الوسم المحفوظات: الناتج المحلي الإجمالي

تلميح فيديو للأسبوع: أحواض السمك, وصول مبسط لهياكل البروتين لعلماء الأحياء

تلميح فيديو للأسبوع هذا الاسبوع هو أحواض السمك, مورد جديد لاستكشاف الهياكل بروتين, الطفرات, وأوجه التشابه مع بروتينات أخرى. انها تجربة جدا مصممة تصميما جيدا وتفاعلية للمستخدمين النهائيين. ويهدف ذلك إلى حد كبير على علماء الأحياء الذين يمكن أن يستفيدوا من استكشاف التفاصيل الهيكلية للبروتينات اهتمامهم, ولكن متهيب من الأدوات التي تستهدف الأحياء الهيكلية. ولكن للمطورين أداة, يجب عليك أيضا أن ننظر في كيفية ذهب هذا التمهيدية. انها واحدة من أفضل الأمثلة على إطلاق أداة رأيت في هذا المجال. ولقد رأيت الكثير.

لذلك أولا, الأداة. أحواض تقدم للمستخدمين وسيلة مبسطة للوصول واستكشاف الهياكل بروتين. الجمع بين أنواع المعلومات التي تحصل عليها من الناتج المحلي الإجمالي الموارد هيكل, وتفاصيل إضافية مثل UniProt الطفرات. حاليا عليك أن تبدأ مع عملية بحث أساسي عن طريق طرح لبروتين بالاسم, أو PDB أو UniProt ID. وقبل احتساب-لديهم علاقات البروتينات في PDB والسويسري بروت لتقديم لك بسرعة هيكل والبروتينات ذات الصلة. ورقة الملاحظات: “حاليا, يحتوي على أحواض السمك 46 مليون precalculated تسلسل إلى بنية التحالفات, مما أدى إلى هيكل مطابقة واحد على الأقل ل 87% من البروتينات السويسري بروت وسيطة من 35 الهياكل في البروتين….” وبالإضافة إلى ذلك, فإنه يتيح لك استكشاف السمات البيولوجية الهامة الأخرى مثل InterPro المجالات, التعديلات بعد متعدية, حتى تتمكن من التفكير في كيفية الطفرات + هياكل + وظائف تؤثر على بروتين معين ان كنت مهتما في. كما وصف ذلك:

“لقد تحميل البيانات SNP من Uniprot وإنتربرو حتى تستطيع أن ترى أين تكمن الطفرات على نموذج 3D بك. ونحن قد وجدت والتي قد تكون مفاجأة سارة للعثور على الطفرات التجميع في الفضاء 3D!”

قدم الناس أحواض السمك وهي مقدمة فيديو للحصول على انك بدأته:

ميزة أخرى يدوية قدموا هي بطاقة مرجعية سريعة مع اختصارات للوظائف [قوات الدفاع الشعبي]. وبالإضافة إلى ذلك مقدمة, لديهم شريط فيديو أطول فضلا. هذا هو أشبه محاضرة نموذجية مع الخلفية, الإطار, أهداف المشروع, وأكثر من ذلك حول قاعدة البيانات الأساسية.

الآن, هذا الشيء عن بدء تنفيذ مشروع البرنامج هذا. لقد وجدت أنه عندما كنت أبحث على المحادثات في قادم مؤتمر VIZBI (تصور البيانات البيولوجية). كل عام أجد هناك أفكار رهيبة التي تخرج من VIZBI, وأدوات أريد لاستكشاف. بينهم هذا العام أحواض السمك. فذهبت تبحث عن مزيد من التفاصيل, وجدت بعض الاشياء التقليدية. ورقة (أقل من), و بيان صحفي, الخ. ثم وجدت مناقشة رديت. فعل فريق أحواض السمك وAMA العلوم على هذه الأداة. انها تشارك مجموعة من الناس–بعض الناس المشجعين مجرد العلم الذي ربما لم يسبق له مثيل الهياكل بروتين قبل. هذا شيء طيب معي–وأكثر الناس الذين يقدرون البحث والتعلم حول كيفية استكشاف الباحثون بروتينات هو شيء جيد. ولكن آخرين زيارتها الأسئلة الفنية جيدة للفريق–مثل طرق أخرى للعثور على البروتينات في المصالح مع البحث تسلسل, أو التكامل مع أدوات أخرى مثل UCSC متصفح الجينوم. كل الأجوبة هي هناك. لقد استمتعت سؤال حول اسم الأداة:

يبدو تحصل على أفكار كان لدينا في الاعتبار: باستخدام أحواض السمك يتيح لنا مراقبة هذه المخلوقات الرائعة (البروتينات) من العالم الطبيعي. أحواض يخلق بيئة اصطناعية والإضاءة حيث يمكننا أن نلاحظ البروتينات المعزولة; مثل أسماك الزينة, البروتينات وغالبا ما تكون جميلة و (عادة) تعيش في المياه.

سألتهم عن كيفية لعب هذا الخروج, وكان لديهم 1000 ~ الناس زيارة موقعهم نتيجة لهذا الحدث رديت. كان ذلك مثيرا للاهتمام حقا بالنسبة لي, وطريق أنيق جدا لدفع الوعي.

