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Viernes SNPpets

This Friday includes a range of topics, as usual. Interesting assessments of the state of autism genomic architecture–and read the piece on the “ghettoization” of genetic disease after that (Laura Hercher’s tweet). Horizontal gene transfer in cheese bacteria. Traits in crops. CRISPR for insects. Deep time in human DNA, and evolutionary history of tumors. There are so many great things around right now…. Allá vamos!


SNPpets_2Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…


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Viernes SNPpets

This week’s SNPpets includes updates to existing tools, como Reactome y IMG, the biggest JBrowse display I ever saw, various tidbits from #ASHG15 as word clouds, edición gen, slices through personalized medicine and rare diseases, y un Virtual Machine catalog. Most unusual thing this week: recent evolutionary genomics work gets onto The Big Bang Theory. Y más….


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If the survey is closed by the time you come across this, see the answers (and the twitter discussion thread is hilarious)

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¿Cuál es la respuesta? (novel pathways in silico)

reddit_iconThis week’s highlighted discussion is a different take on pathway and network tools. This is about the design of novel metabolic pathways in silico, not just exploring existing pathways to look for where your favorite genes play roles.

reddit question iconIs there free software available for designing metabolic pathways? (self.bioinformatics)

presentado por learnedidiot

I am interested in designing novel metabolic pathways in silico, and was curious if there is a good software packages that allows for finding the shortest path in terms of enzymes, regardless of species, for a given input to final output?

Although we have talked about COPASI antes de, in conjuction with GenoCAD, and we’ve done training on CADENA, some of the other tools were new to me and I was pleased to learn of them. If you know of others you can offer the suggestions. Ir a tomar una look at the discussion.

Cuál es la respuesta? (genes de color en una vía)

Biostar es un sitio para pedir, contestar preguntas y discutir la bioinformática y las cuestiones. Somos miembros de la la comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a poner de relieve uno de esos artículos o discusiones aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Esta pregunta se inició hace un tiempo, pero tenía una respuesta reciente que flotaba una copia de seguridad. Pero es una pregunta que la gente pregunta mucho, ya que se trata de grandes listas de genes de diferentes experimentos o ejercicios mineras. Y últimamente me resaltar algunas cosas vía en BioStar recientemente así que pensé que sería una buena pieza de acompañamiento.

Pregunta: Proteínas / genes específicos de color en una vía de señalización

Tengo una lista de genes / protiens. Me gustaría dar color a mi lista de proteínas / genes en una vía de señalización. Sé KEGG tiene una herramienta para hacer esto (la búsqueda y el color itinerario de ruta). Es que cualquier otra alternativa que está disponible al público? Sino, ¿Cómo puedo realizar esta tarea (cualquier puntero o cara a cara). Gracias

Gabs

Yo sabía acerca de la KEGG método, pero realmente se necesita mayor atención a Biotapestry. Echa un vistazo las respuestas para ver más sobre esto.

 

Vídeo Consejo de la semana: GenoCAD de Biología Sintética

El campo de la biología sintética ha sido cocer a fuego lento durante bastante tiempo. En ocasiones se da un gran salto, por ejemplo, cuando El equipo de Venter publicó acerca de su trabajo en AbT.l. genitalium, y se dio un gran salto hace poco con el papel sobre el modelado de muchos de los procesos celulares en una célula simple que Hablé de, y en el revista virtual de nosotros club tenía poco tiempo después en Google .

Pero ha habido gente que ha estado construyendo y trabajando en un software de apoyo para este campo por mucho tiempo, y yo quería explorar una de esas herramientas hoy. Por consejo de esta semana vamos a explorar GenoCAD. Diseño asistido por ordenador (CAD) para la genómica será necesario en algún momento–usted será capaz de burlarse de algún sistema, introducir algunos parámetros, y probar las ecuaciones que ha establecido. Pero a medida que el trabajo reciente mostró–el fundamento de esto tiene que ser grandes cantidades de benchwork y la información existente en publicaciones y bases de datos. Pero que la información tiene que ser montado, acorralados, y codificados en nuevas maneras de hacer el análisis y predicciones posible.

GenoCAD le permitirá comenzar a construir y probar las actividades celulares de este tipo. He aquí cómo se describen a sí mismos:

GenoCAD es un código abierto asistida por ordenador de diseño (CAD) aplicación de la biología sintética. El fundamento de GenoCAD es considerar el ADN como un lenguaje para programar sistemas biológicos sintéticos. GenoCAD incluye una gran base de datos de anotaciones partes genéticas que son las palabras de la lengua. GenoCAD también incluye reglas de diseño que describen cómo las partes deben combinarse en construcciones genéticas. Estas normas se utilizan para construir un asistente que guía al usuario a través del proceso de diseño complejas construcciones genéticas artificiales y redes de genes.

