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SNPpets vendredi

This Friday includes a range of topics, as usual. Interesting assessments of the state of autism genomic architecture–and read the piece on the “ghettoization” of genetic disease after that (Laura Hercher’s tweet). Horizontal gene transfer in cheese bacteria. Traits in crops. CRISPR for insects. Deep time in human DNA, and evolutionary history of tumors. There are so many great things around right now…. C'est parti!


SNPpets_2Bienvenue à notre collection vendredi lien fonction: SNPpets. Au cours de la semaine, nous avons rencontré beaucoup de liens et de lectures qui nous paraissent intéressants, mais ne pas se rendre à un billet de blog. Ici, ils sont pour votre plaisir…


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SNPpets vendredi

Les SNPpets de cette semaine inclut les mises à jour des outils existants, comme Reactome et IMG, the biggest JBrowse display I ever saw, diverses bribes de # ASHG15 que les nuages ​​de mots, édition de gène, tranches à travers la médecine personnalisée et les maladies rares, et une Virtual Machine catalog. La chose la plus inhabituelle cette semaine: les travaux récents de la génomique évolutive se met sur The Big Bang Theory. Et plus….


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If the survey is closed by the time you come across this, see the answers (and the twitter discussion thread is hilarious)

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Quelle est la réponse? (novel pathways in silico)

reddit_iconThis week’s highlighted discussion is a different take on pathway and network tools. This is about the design of novel metabolic pathways in silico, not just exploring existing pathways to look for where your favorite genes play roles.

reddit question iconIs there free software available for designing metabolic pathways? (self.bioinformatics)

soumis par learnedidiot

I am interested in designing novel metabolic pathways in silico, and was curious if there is a good software packages that allows for finding the shortest path in terms of enzymes, regardless of species, for a given input to final output?

Although we have talked about COPASI avant, in conjuction with GenoCAD, and we’ve done training on STRING, some of the other tools were new to me and I was pleased to learn of them. If you know of others you can offer the suggestions. Allez jeter un look at the discussion.

Quelle est la réponse? (gènes de couleur dans une voie)

Biostar est un site pour poser des, répondre et de discuter des questions et des problèmes bioinformatiques. Nous sommes membres de la communauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'un de ces articles ou des discussions ici sur ce sujet. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Cette question a été commencé il ya un certain temps, mais il avait une réponse toute récente qui flottait en arrière vers le haut. Mais c'est une question que les gens posent beaucoup car ils sont confrontés à de grandes listes de gènes provenant de diverses expériences ou des exercices minières. Et dernièrement j'ai été soulignerai quelques trucs voie à BioStar récemment alors j'ai pensé que ce serait un beau morceau de compagnon.

Question: Protéines / gènes spécifiques de couleur sur une voie de signalisation

J'ai une liste de gènes / protiens. Je voudrais colorer ma liste de protéines / gènes sur une voie de signalisation. Je sais KEGG dispose d'un outil pour ce faire (la recherche et la couleur carte de la voie). Est-ils une autre solution qui est accessible au public? Si ce n'est pas, comment puis-je accomplir cette tâche (tout pointeur ou heads up). Merci

Gabs

Je connaissais l' KEGG méthode, mais vraiment besoin d'examiner de plus près Biotapestry. Vérifiez les réponses pour en voir plus sur ce.

 

Astuce Vidéo de la semaine: GenoCAD pour la biologie synthétique

Le domaine de la biologie synthétique couve depuis un certain temps. Il faut parfois un grand bond en avant, par exemple lorsque Venter équipe a publié à propos de leur travail sur M. genitalium, et il a fallu un grand bond en avant récemment avec l'article sur la modélisation d'un grand nombre de processus cellulaires dans une cellule simple J'ai parlé de, et dans l' club de lecture virtuelle nous avons eu peu de temps après sur Google .

