Tag Archives: Wege

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Freitag SNPpets

This Friday includes a range of topics, as usual. Interesting assessments of the state of autism genomic architecture–and read the piece on the “ghettoization” of genetic disease after that (Laura Hercher’s tweet). Horizontal gene transfer in cheese bacteria. Traits in crops. CRISPR for insects. Deep time in human DNA, and evolutionary history of tumors. There are so many great things around right now…. Los geht!


SNPpets_2Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…


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Freitag SNPpets

This week’s SNPpets includes updates to existing tools, wie Reactome und IMG, the biggest JBrowse display I ever saw, various tidbits from #ASHG15 as word clouds, Gen-Bearbeitung, slices through personalized medicine and rare diseases, und ein Virtual Machine catalog. Most unusual thing this week: recent evolutionary genomics work gets onto The Big Bang Theory. Und mehr….


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If the survey is closed by the time you come across this, see the answers (and the twitter discussion thread is hilarious)

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Was ist die Antwort? (novel pathways in silico)

reddit_iconThis week’s highlighted discussion is a different take on pathway and network tools. This is about the design of novel metabolic pathways in silico, not just exploring existing pathways to look for where your favorite genes play roles.

reddit question iconIs there free software available for designing metabolic pathways? (self.bioinformatics)

eingereicht durch learnedidiot

I am interested in designing novel metabolic pathways in silico, and was curious if there is a good software packages that allows for finding the shortest path in terms of enzymes, regardless of species, for a given input to final output?

Although we have talked about COPASI vor, in conjuction with GenoCAD, and we’ve done training on STRING, some of the other tools were new to me and I was pleased to learn of them. If you know of others you can offer the suggestions. Go haben ein look at the discussion.

Was ist die Antwort? (Farbgene in einem Weg)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, Beantwortung und Diskussion Bioinformatik Fragen und Probleme. Wir sind Mitglieder der Gemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung einer dieser Artikel oder Diskussionen hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Diese Frage wurde vor einer Weile begonnen, aber es hatte einen letzten Antwort, es schwebte wieder. Aber es ist eine Frage, dass die Menschen viel fragen, wie sie mit großen Listen von Genen zu tun haben aus verschiedenen Experimenten oder Übungen Bergbau. Und in letzter Zeit war ich etwas hervorheben Weg Zeug zu BioStar kurzem so dachte ich, das wäre ein schönes Pendant sein.

Frage: Farbe Proteine ​​/ Gene auf einem Signalweg

Ich habe eine Liste von Genen / protiens. Ich möchte meiner Liste der Proteine ​​/ Gene auf einem Signalweg färben. Ich weiß KEGG hat ein Tool, dies zu tun (die Suche und Farbe Pfad-Karte). Ist sie eine andere Alternative, die öffentlich zugänglich ist? Wenn nicht, wie kann ich diese Aufgabe (einem Zeiger oder Heads-up). Dank

Gabs

Ich wusste über die KEGG Methode, aber wirklich achten müssen härter Biotapestry. Check out die Antworten sich mehr auf das zu sehen.

 

Video Tipp der Woche: GenoCAD für Synthetische Biologie

Das Feld der synthetischen Biologie für eine ganze Weile köcheln. Gelegentlich nimmt einen großen Sprung, beispielsweise wenn Venter-Team veröffentlicht über ihre Arbeit auf M. genitalium, und es dauerte einen großen Sprung vor kurzem mit dem Papier über die Modellierung eine Menge der zellulären Vorgänge auf eine einfache Zelle, Ich sprach über, und in der virtuellen Journal Club hatten wir bald nach auf Google .

Aber es gibt Leute, die gebaut haben und arbeitet an unterstützende Software für dieses Feld für eine ganze Weile, und ich wollte eines dieser Tools zu erforschen heute. Für diese Woche tip wir entdecken GenoCAD. Computer-Aided Design (CAD) für Genomik wird irgendwann notwendig–Sie können Mock-up einige System, Geben Sie einige Parameter, und testen Sie die Gleichungen Sie haben festgestellt,. Aber wie die jüngste Papier zeigte–Das Fundament dieser muss umfangreicher Rohbau und vorhandene Angaben aus Publikationen und Datenbanken. Aber diese Information muss montiert werden, corralled, und neue Wege codiert Analysen und Vorhersagen möglich machen.