Usted encontrará que tiene una organización bien con 3 principales pasos: puede crear y seleccionar las partes que desea utilizar en el paso 1. Al paso 2 que las ensambla en una construcción. Y si quieres ir más lejos y el modelo de la actividad de este artículo puedes hacerlo como un tercer paso.

Con las opciones GenoCAD puede seleccionar en las listas de piezas que existen o subir más (incluso BioBricks y los artículos de su Partes del Registro) y utilizar las actuales reglas de la gramática para organizar sus partes, pero no están limitados a los. Usted una añada sus propias piezas y crear sus propias reglas gramaticales para acompañar sus componentes. Puede ver rápidamente cómo es flexible y fácil que es para la construcción de estas características. Usted puede ahorrar con una cuenta allí, y construir sobre ellos en el futuro.

En este truco sólo tendremos tiempo para examinar las características básicas de la interfaz, pero se puede volver atrás y explorar usted mismo con más detalles de su ayuda y documentación. Hay también un número de publicaciones útiles que he vinculado a continuación en las secciones de referencias.

Existen herramientas relacionadas que han explorado recientemente en un artículo en The Scientist: Moverse, La Madre Naturaleza. GenoCAD es una de las herramientas destacados, pero usted puede leer acerca de los demás, así. Pronto ya no será suficiente para usar el software para encontrar la información existente (aunque que todavía será crucial), pero se le modelar sus ideas con algunos programas para ayudar a refinar y ampliar su investigación también. Uno de los aspectos fascinantes de la realidad que Célula completa de simulación de papel recientemente fue cómo hubo casos en que los modelos no se reflejan la biología, y el refinamiento de los modelos y una mejor comprensión de la biología de la que salieron.

Empezar a modelar sus sistemas biológicos favoritos in silico. O por lo menos empezar a pensar en ello.

Enlaces rápidos:

GenoCAD sitio: http://www.genocad.org/

Práctico nueva colección de papeles PLoS sobre la biología sintética: http://blogs.plos.org/everyone/2012/08/15/plos-one-launches-synthetic-biology-collection/

Los programadores de Biología de Maestros: http://www.technologyreview.com/featured-story/428187/biologys-master-programmers/

Moverse, La Madre Naturaleza: http://the-scientist.com/2012/07/01/move-over-mother-nature/

Referencias:

Wilson ML, Hertzberg R, Adam L, & Peccoud J. (2011). Una introducción paso a paso a un gobierno basado en el diseño de construcciones genéticas sintéticas utilizando GenoCAD. Methods Enzymol. , 498, 173-188 DOI: 10.1016/B978-0-12-385120-8,00008-5

Zar, M. J., Cai, Y. & Peccoud, J. (2009). Escritura de ADN con GenoCADTM, Nucleic Acids Research, 37 (Servidor Web) W47. DOI: 10.1093/nar/gkp361

Cai, Y., Wilson, M.L. & Peccoud, J. (2010). GenoCAD para iGEM: un enfoque gramatical para el diseño de estándar compatibles con constructos, Nucleic Acids Research, 38 (8) 2644. DOI: 10.1093/nar/gkq086

Tyson, J.J. & Novak, B. (2010). Los motivos funcionales en redes de reacciones bioquímicas, Revisión Anual de Química Física, 61 (1) 240. DOI: 10.1146/annurev.physchem.012809.103457

Consejo del la Semana: Todo el software de simulación de la célula

Mi feed de Twitter explotó en los últimos días con conflama en torno a la nueva publicación sobre la simulación de los procesos biológicos en una celda. La mayor parte de la ira se dirige a un servilismo The New York Times pieza que exagerado el papel. Y sí–el artículo de prensa es errónea; Jonathan Eisen habló de que, y luego fileteado en 7 formas (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) y creó un Storify sobre la charla relacionada con. Algunos de los chistes eran demasiado divertida–mi favorito era una petición de foro de ayuda de futuro:

RT @ Pathogenomenick: Synthanswers.com 2035: Hola Estoy tratando de ejecutar M. genitalium en mi PC pero no se compila, por favor ayuda.

