الوسم المحفوظات: مسارات

SNPpets_2

الجمعة SNPpets

ويشمل هذا الجمعة مجموعة من المواضيع,,en,تقييمات مثيرة للاهتمام من حالة التوحد العمارة الجينومية,,en,وقراءة قطعة على,,en,التقوقع,,en,من مرض وراثي بعد ذلك,,en,سقسقة لورا هيرشر ل,,lb,نقل الجينات الأفقي في البكتيريا الجبن,,en,الصفات في المحاصيل,,en,كريسبر للحشرات,,en,الوقت العميق في الحمض النووي البشري,,en,والتاريخ التطوري للأورام,,en,هناك الكثير من الأشياء العظيمة حول الآن,,en,الهندسة المعمارية الجينية للتوحد,,en,إعادة تقييم واقعية لدور شيوعا,,en,pic.twitter.com/WGoKj6sQ5C,,en,جون ماكغراث,,en,John_J_McGrath,,en,لدينا ورقة حول التبادل الجيني,,en,جبن,,en,البكتيريا خارج,,en,الكثير من الاشياء باردة هنا,,en,Kevbonham,,ku,pic.twitter.com/HcMj3JDgTK,,en,راشيل J دوتون,,en,racheljdutton,,en,صنع منتجات الطبيعية خفية تظهر نفسها,,en,ديريك لوي,,en,Dereklowe,,en,أنا مجرد ترك هذه النتيجة الطبيعية هنا,,en,pic.twitter.com/SADQ6inmG0,,en,شون ستريكلين,,en,SLStricklin,,sv, as usual. Interesting assessments of the state of autism genomic architecture–and read the piece on the “ghettoization” of genetic disease after that (Laura Hercher’s tweet). Horizontal gene transfer in cheese bacteria. Traits in crops. CRISPR for insects. Deep time in human DNA, and evolutionary history of tumors. There are so many great things around right now…. فعلينا العودة!


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


SNPpets_2

الجمعة SNPpets

This week’s SNPpets includes updates to existing tools, مثل ركتوم و IMG, the biggest JBrowse display I ever saw, various tidbits from #ASHG15 as word clouds, التحرير الجين, slices through personalized medicine and rare diseases, و Virtual Machine catalog. Most unusual thing this week: recent evolutionary genomics work gets onto The Big Bang Theory. وأكثر من ذلك….


SNPpets_2ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…


If the survey is closed by the time you come across this, see the answers (and the twitter discussion thread is hilarious)

reddit_icon

ما هو الرد? (novel pathways in silico)

reddit_iconThis week’s highlighted discussion is a different take on pathway and network tools. This is about the design of novel metabolic pathways في silico, not just exploring existing pathways to look for where your favorite genes play roles.

reddit question iconIs there free software available for designing metabolic pathways? (self.bioinformatics)

المقدمة من قبل learnedidiot

I am interested in designing novel metabolic pathways in silico, and was curious if there is a good software packages that allows for finding the shortest path in terms of enzymes, regardless of species, for a given input to final output?

Although we have talked about COPASI قبل, in conjuction with GenoCAD, and we’ve done training on STRING, some of the other tools were new to me and I was pleased to learn of them. If you know of others you can offer the suggestions. الذهاب لديها look at the discussion.

ما هو الجواب? (جينات لون في مسار)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة ومناقشة المسائل والقضايا المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاء المجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك العناصر أو المناقشات هنا في هذا الموضوع. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

وقد بدأ هذا السؤال قبل قليل, ولكن كان الجواب الأخيرة التي طرحت إعادته. ولكن هذا السؤال الذي يسأل الناس كثيرا كما أنهم يتعاملون مع قوائم كبيرة من الجينات من التجارب المختلفة أو تمارين التعدين. ومؤخرا كنت تسليط الضوء على بعض الاشياء في مسار BIOSTAR مؤخرا حتى ظننت أن هذا سيكون مصاحب لطيف.