GenoCAD lassen Sie anfangen zu bauen und zu testen zelluläre Aktivitäten dieser Art. Hier ist, wie sie sich selbst beschreiben:

GenoCAD ist ein Open-Source-Computer-assisted-design (CAD) Anwendung für synthetische Biologie. Die Gründung der GenoCAD ist DNA als Sprache zu betrachten, um synthetische biologische Systeme zu programmieren. GenoCAD enthält eine große Datenbank von kommentierten genetische Teile, die die Worte der Sprache sind. GenoCAD auch Design-Regeln, die beschreiben, wie die Teile in der genetischen Konstrukte sollten kombiniert werden. Diese Regeln werden verwendet, um einen Assistenten, dass die Nutzer durch den Prozess der Erstellung von komplexen genetischen Konstrukte und künstliche Gen-Netzwerke führt zu bauen.

Sie finden es hat eine schöne Organisation mit 3 wichtige Schritte: Sie erstellen und wählen Sie die Teile, die Sie in Schritt verwenden 1. In Schritt 2 Sie montieren sie in ein Konstrukt. Und wenn Sie es weiter und Vorbild nehmen wollen, dass die Aktivität dieses Artikels können Sie, dass in einem dritten Schritt zu tun.

Mit den GenoCAD Optionen, die Sie aus Teilen Listen auswählen können, die bestehen oder Upload mehr (einschließlich BioBricks und Gegenstände von ihrem Teile Registry) und bestehende Grammatikregeln für die Organisation Ihrer Teile, Sie sind aber nicht auf diese beschränkt. Du bist ein fügen Sie Ihre eigenen Teile und erstellen Sie Ihre eigenen Grammatikregeln zu Ihren Komponenten zu begleiten. Sie können schnell sehen, wie flexibel und einfach es ist, diese Funktionen zu konstruieren. Sie können sie mit einem Konto dort zu speichern, und bauen auf ihnen auf die Zukunft.

In diesem Tipp werden wir nur Zeit haben, um die grundlegenden Funktionen der Schnittstelle zu untersuchen, aber Sie können gehen Sie zurück und entdecken Sie es selbst mit weiteren Details aus ihrer Hilfe und Dokumentation. Es gibt auch eine Reihe hilfreicher Publikationen, die ich unten in den Referenzen Abschnitten verbunden.

Es gibt verwandte Tools, die vor kurzem in einem Artikel in The Scientist wurden erforscht: Rücken, Mutter Natur. GenoCAD ist eines der vorgestellten Werkzeuge, aber man kann auch andere lesen. Bald wird es nicht mehr ausreichen, um die Software zu verwenden, um vorhandene Informationen zu finden (obwohl das weiterhin entscheidend), aber Sie werden Modellieren Sie Ihre Ideen mit einigen Software zu helfen, zu verfeinern und erweitern Sie Ihre Forschung zu. Eines der wirklich faszinierende Aspekte, dass Whole Cell Simulation Papier wurde vor kurzem, wie es Fälle, in denen die Modelle nicht reflektiert wurden die Biologie, und die Verfeinerung der Modelle und ein besseres Verständnis der Biologie kam aus, dass.

Starten Sie Ihre Lieblings-Modellierung biologischer Systeme in silico. Oder zumindest darüber nachzudenken, es.

Quick-Links:

GenoCAD Website: http://www.genocad.org/

Handlich neue Kollektion von PLoS Papiere auf synthetischen Biologie: http://blogs.plos.org/everyone/2012/08/15/plos-one-launches-synthetic-biology-collection/

Biologie Master Programmierer: http://www.technologyreview.com/featured-story/428187/biologys-master-programmers/

Rücken, Mutter Natur: http://the-scientist.com/2012/07/01/move-over-mother-nature/

Referenzen:

Wilson ML, Hertzberg R, Adam L, & Peccoud J. (2011). Eine Schritt-für-Schritt-Einführung in der Regel-basiertes Design von synthetischen genetischen Konstrukte mit GenoCAD. Methods Enzymol. , 498, 173-188 DOI: 10.1016/B978-0-12-385120-8,00008-5

Zar, M.J., Cai, Y. & Peccoud, J. (2009). Schreiben DNA mit GenoCADTM, Nucleic Acids Research, 37 (Web Server) W47. DOI: 10.1093/nar/gkp361

Cai, Y., Wilson, M.L. & Peccoud, J. (2010). GenoCAD für iGEM: eine grammatikalische Ansatz für das Design von Standard-konforme Konstrukte, Nucleic Acids Research, 38 (8) 2644. DOI: 10.1093/nar/gkq086