Dicho esto, De hecho, creo algo de esto es injusto, y espero que no distraiga el trabajo real que se hizo. El autor principal, Jonathan Karr y la gente de JCVI y Stanford han realizado un trabajo importante y necesario. Modelado de diversas características de las actividades de células enteras, y el desarrollo de software adecuado para evaluar, prueba, predecir, y visualizar estos aspectos va a ser de enorme importancia a medida que continuamos ir más allá de la importante–pero en gran medida representa como lineal–los datos de la secuencia del genoma. Ha habido algunas herramientas de la vía y el modelado que han explorado en el pasado y también son buenas direcciones. (Mi favorito era anterior CellDesigner, y sé que PathCase ha modelado de herramientas, pero ha habido un montón de otros también–pero éstos se han dirigido sobre todo a los itinerarios individuales y los procesos, subconjuntos de células enteras.)

Pero este nuevo estudio va más allá y carga su software con una serie de procesos celulares que se puede ejecutar y visualizar. Un comentario que acompaña al documento lo describe como:

Es en este espíritu que los autores han elaborado un marco de primer borrador para hacer y responder preguntas de los sistemas de nivel mediante el uso de cuantitativos a escala celular modelos.

Para este consejo te voy a mostrar una de las películas que se generan con este software, y directo a las páginas del proyecto para obtener más información y el acceso a los conjuntos de software y datos. Y se puede crear y dirigir sus propias simulaciones–pero eso es más allá del alcance de mis consejos habituales, por lo que tendrás que explorar ese mismo.

Utilizan 28 diferentes modelos de actividades de los procesos celulares–algunos son adecuados para las vías metabólicas, alguna para la replicación del ADN, El procesamiento del ARN, proteína de la decadencia, y varias otras cosas. El suplemento es realmente la clave aquí–S1 tiene los modelos, las matemáticas, y las otras cosas importantes que usted necesita tiene que entender lo que se hizo. No te olvides de descarga que si usted compra este artículo!

El importe de la recogida, colación, curación, y la síntesis necesaria para organizar y poner estos modelos en el suplemento es realmente impresionante–No importa el software. De hecho, me tenía que mirar hacia atrás en la lista de autores por p. 88 del suplemento, y yo todavía no puedo entender por qué no hay varias docenas de personas en este trabajo. Por supuesto, que se puso sobre los hombros de otros cientos de personas: “Nuestro modelo está basado en una síntesis de más 900 publicaciones e incluye más de 1,900 observado experimentalmente parámetros.” Y todas esas cosas en las bases de datos–más de dos docenas de bases de datos requeridas por mi cuenta actual.

 

Una vez que tenga el sistema programado, puede hacer lo nocauts simuladas de genes. Cuando lo hicieron se encontraron con que tenían 79% correspondencia con las anteriores observaciones in vivo para la viabilidad. También podrían usar este tipo de estudios en las comparaciones de tasas de crecimiento. Estos datos son interesantes sobre todo cuando no se han encontrado los modelos: los modelos tienen el reto, la biología investigarse más a fondo, y se podía determinar dónde mejoras serían necesarias para tener en cuenta las propiedades que no eran ya parte de la configuración.

Las películas que ofrecen son frescos, pero casi demasiado realmente. Yo soñaba con un tablero en el que podría frenar las piezas hacia abajo y gradualmente moverse a lo largo. También me gustaría algo así como tener un Caleydo estilo multi-panel de vista en el que podría centrarse en uno o dos en un par de paneles, con otro panel de genes o la estructura o algo.

Tuve una visión del futuro de la publicación con esto también… Algunos días una especie microbiana o tejido / tipo de célula se caracteriza en un número de maneras, y un pequeño video que acompañará el papel que tendrá que entender para evaluar los datos. Pero ese video se requieren grandes cantidades de datos por debajo de, control de calidad, y comisariada. Estaba leyendo la información complementaria (S1, sí, la 122 Página suplemento que también es necesario evaluar la 28 modelos que se utilizan) y reconocen que se basaban en: CMR, BioCyc, KEGG, NCBI, y UniProt para las anotaciones, y un montón de otras bases de datos de los distintos aspectos, así (oh, y dos páginas de software de 3 ª parte). Estos deben existir y ser correcta–este nuevo software no se bajaba en picada y nos salva de este tipo de trabajo importante. Sin embargo,–que dicho, los nuevos datos no estará en los papeles más, y se requerirá mucho más que un navegador (pero es probable que también requieren de un navegador sigue de todos modos). Y usted tendrá que saber cómo funciona el software para evaluar la eficacia de la biología.

Algunas personas están criticando este trabajo porque en realidad no es la primera, y no se complete (sólo 28 módulos), y el documento de comentario de Freddolino y Tavazoie hablar con eso también:

Como los propios autores reconocen, el modelo actual debe ser visto como un primer borrador, más importante como punto de partida para el perfeccionamiento futuro que como un modelo productivo en sí mismo.

