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星期五SNPpets

这周五包括一系列主题,,en,自闭症基因组结构的状态有意思评估,,en,并读取所述片,,en,贫民窟,,en,之后遗传病,,en,劳拉·赫彻的鸣叫,,lb,奶酪中的细菌基因水平转移,,en,在作物性状,,en,CRISPR昆虫,,en,深时间人类DNA,,en,和肿瘤的进化史,,en, as usual. Interesting assessments of the state of autism genomic architecture–and read the piece on the “ghettoization” of genetic disease after that (Laura Hercher’s tweet). Horizontal gene transfer in cheese bacteria. Traits in crops. CRISPR for insects. Deep time in human DNA, and evolutionary history of tumors. There are so many great things around right now…. 我们去了!


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This week’s SNPpets includes updates to existing tools, 像 ReactomeIMG, the biggest JBrowse display I ever saw, various tidbits from #ASHG15 as word clouds, 基因编辑, slices through personalized medicine and rare diseases, 和 Virtual Machine catalog. Most unusual thing this week: recent evolutionary genomics work gets onto The Big Bang Theory. 而更多的….


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If the survey is closed by the time you come across this, see the answers (and the twitter discussion thread is hilarious)

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答案是什么? (novel pathways in silico)

reddit_iconThis week’s highlighted discussion is a different take on pathway and network tools. This is about the design of novel metabolic pathways 在硅片, not just exploring existing pathways to look for where your favorite genes play roles.

reddit question iconIs there free software available for designing metabolic pathways? (self.bioinformatics)

提交 learnedidiot

I am interested in designing novel metabolic pathways in silico, and was curious if there is a good software packages that allows for finding the shortest path in terms of enzymes, regardless of species, for a given input to final output?

Although we have talked about COPASI 前, in conjuction with GenoCAD, and we’ve done training on , some of the other tools were new to me and I was pleased to learn of them. If you know of others you can offer the suggestions. 走有 look at the discussion.

答案是什么? (在通路中的颜色基因)

映泰 网站是一个要求, 生物信息学的问题和问题的回答和讨论. 我们的成员 社区和发现它非常有用. 经常出现的问题和答案在映泰是我们的读者有密切关系 (基因组学的最终用户资源). 逢星期四,我们将突出这些项目或讨论,在这个线程. 您可以询问一下该线程问题, 或者你可以随时参加在映泰.

这个问题是前一段时间开始, 但它有一个近期的答案飘来备份. 但它是一个问题,问了很多人,他们正在处理的大名单的基因各种实验或采矿练习. 最近我最近在映泰突出一些通路的东西,所以我想这将是一个不错的姊妹篇.

问题: 颜色:特定蛋白质/基因信号通路

我有一个列表基因/ protiens的. 我喜欢的颜色我的清单上的蛋白质/基因信号通路. 我知道KEGG这样做有一个工具 (搜索和色彩途径地图). 他们是任何其他公开可用的替代方案,是? 如果不, 我怎么能完成这个任务 (任何指针或头). 谢谢

GABS

我知道 KEGG的 方法, 但真正需要的很难看 Biotapestry. 退房 答案 看更多.

 

一周的视频提示: 为合成生物学GenoCAD的

合成生物学领域的 相当长的一段时间一直憋着. 偶尔,它需要一个大的飞跃, 例如,当 文特尔的研究小组发表 对他们的工作 M. 生殖, 了一个简单的细胞,最近一个大的飞跃了很多细胞过程建模与纸张 我谈, 并在 虚拟杂志社后不久,我们在Google .

但也出现了人已经建设和配套软件这一领域的工作相当长的一段时间, 我想探索的工具之一今天. 对于本周的提示,我们将探讨 GenoCAD. 电脑辅助设计 (民航处) 为基因组学将是必要的在某一点–你就可以模拟一些系统, 输入一些参数, 测试出你已经建立的方程. 但是,随着最近的一篇文章显示–的立身之本,钳工和现有的信息是广泛的出版物和数据库. 但这个信息进行组装, 顺着, 以新的方式和编码进行分析和预测可能.