Tyson, J.J. & Novak, B. (2010). Funktionelle Motive in Biochemical Reaction Networks, Annual Review of Physical Chemistry, 61 (1) 240. DOI: 10.1146/annurev.physchem.012809.103457

Tipp der Woche: Whole Cell Simulations-Software

Mein Twitter-Feed über die letzten paar Tage mit conflama explodierte rund um die neue Publikation über die Simulation der biologischen Prozesse in einer Zelle. Die meisten der IRE wurde bei einer Kriecherei Ziel NYT Stück das gehypt das Papier. Und ja–Der Zeitungsartikel ist mangelhaft; Jonathan Eisen sprach, dass, und dann ist es in filetiert 7 Wege (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) und schuf ein Storify zu verwandten Geschwätz. Einige Gags waren lustig zu–mein Favorit war ein Zukunftsforum Hilfeanforderung:

RT @ Pathogenomenick: Synthanswers.com 2035: Hallo Ich versuche, M laufen. genitalium auf meinem PC, aber es lässt sich nicht kompilieren, bitte helfen.

Das sagte, Tatsächlich glaube ich, einiges davon ist unfair, und ich hoffe, es nicht von der eigentlichen Arbeit, die getan wurde ablenken. Lead-Autor Jonathan Karr und die Leute aus JCVI und Stanford haben einige wichtige und notwendige Arbeit geleistet. Modellierung von verschiedenen Merkmale der ganzen Zelle Aktivitäten, und die Entwicklung geeigneter Software zu beurteilen,, Test, vorhersagen, und visualisieren diese Aspekte sein wird, enorm wichtig, da wir über die wichtigen Schritt weiter–aber weitgehend als linear dargestellt–Genomsequenz Daten. Es gab einige Weg und Modellierungs-Tools, die ich in der Vergangenheit erforscht haben und sind auch nett Richtungen. (Mein vorheriger Favorit war CellDesigner, und ich weiß, PathCase hat Modellierungs-Tools, aber es gibt viele andere, sowie–aber diese wurden meist auf individuelle Wege und Prozesse ausgerichtet, Teilmengen von ganzen Zellen.)

Aber diese neue Papier geht noch weiter und lädt ihre Software mit einer Vielzahl von zellulären Prozessen, die Sie dann ausführen und visualisieren. Einem begleitenden Kommentar Papier beschreibt es als:

Es ist in diesem Sinne, dass die Autoren haben einen ersten Entwurf-Rahmen für das Stellen und Beantworten Systeme-Level-Fragen mit quantitativen Zell-Modelle produziert.

Für diesen Tipp Ich zeige Ihnen einer der Filme, die sie erzeugen, mit dieser Software, und leiten Sie an die Projekt-Seiten für weitere Informationen und den Zugriff auf die Software und Daten-Sets. Und Sie können einzurichten und zu betreiben Ihren eigenen Simulationen–aber das ist über den Rahmen meiner üblichen Spitzen, so müssen Sie sich selbst zu entdecken, dass.

Sie nutzen 28 verschiedene Modelle der zellulären Vorgang Aktivitäten–einige sind für Stoffwechselwege geeignet, einige für die DNA-Replikation, RNA-Prozessierung, Protein Zerfall, und verschiedene andere Dinge. Der Zuschlag ist wirklich Schlüssel hier–S1 hat die Modelle, die Mathematik, und die andere entscheidende Dinge, die Sie müssen verstehen, was getan wurde. Vergessen Sie nicht, dass herunterladen, wenn Sie dieses Papier kaufen!

Die Menge der Sammlung, Kollation, Kuration, und Synthese erforderlich zu organisieren und setzen diese Modelle in der Beilage ist wirklich beeindruckend–Nevermind die Software. Eigentlich hatte ich für einen Rückblick auf den Autor Liste von S.. 88 der Beilage, und ich kann immer noch nicht herausfinden, warum gibt es nicht mehr mehrere Dutzend Menschen auf diesem Papier. Natürlich, sie standen auf den Schultern von Hunderten von anderen: “Unser Modell basiert auf einer Synthese von mehr als der Basis 900 Publikationen und umfasst mehr als 1,900 experimentell beobachteten Parameter.” Und all das Zeug in den Datenbanken–mehr als zwei Dutzend Datenbanken, die von meinem aktuellen Zählung erforderlich.