Podemos llegar a un futuro de aquí, pero no va a ser una línea recta y, a veces tener una diana es una buena forma de empezar. Así que lanzar dardos, es lo que hacemos en la ciencia–pero espero que algunos de ellos serán dirigidos de manera constructiva.

Si usted quiere explorar el papel más, Hay también va a ser un revista virtual del club alojado en Google para discutir el papel.

Un artículo nuevo y emocionante que acaba de publicar en la revista Cell describe un esfuerzo integrado para simular el funcionamiento interno de una célula. Este viernes, +Stephen Larson le guiará a través del papel en Google Hangout y explicar sus implicaciones. Por favor, únase a nosotros para una discusión de este interesante desarrollo de nuevos.

Voy a tratar de asistir a este, así. El anfitrión de ese–Esteban de OpenWorm–era parte de un grupo que me encontré cuando hablé de que el software 3D de tornillo sin fin no hace mucho tiempo. Vídeo Consejo de la semana: Un Gusano 3D! Debido a los excelentes recursos de todo la biología del gusano y el desarrollo que van a estar muy por delante de otras comunidades en el modelado. Y la nota sobre el club de revista: autor principal del artículo vio la invitación y tiene previsto asistir–y ha proporcionado enlaces a los documentos y completar allí si usted quiere tener acceso y no lo tenemos ahora.

Enlaces rápidos:

Ponencia sobre la simulación: Un modelo computacional predice Plenario de células fenotipo del genotipo

Comentario de papel en la misma edición: El amanecer de Biología Celular Virtual

Software disponible aquí: https://simtk.org/home/wholecell

Stanford equipo de emplazamiento del proyecto: AbT.l. genitalium Todo el modelo célula & Base de Conocimientos

Referencias:

Karr, J., Sanghvi, J., Macklin, D., Gutschow, M., Jacobs, J., Bolival, B., Assad-García, N., Vidrio, J. & Encubierto, AbT.l. (2012). Un modelo computacional predice Plenario de células fenotipo del genotipo, Célula, 150 (2) 401. DOI: 10.1016/j.cell.2012.05.044

Freddolino, P. & Tavazoie, S. (2012). El amanecer de Biología Celular Virtual, Célula, 150 (2) 250. DOI: 10.1016/j.cell.2012.07.001

¿Cuál es las respuestas? (construcción de redes de genes de la literatura)

Biostar es un sitio para pedir, responder preguntas y discutir la bioinformática. Somos miembros de lala comunidad y resulta muy útil. A menudo las preguntas y respuestas surgen en BioStar que guardan relación con nuestros lectores (usuarios finales de los recursos genómica). Todos los jueves vamos a destacar una de las preguntas y respuestas aquí en este hilo. Usted puede hacer preguntas en este tema, o que siempre puede participar en BioStar.

Recientemente, alguien vino a preguntar acerca de maneras de extraer información útil de la literatura y la construcción de una red de ese. Los encuestados ofrecen software útil–sino también la dirección NICE en pensar acerca de cómo las redes necesitan ser pensado en un organismo:

Pregunta: La construcción de redes de regulación génica de la literatura

Hola a todos!!

¿Alguien sabe de cualquier software disponible que la construcción de redes de regulación génica de la literatura solo?

Gracias!

Diana

La primera respuesta que ofrece algún tipo de software a considerar, pero la segunda respuesta (por lo menos en la actualidad ordenado) proporcionada comentario reflexivo sobre los aspectos de este a considerar más allá de la literatura. Me pareció que era un buen equilibrio. Echa un vistazo a la discusión.

Viernes SNPpets

Bienvenido a nuestra colección de enlaces Viernes función: SNPpets. Durante la semana nos encontramos con un montón de enlaces y lecturas que nos parecen interesantes, pero no llegar a una entrada de blog. Aquí están para su disfrute…