كما وفرت وسيلة لدعم المستخدمين مع واحدة من بلدي المفضلة لموارد أخرى–Biostars. وأنشأوا موضوع دعم هناك حيث يمكن للاستخدامات طرح الأسئلة والحصول على الإجابات. https://www.biostars.org/t/aquaria/ I ذلك تفضل هذا إلى القوائم البريدية, وأنا سعيد لرؤية هذا طريقة سهلة للحصول على الدعم. في الواقع, سألت شيء أنا لم أستطع أن تماما بها حتى الآن.prot_structure_sample (وهنا البروتين كنت أبحث في: http://aquaria.ws/P09616/7ahl/A أردت أن أرى جميع مفارز بالألوان الكاملة, كنت اجتثاث حدد ضبط تلقائي للصورة للقيام بذلك. ولون من سلاسل لهذا الإصدار.)

أيضا, لأنواع المطور: أنها توفر وسيلة للكم على التفاعل مع البرنامج أحواض السمك لإضافة ميزات خاصة بك في المصالح مع API الخاصة. ربما كنت قد الطفرات الجديدة التي وجدت في بعض تسلسل كنت قد تم الحصول عليها في المختبر الخاص بك, مثلا. أنها هي التي تقدم التوجيهات بشأن ذلك هنا: المتشعب://bit.ly/aquaria-features. ما تلمس على هذا في الفيديو أطول (~ 27min) إذا كنت تريد تفسيرا أكثر قليلا. وأظن من دعم عالية الجودة أنها هي التي تقدم, انها تريد ان تكون مهتمة لسماع منك وما هي الميزات التي نود أن نرى تطبيقها على هذه البروتينات وكذلك.

لذلك مجد هذا الفريق لأداة أنيق وجهود جادة حقا التوعية وسائط متعددة. أعتقد كان جيد على جميع التهم الموجهة إليه. أراهن كنت رديت وصلت إلى أكثر من حق الناس من بيان صحفي سوف من أي وقت مضى. PIOs مصدر يحيط علما–الحصول العلماء الخاص بك على رديت.

وصلات سريعة:

أحواض السمك الموقع: http://aquaria.ws/

رديت العلوم AMA: https://www.reddit.com/r/science/comments/2w2jvw/science_ama_series_we_are_dr_sean_odonoghue_and/

بيوستار موضوع الدعم: https://www.biostars.org/t/aquaria/

مرجع:
أ'دونوغو S.I., كينيث S صابر, ماريا Kalemanov, كريستيان ستولت, بنيامين Wellmann, فيفيان هو, مانفريد روس, نيلسون Perdigão, فابيان والشجيرات, جوليان هنري & بوركهارد روست & (2015). أحواض السمك: تبسيط اكتشاف والبصيرة من الهياكل بروتين, طبيعة أساليب, 12 (2) 98-99. دوى: http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.3258

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • RT @ Massgenomics: ويبرز من ورقة ترميز transcriptome, التي تدحض على نحو سليم “على نطاق واسع والاختلاف RNA DNA” ورقة (لي وآخرون): http://t.co/ipYoHYZO
  • RT @ cytoscape: Cytoscape 3 بيتا خارج! http://t.co/cY7fM3g4http://t.co/fj54agPN
  • من القائمة البريدية PDBe: و 2012 وقد تم منح جائزة نوبل في الكيمياء لJ روبرت.
    يفكوويتز وK بريان. Kobilka لدراستهم من البروتين G-يقترن مستقبلات. يمكنك معرفة المزيد عن هذه العائلة هاما من مستقبلات عن طريق استكشاف هياكلها داخل الناتج المحلي الإجمالي. http://pdbe.org/nobel2012
  • RT @ the_prbb: "الطب ويشخص فارما الكبير بحاجة المعلوماتية الحيوية" http://t.co/lf5v6MXU
  • RT @ cswitwer: @ MountSinaiNYC تعلن دورة في تسلسل الجينوم الخاصة اور, المستقبل لتدريب مستندات. نعم! http://t.co/WAGANX92 #الفريق العامل المعني بالحالات # P4 @ ISBUSA
  • RT @ doe_jgi: MT @ محطة الظاهري BrookhavenLab # البيولوجيا: محاكاة البذور لزيادة انتاج النفط مقابل الغذاء والوقود الأخضر # – http://t.co/565N7EPw
  • RT @ المعلوماتية الحيوية: بعض من أفضل الأدوات المعلوماتية الحيوية للفيروس في أكثر من LANL ... http://t.co/0I92VEE2 لطيفة العمل!

عندما الأولويات مكان العمل على النار:

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • لطيف الفيديو على تدخل الجيش الملكي النيبالي من الطبيعة تعليقات علم الوراثة. يمكنك الوصول إلى كافة الارتباطات رني المزايا المتعددة الوسائط من هذه الصفحة, أو تذهب مباشرة على شريط الفيديو في هذه الصفحة. [جنيفر]
  • مثيرة للاهتمام, مرجع 10K (R10K) مشروع: RT @ deannachurch: CG: انتقل إلى http://t.co/rekf2Gkd لمزيد من المعلومات حول الانضمام إلى المشروع! #AGBT [ماري]
  • وانها ليست في الصحف بعد الآن… RT @ genome_gov: Pachter: “أسوأ كابوس لي: لعنة تسلسل عميق” يعرف أيضا باسم الكثير من البيانات. #AGBT [ماري]
  • قراءة في طبيعة النظرة الحساسية من نوفمبر. 2011 – الكثير من فلسفات جديدة & النظريات التي لم أكن على علم. وصول كامل حاليا الحرة المتاحة لل طبيعة الحساسية التوقعات [جنيفر]
  • RT @ Andrewsu: سحابة كلمة من نار 2012 الملخصات قضية قاعدة البيانات عبر HTTP://t.co/TMtefZ0k http://t.co/2zRzZkEG [ماري]
  • جديد خيار بارد لتقديم الطلبات PDB: تطوع لمحات عن Foldit [جنيفر]
  • RT @ LouWoodley مدينة نيويورك tweeps – القادم مدينة نيويورك على الانترنت العلم هو في 20 مارس على الحفاظ على سجل بحث مستقيم http://bit.ly/xwziUb #sonyc [جنيفر]
  • RT @ GeneSherpas: "@ GeneticsUpdate: يمكن أن تطلق عليك لجيناتك? المتشعب://t.co / fDaOriUواضاف "نأمل في المستقبل لدينا لا ينزل إلى هذا!" [ماري]
  • هذا! وكان ذلك غير متوقع… RT @ edyong209: غريب SNP دراسة حول علم الوراثة من غناء كورالي. مجردة يأخذ بدوره يثير الدهشة في الخطوط النهائية. http://t.co/VkSU4fd0 [ماري]
  • RT @ Jacksonlab: مواجهة مرض نادر الجينية # معا, عائلة Wentzell لا تدع أي شيء إبطاء. #raredisease http://t.co/bscdUXoN [ماري]

RCSB PDB مجانا الويبينار

أردت فقط أن يعطي رؤساء يصل الى الويبينار المجانية على بنك المعلومات بروتين RCSB. انها سوف تكون يوم الاربعاء القادم, في الوقت 11:00 الأميركية في المحيط الهادئ. (هذا 18:00 بالتوقيت العالمي). سوف يكون حوالي ساعة, وأنا لم أقول أنه مجاني?

المقاعد محدودة, التسجيل في وقت مبكر جدا.

يمكنك ان ترى إعلان لدينا هنا: http://blog.openhelix.eu/?p=11055

ويمكن أن تذهب تسجيل حق هنا الآن: http://www.openhelix.com/cgi/webinars.cgi

إذا لم تتمكن من جعل الويبينار, يمكنك التحقق من المواد التدريبية والتعليمية لدينا هنا (أيضا مجانا, برعاية PDB RCSB)

متصلة أخبار تحديثات على PDB (بنك معلومات البروتين), الخ.

هذه هي وظيفة سريعة لاستكمال لكم على الأحداث & العناوين التي كنت جمعت التي ترتبط مع بروتين بنك المعلومات والموارد الأخرى من البروتين.

  • تلقينا مؤخرا اقتراحا لPDB RCSB عبر تويتر:

    RT بالدوين27andaphd: بالدوينComprendia بالدوينopenhelix كنت تعرف ما? أعتقد حقا PDB يجب أن يكون شريط الأدوات لفايرفوكس البنية الحيوية شركته تنوي مثلي. سم مكعب بالدوينopenhelix

جيد , كنت في الحظ, @ 27andaphd! تحدثت مع شخص ما على فريق PDB وكنت لديهم مغطاة شريط الأدوات, كما هو موضح في هذا الصيف. 2010 النشرة البند: ابحث في PDB RCSB في مستعرض ويب

  • و علم الأحياء الهيكلية الدروس, الذهب SBKB, هي قاعدة بيانات للشقيقة RCSB PDB, ويوم الخميس الماضي الافراج عنهم الإصدار 4.0 من SBKB. لقد تم التحقق من الإفراج & انها تبدو جيدة – لقد نظموا فئات من المعلومات والموارد في “محاور”, مثل محور الأهداف الإنشائية, تسلسل, هيكل, & وظيفة المحور, من الطرق المحور, وأكثر. أنا الآن في عملية استكمال لدينا برعاية (مجانا) SBKB التعليمي الآن, ولكن قد ترغب في التحقق من الافراج & ترى ما الجديد.

  • سيكون لدينا بنود أخبار أكثر إثارة قريبا, حتى لا تنزعج!

وصلات سريعة:
علم الأحياء الهيكلي الدروس (SBKB): http://www.sbkb.org/

البنك البروتين البيانات (الناتج المحلي الإجمالي) http://www.pdb.org/

OpenHelix وتعليمي استهلالي الحرة على SBKB: http://www.openhelix.com/sbkb

OpenHelix وتعليمي استهلالي الحرة على PDB: http://www.openhelix.com/pdb

على بعثة لمعلومات البروتين

انها على الارجح مجرد قدرة الدماغ البشري لتوصيل النقاط & إيجاد أنماط, ولكن يمكن أن تكون مثيرة للاهتمام كم “لا علاقة” الأحداث والمعلومات بت تتراكم في رأسي & في نهاية المطاف إلى الحصول على بحثه فكرة أو نظرية. أخذ, مثلا, خالط الأخيرة في مجال التكنولوجيا الحيوية, بت من التعليم سلسلة القيادة & مادة الطبيعة الماضي – كل “حدث” وقد التعرجات في ذهني ، والآن يجدون طريقهم للخروج لأن هذا بلوق وظيفة.