Mais il ya eu des gens qui ont construit et travaille sur un logiciel de soutien pour ce domaine pendant un certain temps, et je voulais explorer un de ces outils aujourd'hui. Pour la pointe de cette semaine, nous allons explorer GenoCAD. Computer-aided design (CAD) pour la génomique sera nécessaire à un moment donné–vous serez en mesure de se moquer un peu de système, entrer quelques paramètres, et de tester les équations que vous avez établies. Mais, comme le papier récente a montré–la fondation de ce doit être de vastes quantités de travail d'établi et à partir de l'information existante publications et bases de données. Mais cette information doit être assemblé, corralled, et codés dans de nouvelles façons de faire de l'analyse et des prévisions possibles.

GenoCAD vous permettra de commencer à construire et tester des activités cellulaires de ce type. Voici comment ils se décrivent:

GenoCAD est un open-source assistée par ordinateur-conception (CAD) demande de la biologie synthétique. La fondation de GenoCAD est de considérer l'ADN comme un langage pour programmer les systèmes biologiques synthétiques. GenoCAD comprend une grande base de données annotées parties génétiques qui sont les mots de la langue. GenoCAD comprend également les règles de conception décrivant la manière dont les pièces doivent être combinés dans des constructions génétiques. Ces règles sont utilisées pour construire un assistant qui guide l'utilisateur à travers le processus de conception complexes constructions génétiques et les réseaux de gènes artificiels.

Vous verrez qu'il a une belle organisation avec 3 grandes étapes: vous pouvez créer et sélectionner les parties que vous souhaitez utiliser à l'étape 1. Dans l'étape 2 vous les assembler en une construction. Et si vous voulez aller plus loin et le modèle de l'activité de cet article, vous pouvez faire en tant que troisième étape.

Avec les options GenoCAD vous pouvez sélectionner des listes de pièces qui existent ou télécharger plus (y compris les BioBricks et articles de leur Registre pièces) et utiliser des règles de grammaire existantes pour l'organisation de vos pièces, mais vous n'êtes pas limités à ceux. Vous l'ajoutez vos propres parties et de créer vos propres règles de grammaire pour accompagner vos composants. Vous pouvez rapidement voir comment flexible et il est facile de construire ces caractéristiques. Vous pouvez les enregistrer avec un compte là-, et s'appuyer sur eux à l'avenir.

Dans cette astuce, nous allons seulement avoir le temps d'examiner les caractéristiques de base de l'interface, mais vous pouvez revenir en arrière et explorer vous-même avec plus de détails de leur aide et de la documentation. Il existe également un certain nombre de publications utiles que j'ai lié ci-dessous dans les sections références.

Il existe des outils connexes qui ont été récemment étudiées dans un article paru dans The Scientist: Move Over, Mère Nature. GenoCAD est l'un des outils sélectionnée, mais vous pouvez lire sur d'autres aussi. Bientôt, il ne sera plus suffisante pour utiliser le logiciel pour trouver de l'information existante (bien que ce sera toujours indispensable), mais vous serez la modélisation de vos idées avec un logiciel pour aider à affiner et d'élargir votre recherche trop. L'un des aspects vraiment fascinants de ce que Ensemble de cellules de simulation papier a été récemment comment il y avait des cas où les modèles ne sont pas reflétant la biologie, et le raffinement des modèles et une meilleure compréhension de la biologie sont sortis de cette.

Lancer la modélisation de vos préférées systèmes biologiques in silico. Ou au moins commencer à y penser.

Liens rapides:

Site GenoCAD: http://www.genocad.org/

Handy nouvelle collection de papiers PLoS sur la biologie synthétique: http://blogs.plos.org/everyone/2012/08/15/plos-one-launches-synthetic-biology-collection/

Les programmeurs de Master Biologie de: http://www.technologyreview.com/featured-story/428187/biologys-master-programmers/

Move Over, Mère Nature: http://the-scientist.com/2012/07/01/move-over-mother-nature/

Références:

Wilson ML, Hertzberg R, Adam L, & Peccoud J. (2011). Une introduction étape par étape à base de règles de conception des constructions génétiques synthétiques en utilisant GenoCAD. Methods Enzymol. , 498, 173-188 DOI: 10.1016/B978-0-12-385120-8,00008-5