 

Sobald Sie das System so programmiert, Sie können dann simuliert Gen-Knockouts. Wenn sie dies taten, fanden sie, dass sie hatten 79% Korrespondenz mit früheren Beobachtungen in vivo für die Lebensfähigkeit. Sie konnten auch mit dieser Art von Untersuchungen des Wachstums-Rate Vergleiche. Diese Daten waren interessant vor allem, wenn sie nicht passen die Modelle: die Modelle werden in Frage gestellt, die Biologie weiter untersucht, und man konnte feststellen, wo Verbesserungen würden zur Rechenschaft für Eigenschaften, die nicht schon Teil der Konfiguration benötigt werden.

Die Filme bieten sie sind cool, aber fast zu viel wirklich. Ich wurde von einem Dashboard, wo ich Stücke verlangsamen könnte träumen und schrittweise entlang bewegen. Ich würde auch der wie eine haben zu sortieren Caleydo-Stil Multi-Panel-Ansicht wo könnte ich auf ein oder zwei in ein paar Panels konzentrieren, mit einer anderen Gruppe von Gen-oder Struktur oder etwas.

Ich hatte einen Blitz von der Zukunft der Veröffentlichung mit dieser zu… Eines Tages wird ein mikrobieller Arten oder Gewebe / Zelltyp wird in mehrfacher Hinsicht charakterisiert werden, und ein kleines Video begleiten wird dieses Papier, dass Sie verstehen müssen, um ihre Daten auswerten. Aber das Video erfordert riesige Mengen an Daten unter, Qualität kontrolliert, und kuratiert. Ich las den ergänzenden Informationen (S1, ja, der 122 seitige Beilage, die Sie auch brauchen, um das zu bewerten 28 Modelle, die sie verwendet) und sie anerkennen, dass sie Verlass: CMR, BioCyc, KEGG, NCBI, und UniProt für Annotationen, und viele andere Datenbanken für verschiedene Aspekte und (oh, und zwei Seiten mit 3rd Party Software). Diese müssen vorhanden und korrekt zu sein–Diese neue Software ist nicht Sturzflug und spart uns von dieser Art der wichtigen Arbeit. Aber–daß der, Die neuen Daten werden nicht in den Zeitungen mehr sein, und es bedarf noch mehr als einen Browser (wird aber wahrscheinlich auch benötigen Sie einen Browser sowieso immer noch). Und Sie müssen wissen, wie die Software, um die Biologie arbeitet effektiv zu bewerten.

Einige Leute kritisieren diese Arbeit, weil es nicht wirklich das erste, und es ist nicht abgeschlossen (nur 28 Module), und der Kommentar von Papier und Freddolino Tavazoie zu, dass zu sprechen:

Wie die Autoren selbst einräumen, Das vorliegende Modell ist als ein erster Entwurf zu sehen, wichtiger als Ausgangspunkt für zukünftige Verfeinerung, denn als ein Modell der Produktion aus eigenem Recht.

Wir können die Zukunft von hier, aber es wird nicht eine gerade Linie sein, und manchmal mit einer Dartscheibe ist ein guter Anfang. So werfen Darts, es ist das, was wir in der Wissenschaft zu tun–aber ich hoffe, einige von ihnen konstruktiv wird angestrebt werden.

Wenn Sie das Papier weiter zu erforschen, Es gibt auch würde ein sein Virtual Journal Club gehostet auf Google um das Papier zu diskutieren.

Eine aufregende neue Artikel nur in der Zeitschrift Cell veröffentlicht wurde, beschreibt einen integrierten Bemühungen um das Innenleben einer Zelle simulieren. An diesem Freitag, +Stephen Larson wird durch das Papier auf einem Google Hangout gehen und erklären ihre Auswirkungen. Bitte besuchen Sie uns für eine Diskussion über dieses interessante neue Entwicklung.

Ich werde versuchen, dies auch zu besuchen. Der Gastgeber, dass–Stephan von OpenWorm–war Teil einer Gruppe begegnete ich, wenn ich über diese 3D-Wurm-Software sprach vor nicht allzu langer. Video Tipp der Woche: Ein 3D Worm! Aufgrund der hervorragenden Ressourcen rund um Wurm Biologie und Entwicklung sie gehen zu weit vor anderen Gemeinden in der Modellierung sein. Und Notiz über die Journal Club: das Papier der führende Autor sah die Einladung an und plant die Teilnahme–und enthält Links zu den Zeitungen zur Verfügung gestellt und ergänzen dort drüben, wenn Sie Zugang und wollen es nicht haben jetzt.