سؤال: لون البروتينات / جينات معينة على مسار الإشارات

لدي قائمة من الجينات / protiens. وأود أن لون قائمتي من البروتينات / الجينات على مسار الإشارات. وأنا أعلم KEGG لديه أداة للقيام بذلك (البحث وخريطة ملونة المسار). هو أنها أي بديل آخر ما هو متاح للجمهور? إن لم يكن, كيف يمكنني إنجاز هذه المهمة (أي مؤشر أو رؤساء حتى). شكرا

الثرثرة

كنت أعرف عن KEGG أسلوب, ولكن في الحقيقة بحاجة الى ان ننظر في أصعب Biotapestry. راجع الأجوبة لمعرفة المزيد عن هذا.

 

تلميح فيديو للأسبوع: GenoCAD للبيولوجيا الاصطناعية

ميدان البيولوجيا التركيبية وقد تعتمل لفترة طويلة. يستغرق أحيانا قفزة كبيرة, كما هو الحال عندما فريق فنتر نشر عن عملها على M. التناسلية, واستغرق الأمر قفزة كبيرة في الآونة الأخيرة مع ورقة عن النمذجة الكثير من العمليات الخلوية في الخلايا البسيطة التي تحدثت عن, وفي كان الظاهري مجلة النادي بعد فترة وجيزة ونحن على Google .

ولكن كانت هناك الناس الذين يعملون في بناء ودعم البرامج لهذا الحقل لفترة طويلة, وأردت أن استكشاف واحدة من هذه الأدوات اليوم. تلميح لهذا الاسبوع سوف نستكشف GenoCAD. التصميم بمساعدة الكمبيوتر (CAD) وسوف يكون من الضروري لعلم الجينوم في مرحلة ما–عليك أن تكون قادرا على السخرية بعض النظام, إدخال بعض المعلمات, واختبار المعادلات التي أنشأتها. ولكن كما أظهرت دراسة حديثة–أساس هذا قد يكون كميات كبيرة من المعلومات الموجودة وbenchwork من المنشورات وقواعد البيانات. ولكن هذه المعلومات لابد من تجميعها, تحشد, وترميزها في طرق جديدة لجعل التحليل والتنبؤات ممكن.

وسوف تتيح لك GenoCAD البدء في بناء واختبار الأنشطة الخلوية من هذا النوع. هنا كيف يصفون أنفسهم:

GenoCAD هو مفتوح المصدر بمساعدة الحاسوب التصميم (CAD) طلب البيولوجيا التركيبية. تأسيس GenoCAD هو النظر DNA كلغة برمجة لالنظم البيولوجية الاصطناعية. GenoCAD يتضمن قاعدة بيانات كبيرة من قطع الجينية التي المشروح هي كلمات من اللغة. GenoCAD يشمل أيضا قواعد التصميم تصف كيف ينبغي الجمع بين أجزاء في البنى الوراثية. وتستخدم هذه القواعد لبناء المعالج الذي يوجه المستخدمين من خلال عملية تصميم التركيبات الجينية معقدة وشبكات الجينات الاصطناعية.

ستجد أن لديها لطيفة مع منظمة 3 الرئيسية خطوات: يمكنك إنشاء وحدد الأجزاء التي تريد استخدامها في الخطوة 1. في الخطوة 2 كنت تجميعها في بناء. وإذا كنت تريد أن تأخذ أكثر من ذلك ونموذج نشاط هذا البند يمكنك أن تفعل ذلك وكخطوة ثالثة.

مع الخيارات GenoCAD يمكنك تحديد أجزاء من قوائم الموجودة أو تحميل أكثر (بما في ذلك BioBricks والعناصر من على قطع قلم) واستخدام القواعد النحوية القائمة على تنظيم أجزاء الخاص, ولكنها لا تقتصر على تلك. لك إضافة أجزاء الخاصة بك وإنشاء قواعد النحو الخاصة بك لمرافقة المكونات الخاصة بك. يمكنك ان ترى كيف بسرعة ومرونة هو سهل لبناء هذه الميزات. يمكنك حفظها باستخدام حساب هناك, والبناء عليها في المستقبل.

في هذه الحافة سيكون لدينا فقط الوقت لدراسة السمات الأساسية للواجهة, ولكن يمكنك العودة واستكشاف ذلك بنفسك مع مزيد من التفاصيل من مساعدتهم والوثائق. هناك أيضا عدد من المنشورات المفيدة التي كنت مرتبطة في الأقسام أدناه مراجع.