Tsar, M.J., Cai, Y. & Peccoud, J. (2009). Rédaction ADN avec GenoCADTM, Nucleic Acids Research, 37 (Serveur Web) W47. DOI: 10.1093/nar/gkp361

Cai, Y., Wilson, M.L. & Peccoud, J. (2010). GenoCAD pour iGEM: une approche grammaticale pour la conception des constructions conformes aux normes, Nucleic Acids Research, 38 (8) 2644. DOI: 10.1093/nar/gkq086

Tyson, J.J. & Novak, B. (2010). Sujets fonctionnelles dans les réseaux de réaction biochimiques, Annual Review of Physical Chemistry, 61 (1) 240. DOI: 10.1146/annurev.physchem.012809.103457

Astuce de la semaine: Tout le logiciel de simulation de cellules

Mon compte Twitter a explosé au cours des derniers jours avec conflama autour de la nouvelle publication sur la simulation des processus biologiques dans une cellule. La plupart de l'IRE a été destiné à un servile Pièce NYT que hyped le papier. Et oui–l'article du journal est défectueux; Jonathan Eisen a parlé à ce, puis il en filets 7 façons (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) et a créé un Storify sur les bavardages liées. Certaines des blagues étaient drôles trop–mon préféré était une demande futur forum d'aide:

RT @ Pathogenomenick: Synthanswers.com 2035: Bonjour, je suis en train d'exécuter M. genitalium sur mon PC, mais il ne compile pas, s'il vous plaît aider.

Cela dit, En fait, je pense que certains de cette situation est inéquitable, et j'espère que cela ne détourne pas du travail effectif qui a été fait. L'auteur principal, Jonathan Karr et les gens de JCVI et Stanford ont accompli un travail important et nécessaire. Modélisation des caractéristiques différentes de l'activité des cellules entières, et développer un logiciel approprié pour évaluer, test, prévoir, et de visualiser ces aspects va être extrêmement important que nous continuons à aller au-delà l'important–mais largement représentée comme linéaire–Les données de séquençage. Il ya eu quelques outils de la voie et de la modélisation que j'ai explorés dans le passé et sont aussi belles les directions. (Mon préféré précédent était CellDesigner, et je sais PathCase a des outils de modélisation, mais il ya eu beaucoup d'autres ainsi–mais ceux-ci ont été essentiellement destinée à des parcours individuels et des processus, sous-ensembles de cellules entières.)

Mais ce nouveau document va plus loin et charge de leur logiciel avec un certain nombre de processus cellulaires que vous pouvez ensuite exécuter et de visualiser. Un document de commentaire qui l'accompagne qu'il décrit comme:

C'est dans cet esprit que les auteurs ont élaboré un cadre de premier projet de poser et de répondre au niveau des systèmes en utilisant des questions quantitatives cellule modèles à l'échelle.

Pour cette astuce, je vais vous montrer l'un des films qu'ils produisent avec ce logiciel, et vous diriger vers les pages du projet pour plus de détails et l'accès à des ensembles de logiciels et de données. Et vous pouvez créer et gérer vos propres simulations–mais c'est au-delà de la portée de mes pourboires usuels, de sorte que vous aurez à explorer vous-même.

Ils utilisent 28 différents modèles de processus cellulaire activités–certains sont adaptés pour les voies métaboliques, certains pour réplication de l'ADN, Traitement de l'ARN, désintégration des protéines, et diverses autres choses. Le supplément est vraiment la clé ici–S1 a les modèles, les maths, et les autres choses essentielles dont vous avez besoin d'avoir à comprendre ce qui se fait. N'oubliez pas de télécharger que si vous achetez cet article!

La quantité de collecte, collation, curation, et la synthèse nécessaire d'organiser et de mettre ces modèles dans le supplément est vraiment impressionnant–Nevermind le logiciel. J'ai dû regarder en arrière à la liste des auteurs par p. 88 du supplément, et je n'arrive toujours pas à comprendre pourquoi il n'y a pas plusieurs dizaines de davantage de personnes sur ce document. Bien sûr,, ils se tenaient sur les épaules de centaines d'autres: “Notre modèle est basé sur une synthèse de plus de 900 publications et inclut plus de 1,900 observé expérimentalement les paramètres.” Et tout ça dans les bases de données–plus de deux douzaines de bases de données requises par mon compte courant.