GenoCAD将让你开始构建和测试这种类型的细胞活动. 这里的如何 他们形容自己:

GenoCAD是一个开放源码的电脑辅助设计 (民航处) 合成生物学的应用. 的基础GenoCAD是考虑作为一门语言编程DNA合成的生物系统. GenoCAD注明遗传部分是一个庞大的数据库语言的话. GenoCAD还包括描述部分应如何在遗传结构相结合的设计规则. 这些规则是用来建立一个向导,引导用户通过复杂的基因结构和人工基因网络设计的过程中,.

你会发现它有一个很好的组织, 3 主要步骤: 您可以创建和选择您要使用的部分在步骤 1. 在步骤 2 你将它们组装成一个结构. 如果你想进一步把它和模型这个项目的活动,你可以做第三步.

随着GenoCAD选项,你可以选择从零件清单或上传更多 (包括 BioBricks 从他们和项目 零件注册表) 并使用现有的语法规则组织的部分, 但你是不是仅限于那些. 您添加自己的部分,并创建自己的语法规则,陪你的组件. 您可以很快地看到它是如何灵活和易于构建这些功能. 你可以将它们保存的帐户, 并建立在他们对未来.

在这篇文章中,我们将有时间研究的基本功能的接口, 但你可以去探索自己与他们的帮助和文档的进一步详情. 也有一些有用的出版物,我下面链接的参考章节.

有相关的工具,但最近在一篇文章中探讨的科学家: 搬过来, 大自然. GenoCAD是1的功能的工具, 但你可以阅读其他人也. 不久之后,它将不再是足够使用的软件,找到现有的信息 (虽然,将仍然是至关重要的), 但你会模拟你的想法与一些软件,以帮助改进和扩展你的研究. 一个真正引人入胜的方面, 全细胞仿真皮 最近是有模型的情况下,不能反映生物, 细化的车型和更好地了解生物出来.

你最喜欢的生物系统建模 在硅片. 或者至少开始思考它.

快速链接:

GenoCAD网站: http://www.genocad.org/

方便的公共科学图书馆报纸上合成生物学的新的集合: http://blogs.plos.org/everyone/2012/08/15/plos-one-launches-synthetic-biology-collection/

生物学的主程序员: http://www.technologyreview.com/featured-story/428187/biologys-master-programmers/

搬过来, 大自然: http://the-scientist.com/2012/07/01/move-over-mother-nature/

参考文献:

威尔逊ML, 赫茨伯格ŕ, 亚当ł, & PeccoudĴ. (2011). 一步一步的介绍,以规则为基础的合成基因结构的设计使用GenoCAD. 酶学方法. , 498, 173-188 分类号: 10.1016/B978-0-12-385120-8.00008-5

独裁者, 兆焦耳, 蔡, Ÿ. & Peccoud, Ĵ. (2009). 编写与GenoCADTM的DNA, 核酸研究, 37 (Web服务器) W47. 分类号: 10.1093/nar/gkp361

蔡, 华, 威尔逊, M.L. & Peccoud, Ĵ. (2010). GenoCAD为IGEM: 一个语法的方法符合标准的结构设计, 核酸研究, 38 (8) 2644. 分类号: 10.1093/nar/gkq086

泰森, J.J. & 诺瓦克, 乙. (2010). 在生化反应网络的功能域, 物理化学的年度回顾, 61 (1) 240. 分类号: 10.1146/annurev.physchem.012809.103457

提示的周: 全细胞模拟软件

过去几天我的Twitter的饲料与conflama爆炸,周围的新的出版物在一个细胞的生物过程的模拟. 大多数的愤怒是针对在摇尾乞怜 纽约时报片 宣传纸张. 是的–报纸上的文章是有缺陷; 乔纳森·艾森该发言, 然后剔骨它在 7 方法 (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) 并创建了一个 关于相关喋喋不休Storify. 一些笑话是太滑稽–我最喜欢的是一个未来的论坛请求帮助:

逆转录 @ Pathogenomenick: Synthanswers.com 2035: 你好,我试图运行中号. 生殖在我的电脑,但它不编译, 请大家帮忙.