هناك الأدوات ذات الصلة التي تم استكشافها مؤخرا في مقال له في عالم: نقل أكثر, الطبيعة الأم. GenoCAD هي واحدة من الأدوات المميزة, ولكن يمكنك أن تقرأ عن الآخرين كذلك. قريبا سوف لن تكون كافية لاستخدام البرنامج للعثور على المعلومات الموجودة (على الرغم من أن ستظل حاسمة), ولكن عليك أن نمذجة أفكارك مع بعض البرامج للمساعدة في صقل وتوسيع نطاق البحوث الخاصة بك جدا. واحد من الجوانب التي من رائعة حقا كله خلية ورقة محاكاة تم مؤخرا كيف كانت هناك حالات حيث لم تعكس نماذج بيولوجيا, وجاء في صقل النماذج وفهم أفضل للبيولوجيا للخروج من هذا.

بدء الخاص بك الأنظمة النمذجة البيولوجية المفضلة في silico. أو على الأقل نبدأ في التفكير حول هذا الموضوع.

وصلات سريعة:

موقع GenoCAD: http://www.genocad.org/

مجموعة جديدة من الأوراق مفيد بلوس على البيولوجيا التركيبية: http://blogs.plos.org/everyone/2012/08/15/plos-one-launches-synthetic-biology-collection/

ماجستير في علم الأحياء المبرمجين: http://www.technologyreview.com/featured-story/428187/biologys-master-programmers/

نقل أكثر, الطبيعة الأم: http://the-scientist.com/2012/07/01/move-over-mother-nature/

المراجع:

ويلسون ML, Hertzberg R, آدم L, & بيكو J. (2011). مقدمة خطوة بخطوة لقائم على قواعد تصميم التركيبات الوراثية الاصطناعية باستخدام GenoCAD. طرق Enzymol. , 498, 173-188 دوى: 10.1016/B978-0-12-385120-8،00008-5

قيصر, M.J., تساى, و. & بيكو, J. (2009). الكتابة DNA مع GenoCADTM, أبحاث الأحماض النووية, 37 (خادم الويب) W47. دوى: 10.1093/nar/gkp361

تساى, Y., ويلسون, M.L. & بيكو, J. (2010). GenoCAD لiGEM: نهج النحوية في تصميم المعايير المتوافقة بنيات, أبحاث الأحماض النووية, 38 (8) 2644. دوى: 10.1093/nar/gkq086

تايسون, J.J. & نوفاك, B. (2010). وظيفية الزخارف في شبكات تفاعل كيميائي حيوي, الاستعراض السنوي للكيمياء فيزيائية, 61 (1) 240. دوى: 10.1146/annurev.physchem.012809.103457

نصيحة الأسبوع: كل خلية محاكاة البرمجيات

بلدي التغريد الأعلاف انفجرت خلال الأيام القليلة الماضية مع conflama حول المنشور الجديد حول محاكاة العمليات البيولوجية في زنزانة. وكان الهدف من معظم غضب في متملقة نيويورك تايمز قطعة روج له أن ورقة. ونعم–ما نشرته الصحيفة معيب; وتحدث جوناثان ايسن إلى أن, وبعد ذلك في صورة شرائح 7 طرق (1, 2, 3, 4, 5, 6, 7) وخلق Storify عن الثرثرة ذات الصلة. وكانت بعض النكات مضحك جدا–وكان المفضل لدي من المساعدة منتدى المستقبل طلب:

RT @ Pathogenomenick: Synthanswers.com 2035: مرحبا واني اسعى الى تشغيل M. التناسلية على جهاز الكمبيوتر ولكنه ليس ترجمة, الرجاء المساعدة.

وقال ان, اعتقد في الواقع بعض من هذا غير عادل, وآمل أن لا يصرف من العمل الفعلي الذي تم القيام به. وقد أنجز المؤلف الرئيسي جوناثان كار والناس من JCVI وستانفورد بعض الأعمال الهامة والضرورية. نمذجة ملامح مختلفة من الأنشطة خلية كاملة, وتطوير البرمجيات المناسبة لتقييم, اختبار, التنبؤ, وتصور هذه الجوانب ستكون في غاية الاهمية ونحن نواصل تجاوز مهم–لكن ممثلة الى حد كبير في خطي–بيانات الجينوم تسلسل. كانت هناك بعض الأدوات مسار والنمذجة أن أكون قد بحثت في الماضي، وأيضا الاتجاهات لطيف. (وكان المفضل لدي السابقة CellDesigner, وأنا أعرف PathCase ونمذجة الأدوات, ولكن كانت هناك الكثير من الآخرين أيضا–ولكن لم تهدف هذه في معظمها على المسارات الفردية والعمليات, مجموعات فرعية من الخلايا بأكمله.)