  • Esto no es una mala idea. Boston Sci-Geek Tours. Yo solía trabajar para el Servicio de Parques. Hmmm… RT @ YishaiKnobel: Recorrido fascinante y una conferencia sobre la genómica en Instituto Broad hoy. Amplia debe convertirse en una atracción turística Boston. [María]
  • RT @ BioCatalogue: El iPhone BioCatalogue / iPad por @ manniet3 ahora está fuera! http://bit.ly/p2tUQF Por favor, háganos saber lo que piensa. [María]
  • Incluye KEGG, iPath 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, Humann: RT @ filogenómica: Un estudio de las herramientas de reconstrucción metabólica para conjuntos de datos de metagenómica »El Knowledgeblog Bioinformática http://shar.es/HK0U5 [María]
  • Un simposio especial para celebrar el 40 aniversario del Banco de Datos de Proteínas, De octubre 28 – 30, 2011, Cold Spring Harbor, Nueva York – Poster Fecha límite para resúmenes: De agosto 15 [Jennifer]
  • Oh, sí, plz: RT @ Nutrigenómica: como RT @ grapealope: Bioinformática no es sólo sobre la construcción de herramientas. Sabemos que nuestras herramientas; debemos usar primero. @ # Atulbutte singularityu [María]
  • Risilla. Lo he hecho con varias especies, no sólo las plantas… : @ Pcronald: Botánico sostiene la barra de ensaladas completa. http://onion.com/pojv2t [María]
  • RT @ wahwahnyc: En PubMed Central: El Patólogo: una herramienta automatizada para análisis de rutas centrado en. BMC Bioinformatics. http://1.usa.gov/oDyBpc [María]
  • Buscando algo de diversión geek? La XXI 1st Annual Ig Nobel de la entrega de premios se producirá Jueves, De septiembre 29, 2011 y los boletos están a la venta. Nota: “Los Premios Ig Nobel logros honor que primero hacen reír a la gente, y luego les hacen pensar.” [Jennifer]
  • RT @ Genetics_blog: . @ Y @ PLoS llamadas mendeley_com para Aplicaciones: http://bit.ly/oc2NGL y http://bit.ly/nHYqNa [María]
  • Acabo de ver esto en Nature News acerca de Google y Microsoft: Los gigantes de la informática lanzamiento métricas libre de la ciencia [Jennifer]
  • FameLab, una ciencia y de la competencia de comunicación de ingeniería – Yo no he visto uno un poco interesante pero… [Jennifer]

Reactome Webinar subiendo; Mie Feb 2

Estábamos en la carretera la semana pasada haciendo talleres, así que esto es de pocos días, ahora. Pero si usted no está en la lista de correo Amigos GO es posible que es nuevo para usted. Unas palabras sobre GO lista de amigos: porque tantas herramientas se basan en Ontología de Genes y tienen algún tipo de componentes GO, hay un amplio rango de cosas que vienen en la lista de correo. No es sólo para los desarrolladores de GO per se. Es posible que desee comprobarlo.

De todos modos, lo que quería centrarse en la actualidad es este aviso sobre la próxima Reactome webinar. Ha habido grandes cambios en la interfaz, pero la frialdad subyacente y de alta calidad de todos los procesos biológicos se mantiene intacta, por supuesto! Reactome es una herramienta que hemos amado durante mucho tiempo, y hemos coordinado con la gente de Reactome alrededor de las próximas actualizaciones de nuestro tutorial. Estamos trabajando para que la actualización ahora.

Si desea aprender más acerca de Reactome y estos nuevos cambios, que va a ser un seminario muy pronto. Tienes que estar registrado, y yo sólo voy a dar algunos de los detalles aquí. Dirígete a la GO enlace Amigos mensaje para ver el resto.

El Instituto de Genómica de Ontario (OGI) y el Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer (OICR) son co-anfitriones a una hora de conferencia web / seminario sobre la base de datos Camino Reactome (http://www.reactome.org) - Una libre disposición, recursos manualmente comisariada del núcleo de las vías biológicas. La base de datos Reactome ofrece datos vía encapsular áreas de la biología humana que van desde las vías básicas del metabolismo de eventos complejos, tales como la señalización de GPCR y la apoptosis.

Este seguimiento seminario presentará el sitio web actualizado con una interfaz de usuario más intuitiva y una nueva suite de herramientas de análisis de datos. Aprender a usar esta base de datos a través de estudios de caso de distintos grupos de investigación.

La presentación estará a cargo del Dr.. Robin Haw, Director de Extensión Reactome, OICR, y cubrirá el uso de los recursos Reactome actualizado para:

• La función de búsqueda del conocimiento vía,
• Integración de datos de red y vía,
• Uso de Camino y las herramientas de Análisis de Expresión para analizar conjuntos de datos experimentales,
• Anotación de datos experimentales con Reactome BioMart,
• Descubrir los patrones de la red relacionados con el cáncer y otras enfermedades con el Reactome Cytoscape funcional Red de Interacción con el plug-in,
• Presentación de casos de uso de datos Reactome y herramientas de análisis.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

Ir al enlace de los datos de registro. Voy a estar escuchando (si no programar un taller para ese día!)

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