这就是说, 其实,我觉得这部分是不公平的, 我希望它是从实际工作中,不分散. 主要作者乔纳森·卡尔和JCVI和斯坦福大学的人已经完成了一些重要的和必要的工作. 全细胞活动的各种功能建模, 并开发合适的软件,以评估, 测试, 预测, 和可视化这些方面将是非常重要的,我们将继续超越的重要–但主要表示为线性–基因组序列数据. 已经有一些途径和建模工具,我已经在过去的探索,也有不错的方向. (我以前最喜欢的是CellDesigner, 我也知道 PathCase已建模工具, 但已经有很多别人–但这些大多是在个别的途径和进程已经瞄准, 整个细胞亚群。)

但这个新的文件更进一步,他们的软件加载与许多细胞过程,然后你可以运行和可视化. 随后的评论中阐述它作为:

本着这一精神,它是作者通过定量细胞比例模型的系统级问题的询问和回答的第一个草案框架生产.

对于这个提示,我会告诉你这个软件与它们所产生的电影之一, 并指导你更多的细节和访问的软件和数据集的项目页面. 而且,您可以 建立和运行自己的模拟–但是这超出了我平时的提示范围, 所以你必须自己探索.

他们使用 28 不同型号的细胞的过程活动–一些适合于代谢途径, 一些DNA复制, RNA的加工, 蛋白质衰变, 和其他各种东西. 补充,这里是真正的关键–S1有模型, 数学, 和其他重要的事情,你需要有了解做了什么. 不要忘了下载,如果你买了本文!

收集量, 整理, 策展, 组织和补充这些模型所需的合成实在是令人印象深刻–nevermind软件. 实际上,我看作者名单由p. 88 补充, 我仍然无法弄清楚为什么有几十对本文更多的人. 当然, 他们站在数百人的肩膀上。: “我们的模型是基于以上的综合 900 出版物和包括超过 1,900 实验观察到的参数。” 而所有这些东西在数据库中–我目前的计数所需的二十多个数据库.

 

一旦你有系统编程, 然后,你可以做模拟基因敲除. 当他们这样做时,他们发现,他们不得不 79% 书信与以前的意见,在体内的可行性. 他们也可以使用这些类型的研究,在增长速度比较. 这些数据很有趣尤其是当他们不匹配模型: 模型面临的挑战, 进一步研究生物学, 你能确定其中精炼属性尚未配置的一部分,将需要考虑.

他们提供的电影很酷, 但几乎太多真的. 我是在做梦的仪表板,在那里我可以慢下来件,并逐步沿着. 我也想有一个排序 caleydo风格的多面板视图 在那里,我可以专注于一个或两个在几个面板, 与另一基因或结构或东西面板.

我曾与出版的未来闪存… 有一天,微生物物种或组织/细胞类型将在许多方面特点, 和一个小的视频将陪伴该文件,你将需要了解,以评估他们的数据. 但是,视频将需要丰富数额数据下, 质量控制, 和策划. 我正在读的补充资料 (中一, 是的, 的 122 页的补充,你还需要评估 28 他们使用的模型) 他们承认,他们依靠: 公路货运, BioCyc, KEGG的, NCBI的, 和 UniProt 的注解, 和很多不同的方面以及其他数据库 (哦, 两页的第三方软件). 这些都需要存在,是正确的–这一新软件是没有俯冲下来并保存我们从这种类型的重要工作. 但–说, 新的数据将不会在报纸上了, 这将需要甚至比浏览器 (但可能还需要一个浏览器仍然反正). 和你需要知道软件是如何工作的有效评估生物.

一些人批评这项工作,因为它不是真正的第一, 它无法完成 (只 28 模块), 评论和由Freddolino和Tavazoie纸说话太多:

正如作者自己也承认, 目前的模型必须被视为第一个草案, 更重要的生产模式在其自己的权利而不是作为起点,为今后细化.

从这里,我们可以得到未来, 但它不会是一条直线,有时有飞镖是一个很好的方式开始. 所以扔飞镖, 它是我们在做科学–但我希望将其中一些建设性的目的.

如果你想进一步探讨纸张, 还有将是一个 虚拟杂志俱乐部举办谷歌 讨论的文件.

一个令人振奋的新的文章刚刚发表在“细胞”杂志描述了一个综合性的努力来模拟一个细胞的内部运作. 这个星期五, +斯蒂芬·拉森 穿行在纸张上是Google 视频群聊,并解释其含义. 在这个有趣的新发展,请加入我们的讨论.