موافق, الآن الشرح: في حدث مؤخرا في مجال التكنولوجيا الحيوية المحلية سمعت عن شركة (KeraNetics) تنقية البروتينات الكيراتين & استخدامها لتطوير التطبيقات العلاجية والبحثية. الشركة & بدا أبحاثهم مثيرة جدا للاهتمام & ويهدف لأن الكثير منها في مساعدة الجنود الجرحى, وبدا أنه من المفيد أيضا مباشرة. كان الحديث القصير, فقط 20 دقائق, لذا لم يكن هناك الكثير من الوقت للحصول على تفاصيل أو أسئلة. قررت أنني كنت يتجهن من خلال العديد من قواعد البيانات العلوم الحيوية والموارد التي أعرفها وأحبها, من أجل معرفة المزيد عن الكيراتين.

وكان سعيي كلا المرح ومحبطة بسبب طبيعة الوحش – الكيراتين هو “معروف” (أنا. وتأتي في المسابقات المدرسية التحدي الأكاديمية العالية 'الكثير', وفقا لشخص في معرفة), ولكن من الصعب العمل مع (أنا. قاسي, غير قابل للذوبان, هيكلية البروتينات الليفية) ان من الصعب العثور على الكثير من المعلومات العامة في قاعدة البيانات الخاصة بك من البروتين في المتوسط (لأنه مصنوع من العديد من المنتجات الجينات المختلفة, ويشار إلى جميع “الكيراتين”). قررت أن أبدأ مغامرتي في اثنين من مواردي البروتين المفضلة, الناتج المحلي الإجمالي & SBKB, ولكن لم أجد حل لهياكل الكيراتين. بسبب الطريقة التي يتم من تنسيق قواعد البيانات ونظم النموذج الحي, أبدأ غالبا ما يكون هناك بحث البروتين, فقط للحصول على بعض المعلومات الأساسية, الجينات أسماء, تسلسل المعلومات, الخ. في (بالطبع) العثور على أي شيء عدا بضعة GO المصطلحات في قاعدة بيانات الجينوم السكيراء (SGD), ولكنني وجدت المئات من النتائج في كل من الماوس الجينوم المعلوماتية (كونكورد) (660 الجينومية الميزات) و قاعدة بيانات الجينوم الفئران (RGD) (162 جينات الفئران, 342 الجينات البشرية). كما أنني وجدت أسماء الجين (* KRT), متواليات والشروح الموجزة مع إشارات إلى العديد من الأمراض مع وصلات إلى OMIM. عندما كنت استفسر عن “الكيراتين”, في OMIM حصلت على 180 مشاهدات, بما في ذلك 61 “السريرية synopsises”, في UniProt عاد 505 استعرض مداخل و 2,435 لم تتم مراجعتها entiries, في نوع من البروتين 10,611 والنتائج في مجلات 26,430 مع المواد 1,707 نقدية. حصلت فضولي لمعرفة KeraNetics’ البحث متخم باستخدام خاصية البحث المتقدم في PubMed عن كيراتين المجرد أو عنوان & المعهد البترولي اسم كمؤلف (البحث = “(الكيراتين[عنوان / الخلاصة]) وفان دايك[كاتب]“).

انتهى بي الأمر مع الكثير من المعلومات يؤدي أنني يمكن أن يكون من خلال مطاردة, إلا أنه كان بمثابة عملية المتعة التي تعلمت الكثير عن الكيراتين. هذا هو المكان الذي يأتي في الاشياء التعليم. لقد كنت أرى الكثير من الدراسات انتقل بالحديث عن إصلاح التعليم على أن تكون أكثر تحقيقا مدفوعة, وأستطيع أن أرى تماما كيف يمكن أن تعمل. “تعلم” من خلال التلقين & قلس جافة للجميع & الخام لل “تحدى الذاكرة”, مثلي. وجود سبب أو الفضول لاستكشاف, مع كتلة صلبة جديدة من البيانات أو التفاهم حول كل زاوية المتربصة, المعلومات فقط ويبدو للحصول على أفضل & البقاء لفترة أطول. (OT, ولكن اعتقدت أن أذكر موقع ذات الصلة التي وجدت اليوم ث / بعض الأشياء الرائعة: العقل / التحول ، كيف سنتعلم.)

وكان يمكن أن فعلت البحث في PubMed المتقدمة في بداية, لكن ما المتعة التي تم? بالإضافة إلى أن هناك الكثير مما تعلمته عن الكيراتين عما لم أجد, من هذا القبيل لم يكن هناك عدد كبير من الهياكل PDB للبروتينات الكيراتين. هذا يقودني إلى النقطة النهائية في بلدي مولينغز – مقال أنني صادفت اليوم كما عملت على تراكم قراءتي: “الكثير من الطرق لا تؤخذ“. إذا كان لديك اشتراك في الطبيعة يمكنك قراءتها, ولكن النقطة الأساسية هي أن الباحثين لا تزال تركز إلى حد كبير على نفس المجموعة من البروتينات التي كانوا لفترة طويلة, لأن هذه هي البروتينات التي توجد أدوات البحث (الأضداد, مثبطات الكيميائية, الخ). هذا نفس النوع من الفلسفة هو تأجيج مبادرة بنية البروتين (المبادرة) جهود, كما هو موضح هنا. على أي حال, لقد وجدت هذه المادة مثيرة للاهتمام & نتفق مع الاقتراحات الكتاب عامة. وأود أن تمتد إلى ما بعد ولكن هذه الأدوات البحوث الفيزيائية & ويقول الباحثون أن تسير قدما إلى المزيد من أدوات تحليل البيانات, والتدريب على كيفية استخدامها – ولكني أود أن, لم أكن? :)