لكن هذه الورقة الجديدة إلى أبعد من ذلك ويقوم بتحميل البرامج الخاصة بهم مع عدد من العمليات الخلوية التي يمكن تشغيلها بعد ذلك، وتصور. ورقة التعليق المرافق تصفها بأنها:

فمن هذا المنطلق الكتاب قد أنتجت إطارا لأول مشروع لطرح والإجابة على أسئلة ذات مستوى النظم باستخدام كمية الخلايا النطاق النماذج.

لهذا غيض سأريكم واحد من أفلام أنها تولد مع هذا البرنامج, وتوجهك إلى صفحات المشروع لمزيد من المعلومات والحصول على مجموعات البيانات والبرمجيات. ويمكنك إنشاء وإدارة عمليات المحاكاة الخاصة بك–ولكن هذا خارج نطاق بلدي نصائح المعتادة, هكذا سيكون لديك لاستكشاف ذلك بنفسك.

يستخدمونها 28 نماذج مختلفة من أنشطة عملية الخلوية–هي مناسبة لبعض المسارات الأيضية, بعض لتكرار الحمض النووي, الحمض النووي الريبي تجهيز, بروتين الاضمحلال, وأشياء أخرى مختلفة. الملحق هو مفتاح حقا هنا–S1 لديه نماذج, الرياضيات, وغيرها من الأشياء حاسمة تحتاج إلى أن يكون لفهم ما جرى. لا ننسى لتحميل هذا إذا كنت تشتري هذه الورقة!

كمية جمع, الترتيب, curation, والتوليف اللازمة لتنظيم ووضع هذه النماذج في ملحق مثير للاعجاب حقا–فما باللك البرنامج. كان لي فعلا أن ننظر إلى الوراء في قائمة مؤلف بواسطة p. 88 من الملحق, وأنا لا تزال لا يمكن معرفة لماذا لا يوجد عدة عشرات من الناس في هذه الورقة. بالطبع, وقفوا على أكتاف مئات آخرين: “ويستند نموذجنا على توليفة من أكثر من 900 المنشورات وتضم أكثر من 1,900 لوحظ تجريبيا المعلمات.” وجميع هذه الأشياء في قواعد البيانات–أكثر من عشرين قواعد البيانات المطلوبة وفقا لحساباتي الحالية.

 

وبمجرد الانتهاء من نظام مبرمج, يمكنك أن تفعل ثم بالضربة القاضية جين محاكاة. عندما فعلوا ذلك وجدوا أن لديهم 79% المراسلات مع الملاحظات السابقة في الجسم الحي للبقاء. يمكنهم أيضا استخدام هذه الأنواع من الدراسات في نمو معدل المقارنات. وكانت هذه البيانات مثيرة للاهتمام وخاصة عندما لا تتناسب ونماذج: وتحدى النماذج, لمزيد من التحقيق في البيولوجيا, ويمكن تحديد حيث ستكون هناك حاجة إلى تحسينات لمراعاة الخصائص التي لم تكن بالفعل جزءا من التكوين.

الأفلام التي يقدمونها هي باردة, ولكن ما يقرب من ذلك بكثير جدا حقا. وأنا أحلم من لوحة القيادة حيث كنت قد يتباطأ القطع لأسفل وانتقال تدريجي على طول. وأود أيضا فرز من مثل أن يكون لها Caleydo على غرار لوحة متعددة رأي حيث يمكن أن أركز على واحد أو اثنين في بضع لوحات, مع فريق آخر من الجينات أو بنية أو شيء.