Quick-Links:

Papier über die Simulation: A Whole-Cell Modell sagt voraus, Computational Phänotyp von Genotyp

Kommentar Papier in derselben Ausgabe: The Dawn of Virtuelle Zellbiologie

Software finden Sie hier: https://simtk.org/home/wholecell

Stanford-Team-Projekt vor Ort: M. genitalium Whole-Cell-Modell & Knowledge Base

Referenzen:

Karr, J., Sanghvi, J., Macklin, D., Gutschow, M., Jacobs, J., Bolival, B., Assad-Garcia, N., Glas, J. & Versteckt, M. (2012). A Whole-Cell Modell sagt voraus, Computational Phänotyp von Genotyp, Zelle, 150 (2) 401. DOI: 10.1016/j.cell.2012.05.044

Freddolino, P. & Tavazoie, S. (2012). The Dawn of Virtuelle Zellbiologie, Zelle, 150 (2) 250. DOI: 10.1016/j.cell.2012.07.001

Was ist die Antwort? (bauen Gen-Netzwerke aus der Literatur)

Biostar ist ein Ort für die Nachfrage, beantworten und diskutieren Fragen der Bioinformatik. Wir sind Mitglieder derGemeinde und finde es sehr nützlich. Oft Fragen und Antworten ergeben sich bei BioStar dass Germane an unsere Leser sind (Endanwender von Genomik Ressourcen). Jeden Donnerstag werden wir Hervorhebung eine jener Fragen und Antworten hier in diesem Thread. Sie können Fragen in diesem Thread fragen, oder kann man immer mitmachen bei BioStar.

Kürzlich kam jemand durch, um über Wege, um nützliche Informationen aus der Literatur zu extrahieren zu stellen und bauen Sie ein Netzwerk aus, dass. Die Befragten angeboten hilfreiche Software–sondern auch nette Anleitung darüber nachzudenken, wie die Netze müssen etwa in einem Organismus gedacht werden:

Frage: Aufbauend Genregulationsnetzwerken aus der Literatur

Hallo allerseits!!

Kennt jemand eine Software, die verfügbar Genregulationsnetzwerken aus der Literatur würde allein zu bauen wissen,?

Dank!

Diana

Die erste Antwort bot einige Software zu prüfen,, aber die zweite Antwort (zumindest des aktuellen Auftrags) vorgesehen nachdenklich Kommentar auf Aspekte dieser, über die Literatur betrachten. Ich dachte, dass war eine gute Balance. Schauen Sie sich die Diskussion.

Freitag SNPpets

Herzlich Willkommen auf unserer Friday Feature Linksammlung: SNPpets. Während der Woche kommen wir auf eine Vielzahl von Links und liest, dass wir denken, sind interessant, sondern machen es nicht zu einem Blog-Eintrag. Hier sind sie für Ihr Vergnügen…

  • Das ist keine schlechte Idee. Boston Sci-Geek Tours. Früher habe ich für den Park Service arbeiten. Hmmm… RT @ YishaiKnobel: Faszinierende Tour und Vortrag über Genomik am Broad Institute heute. Broad sollte in eine Touristenattraktion Boston gedreht werden. [Mary]
  • RT @ BioCatalogue: Die BioCatalogue iPhone / iPad-App von @ manniet3 ist jetzt aus! http://bit.ly/p2tUQF Bitte lassen Sie uns wissen, was Sie denken. [Mary]
  • Inklusive KEGG, IPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, MEGAN 4, Humann: RT @ phylogenomics: A Survey of Metabolic Wiederaufbau Tools for metagenomische Datasets »Die Bioinformatik Knowledgeblog http://shar.es/HK0U5 [Mary]
  • A Special Symposium feiert den 40. Jahrestag der Protein Data Bank, Oktober 28 – 30, 2011, Cold Spring Harbor, NY – Poster Abstrakte Frist: August 15 [Jennifer]
  • Ach ja, plz: RT @ Nutrigenomik: wie RT @ grapealope: Die Bioinformatik ist es nicht nur um Gebäude-Tools. Wir kennen unsere Werkzeuge; wir sollten sie dem ersten Gebrauch. @ Atulbutte # singularityu [Mary]
  • Kichern. Ich habe das mit verschiedenen Arten durchgeführt, nicht nur Pflanzen… : @ Pcronald: Botaniker hält die ganze Salatbar. http://onion.com/pojv2t [Mary]
  • RT @ wahwahnyc: Auf PubMed Central: Der Pathologe: ein automatisiertes Werkzeug Weg-centric-Analyse. BMC Bioinformatics. http://1.usa.gov/oDyBpc [Mary]
  • Looking for some fun geeky? Das Twenty-First 1st Annual Ig Nobelpreis verliehen auftreten Donnerstag, September 29, 2011 und Tickets sind jetzt im Verkauf. Note: “Die Ig Nobelpreise Ehre Leistungen, die zuerst die Menschen zum Lachen, und dann machen sie denken.” [Jennifer]
  • RT @ Genetics_blog: . @ PLoS und @ mendeley_com Call for Apps: http://bit.ly/oc2NGL und http://bit.ly/nHYqNa [Mary]
  • Gerade gesehen, das in Nature News über Google und Microsoft: Computing Riesen starten freien Wissenschaft Metriken [Jennifer]
  • FameLab, Wissenschaft und Technik-Kommunikation Wettbewerb – Ich habe nicht gesehen ein uninteressantes ein noch… [Jennifer]