 

Une fois que vous avez le système programmé, vous pouvez alors faire KO gènes simulés. Quand ils ont fait ce qu'ils ont constaté qu'ils avaient 79% la correspondance avec les observations antérieures in vivo pour la viabilité. Ils pourraient également utiliser ces types d'études de la croissance des taux de comparaisons. Ces données sont intéressantes surtout quand ils ne correspondent pas aux modèles: les modèles sont mis au défi, la biologie un examen plus approfondi, et vous pourriez déterminer où des améliorations seraient nécessaires pour rendre compte des propriétés qui n'étaient pas déjà partie de la configuration.

Les films qu'ils fournissent sont cool, mais presque trop bien. Je rêvais d'un tableau de bord où je pouvais ralentir morceaux vers le bas et progressivement se déplacer le long. Je voudrais aussi un peu comme d'avoir un Caleydo-style multi-panneau de vue où je pouvais me concentrer sur un ou deux dans un couple de panneaux, avec un autre panneau du gène ou de la structure ou quelque chose.

J'ai eu un flash de l'avenir de la publication de cette trop… Un jour, une espèce microbienne ou de tissus / type de cellule sera caractérisée dans un certain nombre de moyens, et une petite vidéo accompagnera ce papier que vous aurez besoin de comprendre pour évaluer leurs données. Mais que la vidéo, il faudra de grandes quantités de données en dessous, un contrôle de qualité, et organisée. Je lisais l'information supplémentaire (S1, oui, l' 122 supplément page que vous devez également évaluer la 28 modèles qu'ils utilisaient) et ils reconnaissent qu'ils se sont fiés sur les: CMR, BioCyc, KEGG, NCBI, et UniProt pour les annotations, et beaucoup d'autres bases pour les différents aspects aussi bien (oh, et deux pages de 3rd party software). Celles-ci doivent d'exister et d'être correcte–ce nouveau logiciel n'est pas s'abattre et nous sauver de ce type de travail important. Mais–que ledit, les nouvelles données ne seront pas dans les journaux plus, et il faudra encore plus que d'un navigateur (mais probablement aussi besoin d'un navigateur encore de toute façon). Et vous aurez besoin de savoir comment fonctionne le logiciel pour évaluer efficacement la biologie.

Certaines personnes se mettent à critiquer ce travail parce que ce n'est pas vraiment le premier, et il n'est pas complet (seulement 28 modules), et le papier commentée par Freddolino et Tavazoie en parler trop:

Comme les auteurs eux-mêmes reconnaissent, le modèle actuel doit être considéré comme une première ébauche, plus important comme point de départ pour le raffinement avenir que comme un modèle productif dans son propre droit.

Nous pouvons obtenir à l'avenir à partir d'ici, mais il ne sera pas une ligne droite et parfois avoir un jeu de fléchettes est un bon moyen de commencer à. Donc, lancer des fléchettes, c'est ce que nous faisons dans la science–mais j'espère que certains d'entre eux sera constructive visant.

Si vous voulez explorer le nouveau document, il va aussi être un club de lecture virtuel hébergé sur Google pour discuter du document.

Un article passionnant vient de publier dans la revue Cell décrit un effort intégré pour simuler le fonctionnement interne d'une cellule. Ce vendredi, +Stephen Larson marcheront à travers le papier sur un Hangout Google et expliquer ses implications. S'il vous plaît joindre à nous pour une discussion sur ce nouveau développement intéressant.

Je vais essayer d'assister à cela aussi bien. L'hôte de cette–Etienne de OpenWorm–faisait partie d'un groupe que j'ai rencontré quand j'ai parlé de ce logiciel 3D-ver pas trop longtemps. Astuce Vidéo de la semaine: Une 3D Worm! En raison des excellentes ressources autour de la biologie ver et le développement, ils vont être bien en avance sur d'autres communautés dans la modélisation. Et note au sujet du club de lecture: principal auteur du papier a vu l'invitation et prévoit d'assister à–et a fourni des liens vers les documents et de compléter là-bas si vous voulez l'accès et ne pas l'avoir maintenant.