المراجع:

  • Sierpinski ف, غاريت J, بي J, آبل ف, Klorig D, تي سميث, كما LA, عطاالله A, & فان دايك M (2008). استخدام الكيراتين الحيوية المستمدة من الشعر البشري لتعزيز التجدد السريع في الأعصاب الطرفية. الحيوية, 29 (1), 118-28 PMID: 17919720
  • إدواردز, أ., Isserlin, ر., بدر, غ., فراي, س., ويلسون, ت., & يو, F. (2011). الكثير من الطرق لا تؤخذ طبيعة, 470 (7333), 163-165 دوى: 10.1038/470163a

تلميح فيديو للأسبوع: الموارد VND للمعلومات الجينية والدواء البديل


نصيحة في اليوم وانا ذاهب لميزة الموارد التي وجدت مؤخرا. لقد تم تحديث البرنامج التعليمي لدينا dbSNP, مريم التي & وسوف يتم تقديم تراي في ورش عمل في المغرب, وأيضا لدينا PDB تعليمي مجاني, الذي ترعاه RCSB PDB فريق. لقد تم التفكير في ذلك الهياكل بروتين تسلسل والاختلافات الصغيرة كثيرا في الآونة الأخيرة. كما بحث لي العدد الأخير من قاعدة البيانات NAR يبحث عن الموارد اللازمة للقيام طرف على, لقد وجدت مقالا يصف VND (اختلاف وراثي والدواء) مورد, ويمكن أيضا التي يمكن الوصول إليها على العنوان www.vandd.org, وفقا للمادة NAR. هذه المادة هو “VND: هيكل قاعدة بيانات مركزية للأمراض ذات الصلة النيوكلوتايد والمخدرات“, و من شخص آخر يظهر حقيقية هوز هو من البروتين, تفاوت الموارد والمرض, اضطررت للتحقيق.

ما وجدته في VND جعلني على يقين من أن هذا هو مورد أردت أن الميزة في تلميح. هو من VND مركز الكورية Bioinformation, أو KOBIC, الذي لديه قائمة قواعد البيانات والأدوات التي يقدمونها. أنا انقاذ ما تبقى من موارد عن وظيفة أخرى KOBIC & التركيز على VND هنا. تجميع البيانات من الموارد مثل RefSeq, OMIM, UniProt, الناتج المحلي الإجمالي, DrugBank, dbSNP, GAD وربما كانت أكثر باردا بما فيه الكفاية, اعتمادا على كيفية القيام بذلك, ولكن لا VND أيضا على النمذجة هيكل الخاصة حول كيفية تحليل التباين يؤثر على بنية البروتين والمخدرات / يجند ملزم.

هذا الفيلم هو غيض يست طويلة بما يكفي لإظهار حقيقة اتساع لك ما هو متاح من VND, ولكن آمل أن يكون كافيا لتشجيع لك قراءة المقال NAR (المذكورة أدناه), وللتحقق من VND. شيء واحد أن نلاحظ: لا تتوقع أن تجد كل التمرير dbSNP # هناك – واحدة أن أنا أستعمل في البرنامج التعليمي لدينا ليست هناك. مهتمون على وجه التحديد في الاختلافات داخل الجينات التي قد تؤثر المخدرات ملزمة. لكن مهلا, لا يمكنك الاستعلام DrugBank مع ليالي # RS, وأنا لم أر في ذلك مثل النمذجة هيكل VND, لذا فهي تستحق الموارد التي قد ترغب في التحقيق إذا كنت مهتما في كيفية التواصل مع الاختلافات الوراثية علاجات المرض والمخدرات.

وصلات سريعة:

VND: الاختلافات وأدوية الموارد - http://vnd.kobic.re.kr:8080/VnD/index.jsp

مركز الكورية Bioinformation (KOBIC) – http://www.kobic.re.kr/

RCSB PDB -- المتشعب://www.pdb.org

دروس OpenHelix على PDB RCSB -- http://www.openhelix.com/pdb

dbSNP: الاختلافات الوراثية قصيرة, من NCBI - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/

دروس OpenHelix على dbSNP NCBI ل-- http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=39

لذكرها وصلات إلى موارد أخرى والدروس OpenHelix في هذا المنصب, يرجى الاطلاع على موقعنا من الموارد -- http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

مرجع:
الذي, ج., يا, س., لي, غ., متنزه, س., كيم, دبليو., لي, ب., & لي, S. (2010). VND: هيكل قاعدة بيانات مركزية للأمراض ذات الصلة النيوكلوتايد والمخدرات أبحاث الأحماض النووية, 39 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkq957