Reactome Webinar Coming up; Mi Feb 2

Wir waren auf dem Weg der vergangenen Woche zu tun Workshops, so ist dies ein paar Tage alt. Aber wenn Sie nicht unterwegs sind Freunde Mailingliste ist es möglich, es ist für Sie neue. Ein paar Worte zu GO Liste der Freunde: weil so viele Tools verlassen sich auf Gene Ontology und haben eine Art von GO-Komponenten, Es gibt eine ganze Reihe von Dingen, über die Mailing-Liste kommen. Es ist nicht nur für die GO-Entwickler per se. Vielleicht möchten Sie, check it out.

Sowieso, was wollte ich auf heute Fokus dieser Bekanntmachung über die bevorstehende Reactome Webinar. Es wurden große Änderungen an der Schnittstelle, aber die zugrunde liegenden Kühle und hohe Qualität aller biologischen Bahnen bleibt intakt, natürlich! Reactome ist ein Werkzeug, das wir für eine lange Zeit geliebt habe, und wir haben mit dem Reactome Leute hinter der nächsten Updates für koordinierte unser Tutorial. Wir sind auf das Update funktioniert jetzt.

Wenn Sie Erfahren Sie mehr über Reactome und diese neuen Änderungen, es geht um ein Webinar werden bald. Sie müssen sich registrieren, und ich werde nur geben einige der Details hier. Gehen Sie zu den GO anzeigen Nachricht Link um den Rest sehen.

Die Ontario Genomics Institute (RECHTLICHER) und dem Ontario Institute for Cancer Research (OICR) sind Co-Hosting eine Stunde Web-Konferenz / Webinar über die Reactome Pathway Database (http://www.reactome.org) - Eine frei verfügbare, manuell kuratiert Ressource Kern biologische Pathways. Die Datenbank bietet Reactome Weg Daten kapseln Bereiche der menschlichen Biologie von grundlegenden Stoffwechselwege, um komplexe Ereignisse wie GPCR-Signalisierung und der Apoptose.

Das Follow-up Webinar wird die aktualisierte Website mit einer intuitiven Benutzeroberfläche und eine neue Suite von Tools zur Datenanalyse einführen. Erfahren Sie auf diese Datenbank durch Fallstudien aus verschiedenen Forschergruppen nutzen.

Die Präsentation wird von Dr. gegeben werden. Robin Haw, Manager von Reactome Outreach, OICR, und wird behandelt, wie die aktualisierte Reactome Ressource für den Einsatz:

• Browsen und Suchen Weg Wissen,
• Integration von Netzwerk-und Pathway-Daten,
• Mit Pathway Analysis und Expression Werkzeuge zur Analyse experimentellen Datensätzen,
• Anmerkungen experimentellen Datensätzen mit Reactome BioMart,
• Entdecken Netzwerk Muster im Zusammenhang mit Krebs und anderen Krankheiten mit Hilfe der funktionellen Interaktion Reactome Network Cytoscape Plug-in,
• Einführung Anwendungsfälle für Reactome Daten und Analyse-Tools.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

Gehen Sie auf die Verknüpfung für die Registrierungs-Details. Ich werde in zuhören (wenn wir nicht planen einen Workshop für diesen Tag!)

Freitag SNPpets

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