Liens rapides:

Livre sur la simulation: Un modèle à germes entiers de calcul permet de prévoir le phénotype du génotype

Commentaire du papier dans la même question: The Dawn of Cell Biology virtuel

Logiciel disponible ici: https://simtk.org/home/wholecell

Le site de Stanford projet d'équipe: M. genitalium Whole-Cell modèle & Base de connaissances

Références:

Karr, J., Sanghvi, J., Macklin, D., Gutschow, M., Jacobs, J., Bolival, B., Assad-Garcia, N., Verre, J. & Secret, M. (2012). Un modèle à germes entiers de calcul permet de prévoir le phénotype du génotype, Cellulaire, 150 (2) 401. DOI: 10.1016/j.cell.2012.05.044

Freddolino, P. & Tavazoie, S. (2012). The Dawn of Cell Biology virtuel, Cellulaire, 150 (2) 250. DOI: 10.1016/j.cell.2012.07.001

Quoi les réponses? (construire des réseaux de gènes à partir de la littérature)

Biostar est un site pour poser des, répondre et discuter de questions bioinformatique. Nous sommes membres de lacommunauté et de trouver cela très utile. Souvent, les questions et réponses se posent à BioStar qui sont propres à nos lecteurs (les utilisateurs finaux des ressources en génomique). Chaque jeudi, nous mettrons l'accent sur l'une de ces questions et de réponses ici, à ce fil. Vous pouvez poser des questions sur ce sujet, ou vous pouvez toujours participer à au BioStar.

Récemment, quelqu'un est venu par poser des questions sur les moyens pour extraire des informations utiles à partir de la littérature et de construire un réseau à partir de ce. Les répondants ont un logiciel très utile–mais aussi des conseils sur la belle réflexion sur la façon dont les réseaux ont besoin d'être pensé dans un organisme:

Question: Construire des réseaux de régulation génétique de la littérature

Salut à tous!!

Est-ce que quelqu'un sait de tout logiciel disponible qui construire des réseaux de régulation génétique à partir de la seule littérature?

Merci!

Diane

La première réponse offerte certains logiciels à envisager, mais la deuxième réponse (au moins telle qu'elle est actuellement commandé) fourni des commentaires réfléchis sur les aspects de ce à considérer au-delà de la littérature. Je pensais que c'était un bel équilibre. Départ de la discussion.

SNPpets vendredi

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  • Ce n'est pas une mauvaise idée. Boston Sci-Geek Tours. J'avais l'habitude de travailler pour le Service des parcs. Hmmm… RT @ YishaiKnobel: Visite fascinante et conférence sur la génomique au Broad Institute aujourd'hui. Broad devrait être transformée en une attraction touristique Boston. [Mary]
  • RT @ BioCatalogue: L'iPhone BioCatalogue / app iPad par @ manniet3 est maintenant hors! http://bit.ly/p2tUQF S'il vous plaît faites-nous savoir ce que vous pensez. [Mary]
  • Comprend KEGG, IPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, Humann: RT @ phylogénomique: Une enquête sur les outils de reconstruction métabolique pour datasets métagénomique »Le Knowledgeblog Bioinformatique http://shar.es/HK0U5 [Mary]
  • Un symposium spécial célébrant le 40e anniversaire de la Protein Data Bank, Octobre 28 – 30, 2011, Cold Spring Harbor, NY – Date limite abstraite posters: Août 15 [Jennifer]
  • Oh oui, plz: RT @ Nutrigénomique: comme RT @ grapealope: La bioinformatique est pas seulement de construire des outils. Nous savons que nos outils de; nous devrions les première utilisation. @ # Atulbutte singularityu [Mary]
  • Pouffer de rire. J'ai fait cela avec plusieurs espèces, pas seulement les plantes… : @ Pcronald: Botaniste détient le bar à salade entière. http://onion.com/pojv2t [Mary]
  • RT @ wahwahnyc: Sur PubMed Central: Le pathologiste: un outil automatisé pour l'analyse centrée sur la voie. BMC Bioinformatics. http://1.usa.gov/oDyBpc [Mary]
  • Cherchent à s'amuser geek? L' Vingt-et-unième premier annuelle Ig Nobel cérémonie aura lieu jeudi, Septembre 29, 2011 et les billets sont en vente maintenant. Remarque: “Les réalisations Ig Nobel d'honneur que le premier prix faire rire les gens, et ensuite les faire réfléchir.” [Jennifer]
  • RT @ Genetics_blog: . @ Et @ PLoS mendeley_com Appel à Apps: http://bit.ly/oc2NGL et http://bit.ly/nHYqNa [Mary]
  • Juste vu dans Nouvelles de la nature au sujet de Google et Microsoft: Géants informatiques lancement métriques science libre [Jennifer]
  • FameLab, une science de la communication et la concurrence d'ingénierie – Je n'ai pas vu une inintéressante encore une… [Jennifer]