وكان لي ومضة من مستقبل منشور مع هذا أيضا… سيكون يوما ما وصفها أحد الأنواع الجرثومية أو أنسجة / نوع من الخلايا في عدد من الطرق, وسوف فيديو القليل ترافق تلك الورقة التي سوف تحتاج إلى فهم لتقييم البيانات الخاصة بهم. ولكن هذا الفيديو تتطلب كميات وفيرة من البيانات تحت, جودة يسيطر, وبرعاية. كنت أقرأ على معلومات تكميلية (S1, نعم, و 122 ملحق الصفحة التي تحتاج أيضا إلى تقييم 28 النماذج التي استخدموها) ويعترفون بأنهم اعتمدوا على: CMR, BioCyc, KEGG, نكبي, و UniProt لشروحه, والكثير من قواعد البيانات الأخرى عن جوانب مختلفة وكذلك (يا, وصفحتين من 3rd الطرف البرمجيات). هذه تحتاج الى وجود وأن يكون صحيحا–هذا البرنامج الجديد لا تنقض، وإنقاذ لنا من هذا النوع من العمل الهام. لكن–وقال أن, فإن البيانات الجديدة لن تكون في الصحف بعد الآن, وسوف يتطلب الأمر أكثر من مجرد متصفح (ولكن ربما تحتاج أيضا متصفح على أي حال لا يزال). وسوف تحتاج إلى معرفة كيفية عمل البرنامج لتقييم الأحياء على نحو فعال.

بعض الناس ينتقدون هذا العمل لأنه ليس حقا أول, وانها لم تكتمل (فقط 28 وحدات), وورقة التعليق بواسطة Freddolino وTavazoie التحدث الى ذلك ايضا:

كما أن الكتاب أنفسهم الاعتراف, يجب أن ينظر إلى النموذج الحالي باعتباره المشروع الأول, أكثر أهمية كنقطة انطلاق لتحسين المستقبل من كنموذج الإنتاجية في حد ذاتها.

يمكن أن نصل إلى مستقبل من هنا, لكن لن يكون في خط مستقيم، وأحيانا وجود دارتبوارد هو وسيلة جيدة لبدء. رمي السهام لذلك, هذا هو ما نقوم به في مجال العلوم–ولكن آمل في ان البعض منهم يهدف بناءة.

إذا كنت ترغب في استكشاف مزيد من ورق, هناك يحدث أيضا أن يكون استضافت الظاهري مجلة النادي على جوجل لمناقشة ورقة.

مقالة جديدة مثيرة نشرت للتو في مجلة الخلية يصف جهد متكامل لمحاكاة الأعمال الداخلية للخلية. هذا يوم الجمعة, +ستيفن لارسون سوف المشي من خلال ورقة على دردشة الفيديو الجماعية في Google وشرح آثارها. يرجى الانضمام إلينا لمناقشة هذا التطور الجديد مثير للاهتمام.

انا ذاهب الى محاولة لحضور هذا فضلا عن. مضيفة أن–ستيفن من OpenWorm–كان جزءا من المجموعة الأولى واجه عندما تحدثت عن هذا البرنامج 3D-دودة منذ وقت ليس ببعيد. تلميح فيديو للأسبوع: دودة 3D! نظرا للموارد ممتازة حول علم الأحياء دودة والتنمية وهم في طريقهم ليكون قبل وقت كاف من المجتمعات الأخرى في النمذجة. والملاحظة عن النادي مجلة: رأى الكاتب في الصحيفة الرصاص على دعوة ويخطط لحضور–وقدمت وصلات إلى الصحف وتكملة هناك إذا كنت تريد الوصول ولم يكن لديك الآن.

وصلات سريعة:

ورقة عن محاكاة: نموذج خلية كاملة الحاسوبية تتنبأ النمط الظاهري من الطراز العرقي

ورقة التعليق في نفس القضية: فجر بيولوجيا الخلية الظاهري

يتوفر البرنامج هنا: https://simtk.org/home/wholecell

ستانفورد موقع فريق المشروع: M. التناسلية خلية كاملة النموذجي & قاعدة المعرفة

المراجع:

كار, ج., Sanghvi, ج., ماكلين, د., Gutschow, م., جاكوبس, ج., Bolival, ب., الأسد غارسيا, ن., زجاج, J. & خفي, M. (2012). نموذج خلية كاملة الحاسوبية تتنبأ النمط الظاهري من الطراز العرقي, الخلية, 150 (2) 401. دوى: 10.1016/j.cell.2012.05.044

Freddolino, ف. & Tavazoie, S. (2012). فجر بيولوجيا الخلية الظاهري, الخلية, 150 (2) 250. دوى: 10.1016/j.cell.2012.07.001