نصيحة الأسبوع: من UniProt إلى SBKB المبادرة والعودة مرة أخرى


غالبا ما يكون من المفيد لزيارة قواعد البيانات الطبية الحيوية أو موارد متعددة, حتى لو يبدو أنها توفر تداخل المعلومات لأنه لا يوجد اثنين من الموارد التركيز على المعلومات نفسها بالضبط, أو تقديمه في بنفس الطريقة تماما. بدلا من تكرار بعضها البعض’ curation الجهود, قاعدة بيانات ربط في كثير من الأحيان على المعلومات ذات الصلة على الموارد الأخرى. يمكنك التفكير في هذه الروابط كما “اتصالات الاجتماعية”, إذا كنت ترغب في تلميح واليوم أريد أن أعرض لكم بضع اتصالات بين موارد المعلومات البروتين, بما في ذلك الاتصال الجديد الذي يتميز فعلا بعض القيمة الأساسية لل المبادرة في علم الأحياء الهيكلي الدروس, الذهب SBKB.

أبدأ في تلميح وUniProtKB, حيث كنت ابحث عن رقم معرف UniProt. تقرير من البروتين الناتج أنا أول عرض لفترة وجيزة كنت في كيفية ربط إلى المطابق RCSB PDB تقرير, حيث يمكنك العثور على هيكل بروتين عالية الجودة ومعلومات أكثر. إذا كنت مهتما بمعرفة المزيد عن PDB RCSB & كيفية استخدامها, يرجى مراجعة كاملة لOpenHelix, حرر هذا البرنامج التعليمي ترعاه PDB RCSB.

من هناك أعود إلى تقرير UniProt ويبرهن على وجود ارتباط جديد إلى الخيار الذي يربط بين لبروتوكولات البروتين, المواد المتاحة, أهداف البروتين وكذلك معلومات حول نماذج نظرية وتوقع من SBKB. ليس لدي الوقت لاظهار ذلك ، ولكن عملية تحديث الأخيرة إلى SBKB يتيح للمستخدمين البحث الآن في هيكل الأحياء الدروس مع انضمام عدد UniProt. عمليات البحث هذه توفر للمستخدمين معلومات إضافية بما في ذلك المعلومات بنية البروتين والمعلومات حول تسلسل الهيكل قبل اطلاق سراحهم. كما هو الحال مع PDB RCSB, لدينا تعليمي مجاني على SBKB أن يرعاه بروتين بنية المبادرة.

وأنا من خلال التمرير وسوف تقرير البروتين المستخدمين UniProt عرض معلومات وروابط لمجموعة واسعة من موارد العلوم الحيوية. OpenHelix, وأنا متأكد من أن الكثير من تعلمون, والدروس حول كيفية استخدام العديد من هذه الموارد. دروس لدينا على PDB RCSB وSBKB PSI كلاهما مجانا. لنا الدروس على UniProt و الكثير من الموارد الأخرى وتتوفر من خلال الاشتراك في قاعدة البيانات لدينا من التدريبات أو من خلال شراء وصول الأفراد. إذا كنت تعلم الدروس لدينا الموارد من خلال, من خلال المراجع أنا القائمة أدناه, أو من خلال الاستكشافات الخاصة بك من قواعد البيانات, هناك فعلا مبلغا من المعلومات المتاحة من خلال هذه مترابطة مذهلة, الممولة من القطاع العام الموارد – يرجى الاستفادة منها في البحث الخاص بك!

روابط سريعة:

UniProt قاعدة المعرفة - http://www.uniprot.org/

دروس OpenHelix على UniProt – http://www.openhelix.com/cgi/tutorialInfo.cgi?id=77

RCSB PDB – http://www.pdb.org

دروس OpenHelix على PDB RCSB – http://www.openhelix.com/pdb

مبادرة بنية البروتين الهيكلي الأحياء الدروس (SBKB) - http://www.sbkb.org/

دروس OpenHelix على SBKB – http://www.openhelix.com/sbkb

كتالوج لجميع الدروس OpenHelix – http://www.openhelix.com/cgi/tutorials.cgi

المراجع:
وUniProt كونسورتيوم. (2009). موارد البروتين العالمي (UniProt) في 2010 أبحاث الأحماض النووية, 38 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkp846

وارتفع, P., Beran, ب., سوف, C., بلوم, دبليو., Dimitropoulos, د., جودسيل, د., برليتش, أ., كيسادا, م., كوين, غ., ويستبروك, ج., شاب, ج., Yukich, ب., Zardecki, C., بيرمان, ه., & بورن, ف. (2010). البروتين RCSB بنك المعلومات: تصميم موقع على شبكة الإنترنت وخدمات الويب أبحاث الأحماض النووية, 39 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkq1021

بيرمان, ه., ويستبروك, ج., Gabanyi, م., تاو, دبليو., الشاه, ر., Kouranov, أ., السويدي, ت., أرنولد, ك., صنوبر, ف., Bordoli, L., كوب, ج., Podvinec, م., ادامز, P., سائق الكارة, L., قاصر, دبليو., ناير, ر., & باير, J. (2009). مبادرة البنية المعرفية الجينوميات البروتين الهيكلي أبحاث الأحماض النووية, 37 (قاعدة بيانات) دوى: 10.1093/nar/gkn790

وأعلنت مصادر البروتين العديد من تحديثات مؤخرا

PDB هيكل 3rg9

 

 

 

 