Reactome Webinar venir jusqu'à; Mer Fév 2

Nous étions sur la route la semaine dernière faire des ateliers, c'est donc un vieux de quelques jours maintenant. Mais si vous n'êtes pas sur la liste de diffusion GO amis, il est possible que c'est nouveau pour vous. Un petit mot sur GO liste d'amis: parce que les outils tant de s'appuyer sur Gene Ontology et avoir une sorte de composants GO, il ya tout un éventail de choses qui viennent sur cette liste de diffusion. Ce n'est pas seulement pour les développeurs GO soi. Vous pouvez le vérifier.

De toute façon, ce que je voulais me concentrer sur aujourd'hui est le présent avis sur la prochaine Reactome webinaire. Il ya eu de gros changements dans l'interface, mais la fraîcheur sous-jacente et la haute qualité de toutes ces voies biologiques reste intact, bien sûr! Reactome est un outil que nous avons aimés pendant une longue période, et nous avons coordonné avec les gens autour de la Reactome prochaines mises à jour pour les notre tutoriel. Nous travaillons sur cette mise à jour maintenant.

Si vous voulez en savoir plus sur Reactome et ces nouvelles modifications, il va y avoir bientôt un webinaire. Vous devez vous inscrire, et je vais seulement donner quelques détails ici. Rendez-vous sur le GO lien message Amis pour voir le reste.

L'Ontario Genomics Institute (OGI) et de l'Ontario Institute for Cancer Research (UCI) sont co-organise un un heure web de la conférence / séminaire en ligne sur la base de données Pathway Reactome (http://www.reactome.org) - Un libre accès, ressource manuellement-commissaire du noyau voies biologiques. La base de données offre les données Reactome voie encapsulant les domaines de la biologie humaine allant de voies du métabolisme de base à des événements complexes telles que signalisation des RCPG et l'apoptose.

Ce suivi webinaire présentera le site internet mis à jour avec une interface utilisateur plus intuitive et une nouvelle suite d'outils d'analyse de données. Apprenez à utiliser cette base de données à travers des études de cas de divers groupes de recherche.

La présentation sera donnée par le Dr. Robin Haw, Responsable des Reactome Outreach, UCI, et portera sur la façon d'utiliser la ressource Reactome mis à jour pour:

• La navigation et la recherche de connaissances voie,
• Intégrer les données du réseau et la voie,
• Utilisation des sentiers et des outils d'analyse d'expression pour analyser des ensembles de données expérimentales,
• Annotation des ensembles de données expérimentales avec Reactome BioMart,
• Découvrir les modèles de réseau liés au cancer et autres maladies en utilisant les Reactome Cytoscape fonctionnelle réseau d'interaction de plug-in,
• Présentation de cas d'utilisation pour les données et les outils d'analyse Reactome.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

Allez au lien pour les détails d'inscription. Je vais être à l'écoute de (si nous ne faisons pas planifier un atelier pour ce jour!)

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