我要去尝试以及出席本. 该主机–斯蒂芬OpenWorm–是我遇到的一个群体,不是很久以前,当我谈到,三维蠕虫软件的一部分. 一周的视频提示: 三维蠕虫! 由于蠕虫病毒的生物学和发展各地的优秀资源,他们将要远远领先于其他建模社区. 并注意有关杂志俱乐部: 论文的第一作者看到了邀请,并计划参加–并提供链接到的文件和补充,如果你想访问的,并没有现在.

快速链接:

纸有关的模拟: 一个全细胞计算模型预测从基因型的表型

在同一问题的评论纸张: 虚拟细胞生物学的黎明

这里软件提供: https://simtk.org/home/wholecell

斯坦福大学的团队项目网站: M. 生殖 全细胞模型 & 知识库

参考文献:

卡尔, j的, sanghvi, j的, 麦克林, 四, gutschow, 米, 雅各布斯, j的, bolival, 二, 阿萨德 - 加西亚, 全, 玻璃, Ĵ. & 隐蔽, M. (2012). 一个全细胞计算模型预测从基因型的表型, 细胞, 150 (2) 401. 分类号: 10.1016/j.cell.2012.05.044

freddolino, P. & tavazoie, S. (2012). 虚拟细胞生物学的黎明, 细胞, 150 (2) 250. 分类号: 10.1016/j.cell.2012.07.001

什么是答案? (建立基因网络文学)

映泰 网站是一个要求, 生物信息学的问题,回答和讨论. 我们的成员社区和发现它非常有用. 经常出现的问题和答案在映泰是我们的读者有密切关系 (基因组学的最终用户资源). 每星期四,我们将其中的一个突出问题和答案在这里在这个线程. 您可以询问一下该线程问题, 或者你可以随时参加在映泰.

最近有人来询问方式从文献中提取有用的信息,并从该网络的建设. 受访者提供有用的软件–但也很好的指导思考如何在一个有机体,被认为是有关网络的需要:

问题: 从文学的基因调控网络建设

大家好!!

有谁知道任何可用的软件,将建立从基因调控网络文学单独?

谢谢!

戴安娜

第一个答案提供了一些软件考虑, 但第二个答案 (至少在目前订购) 提供周到的解说,这方面的考虑以外的文献. 我认为这是一个很好的平衡. 退房的讨论.

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Reactome网络研讨会即将到来; 星期三二月 2

我们在上周的道路上做研讨会, 所以这是一个老了几天. 但如果你是在往朋友的邮件列表不是有可能是新的给你. 快速只字不提 转到好友列表: 因为如此多的工具依赖基因本体,并具有一定的GO组件类, 有相当多的事情来了,邮寄名单范围. 这不只是GO本身的开发. 您可能想要检查出来.

无论如何, 我希望今天讲话的重点是这个即将到来的通知 Reactome 网络研讨会. 已经有大的变化的接口, 但潜在的冷静,以及所有生物途径高质量完好无损, 当然! Reactome是我们有很长一段时间喜爱的工具, 而且我们的协调下与周围人的更新Reactome 我们的教程. 我们正在努力现在该更新.

如果你想 了解Reactome和这些新的变化更, 还有的将是一个网络研讨会即将. 你必须注册, 而我只给其中的一些细节在这里. 头向 转到朋友邮件中的链接 看到其余.

安大略基因组研究所 (法律) 和安大略癌症研究所的研究 (OICR) 是共同主办一个小时的网络会议有关Reactome通路数据库/网络研讨会 (http://www.reactome.org) - 免费提供, 手动策划的核心生物资源的途径. 数据库提供的Reactome如G蛋白偶联受体信号与细胞凋亡通路的数据封装人类生物学研究到复杂的新陈代谢活动广泛领域的基本途径.

这个后续的研讨会将介绍一个更直观的用户界面和数据分析工具的新套件的更新网站. 学习使用不同的研究小组从这种通过个案研究的数据库.

该报告将给予博士. 罗宾唧唧, 外联经理Reactome, OICR, 并会介绍如何使用更新Reactome资源:

•浏览和检索途径知识,
•整合网络数据和途径,
•使用途径和表达分析工具来分析实验数据集,
•诠释与Reactome BioMart实验数据集,
•发现网络相关的癌症和其他疾病的Reactome功能使用模式相互作用网络Cytoscape插件,
•引进Reactome数据和分析工具使用情况.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

转到链接的注册详情. 我会聆听 (如果我们不为这一天安排一个研讨会!)

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