daran, OMIM hat ein neues Zuhause. Es ist zu diesem Zeitpunkt nicht klar, ob die NCBI Inkarnation wird aktualisiert Zukünftig werden. Die OMIM Team JHU beantragt, dass Software-Anbieter, die Links dazu dienen, jetzt OMIM diese Links Migration auf die neue OMIM.org Site, die OMIM-Team hält zu sein die offizielle Seite und wird die up-to-date sein.

Lasst uns besonders auf das entwickelt OMIM jetzt: es ist ein neues Jahrhundert eingetreten! Schütze! Die unglaubliche tiefe Sammlung kuratiert von Daten im Laufe der Jahrzehnte immer noch, aber das neue Interface ist sehr schön zu bedienen und zu sehen–es sieht nicht mehr wie 1995 drüben. Außerdem gibt es neue nützliche Links, und neue Suchoptionen, und neue Features noch kommen.

Vergleichen Sie diese denselben Datensatz für das APC-Gen (ein Beitrag zur erblichen Dickdarmkrebs) in beiden Orten:

Old OMIM bei NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/611731

New OMIM bei JHU: http://www.omim.org/entry/611731

Ich finde die neue Seite deutlich aufgeräumter, nicht wahr? Die Links, die Sie brauchen, um andere Ressourcen sind immer noch da, Sie können aber wechseln öffnen Sie die Menüs, um sie jetzt zu finden. Und einige der Links zu den Ressourcen, die nicht auf der alten Seite (zum Beispiel, BioGPS und PharmGKB die wir sehr gerne!). Ich bin auch gesagt, dass auf entsprechenden Seiten gibt es Links zu den sein DECIPHER Ressource.

Sie können immer noch rund um die MIM Karte navigieren, indem Sie auf die Erweiterte Suche für Gene Map Link: http://www.omim.org/search/advanced/geneMap . Ich habe dies an vielen Tagen getan, wenn ich etwas faszinierend in einer chromosomalen Region gefunden haben, und ich möchte sehen, was in diesem Bereich gemeldet und dort gespeichert OMIM.

Ein weiteres Feature, dass ich denke, ist sehr cool ist die Möglichkeit, die Sprache mit dem Google Translate Menü ändern. Ich weiß, es ist nicht perfekt, aber ich finde immer, dass ich Blog-Beiträge in anderen Sprachen lesen möchten und ich finde es funktioniert sehr gut. Making the OMIM Daten so leicht zugänglich zu nicht-englische Muttersprachler ist eine wirklich nette Geste.

Obwohl es manchmal schwer, den Übergang zu neuen Software-, Ich denke, das ist ein gutes Zeichen. Neben der Pflege der ausgezeichneten Kenntnisse Sammlung, die vor so langer Zeit begann, eine neue Schnittstelle bedeutet, dass OMIM weiterhin wachsen und sich verändern, um die Bedürfnisse der heutigen Zeit gerecht. Und wie wir uns bewegen uns auf mehr und mehr genomischer Variationen und Veränderungen zu identifizieren, die Auswirkungen der menschlichen Gesundheit, gut kuratierte und tiefe Wissensdatenbanken wie diese sind entscheidend.

Herzlichen Glückwunsch an die OMIM-Team auf den neuen Look und neue Heimat.

Quick-Link zu den neuen OMIM: http://www.omim.org/

(Bonus: Wussten Sie, gibt es auch eine Online Mendelschen Vererbung bei Tieren OMIA? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia )

Folgen Sie ihnen auf Twitter: http://twitter.com/#!/OmimOrg

Referenzen:
McKusick, In. (2006). Eine 60-jährige Geschichte von Spots, Karten, und Gene Annual Review of Genomics and Human Genetics, 7 (1), 1-27 DOI: 10.1146/annurev.genom.7.080505.115749

Amberger, J., Mundstücke, C., & Hamosh, Ein. (2011). Ein neues Gesicht und neue Herausforderungen für die Online-Mendelschen Vererbung beim Menschen (OMIM ®) Human Mutation, 32 (5), 564-567 DOI: 10.1002/humu.21466

Strasser, B. (2009). Sammeln, Im Vergleich, und Computing-Sequenzen: The Making of Margaret O. Dayhoff Atlas of Protein Sequence und Struktur, 1954-1965 Journal für die Geschichte der Biologie, 43 (4), 623-660 DOI: 10.1007/s10739-009-9221-0 (PDF auf seiner Fakultät Website hier.)

Strasser, BJ (2006) “Sammeln und Experimentieren: Die moralische Volkswirtschaften der biologischen Forschung, 1960s 1980er-Jahre.”, Preprints des Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte, 310, 105-23.