في سعينا المتواصل لمدة تصل إلى التاريخ الدروس, لقد كنت تتبع التغيرات التي تحدث في الموارد والتخطيط وفقا لذلك لدينا تحديثات. موارد البروتين تسير خصوصا لإبقائي بعيدا عن المشاكل في هذا الصيف, لأنه قد تم المطورين والقيمين مشغول! لقد قمت بتجميع نبذة قصيرة أدناه, وسوف نقدر تعليقات على أية موارد أخرى تعرف عن, أو تريد أن التباهي! :)

  • ظهرت لي ExPASy قائمة الأدوات البروتين في الماضي الحافة. اعتبارا من يوم الثلاثاء هذه القائمة لم يعد يجري الاحتفاظ يصل إلى تاريخ, ولكن ExPASy الموارد وقد تم توسيع يجري خارج “فقط” مورد البروتيوميات والآن الجديد SIB الموارد المعلوماتية الحيوية البوابة. وفقا لمطوريها, البوابة:

    “يوفر الوصول إلى قواعد البيانات العلمية وأدوات البرامج في مختلف المجالات بما في ذلك علوم الحياة البروتيوميات, علم الجينوم, نسالة, نظم علم الأحياء, علم الوراثة السكانية, Transcriptomics الخ.. … على هذه البوابة تجد الموارد من العديد من المجموعات SIB المختلفة وكذلك مؤسسات خارجية.”

    والخوف أبدا, لا تزال هناك قائمة ما يصل إلى تاريخ العثور على أدوات البروتيوميات هنا.

  • لقد ذكرت في تلميح بلادي الاسبوع الماضي ان NCBI في MMDB شهدت تحديثا & سأكون التحديث لدينا البرنامج التعليمي في وقت قريب.
  • NCI / الطبيعة قاعدة المسار التفاعل, أو PID, كان له 14 يونيو التحديث يتضمن معلومات جديدة وتحديث المسارات.
  • PROSITE كان له 21 يونيو التحديث, وهو النسخة 20.73, وتضم الآن 1618 مقالات وثائق, 1308 أنماط, 936 وملامح 925 ProRules.
  • و RCSB PDB الموارد وقد أعلنت التحديثات لقاعدة البيانات الخاصة بهم وظيفة تصفح, يعرض تسلسل معززة من صفحات ملخص وهيكل PDB - 101 الموارد التعليمية الشعارات المتاحة من السبورة على صفحات PDB. لمزيد من التفاصيل حول استخدام PDB, يرجى الاطلاع على حرر التعليمي تمهيدية PDB برعاية RCSB.
  • وSTRING 9.0 إطلاق يتوفر الآن, وسنكون يبحث في أي شيء نحن بحاجة الى التحديث في لدينا البرنامج التعليمي نتيجة.
  • UniProt أطلقت سراح 28 يونيو التحديث التي شملت عملية تحديث رئيسية في العديد من وحدات النوع البكتيري وarchaeal الذيفان و الترياق الثاني, كما هو موضح هنا.

التمتع بجميع المعلومات الجديدة – أعرف أنني سوف! :)

نصيحة الأسبوع: جديدة ومحسنة OMIM ®

في مجال الموارد المعلوماتية الحيوية, قليلة هي أكثر الجليلة من OMIM ®, الانترنت الوراثة مندلية في مان [جيد, أصلا لا على الانترنت, على بطاقات الرقم القياسي...]. بالنسبة لأولئك الذين قد تكون جديدة على OMIM, وهو فهرس للجينات واختلافاتها, والظواهر الناتجة في الإنسان, مع منظور أكثر السريرية من تقديم بعض الموارد. كما كنت استعراض تاريخ OMIM لهذا المنصب, بدأت أتساءل عما إذا كان هناك حتى أي المخزون في علم الجينوم وهذا ما كان الحفاظ على إطار أطول الكمبيوتر. أنا أعرف من برنامج التحليل أن أقدم البروتين كتبت عنها هنا مرة واحدة–من مارغريت Dayhoff وروبرت ليدلي. ولكن كما مستمر مستودع أو الكتالوج التي تم تخزينها, كتب فيكتور McKusick:

الوراثة المندلية في مان وقد حافظت على الكمبيوتر منذ 1964.

وتخزينها على الحاسوب في جامعة جونز هوبكنز في ذلك الوقت. وكان الآخر يعتقد أنني ربما كان وثيق RCSB PDB, الذي يوصف في هذه “حول” الصفحة بهذه الطريقة:

أنشئت في PDB 1971 في مختبر بروكهافن الوطني والواردة أصلا 7 هياكل.

فمن المحتمل أنه في بعض شكل كان قائما على نظام الكمبيوتر في وقت سابق من ذلك–وربما تعطي MIM السباق على السجل. توصف برونو ستراسر 4 الموارد المتقدمة في نفس الوقت تقريبا–1965–وقاعدة البيانات الإنشائية كامبريدج, ME, الفهرس الطبي, وأطلس تسلسل البروتين وهيكل.

انها ليست سهلة للحفاظ على وتطوير الموارد لهذا الوقت الطويل. فقط في الشهر الماضي علمنا خطر يذهب بعيدا KEGG. ولكن في المعلوماتية الحيوية–مثل البيولوجيا–مورد بحاجة إلى تطوير أو الموت. (في الواقع, أستطيع أن أتذكر في المدرسة غراد التي كانت تستخدم العبارة من رئيس قسمنا لوصف ما البيولوجيا كلية يتعين عليها القيام به كذلك.) في تلميح هذا الأسبوع من الأسبوع, أنا OMIM التقرير أن يتطور, وأنا أعرض لكم واجهة جديدة.