ما هي الإجابات? (بناء شبكات الجينات من الأدب)

BIOSTAR هو موقع لطرح, الإجابة على الأسئلة ومناقشة المعلوماتية الحيوية. نحن أعضاءالمجتمع وتجد أنه من المفيد جدا. غالبا ما تنشأ الأسئلة والأجوبة في BIOSTAR التي ثيق لقرائنا (المستخدمين النهائيين للموارد الجينوميات). كل يوم خميس سنكون تسليط الضوء على واحدة من تلك الأسئلة والأجوبة هنا في هذه الصفحات. يمكنك طرح الأسئلة في هذا الموضوع, أو يمكنك الانضمام دائما في BIOSTAR.

وجاءت مؤخرا من قبل شخص ما ليسأل عن طرق لاستخراج المعلومات المفيدة من الكتابات وبناء شبكة من أن. عرضت المستطلعين برامج مفيدة–ولكن أيضا توجيه لطيف في التفكير في كيفية الشبكات تحتاج إلى التفكير في الكائن الحي:

سؤال: بناء شبكات الجينات التنظيمية من الأدب

مرحبا الجميع!!

لا أحد يعرف من أي برنامج المتاحة التي من شأنها بناء شبكات الجينات التنظيمية من الأدب وحده?

شكرا!

ديانا

عرضت الجواب الأول بعض البرامج للنظر في, ولكن الجواب الثاني (على الأقل كما أمرت حاليا) قدم التعليق مدروس على جوانب هذا إلى النظر أبعد من الأدب. اعتقدت أن كان توازن لطيف. إطلاعك على مناقشة.

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…

  • هذه ليست فكرة سيئة. بوسطن خيال المهوس تورز. اعتدت على العمل من أجل خدمة بارك. هممم… RT @ YishaiKnobel: جولة رائعة ومحاضرة حول علم الجينوم في معهد واسع اليوم. واسع وينبغي أن تتحول إلى منطقة جذب سياحي بوسطن. [ماري]
  • RT @ BioCatalogue: فون BioCatalogue / باد التطبيق بواسطة manniet3 @ أصبح الآن خارج! http://bit.ly/p2tUQF الرجاء القيام دعونا نعرف رأيك. [ماري]
  • ويشمل KEGG, iPATH 2.o, PathwayProjector, metaSHARK, ميغان 4, HUMAnN: RT @ phylogenomics: مسح للأدوات التعمير الأيض لمجموعات البيانات Metagenomic »المعلوماتية الحيوية وKnowledgeblog http://shar.es/HK0U5 [ماري]
  • ندوة خاصة الاحتفال بالذكرى 40 للبروتين بنك المعلومات, أكتوبر 28 – 30, 2011, الربيع الباردة هاربور, NY – الموعد النهائي ملصق الملخص: آب / أغسطس 15 [جنيفر]
  • أوه نعم, بلز: RT @ علم المورثات الغذائية: مثل grapealope @ RT: المعلوماتية الحيوية ليست مجرد أدوات بناء. ونحن نعلم أدواتنا; يتعين علينا أن نستخدم لهم أولا. @ # atulbutte singularityu [ماري]
  • قهقه. لقد فعلت هذا مع العديد من الأنواع, ليس فقط النباتات… : @ Pcronald: عالم النبات يحمل ما يصل شريط سلطة بأكملها. http://onion.com/pojv2t [ماري]
  • RT @ wahwahnyc: على موقع PubMed الوسطى: الطبيب الشرعي: أداة آلية لتحليل مسار المرتكزة. BMC المعلوماتية الحيوية. http://1.usa.gov/oDyBpc [ماري]
  • تبحث عن بعض المرح العبقري غريب الأطوار? و الحادي والعشرين 1 حفلا سنويا حفل جائزة نوبل سيحدث الخميس, سبتمبر 29, 2011 والتذاكر للبيع الآن. لاحظ: “شرف الإيج جوائز نوبل للانجازات التي تأكد أولا الناس يضحكون, وثم جعلها تعتقد.” [جنيفر]
  • RT @ genetics_blog: . @ @ mendeley_com بلوس ودعوة للتطبيقات: http://bit.ly/oc2NGL و http://bit.ly/nHYqNa [ماري]
  • فقط رأيت هذا في أخبار حول طبيعة غوغل ومايكروسوفت: عمالقة الحوسبة إطلاق مقاييس العلم مجانا [جنيفر]
  • مختبر الشهرة, للعلوم وهندسة الاتصالات المنافسة – أنا لم المشاهدة رتيبا واحد حتى الآن… [جنيفر]