وقد واجهت معظم الناس OMIM في NCBI. ولكن اذا كنت اذهب الى هناك اليوم, سترى هذا الإشعار على الصفحة الرئيسية:

هذا لأن لديه OMIM منزل جديد. انها ليست واضحة في هذا الوقت إذا كان سيتم تحديث التجسد NCBI للمضي قدما. فريق OMIM في JHU يطلب أن مقدمي البرامج الذين يخدمون صلات OMIM الآن ترحيل تلك الصلات إلى الجديد OMIM.org موقع, الفريق الذي تعتبره OMIM الموقع الرسمي وسوف يكون ما يصل إلى تاريخ one.

دعونا نتحدث تحديدا عن OMIM تطورت الآن: دخلت عليه قرن جديد! ياي! لا يصدق جمع البيانات من تنسيق عميق على مدى العقود لا يزال, لكن واجهة جديدة هي لطيفة جدا لاستخدام والنظر في–انها لم تعد تبدو 1995 هناك. هناك أيضا وصلات مفيدة جديدة, وخيارات بحث جديدة, والميزات الجديدة لم تأت بعد.

قارن هذا الرقم القياسي لنفس الجين APC (مساهما في سرطان القولون وراثية) في كلا المكانين:

OMIM القديمة في NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/611731

الجديد في OMIM JHU: http://www.omim.org/entry/611731

أجد صفحة جديدة لتكون بشكل ملحوظ tidier, لا يمكنك? الروابط تحتاج إلى موارد أخرى لا تزال هناك, ولكن يمكنك تبديل فتح القوائم للعثور عليهم الآن. وبعض الروابط على الموارد التي لم تكن متوفرة على الصفحة القديمة (مثلا, BioGPS و PharmGKB وهو ما يشبه إلى حد كبير جدا!). قيل لي أيضا أن على الصفحات المناسبة سيكون هناك روابط لل فك مورد.

يمكنك تصفح في جميع أنحاء الخريطة MIM بالنقر على بحث متقدم لربط خريطة الجينات: http://www.omim.org/search/advanced/geneMap . وقد فعلت ذلك في أيام كثيرة عندما وجدت شيئا للفضول في منطقة الكروموسومات وأريد أن أرى كل ما تردد في هذا المجال وتخزينها في OMIM.

ميزة أخرى أعتقد أنه بارد جدا هو الخيار لتغيير لغة القائمة مع ترجمة جوجل. وأنا أعلم أنها ليست مثالية, لكنني وجدت أن نحو متزايد أريد أن أقرأ بلوق وظائف في لغات أخرى ، وأنا أجد أنه يعمل بشكل جيد جدا. جعل البيانات OMIM بحيث يسهل الوصول إلى غير الناطقين باللغة الإنجليزية لمسة لطيفة حقا.

على الرغم من أنها صعبة في بعض الأحيان إلى التحول إلى برنامج جديد, وأعتقد أن هذا هو علامة جيدة. بالإضافة إلى الحفاظ على جمع المعرفة الممتازة التي بدأ ذلك منذ زمن طويل, واجهة جديدة يعني أن OMIM مستمرة في النمو والتغيير لتلبية احتياجات اليوم. وفيما نمضي قدما للتعرف على المزيد من التقلبات وأكثر الجينومية والتعديلات التي تؤثر على الصحة البشرية, قواعد المعرفة بشكل جيد وعميق برعاية مثل هذا أمر حاسم.

مبروك لفريق OMIM على نظرة جديدة ومنزل جديد.

بسرعة تصل إلى OMIM جديدة: http://www.omim.org/

(علاوة: هل تعلم أن هناك أيضا الميراث الانترنت مندلية في OMIA الحيوانات? http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omia )

متابعتها على التغريد: http://twitter.com/#!/OmimOrg

المراجع:
McKusick, في. (2006). قصة 60 سنة من البقع, خرائط, والجينات الاستعراض السنوي لعلم الوراثة البشرية وعلم الجينوم, 7 (1), 1-27 دوى: 10.1146/annurev.genom.7.080505.115749

Amberger, ج., أبواق, C., & Hamosh, A. (2011). وجه جديد وتحديات جديدة للميراث الرجل في مندلي على الانترنت (OMIM ®) الإنسان الطفرة, 32 (5), 564-567 دوى: 10.1002/humu.21466

ستراسر, B. (2009). جمع, مقارنة, الحاسبات ومتواليات: صنع يا مارغريت. Dayhoff اطلس للتسلسل من البروتين وهيكل, 1954-1965 مجلة لتاريخ علم الأحياء, 43 (4), 623-660 دوى: 10.1007/s10739 - 009 - 9221 - 0 (PDF تتوفر على له موقع على شبكة الإنترنت أعضاء هيئة التدريس هنا.)

ستراسر, BJ (2006) “جمع وتجريب: اقتصادات الأخلاقية للبحوث البيولوجية, 1960S - 1980s.”, المسودات من معهد ماكس بلانك لتاريخ العلوم, 310, 105-23.