Reactome الويبينار القادمة; الأربعاء فبراير 2

كنا على الطريق في الاسبوع الماضي القيام ورش العمل, لذلك هذا هو بضعة أيام من العمر الآن. ولكن إذا لم تكن على قائمة بريدية أصدقاء GO انه من الممكن انها جديدة بالنسبة لك. كلمة سريعة حول GO قائمة الأصدقاء: لأن الكثير من الأدوات تعتمد على الجينات وعلم الوجود ونوع من المكونات GO, هناك الكثير من مجموعة من الاشياء التي تأتي عبر تلك القائمة البريدية. انها ليست فقط للذهاب للمطورين في حد ذاته. قد ترغب في التحقق من ذلك.

على أي حال, ما أردت التركيز على هذه الملاحظة اليوم هو حول القادمة ركتوم الويبينار. كانت هناك تغييرات كبيرة على واجهة, لكن البرودة الكامنة وذات جودة عالية من جميع هذه المسارات البيولوجية لا تزال على حالها, بالطبع! Reactome هو أداة لدينا أحب لفترة طويلة, ولقد نسقنا مع الناس Reactome حول التحديثات القادمة لل لدينا البرنامج التعليمي. نحن نعمل على ذلك التحديث الآن.

إذا كنت تريد معرفة المزيد حول Reactome وهذه التغييرات الجديدة, هناك ستكون الويبينار قريبا. يجب عليك التسجيل, وسوف أعطي إلا بعض التفاصيل هنا. رئيس لأكثر من GO أصدقاء ربط رسالة لمشاهدة بقية.

معهد أونتاريو جينوم (أوجي) ومعهد أونتاريو للبحوث السرطان (الاتحاد الدولي للدراجات) وشارك في استضافة المؤتمر على شبكة الإنترنت ساعة واحدة / الويبينار عن قاعدة بيانات المسار Reactome (http://www.reactome.org) -- وهو متاح بحرية, يدويا من تنسيق الموارد من المسارات البيولوجية الأساسية. قاعدة بيانات Reactome تقدم مسار التغليف مجالات البيولوجيا البشرية تتراوح بين المسارات الأساسية لعملية التمثيل الغذائي للأحداث معقدة مثل إشارات النوع من الاختزال وموت الخلايا المبرمج.

وهذا الويبينار متابعة إدخال تحديث الموقع مع واجهة مستخدم أكثر سهولة ، ومجموعة جديدة من أدوات تحليل البيانات. تعلم كيفية استخدام قاعدة البيانات هذه من خلال دراسات حالة من مختلف المجموعات البحثية.

وسيتم في ضوء العرض الذي قدمه الدكتور. روبن الزعرورة, مدير التوعية Reactome, الاتحاد الدولي للدراجات, وسوف تغطي كيفية استخدام الموارد لتحديث Reactome:

• التصفح والبحث عن المعرفة طريقا,
• دمج الشبكة ومسار البيانات,
• استخدام المسار وأدوات التحليل لتحليل التعبير قواعد البيانات التجريبية,
• قواعد البيانات التجريبية مع التأشير BioMart Reactome,
• أنماط اكتشاف الشبكة المرتبطة بالسرطان والأمراض الأخرى باستخدام الشبكة Reactome التفاعل الوظيفي Cytoscape المكونات في,
• إدخال حالات الاستخدام للبيانات وأدوات التحليل Reactome.

http://fafner.stanford.edu/pipermail/gofriends/2011-January/001772.html

انتقل إلى الارتباط للحصول على تفاصيل تسجيل. سأنصت في (إذا كنا لا جدول ورشة عمل لهذا اليوم!)

الجمعة SNPpets

ترحيب لدينا ميزة جمع الجمعة الارتباط: SNPpets. خلال الأسبوع صادفنا الكثير من الروابط والقراءات التي نعتقد أنها مثيرة للاهتمام, ولكن لا تجعل من لبلوق وظيفة. ها هم لمتعتك…